Codon usage bias and A+T content variation in human papillomavirus genomes

We analyzed the codon usage bias of eight open reading frames (ORFs) across up to 79 human papillomavirus (HPV) genotypes from three distinct phylogenetic groups. All eight ORFs across HPV genotypes show a strong codon usage bias, amongst degenerately encoded amino acids, toward 18 codons mainly with T at the 3rd position. For all 18 degenerately encoded amino acids, codon preferences amongst human and animal PV ORFs are significantly different from those averaged across mammalian genes. Across the HPV types, the L2 ORFs show the highest codon usage bias (73.2 +/- 1.6% and the E4 ORFs the lowest (51.1 +/- 0.5%), reflecting as similar bias in codon 3rd position A + T content (L2: 76.1 +/- 4.2%; E4: 58.6 +/- 4.5%). The E4 ORF, uniquely amongst the HPV ORFs, is G + C rich, while the other ORFs are A + T rich. Codon usage bias correlates positively with A + T content at the codon 3rd position in the E2, E6, L1 and L2 ORFs, but negatively in the E4 ORFs. A general conservation of preferred codon usage across human and non-human PV genotypes whether they originate from a same supergroup or not, together with observed difference between the preferred codon usage for HPV ORFs and for genes of the cells they infect, suggests that specific codon usage bias and A + T content variation may somehow increase the replicational fitness of HPVs in mammalian epithelial cells, and have practical implications for gene therapy of HPV infection. (C) 2003 Elsevier B.V. All rights reserved.

A elaboração e instituição do currículo mínimo de matemática no Rio de Janeiro

O currículo traz subjacente a si, as ideias de seu tempo, o olhar de sua sociedade para questões humanas e outras tacitamente políticas. Traz em seu escopo toda uma trama de heranças históricas e a marca pessoal daqueles que se dedicaram a sua construção. E desta forma, analisar as tramas de um currículo de matemática é muito mais que olhar uma sequência de conteúdos linearmente organizados. É, sobretudo, entender, que aquela construção foi tecida de forma a sustentar um corpo de ideias que diz sobre seu tempo. Esta pesquisa evidenciou o processo de elaboração e instituição do currículo mínimo pela Seeduc/RJ e trouxe questionamentos e inquietações de naturezas cognitivas e sociais. Uma primeira inquietação concerne ao descarte de conteúdos do currículo anterior, que configura agora, este novo currículo. Esse processo de elaboração e instituição refletiu a inexistência de diálogo entre os diversos segmentos sociais e profissionais do campo educacional. Interesses governamentais interferiram diretamente nos educacionais, subtraindo a democracia das ações de políticas públicas implementadas. Ficou evidente que não houve clareza conceitual quando dessa e em contraste até mesmo com propostas nacionais e a legislação vigente. Através do Currículo Mínimo buscou-se unificar toda a rede de ensino da Seeduc/RJ, dentro de uma perspectiva academicista limitada, desconsiderando as especificidades locais e de cada grupo. Desta forma, foi desconsiderada a dialética educacional e a retórica da matemática enquanto disciplina acadêmica, que é uma forma particular da relação social. O processo instituído evidencia uma visão de professores passivos e alunos considerados mínimos.

A resistência ao currículo de história para o ensino médio prescrito pela Secretaria de Estado da Educação do Estado do Espírito Santo

Esta pesquisa analisou a resistência ao currículo de História para o ensino médio prescrito pela Secretaria de Estado da Educação do Estado do Espírito Santo (Sedu) em 2009, para ser desenvolvido em sua rede de ensino pelos professores dessa etapa da educação básica. Seu objetivo foi investigar as causas de resistências assentadas ao documento e identificar a que os professores resistem, por que os professores resistem e como os professores estão materializando sua resistência a ele. Por resistência entende-se o conjunto de práticas exercidas pelos professores que se anunciam sob a forma de oposição, na tentativa de barrar a dominação, de não perder sua identidade. Uma resistência consciente que, apesar de rejeitar, não nega o currículo. Porém, a ele não se submete passivamente, numa posição de quem reivindica sua reelaboração, sua reinvenção. Para fundamentação teórica, ocorreram pesquisas e estudos de produções e conceitos sobre currículo, resistência, ensino médio e suas relações com a educação. O trabalho encontra-se na área de educação, na linha de pesquisa Cultura, Currículo e Formação de Educadores. A pesquisa é de cunho qualitativo e amparou-se na abordagem narrativa. Como procedimentos metodológicos, apoiou-se na análise documental e bibliográfica, questionário pré-estruturado, observações e conversas com quatro professoras de História de ensino médio no município de Afonso Cláudio, Estado do Espírito Santo. Com o cotejamento dos dados produzidos, o pressuposto apresentado neste trabalho foi confirmado. Como dimensões geradoras de resistências, ficaram evidenciadas a prescrição, considerando que as professoras ajuízam ser essa uma atribuição delas, junto com a escola; a organização dos conteúdos apresentada pela Sedu; a ausência de linearidade dos acontecimentos históricos; a disposição dos saberes por eixos temáticos; a orientação pelo trabalho interdisciplinar; a desvinculação dos conteúdos de cada série/ano do livro didático; a exigência burocrática com a implantação do currículo. A contribuição do trabalho para a Rede Estadual de Ensino foi a problematização da resistência ao currículo, artefato educacional que pode produzir estabilidades ou tensões entre os sujeitos que o envolvem, podendo ser útil para discussões posteriores. Para as educadoras, o trabalho foi relevante por ter promovido espaço de debates sobre o currículo de História do ensino médio no decurso das conversas na escola.

Das prescrições às práticas de pesquisa/formação compartilhadas : o lugar do livro didático na educação física

Investiga o livro didático na Educação Física tendo como fonte a produção acadêmica publicada em periódicos, a forma e conteúdo de sete propostas didáticopedagógicas e a análise de proposta construída pelo Proteoria, que tem como eixo central as práticas pedagógicas de professores. Caracteriza-se como uma pesquisa plurimetodológica, utilizando-se de estudo bibliográfico, documental e da (auto)biografia. Na pesquisa bibliográfica, mapeia e analisa textos que abordam propostas didático-pedagógicas para o ensino da Educação Física e aponta aumento de interesse sobre o tema, sobretudo a partir da década de 2000, publicações que têm sido produzidas na relação de parceria entre consultores das universidades e professores das instituições escolares, valorizando a participação dos docentes. Na pesquisa documental, analisa sete propostas didáticopedagógicas com o objetivo de investigar, nas suas formas, os dispositivos de leitura elaborados para projetar as práticas pedagógicas, e, no conteúdo, as representações sobre identidade da Educação Física como componente curricular. Conclui que essas propostas são produto da parceria entre universidade e instituições escolares, dialogando com os professores das redes de ensino. Suas formas e conteúdo indicam relação com as atuais políticas nacionais de reconfiguração da educação básica pelos princípios da integralização, interdisciplinaridade em áreas de conhecimento, especialmente no ensino médio. Na pesquisa (auto)biográfica, ao investigar o livro didático produzido pelos professores de Educação Física das redes de ensino da Grande Vitória-ES em parceria com docentes e alunos da Universidade Federal do Espírito Santo, observa coerências entre o propósito do projeto, como o protagonismo e autoria do professor, a produção de conhecimento a partir das experiências e o livro didático como caixa de utensílios. Discute, ainda, a necessidade de se aprofundar a progressão e complexidade dos conteúdos, o diálogo entre diferentes conhecimentos escolares e a valorização do protagonismo dos alunos na produção de livros didáticos.

Educação física e cidadania : a gestão da Secretaria de Educação do município de Vitória

O objetivo da presente pesquisa é compreender quais são as ações da Secretaria Municipal de Educação de Vitória (Seme) para que a Educação Física, enquanto componente curricular, atue no sentido de promover e garantir a cidadania. A relevância da pesquisa está na importância em se discutir a cidadania na formação escolar e em levantar dados que apontem as ações da gestão educacional do Município no sentido de garantir que a Educação Física cumpra um de seus objetivos, a saber, a formação de cidadãos. Trata-se de uma pesquisa qualitativa, de abordagem exploratória/descritiva. Para coleta de dados, utilizou-se documentos da Seme, bem como a realização de uma entrevista coletiva na qual estavam presentes professores de Educação Física que atuam administrativamente na Secretaria. O desenvolvimento do estudo se procedeu em três etapas: no primeiro momento, foi realizado um levantamento bibliográfico; na segunda etapa, efetivou-se a análise documental nas Diretrizes Curriculares da Prefeitura Municipal de Vitória (PMV) e na Lei 4747/98 que institui o Sistema de Ensino do Município; na última etapa, realizamos uma entrevista coletiva com gestores da Seme com formação em Educação Física. A técnica utilizada para a tabulação dos dados foi a análise de conteúdo, que nos permitiu efetivar um recorte dos textos de acordo com os conteúdos mais significativos, para o posterior agrupamento e categorização das unidades de respostas. Mediante o percurso metodológico descrito acima, foi possível compreender a organização/funcionamento da Coordenação de Desportos da Secretaria, assim como suas ações voltadas para que a Educação Física se reconheça enquanto promotora de cidadania e colabore com a formação cidadã. Constatou-se que expressões como “cidadania”, “direito”, “participação” e “emancipação” aparecem mais no discurso dos gestores, e menos nos documentos e nas ações. Desse modo, pontuamos que se torna evidente que poucas são as estratégias sistematizadas por meio da Seme para que a Educação Física, enquanto componente curricular, possa cooperar com a formação cidadã.

A poesia nos livros didáticos : contribuição para um projeto educativo emancipatório

Este estudo tem por objetivo analisar poemas transcritos em livros didáticos do Ensino Médio adotados por escolas públicas, a partir do ano 2012, o estudo que as obras fazem dos poemas, o conteúdo das obras relacionado à poesia e à literatura e o trabalho que os professores fazem com os poemas em suas aulas, para verificar o possível potencial desestabilizador desses textos, relacionado à orientação dos discentes quanto à desigualdade e à exclusão social, em consonância com a ideologia de um Projeto Educativo Emancipatório sugerido por Boaventura de Sousa Santos. A pesquisa fundamenta-se nos pressupostos do “método crítico” de Bloch e as análises efetivadas possuem aspecto quantitativo e qualitativo. As informações dos docentes foram colhidas por meio de uma entrevista semiestruturada. Foi possível identificar que os poemas, em geral, nas duas obras, ocorrem em grande quantidade, contudo, em um número reduzido, se considerados aqueles que abordam situações de desigualdade e exclusão social; que há fragilidades importantes no estudo que as obras fazem deles, como uma pobre ou inexistente exploração do sentido textual, que dificulta um trabalho educativo crítico com os alunos; que os conteúdos relacionados à poesia e à literatura estão dispostos de forma fragmentada e desarticulada nas obras, comprometendo a aquisição de um conhecimento global pelos alunos; e que há, por parte dos docentes, um significativo trabalho com poemas, em geral, e um considerável trabalho com poemas do livro didático no sentido de orientar os alunos quanto à realidade social. Concluímos, então, que, apesar das inconsistências indicadas, nos poemas e nas obras, se os professores, conforme nos orienta Dalvi, encararem o livro didático como espaço de rasura e construírem novas visões sobre os seus conteúdos, de maneira a “trapacear” a “trapaça” que ele faz, podem torná-lo mais acessível e educativo para os alunos. Afinal, temos a potência da poesia do livro didático e a possibilidade dos docentes, que sinalizam para a possível tarefa de mostrar aos discentes situações de desigualdade e exclusão do passado, com o intuito de desestabilizá-los, no presente, em consonância com a ideia do supracitado Projeto.

Tecnologias e metodologias na ensinagem de inglês no século XXI : elaboração e análise de webquests

Este trabalho tem como objetivo geral apresentar mecanismos de análise e validação de propostas de material didático na forma de Webquests e, com base nesses mecanismos, elaborar e validar três propostas de material didático em forma de WebQuests criticamente situados para a ensinagem de inglês como língua adicional. As WebQuests elaboradas visam priorizar o desenvolvimento do letramento digital crítico e da competência comunicativa em inglês como língua adicional do aprendiz. A WebQuest se insere na perspectiva de uma metodologia que tem esse mesmo nome e consiste na proposta de uma pesquisa orientada e organizada em etapas em que toda ou grande parte do conteúdo a ser acessado e necessário para a realização da(s) tarefa(s) encontra-se disponível online (DODGE, 1995). A metodologia deste estudo é de cunho qualitativo e também se insere na perspectiva da metodologia de desenvolvimento. O design metodológico dessa investigação foi organizado em três etapas, quais sejam, a análise de necessidades, a elaboração de três WebQuests e a análise das WebQuests elaboradas a partir de uma rubrica. A revisão de literatura, que constituiu parte da análise de necessidades, sugere que as demandas do século XXI exigem maior atenção e investimento para o desenvolvimento de letramentos múltiplos e críticos, de competências comunicativas e interacionais e de formação de cidadania. A análise de WebQuests disponíveis para ensinagem de inglês no principal sítio brasileiro de WebQuests, que compôs a segunda parte da análise de necessidades desse estudo, evidenciou a escassez de WebQuests que abordam de forma significativa tanto as questões do letramento digital crítico quanto os aspectos da competência comunicativa na língua adicional do indivíduo. A análise de necessidades como um todo forneceu subsídios relevantes para o processo de elaboração das WebQuests propostas neste estudo, que também se embasou nas diretrizes e princípios do modelo WebQuest e em grande parte do seu embasamento teórico. Como fase final deste estudo, as três WebQuests elaboradas foram submetidas à validação a partir de uma rubrica criada especialmente para esse propósito. Os resultados das análises de validação das três WebQuests elaboradas sugerem que a proposta desses materiais é válida sob o ponto de vista teórico, pois mostram que as ferramentas criadas vão ao encontro da proposta do modelo WebQuests de Dodge (1995, 2001) e das recomendações de qualidade sugeridas por Bottentuit Junior e Coutinho (2008a, 2012), bem como estão ancoradas na teoria sócio-construtivista e do ensino situado e nos princípios metodológicos da abordagem de ensino baseada em tarefas e da abordagem de ensino de conteúdos diversos por meio da língua (CLIL). Concluímos que as três WebQuests são materiais de ensinagem de inglês que fogem do enfoque tradicional conteudista historicamente voltado para o ensino de vocabulário e gramática na língua-alvo, extrapolando os objetivos linguísticos para alcançar também objetivos sociais e culturais da ensinagem de inglês como língua adicional, na medida em que se trabalha paralelamente (e intencionalmente, por entender que ambos se complementam) o desenvolvimento da competência comunicativa e do letramento digital crítico do indivíduo, contribuindo, assim, para a sua formação cidadã e colaborando para a “inclusão” do aprendiz no mundo social e digital.

A experiência de mulheres e a decisão pelo aborto provocado em uma região do Espírito Santo, Brasil

O escopo deste trabalho buscou compreender as percepções de mulheres que passaram pela decisão do aborto provocadona Microrregião de São Mateus (norte do estado do Espírito Santo, Brasil), a partir do percurso e das interações que se sustentaram nesse processo. Foram realizadas entrevistas com roteiro semiestruturado com sete mulheres sobre essa experiência no ambiente domiciliar dos sujeitos do presente estudo. Os dados foram colhidos em entrevistas abertas e foram analisados à luz do referencial teórico de autores que discorrem acerca do tema e também acerca da ciência bioética.O estudo apresenta seis categorias: O aborto na perspectiva da decisão íntima; o aborto como fonte de revelações de sentimentos; o contemplar peremptório da atitude;técnicas empregadas na intencionalidade e no ato de abortar; sustentando a decisão pelas relações comunitárias; e conteúdos e confidências femininas. A experiência das mulheres foi marcada poruma diversidade de sentimentos, como tristeza, culpa, arrependimento, desespero e dor emocional, todavia, também, pelo alívio com o fim da gravidez e do risco de morte. Angústia adicional foi condicionadaa partir da percepção de fatores contribuintes da decisão, como falta de condições financeiras, falta de apoio da família ou do parceiro e instabilidade no relacionamento com parceiro. Este estudo também sinalizou que o caráter cultural e histórico da gestação, no sentido da norma social, faz-se presente nas mulheres que vivenciam o aborto provocado; demonstrou que as mulheres do presente estudo encontram-se à margem das políticas públicas e de saúde; assinalou que os programas de planejamento familiar ou de saúde reprodutiva deveriam ser estruturados de forma a ajudar também a lidar com problemas de destituição social, econômica e educacional dessa população vulnerada, no sentido de que essas mulheres ultrapassem a proteção social básica e sejam amparadas por serviços de saúde, que constituam espaços equânimes de escuta, orientação e resolução.

SPAD-502 readings in response to photon fluence in leaves with different chlorophyll content

The chlorophyll meter (SPAD-502) is widely used to estimate chlorophyll content, but non-uniform chloroplast distribution can affect its accuracy. This study aimed to assess the effect of photon fluence (F, irradiance x time of illumination) in leaves with different chlorophyll content and determine the effect of chlorophyll a/b on SPAD values of four tropical tree species (Croton draconoides Müll. Arg., Hevea guianensis Aubl., Hymenaea courbaril L. and Matisia cordata H.B.K.). There were also determined calibration equations for the chlorophyll meter and assessed the effect of F on SPAD values between 07:00 h and 17:00 h. Calibration equations were obtained after determining leaf chlorophyll content in the laboratory. Increases in F with time caused a reduction in SPAD values in species with a high chlorophyll content, with reductions of 20% in M. cordata and 10% in H. guianensis. Leaves of C. draconoides and H. courbaril had lower chlorophyll content and showed no changes in SPAD values with increase in F. The chlorophyll a/b ratio increased with SPAD values and the SPAD/chlorophyll relationship was best described by an exponential equation. It seems that F may affect SPAD values in leaves with high chlorophyll content, probably due to non-uniform chloroplast distribution at high irradiance. This indicates that SPAD values tend to be more accurate if recorded early in morning when irradiance is low.

Correlation between grain nutritional content and pasting properties of pre-gelatinized red rice flour

As with any variety of rice, red rice characteristics are subject to varietal differences, growing conditions, types of processing, and nutritional and rheological properties. This study determined the nutritional characteristics (centesimal composition and minerals) and paste viscosity properties of raw grains of four red rice genotypes (Tradicional MNAPB0405, MNACE0501 and MNACH0501) and the paste viscosity properties of pre-gelatinized flours obtained at different cooking times (20, 30 and 40 min). The main nutritional properties were correlated with the pasting properties of the pre-gelatinized flours. The samples showed differences in nutritional properties and paste viscosity. MNAPB0405 and MNACE0501 showed higher levels of fiber and fat and provided higher caloric energy than Tradicional and MNACH0501, which, in turn, showed higher levels of amylose. MNACH0501 showed higher peak viscosity (2402 cP), higher breakdown viscosity (696 cP) and a greater tendency to retrogradation (1510 cP), while Tradicional, MNAPB0405 and MNACE0501 had pasting profiles with peak viscosities varying between 855 and 1093 cP, breaking viscosity below 85 cP and retrogradation tendency between 376 and 1206 cP. The factors genotype and cooking time influenced the rheological behavior of pre-gelatinized flours, decreasing their pasting properties. The protein and amylose levels are correlated with the pasting properties and can be used as indicators of these properties in different genotypes of red rice, whether raw or processed into pre-gelatinized flours.

Carbon Nanofiber Type and Content Dependence of the Physical Properties of Carbon Nanofiber Reinforced Polypropylene Composites

The variation of the physical properties of four differ- ent carbon nanofibers (CNFs), based-polymer nano- composites incorporated in the same polypropylene (PP) matrix by twin-screw extrusion process was investigated. Nanocomposites fabricated with CNFs with highly graphitic outer layer revealed electrical isolation-to-conducting behaviors as function of CNF’s content. Nanocomposites fabricated with CNFs with an outer layer consisting on a disordered pyro- litically stripped layer, in contrast, revealed better mechanical performance and enhanced thermal sta- bility. Further, CNF’s incorporation into the polymer increased the thermal stability and the degree of crystallinity of the polymer, independently on the filler content and type. In addition, dispersion of the CNFs’ clusters in PP was analyzed by transmitted light opti- cal microscopy, and grayscale analysis (GSA). The results showed a correlation between the filler concentration and the variance, a parameter which measures quantitatively the dispersion, for all composites. This method indicated a value of 1.4 vol% above which large clusters of CNFs cannot be dispersed effectively and as a consequence only slight changes in mechanical performance are observed. Finally, this study establishes that for tailoring the physical properties of CNF based-polymer nanocomposites, both adequate CNFs structure and content have to be chosen.

Effect of filler content on morphology and physical-chemical characteristics of poly(vinylidene fluoride)/NaY-zeolite filled membranes

Poly(vinylidene fluoride) electrospun membranes have been prepared with different NaY zeolite contents up to 32%wt. Inclusion of zeolites induces an increase of average fiber size from ~200 nm in the pure polymer up to ~500 nm in the composite with 16%wt zeolite content. For higher filler contents, a wider distribution of fibers occurs leading to a broader size distributions between the previous fiber size values. Hydrophobicity of the membranes increases from ~115º water contact angle to ~128º with the addition of the filler and is independent on filler content, indicating a wrapping of the zeolite by the polymer. The water contact angle further increases with fiber alignment up to ~137º. Electrospun membranes are formed with ~80 % of the polymer crystalline phase in the electroactive  phase, independently on the electrospinning processing conditions or filler content. Viability of MC3T3-E1 cells on the composite membranes after 72 h of cell culture indicates the suitability of the membranes for tissue engineering applications.

Leaf area and epicuticular wax content of Sida spp

Morpho-physiological characteristics and chemical composition are directly related to superior competitive ability of crops. This study intended to make a comparative analysis of dry matter production, leaf area and amount of epicuticular wax of three species of Sida spp: S. urens L., S. rhombifolia L. and S. spinosa L. Plants were collected at three growth stages: V1: stage described as up to 10 fully expanded leaves; V2: between 11 leaves and flowering; and R: after flowering. At stages V2 and R, the highest number of leaves was recorded for S. rhombifolia, followed by S. spinosa at V2 and S. urens at R. These results were relatively proportional to leaf area for all species. S. spinosa at the vegetative stage produced the highest values of specific leaf area (SLA), with no significant differences between species at the stage R. The amount of wax per unit of leaf area between species at the same developmental stage was significantly different only at the reproductive stage, where S. spinosa produced 23.18 and 6.23 fold more wax than S. urens and S. rhombifolia respectively. Between the growth stages of each species, there was decrease in the amount of wax with plant age and increase in leaf area (AFE), number of leaves and dry matter. The leaves of the Sida species exhibit different characteristics and this information can be used to optimize the use of herbicides in the control of these weeds.

Effect of biostimulant application on production and flavonoid content of marigold (Calendula officinalis L.)

The production of medicinal plants as raw material for industry must associate quality with biomass formation and, with this purpose, the application of plant growth regulators has been studied in these crops. The objective of this study was to evaluate the effect of a biostimulant on growth, inflorescence production and flavonoid content in marigold. The experiment was conducted in a greenhouse and the treatments consisted of increasing doses of the biostimulant (0, 3, 6, 9, 12 and 15 mL L-1) applied by foliar spraying in ten consecutive applications. The experiment was arranged in a completely randomized design, with six treatments and ten repetitions. The number of leaves and flowerheads and dry matter of roots increased linearly with increasing doses of the growth promoter, with 20%, 36.97% and 97.28% increases, respectively, compared with the control. The total dry mass and shoot dry mass showed maximum values at the highest dose tested of 15 mL L-1 (with increases of 40.09% and 46.30%, respectively). Plant height and flavonoid content reached the highest values at a dose of 6 mL L-1. The biostimulant promoted the development of marigold and positively influenced the synthesis of the secondary compound of medicinal interest. Among the tested doses, the application of rates between 6 and 9 mL L-1 of the biostimulant is recommended for more efficient large-scale production of marigold.