Évolution de familles de gènes par duplications et pertes : algorithmes pour la correction d’arbres bruités

Les gènes sont les parties du génome qui codent pour les protéines. Les gènes d’une ou plusieurs espèces peuvent être regroupés en "familles", en fonction de leur similarité de séquence. Cependant, pour connaître les relations fonctionnelles entre ces copies de gènes, la similarité de séquence ne suffit pas. Pour cela, il est important d’étudier l’évolution d’une famille par duplications et pertes afin de pouvoir distinguer entre gènes orthologues, des copies ayant évolué par spéciation et susceptibles d’avoir conservé une fonction commune, et gènes paralogues, des copies ayant évolué par duplication qui ont probablement développé des nouvelles fonctions. Étant donnée une famille de gènes présents dans n espèces différentes, un arbre de gènes (obtenu par une méthode phylogénétique classique), et un arbre phylogénétique pour les n espèces, la "réconciliation" est l’approche la plus courante permettant d’inférer une histoire d’évolution de cette famille par duplications, spéciations et pertes. Le degré de confiance accordé à l’histoire inférée est directement relié au degré de confiance accordé à l’arbre de gènes lui-même. Il est donc important de disposer d’une méthode préliminaire de correction d’arbres de gènes. Ce travail introduit une méthodologie permettant de "corriger" un arbre de gènes : supprimer le minimum de feuilles "mal placées" afin d’obtenir un arbre dont les sommets de duplications (inférés par la réconciliation) sont tous des sommets de "duplications apparentes" et obtenir ainsi un arbre de gènes en "accord" avec la phylogénie des espèces. J’introduis un algorithme exact pour des arbres d’une certaine classe, et une heuristique pour le cas général.

DECOR : détection et correction des défauts dans les systèmes orientés objet

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Les différences entre la correction de textes manuscrits et la correction de textes dactylographiés et imprimés par ordinateur

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

L'apport des correcticiels pour la correction de textes d'élèves du secondaire

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Characterization of in vivo vertebral growth modulation by shape memory alloy staples on a porcine model for the correction of the scoliosis

La recherche de nouvelles voies de correction de la scoliose idiopathique a une longue histoire. Le traitement conventionnel de la scoliose idiopathique est présenté par le port du corset ou par la correction opératoire de la déformation. Depuis leur introduction, les deux méthodes ont prouvé leur efficacité. Cependant, malgré des caractéristiques positives évidentes, ces méthodes peuvent causer un nombre important d'effets indésirables sur la santé du patient. Les techniques sans fusion pour le traitement de la scoliose semblent être une alternative perspective de traitement traditionnel, car ils apportent moins de risques et des complications chirurgicales que les méthodes conventionnelles avec la conservation de la mobilité du disque intravertébral. Cependant, l'utilisation de techniques mentionnées exige une connaissance profonde de la modulation de croissance vertébrale. L'objectif principal de la présente étude est d'estimer le potentiel d'agrafes à l’AMF de moduler la croissance des vertèbres porcines en mesurant la croissance osseuse sur la plaque de croissance de vertèbres instrumentées en comparaison avec le groupe contrôle. La méthode est basée sur la loi de Hueter-Volkmann. Nous avons choisi NiTi agrafes à l’AMF pour notre étude et les porcs de race Landrace comme un animal expérimental. Les agrafes ont été insérés sur 5 niveaux thoracique de T6 à T11. En outre, les radiographies ont été prises toutes les 2 semaines. La présence d'agrafes en alliage à mémoire de forme a produit la création de courbes scoliotiques significatives dans 4 de 6 animaux chargés et le ralentissement considérable de la croissance osseuse (jusqu'à 35,4%) comparativement aux groupes contrôle et sham. L'étude a démontré in vivo le potentiel d'agrafes en alliage à mémoire de formes de moduler la croissance des vertèbres en créant des courbes scoliotiques sur les radiographies et en ralentissant le taux de croissance sur les plaques de croissance instrumenté. La position précise de l'agrafe est essentielle pour la modulation de croissance osseuse et le développement de la scoliose expérimentale.

La fiscalité et l'inflation au Rwanda: Une analyse empirique basée sur le modèle à correction d'erreur.

Rapport de recherche présenté à la Faculté des arts et des sciences en vue de l'obtenion du grade de Maîtrise en sciences économiques.

Les appareils myofonctionnels de correction de la Classe II : l’EMG.

Introduction: La correction de la Classe II avec un appareil myofonctionnel est un traitement commun chez les patients en croissance. Le Twin Block et le correcteur de Classe II fixe (CCF) sont des appareils populaires et plusieurs publications scientifiques ont décrit leurs effets sur les tissus orofaciaux. Plusieurs articles rapportent les changements de l’électromyographie des muscles de la mastication durant le traitement avec un Twin Block, mais peu d’articles ont étudié ces changements avec un CCF. Comme le Twin Block et le CCF ont des biomécaniques différentes, leur influence sur les muscles est possiblement différente. Objectifs: Évaluer les adaptations musculaires suite à un traitement par appareil myofonctionnel : Twin Block et CCF. Matériels et méthodes: Dans une étude cohorte prospective, 24 patients en pic de croissance ont été assignés aléatoirement à un traitement (13 Twin Block; 11 CCF) et l’EMG des muscles masséters et temporaux a été mesurée à 1, 5, 13, 21, 29, 37 semaines. Les muscles ont été mesurés sous trois états: au repos, en occlusion centré (OC) et en contraction volontaire maximal (CVM) Résultats: Les données ont été analysées à l’aide d’un modèle mixte linéaire à mesures répétées et ont été documentées pour chaque muscle selon quatre conditions: i- avec Twin Block en bouche, ii- sans Twin Block en bouche iii- avec CCF en bouche et iv- sans Twin Block comparé au groupe avec CCF. Dans la condition i, des résultats significatifs ont été observés au repos pour le masséter droit et gauche, ainsi que le temporal gauche avec une valeur-p≤0.005. En CVM, la condition i montre aussi des résultats significatifs pour le masséter droit et le temporal gauche avec une valeur-p≤0.05. Les conditions ii et iii ont obtenu des résultats non-significatifs en tout temps. Par contre, lorsque ces deux conditions sont comparées l’une à l’autre (condition iv), des résultats significatifs ont été obtenus en OC pour les temporaux gauche et droit avec une valeur-p=0.005. Conclusions: Avec le Twin Block en bouche, l’EMG augmente au cours du temps en CVM, mais diminue en OC. Par contre, sans le Twin Block en bouche et avec le CCF en bouche, l’EMG ne varie pas. Cependant, le Twin Block et le CCF sont différents au niveau des mesures de l’EMG au cours des neuf mois de traitement. Ceci peut être expliqué par le nivellement graduel de l’occlusion postérieure durant le traitement avec le CCF qui ne se produit pas avec le Twin Block.

Documenter les pratiques évaluatives de trois enseignants du primaire au Sénégal au regard de la rétroaction écrite en correction de textes d'élèves du CM1

Notre recherche s’inscrit dans le cadre de l’adoption par le Sénégal de l’approche par compétences avec des pratiques évaluatives favorisant la réussite du plus grand nombre d’élèves. Parmi ces pratiques, figurent celles liées à l’évaluation formative et particulièrement aux rétroactions écrites, pouvant prolonger les activités d’apprentissage (Scallon, 2004; OCDE, 2005) et permettre la maîtrise des acquis. De ce point de vue, nous avons examiné les façons de faire l’évaluation formative de trois enseignants sénégalais du primaire. Le but est de documenter leurs façons de pratiquer la rétroaction écrite avant et après une expérimentation des annotations selon les modèles de Rodet (2000) et de Lebœuf (1999). Dans cette optique, notre recherche puise ses fondements dans les recherches qualitatives liées au paradigme naturaliste (Fortin, 2010; Deslauriers et Kérésit, 1997; Savoie-Zajc et Karsenti, 2011). Plus précisément, nous avons opté pour une recherche-formation au travers de la double démarche que nous avons empruntée. D’une part, l’étude est parcourue par une démarche de recherche qualitative telle que Fortin (2010) la conçoit, et ce, à des fins de compréhension des pratiques de rétroaction écrite des enseignants ciblés. D’autre part, le chercheur suit une démarche de formation en s’appuyant sur les travaux de Galvani (1999) et de Lafortune (2006), avec comme visée l’expérimentation de la pratique des annotations. Comme instruments de collecte, nous avons utilisé l’entrevue individuelle semi-structurée ainsi que deux guides d’entretien, en plus des deux grilles de recueil d’annotations. L’analyse des données a permis de constater que, en amont de l’expérimentation, la rétroaction écrite est constituée essentiellement de signes divers, de notes chiffrées et de commentaires sous forme d’appréciations globales. En aval, elle se compose majoritairement d’annotations à formulations positive et constructive à contenu cognitif, et des commentaires injonctifs, verdictifs et explicatifs. Au final, les enseignants trouvent cette nouvelle façon de faire avantageuse en termes de réussite des élèves mais contraignante au vu de son caractère chronophage. Cette recherche ouvre, entre autres, sur une étude traitant des liens entre annotations et réussite des élèves.

An Improved Color Video Super-Resolution Using Kernel Regression and Fuzzy Enhancement

An improved color video super-resolution technique using kernel regression and fuzzy enhancement is presented in this paper. A high resolution frame is computed from a set of low resolution video frames by kernel regression using an adaptive Gaussian kernel. A fuzzy smoothing filter is proposed to enhance the regression output. The proposed technique is a low cost software solution to resolution enhancement of color video in multimedia applications. The performance of the proposed technique is evaluated using several color videos and it is found to be better than other techniques in producing high quality high resolution color videos

Automatic Optic Disc Boundary Extraction from Color Fundus Images

Efficient optic disc segmentation is an important task in automated retinal screening. For the same reason optic disc detection is fundamental for medical references and is important for the retinal image analysis application. The most difficult problem of optic disc extraction is to locate the region of interest. Moreover it is a time consuming task. This paper tries to overcome this barrier by presenting an automated method for optic disc boundary extraction using Fuzzy C Means combined with thresholding. The discs determined by the new method agree relatively well with those determined by the experts. The present method has been validated on a data set of 110 colour fundus images from DRION database, and has obtained promising results. The performance of the system is evaluated using the difference in horizontal and vertical diameters of the obtained disc boundary and that of the ground truth obtained from two expert ophthalmologists. For the 25 test images selected from the 110 colour fundus images, the Pearson correlation of the ground truth diameters with the detected diameters by the new method are 0.946 and 0.958 and, 0.94 and 0.974 respectively. From the scatter plot, it is shown that the ground truth and detected diameters have a high positive correlation. This computerized analysis of optic disc is very useful for the diagnosis of retinal diseases

El mundo es de color.

Crear situaciones de aprendizaje significativas y funcionales para el alumnado de Infantil a través del acercamiento al mundo del arte, teniendo como centros de interés pintores andaluces y universales.

The Computation of Color

This thesis takes an interdisciplinary approach to the study of color vision, focussing on the phenomenon of color constancy formulated as a computational problem. The primary contributions of the thesis are (1) the demonstration of a formal framework for lightness algorithms; (2) the derivation of a new lightness algorithm based on regularization theory; (3) the synthesis of an adaptive lightness algorithm using "learning" techniques; (4) the development of an image segmentation algorithm that uses luminance and color information to mark material boundaries; and (5) an experimental investigation into the cues that human observers use to judge the color of the illuminant. Other computational approaches to color are reviewed and some of their links to psychophysics and physiology are explored.

A Vector Signal Processing Approach to Color

Surface (Lambertain) color is a useful visual cue for analyzing material composition of scenes. This thesis adopts a signal processing approach to color vision. It represents color images as fields of 3D vectors, from which we extract region and boundary information. The first problem we face is one of secondary imaging effects that makes image color different from surface color. We demonstrate a simple but effective polarization based technique that corrects for these effects. We then propose a systematic approach of scalarizing color, that allows us to augment classical image processing tools and concepts for multi-dimensional color signals.

Role of color in face recognition

One of the key challenges in face perception lies in determining the contribution of different cues to face identification. In this study, we focus on the role of color cues. Although color appears to be a salient attribute of faces, past research has suggested that it confers little recognition advantage for identifying people. Here we report experimental results suggesting that color cues do play a role in face recognition and their contribution becomes evident when shape cues are degraded. Under such conditions, recognition performance with color images is significantly better than that with grayscale images. Our experimental results also indicate that the contribution of color may lie not so much in providing diagnostic cues to identity as in aiding low-level image-analysis processes such as segmentation.

Un jardín con aroma y color.

Seleccionado en la convocatoria: Ayudas a la innovación e investigación educativa en centros docentes de niveles no universitarios, Gobierno de Aragón 2010-11