Copy number variation in the porcine genome inferred from a 60 k SNP BeadChip

Background: Recent studies in pigs have detected copy number variants (CNVs) using the Comparative Genomic Hybridization technique in arrays designed to cover specific porcine chromosomes. The goal of this study was to identify CNV regions (CNVRs) in swine species based on whole genome SNP genotyping chips. Results: We used predictions from three different programs (cnvPartition, PennCNV and GADA) to analyze data from the Porcine SNP60 BeadChip. A total of 49 CNVRs were identified in 55 animals from an Iberian x Landrace cross (IBMAP) according to three criteria: detected in at least two animals, contained three or more consecutive SNPs and recalled by at least two programs. Mendelian inheritance of CNVRs was confirmed in animals belonging to several generations of the IBMAP cross. Subsequently, a segregation analysis of these CNVRs was performed in 372 additional animals from the IBMAP cross and its distribution was studied in 133 unrelated pig samples from different geographical origins. Five out of seven analyzed CNVRs were validated by real time quantitative PCR, some of which coincide with well known examples of CNVs conserved across mammalian species. Conclusions: Our results illustrate the usefulness of Porcine SNP60 BeadChip to detect CNVRs and show that structural variants can not be neglected when studying the genetic variability in this species.

Koboltin ja nikkelin poisto sinkkisulfaattiliuoksesta ioninvaihdolla

Työssä tutkittiin kahden silikapohjaisen erotusmateriaalin soveltuvuutta nikkelin ja koboltin poistoon sinkkisulfaattiliuoksista. Suurin osa kokeista tehtiin ioninvaihtimella, jonka funktionaalinen ryhmä on iminodietikkahappo. Vertailuerotusmateriaalin toiminta perustui adsorptioon. Liuoksina käytettiin sekä autenttista prosessiliuosta että synteettistä ZnSO4-liousta. Ioninvaihtimen kestävyyskokeissa selvisi, että tutkittu ioninvaihdin kestää hyvin sekä 60 oC lämpötilan että happamia olosuhteita. Emäksisissä liuoksissa silikarunko ei kestä. Jo 0,1 M NaOH-liuos liuottaa merkittävästi hartsia vuorokauden aikana. Vaihtimen vetyionikapasiteetiksi saatiin titrauksella 2,3 mekv/g. Tasapainokokeilla saatiin selville, että ioninvaihdin on selektiivinen nikkelille sinkin suhteen ja että selektiivisyys kasvaa liuoksen pH:n laskiessa. Koboltille ioninvaihdin ei ole selektiivinen sinkin suhteen. Mikäli sinkin pitoisuus on tuhansia kertoja nikkelin pitoisuutta suurempi, ei ioninvaihtimen Ni-selektiivisyys riitä myöskään nikkelille. Synteettisillä ZnSO4-liuoksilla tehtyjen kolonnikokeiden perusteella havaittiin, että tutkitulla ioninvaihtimella voidaan laimeista ZnSO4-liuoksista poistaa nikkeliä selektiivisesti. Nikkelin eluointi onnistui helposti 1 M H2SO4:lla. Vertailukokeen perusteella oli ioninvaihtimen Ni/Zn-selektiivisyys referenssiadsorbentin Ni/Zn-selektiivisyyttä pienempi. Ioninvaihtokolonnin mallintaminen ei onnistunut riittävän hyvin kuvaamaan ioninvaihtimessa tapahtuvaa samanaikaista ioninvaihtoa ja adsorptiota. Sen sijaan kun kolonnissa oli vertailumateriaalina käytetty adsorbentti, saatiin kolonnikokeiden tulokset mallilla hyvin ennustettua.

Epäpuhtauksien poistaminen sinkkisulfaattiliuoksista käyttäen selektiivisiä ioninvaihtimia

Diplomityössä on tutkittu kuparin, koboltin, nikkelin ja kadmiumin poistamista sinkkisulfaattiliuoksista käyttäen uusia silikarunkoisia kelatoivia erotusmateriaaleja. Vertailukohteena on käytetty perinteisiä kaupallisia polymeerirunkoisia kelatoivia ioninvaihtohartseja. Laboratoriokokeissa selvitettiin erotusmateriaalien adsorptio- ja ioninvaihto-ominaisuuksia tasapaino- ja kolonnikokeilla. Silikarunkoisten erotusmateriaalien kemiallista kestävyyttä tutkittiin olosuhteissa, jotka vastaavat prosessisyklin eri vaiheita. Metallien adsorptiomekanismien selvittämiseksi erotusmateriaaleille tehtiin happo-emäs ja sulfaattititraukset. Tasapainokokeet osoittivat, että silikarunkoisilla erotusmateriaaleilla saatiin kupari erotettua väkevistä sinkkisulfaattiliuoksista polymeerirunkoisia kelatoivia ioninvaihtohartseja paremmin. Tutkituilla erotusmateriaaleilla ja ioninvaihtohartseilla ei havaittu merkittävää selektiivisyyttä koboltille, nikkelille tai kadmiumille sinkin ja kuparin läsnä ollessa. Kolonnikokeilla yritettiin löytää paras esikäsittely-lataus-eluointisykli kuparin talteenottoon väkevistä sinkkisulfaattiliuoksista silikarunkoisilla erotusmateriaaleilla. Kolonnikokeissa esikäsittely tehtiin laimealla NaOH:lla, jonka jälkeen petiin syötettiin hapanta sinkkisulfaattiliuosta. Eluointi onnistui hyvin laimealla rikkihapolla. Kolonnikokeiden tulokset osoittivat, että kupari on mahdollista erottaa väkevistä sinkkisulfaattiliuoksista. Silikarunkoisten erotusmateriaalien kemiallista kestävyyttä tutkittaessa havaittiin materiaalien kestävän hyvin happoja ja 60 oC:en lämpötilaa. Sitä vastoin alkaalisissa olosuhteissa tapahtui silikan liukenemista. Tutkituilla erotusmateriaaleilla havaittiin kuparin sitoutumista sekä ioninvaihtomekanismin avulla että sitoutuneena neutraalina suolana.

Análise microscópica do efeito da radioterapia fracionada por cobalto-60 em mandíbula de rato

OBJETIVO: O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito imediato e tardio da teleterapia fracionada por cobalto-60 sobre o percentual médio de osteoplastos em mandíbula de ratos. MATERIAIS E MÉTODOS: Os animais (n = 45) foram divididos em três grupos: grupo 1 (n = 15) - submetidos a teleterapia fracionada e sacrificados terminada a última dose de irradiação; grupo 2 - idêntico ao grupo 1, porém mortos 30 dias após a conclusão da teleterapia; grupo 3 (n = 15) - não-irradiado, servindo como grupo-controle. O protocolo radioterápico consistiu de 30 sessões de teleterapia, fracionadas em doses de 2 Gy/dia, totalizando 60 Gy. Após a perfusão dos animais com paraformaldeído a 4%, a hemimandíbula esquerda foi processada histologicamente. Secções seriadas (5 µm) foram coradas com hematoxilina-eosina. Selecionaram-se duas áreas próximas às raízes dos primeiros e segundos molares. O percentual médio de osteoplastos foi calculado nessa região, em duplicata, valendo-se do programa Image Tool. RESULTADOS: A análise de variância, complementada pelo teste de comparações múltiplas de Tukey, evidenciou que os grupos irradiados 1 e 2 não diferiram entre si, apresentando maiores percentuais de osteoplastos (p = 0,005) quando comparados com o grupo-controle. CONCLUSÃO: Concluiu-se que a teleterapia fracionada por cobalto-60, na dose estabelecida, provoca um aumento do número de osteoplastos em tecido ósseo mandibular de ratos.

The mediterranean diet pattern and its main components are associated with lower plasma concentrations of tumor necrosis factor receptor 60 in patients at high risk for cardiovascular disease

Adherence to aMediterranean diet (MD) is associated with a reduced risk of coronary heart disease. However, themolecular mechanisms involved are not fully understood. The aim of this studywas to compare the effects of 2MD with those of a lowfat- diet (LFD) on circulating inflammatory biomarkers related to atherogenesis. A total of 516 participants included in the PreventionwithMediterraneanDiet Studywere randomized into 3 intervention groups [MD supplementedwith virgin olive oil (MD-VOO); MD supplemented with mixed nuts (MD-Nuts); and LFD]. At baseline and after 1 y, participants completed FFQ and adherence to MD questionnaires, and plasma concentrations of inflammatory markers including intercellular adhesion molecule-1(ICAM-1), IL-6, and 2 TNF receptors (TNFR60 and TNFR80) were measured by ELISA. At 1 y, the MD groups had lower plasma concentrations of IL-6, TNFR60, and TNFR80 (P , 0.05), whereas ICAM-1, TNFR60, and TNFR80 concentrations increased in the LFD group (P , 0.002). Due to between-group differences, participants in the 2 MD groups had lower plasma concentrations of ICAM-1, IL-6, TNFR60, and TNFR80 compared to those in the LFD group (P # 0.028). When participants were categorized in tertiles of 1-y changes in the consumption of selected foods, those in the highest tertile of virgin olive oil (VOO) and vegetable consumption had a lower plasma TNFR60 concentration compared with those in tertile 1 (P,0.02).Moreover, the only changes in consumption thatwere associated with 1-y changes in the geometricmean TNFR60 concentrations were those of VOO and vegetables (P = 0.01). This study suggests that a MD reduces TNFR concentrations in patients at high cardiovascular risk.