Optimized strong stability preserving IMEX Runge-Kutta methods

Esta es la versión no revisada del artículo: Inmaculada Higueras, Natalie Happenhofer, Othmar Koch, and Friedrich Kupka. 2014. Optimized strong stability preserving IMEX Runge-Kutta methods. J. Comput. Appl. Math. 272 (December 2014), 116-140. Se puede consultar la versión final en https://doi.org/10.1016/j.cam.2014.05.011

Evaluation of rhizobacterial colonisation and the ability to induce Globodera pallida hatch

Three bacterial isolates, SB13 (Acinetobacter sp.), SB14 (Arthrobacter sp.) and SB15 (Bacillus sp.), were previously isolated from the rhizosphere of sugar beet (Beta vulgaris ssp. vulgaris) plants and shown to increase hatch of potato cyst nematodes in vitro. In this study, the three isolates were assayed for rhizosphere competence. Each isolate was applied to seeds at each of four concentrations (105-108 CFU ml−1) and the inoculated seeds were planted in plastic microcosms containing coarse sand. All three isolates were shown to colonise the rhizosphere, although to differing degrees, with the higher inoculation densities providing significantly better colonisation. The isolates increased sugar beet root and shoot dry weight. Isolates SB14 and SB15 were analysed for their ability to induce in vivo hatch of Globodera pallida in non-sterile soil planted with sugar beet. After 4 and 6 weeks, both isolates had induced significantly greater percentage hatch compared to controls.

Establecimiento de sistemas silvopastoriles : efecto de la edad del material de multiplicación y manejo del pastoreo con bovinos

El establecimiento de un sistema silvopastoril (SSP) en plantaciones de álamo (Populus deltoides `Australiano 106/60´) requiere de nuevas estrategias de manejo. En este contexto, la combinación del tipo de material de multiplicación utilizado y su palatabilidad pueden resultar determinantes del éxito de la instalación del sistema. El objetivo general del estudio fue generar una nueva tecnología para la instalación de un SSP con álamos orientado a la producción de madera para múltiples destinos. El primer objetivo consistió en evaluar los cambios que se producen en diferentes distancias de plantación sobre la dimensión y características morfológicas de las guías de álamo, materiales de multiplicación potencialmente aptos para instalar un SSP, y el segundo, determinar el efecto del tamaño y/o edad de las guías sobre el crecimiento del componente arbóreo y la sensibilidad al daño de las mismas frente al pastoreo de ganado bovino en un SSP de álamo. Los resultados indican que los mayores distanciamientos ensayados produjeron las mejores guías de uno, dos y tres años de edad, con mayor DAP, altura total, biomasa aérea, rectitud, conicidad y estabilidad del fuste. Se determinó además que es posible acelerar el ingreso del ganado de cría al SSP utilizando guías con un DAP igual ó mayor a los 6 cm, con una respuesta positiva durante los primeros años de plantación. Las hojas y ramitas tiernas de álamo, productos de una poda de primavera, constituyeron por su buena disponibilidad de PB, P y K y su DE un buen complemento de la dieta animal. Se concluye finalmente que, utilizando guías de álamo como material de multiplicación, es posible producir anticipadamente madera de álamo para usos múltiples, pasturas naturales espontáneas y carne vacuna en los SSP del bajo Delta del Río Paraná.

El cluster del azúcar en el valle geográfico del Río Cauca, Colombia

El azúcar es un commodity específico y uno de los mayores contribuyentes al producto interno bruto agrícola de los países en desarrollo para el consumo interno y el comercio internacional. A nivel mundial, el azúcar es obtenido industrialmente a partir de remolacha azucarera (Beta vulgaris) y de la caña de azúcar (Saccharum officinarum) como las únicas fuentes importantes para el comercio (...). El mercado internacional del azúcar es uno de los mercados de commodities agrícolas más altamente distorsionado. El comercio del azúcar crudo y refinado se caracteriza en general, por la ayuda interna significativa y generalizada, y algunas políticas que distorsionan el mercado como: pagos mínimos garantizados a productores, controles de producción y comercialización, regulación de precios, aranceles, cuotas de importación y subvenciones a la exportación (...). A nivel general, se pueden distinguir, básicamente, dos tipos de mercados de azúcar: el mercado protegido y el mercado libre. El mercado protegido consiste en acuerdos preferenciales y contratos de largo plazo que incluyen el sistema de cuotas entre diferentes países. En general, los precios del azúcar presentan fuertes fluctuaciones que obedecen a factores económicos, especulaciones, cambios políticos, recesiones y efectos climáticos (...). No obstante lo anterior, en los últimos años se ha observado una clara tendencia a la globalización de los mercados, y mercado del azúcar no es la excepción. Recientemente, se han centrado esfuerzos para liberalizar parcialmente algunos de los mercados más importantes, como es el caso de EEUU, la UE, Brasil y Australia (...). La creciente demanda de fuentes de energía renovable, entre las cuales se destacan los biocombustibles, también ha afectado significativamente la dinámica comercial y productiva de algunos sectores, en particular el sector azucarero. La caña de azúcar, se ha constituido en la principal materia prima para la elaboración de bioetanol, por lo cual, los países productores han experimentado un reciente cambio en su estructura productiva y comercial, buscando productos de mayor valor agregado, a fin de mejorar su posición competitiva. Bajo este esquema, las industrias productoras de azúcar, sobretodo en países en desarrollo enfrenta enormes retos para convertir sus ventajas comparativas en ventajas competitivas. La estructura de los costos de producción y el rendimiento de cada industria azucarera domestica son unos de los principales impulsores de su competitividad, la determinación de los futuros centros de la producción y el crecimiento de las exportaciones. En medio de este contexto, el presente estudio aborda los principales determinantes de la competitividad de la industria azucarera en Colombia, concentrada en un 98,07 por ciento en el cluster del valle geográfico del rio Cauca.

Clonado posicional del gen VRN-D4 en trigo hexaploide (Triticum aestivum)

Las variedades de trigo con hábito de crecimiento invernal requieren una prolongada exposición a bajas temperaturas para acelerar la floración. Este requerimiento se denomina 'vernalización' y la variación natural en los genes que controlan este proceso ha favorecido la adaptación del trigo a diferentes ambientes. Los principales loci que controlan el requerimiento de vernalización en trigo se denominan VRN1, VRN2, VRN3 y VRN-D4. Los primeros tres genes han sido aislados y caracterizados pero VRN-D4 no ha sido identificado aún a nivel molecular. El objetivo de esta tesis es la identificación de VRN-D4 mediante clonado posicional, lo que incluyó la construcción de un mapa genético de alta densidad, un mapa físico, el estudio de los genes candidatos y su validación. Usando esta estrategia se encontró que VRN-D4 está localizado en la región centromérica del brazo corto del cromosoma 5D. En esta región se identificó la inserción un fragmento cromosómico de ~290Kb del cromosoma 5A incluyendo una copia del gen de floración VRN-A1. Usando mutantes inducidos por EMS este estudio demuestra que esta segunda copia de VRN-A1 es VRN-D4. VRN-D4 fue encontrado en muy alta frecuencia en la sub-especie T. aestivum ssp. sphaerococcum predominante en el sur del continente Asiático. Esta sub-especie carece de otros genes para hábito de crecimiento primaveral, lo que sugiere que VRN-D4 jugó un rol importante en la adaptación del trigo a esta región. Este estudio también identificó mutaciones en una región regulatoria de VRN-D4 asociadas a su expresión temprana. Mutaciones similares identificadas en alelos de VRN-A1 también estuvieron asociadas con un reducido requerimiento de vernalización. Los alelos de VRN-A1 y VRN-D4 identificados en este estudio representan una herramienta útil para regular la fecha de floración de trigo. Este estudio contribuye también al conocimiento básico de los mecanismos moleculares involucrados en la respuesta a la vernalización.

Evaluation of technologies of weed control in the sugarcane field

p.1-11

Estimación del contenido de clorofila en hojas de orégano usando un Clorofilómetro portátil : relación con el espesor del mesófilo y edad foliar

p.77-84

Componentes del rendimiento en colzas doble cero de primavera : (Brassica napus L.spp.oleifera (Metz) Sinsk f.annua)

p.177-186

Establecimiento de sistemas silvopastoriles : efecto de la edad del material de multiplicación y manejo del pastoreo con bovinos

El establecimiento de un sistema silvopastoril (SSP)en plantaciones de álamo (Populus deltoides `Australiano 106/60´)requiere de nuevas estrategias de manejo. En este contexto, la combinación del tipo de material de multiplicación utilizado y su palatabilidad pueden resultar determinantes del éxito de la instalación del sistema. El objetivo general del estudio fue generar una nueva tecnología para la instalación de un SSP con álamos orientado a la producción de madera para múltiples destinos. El primer objetivo consistió en evaluar los cambios que se producen en diferentes distancias de plantación sobre la dimensión y características morfológicas de las guías de álamo, materiales de multiplicación potencialmente aptos para instalar un SSP, y el segundo, determinar el efecto del tamaño y/o edad de las guías sobre el crecimiento del componente arbóreo y la sensibilidad al daño de las mismas frente al pastoreo de ganado bovino en un SSP de álamo. Los resultados indican que los mayores distanciamientos ensayados produjeron las mejores guías de uno, dos y tres años de edad, con mayor DAP, altura total, biomasa aérea, rectitud, conicidad y estabilidad del fuste. Se determinó además que es posible acelerar el ingreso del ganado de cría al SSP utilizando guías con un DAP igual ó mayor a los 6 cm, con una respuesta positiva durante los primeros años de plantación. Las hojas y ramitas tiernas de álamo, productos de una poda de primavera, constituyeron por su buena disponibilidad de PB, P y K y su DE un buen complemento de la dieta animal. Se concluye finalmente que, utilizando guías de álamo como material de multiplicación, es posible producir anticipadamente madera de álamo para usos múltiples, pasturas naturales espontáneas y carne vacuna en los SSP del bajo Delta del Río Paraná.

Clonado posicional del gen VRN-D4 en trigo hexaploide (Triticum aestivum)

Las variedades de trigo con hábito de crecimiento invernal requieren una prolongada exposición a bajas temperaturas para acelerar la floración. Este requerimiento se denomina 'vernalización' y la variación natural en los genes que controlan este proceso ha favorecido la adaptación del trigo a diferentes ambientes. Los principales loci que controlan el requerimiento de vernalización en trigo se denominan VRN1, VRN2, VRN3 y VRN-D4. Los primeros tres genes han sido aislados y caracterizados pero VRN-D4 no ha sido identificado aún a nivel molecular. El objetivo de esta tesis es la identificación de VRN-D4 mediante clonado posicional, lo que incluyó la construcción de un mapa genético de alta densidad, un mapa físico, el estudio de los genes candidatos y su validación. Usando esta estrategia se encontró que VRN-D4 está localizado en la región centromérica del brazo corto del cromosoma 5D. En esta región se identificó la inserción un fragmento cromosómico de ~290Kb del cromosoma 5A incluyendo una copia del gen de floración VRN-A1. Usando mutantes inducidos por EMS este estudio demuestra que esta segunda copia de VRN-A1 es VRN-D4. VRN-D4 fue encontrado en muy alta frecuencia en la sub-especie T. aestivum ssp. sphaerococcum predominante en el sur del continente Asiático. Esta sub-especie carece de otros genes para hábito de crecimiento primaveral, lo que sugiere que VRN-D4 jugó un rol importante en la adaptación del trigo a esta región. Este estudio también identificó mutaciones en una región regulatoria de VRN-D4 asociadas a su expresión temprana. Mutaciones similares identificadas en alelos de VRN-A1 también estuvieron asociadas con un reducido requerimiento de vernalización. Los alelos de VRN-A1 y VRN-D4 identificados en este estudio representan una herramienta útil para regular la fecha de floración de trigo. Este estudio contribuye también al conocimiento básico de los mecanismos moleculares involucrados en la respuesta a la vernalización.

Evaluation of technologies of weed control in the sugarcane field

p.1-11

Investigation of the impact of simulated commercial centrifugation and microfiltration conditions on levels of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis in milk

The potential for physical removal of Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis (M. paratuberculosis) from milk by centrifugation and microfiltration was investigated by simulating commercial processing conditions in the laboratory by means of a microcentrifuge and syringe filters, respectively. Results indicated that both centrifugation of preheated milk (60 degrees C) at 7000 x g for 10 s, and microfiltration through a filter of pore size 1.2 mu m, were capable of removing up to 95-99.9% of M. paratuberculosis cells from spiked whole milk and Middlebrook 7H9 broth suspensions, respectively. Centrifugation and microfiltration may therefore have potential application within the dairy industry as pretreatments to reduce M. paratuberculosis contamination of raw milk.

Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis in foods: current evidence and potential consequences

Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis (MAP), the cause of Johne's disease in cattle, sheep and goats, may have a role in Crohn's disease in humans. Animals with Johne's disease shed viable MAP in their milk and faeces. The organism is also widely disseminated in the blood and tissues of infected animals. Consequently, transmission to humans via consumption of animal-derived foods is a distinct possibility. Milk, other dairy products, beef and water have been identified as possible food vehicles of transmission. To date, viable MAP has been cultured from raw cows', sheep and goats' milk, retail pasteurized cows' milk, and some retail cheeses in several countries during recent studies. MAP has not been isolated from retail beef to date, although limited testing has been carried out. The public health consequences, if any, of low numbers of viable MAP being periodically consumed by susceptible individuals are uncertain. An association between MAP and Crohn's disease is not proven, but neither can it be discounted on the basis of current evidence. A precautionary approach is therefore warranted in relation to the existence of MAP in food, and action is needed to reduce the prevalence of Johne's disease in the cattle population worldwide, in order to minimize public exposure to this potential human pathogen.

Staurosporine-induced apoptosis and hydrogen peroxide-induced necrosis in two human breast cell lines.

The use of apoptosis-inducing agents in the treatment of malignant cancer is increasingly being considered as a therapeutic approach. In this study, the induction of apoptosis and necrosis was examined in terms of temporal dose responses, comparing a malignant and nonmalignant breast cell line. Staurosporine (SSP)-induced apoptosis and H2O2-induced necrosis were evaluated by two cytotoxicity assays, neutral red (NR) and methyl-thiazolyl tertrazolium (MTT), in comparison with a differential dye uptake assay, using Hoechst33342/propidium iodide (Hoechst/PI). Confirmatory morphological assessment was also performed by routine resin histology and transmission electron microscopy. Cell viability was assessed over a 0.5-48 h time course. In nonmalignant HBL-100 cells, 50 nM SSP induced 100% apoptosis after a 48 h exposure, while the same exposure to SSP caused only 4% apoptosis in metastatic T47D cells. Although complete apoptosis of both cell lines was induced by 50 M SSP, this effect was delayed in T47D (24 h) compared with HBL-100 (4 h). Results also showed that neither MTT or NR can distinguish between the modes of cell death, nor detect the early onset of apoptosis revealed by Hoechst/PI.

Prevalence of Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis in Swiss raw milk cheeses collected at the retail level.

A total of 143 raw milk cheese samples (soft cheese, n = 9; semihard cheese, n = 133; hard cheese, n = 1), collected at the retail level throughout Switzerland, were tested for Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis (MAP) by immunomagnetic capture plus culture on 7H10-PANTA medium and in supplemented BAC-TEC 12B medium, as well as by an F57-based real-time PCR system. Furthermore, pH and water activity values were determined for each sample. Although no viable MAP cells could be cultured, 4.2% of the raw milk cheese samples tested positive with the F57-based real-time PCR system, providing evidence for the presence of MAP in the raw material. As long as the link between MAP and Crohn’s disease in humans remains unclear, measures designed to minimize public exposure should also include a focus on milk products.