920 resultados para Mate-pair sequencing


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This study aimed to evaluate the influence of airflow (0.25, 0.50 and 0.75 L.L-1.min-1) and cycle time (10.45 h, 14.25 h and 17.35 h) on a sequencing batch reactor (SBR) performance in promoting nitrification and denitrification of poultry slaughterhouse wastewater. The operational stages included feeding, aerobic and anoxic reactions, sedimentation and discharge. SBR was operated in a laboratory scale with a working volume of 4 L, keeping 25% of biomass retained inside the reactor as inoculum for the next batch. In the anoxic stage, C: N ratio was maintained between 5 and 6 by adding cassava starch wastewater. A factorial design (22) with five repetitions was designed at the central point to evaluate the influence of cycle time and airflow on total inorganic nitrogen removal (N-NH4++N-NO2-+N-NO3-) and in the whole process (nitrification and denitrification). The highest total inorganic nitrogen removal (93.3%) was observed for airflow of 0.25 L.L-1.min‑1 and a cycle time of 14.25 h. At the end of the experiment, the sludge inside the reactor was characterized by fluorescent in situ hybridization (FISH), indicating the presence of ammonia and nitrite oxidizing bacteria.

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Nineteen isolates of bovine viral diarrhea virus (BVDV) from Brazil were genetically characterized through partial nucleotide sequencing and analysis of the 5'UTR region. The isolates were grouped as BVDV-1 (11/19), BVDV-2 (6/19) or "atypical" pestivirus (2/19). Among the BVDV-1, eight isolates were classified as subgenotype BVDV-1a, whereas most (4 out of 6) BVDV-2 belonged to subgenotype 2b. Two isolates from aborted fetuses were not classified into any genetic group, being considered atypical BVDVs. Genetic diversity among Brazilian BVDV isolates may be responsible for vaccination and diag-nostic failure and therefore may influence the control strategies for BVDV infection in the country.

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The hypoferremia that is observed during systemic inflammatory processes is mediated by hepcidin, which is a peptide that is mainly synthesized in the livers of several mammalian species. Hepcidin plays a key role in iron metabolism and in the innate immune system. It's up-regulation is particularly useful during acute inflammation, and it restricts the iron availability that is necessary for the growth of pathogenic microorganisms. In this study, the hepcidin mRNA of Equus asinus has been characterized, and the expression of donkey hepcidin in the liver has been determined. The donkey hepcidin sequence has an open reading frame (ORF) of 261 nucleotides, and the deduced corresponding protein sequence has 86 amino acids. The amino acid sequence of donkey hepcidin was most homologous to Equus caballus (98%). The mature donkey hepcidin sequence (25 amino acids) was 100% homologous to the equine mature hepcidin and has eight conserved cysteine residues that are found in all of the investigated hepcidin sequences. The expression profile of donkey hepcidin in the liver was high and was similar to the reference gene expression. The donkey hepcidin sequence was deposited in GenBankTM (HQ902884) and may be useful for additional studies on iron metabolism and the inflammatory process in this species.

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Identification of Escherichia coli requires knowledge regarding the prevalent serotypes and virulence factors profiles allows the classification in pathogenic/non-pathogenic. However, some of these bacteria do not express flagellar antigen invitro. In this case the PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP-PCR) and sequencing of the fliC may be suitable for the identification of antigens by replacing the traditional serology. We studied 17 samples of E. coli isolated from animals and presenting antigen H nontypeable (HNT). The H antigens were characterized by PCR-RFLP and sequencing of fliC gene. Three new flagellin genes were identified, for which specific antisera were obtained. The PCR-RFLP was shown to be faster than the serotyping H antigen in E. coli, provided information on some characteristics of these antigens and indicated the presence of new genes fliC.

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A 40-kb DNA region containing the major cluster of nif genes has been isolated from the Azospirillum brasilense Sp7 genome. In this region three nif operons have been identified: nifHDKorf1Y, nifENXorf3orf5fdxAnifQ and orf2nifUSVorf4. The operons containing nifENX and nifUSV genes are separated from the structural nifHDKorf1Y operon by about 5 kb and 10 kb, respectively. The present study shows the sequence analysis of the 6045-bp DNA region containing the nifENX genes. The deduced amino acid sequences from the open reading frames were compared to the nif gene products of other diazotrophic bacteria and indicate the presence of seven ORFs, all reading in the same direction as that of the nifHDKorf1Y operon. Consensus sigma54 and NifA-binding sites are present only in the promoter region upstream of the nifE gene. This promoter is activated by NifA protein and is approximately two-times less active than the nifH promoter, as indicated by the ß-galactosidase assays. This result suggests the differential expression of the nif genes and their respective products in Azospirillum.

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Bovine coronavirus (BCoV) causes severe diarrhea in newborn calves, is associated with winter dysentery in adult cattle and respiratory infections in calves and feedlot cattle. The BCoV S protein plays a fundamental role in viral attachment and entry into the host cell, and is cleaved into two subunits termed S1 (amino terminal) and S2 (carboxy terminal). The present study describes a strategy for the sequencing of the BCoV S1 gene directly from fecal diarrheic specimens that were previously identified as BCoV positive by RT-PCR assay for N gene detection. A consensus sequence of 2681 nucleotides was obtained through direct sequencing of seven overlapping PCR fragments of the S gene. The samples did not undergo cell culture passage prior to PCR amplification and sequencing. The structural analysis was based on the genomic differences between Brazilian strains and other known BCoV from different geographical regions. The phylogenetic analysis of the entire S1 gene showed that the BCoV Brazilian strains were more distant from the Mebus strain (97.8% identity for nucleotides and 96.8% identity for amino acids) and more similar to the BCoV-ENT strain (98.7% for nucleotides and 98.7% for amino acids). Based on the phylogenetic analysis of the hypervariable region of the S1 subunit, these strains clustered with the American (BCoV-ENT, 182NS) and Canadian (BCQ20, BCQ2070, BCQ9, BCQ571, BCQ1523) calf diarrhea and the Canadian winter dysentery (BCQ7373, BCQ2590) strains, but clustered on a separate branch of the Korean and respiratory BCoV strains. The BCoV strains of the present study were not clustered in the same branch of previously published Brazilian strains (AY606193, AY606194). These data agree with the genealogical construction and suggest that at least two different BCoV strains are circulating in Brazil.

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Painovuosi nimekkeestä.

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Com o objetivo de determinar os níveis dos contaminantes hidrocarbonetos policíclicos aromáticos (HPAs) em chá-mate e café e avaliar a contribuição desses produtos como fonte de HPAs na dieta da população de Campinas, três marcas com três diferentes lotes de chá-mate e café em pó, totalizando 18 amostras, foram analisadas. Os dados de consumo de chá-mate e café foram obtidos de uma pesquisa de hábitos alimentares feita no ano de 1993 junto à população local, através do método de freqüência de alimentos. A determinação de HPAs foi conduzida por cromatografia líquida de alta eficiência com detecção por fluorescência. A presença de diferentes hidrocarbonetos foi observada em todas as amostras de café analisadas, em níveis variando tanto entre as marcas quanto em função da técnica de preparo da bebida. A quantidade média de HPAs totais encontrada no café (bebida pronta para consumo) foi de 10,12mig/kg, enquanto que o chá-mate apresentou um nível de contaminantes significativamente menor (sigma=0,70mig/kg). Considerando-se a estimativa de consumo diário médio per capita de 69,79g de chá-mate e de 86,77g de café, pode-se considerar que o chá-mate e o café aportam diariamente cerca de 0, 05mig e 0, 88mig de HPAs totais, respectivamente, na dieta da população estudada (n=600 indivíduos).

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A erva-mate é uma matéria-prima de grande importância para a região Sul do Brasil, sendo que a produção anual é de aproximadamente 650.000 toneladas de folhas. Atualmente, problemas com o excesso de oferta têm incentivado pesquisadores e empresários a buscar alternativas para a utilização da erva-mate como matéria-prima para o desenvolvimento de novos produtos bem como promover melhorias no processamento industrial visando a obtenção de características organolépticas desejáveis. Neste sentido, o presente trabalho teve por objetivo realizar a caracterização físico-química da erva-mate em função das etapas do processamento industrial (sapeco, secagem e tempo de cancheamento) e verificar como estas etapas influem nos teores de cinzas, fibras, gorduras, proteínas, glicose, sacarose e cafeína presentes na matéria-prima. Os resultados obtidos permitiram verificar que as etapas do processamento industrial influem diretamente nos teores dos compostos citados, mostrando a relevância em se analisar estes resultados quando o objetivo é utilizar esta matéria-prima para o desenvolvimento de novos produtos alimentícios que podem exigir características específicas.

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Efetuou-se a extração de solúveis de erva-mate, progênie Cambona 4, utilizando extrator com percolação de solvente (água). O extrato obtido apresentou uma concentração de sólidos de aproximadamente 3%. Ao extrato foi adicionada goma arábica nas concentrações de 0; 0,2; 0,4; 0,6; 0,8; 1,0; 1,5 e 2,0%, em relação aos sólidos contidos no mesmo. As misturas foram efetuadas com o objetivo de estudar a influência da goma arábica na secagem e no sabor das bebidas. Os extratos foram processados em secador por atomização nas condições operacionais médias: temperatura e vazão do ar: 190ºC e 32,1m³/h; alimentação de extrato 340mL/h. Os conteúdos de umidade do pó obtido variaram de 1,8 a 6,6%(bu). Efetuou-se análise sensorial de três formulações com concentrações: 0; 0,2 e 1,0%. Aos resultados experimentais aplicou-se tratamento estatístico e verificou-se maior preferência pela formulação contendo 0,2% de erva-mate, o que mostrou a influência do agente encapsulante na retenção de aromas.

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No presente estudo foi verificado o efeito da temperatura de consumo na equivalência de doçura e no poder edulcorante de diferentes agentes adoçantes em bebida de chá-mate em pó solúvel. Foram avaliados: aspartame, sucralose, mistura ciclamato/sacarina 2:1, Stevia e acessulfame-K, tendo como referência a sacarose. Todos os estudos foram realizados a 6±2ºC e a 45±2ºC. Primeiramente foi determinada a doçura ideal, utillizando-se escala do ideal com 30 provadores consumidores da bebida. Em seguida, foi determinada a doçura equivalente à sacarose (na doçura considerada ideal) para cada edulcorante estudado, e seu poder edulcorante nas duas temperaturas de estudo. Para tal foi aplicado o método de estimação de magnitude, utilizando-se uma equipe de 10 provadores selecionados e treinados. A doçura ideal de sacarose foi de 8,3% para a bebida de chá-mate solúvel, sem diferença significativa entre as temperaturas de estudo. Ocorreram diferenças sensoriais importantes em função da temperatura, pois, enquanto para alguns edulcorantes o aumento de temperatura provocou diminuição na potência edulcorante, para outros foi observado aumento do poder edulcorante. Portanto, não se deve generalizar as alterações no poder edulcorante em função da temperatura, pois ela pode variar em função da classe química envolvida e do meio de dispersão em que se encontra.