Organisation of genetic variation in multinucleate arbuscular mycorrhizal fungi

Les Champignons Endomycorhiziens Arbusculaires (CEA) forment une symbiose racinaire avec environ 80% des espèces connues de plantes vasculaires. Ils occupent une position écologique très importante liée aux bénéfices qu'ils confèrent aux plantes. Des études moléculaires effectuées sur des gènes ribosomaux ont révélé un très grand polymorphisme, tant à l'intérieur des espèces qu'entre celles-ci. Ces champignons étant coenocytiques et multinucléés, l'organisation de cette variabilité génétique intraspécifique pourrait avoir différentes origines. Ce travail se propose d'examiner l'organisation et l'évolution de cette variabilité. Sur la base de fossiles, l'existence des CEA remonte à au moins 450 millions d'années. Cette symbiose peut donc être considérée comme ancienne. Les premières données moléculaires n'indiquant pas de reproduction sexuée, une hypothèse fut élaborée stipulant que les CEA seraient des asexués ancestraux. La première partie de cette thèse (chapitre 2) met en évidence l'existence de recombinaison dans différents CEA mais montre également que celle-ci est insuffisante pour purger les mutations accumulées. La reproduction étant essentiellement asexuée, on peut prédire que les nombreux noyaux ont probablement divergé génétiquement. En collaboration avec M. Hijri nous avons pu vérifier cette hypothèse (chapitre 2). Dans le chapitre 3 j'ai cherché à comprendre si le polymorphisme était également présent dans une population naturelle du CEA Glomus intraradices au niveau intraspécifique, ce qui n'avait encore jamais été examiné. En comparant les empreintes génétiques d'individus obtenus chacun à partir d'une spore mise en culture, j'ai clairement démontré que d'importantes différences génétiques existent entre ceux-ci. Un résultat similaire, portant sur des traits quantitatifs d'individus de la même population, a été trouvé par A. Koch. Les deux études en ensemble montre que le polymorphisme génétique dans cette population est suffisamment grand pour être important au niveau écologique. Dans le chapitre 4, j'ai cherché a examiner le polymorphisme des séquences du gène BiP au sein d'un individu. C'est la première étude qui examine la diversité génétique du génome de CEA avec un autre marqueur que l'ADN ribosomique. J'ai trouvé 31 types de séquences différentes du gène BiP issu d'un isolat de G. intraradices mis en culture à partir d'une seule spore. Cette variation n'était pas restreinte à des zones sélectivement neutres du BiP. Mes résultats montrent qu'il y a un grand nombre de variants non-fonctionnels, proportionnellement au faible nombre de copies attendues par noyau. Ceci va dans le sens d'une partition de l'information génétique entre les noyaux.<br/><br/>Arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) are root symbionts with about 80% of all known species of vascular land plants. AMF are ecologically important because of the benefits that they confer to plants. Molecular studies on AMF showed that rDNA sequences were highly variable between species and within species. Because AMF are coenocytic and multinucleate there are several possibilities how this intraspecific genetic variation could be organized. Therefore, the organization and evolution of this variation in AMF were investigated in the present work. Based on fossil records the AMF symbiosis has existed for 450 Million years and is therefore considered ancient. First molecular data indicated no evident sexual reproduction and gave rise to the hypothesis that AMF might be ancient asexuals. The first part of this thesis (Chapter 2) shows evidence for recombination in different AMF but also indicates that it has not been frequent enough to purge accumulated mutations. Given asexual reproduction, it has been predicted that the many nuclei in AMF should diverge leading to genetically different nuclei. This hypothesis has been confirmed by an experiment of M. Hijri and is also included in chapter 2 as the results were published together. In chapter 3 I then investigated whether intraspecific genetic variation also exists in a field population of the AMF Glomus intraradices. Comparing genetic fingerprints of individuals derived from single spores I could clearly show that large genetic differences exist. A similar result, based on quantitative genetic traits, was found for the same population by A. Koch. The two studies taken together show that the genetic variation observed in the population is high enough to be of ecological relevance. Lastly, in chapter 4, I investigated within individual genetic variation among BiP gene sequences. It is the first study that has analyzed genetic diversity in the AMF genome in a region of DNA other than rDNA. I found 31 sequence variants of the BiP gene in one G. intraradices isolate that originated from one spore. Genetic variation was not only restricted to selectively neutral parts of BiP. A high number of predicted non-functional variants compared to a likely low number of copies per nucleus indicated that functional genetic information might even be partitioned among nuclei. The results of this work contribute to our understanding of potential evolutionary strategies of ancient asexuals, they also suggest that genetic differences in a population might be ecologically relevant and they show that this variation even occurs in functional regions of the AMF genome.

Irrigation performance and gross water productivity in furrow-irrigated ornamental tree production

In the ornamental plant production region of Girona (Spain), which is one of the largest of its kind in southern Europe, most of the surface is irrigated using wide blocked-end furrows. The objectives of this paper were: (1) to evaluate the irrigation scheduling methods used by ornamental plant producers; (2) to analyse different scenarios in order to assess how they affect irrigation performance; (3) to evaluate the risk of deep percolation; and (4) to calculate gross water productivity. A two-year study in a representative commercial field, planted with Prunus cerasifera ‘Nigra’, was carried out. The irrigation dose applied by the farmers was slightly smaller than the required water dose estimated by the use of two different methods: the first based on soil water content, and the second based on evapotranspiration. Distribution uniformity and application eff iciency were high, with mean values above 87%. Soil water content measurements revealed that even at the end of the furrow, where the infiltrated water depth was greatest, more than 90% of the infiltrated water was retained in the shallowest 40 cm of the soil; accordingly, the risk of water loss due to deep percolation was minimal. Gross water productivity for ornamental tree production was € 11.70 m–3, approximately 20 times higher than that obtained with maize in the same region.

Regioselectividad en fullerenos, una visión computacional

Fullerenes are wonderful molecules that exhibit a wealth of interesting properties, which promises a major role for this family in the future in the (bio)medicine and nanotechnology fields. However, there are still many unknowns such as for instance the reactivity of these molecules and how this is affected by metals. These aspects are difficult to apprehend by experiments alone, for which reason there is a widespread interest in the description and simulation of them by theoretical chemistry. Here we briefly describe our results from the past five years and their future impact

Informatització de l'herbari de la Universitat de Girona (UdG)

L'herbari de la UdG consta de més de 12.000 plecs de plantes vasculars i 3.200 d'algues bentòniques marines, actualment en procés d' informatització mitjançant FilcMaker Pro 2.0 per Macintosh. S'ha elaborat un programa anomenat HGI que permet utilitzar el fitxer tesaurus TEFLORA del programa BDORCA (Font, 1992), corresponent al catàleg de plantes vasculars dels Països Catalans. Al fitxer, s'hi han afegit nous camps corn la família, la forma vital i la corologia. L'estructuració d'aquest programa permet, a més de les funcions pròpies de gestió d'un herbari, el traspàs de la inforrnació introduïda a la base de dades BDORCA

El ferrocarril a Igualada: la lluita pel progrés (1852-1893)

Hom veié que la lluita pel progrés era la lluita pel ferrocarril, i aquesta es convertí en el principal eix de les aspiracions igualadines durant les últimes dècades del segle XIX. La pregunta clau que cal fer-se és fins a quin punt l"aïllament ferroviari d"Igualada roman per causes pròpies o obeeix a plantejament més amplis. A retop d'aquesta, sorgeixen moltes altres preguntes: en quina mesura la solució del problema estava en mans igualadines?; eren aquests realment conscients de la seva situació i de les seves possibilitats?; fou correcta la seva actuació?; quines eren les condicions reals, tant locals com foranies, que jugaven en la qüestió ferroviària en particular i en l"econòmica en general?. Aquesta i d'altres preguntes són les que cal plantejar-se per tal de comprendre veritablement el problema del perllongat aïllament ferroviari d'Igualada.

Exploring Non-linear Transformations for an Entropybased Voice Activity Detector

In this paper we explore the use of non-linear transformations in order to improve the performance of an entropy based voice activity detector (VAD). The idea of using a non-linear transformation comes from some previous work done in speech linear prediction (LPC) field based in source separation techniques, where the score function was added into the classical equations in order to take into account the real distribution of the signal. We explore the possibility of estimating the entropy of frames after calculating its score function, instead of using original frames. We observe that if signal is clean, estimated entropy is essentially the same; but if signal is noisy transformed frames (with score function) are able to give different entropy if the frame is voiced against unvoiced ones. Experimental results show that this fact permits to detect voice activity under high noise, where simple entropy method fails.

Improving Pitch Tracking Performance in Hard Noise Conditions by a Preprocessing Based on Mathematical Morphology

In this paper we show how a nonlinear preprocessing of speech signal -with high noise- based on morphological filters improves the performance of robust algorithms for pitch tracking (RAPT). This result happens for a very simple morphological filter. More sophisticated ones could even improve such results. Mathematical morphology is widely used in image processing and has a great amount of applications. Almost all its formulations derived in the two-dimensional framework are easily reformulated to be adapted to one-dimensional context

Preservación digital en 2009

Se realiza un balance del estado de la investigación y el desarrollo de soluciones en preservación digital a nivel internacional en 2009, así como de las expectativas para 2010. Se presta una especial atención al seguimiento de las principales líneas de investigación y a los desarrollos de software específico, y se caracterizan los centros de investigación preeminentes a nivel mundial.

Ressenya de ACADEMIA DE LA LLINGUA ASTURIANA. 'Diccionariu de la llingua asturiana'. Oviedo: Academia 2000.

Poc més d"un any després de publicar la seva Gramática (de 1998, amb una reedició de 1999; vegeu-ne la ressenya a ER XXII [2000], p. 242-244), l"Academia de la Llingua Asturiana publica ara el seu Diccionariu de la llingua asturiana (en endavant DALLA). Amb aquesta publicació, que coincideix amb el vintè aniversari de la creació de l"Academia, fundada el 1980, es fa realitat l"objectiu que s"havia proposat aquesta institució en publicar les Normes ortográfiques i l"esmentada Gramática : el diccionari, junt amb les normes ortogràfiques i la gramàtica normativa, ha de constituir la base de l"asturià modern.

Las auditorías, una metodología para planificar la preservación digital. Experiencias en España.

Se presentan los resultados obtenidos en la aplicación de diversas metodologías de auditoría para comprobar el estado de la preservación digital en distintas instituciones de España. Se concluye que las auditorías también se pueden usar como herramienta de ayuda a la planificación de sistemas de preservación digital.