A New Gridding Technique for High Density Microarray Images Using Intensity Projection Profile of Best Sub Image

As the technologies for the fabrication of high quality microarray advances rapidly, quantification of microarray data becomes a major task. Gridding is the first step in the analysis of microarray images for locating the subarrays and individual spots within each subarray. For accurate gridding of high-density microarray images, in the presence of contamination and background noise, precise calculation of parameters is essential. This paper presents an accurate fully automatic gridding method for locating suarrays and individual spots using the intensity projection profile of the most suitable subimage. The method is capable of processing the image without any user intervention and does not demand any input parameters as many other commercial and academic packages. According to results obtained, the accuracy of our algorithm is between 95-100% for microarray images with coefficient of variation less than two. Experimental results show that the method is capable of gridding microarray images with irregular spots, varying surface intensity distribution and with more than 50% contamination

BioJADE: A Design and Simulation Tool for Synthetic Biological Systems

The next generations of both biological engineering and computer engineering demand that control be exerted at the molecular level. Creating, characterizing and controlling synthetic biological systems may provide us with the ability to build cells that are capable of a plethora of activities, from computation to synthesizing nanostructures. To develop these systems, we must have a set of tools not only for synthesizing systems, but also designing and simulating them. The BioJADE project provides a comprehensive, extensible design and simulation platform for synthetic biology. BioJADE is a graphical design tool built in Java, utilizing a database back end, and supports a range of simulations using an XML communication protocol. BioJADE currently supports a library of over 100 parts with which it can compile designs into actual DNA, and then generate synthesis instructions to build the physical parts. The BioJADE project contributes several tools to Synthetic Biology. BioJADE in itself is a powerful tool for synthetic biology designers. Additionally, we developed and now make use of a centralized BioBricks repository, which enables the sharing of BioBrick components between researchers, and vastly reduces the barriers to entry for aspiring Synthetic Biologists.

Gestão e trabalhadores do conhecimento em Tecnologias da informação (UML)

RESUMO: O conhecimento existe desde sempre, mesmo num estado latente condicionado algures e apenas à espera de um meio (de uma oportunidade) de se poder manifestar. O conhecimento é duplamente um fenómeno da consciência: porque dela procede num dado momento da sua vida e da sua história e porque só nela termina, aperfeiçoando-a e enriquecendo-a. O conhecimento está assim em constante mudança. À relativamente pouco tempo começou-se a falar de Gestão do Conhecimento e na altura foi muito associada às Tecnologias da Informação, como meio de colectar, processar e armazenar cada vez mais, maiores quantidades de informação. As Tecnologias da Informação têm tido, desde alguns anos para cá, um papel extremamente importante nas organizações, inicialmente foram adoptadas com o propósito de automatizar os processos operacionais das organizações, que suportam as suas actividades quotidianas e nestes últimos tempos as Tecnologias da Informação dentro das organizações têm evoluído rapidamente. Todo o conhecimento, mesmo até o menos relevante de uma determinada área de negócio, é fundamental para apoiar o processo de tomada de decisão. As organizações para atingirem melhores «performances» e conseguirem transcender as metas a que se propuseram inicialmente, tendem a munir-se de mais e melhores Sistemas de Informação, assim como, à utilização de várias metodologias e tecnologias hoje em dia disponíveis. Por conseguinte, nestes últimos anos, muitas organizações têm vindo a demonstrar uma necessidade crucial de integração de toda a sua informação, a qual está dispersa pelos diversos departamentos constituintes. Para que os gestores de topo (mas também para outros funcionários) possam ter disponível em tempo útil, informação pertinente, verdadeira e fiável dos negócios da organização que eles representam, precisam de ter acesso a bons Sistemas de Tecnologias de Informação. Numa acção de poderem agir mais eficazmente e eficientemente nas tomadas de decisão, por terem conseguido tirar por esses meios o máximo de proveito possível da informação, e assim, apresentarem melhores níveis de sucesso organizacionais. Também, os Sistemas de «Business Intelligence» e as Tecnologias da Informação a ele associadas, utilizam os dados existentes nas organizações para disponibilizar informação relevante para as tomadas de decisão. Mas, para poderem alcançar esses níveis tão satisfatórios, as organizações necessitam de recursos humanos, pois como podem elas serem competitivas sem Luís Miguel Borges – Gestão e Trabalhadores do Conhecimento em Tecnologias da Informação (UML) ULHT – ECATI 6 trabalhadores qualificados. Assim, surge a necessidade das organizações em recrutar os chamados hoje em dia “Trabalhadores do Conhecimento”, que são os indivíduos habilitados para interpretar as informações dentro de um domínio específico. Eles detectam problemas e identificam alternativas, com os seus conhecimentos e discernimento, eles trabalham para solucionar esses problemas, ajudando consideravelmente as organizações que representam. E, usando metodologias e tecnologias da Engenharia do Conhecimento como a modelação, criarem e gerirem um histórico de conhecimento, incluindo conhecimento tácito, sobre várias áreas de negócios da organização, que podem estar explícitos em modelos abstractos, que possam ser compreendidos e interpretados facilmente, por outros trabalhadores com níveis de competência equivalentes. ABSTRACT: Knowledge has always existed, even in a latent state conditioning somewhere and just waiting for a half (an opportunity) to be able to manifest. Knowledge is doubly a phenomenon of consciousness: because proceeds itself at one point in its life and its history and because solely itself ends, perfecting it and enriching it. The knowledge is so in constant change. In the relatively short time that it began to speak of Knowledge Management and at that time was very associated with Information Technologies, as a means to collect, process and store more and more, larger amounts of information. Information Technologies has had, from a few years back, an extremely important role in organizations, were initially adopted in order to automate the operational processes of organizations, that support their daily activities and in recent times Information Technologies within organizations has evolved rapidly. All the knowledge, even to the least relevant to a particular business area, is fundamental to support the process of decision making. The organizations to achieve better performances and to transcend the goals that were initially propose, tend to provide itself with more and better Information Systems, as well as, the use of various methodologies and technologies available today. Consequently, in recent years, many organizations have demonstrated a crucial need for integrating all their information, which is dispersed by the diver constituents departments. For top managers (but also for other employees) may have ready in time, pertinent, truthful and reliable information of the organization they represent, need access to good Information Technology Systems. In an action that they can act more effectively and efficiently in decision making, for having managed to get through these means the maximum possible advantage of the information, and so, present better levels of organizational success. Also, the systems of Business Intelligence and Information Technologies its associated, use existing data on organizations to provide relevant information for decision making. But, in order to achieve these levels as satisfactory, organizations need human resources, because how can they be competitive without skilled workers. Thus, arises the need for organizations to recruit called today “Knowledge Workers”, they are the individuals enable to interpret the information within a specific domain. They detect problems and identify alternatives, with their knowledge and discernment they work to solve these problems, helping considerably the organizations that represent. And, using Luís Miguel Borges – Gestão e Trabalhadores do Conhecimento em Tecnologias da Informação (UML) ULHT – ECATI 8 methodologies and technologies of Knowledge Engineering as modeling, create and manage a history of knowledge, including tacit knowledge, on various business areas of the organization, that can be explicit in the abstract models, that can be understood and interpreted easily, by other workers with equivalent levels of competence.

Sistemas e tecnologias da informação Autárquicos : o impacto da gestão no seu respetivo desenvolvimento

É do conhecimento geral a importância do envolvimento dos dirigentes de topo de qualquer organização na gestão dos seus STI – Sistemas e Tecnologias de Informação – internos. Nas câmaras municipais os dirigentes de topo são o Executivo Municipal eleito pelos respetivos munícipes e, portanto, com fortíssima influência política. As câmaras municipais em si, são organizações estatais que não têm concorrentes diretos, mas a escolha, i.e. a eleição ou reeleição do seu executivo pode ser influenciada pela sua atuação e/ou do partido político a que pertencem. Os STI Autárquicos tem pouca visibilidade exterior à organização e, portanto, pouco ou nada contribuem para o garante de votos necessários à eleição/reeleição do executivo municipal. Por esta razão, embora a maior parte dos executivos municipais reconheça o quanto estes são importantes, nem sempre se envolvem na sua gestão nem lhes conferem o devido destaque ou importância. Com este trabalho pretende-se perceber até que ponto o envolvimento do Executivo Municipal na gestão dos STI Autárquicos é importante e/ou determinante para o seu respetivo desenvolvimento i.e. se tem influência no seu aumento quantitativo e qualitativo.

Planeamento estratégico de sistemas de informação em empresa de construção

Os Sistemas de Informação têm influenciado a vida quotidiana a um ritmo inesperado e com mudanças significativas na setor da construção, cuja importância é crucial para a economia de qualquer país. Sendo Angola, um país de economia emergente, caracterizado por um mercado em expansão e reestruturação, onde as decisões de Sistema Informação ainda são tomadas de forma isolada, e cada vez mais investidores estão a atuar no país, impulsionando o crescimento, é imperioso para o sector a identificação e exploração de Sistemas de Informação flexíveis e adaptáveis para fazer face as forças competitivas do setor. Partindo desta envolvente a presente dissertação visa ressaltar o reconhecimento da importância do Planeamento Estratégico de Sistemas de Informação-PESI para as organizações atuais. Neste contexto realizou-se o estudo de PESI em torno de um caso concreto numa Pequena Media Empresa, Angolana, a Terponte,SA, cujo objectivo é fornecer a construtora um plano em termos de SI para futuro. Os dados foram recolhidos através da utilização dos métodos qualitativos e quantitativos, sendo os mais pertinentes a análise documental, observação direta, entrevistas, questionários aos órgãos da empresa em estudo e demais intuições. A análise dos dados demonstrou uma deficiente gestão da informação, bem como inexistência de integração aplicacional. A presente dissertação pretende contribuir para o avanço do conhecimento científico no domínio do Planeamento Estratégico dos Sistemas de Informação e para a resolução de problemas específicos nomeadamente nas empresas do setor da construção civil.

Gestão da Mudança na Implementação de Sistemas de Informação em Organizações de Saúde

O sector da saúde a nível nacional e internacional atravessa uma fase de digitalização de processos. As organizações de saúde têm por isso sido confrontadas com a realização de projectos de sistemas de informação. Sendo a sua área de actuação sensível, é essencial diminuir o impacto da mudança provocada pela implementação de sistemas de informação para a saúde, maximizando a eficiência dos sistemas de informação e minimizando o impacto negativo na prestação de cuidados de saúde. Um dos principais problemas de um processo de mudança é o impacto nos profissionais, que exercem resistência, podendo inviabilizar o projecto de sistemas de informação. Neste âmbito, surge a gestão da mudança, que pretende suportar a mudança organizacional. Tendo em conta a importância dos sistemas de informação para a actividade das organizações de saúde, pretende-se estudar o comportamento dos profissionais e da organização durante o processo, ou seja, as características dos processos da gestão de mudança em projectos de sistemas de informação de saúde. A metodologia de investigação utilizada seguiu um método qualitativo interpretativo com base num estudo de caso. A instituição escolhida foi o Centro Hospitalar de S. Francisco, Leiria. Procurou-se ainda uma confrontação dos principais resultados obtidos através da realização de um inquérito alargado a profissionais de outras organizações de saúde. Com os resultados obtidos espera-se poder auxiliar as organizações na definição de estratégias para maximizar a aceitação dos sistemas de informação e minimizar a resistência dos profissionais. Os resultados do estudo indiciam já uma tendência das organizações de saúde na aplicação de estratégias para minimizar o impacto dos processos de mudança nos projectos de sistemas de informação.

Maturidade de plataformas SOA Open Source vs proprietários

O bom funcionamento de uma empresa passa pela coordenação dos seus vários elementos, pela fluidez das suas operações diárias, pelo desempenho dos seus recursos, tanto humanos como materiais, e da interacção dos vários sistemas que a compõem. As tecnologias empresariais sentiram um desenvolvimento contínuo após a sua aparição, desde o processo básico, para gestão de processos de negócios (BPM), para plataformas de recursos empresariais (ERP) modernos como o sistema proprietário SAP ou Oracle, para conceitos mais gerais como SOA e cloud, baseados em standards abertos. As novas tecnologias apresentam novos canais de trânsito de informação mais rápidos e eficientes, formas de automatizar e acompanhar processos de negócio e vários tipos de infra-estruturas que podem ser utilizadas de forma a tornar a empresa mais produtiva e flexível. As soluções comerciais existentes permitem realizar estes objectivos mas os seus custos de aquisição podem revelar-se demasiado elevados para algumas empresas ou organizações, que arriscam de não se adaptar às mudanças do negócio. Ao mesmo tempo, software livre está a ganhar popularidade mas existem sempre alguns preconceitos sobre a qualidade e maturidade deste tipo de software. O objectivo deste trabalho é apresentar SOA, os principais produtos SOA comerciais e open source e realizar uma comparação entre as duas categorias para verificar o nível de maturidade do SOA open source em relação às soluções SOA proprietárias.

Landscape of intelligent cores: An autonomic multi-agent approach for space application

Space applications are challenged by the reliability of parallel computing systems (FPGAs) employed in space crafts due to Single-Event Upsets. The work reported in this paper aims to achieve self-managing systems which are reliable for space applications by applying autonomic computing constructs to parallel computing systems. A novel technique, 'Swarm-Array Computing' inspired by swarm robotics, and built on the foundations of autonomic and parallel computing is proposed as a path to achieve autonomy. The constitution of swarm-array computing comprising for constituents, namely the computing system, the problem / task, the swarm and the landscape is considered. Three approaches that bind these constituents together are proposed. The feasibility of one among the three proposed approaches is validated on the SeSAm multi-agent simulator and landscapes representing the computing space and problem are generated using the MATLAB.

Intelligent agents: are they feasible in swarm-array computing?

The work reported in this paper proposes 'Intelligent Agents', a Swarm-Array computing approach focused to apply autonomic computing concepts to parallel computing systems and build reliable systems for space applications. Swarm-array computing is a robotics a swarm robotics inspired novel computing approach considered as a path to achieve autonomy in parallel computing systems. In the intelligent agent approach, a task to be executed on parallel computing cores is considered as a swarm of autonomous agents. A task is carried to a computing core by carrier agents and can be seamlessly transferred between cores in the event of a predicted failure, thereby achieving self-* objectives of autonomic computing. The approach is validated on a multi-agent simulator.

Forensiska Undersökningar av Molntjänster

Användning av molntjänster har gjort forensiska undersökningar mer komplicerade. Däremot finns det goda förutsättningar om molnleverantörerna skapar tjänster för att få ut all information. Det skulle göra det enklare och mer tillförlitligt. Informationen som ska tas ut från molntjänsterna är svår att få ut på ett korrekt sätt. Undersökningen görs inte på en skrivskyddad kopia, utan i en miljö som riskerar att förändras. Det är då möjligt att ändringar görs under tiden datan hämtas ut, vilket inte alltid syns. Det går heller inte att jämföra skillnaderna genom att ta hashsummor på filerna som görs vid forensiska undersökningar av datorer. Därför är det viktigt att dokumentera hur informationen har tagits ut, helst genom att filma datorskärmen under tiden informationen tas ut. Informationen finns sparad på flera platser då molntjänsterna Office 365 och Google Apps används, både i molnet och på den eller de datorer som har använts för att ansluta till molntjänsten. Webbläsare sparar mycket information om vad som har gjorts. Därför är det viktigt att det går att ta reda på vilka datorer som har använts för att ansluta sig till molntjänsten, vilket idag inte möjligt. Om det är möjligt att undersöka de datorer som använts kan bevis som inte finns kvar i molnet hittas. Det bästa ur forensisk synvinkel skulle vara om leverantörerna av molntjänster erbjöd en tjänst som hämtar ut all data som rör en användare, inklusive alla relevanta loggar. Då skulle det ske på ett mycket säkrare sätt, då det inte skulle gå att ändra informationen under tiden den hämtas ut. 

Simulation and optimisation techniques for sawmill yard operation : A literature review

Increasing costs and competitive business strategies are pushing sawmill enterprises to make an effort for optimization of their process management. Organizational decisions mainly concentrate on performance and reduction of operational costs in order to maintain profit margins. Although many efforts have been made, effective utilization of resources, optimal planning and maximum productivity in sawmill are still challenging to sawmill industries. Many researchers proposed the simulation models in combination with optimization techniques to address problems of integrated logistics optimization. The combination of simulation and optimization technique identifies the optimal strategy by simulating all complex behaviours of the system under consideration including objectives and constraints. During the past decade, an enormous number of studies were conducted to simulate operational inefficiencies in order to find optimal solutions. This paper gives a review on recent developments and challenges associated with simulation and optimization techniques. It was believed that the review would provide a perfect ground to the authors in pursuing further work in optimizing sawmill yard operations.

Statistical bound of genetic solutions to quadratic assignment problems

Quadratic assignment problems (QAPs) are commonly solved by heuristic methods, where the optimum is sought iteratively. Heuristics are known to provide good solutions but the quality of the solutions, i.e., the confidence interval of the solution is unknown. This paper uses statistical optimum estimation techniques (SOETs) to assess the quality of Genetic algorithm solutions for QAPs. We examine the functioning of different SOETs regarding biasness, coverage rate and length of interval, and then we compare the SOET lower bound with deterministic ones. The commonly used deterministic bounds are confined to only a few algorithms. We show that, the Jackknife estimators have better performance than Weibull estimators, and when the number of heuristic solutions is as large as 100, higher order JK-estimators perform better than lower order ones. Compared with the deterministic bounds, the SOET lower bound performs significantly better than most deterministic lower bounds and is comparable with the best deterministic ones.