Molecular epidemiology and evolution of HIV-1 in Portugal and portuguese speaking african countries

The aims of this thesis were to better characterize HIV-1 diversity in Portugal, Angola, Mozambique and Cape Verde and to investigate the origin and epidemiological history of HIV-1 in these countries. The impact of these issues in diagnosis, disease progression and susceptibility to ARV therapy was also investigated. Finally, the nature, dynamics and prevalence of transmitted drug resistance (TDR) was determined in untreated HIV-1 infected patients. In Angola, practically all HIV-1 genetic forms were found, including almost all subtypes, untypable (U) strains, CRFs and URFs. Recombinants (first and second generation) were present in 47.1% of the patients. HIV/AIDS epidemic in Angola probably started in 1961, the major cause being the independence war, subsequently spreading to Portugal. In Maputo, 81% of the patients were infected with subtype C viruses. Subtype G, U and recombinants such as CRF37_cpx, were also present. The results suggest that HIV-1 epidemic in Mozambique is evolving rapidly in genetic complexity. In Cape Verde, where HIV-1 and HIV-2 co-circulate, subtype G is the prevailed subtype. Subtypes B, C, F1, U, CRF02_AG and other recombinant strains were also found. HIV-2 isolates belonged to group A, some being closely related to the original ROD isolate. In all three countries numerous new polymorphisms were identified in the RT and PR of HIV-1 viruses. Mutations conferring resistance to the NRTIs or NNRTIs were found in isolates from 2 (2%) patients from Angola, 4 (6%) from Mozambique and 3 (12%) from Cape Verde. None of the isolates containing TDR mutations would be fully sensitive to the standard first-line therapeutic regimens used in these countries. Close surveillance in treated and untreated populations will be crucial to prevent further transmission of drug resistant strains and maximize the efficacy of ARV therapy. In Portugal, investigation of a seronegative case infection with rapid progression to AIDS and death revealed that the patient was infected with a CRF14_BG-like R5-tropic strain selectively transmitted by his seropositive sexual partner. The results suggest a massive infection with a highly aggressive CRF14_BG like strain and/or the presence of an unidentified immunological problem that prevented the formation of HIV-1-specific antibodies. Near full-length genomic sequences obtained from three unrelated patients enabled the first molecular and phylogenomic characterization of CRF14_BG from Portugal; all sequences were strongly related with CRF14_BG Spanish isolates. The mean date of origin of CRF14_BG was estimated to be 1992. We propose that CRF14_BG emerged in Portugal in the early 1990s, spread to Spain in late 1990s as a consequence of IDUs migration and then to the rest of Europe. Most CRF14_BG strains were predicted to use CXCR4 and were associated with rapid CD4 depletion and disease progression. Finally, we provide evidence suggesting that the X4 tropism of CRF14_BG may have resulted from convergent evolution of the V3 loop possibly driven by an effective escape from neutralizing antibody response.

O Movimento Migratório da CEDEAO para Cabo Verde nos Anos 2006 a 2010: Perfil de Imigrantes da Guiné-Bissau, Nigéria e Senegal e Relação Imigração-Criminalidade nesse Período

Entre os anos 2006 e 2010 houve um crescente fluxo migratório de cidadãos da Guiné-Bissau, Nigéria e Senegal (GNS) para Cabo Verde, em situação regular e clandestina, de forma incisiva em relação ao de imigrantes dos demais países da CEDEAO. Os dados oficiais sobre o número desses imigrantes são inconsistentes e os serviços responsáveis não têm podido acompanhar a entrada e permanência desses imigrantes, devido à inexistência de condições para o efeito. Ademais, desconhece-se o perfil desses imigrantes. O senso comum associa o aumento da criminalidade por parte de cidadãos africanos, em particular os considerados no estudo, com o aumento da imigração. Foi objectivo geral da investigação caracterizar o perfil dos imigrantes desses países, de 2006 a 2010, e correlacionar a imigração e a criminalidade no período. Participaram imigrantes em situação de liberdade e os reclusos na Cadeia central da Praia (CCP) ou Cadeia de São Martinho. Fez-se a análise de documentos jurídicos relativos ao estrangeiro no território nacional e outros respeitantes à circulação de pessoas na CEDEAO, e acedeu-se a publicações sobre a insegurança, violência, criminalidade e imigração. A recolha de dados ocorreu na Direcção de Estrangeiros e Fronteiras da Polícia Nacional, na Procuradoria-Geral da República e nos serviços penitenciários da CCP do Ministério da Justiça. De um universo de 3 475 imigrantes, constituiu-se uma amostra de 180, sendo 60 de cada um dos países. Desses imigrantes, 20 eram reclusos na CCP. Para o perfil dos imigrantes, elaborou-se um questionário para as entrevistas e que teve em conta o idioma da nacionalidade dos participantes. Recorreu-se ao coeficiente de correlação de Pearson para verificar a eventual correlação linear entre imigração e criminalidade referidas. Constatou-se que os imigrantes são predominantemente masculinos e jovens, com uma renda familiar inferior à de cabo-verdianos em circunstância similar. São maioritariamente solteiros, com escolaridade ao nível do secundário, inseridos na economia informal e destituídos da segurança social. São maioritariamente cristãos, o que desmistifica a avaliação de que os muçulmanos constituem ameaça para Cabo Verde. Dificuldades económicas nos países de origem foram o motivo mais premente para a imigração e em conjunto com a impossibilidade de irem a outro lugar foram decisivos para os imigrantes permanecerem em Cabo Verde. A ajuda de parentes ou amigos no país de acolhimento foi o que mais pesou na organização da emigração, sugerindo existir, para isso, uma rede social de apoio. A maioria é discriminada e maltratada pelos cabo-verdianos, não obstante ocupar o tempo livre com eles, tê-los como amigos e estar satisfeita com a vida no país. Não se obteve correlação significativa entre imigração e criminalidade em Cabo Verde envolvendo os imigrantes, no período do estudo, V indicando não contribuírem no incremento da criminalidade e, por conseguinte, na insegurança interna. Destaca-se a necessidade de os serviços governamentais reverterem a inconsistência de dados estatísticos sobre o fluxo migratório, em particular, de cidadãos da CEDEAO para Cabo Verde, a pertinência de estes serem sensibilizados sobre os limites da livre circulação prevista na legislação, e a pertinência de regulamentação dos aspectos fundamentais concernentes ao referido fluxo migratório.

Serial defaults, serial profits: Returns to sovereign lending in Habsburg Spain, 1566-1600

Philip II of Spain accumulated debts equivalent to 60% of GDP. He also defaulted four times onhis short-term loans, thus becoming the first serial defaulter in history. Contrary to a commonview in the literature, we show that lending to the king was profitable even under worst-casescenario assumptions. Lenders maintained long-term relationships with the crown. Lossessustained during defaults were more than compensated by profits in normal times. Defaultswere not catastrophic events. In effect, short-term lending acted as an insurance mechanism,allowing the king to reduce his payments in harsh times in exchange for paying a premium intranquil periods. © 2010 Elsevier Inc. All rights reserved.

O Movimento Migratório da CEDEAO para Cabo Verde nos Anos 2006 a 2010: Perfil de Imigrantes da Guiné-Bissau, Nigéria e Senegal e Relação Imigração-Criminalidade nesse Período

Entre os anos 2006 e 2010 houve um crescente fluxo migratório de cidadãos da Guiné-Bissau, Nigéria e Senegal (GNS) para Cabo Verde, em situação regular e clandestina, de forma incisiva em relação ao de imigrantes dos demais países da CEDEAO. Os dados oficiais sobre o número desses imigrantes são inconsistentes e os serviços responsáveis não têm podido acompanhar a entrada e permanência desses imigrantes, devido à inexistência de condições para o efeito. Ademais, desconhece-se o perfil desses imigrantes. O senso comum associa o aumento da criminalidade por parte de cidadãos africanos, em particular os considerados no estudo, com o aumento da imigração. Foi objectivo geral da investigação caracterizar o perfil dos imigrantes desses países, de 2006 a 2010, e correlacionar a imigração e a criminalidade no período. Participaram imigrantes em situação de liberdade e os reclusos na Cadeia Central da Praia (CCP) ou Cadeia de São Martinho. Fez-se a análise de documentos jurídicos relativos ao estrangeiro no território nacional e outros respeitantes à circulação de pessoas na CEDEAO, e acedeu-se a publicações sobre a insegurança, violência, criminalidade e imigração. A recolha de dados ocorreu na Direcção de Estrangeiros e Fronteiras da Polícia Nacional, na Procuradoria-Geral da República e nos serviços penitenciários da CCP do Ministério da Justiça. De um universo de 3 475 imigrantes, constituiu-se uma amostra de 180, sendo 60 de cada um dos países. Desses imigrantes, 20 eram reclusos na CCP. Para o perfil dos imigrantes, elaborou-se um questionário para as entrevistas e que teve em conta o idioma da nacionalidade dos participantes. Recorreu-se ao coeficiente de correlação de Pearson para verificar a eventual correlação linear entre imigração e criminalidade referidas. Constatou-se que os imigrantes são predominantemente masculinos e jovens, com uma renda familiar inferior à de cabo-verdianos em circunstância similar. São maioritariamente solteiros, com escolaridade ao nível do secundário, inseridos na economia informal e destituídos da segurança social. São maioritariamente cristãos, o que desmistifica a avaliação de que os muçulmanos constituem ameaça para Cabo Verde. Dificuldades económicas nos países de origem foram o motivo mais premente para a imigração e em conjunto com a impossibilidade de irem a outro lugar foram decisivos para os imigrantes permanecerem em Cabo Verde. A ajuda de parentes ou amigos no país de acolhimento foi o que mais pesou na organização da emigração, sugerindo existir, para isso, uma rede social de apoio. A maioria é discriminada e maltratada pelos cabo-verdianos, não obstante ocupar o tempo livre com eles, tê-los como amigos e estar satisfeita com a vida no país. Não se obteve correlação significativa entre imigração e criminalidade em Cabo Verde envolvendo os imigrantes, no período do estudo, IX indicando não contribuírem no incremento da criminalidade e, por conseguinte, na insegurança interna. Destaca-se a necessidade de os serviços governamentais reverterem a inconsistência de dados estatísticos sobre o fluxo migratório, em particular, de cidadãos da CEDEAO para Cabo Verde, a pertinência de estes serem sensibilizados sobre os limites da livre circulação prevista na legislação, e a pertinência de regulamentação dos aspectos fundamentais concernentes ao referido fluxo migratório.

La secuencia onírica y la construcción de la interioridad en la ficción serial contemporánea.

El presente trabajo trata sobre el imaginario de la interioridad en el contexto de la ficción serial contemporánea. Sin establecer una ruta definida por una variable formal determinada (autor, género, corriente estilísitca, etc.) enfocaré este estudio en el recurso expresivo de la secuencia onírica, entendiendo por tal no sólo la filmación de escenas pertenecientes al ámbito del sueño sino también a la recreación del delirio, la alucinación, las visiones, etc.En un sentido amplio, dada la naturaleza del tema escogido, se hará necesaria una reflexión sobre la relación entre vigilia, sueño, tiempo e identidad, así como una reflexión sobre el modo en que la redefinición de estos conceptos desencadena paralelamente una nueva relación de los componentes narrativos con el relato mismo.

Relação entre o zinco "disponível", por diferentes extratores, e as frações de zinco em amostras de solos

Para determinar o zinco "disponível" do solo para plantas, vários procedimentos de extração têm sido desenvolvidos. Uma alternativa utilizada no estudo de extratores do Zn "disponível" refere-se ao fracionamento do Zn total do solo, com vistas em entender suas reações no solo e o comportamento dos extratores. Este trabalho objetivou avaliar a dependência existente entre o teor de Zn disponível, por diferentes extratores, e as frações deste elemento no solo e características dos solos. Para isto, amostras de doze solos da camada de 0-20 cm de profundidade, correspondendo aos grandes grupos de Latossolo Vermelho-Escuro (LE), Latossolo Vermelho-Amarelo (LV), Latossolo Amarelo (LA), Podzólico Vermelho-Amarelo (PV) e Areia Quartzosa (AQ), receberam as doses de 0 e 20 mg dm-3 de Zn e foram incubadas por 30 dias. O Zn extraível por DTPA-TEA-CaCL2, HCl (0,1 mol L-1), Mehlich-1 (M-1) e Mehlich-3 (M-3) foi determinado. Essas amostras dos solos foram também submetidas ao fracionamento de Zn, determinando-se Zn trocável (Zntr), ligado à matéria orgânica (Znmo), ligado a óxido de manganês (ZnMn), ligado a óxido de ferro amorfo (ZnFea) e ligado a óxido de ferro cristalino (ZnFec). Concluiu-se que os extratores DTPA e M-3 revelaram maior sensibilidade às características do solo relacionadas com o fator capacidade (poder tampão). Os extratores M-1 e HCl apresentaram menor sensibilidade e menor correlação com estas características, considerando seu maior poder de extração e conseqüente menor desgaste. A relação Zn recuperado pelo extrator/Zn aplicado ao solo demonstrou ser a característica que melhor se correlacionou com características do solo relacionadas com o fator capacidade de Zn. A fração de Zn trocável foi a maior responsável pela quantidade de Zn obtido pelos extratores testados. As frações de Zntr, Znmo, ZnMn, ZnFea e ZnFec não foram suficientes para explicar, em todos os casos, o zinco recuperado pelos extratores.

Sistemas consorciados de aveia preta e ervilhaca comum como cobertura de solo e seus efeitos na cultura do milho em sucessão

Com o aumento do cultivo do milho no sistema plantio direto (SPD), várias espécies vegetais de inverno estão sendo avaliadas, visando à obtenção de uma cobertura de solo que beneficie o milho cultivado em sucessão e o SPD. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de três densidades de semeadura de aveia preta e ervilhaca comum em sistemas consorciados e em cultivos isolados e de três níveis de adubação nitrogenada (zero, 60 e 160 kg ha-1) aplicados em cobertura sobre a cultura do milho em sucessão. O experimento foi realizado em campo na Estação Experimental Agronômica da UFRGS em Eldorado do Sul (RS), no ano agrícola 1998/99. O rendimento total de matéria seca da cobertura de solo foi similar entre os sistemas consorciados de aveia e ervilhaca e os cultivos isolados. O aumento da dose de N aplicada no milho e o incremento da proporção de sementes de ervilhaca no consórcio da cobertura de solo elevaram a quantidade de N acumulado por planta de milho. Na produtividade de grãos de milho, percebeu-se interação de doses de N aplicadas e sistemas de cobertura de solo. Sem aplicação de N, houve aumento de 321 kg ha-1 na produtividade de grãos, para cada 10% de substituição de aveia por ervilhaca nos sistemas de consórcio. Com 60 kg ha-1 de N, a resposta foi quadrática; com 160 kg ha-1, não houve efeito das coberturas de solo no inverno sobre a produtividade de grãos. A produtividade de grãos de milho cultivado em sucessão à aveia em cultivo isolado ou em consórcio com ervilhaca aumentou linearmente com o aumento da dose da adubação nitrogenada; em sucessão à ervilhaca em cultivo isolado, não houve resposta do milho à adubação nitrogenada.

Fator erosividade da chuva de Piraju (SP): distribuição, probabilidade de ocorrência, período de retorno e correlação com o coeficiente de chuva

Foram selecionadas 874 chuvas individuais erosivas, de uma série contínua de 23 anos de registros de dados pluviográficos. As chuvas selecionadas foram cotadas, digitalizadas e, posteriormente, analisadas. O índice de erosividade, EI30, médio anual calculado foi de 7.074 MJ mm ha-1 h-1 ano-1. Espera-se que este índice ocorra no local pelo menos uma vez a cada 2,33 anos, com uma probabilidade de 42,92%. Os valores dos índices anuais de erosividade de Piraju, esperados nos períodos de retorno de 2, 5, 10, 20, 50 e 100 anos, foram, respectivamente, de 6.696, 8.730, 10.076, 11.367, 13.039 e 14.292 MJ mm ha-1 h-1 ano-1. Foi observada uma distribuição de 78,5% do total da erosividade anual durante o semestre de outubro a março, indicando que, nesse período, era esperada a maior parte das perdas de solo por erosão. Observou-se elevada correlação entre o índice de erosividade, EI30, médio mensal e o coeficiente de chuva. Portanto, a equação de regressão determinada permite que seja estimado, com boa margem de segurança, o EI30 para outros locais que não possuam dados pluviográficos, mas que disponham de dados pluviométricos e condições climáticas semelhantes às de Piraju (SP).

Erosividade da chuva: distribuição e correlação com a precipitação pluviométrica de Teodoro Sampaio (SP)

Foram separadas 812 chuvas individuais consideradas erosivas de uma série contínua de 19 anos de registros de dados pluviográficos. As chuvas selecionadas foram cotadas, digitalizadas e, posteriormente, analisadas pelo programa desenvolvido por Cataneo et al. (1982). O fator erosividade da chuva, expresso pelo parâmetro EI30 médio anual calculado, foi de 7.172 MJ mm ha-1 h-1 ano-1, fator esperado no local pelo menos uma vez a cada 2,33 anos, com uma probabilidade de ocorrência de 42,9 %. Os valores anuais de erosividade de Teodoro Sampaio, esperados nos períodos de retorno de 2, 5, 10, 20, 50 e 100 anos, foram, respectivamente, de 6.831, 8.666, 9.877, 11.046, 12.546 e 13.675 MJ mm ha-1 h-1 ano-1. No semestre de outubro a março, ocorreu 74,0 % da erosividade anual, sendo 45,7 % de dezembro a fevereiro. Observou-se elevada correlação entre o parâmetro EI30 médio mensal e o coeficiente de chuva (P²/P). Portanto, a equação de regressão determinada permite que seja estimado, com boa margem de segurança, o fator R para outros locais que não disponham de dados pluviográficos, mas que, entretanto, tenham dados pluviométricos e condições climáticas semelhantes às de Teodoro Sampaio (SP).

A erosividade das chuvas em Fortaleza (CE): II - correlação com o coeficiente de chuva e atualização do fator R no período de 1962 a 2000

A correlação entre o índice de erosividade EI30 e o coeficiente de chuva (Rc) no período de 1962 a 1981, em Fortaleza (CE), foi avaliada com o objetivo não só de analisar a viabilidade de utilização do Rc na atualização dos valores da erosividade no período de 1982 a 2000 nesse município, mas também de identificar uma equação que pudesse ser empregada para estimar a erosividade em outras localidades da zona litorânea do estado do Ceará onde não existem diagramas de pluviógrafos. Um alto coeficiente de correlação (r = 0,99**) foi encontrado entre os valores mensais do índice EI30 e o Rc. O melhor ajuste na regressão entre essas variáveis foi encontrado na equação EI30 = 73,989Rc0,7387. O emprego dessa equação permitiu atualizar o fator R em Fortaleza no período de 1962 a 2000, estendendo, dessa forma, a computação de dados de erosividade para uma série contínua de 39 anos. O fator R atualizado para essa série foi de 6.900 MJ mm (ha h ano)-1 , com 69,5 % desse valor anual distribuído nos meses de janeiro a abril. Este trabalho também forneceu informações úteis para planejar o controle da erosão e para estimar, com precisão razoável, a erosividade em outros locais do litoral cearense, desprovidos de diagramas de pluviógrafos.

Serial protein labeling with infrared maleimide dyes to identify cysteine modifications

Cysteine thiol modifications are increasingly recognized to occur under both physiological and pathophysiological conditions, making their accurate detection, identification and quantification of growing importance. However, saturation labeling of thiols with fluorescent dyes results in poor protein recuperation and therefore requires the use of large quantities of starting material. This is especially important in sequential dye-labeling steps when applied for an identification of cysteine modifications. First, we studied the effects of different detergents during labeling procedure, i.e. Tween 20, Triton X-100 and CHAPS, on protein yield and composition. Tween 20 and Triton X-100 resulted in yields of around 50% labeled proteins compared to only 10% with PBS alone and a most diversified 2-DE protein pattern. Secondly, Tween 20 was used for serial protein labeling with maleimid fluorophores, first to conjugate to accessible thiols and after a reduction to label with another fluorophore previously masked di-sulphide and/or oxidized proteins in frontal cortex autopsy tissue of a subject with mild Alzheimer's disease. Two-DE DIGE revealed a complex protein pattern of readily labeled thiols and di-sulphide and/or oxidized proteins. Seventeen proteins were identified by MALDI-TOF and by peptide fingerprints. Several proteins were oxidized and involved in Alzheimer's disease. However methionine oxidation was prevalent. Infrared DIGE may provide an additional tool for an identification of oxidation susceptible proteins.

Correlação entre características de latossolos e parâmetros de equações de adsorção de cobre e zinco

A adsorção de Cu e Zn é um dos principais fenômenos responsáveis pela disponibilidade desses elementos para as plantas. Portanto, estudos sobre a adsorção desses elementos em solos podem ser ferramentas úteis para compreensão da relação entre características dos solos e retenção desses micronutrientes. Nesse sentido, o presente trabalho objetivou caracterizar a adsorção de Cu e Zn em amostras de seis Latossolos de Minas Gerais e as influências de características dos solos sobre os parâmetros de adsorção obtidos pelas equações de Langmuir e de Freundlich. Para tanto, foram utilizadas soluções de cloreto de cobre e cloreto de zinco nas concentrações 0, 10, 20, 40, 60, 80, 100, 120 e 140 mg L-1, ajustadas a pH 5,5. As equações de Langmuir e Freundlich foram eficientes na determinação dos parâmetros de adsorção de Zn e Cu, sendo os teores de argila e de matéria orgânica, respectivamente, as características mais bem relacionadas com a capacidade de adsorção desses elementos pelos solos. Os solos estudados apresentaram maior energia de ligação dos sítios de troca e maior capacidade de adsorção máxima para Cu relativamente ao Zn. O P remanescente não se correlacionou com os parâmetros de adsorção de Zn, em virtude, provavelmente, da influência da matéria orgânica em sua determinação. Este fato pode limitar sua eficiência na previsão da adsorção deste elemento em solos com alto teor de C orgânico.

Estabilidade temporal da distribuição espacial da armazenagem de água em um solo cultivado com citros

O presente trabalho objetivou quantificar e caracterizar a variabilidade espaço-temporal e a estabilidade temporal da armazenagem da água em um Latossolo Amarelo argissólico cultivado com citros. A parcela experimental foi montada em um solo sob uma cultura de citros com 10 anos de idade, consistindo de 40 pontos de observação ao longo de duas transeções, com espaçamento de 4 x 7 m, isto é, duas transeções 1 e 2 (coincidentes com duas linhas de plantas) paralelas e distantes entre si de 7 m e cada uma delas com 20 pontos, separados um do outro de 4 m, delimitando uma área de terreno de dimensões 80 x 14 m (40 plantas). Cada ponto localizava-se no centro da distância entre duas plantas (2 m do tronco) na linha de plantas. Os pontos de observação da transecão 1 foram enumerados de 1 a 20 e os da transecão 2 de 21 a 40 no sentido aposto. Em cada ponto de observação, foi instalado um tubo de acesso à sonda de nêutrons até a profundidade de 1,20 m. As medições foram feitas ao longo de dois anos, em períodos compreendidos entre novembro e julho do ano seguinte, semanalmente. Em cada ponto de observação, foram retiradas amostras de solo com estrutura deformada para a quantificação das frações granulométricas ao longo do perfil. A estabilidade temporal foi observada pelo comportamento dos valores nos 40 pontos ao longo do tempo, os quais mantiveram a sua característica, independentemente do tempo de amostragem, o que pôde ser comprovado por meio do coeficiente de correlação de Pearson utilizado entre datas de observação. Por meio da técnica da diferença relativa, foi possível identificar os pontos que, independentemente de tempo, estimaram a média real do campo, os mais secos e os mais úmidos. O ponto 28 foi escolhido, em decorrência do valor da diferença relativa, como o ponto representativo da média, e identificou-se o ponto 15 como o mais seco e o 05 como o mais úmido.