MRSA screening by the Xpert MRSA PCR assay: pooling samples of the nose, throat, and groin increases the sensitivity of detection without increasing the laboratory costs.

The performance of the Xpert MRSA polymerase chain reaction (PCR) assay on pooled nose, groin, and throat swabs (three nylon flocked eSwabs into one tube) was compared to culture by analyzing 5,546 samples. The sensitivity [0.78, 95 % confidence interval (CI) 0.73-0.82] and specificity (0.99, 95 % CI 0.98-0.99) were similar to the results from published studies on separated nose or other specimens. Thus, the performance of the Xpert MRSA assay was not affected by pooling the three specimens into one assay, allowing a higher detection rate without increasing laboratory costs, as compared to nose samples alone.

A validated assay for measuring doxorubicin in biological fluids and tissues in an isolated lung perfusion model: matrix effect and heparin interference strongly influence doxorubicin measurements.

Doxorubicin is an antineoplasic agent active against sarcoma pulmonary metastasis, but its clinical use is hampered by its myelotoxicity and its cumulative cardiotoxicity, when administered systemically. This limitation may be circumvented using the isolated lung perfusion (ILP) approach, wherein a therapeutic agent is infused locoregionally after vascular isolation of the lung. The influence of the mode of infusion (anterograde (AG): through the pulmonary artery (PA); retrograde (RG): through the pulmonary vein (PV)) on doxorubicin pharmacokinetics and lung distribution was unknown. Therefore, a simple, rapid and sensitive high-performance liquid chromatography method has been developed to quantify doxorubicin in four different biological matrices (infusion effluent, serum, tissues with low or high levels of doxorubicin). The related compound daunorubicin was used as internal standard (I.S.). Following a single-step protein precipitation of 500 microl samples with 250 microl acetone and 50 microl zinc sulfate 70% aqueous solution, the obtained supernatant was evaporated to dryness at 60 degrees C for exactly 45 min under a stream of nitrogen and the solid residue was solubilized in 200 microl of purified water. A 100 microl-volume was subjected to HPLC analysis onto a Nucleosil 100-5 microm C18 AB column equipped with a guard column (Nucleosil 100-5 microm C(6)H(5) (phenyl) end-capped) using a gradient elution of acetonitrile and 1-heptanesulfonic acid 0.2% pH 4: 15/85 at 0 min-->50/50 at 20 min-->100/0 at 22 min-->15/85 at 24 min-->15/85 at 26 min, delivered at 1 ml/min. The analytes were detected by fluorescence detection with excitation and emission wavelength set at 480 and 550 nm, respectively. The calibration curves were linear over the range of 2-1000 ng/ml for effluent and plasma matrices, and 0.1 microg/g-750 microg/g for tissues matrices. The method is precise with inter-day and intra-day relative standard deviation within 0.5 and 6.7% and accurate with inter-day and intra-day deviations between -5.4 and +7.7%. The in vitro stability in all matrices and in processed samples has been studied at -80 degrees C for 1 month, and at 4 degrees C for 48 h, respectively. During initial studies, heparin used as anticoagulant was found to profoundly influence the measurements of doxorubicin in effluents collected from animals under ILP. Moreover, the strong matrix effect observed with tissues samples indicate that it is mandatory to prepare doxorubicin calibration standard samples in biological matrices which would reflect at best the composition of samples to be analyzed. This method was successfully applied in animal studies for the analysis of effluent, serum and tissue samples collected from pigs and rats undergoing ILP.

An ultra performance liquid chromatography-tandem MS assay for tamoxifen metabolites profiling in plasma: first evidence of 4'-hydroxylated metabolites in breast cancer patients.

There is increasing evidence that the clinical efficacy of tamoxifen, the first and most widely used targeted therapy for estrogen-sensitive breast cancer, depends on the formation of the active metabolites 4-hydroxy-tamoxifen and 4-hydroxy-N-desmethyl-tamoxifen (endoxifen). Large inter-individual variability in endoxifen plasma concentrations has been observed and related both to genetic and environmental (i.e. drug-induced) factors altering CYP450s metabolizing enzymes activity. In this context, we have developed an ultra performance liquid chromatography-tandem mass spectrometry method (UPLC-MS/MS) requiring 100 μL of plasma for the quantification of tamoxifen and three of its major metabolites in breast cancer patients. Plasma is purified by a combination of protein precipitation, evaporation at room temperature under nitrogen, and reconstitution in methanol/20 mM ammonium formate 1:1 (v/v), adjusted to pH 2.9 with formic acid. Reverse-phase chromatographic separation of tamoxifen, N-desmethyl-tamoxifen, 4-hydroxy-tamoxifen and 4-hydroxy-N-desmethyl-tamoxifen is performed within 13 min using elution with a gradient of 10 mM ammonium formate and acetonitrile, both containing 0.1% formic acid. Analytes quantification, using matrix-matched calibration samples spiked with their respective deuterated internal standards, is performed by electrospray ionization-triple quadrupole mass spectrometry using selected reaction monitoring detection in the positive mode. The method was validated according to FDA recommendations, including assessment of relative matrix effects variability, as well as tamoxifen and metabolites short-term stability in plasma and whole blood. The method is precise (inter-day CV%: 2.5-7.8%), accurate (-1.4 to +5.8%) and sensitive (lower limits of quantification comprised between 0.4 and 2.0 ng/mL). Application of this method to patients' samples has made possible the identification of two further metabolites, 4'-hydroxy-tamoxifen and 4'-hydroxy-N-desmethyl-tamoxifen, described for the first time in breast cancer patients. This UPLC-MS/MS assay is currently applied for monitoring plasma levels of tamoxifen and its metabolites in breast cancer patients within the frame of a clinical trial aiming to assess the impact of dose increase on tamoxifen and endoxifen exposure.

What kind of relationships between the evolution of pain, beliefs and bio-psycho-social complexity after a locomotor traumatism?

Introduction: Pain and beliefs have an influence on the patient's course in rehabilitation, pain causes fears and fears influence pain perception. The aim of this study is to understand pain and beliefs evolutions during rehabilitation taking into account of bio-psycho-social complexity.Patients and methods: 631 consecutive patients admitted in rehabilitation after a musculoskeletal traumatism were included and assessed at admission and at discharge. Pain was measured by VAS (Visual Analogical Scale), bio-psycho-social complexity by Intermed scale, and beliefs by judgement on Lickert scales. Four kinds of beliefs were evaluated: fear of a severe origin of pain, fear of movement, fear of pain and feeling of distress (loss of control). The association between the changes in pain and beliefs during the hospitalization was assessed by linear regressions.Results: After adjustment for gender, age, education and native language, patients with a decrease in pain during rehabilitation have higher probability of decreasing their fears. For the distress feeling, this relationship is weaker among bio-psycho-socially complex patients (odds-ratio 1.22 for each decreasing of 10mm/100 VAS) than among non-complex patients (OR 1.47). Patients with a pain decrease of 30% or more during hospitalization have higher probability of seeing their fears decrease, this relationship being stronger in complex patient for fear of a severe origin of pain.Discussion: The relationships between evolution of pain and beliefs move in the same direction. The higher a patient feels pain, the less they could be able to modify their dysfunctional beliefs. When the pain diminishes of 30% or more, the probability to challenge the beliefs is increased. The prognostic with regard to feeling of distress and fear of a severe origin of pain, is worse among bio-psycho-socially complex patients.

Exploración bio - oceanológica básica del área Callao - Punta Aguja Crucero E-6503

Describe las condiciones bio-oceanológicas encontradas en la región Callao -Punta Aguja, durante el Crucero E-6503, admitiendo que hubo cambios en el régimen térmico de nuestro mar, ocasionados por el avance hacia el sur de aguas ecuatoriales con temperaturas de 26º -24º C y salinidades de 34.6 -34.1 º/00. Por otro lado demuestra que la corriente costanera se presentó en forma de una franja estrecha, variable de 10-40 millas de la costa con temperaturas de 22º - 19º C y salinidades alrededor de 34.9 º/00. Estas aguas presentaron su mayor ensanchamiento al norte de Huarmey hasta Pimentel.

Label-free cytotoxicity screening assay by digital holographic microscopy

Abstract We introduce a label-free technology based on digital holographic microscopy (DHM) with applicability for screening by imaging, and we demonstrate its capability for cytotoxicity assessment using mammalian living cells. For this first high content screening compatible application, we automatized a digital holographic microscope for image acquisition of cells using commercially available 96-well plates. Data generated through both label-free DHM imaging and fluorescence-based methods were in good agreement for cell viability identification and a Z'-factor close to 0.9 was determined, validating the robustness of DHM assay for phenotypic screening. Further, an excellent correlation was obtained between experimental cytotoxicity dose-response curves and known IC values for different toxic compounds. For comparable results, DHM has the major advantages of being label free and close to an order of magnitude faster than automated standard fluorescence microscopy.

O Quadro Nacional de Bio-Segurança para Cabo Verde

A aplicação das biotecnologias é hoje considerada uma parte importante da solução aos problemas gerados pela insegurança alimentar e a redução da pobreza no mundo. Contudo, há necessidade da avaliação dos riscos reais associados à liberação dos Organismos Geneticamente Modificados (OGMs) desde que existe a possibilidade potencial de danos ao ambiente e à saúde humana, pela alteração da diversidade biológica. Face ao desenvolvimento acelerado da biotecnologia moderna e face ao desconhecimento das reais consequências das interacções dos OGMs com os diversos ecossistemas, a comunidade internacional adoptou o Protocolo de Cartagena sobre a Bio-segurança como um instrumento de prevenção dos riscos provenientes de produtos biotecnológicos. Este Protocolo é um instrumento jurídico internacional de cariz obrigatório adoptado pela Conferência das Partes aquando da Convenção “Quadro das Nações Unidas sobre a Diversidade Biológica (CDB)”, em 1992. A Convenção, reconhecendo o enorme potencial da biotecnologia moderna para a resolução dos problemas antes mencionados, objectiva “contribuir para assegurar um nível adequado de protecção para a transferência, manipulação e utilização segura dos organismos vivos modificados resultantes da biotecnologia moderna, e que possam ter efeitos adversos para a conservação e utilização sustentável da diversidade biológica, considerando igualmente os riscos para a saúde humana, e centrando-se especificamente nos movimentos transfronteiriços”. O governo de Cabo Verde, consciente da importância que se relaciona à protecção da biodiversidade das ilhas e da saúde pública contra os potenciais riscos dos OGMs, assinou, através do Decreto nº 11/2005 de 26 de Setembro, o Protocolo de Cartagena sobre a Bio-segurança. Com a ratificação do PCB, a 1 de Novembro de 2005, o país comprometeu-se a cumprir as exigências e obrigações do Protocolo, dentre as quais, a elaboração e materialização do O objectivo primário do Projecto para o desenvolvimento do Quadro Nacional de Bio-segurança ou, simplesmente, Projecto Nacional de Bio-segurança (PNB), é o de desenvolver um Quadro Nacional de Bio-segurança para CV, de acordo com as necessidades relevantes do protocolo de Cartagena, considerando principalmente que “cada parte deve tomar as medidas legais, administrativas e outras apropriadas para implementar suas obrigações sob o protocolo”. Para a implementação do Plano, Cabo Verde fez uma análise do cenário actual da biotecnologia e da Bio-segurança, propôs um quadro jurídico institucional Nacional e elaborou um plano de acção para implementação do Quadro Nacional de Bio-segurança (QNB). Este Quadro consiste num conjunto de instrumentos políticos, legais, administrativos e técnicos, próprios para atingir as necessidades relevantes do Protocolo de Cartagena. Especificamente, o quadro visa o estabelecimento de bases científicas e sistemas transparentes de tomada de decisão que habilitem o país a beneficiar dos potenciais benefícios da biotecnologia moderna, assegurando a máxima protecção do ambiente, saúde humana e animal dos potenciais riscos dessa biotecnologia; assegurar que a investigação, liberação e manuseio de produtos da biotecnologia moderna sejam desenvolvidos de forma a minimizar os potenciais riscos para o ambiente, saúde humana e animal e; assegurar o manuseio e o movimento transfronteiriço seguros de produtos derivados da biotecnologia moderna. Entretanto, embora o país não dispõe de nenhuma política que aborde a questão concreta da Bio-segurança, existem prioridades nacionais no contexto de objectivos maiores de desenvolvimento, como o desenvolvimento sustentável, conservação da biodiversidade, desenvolvimento agrícola, segurança alimentar, etc., sob os quais uma política de biotecnologia e Biosegurança no quadro do QNB será desenvolvida. Ela será alicerçada nas políticas existentes para os vários sectores, principalmente, nos domínios do ambiente (conservação da biodiversidade), da saúde pública, da agricultura (protecção fitossanitária e sanidade animal) e da pesca, embora a investigação neste domínio seja ainda incipiente. O desenvolvimento e a implementação do quadro nacional de Bio-segurança enfatizam e priorizam o reforço da capacitação institucional e técnico para o manuseamento dos OGMs, permitindo a adequação e reorganização das estruturas existentes. Não obstante, o país pode utilizar os produtos da biotecnologia moderna já disponíveis, em benefício da produção alimentar, da saúde humana e animal, do ambiente, do melhoramento do sector florestal, da pesca e da indústria. Para concretizar o plano, foi proposta a criação de um sistema administrativo e institucional composto por seis órgãos, nomeadamente, a Autoridade Nacional Competente, o Conselho Nacional de Bio-segurança; o Comité Regulador (CR) /Monitorização e Fiscalização; o Secretariado Técnico (ST); o Painel Técnico Científico (PTC) e; o Comité Público. Cada um desses órgãos tem funções específicas que vão desde a orientação das vertentes políticas do país até a sensibilização e educação do público no referente ao assunto. A proposta inclui uma Autoridade Nacional Competente única, sob a alçada do Ministério do Ambiente e Agricultura, como o órgão responsável pela autorização ou não da introdução/criação de OGMs, pela coordenação de todas as actividades ligadas à Bio-segurança; e pela recepção de pedidos de autorização e a gestão de notificações, sejam eles para importação, liberação, propagação ou comercialização; ou uso directo para a alimentação, derivado ou produtos do processamento de produtos alimentares, através do Secretariado Técnico. O diploma legislativo proposto estabelece as normas de segurança e mecanismos de fiscalização à importação, exportação, trânsito, produção, manipulação, manuseamento e utilização de organismos geneticamente modificados (OGM) e seus produtos, em conformidade com o princípio da precaução e tendo em vista a protecção da vida e a saúde do homem, dos animais e das plantas, bem como, o meio ambiente. As normas estabelecidas pelo diploma aplicam-se a todas as entidades públicas e privadas envolvidas na importação, exportação, trânsito, produção, manipulação, manuseamento e utilização de OGM e seus produtos, sem prejuízo do regime fixado para as operações de comércio externo de e para Cabo Verde e demais legislação aplicável. O diploma também não se aplica aos movimentos transfronteiriços de fármacos para seres humanos, que sejam OGM e seus produtos, e que estejam sujeitos a legislação específica. E finalmente, visando assegurar que o QNB para Cabo Verde seja cabalmente activo no país, foi concebido um plano de acção quinquenal para sua operacionalização. Este plano de acção consiste num conjunto de actividades que deverão ser adoptadas e realizadas nos próximos cinco anos, sendo estas: o estabelecimento de um quadro institucional e administrativo de Bio-segurança; estabelecimento de um sistema de consciencialização, educação e participação para bio-segurança; criação de capacidade local para o manuseio da biotecnologia; reforço da capacidade local institucional existente no domínio da biotecnologia/bio-segurança; estudo dos impactos da biotecnologia moderna na agricultura local (incluindo produção pecuária e aquacultura); manutenção do uso seguro de produtos farmacêuticos e alimentares como uma prioridade no domínio da saúde pública e; certificação de um conjunto de medidas e políticas efectivas que acompanhem as constantes mudanças.

O Quadro Nacional de Bio-Segurança para Cabo Verde

A aplicação das biotecnologias é hoje considerada uma parte importante da solução aos problemas gerados pela insegurança alimentar e a redução da pobreza no mundo. Contudo, há necessidade da avaliação dos riscos reais associados à liberação dos Organismos Geneticamente Modificados (OGMs) desde que existe a possibilidade potencial de danos ao ambiente e à saúde humana, pela alteração da diversidade biológica. Face ao desenvolvimento acelerado da biotecnologia moderna e face ao desconhecimento das reais consequências das interacções dos OGMs com os diversos ecossistemas, a comunidade internacional adoptou o Protocolo de Cartagena sobre a Bio-segurança como um instrumento de prevenção dos riscos provenientes de produtos biotecnológicos. Este Protocolo é um instrumento jurídico internacional de cariz obrigatório adoptado pela Conferência das Partes aquando da Convenção “Quadro das Nações Unidas sobre a Diversidade Biológica (CDB)”, em 1992. A Convenção, reconhecendo o enorme potencial da biotecnologia moderna para a resolução dos problemas antes mencionados, objectiva “contribuir para assegurar um nível adequado de protecção para a transferência, manipulação e utilização segura dos organismos vivos modificados resultantes da biotecnologia moderna, e que possam ter efeitos adversos para a conservação e utilização sustentável da diversidade biológica, considerando igualmente os riscos para a saúde humana, e centrando-se especificamente nos movimentos transfronteiriços”. O governo de Cabo Verde, consciente da importância que se relaciona à protecção da biodiversidade das ilhas e da saúde pública contra os potenciais riscos dos OGMs, assinou, através do Decreto nº 11/2005 de 26 de Setembro, o Protocolo de Cartagena sobre a Bio-segurança. Com a ratificação do PCB, a 1 de Novembro de 2005, o país comprometeu-se a cumprir as exigências e obrigações do Protocolo, dentre as quais, a elaboração e materialização do O objectivo primário do Projecto para o desenvolvimento do Quadro Nacional de Bio-segurança ou, simplesmente, Projecto Nacional de Bio-segurança (PNB), é o de desenvolver um Quadro Nacional de Bio-segurança para CV, de acordo com as necessidades relevantes do protocolo de Cartagena, considerando principalmente que “cada parte deve tomar as medidas legais, administrativas e outras apropriadas para implementar suas obrigações sob o protocolo”. Para a implementação do Plano, Cabo Verde fez uma análise do cenário actual da biotecnologia e da Bio-segurança, propôs um quadro jurídico institucional Nacional e elaborou um plano de acção para implementação do Quadro Nacional de Bio-segurança (QNB). Este Quadro consiste num conjunto de instrumentos políticos, legais, administrativos e técnicos, próprios para atingir as necessidades relevantes do Protocolo de Cartagena. Especificamente, o quadro visa o estabelecimento de bases científicas e sistemas transparentes de tomada de decisão que habilitem o país a beneficiar dos potenciais benefícios da biotecnologia moderna, assegurando a máxima protecção do ambiente, saúde humana e animal dos potenciais riscos dessa biotecnologia; assegurar que a investigação, liberação e manuseio de produtos da biotecnologia moderna sejam desenvolvidos de forma a minimizar os potenciais riscos para o ambiente, saúde humana e animal e; assegurar o manuseio e o movimento transfronteiriço seguros de produtos derivados da biotecnologia moderna. Entretanto, embora o país não dispõe de nenhuma política que aborde a questão concreta da Bio-segurança, existem prioridades nacionais no contexto de objectivos maiores de desenvolvimento, como o desenvolvimento sustentável, conservação da biodiversidade, desenvolvimento agrícola, segurança alimentar, etc., sob os quais uma política de biotecnologia e Biosegurança no quadro do QNB será desenvolvida. Ela será alicerçada nas políticas existentes para os vários sectores, principalmente, nos domínios do ambiente (conservação da biodiversidade), da saúde pública, da agricultura (protecção fitossanitária e sanidade animal) e da pesca, embora a investigação neste domínio seja ainda incipiente. O desenvolvimento e a implementação do quadro nacional de Bio-segurança enfatizam e priorizam o reforço da capacitação institucional e técnico para o manuseamento dos OGMs, permitindo a adequação e reorganização das estruturas existentes. Não obstante, o país pode utilizar os produtos da biotecnologia moderna já disponíveis, em benefício da produção alimentar, da saúde humana e animal, do ambiente, do melhoramento do sector florestal, da pesca e da indústria. Para concretizar o plano, foi proposta a criação de um sistema administrativo e institucional composto por seis órgãos, nomeadamente, a Autoridade Nacional Competente, o Conselho Nacional de Bio-segurança; o Comité Regulador (CR) /Monitorização e Fiscalização; o Secretariado Técnico (ST); o Painel Técnico Científico (PTC) e; o Comité Público. Cada um desses órgãos tem funções específicas que vão desde a orientação das vertentes políticas do país até a sensibilização e educação do público no referente ao assunto. A proposta inclui uma Autoridade Nacional Competente única, sob a alçada do Ministério do Ambiente e Agricultura, como o órgão responsável pela autorização ou não da introdução/criação de OGMs, pela coordenação de todas as actividades ligadas à Bio-segurança; e pela recepção de pedidos de autorização e a gestão de notificações, sejam eles para importação, liberação, propagação ou comercialização; ou uso directo para a alimentação, derivado ou produtos do processamento de produtos alimentares, através do Secretariado Técnico. O diploma legislativo proposto estabelece as normas de segurança e mecanismos de fiscalização à importação, exportação, trânsito, produção, manipulação, manuseamento e utilização de organismos geneticamente modificados (OGM) e seus produtos, em conformidade com o princípio da precaução e tendo em vista a protecção da vida e a saúde do homem, dos animais e das plantas, bem como, o meio ambiente. As normas estabelecidas pelo diploma aplicam-se a todas as entidades públicas e privadas envolvidas na importação, exportação, trânsito, produção, manipulação, manuseamento e utilização de OGM e seus produtos, sem prejuízo do regime fixado para as operações de comércio externo de e para Cabo Verde e demais legislação aplicável. O diploma também não se aplica aos movimentos transfronteiriços de fármacos para seres humanos, que sejam OGM e seus produtos, e que estejam sujeitos a legislação específica. E finalmente, visando assegurar que o QNB para Cabo Verde seja cabalmente activo no país, foi concebido um plano de acção quinquenal para sua operacionalização. Este plano de acção consiste num conjunto de actividades que deverão ser adoptadas e realizadas nos próximos cinco anos, sendo estas: o estabelecimento de um quadro institucional e administrativo de Bio-segurança; estabelecimento de um sistema de consciencialização, educação e participação para bio-segurança; criação de capacidade local para o manuseio da biotecnologia; reforço da capacidade local institucional existente no domínio da biotecnologia/bio-segurança; estudo dos impactos da biotecnologia moderna na agricultura local (incluindo produção pecuária e aquacultura); manutenção do uso seguro de produtos farmacêuticos e alimentares como uma prioridade no domínio da saúde pública e; certificação de um conjunto de medidas e políticas efectivas que acompanhem as constantes mudanças.

Monitoreo bio-oceanográfico pesquero LP IMARPE IV 0106, de Playuelas (17°16'S) a dominio marítimo sur del Perú (18°21'S)

Analiza las condiciones biológicas y oceanográficas relacionadas con la distribución y abundancia de las principales especies pelágico-costeras, con énfasis en el recurso anchoveta. El monitoreo bio-oceanográfico pesquero se realizó del 06 al 10 de junio de 2001 hasta una distancia máxima de aproximadamente 40 mm de la costa.

Condiciones bio-oceanográfica frente a la costa norte y centro del Perú durante octubre y noviembre 1995 (Operación MOPFEN 9510-11)

Constituye una análisis de la información oceanográfica obtenida de la Operación MOPFEN 9510-11 que se ejecutó del 25 de Octubre al 10 de noviembre de 1995, a bordo de la E/E Huamanga del CEP de Paita. Para ello, se realizó seis perfiles oceanográficos frente a Puerto Pizarro, Paita, Punta Falsa, Chicama, Chimbote y Callao. El estudio tuvo por finalidad conocer la variación que han tenido los parámetros ambientales durante la primavera e identificar la tendencia de las condiciones del mar peruano para el mes de diciembre de 1995 e inicios del verano de 1996, todo ello en base a ocurrencias de anomalías ambientales relacionadas al Fenómeno El Niño.

I Prospección bio-oceanográfica y pesca en el Callao (Playas carpayo, Arenilla, Cocos y Mar Brava)

Presenta el estudio bio-oceanográfico en las playas de Carpayo, Arenilla, Cocos y Mar Brava del Callao, con la finalidad de ampliar el conocimiento sobre la intensidad del fenómeno El Niño 1991-1993 a través de indicadores biológicos y definir la fauna típica estacional de la zona.

Notas sobre el estado actual del stock de anchoveta a base del informe del panel de expertos realizado en julio de 1972 y de los últimos estudios y prospecciones bio-oceanológicas efectuados por el Instituto del Mar

Revisa los acontecimientos recientes de la pesquería de anchoveta a la luz de las investigaciones contínuas realizadas y de las conclusiones del terce informe del Panel de Expertos en dinámica de poblaciones.

Multicenter, Prospective Clinical Evaluation of Respiratory Samples from Subjects at Risk for Pneumocystis jirovecii Infection by Use of a Commercial Real-Time PCR Assay.

Pneumocystis jirovecii pneumonia (PCP) is a common opportunistic infection. Microscopic diagnosis, including diagnosis using the Merifluor-Pneumocystis direct fluorescent antigen (MP-DFA) test, has limitations. Real-time PCR may assist in diagnosis, but no commercially validated real-time PCR assay has been available to date. MycAssay Pneumocystis is a commercial assay that targets the P. jirovecii mitochondrial large subunit (analytical detection limit, ≤3.5 copies/μl of sample). A multicenter trial recruited 110 subjects: 54 with transplants (40 with lung transplants), 32 with nonmalignant conditions, 13 with leukemia, and 11 with solid tumors; 9 were HIV positive. A total of 110 respiratory samples (92% of which were bronchoalveolar lavage [BAL] specimens) were analyzed by PCR. Performance was characterized relative to investigator-determined clinical diagnosis of PCP (including local diagnostic tests), and PCR results were compared with MP-DFA test results for 83 subjects. Thirteen of 14 subjects with PCP and 9/96 without PCP (including 5 undergoing BAL surveillance after lung transplantation) had positive PCR results; sensitivity, specificity, and positive and negative predictive values (PPV and NPV, respectively) were 93%, 91%, 59%, and 99%, respectively. Fourteen of 83 subjects for whom PCR and MP-DFA test results were available had PCP; PCR sensitivity, specificity, PPV, and NPV were 93%, 90%, 65%, and 98%, respectively, and MP-DFA test sensitivity, specificity, PPV, and NPV were 93%, 100%, 100%, and 98%. Of the 9 PCR-positive subjects without PCP, 1 later developed PCP. The PCR diagnostic assay compares well with clinical diagnosis using nonmolecular methods. Additional positive results compared with the MP-DFA test may reflect low-level infection or colonization.