eggNOG v4.0: nested orthology inference across 3686 organisms

With the increasing availability of various 'omics data, high-quality orthology assignment is crucial for evolutionary and functional genomics studies. We here present the fourth version of the eggNOG database (available at http://eggnog.embl.de) that derives nonsupervised orthologous groups (NOGs) from complete genomes, and then applies a comprehensive characterization and analysis pipeline to the resulting gene families. Compared with the previous version, we have more than tripled the underlying species set to cover 3686 organisms, keeping track with genome project completions while prioritizing the inclusion of high-quality genomes to minimize error propagation from incomplete proteome sets. Major technological advances include (i) a robust and scalable procedure for the identification and inclusion of high-quality genomes, (ii) provision of orthologous groups for 107 different taxonomic levels compared with 41 in eggNOGv3, (iii) identification and annotation of particularly closely related orthologous groups, facilitating analysis of related gene families, (iv) improvements of the clustering and functional annotation approach, (v) adoption of a revised tree building procedure based on the multiple alignments generated during the process and (vi) implementation of quality control procedures throughout the entire pipeline. As in previous versions, eggNOGv4 provides multiple sequence alignments and maximum-likelihood trees, as well as broad functional annotation. Users can access the complete database of orthologous groups via a web interface, as well as through bulk download.

Correlating trainees' translating performance with the quality of their metacognitive self-evaluation

This paper presents a study of correlations between the performance of trainee translators, according to their teacher’s assessment, and the quality of their self-evaluation, according to their answers to metacognitive questionnaires. Two case-studies of two consecutive editions of a course in general translation from German into Spanish are dealt with. The course involved the use of post-translation metacognitive questionnaires designed to help trainees to evaluate their translating. A selection of the questionnaires (from the strongest and the weakest performances by students for each course edition) is considered. The study focuses on one item in these questionnaires that has to do with identifying translation problems and justifying their solutions. An interpretive analysis of the trainees’ answers for this questionnaire item reveals that the best-performing students were more strategically and translationally aware in self-evaluating their own translating. Our conclusions are based on considering six parameters from the analysis of the trainees’ answers, which are tentatively regarded as indicative of the quality of their self-evaluation.

The Role of Third-Party Service Provider in B2B Integration

Sähköisen kaupankäynnin kasvun myötä, itsenäisten yritysten tietojärjestelmien integraation tarve on moninkertaistunut viime vuosien aikana. Yritykset ovat huomanneet, että tilaus-toimitusketjun automatisointiin tähtäävällä kokonaisvaltaisella integraatio-ratkaisulla on mahdollista päästä kattaviin kustannussäästöihin sekä tulojen kasvuun. Pääsääntöisesti yritykset kuitenkin etenevät hitaammin, integroimalla aluksi pienempiä liiketoiminnan tietojärjestelmien toimintoja. Positiivisten kokemusten perusteella yritykset ovat valmiitalaajentamaan sähköisen kaupankäynnin automatisointia myös muissa toiminnoissa. Tässä työssä keskitytään tarkastelemaan eri lähestymistapojayritystenvälisen integraation toteuttamiseen, sekä analysoimaan eri keinojen liiketoiminnallisia ja teknisiä vaikutuksia. Työ on tehty yhteistyössä UPM-KymmeneWood Oy:n kanssa, jonka tavoitteena oli saada perusteelliset tiedot yrityksenvälisestä integraatiosta ja syventää tietoja sekä integraatio-palveluita tarjoavien kolmansien osapuolten toimintatavoista että heidän tarjoamista palveluista ja niiden käyttökelpoisuudesta puutuoteteollisuudessa toimivassa yrityksessä. Käytännön osuudessa on tarkemmin esitelty integraatio-palveluita tarjoavien operaattoreiden kanssa käytyjen palaverien sekä heidän toimittamien materiaalien perusteella tehdyn tutkimustyön tuloksia, sisältäen yksityiskohtaiset kuvaukset yritystenvälisen integraation mahdollistavista palveluista.

Paikka- ja tilannetiedon hyödyntäminen sovelluksissa

Erilaisten mobiiliverkkojen käytön yleistyessä nousee esiin uudenlaisia sovellusalueita, kuten esimerkiksi paikkatietoiset sovellukset. Mobiiliudesta johtuen sovellusten käyttötilanteet vaihtelevat. Käyttötilanteista voidaan kerätä tietoa ja käyttää tätä hyödyksi. Tilannetiedolla tarkoitetaan sovelluksen käyttötilanteeseen tai käyttäjään liittyvää lisätietoa. Paikka- ja tilannetietoisten sovellusten kehittäminen vaati monia ohjelmistokehitystä tukevia järjestelmiä. Tilannetiedon väljän määritelmän takia tilannetietoisten sovellusten kehitykselle ei ole vielä selkeitä toimintamalleja. Tilannetietoisten sovellusten kehitystä avustavia järjestelmiä on luotu etenkin tutkimuksessa, mutta nämä eivät ole vielä yleistyneet laajempaan käyttöön. Paikkatiedon käyttö sen sijaan on hyvinkin standardoitua, mutta paikkatieto nähdään vain osana tilannetietoa. Tässä diplomityössä toteutettiin paikka- ja tilannetiedon sovelluskehitystä tukevia järjestelmiä, joilla paikka- ja tilannetiedon hyödyntäminen sovelluksissa mahdollistettiin. WLAN - verkosta saadun paikkatiedon hyödyntämiseen toteutettiin SOAP -palvelurajapinta. Tilannetiedon hyödyntämiseksi toteutettiin MUPE -sovellusympäristöön välittäjäkomponentteja paikka-, sää- ja kuntopyörän harjoitustiedolle sekä RFID -havaintotiedoille. Näitä komponetteja käytettiin tilannetietoisten sovellusten luomiseen sekä tietoliikennetekniikan laitoksen codecamp -kursseilla, että tilannetietoisessa pelisovelluksessa. Työn tuloksena saatiin toimivia sovelluksia, ja välittäjäkomponentit sovellusten luomiseen. Työn tuloksena voidaan todeta, että ilman tilannetietoista sovelluskehitystä tukevia komponentteja, olisi tämäntyyppinen sovelluskehitys huomattavasti vaativampaa. Tukevat komponentit helpottavat sovelluskehitystä, mutta helposti myös rajaavat kehitysmahdollisuuksia.

Genetic dissimilarity among jabuticaba trees native to southwestern Paraná, Brazil

Knowledge on the genetic diversity within and between genotype groups is of great importance for breeding programs. The purpose of this study was to estimate the genetic dissimilarity among 36 native jabuticaba trees (Plinia cauliflora) from five sites in the southwestern region of Paraná, Brazil. Sixteen fruit traits were analyzed, based on multivariate techniques (canonical variables, Tocher and UPGMA), using Mahalanobis' distance as dissimilarity measure. By the techniques of clustering and graphic dispersion, together with the comparison of means, the genetic diversity among native jabuticaba trees was efficiently identified, indicating a high potential of these genotypes for breeding programs. The traits of greatest importance for dissimilarity were percentage of pulp and of skin, which are easily measured. The clustering structure is related to the collection sites and for breeding programs, genotypes from different sites should be crossed to generate progenies to be tested. Genotypes 'CV5' and 'VT3' should be conserved in genebanks, due to its important agronomic traits.

The international epidemiology of child sexual abuse: a continuation of Finkelhor

Objective: The purpose of this paper was to compare the prevalence rates of child sexual abuse reported by [Finkelhor, D. (1994). The international epidemiology of child sexual abuse. Child Abuse & Neglect, 18 (5), 409-417] with those found in recent publications in order to confirm the widespread prevalence of child sexual abuse. Methods: Relevant articles about prevalence of child sexual abuse were identified through searches of computerized databases and a handsearch of Child Abuse & Neglect and the Journal of Child Sexual Abuse. Results: Thirty-eight independent articles were identified, corresponding to 39 prevalence studies; these articles report the prevalence of childhood sexual abuse in 21 different countries, ranging from 0 to 53% for women and 0 to 60% for men. Conclusions: Comparison of the present study with that of [Finkelhor, D. (1994). The international epidemiology of child sexual abuse. Child Abuse & Neglect, 18 (5), 409-417] shows a similarity between prevalence distributions; there appears to be a general pattern that remains more or less constant over the years, especially in women. Practice implications: Twelve years after the first revision study about the international prevalence of child sexual abuse, there is still a need for new data about this topic. The present study shows child sexual abuse is still a widespread problem in the society. In this research, carried out on 38 independent studies, there is new data for 21 countries over the world, being especially relevant the results obtained from other countries different from those pertaining toNorth America or Europe. It is important to point out the high prevalence found in most of the countries, so this information could be a new warning to make society and governments aware of this problem and undertake actions to prevent sexual abuse in childhood.

The international epidemiology of child sexual abuse: a continuation of Finkelhor

Objective: The purpose of this paper was to compare the prevalence rates of child sexual abuse reported by [Finkelhor, D. (1994). The international epidemiology of child sexual abuse. Child Abuse & Neglect, 18 (5), 409-417] with those found in recent publications in order to confirm the widespread prevalence of child sexual abuse. Methods: Relevant articles about prevalence of child sexual abuse were identified through searches of computerized databases and a handsearch of Child Abuse & Neglect and the Journal of Child Sexual Abuse. Results: Thirty-eight independent articles were identified, corresponding to 39 prevalence studies; these articles report the prevalence of childhood sexual abuse in 21 different countries, ranging from 0 to 53% for women and 0 to 60% for men. Conclusions: Comparison of the present study with that of [Finkelhor, D. (1994). The international epidemiology of child sexual abuse. Child Abuse & Neglect, 18 (5), 409-417] shows a similarity between prevalence distributions; there appears to be a general pattern that remains more or less constant over the years, especially in women. Practice implications: Twelve years after the first revision study about the international prevalence of child sexual abuse, there is still a need for new data about this topic. The present study shows child sexual abuse is still a widespread problem in the society. In this research, carried out on 38 independent studies, there is new data for 21 countries over the world, being especially relevant the results obtained from other countries different from those pertaining toNorth America or Europe. It is important to point out the high prevalence found in most of the countries, so this information could be a new warning to make society and governments aware of this problem and undertake actions to prevent sexual abuse in childhood.

Älykäs viestintäjärjestelmä

TeliaSoneran SME-viestintäjärjestelmän tarkoituksena on toimia demo- ja kehitysalustana uusille viestintäpalveluille. Näitä palveluita ovat esimerkiksi tilatiedon seuraaminen ja muuttaminen sekä pikaviestien lähettäminen ja vastaanottaminen eri alustoilla, kuten matkapuhelimilla, PDA-laitteilla, PC:eillä. Järjestelmän tulee myös toimia helppona yhteysrajapintana mahdollisille tuleville tiedonsiirtoteille. Pikaviestien lähetys- ja puhelujensignalointiprotokollana järjestelmässä toimii SIP. Järjestelmän sisäisenä kommunikaatioprotokollana toimii CORBA. Työn osuus ja tämän dokumentin fokus ovat järjestelmäytimessä eli Core:ssa. Core:n avulla järjestelmän eri komponentit, kuten SIP-, WAP- ja WWW-viestinvälityspalvelimet sidotaan toisiinsa sekä tietokantaan. Ytimen tehtäviin kuuluu myös käyttäjien tilatietojen ylläpito, viestien reititys eri päätelaitteisiin, ryhmäviestintä sekä pikaviestikomentojen toiminnallisuus, eli sanalla sanoen älykkyys. Lisäksi työssä tarkastellaan ytimen käyttämiä rajapintoja ja niiden toteutustekniikoita, projektin toteutukseen käytettyjä työkaluja sekä järjestelmän tarjoamia palveluita yksityiskohtaisemmin ytimen kannalta. Lopuksi luodaan silmäys tulevaisuuden näkymiin ja järjestelmän nykytilaan sekä kokonaisuutena hyvin menneen projektin tavoitteisiin.

Paikkatiedon hyödyntäminen Jabber-pikaviestintäohjelmistossa

Työn teoriaosuudessa tutustutaan ensin paikkatiedon käsitteeseen ja paikkatietoa hyödyntäviin palveluihin. Lisäksi perehdytään paikannukseen langattomissa lähiverkoissa ja erityisesti paikannukseen tämän diplomityön osalta käytettävässä verkossa. Työn teoriaosuudessa tutustutaan myös paikkatietoa hyödyntävien palveluiden hyöty- sekä haittanäkökulmiin. Teoriaosuudessa käydään myös läpi tällä hetkellä yleisimmät pikaviestintäarkkitehtuurit ja tutustutaan tarkemmin Jabber–pikaviestintäohjelmiston käyttämään protokollaan. Lopuksi tarkastellaan paikkatiedon hyödyntämiseen liittyviä lakiteknisiä seikkoja ja henkilön yksityisyyden suojaa. Diplomityön käytännön osuudessa tutustutaan paikkatietoa hyödyntävän palvelinkomponentin toteutukseen Jabber–arkkitehtuuria hyväksikäyttäen. Jabber-palvelinohjelmisto ja tehty komponentti toimivat langattomassa lähiverkossa (WLPR.NET), jota ylläpitää Lappeenrannan teknillisen yliopiston tietoliikennetekniikan laitos. Verkon käyttäjät voivat rekisteröityä palvelun käyttäjiksi, jonka jälkeen palvelinkomponentti pitää kirjaa rekisteröityneiden käyttäjien paikkatiedosta ja sen muutoksista. Lisäksi käyttäjät voivat hakea muiden käyttäjien paikkatietoa asiakasohjelmistossa toimivan hakutoiminnon avulla. Käyttäjien paikkatieto saadaan käyttämällä jo olemassa olevaa tekniikkaa.

N-WASP is required for B-cell-mediated autoimmunity in Wiskott-Aldrich syndrome.

Mutations of the Wiskott-Aldrich syndrome gene (WAS) are responsible for Wiskott-Aldrich syndrome (WAS), a disease characterized by thrombocytopenia, eczema, immunodeficiency, and autoimmunity. Mice with conditional deficiency of Was in B lymphocytes (B/WcKO) have revealed a critical role for WAS protein (WASP) expression in B lymphocytes in the maintenance of immune homeostasis. Neural WASP (N-WASP) is a broadly expressed homolog of WASP, and regulates B-cell signaling by modulating B-cell receptor (BCR) clustering and internalization. We have generated a double conditional mouse lacking both WASP and N-WASP selectively in B lymphocytes (B/DcKO). Compared with B/WcKO mice, B/DcKO mice showed defective B-lymphocyte proliferation and impaired antibody responses to T-cell-dependent antigens, associated with decreased autoantibody production and lack of autoimmune kidney disease. These results demonstrate that N-WASP expression in B lymphocytes is required for the development of autoimmunity of WAS and may represent a novel therapeutic target in WAS.

Aproximación al reajuste automático de centroides mediante la heurística de Lloyd para resolver el problema de las K-Medias

Peer-reviewed

Conformational Regulation of alpha2beta1 Integrin in Ligand Binding

Integrins are heterodimeric cell adhesion receptors involved in cell-cell and cell-extracellular matrix (ECM) interactions. They transmit bidirectional signals across the cell membrane. This results in a wide range of biological events from cell differentiation to apoptosis. alpha2beta1 integrin is an abundant collagen receptor expressed on the surface of several cell types. In addition to ECM ligands, alpha2beta1 integrins are bound by echovirus 1 (EV1) which uses alpha2beta1 as a receptor to initiate its life cycle in the infected cell. The aim of this thesis project was to provide further insight into the mechanisms of alpha2beta1 integrin ligand recognition and receptor activation. Collagen fibrils are the principal tensile elements of the ECM. Yet, the interaction of alpha2beta1 integrin with the fibrillar form of collagen I has received relatively little attention. This research focused on the ability of alpha2beta1 integrin to act as a receptor for type I collagen fibrils. Also the molecular requirements of the EV1 interaction with alpha2beta1 were studied. Conventionally, ligand binding has been suggested to require integrin activation and the binding may further trigger integrin signalling. Another main objective of this study was to elucidate both the inside-out and outside-in signalling mechanisms of alpha2beta1 integrin in adherent cells. The results indicated that alpha2beta1 integrin is the principal integrin-type collagen receptor for type I collagen fibrils, and alpha2beta1 may participate in the regulation of pericellular collagen fibrillogenesis. Furthermore, alpha2beta1 integrin inside-out activation appeared to be synergistically regulated by integrin clustering and conformational activation. The triggering of alpha2beta1 integrin outside-in signalling, however, was shown to require both conformational changes and clustering. In contrast to ECM ligands, EV1 appeared to take advantage of the bent, inactive form of alpha2beta1 integrin in initiating its life cycle in the cell. This research together with other recent studies, has shed light on the molecular mechanisms of integrin activation. It is becoming evident that large ligands are able to bind to the bent form of integrin, which has been previously considered to be physiologically inactive. Consequently, our understanding of the conformational modulation of integrins upon activation is changing.

Developing Bioimage Informatics – from Microscopy to Software Solutions – with alpha2beta1 Integrin as a Case Study

Biokuvainformatiikan kehittäminen – mikroskopiasta ohjelmistoratkaisuihin – sovellusesimerkkinä α2β1-integriini Kun ihmisen genomi saatiin sekvensoitua vuonna 2003, biotieteiden päätehtäväksi tuli selvittää eri geenien tehtävät, ja erilaisista biokuvantamistekniikoista tuli keskeisiä tutkimusmenetelmiä. Teknologiset kehitysaskeleet johtivat erityisesti fluoresenssipohjaisten valomikroskopiatekniikoiden suosion räjähdysmäiseen kasvuun, mutta mikroskopian tuli muuntua kvalitatiivisesta tieteestä kvantitatiiviseksi. Tämä muutos synnytti uuden tieteenalan, biokuvainformatiikan, jonka on sanottu mahdollisesti mullistavan biotieteet. Tämä väitöskirja esittelee laajan, poikkitieteellisen työkokonaisuuden biokuvainformatiikan alalta. Väitöskirjan ensimmäinen tavoite oli kehittää protokollia elävien solujen neliulotteiseen konfokaalimikroskopiaan, joka oli yksi nopeimmin kasvavista biokuvantamismenetelmistä. Ihmisen kollageenireseptori α2β1-integriini, joka on tärkeä molekyyli monissa fysiologisissa ja patologisissa prosesseissa, oli sovellusesimerkkinä. Työssä saavutettiin selkeitä visualisointeja integriinien liikkeistä, yhteenkeräytymisestä ja solun sisään siirtymisestä, mutta työkaluja kuvainformaation kvantitatiiviseen analysointiin ei ollut. Väitöskirjan toiseksi tavoitteeksi tulikin tällaiseen analysointiin soveltuvan tietokoneohjelmiston kehittäminen. Samaan aikaan syntyi biokuvainformatiikka, ja kipeimmin uudella alalla kaivattiin erikoistuneita tietokoneohjelmistoja. Tämän väitöskirjatyön tärkeimmäksi tulokseksi muodostui näin ollen BioImageXD, uudenlainen avoimen lähdekoodin ohjelmisto moniulotteisten biokuvien visualisointiin, prosessointiin ja analysointiin. BioImageXD kasvoi yhdeksi alansa suurimmista ja monipuolisimmista. Se julkaistiin Nature Methods -lehden biokuvainformatiikkaa käsittelevässä erikoisnumerossa, ja siitä tuli tunnettu ja laajalti käytetty. Väitöskirjan kolmas tavoite oli soveltaa kehitettyjä menetelmiä johonkin käytännönläheisempään. Tehtiin keinotekoisia piidioksidinanopartikkeleita, joissa oli "osoitelappuina" α2β1-integriinin tunnistavia vasta-aineita. BioImageXD:n avulla osoitettiin, että nanopartikkeleilla on potentiaalia lääkkeiden täsmäohjaussovelluksissa. Tämän väitöskirjatyön yksi perimmäinen tavoite oli edistää uutta ja tuntematonta biokuvainformatiikan tieteenalaa, ja tämä tavoite saavutettiin erityisesti BioImageXD:n ja sen lukuisten julkaistujen sovellusten kautta. Väitöskirjatyöllä on merkittävää potentiaalia tulevaisuudessa, mutta biokuvainformatiikalla on vakavia haasteita. Ala on liian monimutkainen keskimääräisen biolääketieteen tutkijan hallittavaksi, ja alan keskeisin elementti, avoimen lähdekoodin ohjelmistokehitystyö, on aliarvostettu. Näihin seikkoihin tarvitaan useita parannuksia,

Designing new learning experiences? : exploring corporate E-learners’ self-regulated learning

The context of this study is corporate e-learning, with an explicit focus on how digital learning design can facilitate self-regulated learning (SRL). The field of e-learning is growing rapidly. An increasing number of corporations use digital technology and elearning for training their work force and customers. E-learning may offer economic benefits, as well as opportunities for interaction and communication that traditional teaching cannot provide. However, the evolving variety of digital learning contexts makes new demands on learners, requiring them to develop strategies to adapt and cope with novel learning tools. This study derives from the need to learn more about learning experiences in digital contexts in order to be able to design these properly for learning. The research question targets how the design of an e-learning course influences participants’ self-regulated learning actions and intentions. SRL involves learners’ ability to exercise agency in their learning. Micro-level SRL processes were targeted by exploring behaviour, cognition, and affect/motivation in relation to the design of the digital context. Two iterations of an e-learning course were tested on two groups of participants (N=17). However, the exploration of SRL extends beyond the educational design research perspective of comparing the effects of the changes to the course designs. The study was conducted in a laboratory with each participant individually. Multiple types of data were collected. However, the results presented in this thesis are based on screen observations (including eye tracking) and video-stimulated recall interviews. These data were integrated in order to achieve a broad perspective on SRL. The most essential change evident in the second course iteration was the addition of feedback during practice and the final test. Without feedback on actions there was an observable difference between those who were instruction-directed and those who were self-directed in manipulating the context and, thus, persisted whenever faced with problems. In the second course iteration, including the feedback, this kind of difference was not found. Feedback provided the tipping point for participants to regulate their learning by identifying their knowledge gaps and to explore the learning context in a targeted manner. Furthermore, the course content was consistently seen from a pragmatic perspective, which influenced the participants’ choice of actions, showing that real life relevance is an important need of corporate learners. This also relates to assessment and the consideration of its purpose in relation to participants’ work situation. The rigidity of the multiple choice questions, focusing on the memorisation of details, influenced the participants to adapt to an approach for surface learning. It also caused frustration in cases where the participants’ epistemic beliefs were incompatible with this kind of assessment style. Triggers of positive and negative emotions could be categorized into four levels: personal factors, instructional design of content, interface design of context, and technical solution. In summary, the key design choices for creating a positive learning experience involve feedback, flexibility, functionality, fun, and freedom. The design of the context impacts regulation of behaviour, cognition, as well as affect and motivation. The learners’ awareness of these areas of regulation in relation to learning in a specific context is their ability for design-based epistemic metareflection. I describe this metareflection as knowing how to manipulate the context behaviourally for maximum learning, being metacognitively aware of one’s learning process, and being aware of how emotions can be regulated to maintain volitional control of the learning situation. Attention needs to be paid to how the design of a digital learning context supports learners’ metareflective development as digital learners. Every digital context has its own affordances and constraints, which influence the possibilities for micro-level SRL processes. Empowering learners in developing their ability for design-based epistemic metareflection is, therefore, essential for building their digital literacy in relation to these affordances and constraints. It was evident that the implementation of e-learning in the workplace is not unproblematic and needs new ways of thinking about learning and how we create learning spaces. Digital contexts bring a new culture of learning that demands attitude change in how we value knowledge, measure it, define who owns it, and who creates it. Based on the results, I argue that digital solutions for corporate learning ought to be built as an integrated system that facilitates socio-cultural connectivism within the corporation. The focus needs to shift from designing static e-learning material to managing networks of social meaning negotiation as part of a holistic corporate learning ecology.

APPLICATION OF GEOMATICS TECHNOLOGIES TO CHARACTERIZE SPATIAL VARIABILITY AT STRATUS VINEYARDS

Vineyards vary over space and time, making geomatics technologies ideally suited to study terroir. This study applied geomatics technologies - GPS, remote sensing and GIS - to characterize the spatial variability at Stratus Vineyards in the Niagara Region. The concept of spatial terroir was used to visualize, monitor and analyze the spatial and temporal variability of variables that influence grape quality. Spatial interpolation and spatial autocorrelation were used to measure the pattern demonstrated by soil moisture, leaf water potential, vine vigour, soil composition and grape composition on two Cabernet Franc blocks and one Chardonnay block. All variables demonstrated some spatial variability within and between the vineyard block and over time. Soil moisture exhibited the most significant spatial clustering and was temporally stable. Geomatics technologies provided valuable spatial information related to the natural spatial variability at Stratus Vineyards and can be used to inform and influence vineyard management decisions.