SwissDock, a protein-small molecule docking web service based on EADock DSS.

Most life science processes involve, at the atomic scale, recognition between two molecules. The prediction of such interactions at the molecular level, by so-called docking software, is a non-trivial task. Docking programs have a wide range of applications ranging from protein engineering to drug design. This article presents SwissDock, a web server dedicated to the docking of small molecules on target proteins. It is based on the EADock DSS engine, combined with setup scripts for curating common problems and for preparing both the target protein and the ligand input files. An efficient Ajax/HTML interface was designed and implemented so that scientists can easily submit dockings and retrieve the predicted complexes. For automated docking tasks, a programmatic SOAP interface has been set up and template programs can be downloaded in Perl, Python and PHP. The web site also provides an access to a database of manually curated complexes, based on the Ligand Protein Database. A wiki and a forum are available to the community to promote interactions between users. The SwissDock web site is available online at http://www.swissdock.ch. We believe it constitutes a step toward generalizing the use of docking tools beyond the traditional molecular modeling community.

Camping Booking Engine (CBE)

Aplicació web desenvolupada en llenguatge Java per a lareserva online de parcel¿les de càmping.

BCN­Routing : càlcul web de rutes amb pgRouting, OpenStreetMap i OpenLayers

En aquest projecte s'ha desenvolupat una interfície web per calcular rutes a la ciutat de Barcelona. Les rutes calculades són a peu, entre un punt d'origen qualsevol i un punt d'interès turístic de la ciutat com a destí. Per això s'han extret les dades dels carrers de Barcelona d'OpenStreetMap i s'han insertat a una base de dades postgreSQL/postGIS, juntament amb una capa vectorial de punts d'interès turístic que s'ha creat amb el SIG d'escriptori qGIS. El càlcul de les rutes amb les dades de la base de dades s'ha realitzat amb l'extensió pgRouting, i la interfície web per seleccionar els punts d'origen i destí, mostrar els mapes, i mostrar les rutes resultat, s'ha desenvolupat utilitzant la llibreria OpenLayers.

Aplicació web per gestió de tornejos d'escacs amb J2EE

L'aplicació consisteix en un programa web que des d'un navegador ens permet realitzar una sèrie de consultes i de gestions contra una base de dades de tornejos d'escacs. Les gestions i consultes variaran segons el rol d'usuari sigui administrador, gestor o usuari Internet. Així, l'aplicació consta d'un servidor, una base de dades, unes classes entitat Java que treballaran a la capa de model per fer els canvis a la Base de dades, unes pàgines html i jsp, que estaran a la capa de vista, uns fitxers de configuració .xml i uns fitxers .java que actuaran a la capa de control. Els rols s'han implantat a nivell de servidor, amb una pàgina de login, i segons el rol escollit, es tindrà accés a una carpeta (zona) o altra.

Aplicació web per a gestió de pressuposts a Ncora

El projecte que s’ha presentat correspon a la titulació d’Enginyeria en Informàtica i conté diversos aspectes relacionats al desenvolupament d’una aplicació web per a gestionar els pressupostos de l’empresa Ncora. Es presenta un estudi i anàlisi de requeriments, una compra de servidors, una instal·lació i configuració dels servidors en l’entorn hardware del núvol de Ncora, un anàlisi i disseny de la base de dades i un desenvolupament a mida de l’aplicació software. L’objectiu principal del projecte és l’estalvi de temps en la creació de pressupostos i la ràpida cerca de pressupostos fets així com dels seus components.

Iterated local search

Iterated Local Search has many of the desirable features of a metaheuristic: it is simple, easy to implement, robust, and highly effective. The essential idea of Iterated Local Search lies in focusing the search not on the full space of solutions but on a smaller subspace defined by the solutions that are locally optimal for a given optimization engine. The success of Iterated Local Search lies in the biased sampling of this set of local optima. How effective this approach turns out to be depends mainly on the choice of the local search, the perturbations, and the acceptance criterion. So far, in spite of its conceptual simplicity, it has lead to a number of state-of-the-art results without the use of too much problem-specific knowledge. But with further work so that the different modules are well adapted to the problem at hand, Iterated Local Search can often become a competitive or even state of the artalgorithm. The purpose of this review is both to give a detailed description of this metaheuristic and to show where it stands in terms of performance.

Internet use by patients with psychiatric disorders in search for general and medical informations

BACKGROUND: Internet is commonly used by the general population, notably for health information-seeking. There has been little research into its use by patients treated for a psychiatric disorder. AIM: To evaluate the use of internet by patients with psychiatric disorders in searching for general and medical information. METHODS: In 2007, 319 patients followed in a university hospital psychiatric out-patient clinic, completed a 28-items self-administered questionnaire. RESULTS: Two hundred patients surveyed were internet users. Most of them (68.5%) used internet in order to find health-related information. Only a small part of the patients knew and used criteria reflecting the quality of contents of the websites consulted. Knowledge of English and private Internet access were the factors significantly associated with the search of information on health on Internet. CONCLUSIONS: Internet is currently used by patients treated for psychiatric disorders, especially for medical seeking information.

Creació d'una aplicació col·laborativa orientada a web semàntica

L'objectiu d'aquest projecte es la creació d'una plataforma que ofereix un nou format per a presentar aquest tipus d'informació, i que a mes permet la integració d'ontologies per a poder classificar les diferents noticies que s'afegeixin al sistema.

Evaluation de la qualité des sites internet francophones traitant de la dépendance à l'alcool [Assessing the quality of French language web sites pertaining to alcohol dependency]

The objective of this article is to systematically assess the quality of web-based information in French language on the alcohol dependence. The authors analysed, using a standardised pro forma, the 20 most highly ranked pages identified by 3 common internet search engines using 2 keywords. Results show that a total of 45 sites were analysed. The authors conclude that the overall quality of the sites was relatively poor, especially for the description of possible treatments, however with a wide variability. Content quality was not correlated with other aspects of quality such as interactivity, aesthetic or accountability.

Estudi de la plataforma Google App Engine utilitzant Django

L'objectiu principal d'aquest treball es estudiar la plataforma Google App Engine en la seva versió en Phyton. Per a estudiar i provar la plataforma, s'ha desenvolupat una aplicació web de programari lliure que permet la publicació de blogs de viatges. Aquesta aplicació està desenvolupada sobre Django i s'integra amb altres serveis de Google com l'autenticació amb els seus comptes Google Maps o Picasa Web Albums.

UDDI palvelurekisterin merkitys Web palveluissa

Tietojärjestelmien integraatio on nykypäivänä tärkeä osa alue yritysten toiminnassa ja kilpailukyvyn ylläpitämisessä. Palvelukeskeinen arkkitehtuuri ja Web palvelut on uusi joustava tapa tehdä tietojärjestelmien välinen integraatio. Web palveluiden yksi ydinkomponentti on UDDI, Universal Description, Discovery and Integration. UDDI toimii palvelurekisterin tavoin. UDDI määrittää tavan julkaista, löytää ja ottaa käyttöön Web palveluja. Web palveluja voidaan hakea UDDI:sta erilaisin kriteerein, kuten esimerkiksi palvelun sijainnin, yrityksen nimen ja toimialan perusteella. UDDI on myös itsessään Web palvelu, joka perustuu XML kuvauskieleen ja SOAP protokollaan. Työssä paneudutaan tarkemmin UDDI:in. UDDI:ta käsitellään tarkemmin myös teknisesti. Oleellinen osa UDDI:ta on ollut julkaisijoiden ja käyttäjien mielestä tietoturvan puute, joka on rajoittanut huomattavasti UDDI:n käyttöä ja käyttöönottamista. Työssä tarkastellaankin tarkemmin juuri tietoturvaan liittyviä asioita ja ratkaisuja sekä myös UDDI:n merkitystä yrityksille.

Web, texte, conversation et redocumentarisation

Conférencier invité - Keynote Speaker

Genome wide search for genetic determinants of habitual alcohol, tobacco and coffee use, obesity-related traits, response to mental and physical stress and hemodynamic traits

Les habitudes de consommation de substances psychoactives, le stress, l’obésité et les traits cardiovasculaires associés seraient en partie reliés aux mêmes facteurs génétiques. Afin d’explorer cette hypothèse, nous avons effectué, chez 119 familles multi-générationnelles québécoises de la région du Saguenay-Lac-St-Jean, des études d’association et de liaison pangénomiques pour les composantes génétiques : de la consommation usuelle d’alcool, de tabac et de café, de la réponse au stress physique et psychologique, des traits anthropométriques reliés à l’obésité, ainsi que des mesures du rythme cardiaque (RC) et de la pression artérielle (PA). 58000 SNPs et 437 marqueurs microsatellites ont été utilisés et l’annotation fonctionnelle des gènes candidats identifiés a ensuite été réalisée. Nous avons détecté des corrélations phénotypiques significatives entre les substances psychoactives, le stress, l’obésité et les traits hémodynamiques. Par exemple, les consommateurs d’alcool et de tabac ont montré un RC significativement diminué en réponse au stress psychologique. De plus, les consommateurs de tabac avaient des PA plus basses que les non-consommateurs. Aussi, les hypertendus présentaient des RC et PA systoliques accrus en réponse au stress psychologique et un indice de masse corporelle (IMC) élevé, comparativement aux normotendus. D’autre part, l’utilisation de tabac augmenterait les taux corporels d’épinéphrine, et des niveaux élevés d’épinéphrine ont été associés à des IMC diminués. Ainsi, en accord avec les corrélations inter-phénotypiques, nous avons identifié plusieurs gènes associés/liés à la consommation de substances psychoactives, à la réponse au stress physique et psychologique, aux traits reliés à l’obésité et aux traits hémodynamiques incluant CAMK4, CNTN4, DLG2, DAG1, FHIT, GRID2, ITPR2, NOVA1, NRG3 et PRKCE. Ces gènes codent pour des protéines constituant un réseau d’interactions, impliquées dans la plasticité synaptique, et hautement exprimées dans le cerveau et ses tissus associés. De plus, l’analyse des sentiers de signalisation pour les gènes identifiés (P = 0,03) a révélé une induction de mécanismes de Potentialisation à Long Terme. Les variations des traits étudiés seraient en grande partie liées au sexe et au statut d’hypertension. Pour la consommation de tabac, nous avons noté que le degré et le sens des corrélations avec l’obésité, les traits hémodynamiques et le stress sont spécifiques au sexe et à la pression artérielle. Par exemple, si des variations ont été détectées entre les hommes fumeurs et non-fumeurs (anciens et jamais), aucune différence n’a été observée chez les femmes. Nous avons aussi identifié de nombreux traits reliés à l’obésité dont la corrélation avec la consommation de tabac apparaît essentiellement plus liée à des facteurs génétiques qu’au fait de fumer en lui-même. Pour le sexe et l’hypertension, des différences dans l’héritabilité de nombreux traits ont également été observées. En effet, des analyses génétiques sur des sous-groupes spécifiques ont révélé des gènes additionnels partageant des fonctions synaptiques : CAMK4, CNTN5, DNM3, KCNAB1 (spécifique à l’hypertension), CNTN4, DNM3, FHIT, ITPR1 and NRXN3 (spécifique au sexe). Ces gènes codent pour des protéines interagissant avec les protéines de gènes détectés dans l’analyse générale. De plus, pour les gènes des sous-groupes, les résultats des analyses des sentiers de signalisation et des profils d’expression des gènes ont montré des caractéristiques similaires à celles de l’analyse générale. La convergence substantielle entre les déterminants génétiques des substances psychoactives, du stress, de l’obésité et des traits hémodynamiques soutiennent la notion selon laquelle les variations génétiques des voies de plasticité synaptique constitueraient une interface commune avec les différences génétiques liées au sexe et à l’hypertension. Nous pensons, également, que la plasticité synaptique interviendrait dans de nombreux phénotypes complexes influencés par le mode de vie. En définitive, ces résultats indiquent que des approches basées sur des sous-groupes et des réseaux amélioreraient la compréhension de la nature polygénique des phénotypes complexes, et des processus moléculaires communs qui les définissent.

Le journaliste dans le processus de recherche d'information sur le Web

Le présent mémoire cherche à comprendre et à cerner le lien entre la stratégie de recherche d’information par le journaliste sur le web et les exigences de sa profession. Il vise à appréhender les précautions que prend le journaliste lors de sa recherche d’information sur le web en rapport avec les contraintes que lui imposent les règles de sa profession pour assurer la qualité des sources d’informations qu’il exploite. Nous avons examiné cette problématique en choisissant comme cadre d’étude Radio-Canada où nous avons rencontré quelques journalistes. Ceux-ci ont été suivis en situation de recherche d’information puis questionnés sur leurs expériences de recherche. L’arrivée d’internet et la révolution technologique qui en a découlé ont profondément bouleversé les pratiques journalistiques. La recherche d’information représente ainsi une zone importante de cette mutation des pratiques. Cette transformation amène surtout à s’interroger sur la façon dont la nouvelle façon de rechercher les sources d’information influence le travail du journaliste, et surtout les balises que se donne celui-ci pour résister aux pièges découlant de sa nouvelle méthode de travail.

Managing Scholarly Communication in the Web 2.0 Environment: The Role of University Libraries

Scholarly communication over the past 10 to 15 years has gained a tremendous momentum with the advent of Internet and the World Wide Web. The web has transformed the ways by which people search, find, use and communicate information. Innovations in web technology since 2005 have brought out an array of new services and facilities and an enhanced version of the web named Web 2.0. Web 2.0 facilitates a collaborative environment in which the information users can interact with the information. Web 2.0 enables its users to create, annotate, review, share re-use and represent the information in new ways thereby optimizing the information dissemination