寇氏隐甲藻(Cryp the codinium cohnii 涡鞭毛虫类)核仁的分裂

对涡鞭毛虫寇氏隐甲藻（Cryp thecodinium cohnii）细胞周期中的核仁进行了电镜连续超薄切片三维重组观察，并进行了Ag-NOR银染的光镜和电镜观察。在整个细胞周期中，寇氏隐甲藻的核仁内都有由核仁染色体发出的染色质索，又由染色质索发出细胞染色质丝进入核仁纤维区中。细胞进入分裂期后，核仁内的染色质索逐渐变粗。在核仁拉长前，核仁内大部分染色质索凝集成为“核仁内染色体”。Ag-NOR染色结果表明，有少量的rDNA也收回到核仁内染色体上，但绝大部分rDNA始终分散地分布在核仁内。核仁染色体象其它染色体一样，也是以一端结合在贯穿细胞核的细胞质管道的壁上，看来也会以同样的方式移到两极。核仁染色体向二极移动，而与核仁染色体相连的rDNA的绝大部分又始终分散地分布在核仁纤维区中，这显然是甲藻核仁拉长并分裂为二的根本原因。核仁内始终存在分散的rDNA也是它们的核仁不瓦解的根本原因。我们观察到，寇氏隐甲藻的染色体不仅连接于细胞质管道壁上，而且还与管道中的微管形成结构上的联系，从而可以认为它们的染色体移动也有微管参与。这点修正了kubai与Ris(1969)的报导。本文根据涡鞭毛虫（甲藻）的核仁在核仁分裂过程中只是拉长和分裂，而并不瓦解和重建的根本原因，探讨了典型有丝分裂过程中核仁的瓦解与重建的起源问题。

硫化叶菌病毒STFV、STSV1及其与宿主关系研究

硫化叶菌病毒表现出了极为独特、多样的形态学和基因组学特征，它们为研究硫化叶菌提供了很好的模型，同时也为构建可在硫化叶菌中进行分子操作的分子工具提供了有用的材料。 本研究从西藏热泉中分离出一株嗜酸热菌S3-3，S3-3的16S rDNA序列和腾冲硫化叶菌同源性最高，为96％，而和其它硫化叶菌同源性相对较低。基于16S rDNA序列进行的系统发育学分析同样证实了，S3-3和腾冲硫化叶菌亲缘关系最近，推测S3-3是硫化叶菌属的一新种。 从S3-3a中分离出一株硫化叶菌病毒，命名为西藏硫化叶菌丝状病毒（Sulfolobus Tibet Filamentous Virus, STFV）。STFV呈丝状，外面有一层脂膜包裹，病毒长约1.4 μm，病毒直径约20 nm，两端各有一约60 nm长的小尾巴。病毒的复制抑制宿主细胞生长，但并不引起宿主细胞的裂解。STFV的DNA为线性双链DNA，推测其DNA末端含共价闭合的发夹结构。已经完成了除病毒末端以外的基因组序列的测定，共测得序列29 568 bp。病毒基因组DNA的GC含量为32.70％，编码49个阅读框，其中包括四个解旋酶基因，四个糖基转移酶基因，一个核苷酸转移酶基因和一个磷酸转移酶基因。其中35个阅读框在已知硫化叶菌病毒中有同源基因。病毒含有两个主要的结构蛋白，分别由ORF162 和 ORF219所编码，这两个结构蛋白在Betalipothrixvirus中非常保守。基因组比对发现，STFV和Betalipothrixvirus的同源性很高。所有的证据表明，STFV为一新的病毒，属于硫化叶菌病毒Lipothrixviridae病毒科，Betalipothrixvirus病毒属。 腾冲硫化叶菌纺锤型病毒STSV1由向小宇博士分离。该病毒编码一个整合酶基因。但通过Southern杂交分析，未检测到病毒基因组整合至宿主基因组中。STSV1病毒颗粒的蛋白由5个阅读框所编码，而其主要的结构蛋白由ORF40编码。

中国白腐真菌小薄孔菌等四属系统学研究

对采集自我国不同地区、不同森林生态类型中的，以及现保存于中国科学院沈阳应用生态研究所东北生物标本馆（IFP）、中国科学院微生物研究所真菌标本馆（HMAS）等国内主要标本馆的非褶菌目木材白色腐朽菌，小薄孔菌属（Antrodiella Ryvarden & I. Johans.）、耙齿菌属（Irpex Fr.）、容氏菌属（Junghuhnia Corda. emend. Ryvarden）和齿耳属（Steccherinum Gray）四属真菌标本进行了全面系统的研究。按照现代分类学方法对四属白腐菌进行详细的描述和显微结构绘图，记载了每种的寄主、国内分布及研究标本，并对每种与其相似种的联系和区别进行了讨论。我国范围内共记录及描述小薄孔菌属（Antrodiella）15种，耙齿菌属（Irpex）2种，容氏菌属（Junghuhnia）7种，齿耳属（Steccherinum）12种。其中，共发现新种4个，分别是：柄生小薄孔菌Antrodiella stipitata H.S. Yuan & Y.C. Dai，柏生小薄孔菌Antrodiella thujae Y.C. Dai & H.S.Yuan，亚圆孢齿耳菌Steccherinum subglobosum H.S. Yuan & Y.C. Dai和尖囊齿耳菌Steccherinum subulatum H.S. Yuan & Y.C. Dai；发现中国新记录种4个，分别是：柔韧小薄孔菌Antrodiella duracina (Pat.) I. Lindblad & Ryvarden，日本容氏孔菌Junghuhnia japonica Núñez & Ryvarden，集刺齿耳菌Steccherinum aggregatum Hjortstam & Spooner和圆孢齿耳菌Steccherinum hydneum (Rick) Maas Geest.。对四属中的代表性种类和重要种类进行了rDNA ITS片段序列测定，利用系统发育分析软件PHYLIP3.6对Antrodiella属和Steccherinum属中的种类进行系统发育分析，并探讨了Antrodiella等上述四属间的系统发育关系。结果表明，与Irpex相比，Junghuhnia和Steccherinum 与Antrodiella具有更近的亲缘关系。Irpex和Steccherinum两个属虽然都具有齿状子实层体结构，但其亲缘关系较远。

长期重金属污染胁迫下农田土壤微生物特征研究

本论文以沈阳张士污灌区土壤为例，首次采用传统微生物生态学与现代微生物分子生态学相结合的研究方法系统地研究了污灌区长期重金属污染胁迫下原位农田土壤微生物特征。结果表明，虽然已经停止污灌十多年，张士灌区土壤耕作层（0～30 cm）仍然存在普遍的Cd污染，灌区土壤Cd含量高达1.75～3.89 mg kg-1。部分区域土壤Cd呈现向下迁移的趋势,且同时伴随有Cu、Zn复合污染。灌区土壤Cd含量较高时清水灌溉能降低土壤表层Cd含量，灌区土壤Cd含量下降到一定程度（约2 mg kg-1）后，清水灌溉对消除土壤表层Cd污染的作用消失。重金属元素中Cd对土壤微生物的影响最突出，在三个不同季节中土壤Cd与土壤微生物生物量（MBC）和微生物商（qM）呈显著负相关，与土壤微生物代谢商（qCO2）呈显著正相关。所检测的微生物指标中qM和qCO2与多种重金属元素呈显著相关性，可作为评价一定程度重金属污染的微生物指标。土壤营养元素（除P外）与微生物特征呈显著正相关性，土壤营养元素对微生物的刺激作用有可能在某种程度上掩盖了重金属对土壤微生物的负面影响。 用16S rDNA-PCR-DGGE方法，研究了不同浓度Cd胁迫下土壤Cd抗性细菌群落结构的动态变化，结果表明在Cd的胁迫下Cd抗性细菌多样性显著增加，不同土壤样品中Cd抗性细菌群落结构向相似的方向偏移，群落结构最终将可能趋向一致。Cd胁迫使敏感菌Pontibacter消失，而伯克氏菌（Burkholderia）、罗尔斯通氏菌（Ralstonia）、芽孢杆菌（Bacillus）和节杆菌（Arthrobacter）则富集成为优势菌。 从张士灌区Cd污染土壤中分离出32株Cd抗性细菌，研究了Cd抗性细菌和Cd抗性基因cadA的分布特征。这32株Cd抗性细菌分别归属于拟杆菌门(Bacteroidetes)（37.5%）、变形菌门(Proteobacteria) （37.5%）、放线菌门(Actinobacteria)（9.4%） 和厚壁菌门(Firmicutes)（15.6%）。在液体LB培养基中对Cd的抗性浓度都大于2 mmol L-1，对Zn抗性浓度介于5～13 mmol L-1。首次从Cetobacillus属的Cd抗性菌株S1基因组DNA中扩增出cadA基因的部分片断。在芽孢杆菌属(Bacillus)的4株菌N7，N9，N10和N11的基因组DNA中扩增出cadA基因的部分片断。序列分析结果表明这5株菌的cadA基因序列相似性为99％～93％，它们与坚强芽孢杆菌（Bacillus firmus） cadA 基因序列(M90750）相似性为94％～92％。系统发育分析结果表明这5株菌的cadA都与Bacillus firmus cadA 基因有着较近的亲缘关系。不同属的Cd抗性细菌间cadA基因的高度相似性揭示了cadA基因能在不同种属间转移的特性。

中国急流牙甲族的系统学研究

急流牙甲族Sperchopsini属于鞘翅目Coleoptera牙甲科Hydrophilidae的水牙甲亚科Hydrophilinae，共包括五属，即水龟虫属 Hydrocassis、革牙甲属 Ametor、Sperchopsis、Anticura、Cylomissus，世界共计有25种，我国分布有2属18个种。 本文回顾了水甲虫、牙甲科以及急流牙甲族的研究简史；综述了水甲虫在分类学、保护生物学、形态学、遗传学、分子生物学等方面研究进展，总结了水甲虫与生态因子的关系以及水甲虫作为生态系统健康指示物的可行性。还简要介绍了昆虫分子系统学，以及细胞色素氧化酶亚基I（COI）和rDNA内部转录间隔区（ITS）在昆虫学研究中的应用。 通过对收集到的700余号急流牙甲族的标本观察和分类研究，发现了一新种（内蒙水龟甲Hydrocassis mongolica sp.nov.）。并且对已知全部种类重新作了描述，特别是长茎革牙甲 Ametor elongatus雄性外生殖器部分，首次对7个种类（长茎革牙甲 Ametor elongatus、粗革牙甲 Ametor scabrosus、帝水龟甲 Hydrocassis imperialis、伪舟水龟甲Hydrocassis pesudoscapha、条纹水龟甲Hydrocassis scapulata、舟水龟甲 Hydrocassi scapha、四川水龟甲Hydrocassis sichuana）的雌性个体进行了描述。编制了急流牙甲族的分属、分种检索表。 采用支序分类学的方法对中国急流牙甲族种类的系统发育关系进行探讨。结果显示革牙甲属内的A. latus、A. rudesculptus、A. rugosus 及A. scabrosus 构成单系（不包括A. elongates），支持皱革牙甲A. rugosus和A. latus属于革牙甲属。水龟虫属内H. anhuiensis、H. baoshanensis、H. lacustris、H. pseudoscapha、H. scaphoides、H. scapulata、H. sichuana、H. taiwana、H. uncinata、H. schillhammeri构成一个单系。水龟虫属包括两大类群，一类群包括H. anhuiensis、H. lacustris、H. scapulata、H. sichuana 、H. taiwana，另一类群包括H. baoshanensis、H. scaphoides、 H. schillhammeri 、H. uncinata。两类群的不同之处在于后一类群的阳基侧突上有一齿状凸起。 测序了H. scapulata、H. sichuana和H. mongolica雌雄各一个个体的COI和ITS2序列。全部的COI基因序列为828bp，编码275个氨基酸。H. scapulata的ITS2序列有446bp，H. sichuana的有456bp，H. mongolica的有455bp。用MEGA 3.1计算比对距离（pairwise distances）和构建邻近系统树。结果显示对于COI，种内的比对距离分别是0(H. scapulata)、0.008(H. mongolica)、0.004(H. sichuana)，种间的比对距离在0.024-0.045之间。对于ITS2，种内的比对距离分别为0.005(H. scapulata)、0(H. mongolica)、0.007(H. sichuana)，种间的比对距离在0.028-0.047之间。H. sichuana和新种间的比对距离在0.024-0.037(COI)和0.044(ITS2)。比对距离揭示出种内低于0.008，种间在0.024-1.078之间。因而，它们之间应该是种间关系而不是种内的关系。COI数据集和ITS2数据集所构建的系统树存在一定的差异，前者显示四川水龟甲和条纹水龟甲是姐妹种，后者显示新种和条纹水龟甲是姐妹种。总之，在内蒙古自治区发现的为一新的物种。

细菌对芘的降解特性及其降解性质粒研究

本研究通过富集培养，从沈抚灌区石油污染土壤中分离到两株以芘为惟一碳源和能源生长的细菌，分别命名为ZHL-4和B61。经过形态观察、生理生化实验与16S rDNA序列分析鉴定，ZHL-4和B61分别为苍白杆菌属（Ochrobactrum）和假单胞菌属（Pseudomonas）。 ZHL-4和B61均对芘具有较强的降解能力，在不添加任何其它碳源的情况下，分别在7d内将10mg•L-1芘降解了71.8%和67.4%，各加入500mg•L-1的葡萄糖和酵母膏作为共代谢底物后，7d内对芘的降解率分别提高到86.8%和89.9%。 经电泳检测，菌株ZHL-4和B61均存在内生质粒。质粒消除实验表明，消除质粒后的菌株ZHL-4和B61不能利用芘进行生长；将质粒转化入大肠杆菌中后，转化子获得了在芘固体培养基上生长的能力，初步证明两株细菌的内生质粒是与芘代谢有关的降解性质粒，其降解芘的基因位于质粒上，这与其它高分子量PAHs降解菌的降解基因位于染色体上不同。 通过设计引物、PCR扩增，菌株ZHL-4和B61并不具有已报道的芘降解基因nidA，这表明ZHL-4和B61具有可能不同于nidA基因的新的芘降解基因，有待于进一步研究。

乙草胺、甲胺磷胁迫下土壤抑真菌作用退化的微生物学机理

利用微生物分子生态学方法（16S rDNA-PCR-DGGE，clone library，ARDRA，sequencing），研究了乙草胺、甲胺磷胁迫对土壤抑真菌作用的影响及微生物学机理。首次构建了具有相同理化性质而抑真菌作用不同的土壤模型，报道了乙草胺和甲胺磷胁迫可降低土壤抑真菌作用，土壤细菌，尤其是假单胞菌群落结构以及phlD功能基因丰度和多样性与土壤抑真菌作用密切相关。 经100℃、110℃和121℃处理得到土壤抑真菌作用逐渐下降的系列土壤样品，经PCR-DGGE分析、克隆文库构建以及测序等证实了土壤细菌多样性和群落结构与土壤抑真菌作用密切相关，其中假单胞菌是重要的功能种群，酸细菌、α，β-变形细菌、节杆菌以及一些不可培养细菌可能存在潜在的抑真菌能力。 乙草胺（50、150、250 mg•Kg-1）处理可降低自然清洁土壤抑真菌能力。随着土壤抑真菌作用的逐渐下降，土壤细菌、真菌以及特异性功能种群假单胞菌和芽孢杆菌的群落结构均发生一定改变。乙草胺通过改变土壤微生物群落组成而降低土壤抑真菌作用。甲胺磷（50、150、250 mg•Kg-1）处理在低浓度时即可极大降低土壤抑真菌作用，且不同浓度处理间差异不显著。 乙草胺和甲胺磷胁迫（浓度均为50、150、250 mg•Kg-1）均能降低土壤中总的可培养假单胞菌和抗典型病原真菌立枯丝核菌（Rhizoctonia solani）的假单胞菌多样性，改变其群落结构。同时还能降低重要抗真菌抗生素2，4-DAPG合成的关键功能基因phlD的多样性。而phlD基因的丰度在甲胺磷胁迫下亦逐渐下降。上述影响在实验5周内持续存在，不可恢复。 研究结果表明乙草胺和甲胺磷胁迫可通过改变土壤细菌，尤其是假单胞菌群落结构及phlD功能基因多样性而降低土壤抑真菌作用，对土壤质量存在潜在生态风险。 此外，对土壤真菌DNA的提取方法进行了优化，得到了适于我国北方土壤类型且真菌多样性程度较高的真菌DNA提取方法。

污水处理体系中的微生物群落特征研究

污水生物处理系统本质上是一种人工强化的工程化微生态系统。污水处理过程往往由多个功能互补的反应单元协同完成，例如因对污水中有机碳、氮和磷兼具良好的去除功能而在城市污水处理中被广泛应用的Anoxic / Oxic（A/O）生物处理工艺。不同反应单元特有的微生物群落之间的相互关系和相互作用与处理系统的稳定性和处理效率密切相关。所以对污水处理系统中微生物群落进行系统分析非常重要。研究系统中微生物群落的时空演替对于优化处理系统的设计和操作具有重要意义。但是，以往对于污水处理系统中微生态系统的解析多数针对实验室规模的其中个别反应器独立进行，还缺乏从系统水平对实际大规模运行的整个污水处理过程中所有反应单元群落进行分析的研究。 悬挂链移动曝气系统是对A / O工艺的完善和发展。悬挂链曝气工艺的实现是依靠悬挂链移动曝气设备和完善的自动控制系统来完成的。可以在系统中实现类似多级A/O的可能性，水力停留时间较长，污泥龄达到15天以上，能够完全实现A / O 工艺。 目前正被广泛应用在各种行业的污水处理项目中。 本文应用基于细菌16S rRNA中的PCR扩增方法（Polymerase Chain Reactor），结合变性梯度凝胶电泳指纹分离技术（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis, DGGE），对实际规模的运用Anoxic / Oxic（A/O）工艺并采用悬挂链式移动曝气技术的污水生物处理系统中微生物群落特征，主要对细菌组成结构和群落动态，细菌优势菌群的多样性以及与系统功能稳定性的关系进行了研究，拟为更全面了解活性污泥处理系统中的优势菌群特征，以及细菌群落结构和功能动态变化关系，实现对活性污泥处理的优化操作，对污染物降解功能菌群的筛选，为运用现代培养技术实现分离培养并运用于环境修复实践奠定方法和理论基础。 首先，对影响PCR-DGGE分析的重要前操作步骤进行了优化和筛选，包括两个方面：细菌基因组DNA的高效提取和纯化；不同16S rRNA靶序列对PCR-DGGE分析的影响。从中选出适合于活性污泥样品的细菌基因组DNA提取方法和PCR-DGGE分析的最优靶序列组合。 其次，运用PCR-DGGE指纹图谱技术分析了该污水处理系统中不同功能反应单元中活性污泥的细菌种群结构特征，探讨了系统运行过程中细菌种群时间和空间上的动态特征。并将图谱中所显示的优势条带进行切割回收，重复扩增，电泳检测，序列测定并与GenaBank数据库中的微生物类群进行同源性比对，探讨活性污泥中细菌种群多样性，了解污泥中可能含有的主要具有污染物降解功能的类群信息。 在整个处理过程中，同一功能反应单元中不同位置的活性污泥微生物菌群结构不同。执行不同功能的处理单元活性污泥细菌多样性和组成结构各有不同。 在系统稳定运行的状态下，细菌组成结构的时间变化动态不显著。但是在系统的不同操作条件下，主要处理池的微生物群落的DGGE遗传指纹图谱较独特。 对该处理系统污泥中优势菌群的序列测定和同源性比对表明，优势菌群所对应的细菌的16S rDNA序列可以被归属于以下四个主要的细菌系：α, β, γ- Proteobacteria 以及厚壁菌门 phylum Firmicutes （low G+C Gram-positive）。 该处理系统的优势菌群的DGGE条带拥有潜在的具有异养硝化/好氧反硝化的除 N / P 类群。该类菌群中的大多数属于Pseudomonas spp.。另外，回收到两个与已鉴定的具有异养硝化和好氧反硝化能力的Pseudomonas stutzeri 和 Pseudomonas borbori 最相似的菌株的条带。γ-变形菌纲门（γ- Proteobacteria）的微生物类群在该缺氧-好氧处理厂中分布较广泛，尤其是和 N / P 去除紧密相关的具有脱氮除磷能力的Pseudomonas 类群，而且在好氧曝气处理池中分布较广，这可能和系统中表现的好氧反硝化现象相关。 不同的操作状况下微生物群落结构有差异。增加污泥回流比，增加DO（Dissolved oxygen）浓度，COD去除率和NH4+-N去除率显著增加，总N和总P的去除率改变不显著。 最后，对整个处理过程中微生物群落结构在系统正常调控改变范围内的长期动态和稳定性进行了探讨。整个处理系统的长期稳定性与体系中的每个处理环节相关，而不是仅与其中的单个主要反应池相关。污水处理体系的功能稳定性与其中的微生物群落稳定性相关，微生物群落结构决定了生态功能，群落结构变化能反应系统的运行状况及其降解效率。

长期施肥黑土微生物群落特征及其季节变化

研究长期施肥黑土微生物群落特征及其季节变化，可准确揭示施肥对黑土肥力质量的影响。本文以黑土肥料试验基地10个有机肥和无机肥处理0—20 cm表层土壤为研究对象，以不施肥和休闲处理为对照，分别经过8次季节取样，分析长期施肥与季节更替条件下黑土微生物群落特定磷脂脂肪酸（PLFA）含量、微生物量碳（氮）含量、r-k策略菌群数量、土壤酸（碱）磷酸酶活力以及16S rDNA的PCR-DGGE条带构成等微生物特征及其变化规律，探讨长期施肥与季节更替对黑土微生物群落的影响，明确限制各微生物群落生长的主要养分因子。 不同季节、多种施肥处理之间的土壤微生物指标多重比较表明，施肥与季节更替显著影响黑土微生物各菌群生长与活力，且施肥×季节更替交互作用显著。 与无机肥处理相比，有机肥施用能显著提高黑土各菌群特征PLFA与微生物量碳（氮）含量、r-k策略细菌或真菌数量以及磷酸酶活力；在一定时期、一定程度上改变土壤细菌PCR-DGGE条带构型，提高细菌群落多样性。不同有机肥-化肥配施处理之间各微生物学指标比较发现，有机肥+磷肥（MP）处理中的可培养细菌数量、细菌与放线菌PLFA含量、微生物量碳含量以及碱性磷酸酶活力普遍较低；高量有机肥（M2CK）处理中的各菌群特征性PLFA、微生物量碳（氮）含量以及酸性磷酸酶活力等则有一定提高。单施化肥各处理，尤其是氮磷钾（NPK）处理，在一定程度上抑制了黑土各菌群生长与活力。各处理PLFA因子分析表明，施用有机肥对黑土放线菌、G+与G-细菌等菌群影响较大。另外，休闲处理真菌特征PLFA含量、r-策略真菌数量、碱性磷酸酶活力及微生物量碳（氮）含量等均处较高水平。 季节更替对微生物群落各指标影响亦达显著水平，且各指标季节变化趋势存在一定差异。黑土各菌群特征性PLFA含量、微生物量氮、G+/G-比值及r-策略细菌等指标，均自春至夏有显著升高趋势；而磷酸酶活力、真菌/细菌比值及k-策略细菌等指标则自春至夏有明显的下降趋势。各处理PLFA因子分析表明，夏秋季节对土壤单烯不饱和脂肪酸影响较大。 多元线性回归分析表明，碱解氮、有机碳、有效磷等养分几乎是影响所有已测微生物学指标的最关键养分因子，较次要的微生物生长限制因子是速效钾与pH值。

芘降解菌在石油污染土壤修复过程中的代谢调控

沈抚灌区是我国面积最大、污灌历史最长的石油类污水灌溉区，土壤中大分子量多环芳烃污染严重，对当地粮食生产与生态安全造成严重危害。对此类污染土壤进行生物修复，对保证农产品的安全，实现当地人与自然的可持续发展具有重大的意义。 本研究以沈抚灌区污染土壤中大分子多环芳烃芘为主要研究对象，采用稳定同位素比率分析技术（IRMS），以磷脂脂肪酸（PLFA）为生物标记物，分析污染土壤参与芘降解的优势微生物类群；并以此为指导，采用分子生物学手段和传统微生物学分析方法，筛选土壤中的高效降解菌，并追踪其释放到土壤中后的动态变化与调控。 从沈抚灌区土壤富集培养芘的降解菌，经过双层平板法初筛和芘降解菌液体摇瓶复筛，获得5株以芘为唯一碳源生长的具有较高降解活性菌株。 将筛选的降解菌投加到污染土壤中，以13C标记的芘为代谢底物，以土壤微生物的磷脂脂肪酸为生物标记物，采用稳定同位素比率分析方法(GC-C-IRMs)，分析投加的降解菌在原位土壤中的降解作用。结果显示，与不加菌的对照土壤相比，富含13C的磷脂脂肪酸指纹图谱相似度较高的为投加了菌株B05和菌株B15的土壤，芘的降解效率也最高，表明这两株菌在原位土壤芘降解中发挥了重要作用。根据形态学观察、16项生理生化鉴定和16S rDNA序列分析结果，将菌株B05鉴定为 Aminobacter ciceronei，将菌株B15鉴定为 Microbacterium arabinogalactanolyticum。菌株B05初步确定为一株新的芘降解菌，并对菌株培养条件进行了优化。 采用PCR-DGGE方法，研究了筛选的5株降解菌在不同的营养条件下释放到土壤中后的数量和代谢活性的变化。PCR-DGGE图谱分析表明：投加初期外加菌在竞争中占据优势，但是随时间推移，营养物质的消耗，优势逐渐消失，PCR-DGGE的条带趋向于一致。菌株B05的稳定期相对较长，在DGGE图谱中的条带相对密度大，而且对芘的降解率最高，是一株具有潜在应用价值的高效降解菌。混合菌比单一菌降解率高，添加碳氮源有利于外加菌群更快更好的适应在污染土壤中生存，而且有助于对多环芳烃的降解。

极端环境放线菌的分离及多相分类研究

本文综述了放线菌分类学研究的目的和作用，分析了放线菌分类学的历史和现状，介绍了当前放线菌多相分类研究中所采用的技术方法及适用范围。同时还重点介绍了极端高温、低温、高盐放线菌分离及分类研究的进展。从云南采集高温温泉水样、火山口土样，从云南、新疆等地采集雪山土样，从新疆、青海等地采集盐碱土样进行放线菌分离，对不同极端环境下的放线菌分离方法进行探讨，并对分离到的部分典型放线菌菌株采用形态特征、培养特征，生理生化测定，细胞化学组份分析，DNA G+C mol%和DNA同源性测定，以及16SrDNA全序列分析等相结合的多相分类技术进行系统的分类研究。从表型、基因型及系统发育三个不同层次对其分类地位进行了最终确定。其中，分离自云南洱源温泉的菌株YIM60013和腾冲火山口的菌株YIM60032分别确定为高温放线菌属的两个新种：白色高温放线菌（Thermoactznomyces albus sp. nov.）和云南高温放线菌（Termoactomyces yunnanensis sp. nov.）；分离自新疆北疆地区的一株低温放线菌菌株，结合其形态特征、细胞化学组份及16S rDNA序列分析将其鉴定为链霉菌的一个新种，北疆链霉菌（Streptomyces beijiangensis sp. nov.）；来自新疆盐碱土样的6株嗜盐放线菌菌株YIM90001-90006中，菌株YIM90001被命名为嗜盐普氏菌新种(Prauserella halophila sp. nov.），菌株YIM90005被 命名为脱卤普氏菌新种（Prauserella dehalogenans sp. nov.），菌株YIM90002和YIM90003鉴定为拟诺卡氏菌科中的链单抱菌新属Streptomonospora gen. nov.）和它的两个新种：菌株YIM90002定为盐生链单抱菌新种(Streptomonospora saline sp. nov.），菌株YIM90003定为白色链单抱菌新种(Streptomonospora alba sp. nov.）；菌株YIM90004和YIM90006分别被确定为拟诺卡氏菌属的一个新种和一个亚种：新疆拟诺卡氏菌新种（Nocardopsi sxiniangensis sp. nov.）和嗜阿拉伯糖新疆拟诺卡氏菌亚种( Noocardiopsi sxiniangensis subsp．arabicus subsp．nov，）。

调节LDLR及VCAM-1基因表达的微生物代谢产物的研究

为了筛选对靶基因LDLR和VCAM-1的表达具有调节作用的生物活性物质，建立了两个基于重组人细胞系的高通量的筛选模型，使用荧光素酶在96-孔版上来筛选对上述靶基因的表达具有调节作用的微生物代谢产物。模型之一是来自于人肝HepG2细胞系的重组L39细胞，用于筛选增加LDLR报告基因表达的生物活性物质，以期发现新的具有降胆固醇作用的药物。筛选之二为来源于细胞系ECV304的重组细胞株Nl-14,用于筛选抑制VCAM-1基因表达的活性物质，以期发现治疗风湿性关节炎等免疫性疾病治疗的药物。上述筛选系统均是稳定转染的细胞系，分别含有与荧光素酶报告基因相融合的LDLR或VCAM-1基因的转录调节元件。通过对6300株微生物的总计12600个样品的筛选，共发现和分离了17个活性化合物并进行了结构解析。其中两个被命名为Cladospolede D和Zelkovamycin的化合物被确定为新的化合物。由真菌 FO-6605的发酵液提取得到的一个化合物对LDLR报告基因的表达具有很强的上调作用，其SC200为1 Onmol/L a使用荧光标记的LDL检测到该化合物对于HepG2细胞膜上LDLR具有剂量依赖的增强作用。由真菌FO-5897的发酵液中分离到了一个已知的化合物Ascofuranone，该化合物曾经被报道具有降血脂抗肿瘤的活性。值得注意的是我们首次发现了该化合物同时具有抑制 VCAM-1报告基因表达和增强LDLR报告基因表达的作用，该发现有可能会对其降血脂作用的深入研究提供帮助。由海洋真菌FT-0012产生的化合物Cladospolede D为一个12-员环的大环内酷类的化合物，该化合物对两个测活系统均显示出无选择性的抑制作用形态学研究显示该真菌属于Cladosporiun属。另外一个由土壤放线菌K96-670产生的新化合物为一个环八肤类的化合物，经~1H~1-H COSY,~(13)C-H COSY,~(13)C-~1H HMQC, ~(15)N-~1H HMQC,~(15)-~1N HHMBC等波谱学研究得知该化合物的分子结构中含有六个非普通的氨基酸和两个普通氨基酸。该化合物对VCAM-I报告基因的表达显示出非常好的选择性的抑制活性，其IC50值为9.5ug/ml.形态学的研究表明该菌株属于链霉菌属。 在筛选过程中从来源于云南省西双版纳的土壤中分离到了一株编号为YIM1272的放线菌，经包括形态学、生理一生化和16S rDNA在内的分类学研究，确定该菌株为链霉菌属的一个新种，被命名为佩版纳链霉菌，(Streptomyces.bannaensis．sp.nov）。

嗜盐和嗜碱放线菌的分离及多相分类研究

本文综述了放线菌分类学研究的意义和进展，分析了放线菌分类学研究特点及发展趋势；同时综述了嗜盐、嗜碱放线菌的研究进展，分析了嗜盐和嗜碱放线菌研究的重要性和意义。通过对采自渤海沿岸盐场、青海盐湖、张北盐湖、曲周、保定等地盐碱和高盐的样品进行嗜盐和嗜碱放线菌的分离，建立了适于嗜盐和嗜碱放线菌的分离培养条件；找到了广适性的嗜盐放线菌培养用培养基；发现了嗜盐放线菌多数耐碱的规律。采用形态培养特征、生理生化测定、细胞化学组分分析、DNA G＋C mol％测定以及DNA同源性分析和165 rDNA序列为基础的系统发育分析等相结合的多相分类技术对分离得到的部分典型菌株系统地进行了分类研究，从表型、基因型和系统发育三个层次对其分类地位进行了确定。本研究发现嗜盐放线菌新属新种1个，为波状盐场放线菌新属新种（Actinoosalterria undulata gen.nov．sp．nov），嗜盐放线菌新种4个，分别是：沧州拟诺卡氏菌(Nocardiopsl's cangzhouensis sp．nov．）、塘沽拟诺卡氏菌(Nocardiopsis tangguensis sp.nov）、茶卡拟诺卡氏菌(NocardioPs沽chakaensis)和盐场链霉菌(Streptomyces salinarum sP.nov.）；发现嗜碱放线菌新种2个，分别是；布尔津拟诺卡氏菌（NocardioPsis buerjinensis sp.nov．）和城墙拟诺卡氏菌（Nocardiopsis rampartis sp.nov．）；另有2株嗜碱放线菌鉴定为达松维尔拟诺卡氏菌，2株嗜碱放线菌鉴定为产气味拟诺卡氏。论文研究中还初步建立了放线菌磷酸类脂高效液相色谱测定的方法与测定条件。

基于ITS 序列和matK 基因序列的中国药用石斛及其混伪品的分子鉴定

为了从分子水平对中国药用石斛及其混伪品进行鉴定，本文选取了核rDNA ITS 序列和叶绿体DNA 的matK 基因序列进行研究。采用改良的CTAB 法提取石斛的基因组DNA，PCR 产物直接测序法对17 种（共32 份）药用石斛的核糖体内转录间隔区ITS 全序列进行测定，克隆测序法对12 种（共22 份）药用石斛的叶绿体的matK 基因序列进行测定，运用BioEd it，MEGA4.0 等生物软件分析了石斛属植物的rDNA ITS 序列及叶绿体的matK 基因序列的特征，比较了石斛属间、种间、种内不同居群（品种）间的序列碱基差异及遗传距离，应用邻接法构建分子系统树。主要研究结果如下： （1）建立了17 种（共32 份）药用石斛rDNA ITS 区碱基全序列数据库，其中，ITS1 的长度为228~234 bp，GC 含量为45.7%~53.0%，变异位点167 个，占总位点67.34%，信息位点106 个，占总位点42.74%，ITS2 长度为241~247 bp，GC含量为44.8%~55.7%，变异位点165 个，占总位点66.27%，信息位点115 个，占总位点46.18%。 （2）建立了12 种（共22 份）药用石斛的叶绿体matK 基因全序列数据库，叶绿体matK 基因长1410 bp，变异位点51 个，信息位点11 个。除了存在碱基替换的遗传变异外，还存在碱基的插入和缺失。 （3）通过ITS 序列比较分析了各材料间的遗传距离和碱基差异，属间的遗传距离为0.295，石斛种间的平均遗传距离为0.142，碱基相差2~156 个，种内各居群间的平均遗传距离为0.002，碱基相差1~2 个。属间的遗传距离大于种间的遗传距离，种间的遗传距离大于种内不同居群（品种）间的遗传距离。 （4）根据分析石斛叶绿体的matK 基因序列得到，外类群（密花石豆兰）与石斛属间最小遗传距离为0.027，石斛种间的平均遗传距离为0.008，种间最大的遗传距离0.014， 最小的遗传距离为0.003，碱基相差8~20 个。种内不同居群（品种）遗传距离为0.001，相差1~5 个碱基。 （5）利用17 种石斛的全序列数据库及遗传分析软件，通过对待检种rDNA I TS区进行序列测定，成功地对10 个待检种进行了鉴定，并且在原植物开花后得到了验证。 （6）运用12 种石斛的matK 基因全序列数据库及遗传分析软件，成功地对4个待检种进行了鉴定，同样在原植物开花后得到了验证。 （7）本文利用石斛的核糖体内转录间隔区ITS 序列和叶绿体的matK 基因序列数据库分别构建了NJ 树，外类群与石斛属间石斛种间以及种内不同居群（品种）间均能在NJ 树中明显分化开来，二者构建的分子系统树一致，为石斛的分子鉴定提供了依据。 In order to identify Chinese Herba Dendrobii and its adulterant species on molecular level, we studied the sequences of rDNA ITS and chloroplast matK gene. Genomic DNA of Dendrobium was extracted using the modified cetyltrimethyl ammonium bromide (CTAB) method. The PCR products of the rDNA ITS sequences of Dendrobium (32 materia ls) were purified and then sequenced. The PCR products of chloroplast matK gene of Dendrobium (22 materia ls) were purified, cloned and then sequenced. The characteristic of the sequences and the genetic dista nce were compared between Bulbophyllum odoratissimum and Dendrobium, Dendrobium interspecies, and different populations. Phylogenetic trees were constructed using the NJ method by the biology softwares including BioEd it, MEGA4.0 etc. The ma in results as follows: (1) It was built up that the database of rDNA ITS sequences of 17 species of Herba Dendrobii (32 materia ls). The ITS1 was 228~234 bp, the GC content accounting for 45.7%~53.0%. Its variable sites were 167, accounting for 67.34%. The Parsim-Informative positions were 106, accounting for 42.74%. The ITS2 was 241~247 bp, the GC accounting for 44.8%~55.7%. The variable sites were 165, accounting for 66.27%. The Parsim-Informative positions were 115, accounting for 46.18%. (2) The database of the chloroplast matK gene sequences was built up, which contained 12 species of Herba Dendrobii (22 materia ls). The matK gene sequences were about 1410bp in length. There were 51 variable sites and 11 Parsim-Informative sites. And there were nucleotides insertions and deletions in some species , in addition to the nucleotides substitutions. (3) The rDNA ITS sequences were compared and analyzed by the biology softwares. The genetic dista nce between Bulbophyllum odoratissimum and Dendrobium was 0.295. The avera ge genetic dista nce was 0.142 between Dendrobium species, and there were 2~156 variable nucleotides. The avera ge genetic dista nce between different populations was 0.002, and there were 2~156 variable nucleotides. The genetic dista nce between Bulbophyllum odoratissimum and Dendrobium was greater tha n that of Denrobium interspecies. Meanwhile, the genetic dista nce between Denrobium species was also greater tha n that of different populations (variaties). (4) The characteristics of the chloroplast matK gene sequences were obtained after analyzing by the biology softwares. The minima l genetic dista nce was 0.027 between Bulbophyllum odoratissimum and Dendrobium . The ma xima l genetic dista nce was 0.014 between Dendrobium species, and there were 20 variable nucleotides. The minima l genetic dista nce between populations was 0.003, and there were 8 variable nucleotides.The genetic dista nce between populations was 0.001, and there were 1~5 variable nucleotides. (5) The molecular Phylogeny tree was constructed on the database of rDNA ITS the sequences of 17 species of Herba Dendrobii using the biology softwares. Then we authenticated 10 materia ls on molecular level. What’s more, they had been proved when these pla nts flowered. (6) The molecular Phylogeny tree was built up on the database of chloroplast matK gene sequences of 12 species of Herba Dendrobii with the biology softwares.Then 4 materia ls were authenticated on molecular level. Moreover, they had also been proved when these pla nts were in flower. (7) The Phylogenetic trees were separately constructed on the sequences of rDNA ITS and chloroplast matK gene B. odoratissimum and Dendrobium all could be distinguished on the Phylogenetic trees. Meanwhile, the Phylogenetic trees based on two groups of sequences were coincident. rDNA ITS and matK gene sequence could be used as molecular markers for authentication of Herba Dendrobii.