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A sequential Monte Carlo EM approach to the transcription factor binding site identification problem
Resumo:
A nursery site for the Alaska skate (Bathyraja parmifera) was sampled seasonally from June 2004 to July 2005. At the small nursery site (~2 km2), located in a highly productive area near the shelf-slope interface at the head of Bering Canyon in the eastern Bering Sea, reproductive males and females dominated the catch and neonate and juvenile skates were rare. Seasonal samples showed summertime (June and July) as the peak reproductive time in the nursery although some reproduction occurred throughout the year. Timeseries analysis of embryo length frequencies revealed that three cohorts were developing simultaneously and the period of embryonic development was estimated at 3.5 years and average embryo growth rate at 0.2 mm/day. Estimated egg case deposition occurred mainly during summertime and hatching occurred during winter months. Protracted hatching times may be common for oviparous elasmobranch species and may be directly correlated with ambient temperatures as evident from a meta-data analysis. Evidence indicates that the Alaska skate uses the eastern Bering Sea outer continental shelf region for reproduction and the middle and inner shelf regions as habitat for immature and subadults. Skate nurseries may be vulnerable to disturbances because they are located in highly productive areas and because embryos develop slowly.
Resumo:
Rockfish (Sebastes spp.) juveniles are often difficult to identify by using morphological characters. This study independently applies morphological characters and a key based on mitochondrial restriction site variation to identify juvenile rockf ishes collected in southern California during juvenile rockfish surveys. Twenty-four specimens of Sebastes were examined genetically without knowledge of the morphological assignment. Seventeen fish were identified genetically as S. semicinctus, S. goodei, S. auriculatus, S. jordani, S. levis, S. rastrelliger, and S. saxicola. Identities for the remaining fish were narrowed to two or three species: 1) three fish were either S. carnatus or S. chrysomelas; 2) one fish was either S. chlorosticus, S. eos, or S. rosenblatti; and 3) three fish could have been either S. hopkinsi or S. ovalis, the latter for which we now have distinguishing mitochondrial markers. The genetic and morphological assignments concurred except for the identity of one fish that could only be narrowed down to S. hopkinsi or S. semicinctus by using morphological characters. Genetics excluded more species from multispecies groupings than did the morphological approach, especially species within the subgenus Sebastomus. Species in the genetically unresolvable groups may be similar because of recent divergence or because of interspecies introgression.
Resumo:
Neste trabalho enfocaremos o consumo de antidepressivos, buscando questionar a posição mais comumente aceita para explicar o alto consumo dessas substâncias, que geralmente responsabiliza os ardilosos estratagemas das indústrias farmacêuticas ou a hegemonia da psiquiatria biológica na medicina. Acreditamos que as respostas devem ser buscadas em análises mais profundas, e não simplesmente na demonização desse ou daquele ator social considerado isolada,e,tem, pois admitimos que no consumo se constrói parte da racionalidade integrativa e comunicativa de uma sociedade, logo, pensar o consumo implica em um enfoque dos sujeitos enquanto consumidores, indivíduos e cidadãos. Partindo desses considerações, analisaremos o consumo de antidepressivos pela ótica dos usuários através da análise do conteúdo de um site de relacionamentos muito popular na internet brasileira, conhecido como Orkut.
Resumo:
Background: In complex with its cofactor UAF1, the USP1 deubiquitinase plays an important role in cellular processes related to cancer, including the response to DNA damage. The USP1/UAF1 complex is emerging as a novel target in cancer therapy, but several aspects of its function and regulation remain to be further clarified. These include the role of the serine 313 phosphorylation site, the relative contribution of different USP1 sequence motifs to UAF1 binding, and the potential effect of cancer-associated mutations on USP1 regulation by autocleavage. Methods: We have generated a large set of USP1 structural variants, including a catalytically inactive form (C90S), non-phosphorylatable (S313A) and phosphomimetic (S313D) mutants, deletion mutants lacking potential UAF1 binding sites, a mutant (GG/AA) unable to undergo autocleavage at the well-characterized G670/G671 diglycine motif, and four USP1 mutants identified in tumor samples that cluster around this cleavage site (G667A, L669P, K673T and A676T). Using cell-based assays, we have determined the ability of these mutants to bind UAF1, to reverse DNA damage-induced monoubiquitination of PCNA, and to undergo autocleavage. Results: A non-phosphorylatable S313A mutant of USP1 retained the ability to bind UAF1 and to reverse PCNA ubiquitination in cell-based assays. Regardless of the presence of a phosphomimetic S313D mutation, deletion of USP1 fragment 420-520 disrupted UAF1 binding, as determined using a nuclear relocation assay. The UAF1 binding site in a second UAF1-interacting DUB, USP46, was mapped to a region homologous to USP1(420-520). Regarding USP1 autocleavage, co-expression of the C90S and GG/AA mutants did not result in cleavage, while the cancer-associated mutation L669P was found to reduce cleavage efficiency. Conclusions: USP1 phosphorylation at S313 is not critical for PCNA deubiquitination, neither for binding to UAF1 in a cellular environment. In this context, USP1 amino acid motif 420-520 is necessary and sufficient for UAF1 binding. This motif, and a homologous amino acid segment that mediates USP46 binding to UAF1, map to the Fingers sub-domain of these DUBs. On the other hand, our results support the view that USP1 autocleavage may occur in cis, and can be altered by a cancer-associated mutation.
Resumo:
Esta dissertação é a descrição de um trabalho cujo objetivo principal foi a criação de um site com materiais sobre o tema preconceito linguístico, visando a promover uma circulação do conhecimento científico entre diversas classes da sociedade não-acadêmica. Nossas primeiras motivações para a realização de um trabalho desse tipo se iniciaram após a polêmica ocorrida em 2011 sobre o livro didático que, segundo a mídia, ensinaria os alunos a falar errado. Essa situação demonstrou existir uma falta de diálogo entre academia e sociedade no que concerne a temas sociolinguísticos. Percebemos uma necessidade de se realizar uma divulgação científica que chegasse com sucesso à sociedade, de modo que as pessoas pudessem conhecer o assunto em questão e, ao menos, refletir sobre ele. Muito embora já existam trabalhos realizados por linguistas com essa intenção, como é o caso de Bagno (1997, 1999), Bortoni-Ricardo (2004, 2005) e Scherre (2005), estes ainda são limitados, por serem, em sua maioria, livros e artigos acadêmicos. Utilizando como base o princípio de indissociabilidade entre ensino, pesquisa e extensão (MEC/SESu, 2006), buscamos, segundo o próprio princípio exige, unir a pesquisa científica resultante dos estudos sociolinguísticos à extensão - através da divulgação do tema para as pessoas de fora do meio acadêmico - e ao ensino, criando e compartilhando materiais que possam ser também utilizados em sala de aula. Para conquistar tal objetivo, tendo como inspiração a proposta de Baronas (2010) e seguindo os exemplos de Ribeiro (2006), Chagas (2012) e Pauleto (2013), criamos um site com materiais diversos sobre o tema preconceito linguístico, como vídeos, imagens e textos informativos. Ainda, como complemento do trabalho, foi criada uma página no Facebook, de modo a obter uma eficácia maior na divulgação, sabendo que a internet é hoje um dos meios mais fáceis, rápidos e de longo alcance para o compartilhamento de informações. Tivemos por intenção promover uma circulação do conhecimento, aplicando o princípio da gratuidade linguística apresentado por Wolfram (1998) e assumindo um papel de agentes de mudança social, segundo aponta Charity (2008). De modo a verificar a eficácia de nosso trabalho, utilizamos uma avaliação em modelo de questionário de escala Likert, realizada por três grupos distintos de avaliadores. Nossos resultados mostraram aprovação ao site por parte dos três grupos de avaliação, demonstrando que esse tipo de trabalho é eficiente e promissor, sendo uma maneira eficaz e ampla de se promover a circulação de saberes sociolinguísticos e divulgar uma mensagem de combate ao preconceito linguístico