Topological aspects of the human protein interaction network

It is currently widely accepted that the understanding of complex cell functions depends on an integrated network theoretical approach and not on an isolated view of the different molecular agents. Aim of this thesis was the examination of topological properties that mirror known biological aspects by depicting the human protein network with methods from graph- and network theory. The presented network is a partial human interactome of 9222 proteins and 36324 interactions, consisting of single interactions reliably extracted from peer-reviewed scientific publications. In general, one can focus on intra- or intermodular characteristics, where a functional module is defined as "a discrete entity whose function is separable from those of other modules". It is found that the presented human network is also scale-free and hierarchically organised, as shown for yeast networks before. The interactome also exhibits proteins with high betweenness and low connectivity which are biologically analyzed and interpreted here as shuttling proteins between organelles (e.g. ER to Golgi, internal ER protein translocation, peroxisomal import, nuclear pores import/export) for the first time. As an optimisation for finding proteins that connect modules, a new method is developed here based on proteins located between highly clustered regions, rather than regarding highly connected regions. As a proof of principle, the Mediator complex is found in first place, the prime example for a connector complex. Focusing on intramodular aspects, the measurement of k-clique communities discriminates overlapping modules very well. Twenty of the largest identified modules are analysed in detail and annotated to known biological structures (e.g. proteasome, the NFκB-, TGF-β complex). Additionally, two large and highly interconnected modules for signal transducer and transcription factor proteins are revealed, separated by known shuttling proteins. These proteins yield also the highest number of redundant shortcuts (by calculating the skeleton), exhibit the highest numbers of interactions and might constitute highly interconnected but spatially separated rich-clubs either for signal transduction or for transcription factors. This design principle allows manifold regulatory events for signal transduction and enables a high diversity of transcription events in the nucleus by a limited set of proteins. Altogether, biological aspects are mirrored by pure topological features, leading to a new view and to new methods that assist the annotation of proteins to biological functions, structures and subcellular localisations. As the human protein network is one of the most complex networks at all, these results will be fruitful for other fields of network theory and will help understanding complex network functions in general.

Il ruolo delle infrastrutture verdi nella riqualificazione del territorio. Realizzazioni di substrati alleggeriti sostenibili tramite l'utilizzo di materie prime secondarie.

Si indaga il ruolo delle tecnologie verdi all'interno del contesto urbano, in particolare gli effetti delle infrastrutture verdi sulla regimazione idrica e l'isola di calore. Si sono implementati substrati estensivi alleggeriti sostenibili tramite materie secondarie, che costituiscono un vantaggio economico e strutturale, oltre che di riciclo di scarti da filiere produttive, mantenendo intatta la crescita delle piante

Osservazioni in ambiente controllato del ciclo riproduttivo e delle prime fasi di accrescimento di Chiloscyllium punctatum (Muller & Henle 1838)

La presente tesi tratta delle attività riproduttive e delle prime fasi di crescita dello squalo Chiloscyllium punctatum. Da Dicembre 2013 a Giugno 2014, all’Acquario di Cattolica, sono state effettuate osservazioni su una coppia di adulti riproduttori e sui relativi neonati mantenuti in ambiente controllato. Il Chiloscyllium punctatum è una specie ovipara che rilascia uova di forma rettangolare, ha un ciclo riproduttivo relativamente rapido ed è molto sfruttata come specie ornamentale dagli acquari di tutto il mondo. Per ottenere una corretta gestione in ambiente controllato, la riproduzione ed estrapolare il maggior numero d’informazioni certe su gli stadi di vita, sulla dieta di divezzamento dei neonati dal sacco vitellino, sull’illuminazione più consona da adottare, sulle dimensioni medie di uova, nascituri e adulti, sulla crescita dei nascituri, sui tempi di sviluppo embrionale, sulla frequenza di deposizione delle uova e sui tempi di schiusa è stato necessario sviluppare un corretta procedura di gestione ordinaria. In 7 mesi, gli adulti di C. punctatum, in condizioni ambientali ottimali e costanti, hanno dato vita a 33 neonati. Questi sono stati sottoposti a misurazioni di lunghezza (LT, cm) e peso corporeo (PC, g) per valutare l’influenza dell’illuminamento e della dieta sulla crescita. Inoltre, sono stati confrontati dati sperimentali (e.g. tempistiche di sviluppo embrionale) con dati bibliografici (Haraush et al., 2007) che hanno evidenziato alcune similitudini e differenze.

Efficacia e complicanze durante la curva di apprendimento della Thulep: risultati a breve e medio termine delle prime 48 procedure

MATERIALI E METODI: Tra il 2012 e il 2013, abbiamo analizzato in uno studio prospettico i dati di 48 pazienti sottoposti a ThuLEP con approccio autodidatta. I pazienti sono stati rivalutati a 3, 6, 12 e 24 mesi con la valutazione del PSA, il residuo post-minzionale (RPM), l'uroflussometria (Qmax), l'ecografia transrettale e questionari validati (IPSS: international prostate symptom score e QoL: quality of life) RISULTATI: Il volume medio della prostata è di 63 ± 5,3 ml. Il tempo operatorio medio è stato di 127,58 ± 28.50 minuti. Il peso medio del tessuto asportato è stato di 30,40 ± 13,90 gr. A 6 mesi dopo l'intervento l'RPM medio è diminuito da 165,13 ± 80,15 ml a 7,78 ± 29.19 ml, mentre il Qmax medio è aumentato da 5.75 ± 1.67ml / s a 18.1 ± 5.27 ml / s. I valori medi dei IPSS e QoL hanno dimostrato un progressivo miglioramento: da 19.15 (IQR: 2-31) e 4 (IQR: 1-6) nel preoperatorio a 6.04 (IQR: 1-20) e 1.13 (IQR: 1-4), rispettivamente. Durante la curva di apprendimento si è assistito ad un progressivo aumento del peso del tessuto enucleato e ad una progressiva riduzione del tempo di ospedalizzazione e di cateterismo. Tra le principali complicanze ricordiamo un tasso di incontinenza transitoria del 12,5% a 3 mesi e del 2.1% a 12 mesi. CONCLUSIONI: ThuLEP rappresenta una tecnica chirurgica efficace, sicura e riproducibile indipendentemente dalle dimensioni della prostata. I nostri dati suggeriscono che la ThuLEP offre un miglioramento significativo dei parametri funzionali comparabili con le tecniche tradizionali, nonostante una lunga curva di apprendimento.

Analisi di residui solidi industriali pre e post trattamento idrometallurgico per la valutazione del potenziale recupero di materie prime critiche

Si è calcolata la percentuale di metalli rimossi (R%) da fly ash e scarti industriali ceramici sottoposti a vari tipi di leaching con acqua deionizzata, acido solforico (pH1), attacco alcalino (pH14) e trattamento combinato acido-alcalino. Il parametro R è molto importante perché è in grado di fornire un’indicazione riguardo l’effettiva efficacia di un tipo di leaching rispetto ad un altro. Così facendo è possibile valutare la reale fattibilità del recupero di materie prime critiche (secondo la Commissione Europea) da questi rifiuti. Per quanto riguarda il recupero da fly ash, il trattamento con leaching acido si dimostra il più valido per numero di elementi e percentuale di recupero. Tuttavia, anche se il leaching combinato per certi aspetti può sembrare migliore, bisogna anche considerare i costi di lavorazione, che in questo caso aumenterebbero sensibilmente. Per quanto riguarda gli scarti ceramici, è il leaching combinato a mostrare il miglior potenziale di rimozione dei metalli critici, sia in termini di percentuali che per il numero di elementi rimossi.

High numbers of DC-SIGN+ dendritic cells in lesional skin of cutaneous T-cell lymphoma

The role of dendritic cells (DCs) in disease progression of primary cutaneous T-cell lymphoma (CTCL) is not well understood. With their unique ability to induce primary immune responses as well as immunotolerance, DCs play a critical role in mediation of anti-tumor immune responses. Tumor-infiltrating DCs have been determined to represent important prognostic factors in a variety of human tumors.

Lucky numbers: Choice strategies in the Pennsylvania Daily Number game

Examined the amount of money bet during a week of Pennsylvania's Daily Number game. In this game, players receive a predetermined payoff for picking the 3-digit number (000 to 999) drawn on that day. The betting distribution was distinctly nonuniform. Several betting patterns were identified, such as picking triples and avoiding double 9s. In addition, 121 adults and 215 students were asked to rate selected numbers for randomness, luckiness, and perceived history of winning; to categorize numbers; and to free associate to numbers. It is proposed that people seem to choose highly patterned, available, and/or "lucky" numbers. People apparently do not bet numbers that reflect the random process of the game (do not utilize a representativeness heuristic).

Prime and Semiprime Inner Functions

This paper studies the structure of inner functions under the operation of composition, and in particular the notions or primeness and semiprimeness. Results proved include the density of prime finite Blaschke products in the set of finite Blaschke products, the semiprimeness of finite products of thin Blaschke products and their approximability by prime Blaschke products. An example of a nonsemiprime Blaschke product that is a Frostman Blaschke product is also provided.

Prime and semiprime inner functions

Abstract This paper studies the structure of inner functions under the operation of composition, and in particular the notions or primeness and semiprimeness. Results proved include the density of prime finite Blaschke products in the set of finite Blaschke products, the semiprimeness of finite products of thin Blaschke products and their approximability by prime Blaschke products. An example of a nonsemiprime Blaschke product that is a Frostman Blaschke product is also provided.