Development of nitrifying bacterial consortia for immobilizing in nitrifying bioreactors designed for penaeid and non-penaeid larval rearing systems in the tropics

Two ammonia oxidizing (AMOPCU-1 and AMONPCU-1) and two nitrite oxidizing (NIOPCU-1 and NIONPCU-1) consortia for activating nitrifying bioreactors and thereby establishing nitrification in penaeid and non-penaeid hatchery systems were developed by enrichment. For further amplification of the consortia a simple medium having seawater (either salinity 30 ‰ or 15 ‰) as base, supplemented with NH4+-N/NO2--N and PO4- and pH adjusted to 8 was identified. During the amplification in a fermentor the consortia exhibited excessive wall growth and diminished their yield coefficient posing difficulty in harvesting the cells completely. The consortia consisted of both Gram negative and Gram-positive bacterial cells embedded in a mucilaginous matrix of glycocalyx - like material presumably composed of polysaccharides. The consortia besides being useful in activating nitrifying bioreactors developed for shrimp/prawn hatchery systems can also be used as bioaugmentors in the bioremediation of ammonia and nitrite toxicity in aquaculture systems.

Monitoreo microbiológico de aire, superficies y manos del personal asistencial en entidades de salud : Departamento del Meta 2007

OBJETIVO: Cuantificar Bacterias gram positivas, Bacterias gram negativas y Hongos mediante monitoreo microbiológico de aire, superficies y manos del personal asistencial en cinco entidades de salud del departamento del Meta en el año 2007. MÉTODOS: Estudio ejecutado en cinco entidades, donde se realizó el diagnostico microbiológico del entorno hospitalario, tomando muestras en cada área asistencial de: superficies horizontales antes y después de aplicar el protocolo de limpieza y desinfección de cada institución, manos de personal asistencial antes y después del lavado rutinario de manos y del aire de áreas críticas y no críticas. RESULTADOS: La IPS 3 presentó el Aire de Zona crítica con mayor contaminación bacteriana y la IPS 4 mayor contaminación fúngica. Hospitalización, Urgencias y Apoyo diagnostico evidenciaron las mayores concentraciones microbianas. Se encontraron diferencias estadísticamente significativas entre la carga microbiana antes respecto a después del lavado de manos (p<0,05) y antes y después de la aplicación del protocolo de limpieza y desinfección de superficies. CONCLUSIONES: Con el presente estudio fue posible demostrar que la capacitación, supervisión y monitorización de los procesos de lavado de manos y limpieza y desinfección de superficies pueden llegar a garantizar la reducción de la biomasa bacteriana y fúngica presente en las entidades de la salud.

Actividad antibacteriana del aceite esencial de la conobea scopariodes frente a cinco cepas bacterianas de interés clínico en Colombia

En Colombia el manejo de pacientes en los diferentes servicios hospitalarios han presentado inconvenientes en el combate de infecciones por bacterias y la resistencia de las mismas; el Staphylococcus aureus Escherichia coli y Pseudomonas aeruginosa, han demostrado evolución en la creación de generaciones resistentes y también han participado junto con la Salmonella y el B.cereus en brotes por ETAS como principales microorganismos causales. En el presente estudio se analizó el aceite esencial de la Conobea scoparioides para evaluar su actividad frente a cinco cepas bacterianas. Se obtuvo el AE y se prepararon las bacterias aplicándose pruebas de sensibilidad y no paramétricas para determinar el porcentaje de inhibición, la evaluación de la MIC y comparar la efectividad del aceite vs la estreptomicina. El aceite esencial presentó actividad principalmente contra el B. cereus con el mayor % de inhibición y una MIC de 3.2 ug/ml, caso diferente presentó P. aeruginosa con un % de crecimiento por encima del 50% presentando una MIC de 16.7 ug/ml. Finalmente podemos concluir que se presentó mayor actividad frente a bacterias gram positivas como el caso del B. cereus que en gram negativas con MIC bajas. Estos resultados permite comparar la actividad de la conobea con estudios recientes bajo la misma modalidad que permiten identificar nuevas plantas con actividad biológica y percibir que la conobea es efectiva en mayor proporción frente a bacterias gram positivas.

Factores asociados con infección por catéter central en UCI Clínica San Pedro Claver de junio a diciembre de 2004.

La infección asociada a inserción de catéter vascular, es un problema cotidiano en las UCI a nivel mundial, a pesar del manejo de protocolos que se han implementado de manera independiente en las distintas instituciones para frenar este fenómeno. El estudio, de tipo observacional, analítico y cohorte concurrente, con 151 pacientes, a los cuales se insertó catéter en la UCI de la Clínica San Pedro Claver.Para el análisis se realizó estadística descriptiva, análisis de sobrevida, pruebas de asociación y regresión de Cox.

Evidencia actual sobre características demográficas en mastitis granulomatosa idiopática

Introducción: La mastitis granulomatosa idiopática es una enfermedad crónica benigna, rara y de etiología desconocida; tiende a confundirse con otras enfermedades debido a síntomas similares. Este estudio pretende identificar y cuantificar las características demográficas, los antecedentes ginecoobstétricos relevantes y las manifestaciones clínicas prediagnósticas de esta enfermedad Metodología: Se realizó una revisión sistemática con análisis agrupado de datos tipo meta análisis. Se utilizó una estrategia de búsqueda en PubMed. Todos los estudios relacionados con la definición, manifestaciones clínicas, diagnóstico, tratamiento y pronóstico de la mastitis granulomatosa idiopática fueron elegibles. Las variables de interés fueron edad, país, antecedente de contracepción hormonal, tiempo de evolución, tiempo desde el último embarazo, diagnóstico inicial, y manifestaciones clínicas previas a la consulta. No hubo restricción en fechas de publicación. Resultados: Fueron incluidas 641 mujeres con diagnóstico de MGI reportadas en 68 publicaciones que cumplieron los criterios de selección. La edad media fue 35.9 años, 14.1% de ellas estaba embarazada o lactando, el antecedente de consumo de anticonceptivos hormonales fue 21% y el tiempo promedio desde el último parto fue de 3.9 años. La afectación ocurre principalmente en mama izquierda y en cuadrante superoexterno. El cáncer de mama y el absceso mamario son diagnósticos diferenciales en la consulta. Discusión: El diagnóstico de MGI es un reto para el ginecólogo desde la consulta inicial. Debido a que sus manifestaciones clínicas no son específicas, su diagnóstico parece apuntar a la necesidad de un proceso de descarte de otras patologías más frecuentes e incluso de peor pronóstico. Palabras clave mastitis granulomatosa idiopática

Tipificación y perfiles de resistencia antibiótica en unidades neonatales de Bogotá durante los años 2008-2012

La sepsis neonatal ha sido un problema en las unidades de cuidado intensivo al rededor del mundo. Su incidencia aumenta diez veces cuando el recién nacido es de muy bajo peso. El aislamiento de gérmenes resistentes en los cultivos tomados a los recién nacidos ha permitido identificar el comportamiento de los antibióticos de uso común. El presente estudio analítico de corte transversal realizado durante los años 2008 al 2012 en diez unidades de cuidados intensivos neonatales de la ciudad de Bogotá analizó la base de datos de los laboratorios de microbiología, obteniendo un total de 22.153 muestras de las cuales 7.132 ( 32.9%) fueron elegibles. Utilizando el software Whonet 5.6 y tomando solo el primer aislamiento por año y por paciente se realizaron análisis descriptivos y de resistencia bacteriana. Los resultados obtenidos fueron similares a los reportados en la literatura donde los gérmenes gran positivos son los más comúnmente aislados con un 53.2%, seguidos en importancia por los gérmenes gran negativos. Klebsiella pneumoniae y Escherichia coli en conjunto aportan 27.22%, presentando un aumento en el porcentaje de BLEE (Betalactamasa de Espectro Extendido) y aparición de carbapenemasas durante los años de estudio. El Acinetobacter baumannii ha duplicado la resistencia a ampicilina sulbactam llegando al 66.7%. Las candidas fueron aisladas en un porcentaje muy bajo sin documentarse resistencias. El Estafilococo aureus no presenta resistencias que sugiera la aparición de nuevos clones.

Estudio de las comunidades microbianas de embutidos fermentados ligeramente acidificados mediante técnicas moleculares. Estandarización, seguridad y mejora tecnológica.

Los embutidos fermentados ligeramente acidificados son un grupo de productos tradicionales mediterráneos, caracterizados por un pH superior a 5,3. Para un control eficiente de la seguridad microbiológica de los embutidos se necesitan técnicas rápidas para la identificación y recuento de los microorganismos patógenos a estudiar. En el presente trabajo, se desarrolló una técnica para la enumeración de L. monocytogenes que combinó el método del número más probable y la identificación mediante PCR específica. Para la detección de Salmonella spp. y L. monocytogenes se desarrolló un sistema de PCR-multiplex que permitió la identificación de ambos patógenos de forma simultánea en una sola reacción. El estudio de la calidad microbiológica de los embutidos fermentados ligeramente acidificados se completó con la caracterización de las comunidades microbianas más importantes en estos productos. Se identificaron a nivel de especie los aislados de bacterias del ácido láctico (BAL), de enterococos y de cocos gram-positivos catalasa-positivos (CGC+). Posteriormente se realizó una tipificación molecular de los mismos mediante RAPD y análisis del perfil plasmídico y se estudiaron las principales características de interés higiénico-sanitario y tecnológico de las cepas. Mediante PCR se identificó Lactobacillus sakei como la especie predominante (74%), seguida por Lactobacillus curvatus (21,2%). La actividad aminoácido-descarboxilasa se asoció a la especie L. curvatus (el 66% de los aislados presentaron esta actividad). La identificación de los enterococos se realizó mediante PCR-multiplex y por secuenciación del gen sodA. Enterococcus faecium fue la especie de enterococos predominante (51,9%) seguida por Enterococcus faecalis (14,2%). Todas las cepas de E. faecalis presentaron genes asociados a factores de virulencia. E. faecalis presentó mayor resistencia a antibióticos que el resto de las especies de enterococos estudiadas. Tan sólo una cepa de E. faecium presentó el genotipo vanA (que confiere resistencia de alto nivel a la vancomicina). La identificación de los aislados de CGC+ (mediante PCR específica y amplificación de la región intergénica 16S-23S ARNr) demostró que Staphylococcus xylosus es la especie predominante en los embutidos fermentados ligeramente acidificados (80,8%). La amina biógena más común en los CGC+ fue la feniletilamina, producida por un 10,8% de aislados. Un pequeño porcentaje de aislados fueron mecA+ (4,6%), presentando además resistencia a múltiples antibióticos. El potencial enterotoxigénico de las cepas de CGC+ fue muy reducido (3,3% de los aislados), detectándose únicamente el gen entC. El estudio pormenorizado de las comunidades bacterianas de interés permitió la selección de 2 cepas de L. sakei y 2 cepas de S. xylosus con características tecnológicas e higiénico-sanitarias óptimas. Para evaluar su efectividad como cultivos iniciadores se elaboraron dos tipos de embutidos ligeramente ácidos, chorizo y fuet, inoculados con microorganismos patógenos (Salmonella spp., L. monocytogenes y S. aureus). El uso de cultivos iniciadores permitió el control de L. monocytogenes, Enterobacteriaceae y Enterococcus así como del contenido en aminas biógenas. Los recuentos de Salmonella spp. disminuyeron de forma significante durante la maduración de los embutidos, independientemente del uso de cultivos iniciadores. El uso del tratamiento de alta presión (400 MPa) en los embutidos madurados consiguió la ausencia de Salmonella spp. en los lotes tratados.

A Vancomicina na prática clínica : artigo de revisão

A vancomicina é um antibiótico glicopeptídico activo contra bactérias Gram-positivos. É usada ao nível hospitalar, prinicipalmente para combater infecções por Staphylococcus aureus resistentes à meticilina (SARM). QUando se administra vancomicina, são várias as situações que requerem a monitorização dos seus seus níveis séricos e o ajuste posológico das dores administradas. O presente artigo tem como objectivo rever os principais conceitos farmacodiâmicos e farmacocinéticos relacionados com este fármaco, realçando-se a importância da sua monitorização na prática clínica.

Pesquisa das actividades antioxidante e antimicrobiana em extractos de plantas do género Plectranthus

O uso de plantas medicinais é uma tendência generalizada na medicina popular. O género Plectranthus pertence à família das Lamiaceae tal como a salva (Salvia), o manjericão (Ocimum) e a hortelã (Mentha), que apresentam uma grande diversidade de usos etnobotânicos. No presente trabalho, foram avaliadas as atividades antimicrobiana e antioxidante de extractos de cinco espécies do género Plectranthus: P. hadiensis (vd), P. madagascarensis, P. neochilus, P. verticillatus e P. barbatus. Os extractos foram obtidos por diversos métodos: infusão, decocção, ultra-sons, micro-ondas e maceração (10% m/v de planta seca) com dois solventes diferentes (água e acetona). O método de infusão permitiu obter a maior quantidade de extrato seco a partir da planta Plectranthus barbatus (22 ± 1,0 – 33 ± 3,0 mg/mL). A actividade antimicrobiana dos extratos obtidos foi determinada usando o método da difusão em poço e foi testada contra três bactérias Gram-positivas e duas bactérias Gram-negativas. Só os extratos acetónicos de P. madagascarensis, P. verticillatus e P. hadiensis (vd) demonstraram ser ativos e exclusivamente em bactérias Gram-positivas. O extrato de P. madagascarensis demonstrou a maior actividade antibacteriana com halos de inibição entre 23 e 36 mm. A atividade antioxidante dos extratos foi determinada qualitativamente usando o método do radical 2,2-difenil-1-picril-hidrazina (DPPH) em ccd obtiveram-se resultados positivos na maioria dos extractos estudados.

Deteção e Quantificação Precoce de Clostridium perfringens em Frangos de Crescimento Rápido e de Plumagem Branca na Região de Lisboa e Vale do Tejo

Clostridium perfringens é uma bactéria anaeróbia Gram positiva, formadora de esporos e produtora de toxinas capazes de causar um amplo espectro de doenças em humanos e animais. Em frangos de crescimento rápido e de plumagem branca pode causar lesões e manifestações clínicas severas como enterite necrótica aviária (ENA), associada a uma baixa eficiência produtiva e avultadas perdas económicas. Neste estudo pretendeu-se avaliar a utilização de um teste de ensaio imunocromatográfico de fluxo lateral, o Clostridium FirstTestTM, para deteção e quantificação precoce de C. perfringens em frangos de crescimento rápido e plumagem branca e posterior relação entre a presença do agente e as características dos bandos (peso médio à chegada, idade dos bandos à amostragem), fatores ambientais (densidade populacional, temperatura ambiente, humidade da cama) e os indicadores de produção (ganho médio diário, Índice de Conversão Alimentar e percentagem de mortalidade). Para tal, foram analisadas amostras fecais de trinta bandos, em dezoito explorações integradas, na Região de Lisboa e Vale do Tejo. De acordo com a classificação do Clostridium FirstTestTM, dos trinta bandos amostrados entre o décimo primeiro e o décimo quinto dia de vida, 30 % foram classificados como “Positivo” (n=9) e 10 % foram classificados como “Muito Positivo” (n=3); apresentando concentrações médias de C. perfringens de 0,1322 ng/ml e 0,3267 ng/ml, respectivamente. Os restantes bandos, 60% (n=18), foram considerados “Normal” e apresentaram concentrações médias de C. perfringens de 0,0283 ng/ml. As amostras fecais dos bandos classificados de “Positivo” e “Muito Positivo” foram posteriormente sujeitas a análise microbiológica apresentando ambos os grupos unidades formadoras de colónias (UFC), identificadas como C. perfringens. Verificou-se que não existe relação entre os resultados do Clostridium FirstTestTM e as características dos bandos, os fatores ambientais e os indicadores de produção. Verificou-se uma diminuição dos níveis de C. perfringens nos bandos sujeitos a tratamento.

Shifts in rhizosphere microbial communities and enzyme activity of Poa alpina across an alpine chronosequence

This study quantifies the influence of Poa alpina on the soil microbial community in primary succession of alpine ecosystems, and whether these effects are controlled by the successional stage. Four successional sites representative of four stages of grassland development (initial, 4 years (non-vegetated); pioneer, 20 years; transition, 75 years; mature, 9500 years old) on the Rotmoos glacier foreland, Austria, were sampled. The size, composition and activity of the microbial community in the rhizosphere and bulk soil were characterized using the chloroform-fumigation extraction procedure, phospholipid fatty acid (PLFA) analysis and measurements of the enzymes beta-glucosidase, beta-xylosidase, N-acetyl-beta-glucosaminidase, leucine aminopeptidase, acid phosphatase and sulfatase. The interplay between the host plant and the successional stage was quantified using principal component (PCA) and multidimensional scaling analyses. Correlation analyses were applied to evaluate the relationship between soil factors (C-org, N-t, C/N ratio, pH, ammonium, phosphorus, potassium) and microbial properties in the bulk soil. In the pioneer stage microbial colonization of the rhizosphere of P. alpina was dependent on the reservoir of microbial species in the bulk soil. As a consequence, the rhizosphere and bulk soil were similar in microbial biomass (ninhydrin-reactive nitrogen (NHR-N)), community composition (PLFA), and enzyme activity. In the transition and mature grassland stage, more benign soil conditions stimulated microbial growth (NHR-N, total amount of PLFA, bacterial PLFA, Gram-positive bacteria, Gram-negative bacteria), and microbial diversity (Shannon index H) in the rhizosphere either directly or indirectly through enhanced carbon allocation. In the same period, the rhizosphere microflora shifted from a G(-) to a more G(+), and from a fungal to a more bacteria-dominated community. Rhizosphere beta-xylosidase, N-acetyl-beta-glucosaminidase, and sulfatase activity peaked in the mature grassland soil, whereas rhizosphere leucine aminopeptidase, beta-glucosidase, and phosphatase activity were highest in the transition stage, probably because of enhanced carbon and nutrient allocation into the rhizosphere due to better growth conditions. Soil organic matter appeared to be the most important driver of microbial colonization in the bulk soil. The decrease in soil pH and soil C/N ratio mediated the shifts in the soil microbial community composition (bacPLFA, bacPLFA/fungPLFA, G(-), G(+)/G(-)). The activities of beta-glucosidase, beta-xylosidase and phosphatase were related to soil ammonium and phosphorus, indicating that higher decomposition rates enhanced the nutrient availability in the bulk soil. We conclude that the major determinants of the microllora vary along the successional gradient: in the pioneer stage the rhizosphere microflora was primarily determined by the harsh soil environment; under more favourable environmental conditions, however, the host plant selected for a specific microbial community that was related to the dynamic interplay between soil properties and carbon supply. (C) 2004 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Shifts in rhizosphere microbial communities and enzyme activity of Poa alpina across an alpine chronosequence

This study quantifies the influence of Poa alpina on the soil microbial community in primary succession of alpine ecosystems, and whether these effects are controlled by the successional stage. Four successional sites representative of four stages of grassland development (initial, 4 years (non-vegetated); pioneer, 20 years; transition, 75 years; mature, 9500 years old) on the Rotmoos glacier foreland, Austria, were sampled. The size, composition and activity of the microbial community in the rhizosphere and bulk soil were characterized using the chloroform-fumigation extraction procedure, phospholipid fatty acid (PLFA) analysis and measurements of the enzymes beta-glucosidase, beta-xylosidase, N-acetyl-beta-glucosaminidase, leucine aminopeptidase, acid phosphatase and sulfatase. The interplay between the host plant and the successional stage was quantified using principal component (PCA) and multidimensional scaling analyses. Correlation analyses were applied to evaluate the relationship between soil factors (C-org, N-t, C/N ratio, pH, ammonium, phosphorus, potassium) and microbial properties in the bulk soil. In the pioneer stage microbial colonization of the rhizosphere of P. alpina was dependent on the reservoir of microbial species in the bulk soil. As a consequence, the rhizosphere and bulk soil were similar in microbial biomass (ninhydrin-reactive nitrogen (NHR-N)), community composition (PLFA), and enzyme activity. In the transition and mature grassland stage, more benign soil conditions stimulated microbial growth (NHR-N, total amount of PLFA, bacterial PLFA, Gram-positive bacteria, Gram-negative bacteria), and microbial diversity (Shannon index H) in the rhizosphere either directly or indirectly through enhanced carbon allocation. In the same period, the rhizosphere microflora shifted from a G(-) to a more G(+), and from a fungal to a more bacteria-dominated community. Rhizosphere beta-xylosidase, N-acetyl-beta-glucosaminidase, and sulfatase activity peaked in the mature grassland soil, whereas rhizosphere leucine aminopeptidase, beta-glucosidase, and phosphatase activity were highest in the transition stage, probably because of enhanced carbon and nutrient allocation into the rhizosphere due to better growth conditions. Soil organic matter appeared to be the most important driver of microbial colonization in the bulk soil. The decrease in soil pH and soil C/N ratio mediated the shifts in the soil microbial community composition (bacPLFA, bacPLFA/fungPLFA, G(-), G(+)/G(-)). The activities of beta-glucosidase, beta-xylosidase and phosphatase were related to soil ammonium and phosphorus, indicating that higher decomposition rates enhanced the nutrient availability in the bulk soil. We conclude that the major determinants of the microllora vary along the successional gradient: in the pioneer stage the rhizosphere microflora was primarily determined by the harsh soil environment; under more favourable environmental conditions, however, the host plant selected for a specific microbial community that was related to the dynamic interplay between soil properties and carbon supply. (C) 2004 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Resolving the energy paradox of chaperone/usher-mediated fibre assembly

Periplasmic chaperone/usher machineries are used for assembly of filamentous adhesion organelles of Gram-negative pathogens in a process that has been suggested to be driven by folding energy. Structures of mutant chaperone-subunit complexes revealed a final folding transition (condensation of the subunit hydrophobic core) on the release of organelle subunit from the chaperone-subunit pre-assembly complex and incorporation into the final fibre structure. However, in view of the large interface between chaperone and subunit in the pre-assembly complex and the reported stability of this complex, it is difficult to understand how final folding could release sufficient energy to drive assembly. In the present paper, we show the X-ray structure for a native chaperone-fibre complex that, together with thermodynamic data, shows that the final folding step is indeed an essential component of the assembly process. We show that completion of the hydrophobic core and incorporation into the fibre results in an exceptionally stable module, whereas the chaperone-subunit preassembly complex is greatly destabilized by the high-energy conformation of the bound subunit. This difference in stabilities creates a free energy potential that drives fibre formation.

Structure and biogenesis of the capsular F1 antigen from Yersinia pestis: Preserved folding energy drives fiber formation

Most gram-negative pathogens express fibrous adhesive virulence organelles that mediate targeting to the sites of infection. The F1 capsular antigen from the plague pathogen Yersinia pestis consists of linear fibers of a single subunit (Caf1) and serves as a prototype for nonpilus organelles assembled via the chaperone/usher pathway. Genetic data together with high-resolution X-ray structures corresponding to snapshots of the assembly process reveal the structural basis of fiber formation. Comparison of chaperone bound Caf1 subunit with the subunit in the fiber reveals a novel type of conformational change involving the entire hydrophobic core of the protein. The observed conformational change suggests that the chaperone traps a high-energy folding intermediate of Caf1. A model is proposed in which release of the subunit allows folding to be completed, driving fiber formation.

Hespellia stercorisuis gen. nov., sp nov and Hespellia porcina sp nov., isolated from swine manure storage pits

Four Gram-positive-staining, strictly anaerobic, non-spore-forming, rod-shaped organisms were isolated from a pig manure storage pit. Comparative 16S rRNA gene sequence analysis revealed that the isolates belonged to two related but distinct groups. Sequence analysis showed that the two groups of isolates were highly related to each other (approx. 97% 16S rRNA gene sequence similarity), forming a distinct cluster within the Clostridium coccoides suprageneric rDNA grouping. Biochemical and physiological studies confirmed the division of the isolates into two related, albeit distinct, groups. Based on both phenotypic and phylogenetic evidence, it is proposed that the unidentified rod-shaped isolates from pig manure should be classified in a novel genus, Hespellia gen. nov., as Hespellia stercorisuis sp. nov. and Hespellia porcina sp. nov. The type species of the novel genus is H. stercorisuis (type strain, PC18(T) = NRRL B-23456(T) = CCUG 46279(T) = ATCC BAA-677(T)) and the type strain of H. porcina is PC80(T) (= NRRL B-23458(T) = ATCC BAA-674(T)).