A 2D/3D image analysis system to track fluorescently labeled structures in rod-shaped cells: application to measure spindle pole asymmetry during mitosis.

BACKGROUND: The yeast Schizosaccharomyces pombe is frequently used as a model for studying the cell cycle. The cells are rod-shaped and divide by medial fission. The process of cell division, or cytokinesis, is controlled by a network of signaling proteins called the Septation Initiation Network (SIN); SIN proteins associate with the SPBs during nuclear division (mitosis). Some SIN proteins associate with both SPBs early in mitosis, and then display strongly asymmetric signal intensity at the SPBs in late mitosis, just before cytokinesis. This asymmetry is thought to be important for correct regulation of SIN signaling, and coordination of cytokinesis and mitosis. In order to study the dynamics of organelles or large protein complexes such as the spindle pole body (SPB), which have been labeled with a fluorescent protein tag in living cells, a number of the image analysis problems must be solved; the cell outline must be detected automatically, and the position and signal intensity associated with the structures of interest within the cell must be determined. RESULTS: We present a new 2D and 3D image analysis system that permits versatile and robust analysis of motile, fluorescently labeled structures in rod-shaped cells. We have designed an image analysis system that we have implemented as a user-friendly software package allowing the fast and robust image-analysis of large numbers of rod-shaped cells. We have developed new robust algorithms, which we combined with existing methodologies to facilitate fast and accurate analysis. Our software permits the detection and segmentation of rod-shaped cells in either static or dynamic (i.e. time lapse) multi-channel images. It enables tracking of two structures (for example SPBs) in two different image channels. For 2D or 3D static images, the locations of the structures are identified, and then intensity values are extracted together with several quantitative parameters, such as length, width, cell orientation, background fluorescence and the distance between the structures of interest. Furthermore, two kinds of kymographs of the tracked structures can be established, one representing the migration with respect to their relative position, the other representing their individual trajectories inside the cell. This software package, called "RodCellJ", allowed us to analyze a large number of S. pombe cells to understand the rules that govern SIN protein asymmetry. CONCLUSIONS: "RodCell" is freely available to the community as a package of several ImageJ plugins to simultaneously analyze the behavior of a large number of rod-shaped cells in an extensive manner. The integration of different image-processing techniques in a single package, as well as the development of novel algorithms does not only allow to speed up the analysis with respect to the usage of existing tools, but also accounts for higher accuracy. Its utility was demonstrated on both 2D and 3D static and dynamic images to study the septation initiation network of the yeast Schizosaccharomyces pombe. More generally, it can be used in any kind of biological context where fluorescent-protein labeled structures need to be analyzed in rod-shaped cells. AVAILABILITY: RodCellJ is freely available under http://bigwww.epfl.ch/algorithms.html, (after acceptance of the publication).

La Gestió del conflicte públic i la mediació comunitària a Catalunya. El cas del cost dels conflictes a les comunitats de propietaris i veïns

En els darrers anys, institucions públiques i organitzacions es troben amb dificultats per gestionar la munió de necessitats i interessos que es donen a la societat actual i que sovint es converteixen en conflictes. Davant d’aquesta situació, s’ha tractat d’actualitzar el tema de la governabilitat expressat com la capacitat dels governs i les organitzacions, en democràcia, d’oferir respostes als conflictes públics i socials. En aquest context, la Mediació Comunitària i la Gestió Alternativa de Conflictes (GAC) es mostren com a fórmules que aporten qualitat de govern des d’una nova manera de gestionar el conflicte col·lectiu, amb la finalitat de trobar acords o generar consens per poder actuar, i amb capacitat per reduir costos en la intervenció.

Tres notes sobre l’Ars predicandi populo de Francesc Eiximenis (autoria, datació i contingut) = Three notes on the Ars Predicandi populo of Francesc Eiximenis (authorship, date and content)

In spite of the fact that the Ars predicandi populo is attributed to Eiximenis in only one of the three extant manuscripts, there is no doubt that it is one of his works.First of all, the internal references to this treatise in the pages of Terç and Dotzè del Crestià are an irrefutable testimony and, secondly, the presence of an autographvolume of sermons which begins with the Ars in the inventory of the Eiximenis library made shortly after his death. The writing of the Ars and the collection of sermons which introduces it must be dated prior to the beginning of the Crestià encyclopedia (1379) because of the complexity that entailed the writing of a collection of three perhaps four volumes of sermons. Due to a series of formal and codicological reasons it must be concluded that the chapter entitled De consiliis circa predicacionem cannot be attributed to Eiximenis and thus be excluded from the Ars

Anàlisi sòcio-demogràfica del reagrupament familiar a Catalunya 2004-2010

Aquest treball parteix de l’anàlisi de les dades sobre informes d’adequació de l’habitatge per a l’obtenció d’una autorització de reagrupament familiar realitzats per l’Ajuntament de Barcelona des de 2005 fins 2009, i del registre administratiu de les sol•licituds de reagrupament familiar presentades a les quatre subdelegacions del Govern a Catalunya des de 2004 fins 2010. Per a procedir a la seva anàlisi s’ha hagut de fer un important treball de depuració, harmonització i anonimització d’unes dades procedents de registres administratius no pensades per la seva explotació estadística. L’anàlisi demogràfica ha posat en relleu la importància dels rols de gènere en les estratègies familiars que acabaran conformant el perfil sociodemogràfic tant de les persones reagrupades com de les reagrupadores. També s’ha pogut veure com no hi ha una relació directa entre les persones estrangeres residents en cada municipi i les pautes de reagrupament familiar. La davallada del reagrupament familiar és deguda en bona part a la crisi econòmica, no obstant per a entendre la seva evolució en conjunt cal tenir en compte a més els factors legislatius (la Normalització del 2005 que explica el creixement de 2006 i 2007, però també l’entrada dels romanesos a la UE en 2007), així com la pròpia dinàmica familiar de la població immigrada, amb un esgotament del potencial reagrupadors per a les nacionalitats que precisament protagonitzaren el boom migratori (llatinoamericans). La legislació en matèria de reagrupament familiar s’ha basat en tres principis que han tingut un efecte indubtable i de vegades contrari a l’esperat: 1) la discriminació entre raons econòmiques i familiars en les migracions; 2) La restricció del dret de reagrupar a la definició nuclear de la família; i, 3) L’assumpció de la formació pre-migratòria de la família a reagrupar. Els resultats d’aquest informe aporten indicis que aquesta aproximació apriorística ha tingut efectes perversos, començant pel volum considerable de reagrupacions de facto.

Xarxes interculturals als instituts: efectes de la composició social sobre el rendiment i les expectatives de l’alumnat d’origen estranger

El present informe aborda les variables que expliquen el rendiment acadèmic (entès com a obtenció del graduat escolar) per part de l’alumnat estranger en els centres d’educació secundària de Catalunya. L’anàlisi inclou dos tipus de variables: en primer lloc, les variables individuals (procedència i capital instructiu familiar) i, en segon terme, les variables relacionals (tipus de xarxa d’amistat segons capital instructiu i segons procedència). Al llarg de l’informe es detallen els efectes que aquestes variables, controlant per la composició social dels centres, tenen sobre les probabilitats d’obtenir el graduat escolar de l’alumnat estranger, en comparació amb l’alumnat autòcton. Les anàlisis han mostrat un pes central de les variables individuals en l’obtenció del graduat escolar, pes que és matisat per la composició social dels centres on s’escolaritza l’alumne. Alhora, s’ha observat l’existència d’un efecte de les variables relacionals basades en el capital instructiu, focalitzat especialment en l’alumnat estranger (independendentment del capital instructiu ) i l’alumnat autòcton de famílies poc instruïdes. Per la seva banda, les xarxes per procedència semblen incidir només en l’alumnat (autòcton i estranger) de capital instructiu familiar. En una segona part, l’estudi analitza l’efecte d’aquestes variables sobre les probabilitats d’escollir o Cicles Formatius de Grau Mitjà com a itineraris d’educació post obligatòria, fent esment alhora de les vies escollides per aquells que no han obtingut el graduat escolar (incorporació al món laboral, repetició de curs o realització d’un Programa de Qualificació Professional Inicial). L’anàlisi mostra de nou l’impacte del capital instructiu familiar a l’hora d’escollir itinerari, essent en aquest cas menys intens l’efecte de la procedència. Apareix com a peça especialment significativa el perfil de centre educatiu i les diferents polítiques d’orientació a l’educació post obligatòria. Les xarxes relacionals per capital instructiu apareixen com a significatives per a tots els alumnes, mentre que les xarxes relacionals segons procedència tenen efectes només sobre l’alumnat estranger.

Gene organization of the mating type regions in the ectomycorrhizal fungus Laccaria bicolor reveals distinct evolution between the two mating type loci

In natural conditions, basidiomycete ectomycorrhizal fungi such as Laccaria bicolor are typically in the dikaryotic state when forming symbioses with trees, meaning that two genetically different individuals have to fuse or 'mate'. Nevertheless, nothing is known about the molecular mechanisms of mating in these ecologically important fungi. Here, advantage was taken of the first sequenced genome of the ectomycorrhizal fungus, Laccaria bicolor, to determine the genes that govern the establishment of cell-type identity and orchestrate mating. The L. bicolor mating type loci were identified through genomic screening. The evolutionary history of the genomic regions that contained them was determined by genome-wide comparison of L. bicolor sequences with those of known tetrapolar and bipolar basidiomycete species, and by phylogenetic reconstruction of gene family history. It is shown that the genes of the two mating type loci, A and B, are conserved across the Agaricales, but they are contained in regions of the genome with different evolutionary histories. The A locus is in a region where the gene order is under strong selection across the Agaricales. By contrast, the B locus is in a region where the gene order is likely under a low selection pressure but where gene duplication, translocation and transposon insertion are frequent.

Genome reconstruction and comparative genomics of pneumocystis jirovecii

Pneumocystis jirovecii is a fungus belonging to a basal lineage of the Ascomycotina, the Taphrinomycotina subphylum. It is a parasite specific to humans that dwells primarily in the lung and can cause severe pneumonia in individuals with debilitated immune system. Despite its clinical importance, many aspects of its biology remain poorly understood, at least in part because of the lack of a continuous in vitro cultivation system. The present thesis consists in the genome reconstruction and comparative genomics of P. jirovecii. It is made of three parts: (i) the de novo sequencing of P. jirovecii genome starting from a single broncho- alveolar lavage fluid of a single patient (ii) the de novo sequencing of the genome of the plant pathogen Taphrina deformans, a fungus closely related to P. jirovecii, and (iii) the genome scale comparison of P. jirovecii to other Taphrinomycotina members. Enrichment in P. jirovecii cells by immuno-precipitation, whole DNA random amplification, two complementary high throughput DNA sequencing methods, and in silico sorting and assembly of sequences were used for the de novo reconstruction of P. jirovecii genome from the microbiota of a single clinical specimen. An iterative ad hoc pipeline as well as numerical simulations was used to recover P. jirovecii sequences while purging out contaminants and assembly or amplification chimeras. This strategy produced a 8.1 Mb assembly, which encodes 3,898 genes. Homology searches, mapping on biochemical pathways atlases, and manual validations revealed that this genome lacks (i) most of the enzymes dedicated to the amino acids biosyntheses, and (ii) most virulence factors observed in other fungi, e.g. the glyoxylate shunt pathway and specific peptidases involved in the degradation of the host cell membrane. The same analyses applied to the available genomic sequences from Pneumocystis carinii the species infecting rats and Pneumocystis murina the species infecting mice revealed the same deficiencies. The genome sequencing of T. deformans yielded a 13 Mb assembly, which encodes 5,735 genes. T. deformans possesses enzymes involved plant cell wall degradation, secondary metabolism, the glyoxylate cycle, detoxification, sterol biosynthesis, as well as the biosyntheses of plant hormones such as abscisic acid or indole-3-acetic acid. T. deformans also harbors gene subsets that have counterparts in plant saprophytes or pathogens, which is consistent with its alternate saprophytic and pathogenic lifestyles. Mating genes were also identified. The homothallism of this fungus suggests a mating-type switching mechanism. Comparative analyses indicated that 81% of P. jirovecii genes are shared with eight other Taphrinomycotina members, including T. deformans, P. carinii and P. murina. These genes are mostly involved in housekeeping activities. The genes specific to the Pneumocystis genus represent 8%, and are involved in RNA metabolism and signaling. The signaling is known to be crucial for interaction of Pneumocystis spp with their environment. Eleven percent are unique to P. jirovecii and encode mostly proteins of unknown function. These genes in conjunction with other ones (e.g. the major surface glycoproteins) might govern the interaction of P. jirovecii with its human host cells, and potentially be responsible of the host specificity. P. jirovecii exhibits a reduced genome in size with a low GC content, and most probably scavenges vital compounds such as amino acids and cholesterol from human lungs. Consistently, its genome encodes a large set of transporters (ca. 22% of its genes), which may play a pivotal role in the acquisition of these compounds. All these features are generally observed in obligate parasite of various kingdoms (bacteria, protozoa, fungi). Moreover, epidemiological studies failed to evidence a free-living form of the fungus and Pneumocystis spp were shown to co-evolved with their hosts. Given also the lack of virulence factors, our observations strongly suggest that P. jirovecii is an obligate parasite specialized in the colonization of human lungs, and which causes disease only in individuals with compromised immune system. The same conclusion is most likely true for all other Pneumocystis spp in their respective mammalian host. - Pneumocystis jirovecii est un champignon appartenant à ine branche basale des Ascomycotina, le sous-embranchement des Taphrinomycotina. C'est un parasite spécifique aux humains qui réside principalement dans les poumons, et qui peut causer des pneumonies sévères chez des individus ayant un système immunitaire déficient. En dépit de son importance clinique, de nombreux aspects de sa biologie demeurent,largement méconnus, au moins en partie à cause de l'absence d'un système de culture in vitro continu. Cette thèse traite de la reconstruction du génome et de la génomique comparative de P. jirovecii. Elle comporte trois parties: (i) le séquençage de novo du génome de P. jirovecii à partir d'un lavage broncho-alvéolaire provenant d'un seul patient, (ii) le séquençage de novo du génome d'un champignon pathogène de plante Taphrina deformans qui est phylogénétiquement proche de P. jirovecii, et (iii) la comparaison du génome de P. jirovecii à celui d'autres membres du sous-embranchement des Taphrinomycotina. Un enrichissement en cellules de P. jirovecii par immuno-précipitation, une amplification aléatoire des molécules d'ADN, deux méthodes complémentaires de séquençage à haut débit, un tri in silico et un assemblage des séquences ont été utilisés pour reconstruire de novo le génome de P. jirovecii à partir du microbiote d'un seul échantillon clinique. Un pipeline spécifique ainsi que des simulations numériques ont été utilisés pour récupérer les séquences de P. jirovecii tout en éliminant les séquences contaminants et les chimères d'amplification ou d'assemblage. Cette stratégie a produit un assemblage de 8.1 Mb, qui contient 3898 gènes. Les recherches d'homologies, de cartographie des voies métaboliques et des validations manuelles ont révélé que ce génome est dépourvu (i) de la plupart des enzymes dédiées à la biosynthèse des acides aminés, et (ii) de la plupart des facteurs de virulence observés chez d'autres champignons, par exemple, le cycle du glyoxylate ainsi que des peptidases spécifiques impliquées dans la dégradation de la membrane de la cellule hôte. Les analyses appliquées aux données génomiques disponibles de Pneumocystis carinii, l'espèce infectant les rats, et de Pneumocystis murina, l'espèce infectant les souris, ont révélé les mêmes déficiences. Le séquençage du génome de T. deformans a généré un assemblage de 13.3 Mb qui contient 5735 gènes. T. deformans possède les gènes codant pour les enzymes impliquées dans la dégradation des parois cellulaires des plantes, le métabolisme secondaire, le cycle du glyoxylate, la détoxification, la biosynthèse des stérols ainsi que la biosynthèse d'hormones de plantes telles que l'acide abscissique ou l'acide indole 3-acétique. T. deformans possède également des sous-ensembles de gènes présents exclusivement chez des saprophytes ou des pathogènes de plantes, ce qui est consistent avec son mode de vie alternatif saprophyte et pathogène. Des gènes impliqués dans la conjugaison ont été identifiés. L'homothallisme de ce champignon suggère mécanisme de permutation du type conjuguant. Les analyses comparatives ont démontré que 81% des gènes de P. jirovecii sont présent chez les autres membres du sous-embranchement des Taphrinomycotina. Ces gènes sont essentiellement impliqués dans le métabolisme basai. Les gènes spécifiques au genre Pneumocystis représentent 8%, et sont impliqués dans le métabolisme de l'ARN et la signalisation. La signalisation est connue pour être cruciale pour l'interaction des espèces de Pneumocystis avec leur environnement. Les gènes propres à P. jirovecii représentent 11% et codent en majorité pour des protéines dont la fonction est inconnue. Ces gènes en conjonction avec d'autres (par exemple, les glycoprotéines de surface), pourraient être déterminants dans l'interaction de P. jirovecii avec les cellules de l'hôte humain, et être potentiellement responsable de la spécificité d'hôte. P. jirovecii possède un génome de taille réduite à faible pourcentage en GC et récupère très probablement des composés vitaux comme les acides aminés et le cholestérol à partir des poumons humains. De manière consistante, son génome code pour de nombreux transporteurs (22% de ses gènes), qui pourraient jouer un rôle essentiel dans l'acquisition de ces composés. Ces caractéristiques sont généralement observées chez les parasites obligatoires de plusieurs règnes (bactéries, protozoaires, champignons). De plus, les études épidémiologiques n'ont pas réussi à prouver l'existence d'ime forme vivant librement du champignon. Etant donné également l'absence de facteurs de virulence, nos observations suggèrent que P. jirovecii est un parasite obligatoire spécialisé dans la colonisation des poumons humains, ne causant une maladie que chez des individus ayant un système immunitaire compromis. La même conclusion est très probablement applicable à toutes les autres espèces de Pneumocystis dans leur hôte mammifère respectif.

H. Itàlia, la gran mutació (Berlusconi)

Conté: Italia, en la gran mutación; Italia, ante el factor B; Italia: leyes a la medida; Andreotti, dos caras de Italia; Berlusconi, cogido en sus trampas; Italia, partida en dos; Italia, en el disparadero; Italia a la deriva; Roma, entre las varias Italias; Berlusconi: dos caras, a cual peor

G. La difícil construcció d'Europa (des de Niça i Lisboa, darrere d'una Constitució)

Conté: La anemia de Europa; La Europa de Niza; Las grandes vísperas de Europa; La cara oscura de Europa; El doble salto de la Unión Europea; La UE, ante una empinada cuesta; La Constituación deseada y temida; La Europa constitucional, aplazada; Europa, esperanza y desencanto; Turquía, dilema europeo; ¿Turquía es Europa?; ¿Cómo hay que ser europeo?; El voto del rechazo; La Unión Europea, bloqueada; La UE que llega al mar Negro; La Europa de Angela Merkel; El mundo en que nació la CEE; Turquía, en el lindar europeo; Que el tiempo decida…; La UE, entre dos extremos; La UE, cuestión de supervivencia

D. El conflicte palestino-israelià, polvorí d'Orient Mitjà

Conté: Camp David 2000; Jerusalén, el gran escollo; El desastre que Rabin quiso evitar; Lecciones de un pernicioso error; Doble filo del derecho al retorno; El dramático puzzle de Palestina; Los límites de un conflicto sin límites; Sharon y Arafat, símbolos de un fracaso; ¿La "hoja de ruta", papel mojado?; Quien siembra vientos…; Israel, puesto de prueba; El drama palestino; Israel-Palestina, pozo amargo; La violencia asimétrica israelí; Gaza, ciénaga y laberinto; En vez de muros, puentes

L. Obama, la gran esperança del somni americà

Conté: Las primarias de la sorpresa; ¿Estados Unidos va a cambiar de piel?; La gran prueba estadounidense; Cuando el pueblo dice basta; La gran tarea que espera a Obama; La apuesta exterior de Obama; Cuba, la gran prueba; Obama y la América Latina; Obama habla al mundo musulmán; Obama: "Trabajemos juntos"; Obama, ante una dura prueba; La voz de Obama en el mundo; Dudas sobre el "sí, podemos"; Obama y el pragmatismo chino; La apuesta ambivalente de Obama

K. Iran i la proliferació nuclear

Conté: ¿Irán, potencia nuclear?; El reto nuclear de Irán; Dos respuestas al reto nuclear; Con la vista puesta en Irán; La provocación nuclear norcoreana; Irán y la oferta de Obama

J. Putin i la nova Rússia

Conté: El enigma Putin; El giro político de Rusia; Rusia, hacia la autocracia; La tragedia de Beslan; La Rusia de Putin y Occidente; El golpe de fuerza de Rusia; La Rusia del gigante Gazprom; El rearme de Rusia

I. Vells murs, nous murs

Conté: De nuevo, muros, encastillamientos; El muro de Israel; El debate sobre el velo musulmán; ¿Un muro que cayó por los dos lados?

Girona, capital jurisdiccional de la Catalunya convulsa dels anys 1630

El treball té per marc precís els anys 1635-37. El seu objecteés la transferència de Barcelona a Girona de la plana major deles institucions virregnals de Catalunya (la Reial Audiència, laBatllia General, l’ofici del mestre racional...) i el seu personal.