Knowledge management for systems biology a general and visually driven framework applied to translational medicine

Background: To enhance our understanding of complex biological systems like diseases we need to put all of the available data into context and use this to detect relations, pattern and rules which allow predictive hypotheses to be defined. Life science has become a data rich science with information about the behaviour of millions of entities like genes, chemical compounds, diseases, cell types and organs, which are organised in many different databases and/or spread throughout the literature. Existing knowledge such as genotype - phenotype relations or signal transduction pathways must be semantically integrated and dynamically organised into structured networks that are connected with clinical and experimental data. Different approaches to this challenge exist but so far none has proven entirely satisfactory. Results: To address this challenge we previously developed a generic knowledge management framework, BioXM™, which allows the dynamic, graphic generation of domain specific knowledge representation models based on specific objects and their relations supporting annotations and ontologies. Here we demonstrate the utility of BioXM for knowledge management in systems biology as part of the EU FP6 BioBridge project on translational approaches to chronic diseases. From clinical and experimental data, text-mining results and public databases we generate a chronic obstructive pulmonary disease (COPD) knowledge base and demonstrate its use by mining specific molecular networks together with integrated clinical and experimental data. Conclusions: We generate the first semantically integrated COPD specific public knowledge base and find that for the integration of clinical and experimental data with pre-existing knowledge the configuration based set-up enabled by BioXM reduced implementation time and effort for the knowledge base compared to similar systems implemented as classical software development projects. The knowledgebase enables the retrieval of sub-networks including protein-protein interaction, pathway, gene - disease and gene - compound data which are used for subsequent data analysis, modelling and simulation. Pre-structured queries and reports enhance usability; establishing their use in everyday clinical settings requires further simplification with a browser based interface which is currently under development.

Rep Sol el Morell?

L’objecte del treball és analitzar com afecta la instal·lació d’una gran empresa en un poble relativament petit, més concretament com va afectar la implantació d’unarefineria al 1975, que ara pertany a Repsol YPF, a la vida del Morell (Tarragonès).Per veure les diferències més clarament s’ha decidit fer una comparació amb un altrepoble similar, Vilallonga del Camp, que fa frontera amb el Morell. L’elecció d’aquestpoble és un dels passos més importants del treball.L’objectiu d’aquest treball és analitzar l’evolució d’un poble del Tarragonès, el Morell,després de la instal·lació d’una refineria de la Respol. Com que la implantació va ser famés de trenta anys, hem considerat convenient avaluar les diferències i similituds ambels canvis d’un altre poble. Creiem que aquesta elecció és un pas fonamental del treball,i per això, ha estat, probablement, la part més difícil.Hem pensat en molts candidats, per exemple La Pobla de Montornès, Salomó, laSecuita (Tarragonès), Riudoms (Baix Camp), etc.Però finalment ens vam decantar per Vilallonga del Camp, també situat al Tarragonès;ja que reuneix les condicions necessàries per realitzar l’anàlisi que volíem fer. Si bé notenia ni la mateixa extensió ni el mateix nombre d’habitants quan es va implantar larefineria (uns dels objectius desitjats a l’hora d’escollir el poble a comparar), sí quecompleix el requisit que la indústria estava localitzada només en el terme municipal delMorell i no de Vilallonga del Camp. Addicionalment, hem considerat que les similitudsamb el Morell eren més importants que aquestes discrepàncies. És a dir, ambdós pobleses dedicaven al mateix sector productiu en el moment de la implantació de la indústria,l’agricultura, a més, els nuclis urbans estan separats per només un quilòmetre, això voldir que la climatologia és la mateixa i que les diferències de comunicacions no són gaireimportants; per tant partien d’una situació similar i amb les mateixes expectatives defutur. A partir d’aquí preteníem estudiar l’evolució dels dos pobles, i com tots aquestsfactors han anat variant al llarg del temps.

Nevera, mp3, mòbil... quin és el seu paper actual?

Des dels seus inicis, l’ésser humà ha tingut una sèrie de necessitats. Ha requerit d’aliment per sobreviure, d’un sostre on refugiar-se, de roba per vestirse, etc. Conforme han passat els anys, ha anat generant tècniques per a millorar la seva estància al planeta, des del descobriment del foc per escalfarse fins al desenvolupament de màquines complexes. És per això, que ha anat introduint invents a la seva vida que han cobert les necessitats sorgides al llarg del temps.El treball que desenvolupem a continuació es centra en un seguit d’aparells que han sorgit al llarg del segle XX i que han revolucionat la nostra vida. Concretament, els set aparells escollits com a objecte del nostre estudi són: la nevera, la rentadora, l’automòbil, la televisió, el reproductor d’àudio portàtil, el telèfon mòbil i l’ordinador.L’aparició d’electrodomèstics, com la nevera o la rentadora, no només ens ha permès dedicar menys esforç a les tasques domèstiques, sinó també estalviarnos temps a l’hora de realitzar-les. Aquest fet, que ara potser ni tan sols considerem, va ser del tot determinant a l’època que van sorgir, ja que va permetre alliberar mà d’obra domèstica promovent la inserció al mercat laboral d’un sector de la població com el del sexe femení.Per la seva banda, la introducció de l’automòbil també ha estat un gran avenç. Aquest, ha revolucionat la manera de desplaçar-nos, proporcionant-nos una autonomia fins aleshores impensable.Aquest mateix patró segueixen la resta d’altres aparells escollits; tots van provocar un canvi profund a la societat amb la seva aparició i, encara avui, segueixen mantenint un paper destacat al nostre dia a dia. La importància que tenen a les nostres vides ha estat la motivació que ens ha conduït a dur a terme un treball que els tingués com a protagonistes.El nostre treball consta de dues parts:A la primera, de caràcter teòric, ens hem proposat estudiar la història d’aquests aparells, és a dir, hem volgut donar resposta a una sèrie de preguntes com: quan van aparèixer, quins van ser els seus creadors i quines transformacions han anat experimentant al llarg del temps, entre d’altres.A la segona part, més pràctica, hem realitzat un treball de camp (les característiques del qual expliquem detalladament a l’apartat següent) amb l’objectiu d’analitzar la rellevància que tenen aquests aparells a la societat actual. És a dir, hem volgut saber quins aparells, dels escollits, són els més valorats per la població avui dia i quins són els que menys. Pensem que l’ús que els enquestats fan d’aquests béns serà un criteri clau a l’hora de puntuarlos, encara que no l’únic. Hem realitzat aquest anàlisi diferenciant els individus per franges d’edat i sexes. A més, també hem treballat altres qüestions comserien, entre d’altres, si el seu ús s’entén com una necessitat o va encaminat cap a l’oci; quant temps triguen els usuaris a renovar-los, quin és el motiu, etc. En relació amb aquesta segona part, hem formulat un seguit d’hipòtesis amb l’objectiu de contrastar-les posteriorment amb els resultats de les enquestes.Les hipòtesis són:- Avui dia, els individus donen més importància a aquells aparells que són més moderns, (entenent com a tals, aquells que han sorgit més recentment i estan lligats a les noves tecnologies i la innovació contínua), com poden ser l’ordinador i el telèfon mòbil, que els electrodomèstics més tradicionals com serien la nevera o la rentadora. Tot això, a més, considerant que pel que fa als primers, entenem que part del seu ús està destinat a l’oci; mentre que pels segons el seu ús està motivat per una necessitat, com seria l’alimentació en el cas de la nevera.- Pel que fa a les franges d’edat, les valoracions mostraran diferències importants en els diversos aparells. Entre la franja més jove (de 16 a 25 anys) i la de més edat (més de 60 anys), les valoracions seran més extremes, gairebé oposades.- Pel que fa als dos sexes, les valoracions que donin als aparells seran molt semblants.Hem considerat que per a dur a terme un bon anàlisi, el més adequat és presentar la informació de cada aparell per separat. És per això que cada bé constitueix un apartat independent que consta d’una primera part referent a la seva història, i una segona referent als resultats obtinguts de les enquestes.A continuació, hem procedit a ajuntar els resultats extrets dels diferents aparells i a presentant-los de forma conjunta per a comparar-los. Així, hem pogut contrastar les nostres hipòtesis inicials i hem raonat possibles causes que justificarien dels resultats obtinguts.

Perruqueria Maldonado's : d'homes a unisex

La perruqueria Maldonado’s és un negoci establert al barri del Fondo de Santa Coloma e Gramenet que ofereix el seu servei als homes des de fa gairebé 50 anys.Amb el següent treball, basat en la realització d’un pla d’empresa, s’analitza un projecte d’ampliació que consisteix en la conversió a perruqueria unisex.Són diversos els aspectes que es tractaran durant el transcurs, per acabar concloent que es tracta d’un projecte viable.

La dependència econòmica des estudiants : comparació entre dues universitats públiques

Com a estudiants tenim moltes obligacions i la universitat ens absorbeix gran part del temps. És freqüent que en nosaltres sorgeixin inquietuds sobre quina seria la nostra situació si estiguéssim en una altra universitat o context que ens donés més marge d’autonomia i poguéssim, per exemple, dedicar part del nostre temps a treballar i obtenir ingressos. Per tant, la nostra percepció és que la majoria d’estudiants universitaris ho podem ser perquè darrere tenim una família que ens dóna suport en l’aspecte econòmic. Estudiar, entre altres coses, representa una inversió. Una inversió de temps el cost d’oportunitat de la qual és igual al total d’ingressos que podríem obtenir durant els anys que duren els estudis. No obstant, aquest elevat cost d’oportunitat es veu recompensat un cop acabats els estudis en forma d’una remuneració superior a aquest. Però, ha d’implicar sempre això? És obligatori renunciar a uns ingressos per tal de poder-se formar? La societat està interessada en que estudiem, però, dóna recursos per a que ho fem? Quines són les opcions que tenim els estudiants per a poder assolir una certa independència econòmica? Quin paper hi juga la universitat? En quin grau influeix el model d’universitat en el grau de dependència?Estudiem en una universitat, la UPF, la filosofia de la qual és que els estudiants han de ser-ho a temps complert, evitant que treballin mentre cursen la carrera:“Els plans d’estudis, dissenyats a partir de […], l’alta exigència acadèmica i de superació personal, la dedicació completa…” (www.upf.edu)La qualitat dels estudis es relaciona directament amb la dedicació absoluta. És difícil objectar el fet que quant més temps es dedica als estudis, millors són els resultats. No obstant i desgraciadament, no tothom pot permetre’s el luxe de invertir el cent per cent del seu temps als estudis i no treballar. El Pacte Internacional pels Drets Econòmics, Socials i Culturals de la ONU ratificat el 1966 i que va entrar en vigor l’any 1976, defensa, a l’article 13, el dret de tota persona a l’educació: “La enseñanza primaria debe ser obligatoria y accesible a todos gratuitamente"; “La enseñanza secundaria, en sus diferentes formas, incluso la enseñanza secundaria técnica y profesional, debe ser generalizada y hacerse accesible a todos, por cuantos medios sean apropiados, y en particular por la implantación progresiva de la enseñanza gratuita" “La enseñanza superior debe hacerse igualmente accesible a todos, sobre la base de la capacidad de cada uno, por cuantos medios sean apropiados, y en particular por la implantación progresiva de la enseñanza gratuita"En aquest treball hem volgut estudiar quins factors influeixen i de quina manera en la independència econòmica que pot assolir un estudiant. Hem volgut donar un fort èmfasi a l’àmbit universitari a l’hora de fer el treball ja que com a estudiants ens trobem en ple procés formatiu i aquesta té un pes rellevant en les nostres vides quotidianes, sobretot en matèria de temps i dedicació.

FastWork

El proyecto que pretendo presentar es el desarrollo de una aplicación para dispositivos Android que permite controlar (registrar, consultar y eliminar) las tareas y el tiempo dedicado a ellas para los diferentes clientes disponibles. De esta manera, se facilita al usuario un mayor control del tiempo que pasa en una tarea. Para que la aplicación sea operativa de diferentes maneras tendrá un portal web donde se podrán consultar todos los datos del usuario.

Quadern de treball per a casos de violència neonazi

Aquest quadern està adreçat als professionals de medi obert que intervenen amb joves que presenten una problemàtica de violència neonazi. És un resum del document que es va lliurar durant la segona jornada de gestió del coneixement el passat 29 de novembre de 2007. Es pretén amb aquest quadern donar vida a unes idees que s’han recollit mitjançant la feina del dia a dia dels tècnics de medi obert. Volem que aquest quadern sigui un instrument més de comunicació entre tècnics, motiu pel qual trobareu una part final on podeu anotar els suggeriments que vulgueu fer arribar per a futures revisions del quadernet. En aquest quadern hi trobareu: - una breu explicació sobre a què ens referim quan parlem de violència neonazi. - una exposició esquemàtica i exhaustiva d’objectius, actuacions i recursos, que es basa en el coneixement dels professionals sobre la pràctica diària. És important que, a partir d’aquesta exposició, assenyaleu els objectius i actuacions que treballareu en els vostres casos. - una part final d’observacions i suggeriments, on s’espera la vostra aportació per millorar el dossier 2007 i la nostra intervenció en els casos de violència neonazi.

Quadern de treball per a casos de violència fills-pares

Aquest quadern està adreçat als professionals de medi obert que intervenen amb joves que presenten una problemàtica de violència cap als pares. És un resum del document que es va lliurar durant la segona jornada de gestió del coneixement el 29 de novembre de 2007. Volem que sigui un instrument més de comunicació entre tècnics, motiu pel qual trobareu una part final on podeu anotar els suggeriments que vulgueu fer arribar per a futures revisions del quadernet. Per tant, hi trobareu: - Una breu explicació sobre a què ens referim quan parlem de violència fills-pares - Una exposició esquemàtica i exhaustiva d’objectius, actuacions i recursos, que té el suport en el coneixement dels professionals sobre la pràctica diària. - Una part final d’observacions i suggeriments, on s’espera la vostra aportació per millorar el dossier 2007 i la nostra intervenció vers els casos de violència fills–pares.

Causes dels incompliments i estratègies per fomentar la responsabilització dels menors i evitar l’incompliment de les mesures judicials

Al llarg dels darrers mesos i comptant amb la participació dels membres del grup d’entusiastes de la comunitat de pràctica i gestió del coneixement de Medi Obert, s’ha realitzat un treball d’aprofundiment entorn del tema dels incompliments. L’objectiu inicial era doble: - Elaborar un manual de criteris i eines d’actuació en els processos d’intervenció per desenvolupar actituds responsables dels menors amb els quals intervenim. - Redactar un seguit de pautes d’actuació per superar amb eficàcia els incompliments de les mesures. El treball, realitzat de manera col·laborativa a partir de l’opinió individual de diferents tècnics expressada mitjançant aportacions en línia al fòrum obert al portal de l’e-Catalunya, ha tingut com a resultat final la realització d’una taula on es recullen una relació exhaustiva d’incompliments i es se’n preveuen les possibles causes i motius, així com diverses estratègies d’intervenció per abordar-los

La restitució econòmica a les víctimes

El tema de la restitució econòmica sempre s’ha tingut en compte dins del programa de mediació i reparació a la víctima, ja que sempre hi ha víctimes interessades en la reparació del dany que han sofert. Ara bé, els infractors no sempre tenen les possibilitats econòmiques suficients per a fer-ho. Això crea un conflicte d’interessos al qual cal trobar una sortida si es vol continuar un determinat programa. En el àmbit de menors, aquest tema presenta encara més controvèrsia. Abans de l’any 2001 la responsabilitat civil derivada del delicte no estava prevista en la legislació de menors ni en la Llei de tribunals tutelars de 1948 ni en la reforma disposada per la Llei 4/92. No és fins a l’aparició de la Llei 5/2000 de responsabilitat penal del menor que s’inclou aquest tema. L’any 2001, quan es va començar a aplicar la llei 5/2000, el col·lectiu de mediadors va prioritzar altres aspectes de la seva intervenció abans d’entrar a reflexionar de forma col·lectiva sobre el tema econòmic i el fet que els jutges de menors tinguessin competència en temes de responsabilitat civil. De tota manera, els temes econòmics sempre s’han tractat dins del programa de mediació i reparació a la víctima. Això s’ha fet de forma ininterrompuda des de l’inici del programa, l’any 1990, amb les evolucions que el pas del temps obliga. En els darrers anys, i amb l’augment de personal en el col·lectiu, s’han anat observant diferències de criteris i formes d’aplicació dels diferents professionals. És per això que es considera que ha arribat el moment de reprendre el tema i ajudar a crear unes mínimes línies comunes.

Guia d’intervenció tècnica en menors

La creació de la Comunitat de Pràctiques del Servei d’Assessorament Tècnic en l’Àmbit de Família (SATAF) com a grup virtual ha pretès ser un espai de treball per posar en comú idees, experiències i bones pràctiques. El producte resultant d’aquest treball és aquesta guia de bones pràctiques amb relació a una temàtica que preocupa la societat, els estaments jurídics i molt especialment, els professionals que treballem amb menors. Així, pretén divulgar les reflexions i conviccions dels professionals del SATAF respecte d’una realitat tan complexa com la intervenció amb menors. El treball col·laboratiu ha esdevingut una eina fonamental en el SATAF per aconseguir els objectius abans plantejats. Amb el sorgiment del Programa Compartim, dins l’àmbit de la gestió del coneixement, promogut pel CEJFE, s’ha obert una nova via per continuar treballant amb aquests principis dins la plataforma digital e-Catalunya, que esdevé un nou mitjà que obre un espai virtual de treball. Aquest espai ens permet mantenir els principis de treball del Servei amb un bon aprofitament de les TIC, la qual cosa ens fa guanyar en independència i en autonomia per portar a terme la feina.

La LAU ante la crisis inmobiliaria

El present Treball de Fi de Carrera du a terme un anàlisi de l’evolució del mercat de la vivenda de lloguer a Espanya. Degut a la crisi immobiliària iniciada a l’any 2008, es posa en evidència la necessitat de potenciar l’arrendament al nostre país, opció que històricament es presentava en clar desavantatge enfront a la compra d’un immoble, però que en l’actualitat s’erigeix com una solució realista al problema d’accés a un habitatge digne. Per aquest motiu, s’analitza l’ampli ventall de normatives adoptades a través del temps, profunditzant en el problema de la vivenda i les dades rellevants a tenir en compte. Es fa menció especial al registre de morosos, un instrument que pretén pal·liar la manca de voluntat per part dels propietaris d’arrendar els seus immobles, de manera que es garanteixin els drets d’ambdues parts implicades, tenint en consideració el període de crisis en el que estem immersos en l’actualitat.

La resiliència

El present treball és un aprofundiment teòric sobre la resiliència, un concepte transgressor en les ciències socials que invita a tenir una nova visió de les situacions concretes, a un canvi de perspectiva que ens guia a refermar maneres d’intervenció diferents. Precisament, perquè ens porta a canviar la nostra mirada vers les persones i sobre la vida. Aquest projecte s’emmarca en els orígens del concepte, en quin moment es troba avui dia, aquelles teories explicatives i una aportació sobre la seva visió pràctica; tenint present en tot moment tant la dimensió individual com la dimensió comunitària del mateix. La resiliència, reconeix el valor de la imperfecció de l’espècia humana. No és una resposta immediata a l’adversitat sinó un procés que està en constant construcció, canvi i/o evolució en el transcurs del temps. No és un concepte absolut ni total, sinó que està lligat als conceptes dinàmics i complexos de desenvolupament i creixement humà i va més enllà de l’actitud passiva de resistir qualsevol cop; implica l’actitud proactiva d’aprendre/reapendre a viure i construir/reconstruir la vida.

Projectes de modelatge i simulació avançada de sistemes mitjançant l'entorn ARENA

RESUM En l’exercici de les funcions típiques de qualsevol activitat humana, l’home ha de prendre decisions d’un o altre tipus permanentment i aquesta situació porta afegit, per lo general risc i incertesa, el que compromet la qualitat i l’èxit de la decisió. Per ajudar i contrarestar aquesta situació, l’home ha desenvolupat a través del temps una diversitat d’eines que li permeten minimitzar el risc i la incertesa en la presa de decisions. La simulació és una d’aquestes eines. Mitjançant la seva aplicació no només s’aconsegueix la comesa anterior, sinó que també es minimitzen els costos involucrats en la decisió mitjançant un millor ús dels recursos, la disminució del temps emprat per a la seva realització i la minimització de les probabilitats de risc. Aquest projecte representa la continuació d’un primer estudi introductori de la simulació anomenat: Estudi i guia docent per a modelatge i simulació de sistemes mitjançant l’entorn ARENA [9]. Realitzat per l’alumna d’Enginyeria en Organització Industrial de la Universitat de Vic, Montse Carbonell Crosas, l’any 2008 i sota la codirecció del director d’aquest segon projecte, el professor Juli Ordeix Rigo. Aquest nou projecte s’inicia amb una primera part teòrica, continguda dins del primer volum, la qual reforça els conceptes teòrics referents a la simulació amb ARENA, ja vistos en l’anterior projecte. Complementant aquells considerats bàsics i els de més utilitat i finalitza introduint nous conceptes avançats. Els nous capítols de temàtica avançada, junt als primers més bàsics de la primera part són exercitats dins de la segona, formant el segon volum d’aquest projecte. El mateix requereix la participació activa de l’alumne, per tal de realitzar cadascun dels 89 exercicis pràctics que es plantegen i poder onsolidar l’aprenentatge teòric d’aquesta eina avançada de simulació fent consultes als apartats teòrics recomanats dins de cada exercici. La complexitat dels exercicis anirà augmentant gradualment i s’insisteix en seguir la metodologia presentada en el projecte per a realitzar-los tots de forma ordenada i ascendent. L’ alumne quan acabi la part pràctica, haurà consolidat tota la part teòrica i serà capaç d’exercir com analista per tal de generar els seus propis projecte de simulació.