Kernel-PCA data integration with enhanced interpretability

Background Nowadays, combining the different sources of information to improve the biological knowledge available is a challenge in bioinformatics. One of the most powerful methods for integrating heterogeneous data types are kernel-based methods. Kernel-based data integration approaches consist of two basic steps: firstly the right kernel is chosen for each data set; secondly the kernels from the different data sources are combined to give a complete representation of the available data for a given statistical task. Results We analyze the integration of data from several sources of information using kernel PCA, from the point of view of reducing dimensionality. Moreover, we improve the interpretability of kernel PCA by adding to the plot the representation of the input variables that belong to any dataset. In particular, for each input variable or linear combination of input variables, we can represent the direction of maximum growth locally, which allows us to identify those samples with higher/lower values of the variables analyzed. Conclusions The integration of different datasets and the simultaneous representation of samples and variables together give us a better understanding of biological knowledge.

Optimisation of data analysis method for a fluidized bed combustion test rig

Nowadays the used fuel variety in power boilers is widening and new boiler constructions and running models have to be developed. This research and development is done in small pilot plants where more faster analyse about the boiler mass and heat balance is needed to be able to find and do the right decisions already during the test run. The barrier on determining boiler balance during test runs is the long process of chemical analyses of collected input and outputmatter samples. The present work is concentrating on finding a way to determinethe boiler balance without chemical analyses and optimise the test rig to get the best possible accuracy for heat and mass balance of the boiler. The purpose of this work was to create an automatic boiler balance calculation method for 4 MW CFB/BFB pilot boiler of Kvaerner Pulping Oy located in Messukylä in Tampere. The calculation was created in the data management computer of pilot plants automation system. The calculation is made in Microsoft Excel environment, which gives a good base and functions for handling large databases and calculations without any delicate programming. The automation system in pilot plant was reconstructed und updated by Metso Automation Oy during year 2001 and the new system MetsoDNA has good data management properties, which is necessary for big calculations as boiler balance calculation. Two possible methods for calculating boiler balance during test run were found. Either the fuel flow is determined, which is usedto calculate the boiler's mass balance, or the unburned carbon loss is estimated and the mass balance of the boiler is calculated on the basis of boiler's heat balance. Both of the methods have their own weaknesses, so they were constructed parallel in the calculation and the decision of the used method was left to user. User also needs to define the used fuels and some solid mass flowsthat aren't measured automatically by the automation system. With sensitivity analysis was found that the most essential values for accurate boiler balance determination are flue gas oxygen content, the boiler's measured heat output and lower heating value of the fuel. The theoretical part of this work concentrates in the error management of these measurements and analyses and on measurement accuracy and boiler balance calculation in theory. The empirical part of this work concentrates on the creation of the balance calculation for the boiler in issue and on describing the work environment.

Nou portal d'accés als materials en obert de la UdG : DUGi 2.0

La Biblioteca de la Universitat de Girona és l'encarregada de coordinar els repositoris digitals de la Universitat. A l'inici el repositori neix de la necessitat de difondre i preservar tota la recerca de la Universitat, però mica en mica el projecte va creixent i es creen diferents repositoris per a diferents tipus de continguts. Així es creen els repositoris DUGiDocs, DUGiMedia i DUGiFonsEspecials.L'objectiu d'aquest PFC és desenvolupar un portal web amb un sistema d'indexació que permeti la cerca per diferents criteris com, per exemple, autor, matèria i títol. L'entorn ha de tenir un disseny agradable per a l'usuari final i ha de permetre obtenir les dades del repositori que se li indiquin. També ha de ser capaç de detectar els possibles duplicats en els criteris de cerca i notificar-ho a l'administrador

Sistema de gestió Sauleda pastissers

Sauleda Pastissers, és un negoci familiar que es remunta al 1969. A data d'avui la Pastisseria consta de 5 botigues en diferents pobles del Maresme, elcentre de producció està ubicat al Polígon Industrial Sot de les Vernedes de Sant Cebrià de Vallalta que distribueix la producció a la resta de botigues.A part de les botigues, Sauleda Pastissers ofereix servei de càtering per a qualsevol tipus d'esdeveniment. La finalitat del sistema de gestió, que es presenta en aquest projecte final de carrera ésdisposar d'una eina que ajudi a l'organització, producció i control del dia a dia de Sauleda Pastissers.L'objectiu d'aquest projecte és desenvolupar l'anàlisi, disseny i implementació d'un sistema web multi plataforma que sigui escalable per a noves funcionalitats, que cobreixi al màxim, les necessitats funcionals del negoci, des del punt de vista informàtic i que pugui ser accessible per a dispositius mòbils tipus tablet

Sistema de gestió Sauleda pastissers

Sauleda Pastissers, és un negoci familiar que es remunta al 1969. A data d'avui la Pastisseria consta de 5 botigues en diferents pobles del Maresme, elcentre de producció està ubicat al Polígon Industrial Sot de les Vernedes de Sant Cebrià de Vallalta que distribueix la producció a la resta de botigues.A part de les botigues, Sauleda Pastissers ofereix servei de càtering per a qualsevol tipus d'esdeveniment. La finalitat del sistema de gestió, que es presenta en aquest projecte final de carrera ésdisposar d'una eina que ajudi a l'organització, producció i control del dia a dia de Sauleda Pastissers.L'objectiu d'aquest projecte és desenvolupar l'anàlisi, disseny i implementació d'un sistema web multi plataforma que sigui escalable per a noves funcionalitats, que cobreixi al màxim, les necessitats funcionals del negoci, des del punt de vista informàtic i que pugui ser accessible per a dispositius mòbils tipus tablet

XML-verkkotietokantojen suorituskykyvertailu

XML:n kasvava suosio dokumenttiformaattina sekä sen alati monipuolistuva käyttö ovat lisänneet XML-tiedonhallintajärjestelmien tarvetta. Yksi tapa XML-dokumenttien hallintaan on edelleen tiedostopohjainen järjestelmä. Erilaisiin tietokantoihin perustuvat XML-tiedonhallintajärjestelmät ovat kuitenkin viime vuosina kasvattaneetsuosiotaan monipuolisempien ominaisuuksien ja paremman suorituskyvyn takia. Lisäksi XML-dokumenttien hallinta tiedostopohjaisessa järjestelmässä käy lähes mahdottomaksi suurilla datamäärillä. Suhteellisen uutena tulokkaana XML-dokumenttienhallintaan ovat tulleet natiivit XML -tietokannat, jotka ovat suunniteltu juuriXML:ää silmälläpitäen. Tässä diplomityössä esitellään erilaisia XML-tiedonhallintajärjestelmiä. Erityisesti relaatiotietokantoihin ja natiiveihin XML -tietokantoihin perustuvien ratkaisujen taustoihin ja teknisiin yksityiskohtiin yritetään luoda syvällinen katsaus. Neljälle XML-tiedonhallintaratkaisulle - Binary Approachille, Edge Approachille, eXistille ja Xindicelle - suoritetaan XMach-1 suorituskykytesti. Lisäksi testattavien ratkaisujen teknistä toimivuutta arvioidaan sekä analyyttisen että käytännön tarkastelun kautta. Suorituskykytestien ja teknisen toimivuuden arvioiden perusteella on tarkoitus valita XML-tiedonhallintaratkaisu Javalla toteutetulle Web-sovellukselle, joka käyttää XML:ää tietojen tallennusformaattina.

Nou portal d'accés als materials en obert de la UdG : DUGi 2.0

La Biblioteca de la Universitat de Girona és l'encarregada de coordinar els repositoris digitals de la Universitat. A l'inici el repositori neix de la necessitat de difondre i preservar tota la recerca de la Universitat, però mica en mica el projecte va creixent i es creen diferents repositoris per a diferents tipus de continguts. Així es creen els repositoris DUGiDocs, DUGiMedia i DUGiFonsEspecials.L'objectiu d'aquest PFC és desenvolupar un portal web amb un sistema d'indexació que permeti la cerca per diferents criteris com, per exemple, autor, matèria i títol. L'entorn ha de tenir un disseny agradable per a l'usuari final i ha de permetre obtenir les dades del repositori que se li indiquin. També ha de ser capaç de detectar els possibles duplicats en els criteris de cerca i notificar-ho a l'administrador

Development of a 3D very high-resolution seismic reflection system for lacustrine settings - a case study over a thrust fault zone in Lake Geneva

Un système efficace de sismique tridimensionnelle (3-D) haute-résolution adapté à des cibles lacustres de petite échelle a été développé. Dans le Lac Léman, près de la ville de Lausanne, en Suisse, des investigations récentes en deux dimension (2-D) ont mis en évidence une zone de faille complexe qui a été choisie pour tester notre système. Les structures observées incluent une couche mince (<40 m) de sédiments quaternaires sub-horizontaux, discordants sur des couches tertiaires de molasse pentées vers le sud-est. On observe aussi la zone de faille de « La Paudèze » qui sépare les unités de la Molasse du Plateau de la Molasse Subalpine. Deux campagnes 3-D complètes, d?environ d?un kilomètre carré, ont été réalisées sur ce site de test. La campagne pilote (campagne I), effectuée en 1999 pendant 8 jours, a couvert 80 profils en utilisant une seule flûte. Pendant la campagne II (9 jours en 2001), le nouveau système trois-flûtes, bien paramétrés pour notre objectif, a permis l?acquisition de données de très haute qualité sur 180 lignes CMP. Les améliorations principales incluent un système de navigation et de déclenchement de tirs grâce à un nouveau logiciel. Celui-ci comprend un contrôle qualité de la navigation du bateau en temps réel utilisant un GPS différentiel (dGPS) à bord et une station de référence près du bord du lac. De cette façon, les tirs peuvent être déclenchés tous les 5 mètres avec une erreur maximale non-cumulative de 25 centimètres. Tandis que pour la campagne I la position des récepteurs de la flûte 48-traces a dû être déduite à partir des positions du bateau, pour la campagne II elle ont pu être calculées précisément (erreur <20 cm) grâce aux trois antennes dGPS supplémentaires placées sur des flotteurs attachés à l?extrémité de chaque flûte 24-traces. Il est maintenant possible de déterminer la dérive éventuelle de l?extrémité des flûtes (75 m) causée par des courants latéraux ou de petites variations de trajet du bateau. De plus, la construction de deux bras télescopiques maintenant les trois flûtes à une distance de 7.5 m les uns des autres, qui est la même distance que celle entre les lignes naviguées de la campagne II. En combinaison avec un espacement de récepteurs de 2.5 m, la dimension de chaque «bin» de données 3-D de la campagne II est de 1.25 m en ligne et 3.75 m latéralement. L?espacement plus grand en direction « in-line » par rapport à la direction «cross-line» est justifié par l?orientation structurale de la zone de faille perpendiculaire à la direction «in-line». L?incertitude sur la navigation et le positionnement pendant la campagne I et le «binning» imprécis qui en résulte, se retrouve dans les données sous forme d?une certaine discontinuité des réflecteurs. L?utilisation d?un canon à air à doublechambre (qui permet d?atténuer l?effet bulle) a pu réduire l?aliasing observé dans les sections migrées en 3-D. Celui-ci était dû à la combinaison du contenu relativement haute fréquence (<2000 Hz) du canon à eau (utilisé à 140 bars et à 0.3 m de profondeur) et d?un pas d?échantillonnage latéral insuffisant. Le Mini G.I 15/15 a été utilisé à 80 bars et à 1 m de profondeur, est mieux adapté à la complexité de la cible, une zone faillée ayant des réflecteurs pentés jusqu?à 30°. Bien que ses fréquences ne dépassent pas les 650 Hz, cette source combine une pénétration du signal non-aliasé jusqu?à 300 m dans le sol (par rapport au 145 m pour le canon à eau) pour une résolution verticale maximale de 1.1 m. Tandis que la campagne I a été acquise par groupes de plusieurs lignes de directions alternées, l?optimisation du temps d?acquisition du nouveau système à trois flûtes permet l?acquisition en géométrie parallèle, ce qui est préférable lorsqu?on utilise une configuration asymétrique (une source et un dispositif de récepteurs). Si on ne procède pas ainsi, les stacks sont différents selon la direction. Toutefois, la configuration de flûtes, plus courtes que pour la compagne I, a réduit la couverture nominale, la ramenant de 12 à 6. Une séquence classique de traitement 3-D a été adaptée à l?échantillonnage à haute fréquence et elle a été complétée par deux programmes qui transforment le format non-conventionnel de nos données de navigation en un format standard de l?industrie. Dans l?ordre, le traitement comprend l?incorporation de la géométrie, suivi de l?édition des traces, de l?harmonisation des «bins» (pour compenser l?inhomogénéité de la couverture due à la dérive du bateau et de la flûte), de la correction de la divergence sphérique, du filtrage passe-bande, de l?analyse de vitesse, de la correction DMO en 3-D, du stack et enfin de la migration 3-D en temps. D?analyses de vitesse détaillées ont été effectuées sur les données de couverture 12, une ligne sur deux et tous les 50 CMP, soit un nombre total de 600 spectres de semblance. Selon cette analyse, les vitesses d?intervalles varient de 1450-1650 m/s dans les sédiments non-consolidés et de 1650-3000 m/s dans les sédiments consolidés. Le fait que l?on puisse interpréter plusieurs horizons et surfaces de faille dans le cube, montre le potentiel de cette technique pour une interprétation tectonique et géologique à petite échelle en trois dimensions. On distingue cinq faciès sismiques principaux et leurs géométries 3-D détaillées sur des sections verticales et horizontales: les sédiments lacustres (Holocène), les sédiments glacio-lacustres (Pléistocène), la Molasse du Plateau, la Molasse Subalpine de la zone de faille (chevauchement) et la Molasse Subalpine au sud de cette zone. Les couches de la Molasse du Plateau et de la Molasse Subalpine ont respectivement un pendage de ~8° et ~20°. La zone de faille comprend de nombreuses structures très déformées de pendage d?environ 30°. Des tests préliminaires avec un algorithme de migration 3-D en profondeur avant sommation et à amplitudes préservées démontrent que la qualité excellente des données de la campagne II permet l?application de telles techniques à des campagnes haute-résolution. La méthode de sismique marine 3-D était utilisée jusqu?à présent quasi-exclusivement par l?industrie pétrolière. Son adaptation à une échelle plus petite géographiquement mais aussi financièrement a ouvert la voie d?appliquer cette technique à des objectifs d?environnement et du génie civil.<br/><br/>An efficient high-resolution three-dimensional (3-D) seismic reflection system for small-scale targets in lacustrine settings was developed. In Lake Geneva, near the city of Lausanne, Switzerland, past high-resolution two-dimensional (2-D) investigations revealed a complex fault zone (the Paudèze thrust zone), which was subsequently chosen for testing our system. Observed structures include a thin (<40 m) layer of subhorizontal Quaternary sediments that unconformably overlie southeast-dipping Tertiary Molasse beds and the Paudèze thrust zone, which separates Plateau and Subalpine Molasse units. Two complete 3-D surveys have been conducted over this same test site, covering an area of about 1 km2. In 1999, a pilot survey (Survey I), comprising 80 profiles, was carried out in 8 days with a single-streamer configuration. In 2001, a second survey (Survey II) used a newly developed three-streamer system with optimized design parameters, which provided an exceptionally high-quality data set of 180 common midpoint (CMP) lines in 9 days. The main improvements include a navigation and shot-triggering system with in-house navigation software that automatically fires the gun in combination with real-time control on navigation quality using differential GPS (dGPS) onboard and a reference base near the lake shore. Shots were triggered at 5-m intervals with a maximum non-cumulative error of 25 cm. Whereas the single 48-channel streamer system of Survey I requires extrapolation of receiver positions from the boat position, for Survey II they could be accurately calculated (error <20 cm) with the aid of three additional dGPS antennas mounted on rafts attached to the end of each of the 24- channel streamers. Towed at a distance of 75 m behind the vessel, they allow the determination of feathering due to cross-line currents or small course variations. Furthermore, two retractable booms hold the three streamers at a distance of 7.5 m from each other, which is the same distance as the sail line interval for Survey I. With a receiver spacing of 2.5 m, the bin dimension of the 3-D data of Survey II is 1.25 m in in-line direction and 3.75 m in cross-line direction. The greater cross-line versus in-line spacing is justified by the known structural trend of the fault zone perpendicular to the in-line direction. The data from Survey I showed some reflection discontinuity as a result of insufficiently accurate navigation and positioning and subsequent binning errors. Observed aliasing in the 3-D migration was due to insufficient lateral sampling combined with the relatively high frequency (<2000 Hz) content of the water gun source (operated at 140 bars and 0.3 m depth). These results motivated the use of a double-chamber bubble-canceling air gun for Survey II. A 15 / 15 Mini G.I air gun operated at 80 bars and 1 m depth, proved to be better adapted for imaging the complexly faulted target area, which has reflectors dipping up to 30°. Although its frequencies do not exceed 650 Hz, this air gun combines a penetration of non-aliased signal to depths of 300 m below the water bottom (versus 145 m for the water gun) with a maximum vertical resolution of 1.1 m. While Survey I was shot in patches of alternating directions, the optimized surveying time of the new threestreamer system allowed acquisition in parallel geometry, which is preferable when using an asymmetric configuration (single source and receiver array). Otherwise, resulting stacks are different for the opposite directions. However, the shorter streamer configuration of Survey II reduced the nominal fold from 12 to 6. A 3-D conventional processing flow was adapted to the high sampling rates and was complemented by two computer programs that format the unconventional navigation data to industry standards. Processing included trace editing, geometry assignment, bin harmonization (to compensate for uneven fold due to boat/streamer drift), spherical divergence correction, bandpass filtering, velocity analysis, 3-D DMO correction, stack and 3-D time migration. A detailed semblance velocity analysis was performed on the 12-fold data set for every second in-line and every 50th CMP, i.e. on a total of 600 spectra. According to this velocity analysis, interval velocities range from 1450-1650 m/s for the unconsolidated sediments and from 1650-3000 m/s for the consolidated sediments. Delineation of several horizons and fault surfaces reveal the potential for small-scale geologic and tectonic interpretation in three dimensions. Five major seismic facies and their detailed 3-D geometries can be distinguished in vertical and horizontal sections: lacustrine sediments (Holocene) , glaciolacustrine sediments (Pleistocene), Plateau Molasse, Subalpine Molasse and its thrust fault zone. Dips of beds within Plateau and Subalpine Molasse are ~8° and ~20°, respectively. Within the fault zone, many highly deformed structures with dips around 30° are visible. Preliminary tests with 3-D preserved-amplitude prestack depth migration demonstrate that the excellent data quality of Survey II allows application of such sophisticated techniques even to high-resolution seismic surveys. In general, the adaptation of the 3-D marine seismic reflection method, which to date has almost exclusively been used by the oil exploration industry, to a smaller geographical as well as financial scale has helped pave the way for applying this technique to environmental and engineering purposes.<br/><br/>La sismique réflexion est une méthode d?investigation du sous-sol avec un très grand pouvoir de résolution. Elle consiste à envoyer des vibrations dans le sol et à recueillir les ondes qui se réfléchissent sur les discontinuités géologiques à différentes profondeurs et remontent ensuite à la surface où elles sont enregistrées. Les signaux ainsi recueillis donnent non seulement des informations sur la nature des couches en présence et leur géométrie, mais ils permettent aussi de faire une interprétation géologique du sous-sol. Par exemple, dans le cas de roches sédimentaires, les profils de sismique réflexion permettent de déterminer leur mode de dépôt, leurs éventuelles déformations ou cassures et donc leur histoire tectonique. La sismique réflexion est la méthode principale de l?exploration pétrolière. Pendant longtemps on a réalisé des profils de sismique réflexion le long de profils qui fournissent une image du sous-sol en deux dimensions. Les images ainsi obtenues ne sont que partiellement exactes, puisqu?elles ne tiennent pas compte de l?aspect tridimensionnel des structures géologiques. Depuis quelques dizaines d?années, la sismique en trois dimensions (3-D) a apporté un souffle nouveau à l?étude du sous-sol. Si elle est aujourd?hui parfaitement maîtrisée pour l?imagerie des grandes structures géologiques tant dans le domaine terrestre que le domaine océanique, son adaptation à l?échelle lacustre ou fluviale n?a encore fait l?objet que de rares études. Ce travail de thèse a consisté à développer un système d?acquisition sismique similaire à celui utilisé pour la prospection pétrolière en mer, mais adapté aux lacs. Il est donc de dimension moindre, de mise en oeuvre plus légère et surtout d?une résolution des images finales beaucoup plus élevée. Alors que l?industrie pétrolière se limite souvent à une résolution de l?ordre de la dizaine de mètres, l?instrument qui a été mis au point dans le cadre de ce travail permet de voir des détails de l?ordre du mètre. Le nouveau système repose sur la possibilité d?enregistrer simultanément les réflexions sismiques sur trois câbles sismiques (ou flûtes) de 24 traces chacun. Pour obtenir des données 3-D, il est essentiel de positionner les instruments sur l?eau (source et récepteurs des ondes sismiques) avec une grande précision. Un logiciel a été spécialement développé pour le contrôle de la navigation et le déclenchement des tirs de la source sismique en utilisant des récepteurs GPS différentiel (dGPS) sur le bateau et à l?extrémité de chaque flûte. Ceci permet de positionner les instruments avec une précision de l?ordre de 20 cm. Pour tester notre système, nous avons choisi une zone sur le Lac Léman, près de la ville de Lausanne, où passe la faille de « La Paudèze » qui sépare les unités de la Molasse du Plateau et de la Molasse Subalpine. Deux campagnes de mesures de sismique 3-D y ont été réalisées sur une zone d?environ 1 km2. Les enregistrements sismiques ont ensuite été traités pour les transformer en images interprétables. Nous avons appliqué une séquence de traitement 3-D spécialement adaptée à nos données, notamment en ce qui concerne le positionnement. Après traitement, les données font apparaître différents faciès sismiques principaux correspondant notamment aux sédiments lacustres (Holocène), aux sédiments glacio-lacustres (Pléistocène), à la Molasse du Plateau, à la Molasse Subalpine de la zone de faille et la Molasse Subalpine au sud de cette zone. La géométrie 3-D détaillée des failles est visible sur les sections sismiques verticales et horizontales. L?excellente qualité des données et l?interprétation de plusieurs horizons et surfaces de faille montrent le potentiel de cette technique pour les investigations à petite échelle en trois dimensions ce qui ouvre des voies à son application dans les domaines de l?environnement et du génie civil.

Automated formulation of optimisation models for steel beam structures

Over 70% of the total costs of an end product are consequences of decisions that are made during the design process. A search for optimal cross-sections will often have only a marginal effect on the amount of material used if the geometry of a structure is fixed and if the cross-sectional characteristics of its elements are property designed by conventional methods. In recent years, optimalgeometry has become a central area of research in the automated design of structures. It is generally accepted that no single optimisation algorithm is suitable for all engineering design problems. An appropriate algorithm, therefore, mustbe selected individually for each optimisation situation. Modelling is the mosttime consuming phase in the optimisation of steel and metal structures. In thisresearch, the goal was to develop a method and computer program, which reduces the modelling and optimisation time for structural design. The program needed anoptimisation algorithm that is suitable for various engineering design problems. Because Finite Element modelling is commonly used in the design of steel and metal structures, the interaction between a finite element tool and optimisation tool needed a practical solution. The developed method and computer programs were tested with standard optimisation tests and practical design optimisation cases. Three generations of computer programs are developed. The programs combine anoptimisation problem modelling tool and FE-modelling program using three alternate methdos. The modelling and optimisation was demonstrated in the design of a new boom construction and steel structures of flat and ridge roofs. This thesis demonstrates that the most time consuming modelling time is significantly reduced. Modelling errors are reduced and the results are more reliable. A new selection rule for the evolution algorithm, which eliminates the need for constraint weight factors is tested with optimisation cases of the steel structures that include hundreds of constraints. It is seen that the tested algorithm can be used nearly as a black box without parameter settings and penalty factors of the constraints.

Adaptando Metalib al usuario : la experiencia de la UOC

The implementation of Metalib in UOC's Library was framed within a project centred on the end user. For the adaptation of Metalib to the users' needs and search behaviour, we carried out three tests: - One with students, conducted by a consulting company; - A second one with teachers, carried out by the Library; - The third, with teachers and staff, also was carried out by the Library, after having made some changes resulting from the first and second tests. The tests, made with the software Morae, underlined a number of difficulties to understand the concepts related to metasearching. The tests also showed difficulties in navigating and in managing search results. All the information gathered was used to improve navigation through the interface. The presentation tells about the tests' methodology, the conclusions reached through this experience, and the decisions finally taken by the Library to improve the Metalib interface.

REGSTATTOOLS: freeware statistical tools for the analysis of disease population databases used in health and social studies

Background: The repertoire of statistical methods dealing with the descriptive analysis of the burden of a disease has been expanded and implemented in statistical software packages during the last years. The purpose of this paper is to present a web-based tool, REGSTATTOOLS http://regstattools.net intended to provide analysis for the burden of cancer, or other group of disease registry data. Three software applications are included in REGSTATTOOLS: SART (analysis of disease"s rates and its time trends), RiskDiff (analysis of percent changes in the rates due to demographic factors and risk of developing or dying from a disease) and WAERS (relative survival analysis). Results: We show a real-data application through the assessment of the burden of tobacco-related cancer incidence in two Spanish regions in the period 1995-2004. Making use of SART we show that lung cancer is the most common cancer among those cancers, with rising trends in incidence among women. We compared 2000-2004 data with that of 1995-1999 to assess percent changes in the number of cases as well as relative survival using RiskDiff and WAERS, respectively. We show that the net change increase in lung cancer cases among women was mainly attributable to an increased risk of developing lung cancer, whereas in men it is attributable to the increase in population size. Among men, lung cancer relative survival was higher in 2000-2004 than in 1995-1999, whereas it was similar among women when these time periods were compared. Conclusions: Unlike other similar applications, REGSTATTOOLS does not require local software installation and it is simple to use, fast and easy to interpret. It is a set of web-based statistical tools intended for automated calculation of population indicators that any professional in health or social sciences may require.

MULTIMEDIATIETOPANKKI VERKOSSA

Työ käsittelee multimediatietopankin tietosisällön hallintaa ja kehittämistä. Multimediatietopankki verkossa –projektissa multimediatietopankilla tarkoitetaan vuorovaikutteista ja sisältörikasta liikkuvan ja staattisen kuvan (video, animaatio, valokuvat, 3D, grafiikka), äänten (musiikki ja muut äänet) ja tietokantojen yhdistelmää. Sisällön eri osa-alueet ja vuorovaikutteisuus tukevat kokonaisuutta, jolla on oma viestinnällinen tarkoituksensa. Tätä kokonaistoteutusta levitetään www:n, digitaalitelevision ja mobiililaitteiden välityksellä loppukäyttäjälle. Multimedia- ja matkaviestinteknologioiden nopea kehitys antaa mahdollisuuden kehittää uusia palveluja. Erilaisiin päätelaitteisiin ja vaihteleviin ympäristöihin tarkoitettujen helppokäyttöisten multimedia- ja mobiilipalvelujen kysyntä on jatkuvassa kasvussa. Multimediatietopankkiprojektissa esitetään kuinka multimediapalveluita voidaan toteuttaa integroidussa ympäristössä. Integroidulla ympäristöllä tässä työssä tarkoitetaan Internetin, mobiilien palvelujen, WAP:in, kämmentietokoneen, digitaalisen television sekä uusien multimediakännyköiden käyttöä multimediatietopankin tarjoamien palvelujen välittämisessä. Projekti on jaettu yksittäisiin lukuihin, joissa tarkoituksena on syventää multimediatietopankin yksityiskohtia sisällön tuottamisessa teknologian näkökannalta. Multimediatietokannan toteutuksessa mallinnetaan palvelun sisältö tietokantaan XHTML-muodossa mediaolioiden sisään sekä tallennetaan tietopankin metatietoa multimediarelaatiotietokantaan, josta on mahdollista hakea tietoa minkä tahansa päätelaitteen kyselyjen avulla.Tässä työssä keskitytään multimediatietokannan hallintajärjestelmän tehtäviin ja rakenteeseen, siihen miten multimediadata tallennetaan tietokantaan sekä siihen miten tietokannassa olevaa metatietoa haetaan käyttäen tietokannassa kehitettyjä hakumenetelmiä.

¿Cómo optimizar una matriz de datos? Utilidades básicas del SPSS

Una vez se dispone de los datos introducidos en el paquete estadístico del SPSS (Statistical Package of Social Science), en una matriz de datos, es el momento de plantearse optimizar esa matriz para poder extraer el máximo rendimiento a los datos, según el tipo de análisis que se pretende realizar. Para ello, el propio SPSS tiene una serie de utilidades que pueden ser de gran utilidad. Estas utilidades básicas pueden diferenciarse según su funcionalidad entre: utilidades para la edición de datos, utilidades para la modificación de variables, y las opciones de ayuda que nos brinda. A continuación se presentan algunas de estas utilidades.

Kernel-PCA data integration with enhanced interpretability

Background Nowadays, combining the different sources of information to improve the biological knowledge available is a challenge in bioinformatics. One of the most powerful methods for integrating heterogeneous data types are kernel-based methods. Kernel-based data integration approaches consist of two basic steps: firstly the right kernel is chosen for each data set; secondly the kernels from the different data sources are combined to give a complete representation of the available data for a given statistical task. Results We analyze the integration of data from several sources of information using kernel PCA, from the point of view of reducing dimensionality. Moreover, we improve the interpretability of kernel PCA by adding to the plot the representation of the input variables that belong to any dataset. In particular, for each input variable or linear combination of input variables, we can represent the direction of maximum growth locally, which allows us to identify those samples with higher/lower values of the variables analyzed. Conclusions The integration of different datasets and the simultaneous representation of samples and variables together give us a better understanding of biological knowledge.

PROVISIONING OF MIDLETS

Java™ 2 Platform, Micro Edition on eräs johtava sovellusalusta, joka mahdollistaa kolmannen osapuolen sovellusten luomisen matkapuhelimiin, kommunikaattoreihin ja taskutietokoneisiin. Java-alusta keskeinen etu on sovellusten dynaaminen asentaminen. Käyttäjä ei ole rajoitettu esiasennettuihin sovelluksiin vaan voi asentaa niitä itse tarpeen mukaan. Tämän diplomityö käsittelee erilaisia Java sovellusten (MIDlettien) lataus ja asennusmenetelmiä. Diplomityö antaa yhteenvedon merkittävimmistä asennus teknologioista. Pääpaino on MIDP-standardin mukaisella langattomalle asennuksella (Over-The-Air provisioning) sillä se on kaikkein laajimmin käytetty menetelmä. Muita käsiteltäviä menetelmiä ovat WAP Push ja paikallinen asennus Bluetoothin ja Infrapunalinkin avulla. MIDletit, kuten mitkä tahansa ohjelmat, ovat alttiita laittomalle kopioinnille. Tämä diplomityö kuvaa menetelmiä, joilla laiton kopiointi voidaan estää. Yksi esimerkki on OMA™ DRM standardi. Diplomityö kuvaa myös kuinka kopiointisuojaus voidaan yhdistää olemassa oleviin asennusmenetelmiin. Java sovelluksia, MIDlettejä, käytetään yhä erilaisimpiin tarkoituksiin jolloin tarvitaan myös uusia asennusmenetelmiä. Yksi tällainen menetelmä on asentaminen erillisistä laitteista. Diplomityö kuvaa useita menetelmiä asentamiseen erillisistä laitteista. Käsitellyr menetelmät pohjautuvat Bluetooth teknologiaan ja yhtä lukuun ottamatta perustuvat standardin määrittelemiin Bluetooth profiileihin File Transfer Profile, Personal Area Networking Profile ja Object Push Profile. Toinen asennustapa on sovellusten edelleen lähettäminen toiseen puhelimeen. Diplomityö kuvaa kuinka OMA DRM standardi voidaan yhdistää tällaisen asennuksen ja ehdottaa kahta vaihtoehtoista menetelmää. Yksi perustuu Bluetoothin Object Push Profiiliin ja toinen Infrapunalinkin käyttöön. Toinen perustuu multimediaviestiin ja sähköpostiin.