Targeting a complex transcriptome: The construction of the mouse full-length cDNA encyclopedia

We report the construction of the mouse full-length cDNA encyclopedia, the most extensive view of a complex transcriptome, on the basis of preparing and sequencing 246 libraries. Before cloning, cDNAs were enriched in full-length by Cap-Trapper, and in most cases, aggressively subtracted/normalized. We have produced 1,442,236 successful 3'-end sequences clustered into 171,144 groups, from which 60,770 clones were fully sequenced cDNAs annotated in the FANTOM-2 annotation. We have also produced 547,149 5' end reads, which clustered into 124,258 groups. Altogether, these cDNAs were further grouped in 70,000 transcriptional units (TU), which represent the best coverage of a transcriptome so far. By monitoring the extent of normalization/subtraction, we define the tentative equivalent coverage (TEC), which was estimated to be equivalent to >12,000,000 ESTs derived from standard libraries. High coverage explains discrepancies between the very large. numbers of clusters (and TUs) of this project, which also include non-protein-coding RNAs, and the lower gene number estimation of genome annotations. Altogether, S'-end clusters identify regions that are potential promoters for 8637 known genes and S'-end clusters suggest the presence of almost 63,000 transcriptional starting points. An estimate of the frequency of polyadenylation signals suggests that at least half of the singletons in the EST set represent real mRNAs. Clones accounting for about half of the predicted TUs await further sequencing. The continued high-discovery rate suggests that the task of transcriptome discovery is not yet complete.

Development and evaluation of an automated annotation pipeline and cDNA annotation system

Manual curation has long been held to be the gold standard for functional annotation of DNA sequence. Our experience with the annotation of more than 20,000 full-length cDNA sequences revealed problems with this approach, including inaccurate and inconsistent assignment of gene names, as well as many good assignments that were difficult to reproduce using only computational methods. For the FANTOM2 annotation of more than 60,000 cDNA clones, we developed a number of methods and tools to circumvent some of these problems, including an automated annotation pipeline that provides high-quality preliminary annotation for each sequence by introducing an uninformative filter that eliminates uninformative annotations, controlled vocabularies to accurately reflect both the functional assignments and the evidence supporting them, and a highly refined, Web-based manual annotation tool that allows users to view a wide array of sequence analyses and to assign gene names and putative functions using a consistent nomenclature. The ultimate utility of our approach is reflected in the low rate of reassignment of automated assignments by manual curation. Based on these results, we propose a new standard for large-scale annotation, in which the initial automated annotations are manually investigated and then computational methods are iteratively modified and improved based on the results of manual curation.

Continued discovery of transcriptional units expressed in cells of the mouse mononuclear phagocyte lineage

The current RIKEN transcript set represents a significant proportion of the mouse transcriptome but transcripts expressed in the innate and acquired immune systems are poorly represented. In the present study we have assessed the complexity of the transcriptome expressed in mouse macrophages before and after treatment with lipopolysaccharide, a global regulator of macrophage gene expression, using existing RIKEN 19K arrays. By comparison to array profiles of other cells and tissues, we identify a large set of macrophage-enriched genes, many of which have obvious functions in endocytosis and phagocytosis. In addition, a significant number of LPS-inducible genes were identified. The data suggest that macrophages are a complex source of mRNA for transcriptome studies. To assess complexity and identify additional macrophage expressed genes, cDNA libraries were created from purified populations of macrophage and dendritic cells, a functionally related cell type. Sequence analysis revealed a high incidence of novel mRNAs within these cDNA libraries. These studies provide insights into the depths of transcriptional complexity still untapped amongst products of inducible genes, and identify macrophage and dendritic cell populations as a starting point for sampling the inducible mammalian transcriptome.

C&T NO MEIO RURAL: A divulgação de Ciência e Tecnologia no programa televisivo Caminhos da Roça

Esta pesquisa examina o discurso de um programa televisivo regional brasileiro de canal aberto para identificar qual é a linguagem utilizada na abordagem de assuntos de Ciência e Tecnologia. O corpus compõe-se de um recorte baseado nas exibições do ano de 2006 do programa televisivo Caminhos da Roça - criado e exibido desde 2002 pela EPTV Ribeirão (Empresas Pioneiras de Televisão) afiliada da Rede Globo em Ribeirão Preto/SP. A proposta foi analisar, em relação ao formato, à linguagem e aos conteúdos as matérias jornalísticas que tratam especificamente de assuntos de ciência e/ou tecnologia voltadas para o agronegócio e que tenham mostrado algum contato entre pesquisador e cidadão do campo. Este trabalho, de natureza qualitativa, empregou a metodologia de Análise de Discurso de linha Francesa (AD) e identificou C&T como um assunto bastante presente no Caminhos da Roça. Constatou-se ainda que, embora haja muita divulgação de C&T não há um padrão de aprofundamento desses assuntos e que a abordagem varia de edição para edição, além da ciência ser mostrada em forma de tecnologia que se aplica ao campo. A linguagem empregada pelo Caminhos da Roça para o tratamento de assuntos de Ciência e Tecnologia é, predominantemente clara e simplificada e o discurso mais encontrado se define como uma mescla entre o tecnológico, o informativo e o pedagógico.(AU)

A INFLUÊNCIA DAS PRÁTICAS PEDAGÓGICAS DOCENTES E DAS BARREIRAS DISCENTES SOBRE O DESENVOLVIMENTO DA CRIATIVIDADE DO FUTURO ADMINISTRADOR

As empresas que almejam garantir e melhorar sua posição dentro de em um mercado cada vez mais competitivo precisam estar sempre atualizadas e em constante evolução. Na busca contínua por essa evolução, investem em projetos de Pesquisa & Desenvolvimento (P&D) e em seu capital humano para promover a criatividade e a inovação organizacional. As pessoas têm papel fundamental no desenvolvimento da inovação, mas para que isso possa florescer de forma constante é preciso comprometimento e criatividade para a geração de ideias. Criatividade é pensar o novo; inovação é fazer acontecer. Porém, encontrar pessoas com essas qualidades nem sempre é tarefa fácil e muitas vezes é preciso estimular essas habilidades e características para que se tornem efetivamente criativas. Os cursos de graduação podem ser uma importante ferramenta para trabalhar esses aspectos, características e habilidades, usando métodos e práticas de ensino que auxiliem no desenvolvimento da criatividade, pois o ambiente ensino-aprendizagem pesa significativamente na formação das pessoas. O objetivo deste estudo é de identificar quais fatores têm maior influência sobre o desenvolvimento da criatividade em um curso de graduação em administração, analisando a influência das práticas pedagógicas dos docentes e as barreiras internas dos discentes. O referencial teórico se baseia principalmente nos trabalhos de Alencar, Fleith, Torrance e Wechsler. A pesquisa transversal de abordagem quantitativa teve como público-alvo os alunos do curso de Administração de uma universidade confessional da Grande São Paulo, que responderam 465 questionários compostos de três escalas. Para as práticas docentes foi adaptada a escala de Práticas Docentes em relação à Criatividade. Para as barreiras internas foi adaptada a escala de Barreiras da Criatividade Pessoal. Para a análise da percepção do desenvolvimento da criatividade foi construída e validada uma escala baseada no referencial de características de uma pessoa criativa. As análises estatísticas descritivas e fatoriais exploratórias foram realizadas no software Statistical Package for the Social Sciences (SPSS), enquanto as análises fatoriais confirmatórias e a mensuração da influência das práticas pedagógicas e das barreiras internas sobre a percepção do desenvolvimento da criatividade foram realizadas por modelagem de equação estrutural utilizando o algoritmo Partial Least Squares (PLS), no software Smart PLS 2.0. Os resultados apontaram que as práticas pedagógicas e as barreiras internas dos discentes explicam 40% da percepção de desenvolvimento da criatividade, sendo as práticas pedagógicas que exercem maior influencia. A pesquisa também apontou que o tipo de temática e o período em que o aluno está cursando não têm influência sobre nenhum dos três construtos, somente o professor influencia as práticas pedagógicas.

ANALISANDO A RELAÇÃO DOS VOLUMES DE EXPORTAÇÃO E DE IMPORTAÇÃO, PIB, TAXAS DE CÂMBIO E INFLAÇÃO NO PERÍODO DE 2004 A 2014. SÃO BERNARDO DO CAMPO 2015

As empresas que almejam garantir e melhorar sua posição dentro de em um mercado cada vez mais competitivo precisam estar sempre atualizadas e em constante evolução. Na busca contínua por essa evolução, investem em projetos de Pesquisa & Desenvolvimento (P&D) e em seu capital humano para promover a criatividade e a inovação organizacional. As pessoas têm papel fundamental no desenvolvimento da inovação, mas para que isso possa florescer de forma constante é preciso comprometimento e criatividade para a geração de ideias. Criatividade é pensar o novo; inovação é fazer acontecer. Porém, encontrar pessoas com essas qualidades nem sempre é tarefa fácil e muitas vezes é preciso estimular essas habilidades e características para que se tornem efetivamente criativas. Os cursos de graduação podem ser uma importante ferramenta para trabalhar esses aspectos, características e habilidades, usando métodos e práticas de ensino que auxiliem no desenvolvimento da criatividade, pois o ambiente ensino-aprendizagem pesa significativamente na formação das pessoas. O objetivo deste estudo é de identificar quais fatores têm maior influência sobre o desenvolvimento da criatividade em um curso de graduação em administração, analisando a influência das práticas pedagógicas dos docentes e as barreiras internas dos discentes. O referencial teórico se baseia principalmente nos trabalhos de Alencar, Fleith, Torrance e Wechsler. A pesquisa transversal de abordagem quantitativa teve como público-alvo os alunos do curso de Administração de uma universidade confessional da Grande São Paulo, que responderam 465 questionários compostos de três escalas. Para as práticas docentes foi adaptada a escala de Práticas Docentes em relação à Criatividade. Para as barreiras internas foi adaptada a escala de Barreiras da Criatividade Pessoal. Para a análise da percepção do desenvolvimento da criatividade foi construída e validada uma escala baseada no referencial de características de uma pessoa criativa. As análises estatísticas descritivas e fatoriais exploratórias foram realizadas no software Statistical Package for the Social Sciences (SPSS), enquanto as análises fatoriais confirmatórias e a mensuração da influência das práticas pedagógicas e das barreiras internas sobre a percepção do desenvolvimento da criatividade foram realizadas por modelagem de equação estrutural utilizando o algoritmo Partial Least Squares (PLS), no software Smart PLS 2.0. Os resultados apontaram que as práticas pedagógicas e as barreiras internas dos discentes explicam 40% da percepção de desenvolvimento da criatividade, sendo as práticas pedagógicas que exercem maior influencia. A pesquisa também apontou que o tipo de temática e o período em que o aluno está cursando não têm influência sobre nenhum dos três construtos, somente o professor influencia as práticas pedagógicas.

Minimum Description Length Principle in Discriminating Marginal Distributions

2010 Mathematics Subject Classification: 94A17, 62B10, 62F03.

A felhő alapú számítástechnika használata a köz- és üzleti szférában

A felhőalapú számítástechnika lényege, hogy a felhasználónak nem szükséges komoly, szervezeten belüli informatikai infrastruktúrával rendelkeznie. Az ilyen, az internetről érkező szolgáltatásoknak persze több más szempont alapján is csoportosítható jellemzője lehet. A köz- és üzleti szféra számára költségcsökkentést, adatvédelmet, hatékonyságnövekedést és szervezetikultúra-változást, versenyképesség-növekedést jelent. A technológia elterjedését hátráltató tényezők technikai és humán eredetűek lehetnek. A felhőalapú technológia használatának gyakorisága az Európai Unióban országonként és méretkategóriánként eltérő az üzleti szférában. A magyar közszférában számos új szolgáltatás érhető el napjainkban.

A magyar közigazgatást kutatók tudományok láthatósága

Az alábbi cikkben a szerzők bemutatják a tudománymetria fogalmát, a tudományos teljesítmény mérőeszközeinek típusait, a tudományos láthatóságot biztosító eszközöket és a tudományos publikációk keresésének a módját. Továbbá megismerhetjük a magyar közigazgatással foglalkozó kutatók publikációinak számszerűsített mennyiségét, minőségét és hatását. Részletes ismertetésre kerül a korszerű kutatói közösségi médiák, Open Journal System és a repozitórium használata, ami együttesen javíthatja a kutatók tudományos láthatóságát.

Innovatív e-egészségügyi megoldások – A jövő internetes technológiái a távmonitoringozásban

Az egészségügyi szektor, különösen a közép- és kelet-európai országokban számos kihívással küzd; a képzett munkaerő elvándorol, a társadalom gyorsan öregszik, a finanszírozás nehézkes. Emiatt központi szerephez jut a prevenció és a páciensek egészségügyi állapotának monitorozása. Az e-egészségügy kiemelt fejlesztési területe a 2015-ös Egészségügyi Ágazati Stratégiának is. Ezeket a feladatokat a jövő internetes technológiái (Future Internet Solutions) nagymértékben támogathatják, jelentősen kitágítva a hagyományos kezelés határait. Olyan új, innovatív megoldások jelennek meg az egészségügyben, mint a betegek távmonitorozása az infokommunikációs eszközök által kínált költséghatékony infrastruktúra igénybevételével. Ez a cikk az e-egészségügyi megoldások kihívásait, környezetét elemzi jogi, biztonsági, gazdasági, társadalmi szempontból, valamint röviden bemutatunk egy a jövő internetes technológiájára építő tudásalapú, távmonitorozó megoldást is.

First time measurements of polarization observables for the charged cascade hyperon in photoproduction

The parity violating weak decay of hyperons offers a valuable means of measuring their polarization, providing insight into the production of strange quarks and the matter they compose. Jefferson Lab's CLAS collaboration has utilized this property of hyperons, publishing the most precise polarization measurements for the Λ and Σ in both photoproduction and electroproduction to date. In contrast, cascades, which contain two strange quarks, can only be produced through indirect processes and as a result, exhibit low cross sections thus remaining experimentally elusive.^ At present, there are two aspects in cascade physics where progress has been minimal: characterizing their production mechanism, which lacks theoretical and experimental developments, and observation of the numerous excited cascade resonances that are required to exist by flavor SU(3) F symmetry. However, CLAS data were collected in 2008 with a luminosity of 68 pb−1 using a circularly polarized photon beam with energies up to 5.45 GeV, incident on a liquid hydrogen target. This dataset is, at present, the world's largest for meson photoproduction in its energy range and provides a unique opportunity to study cascade physics with polarization measurements.^ The current analysis explores hyperon production through the γ p → K+K +Ξ− reaction by providing the first ever determination of spin observables P, Cx and Cz for the cascade. Three of our primary goals are to test the only cascade photoproduction model in existence, examine the underlying processes that give rise to hyperon polarization, and to stimulate future theoretical developments while providing constraints for their parameters. Our research is part of a broader program to understand the production of strange quarks and hadrons with strangeness. The remainder of this document discusses the motivation behind such research, the method of data collection, details of their analysis, and the significance of our results.^

Trabajo inmaterial, competencias sociales y estereotipos de género. Call centers : Buscando la mejor "sonrisa telefónica"

Fil: Del Bono, Andrea. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Humanidades y Ciencias de la Educación; Argentina.

Trabajo inmaterial, competencias sociales y estereotipos de género. Call centers : Buscando la mejor "sonrisa telefónica"

Fil: Del Bono, Andrea. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Humanidades y Ciencias de la Educación; Argentina.

Trabajo inmaterial, competencias sociales y estereotipos de género. Call centers : Buscando la mejor "sonrisa telefónica"

Fil: Del Bono, Andrea. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Humanidades y Ciencias de la Educación; Argentina.