Improving Short DNA Sequence Alignment with Parallel Computing

Variations in different types of genomes have been found to be responsible for a large degree of physical diversity such as appearance and susceptibility to disease. Identification of genomic variations is difficult and can be facilitated through computational analysis of DNA sequences. Newly available technologies are able to sequence billions of DNA base pairs relatively quickly. These sequences can be used to identify variations within their specific genome but must be mapped to a reference sequence first. In order to align these sequences to a reference sequence, we require mapping algorithms that make use of approximate string matching and string indexing methods. To date, few mapping algorithms have been tailored to handle the massive amounts of output generated by newly available sequencing technologies. In otrder to handle this large amount of data, we modified the popular mapping software BWA to run in parallel using OpenMPI. Parallel BWA matches the efficiency of multithreaded BWA functions while providing efficient parallelism for BWA functions that do not currently support multithreading. Parallel BWA shows significant wall time speedup in comparison to multithreaded BWA on high-performance computing clusters, and will thus facilitate the analysis of genome sequencing data.

Étude sur l’influence du vocabulaire utilisé pour l’indexation des images en contexte de repérage multilingue

Depuis quelques années, Internet est devenu un média incontournable pour la diffusion de ressources multilingues. Cependant, les différences linguistiques constituent souvent un obstacle majeur aux échanges de documents scientifiques, culturels, pédagogiques et commerciaux. En plus de cette diversité linguistique, on constate le développement croissant de bases de données et de collections composées de différents types de documents textuels ou multimédias, ce qui complexifie également le processus de repérage documentaire. En général, on considère l’image comme « libre » au point de vue linguistique. Toutefois, l’indexation en vocabulaire contrôlé ou libre (non contrôlé) confère à l’image un statut linguistique au même titre que tout document textuel, ce qui peut avoir une incidence sur le repérage. Le but de notre recherche est de vérifier l’existence de différences entre les caractéristiques de deux approches d’indexation pour les images ordinaires représentant des objets de la vie quotidienne, en vocabulaire contrôlé et en vocabulaire libre, et entre les résultats obtenus au moment de leur repérage. Cette étude suppose que les deux approches d’indexation présentent des caractéristiques communes, mais également des différences pouvant influencer le repérage de l’image. Cette recherche permet de vérifier si l’une ou l’autre de ces approches d’indexation surclasse l’autre, en termes d’efficacité, d’efficience et de satisfaction du chercheur d’images, en contexte de repérage multilingue. Afin d’atteindre le but fixé par cette recherche, deux objectifs spécifiques sont définis : identifier les caractéristiques de chacune des deux approches d’indexation de l’image ordinaire représentant des objets de la vie quotidienne pouvant influencer le repérage, en contexte multilingue et exposer les différences sur le plan de l’efficacité, de l’efficience et de la satisfaction du chercheur d’images à repérer des images ordinaires représentant des objets de la vie quotidienne indexées à l’aide d’approches offrant des caractéristiques variées, en contexte multilingue. Trois modes de collecte des données sont employés : l’analyse des termes utilisés pour l’indexation des images, la simulation du repérage d’un ensemble d’images indexées selon chacune des formes d’indexation à l’étude réalisée auprès de soixante répondants, et le questionnaire administré aux participants pendant et après la simulation du repérage. Quatre mesures sont définies pour cette recherche : l’efficacité du repérage d’images, mesurée par le taux de succès du repérage calculé à l’aide du nombre d’images repérées; l’efficience temporelle, mesurée par le temps, en secondes, utilisé par image repérée; l’efficience humaine, mesurée par l’effort humain, en nombre de requêtes formulées par image repérée et la satisfaction du chercheur d’images, mesurée par son autoévaluation suite à chaque tâche de repérage effectuée. Cette recherche montre que sur le plan de l’indexation de l’image ordinaire représentant des objets de la vie quotidienne, les approches d’indexation étudiées diffèrent fondamentalement l’une de l’autre, sur le plan terminologique, perceptuel et structurel. En outre, l’analyse des caractéristiques des deux approches d’indexation révèle que si la langue d’indexation est modifiée, les caractéristiques varient peu au sein d’une même approche d’indexation. Finalement, cette recherche souligne que les deux approches d’indexation à l’étude offrent une performance de repérage des images ordinaires représentant des objets de la vie quotidienne différente sur le plan de l’efficacité, de l’efficience et de la satisfaction du chercheur d’images, selon l’approche et la langue utilisées pour l’indexation.

Comparison of a leukocyte esterase test with endometrial cytology for the diagnosis of subclinical endometritis and correlation with first service pregnancy rate in postpartum Holstein cows

L’objectif de la présente étude était d’évaluer un test d’estérase leucocytaire (LE) pour le diagnostic de l’endométrite subclinique chez les vaches Holstein en période postpartum. Les tests effectués à partir d’échantillons provenant soit de l’endomètre (UtLE) ou du col utérin (CxLE) ont été comparés à la cytologie endométriale (CE). Par ailleurs, deux méthodes d’évaluation des lames ont été comparées. Deux cent quatre vingt-cinq vaches Holstein de 5 troupeaux laitiers commerciaux ont été évaluées entre 21 et 47 jours en lait (JEL). Soixante sept vaches ont été diagnostiquées avec une endométrite clinique suite à un examen transrectal et vaginoscopique et ont été exclues de l’étude. Deux cent dix-huit vaches ont eu des prélèvements pour la CE et le test LE. La fonction ovarienne a été déterminée à la palpation transrectale. La banque de données utilisée pour chacune des vaches a été effectuée à partir du logiciel DSA (Dossier de Santé Animale) laitier. Le pourcentage de neutrophiles était significativement corrélé avec les scores de LE utérin et cervical. L’activité de CxLE et UtLE diminuait significativement avec les JEL, mais n’était pas associée au risque de gestation à 90 JEL (n= 186). Le pourcentage de neutrophiles mesuré à la CE entre 32 et 47 JEL était associé significativement au risque de gestation à 90 JEL (n=94, P=0.04). Pour la même période, selon une analyse de survie, les vaches avec >2,6% de neutrophiles à la CE étaient définies comme étant atteintes d’une endométrite subclinique avec une prévalence de 56%. Les résultats indiquent que le test d’estérase utérin ou cervical a une bonne concordance avec le pourcentage de neutrophiles à la CE. Une endométrite subclinique diagnostiquée par cytologie endometriale entre 32 et 47 JEL est associée à une réduction du risque de gestation au premier service.

Access to care for the poor living with chronic disease in India : an analysis of selected national health policies

Cette recherche sur les barrières à l’accès pour les pauvres atteints de maladies chroniques en Inde a trois objectifs : 1) évaluer si les buts, les objectifs, les instruments et la population visée, tels qu'ils sont formulés dans les politiques nationales actuelles de santé en Inde, permettent de répondre aux principales barrières à l’accès pour les pauvres atteints de maladies chroniques; 2) évaluer les types de leviers et les instruments identifiés par les politiques nationales de santé en Inde pour éliminer ces barrières à l’accès; 3) et évaluer si ces politiques se sont améliorées avec le temps à l’égard de l’offre de soins à la population pour les maladies chroniques et plus spécifiquement chez les pauvres. En utilisant le Framework Approach de Ritchie et Spencer (1993), une analyse qualitative de contenu a été complétée avec des politiques nationales de santé indiennes. Pour commencer, un cadre conceptuel sur les barrières à l’accès aux soins pour les pauvres atteints de maladies chroniques en Inde a été créé à partir d’une revue de la littérature scientifique. Par la suite, les politiques ont été échantillonnées en Inde en 2009. Un cadre thématique et un index ont été générés afin de construire les outils d’analyse et codifier le contenu. Finalement, les analyses ont été effectuées en utilisant cet index, en plus de chartes, de maps, d'une grille de questions et d'études de cas. L’analyse a tété effectuée en comparant les barrières à l’accès qui avaient été originalement identifiées dans le cadre thématique avec celles identifiées par l’analyse de contenu de chaque politique. Cette recherche met en évidence que les politiques nationales de santé indiennes s’attaquent à un certain nombre de barrières à l’accès pour les pauvres, notamment en ce qui a trait à l’amélioration des services de santé dans le secteur public, l’amélioration des connaissances de la population et l’augmentation de certaines interventions sur les maladies chroniques. D’un autre côté, les barrières à l’accès reliées aux coûts du traitement des maladies chroniques, le fait que les soins de santé primaires ne soient pas abordables pour beaucoup d’individus et la capacité des gens de payer sont, parmi les barrières à l'accès identifiées dans le cadre thématique, celles qui ont reçu le moins d’attention. De plus, lorsque l’on observe le temps de formulation de chaque politique, il semble que les efforts pour augmenter les interventions et l’offre de soins pour les maladies chroniques physiques soient plus récents. De plus, les pauvres ne sont pas ciblés par les actions reliées aux maladies chroniques. Le risque de les marginaliser davantage est important avec la transition économique, démographique et épidémiologique qui transforme actuellement le pays et la demande des services de santé.

Diversité fonctionnelle du facteur de transcription Tbx5 dans le coeur

Le cœur des vertébrés est un organe modulaire qui requiert le " patterning " complexe des champs morphogénétiques cardiogènes et la convergence coordonnée des diverses sous-populations de progéniteurs cardiogéniques. Au moins 7 facteurs de transcription de la famille T-box coopèrent au sein de ces nombreuses sous-populations de progéniteurs cardiogéniques afin de réguler la morphogenèse et l’agencement de multiples structures le long de l’ébauche cardiaque, ce qui explique que les mutations humaines de ces gènes engendrent diverses malformations congénitales cardiaques (MCCs). L’un de ces gènes T-box, Tbx5, dont l’haploinsuffisance génère le syndrome de Holt-Oram (SHO), intervient dans une grande variété de réseaux de régulation géniques (RRGs) qui orchestrent la morphogenèse des oreillettes, du ventricule gauche, de la valve mitrale, des septums inter-auriculaire et inter-ventriculaire, ainsi que du système de conduction cardiaque. La diversité des RRGs impliqués dans la formation de ces structures cardiaques suggère que Tbx5 détient une profusion de fonctions qui ne seront identifiables qu’en répertoriant ses activités moléculaires dans chaque lignée cardiaque examinée isolément. Afin d’aborder cette problématique, une ablation génétique de Tbx5 dans l’endocarde a été réalisée. Cette expérience a démontré le rôle crucial de Tbx5 dans la survie des cellules endocardiques bordant le septum primum et des cardiomyocytes au sein de cette structure embryonnaire qui contribuera à la morphogenèse du septum inter-auriculaire. En outre, cette étude a révélé l’existence d’une communication croisée entre la sous-population de cellules endocardiques Tbx5+ et le myocarde au niveau du septum primum, afin d’assurer la survie des cardiomyocytes, et ultimement de garantir la maturation du septum inter-auriculaire. Nos résultats confirment aussi l’importance de l’interdépendance génétique (Tbx5 et Gata4 ainsi que Tbx5 et Nos3) entre différents loci dans la morphogenèse de la cloison inter-auriculaire, et particulièrement de l’influence que peut avoir l’environnement sur la pénétrance et l’expressivité des communications inter-auriculaires (CIAs) dans le SHO. En outre, puisque les fonctions d’un gène dépendent ordinairement des différents isoformes qu’il peut générer, une deuxième étude a focalisé davantage sur l’aspect transcriptionnel de Tbx5. Cette approche a mené à la découverte de 6 transcrits alternatifs exhibant des fonctions à la fois communes et divergentes. La caractérisation de 2 de ces isoformes a révélé le rôle de l’isoforme long (Tbx5_v1) dans la régulation de la croissance des cardiomyocytes durant la cardiogénèse, tandis que l’isoforme court (Tbx5_v2), préférentiellement exprimé dans le cœur mature, réprime la croissance cellulaire. Il est donc entièrement concevable que les mutations de TBX5 entraînant une troncation de la région C-terminale accroissent la concentration d’une protéine mutée qui, à l’instar de Tbx5_v2, interfère avec la croissance de certaines structures cardiaques. En revanche, la divergence de fonctions de ces isoformes, caractérisée par les disparités de localisation subcellulaire et de d’interaction avec d’autres cofacteurs cardiaques, suggère que les mutations affectant davantage un isoforme favoriseraient l’émergence d’un type particulier de MCC. Finalement, un dernier objectif était d’identifier le ou les mécanisme(s) moléculaire(s) par le(s)quel(s) Tbx5 régule son principal gène cible, Nppa, et d’en extraire les indices qui éclairciraient sa fonction transcriptionnelle. Cet objectif nécessitait dans un premier lieu d’identifier les différents modules cis-régulateurs (MCRs) coordonnant la régulation transcriptionnelle de Nppa et Nppb, deux gènes natriurétiques dont l’organisation en tandem et le profil d’expression durant la cardiogénèse sont conservés dans la majorité des vertébrés. L’approche d’empreinte phylogénétique employée pour scanner le locus Nppb/Nppa a permis d’identifier trois MCRs conservés entre diverses espèces de mammifères, dont un (US3) est spécifique aux euthériens. Cette étude a corroboré que la régulation de l’expression du tandem génique Nppb/Nppa requérait l’activité transcriptionnelle d’enhancers en complément aux promoteurs de Nppa et Nppb. La concordance quasiment parfaite entre les profils d’expression de Tbx5 et de ces deux gènes natriurétiques chez les mammifères, suggère que le gradient d’expression ventriculaire de Tbx5 est interprété par le recrutement de ce facteur au niveau des différents enhancers identifiés. En somme, les études présentées dans cette thèse ont permis de clarifier la profusion de fonctions cardiaques que possède Tbx5. Certaines de ces fonctions émanent de l’épissage alternatif de Tbx5, qui favorise la synthèse d’isoformes dotés de propriétés spécifiques. Les diverses interactions combinatoires entre ces isoformes et d’autres facteurs cardiaques au sein des diverses sous-populations de progéniteurs cardiogènes contribuent à l’émergence de RRGs cardiaques divergents.

Élaboration d'un corpus étalon pour l'évaluation d'extracteurs de termes

Ce travail porte sur la construction d’un corpus étalon pour l’évaluation automatisée des extracteurs de termes. Ces programmes informatiques, conçus pour extraire automatiquement les termes contenus dans un corpus, sont utilisés dans différentes applications, telles que la terminographie, la traduction, la recherche d’information, l’indexation, etc. Ainsi, leur évaluation doit être faite en fonction d’une application précise. Une façon d’évaluer les extracteurs consiste à annoter toutes les occurrences des termes dans un corpus, ce qui nécessite un protocole de repérage et de découpage des unités terminologiques. À notre connaissance, il n’existe pas de corpus annoté bien documenté pour l’évaluation des extracteurs. Ce travail vise à construire un tel corpus et à décrire les problèmes qui doivent être abordés pour y parvenir. Le corpus étalon que nous proposons est un corpus entièrement annoté, construit en fonction d’une application précise, à savoir la compilation d’un dictionnaire spécialisé de la mécanique automobile. Ce corpus rend compte de la variété des réalisations des termes en contexte. Les termes sont sélectionnés en fonction de critères précis liés à l’application, ainsi qu’à certaines propriétés formelles, linguistiques et conceptuelles des termes et des variantes terminologiques. Pour évaluer un extracteur au moyen de ce corpus, il suffit d’extraire toutes les unités terminologiques du corpus et de comparer, au moyen de métriques, cette liste à la sortie de l’extracteur. On peut aussi créer une liste de référence sur mesure en extrayant des sous-ensembles de termes en fonction de différents critères. Ce travail permet une évaluation automatique des extracteurs qui tient compte du rôle de l’application. Cette évaluation étant reproductible, elle peut servir non seulement à mesurer la qualité d’un extracteur, mais à comparer différents extracteurs et à améliorer les techniques d’extraction.

A Document Browsing Tool Based on Book Indexes

This research project is a contribution to the global field of information retrieval, specifically, to develop tools to enable information access in digital documents. We recognize the need to provide the user with flexible access to the contents of large, potentially complex digital documents, with means other than a search function or a handful of metadata elements. The goal is to produce a text browsing tool offering a maximum of information based on a fairly superficial linguistic analysis. We are concerned with a type of extensive single-document indexing, and not indexing by a set of keywords (see Klement, 2002, for a clear distinction between the two). The desired browsing tool would not only give at a glance the main topics discussed in the document, but would also present relationships between these topics. It would also give direct access to the text (via hypertext links to specific passages). The present paper, after reviewing previous research on this and similar topics, discusses the methodology and the main characteristics of a prototype we have devised. Experimental results are presented, as well as an analysis of remaining hurdles and potential applications.

Analyse documentaire en milieu universitaire : deux approches générales comparées

Ce mémoire porte sur l’analyse documentaire en milieu universitaire. Deux approches générales sont d’abord étudiées : l’approche centrée sur le document (premier chapitre), prédominante dans la tradition bibliothéconomique, et l’approche centrée sur l’usager (deuxième chapitre), influencée par le développement d’outils le plus souvent associés au Web 2.0. L’opposition entre ces deux démarches reflète une dichotomie qui se trouve au cœur de la notion de sujet, c’est-à-dire les dimensions objective et subjective du sujet. Ce mémoire prend par conséquent la forme d’une dissertation dont l’avantage principal est de considérer à la fois d’importants acquis qui appartiennent à la tradition bibliothéconomique, à la fois des développements plus récents ayant un impact important sur l’évolution de l’analyse documentaire en milieu universitaire. Notre hypothèse est que ces deux tendances générales doivent être mises en relief afin d’approfondir la problématique de l’appariement, laquelle définit la difficulté d’accorder le vocabulaire qu’utilise l’usager dans ses recherches documentaires avec celui issu de l’analyse documentaire (métadonnées sujet). Dans le troisième chapitre, nous examinons certaines particularités liées à l’utilisation de la documentation en milieu universitaire dans le but de repérer certaines possibilités et certaines exigences de l’analyse documentaire dans un tel milieu. À partir d’éléments basés sur l’analyse des domaines d’études et sur la démarche analytico-synthétique, il s’agit d’accentuer l’interaction potentielle entre usagers et analystes documentaires sur le plan du vocabulaire utilisé de part et d’autre.

Relating Dependent Terms in Information Retrieval

Les moteurs de recherche font partie de notre vie quotidienne. Actuellement, plus d’un tiers de la population mondiale utilise l’Internet. Les moteurs de recherche leur permettent de trouver rapidement les informations ou les produits qu'ils veulent. La recherche d'information (IR) est le fondement de moteurs de recherche modernes. Les approches traditionnelles de recherche d'information supposent que les termes d'indexation sont indépendants. Pourtant, les termes qui apparaissent dans le même contexte sont souvent dépendants. L’absence de la prise en compte de ces dépendances est une des causes de l’introduction de bruit dans le résultat (résultat non pertinents). Certaines études ont proposé d’intégrer certains types de dépendance, tels que la proximité, la cooccurrence, la contiguïté et de la dépendance grammaticale. Dans la plupart des cas, les modèles de dépendance sont construits séparément et ensuite combinés avec le modèle traditionnel de mots avec une importance constante. Par conséquent, ils ne peuvent pas capturer correctement la dépendance variable et la force de dépendance. Par exemple, la dépendance entre les mots adjacents "Black Friday" est plus importante que celle entre les mots "road constructions". Dans cette thèse, nous étudions différentes approches pour capturer les relations des termes et de leurs forces de dépendance. Nous avons proposé des méthodes suivantes: ─ Nous réexaminons l'approche de combinaison en utilisant différentes unités d'indexation pour la RI monolingue en chinois et la RI translinguistique entre anglais et chinois. En plus d’utiliser des mots, nous étudions la possibilité d'utiliser bi-gramme et uni-gramme comme unité de traduction pour le chinois. Plusieurs modèles de traduction sont construits pour traduire des mots anglais en uni-grammes, bi-grammes et mots chinois avec un corpus parallèle. Une requête en anglais est ensuite traduite de plusieurs façons, et un score classement est produit avec chaque traduction. Le score final de classement combine tous ces types de traduction. Nous considérons la dépendance entre les termes en utilisant la théorie d’évidence de Dempster-Shafer. Une occurrence d'un fragment de texte (de plusieurs mots) dans un document est considérée comme représentant l'ensemble de tous les termes constituants. La probabilité est assignée à un tel ensemble de termes plutôt qu’a chaque terme individuel. Au moment d’évaluation de requête, cette probabilité est redistribuée aux termes de la requête si ces derniers sont différents. Cette approche nous permet d'intégrer les relations de dépendance entre les termes. Nous proposons un modèle discriminant pour intégrer les différentes types de dépendance selon leur force et leur utilité pour la RI. Notamment, nous considérons la dépendance de contiguïté et de cooccurrence à de différentes distances, c’est-à-dire les bi-grammes et les paires de termes dans une fenêtre de 2, 4, 8 et 16 mots. Le poids d’un bi-gramme ou d’une paire de termes dépendants est déterminé selon un ensemble des caractères, en utilisant la régression SVM. Toutes les méthodes proposées sont évaluées sur plusieurs collections en anglais et/ou chinois, et les résultats expérimentaux montrent que ces méthodes produisent des améliorations substantielles sur l'état de l'art.

Development of Shape Descriptors Based on Legendre Polynomials and Content-Based Retrieval of Scoliosis Images

The wealth of information available freely on the web and medical image databases poses a major problem for the end users: how to find the information needed? Content –Based Image Retrieval is the obvious solution.A standard called MPEG-7 was evolved to address the interoperability issues of content-based search.The work presented in this thesis mainly concentrates on developing new shape descriptors and a framework for content – based retrieval of scoliosis images.New region-based and contour based shape descriptor is developed based on orthogonal Legendre polymomials.A novel system for indexing and retrieval of digital spine radiographs with scoliosis is presented.

Potential public health significance of faecal contamination and multidrug-resistant Escherichia coli and Salmonella serotypes in a lake in India

To assess the prevalence of faecal coliform bacteria and multiple drug resistance among Escherichia coli and Salmonella serotypes from Vembanadu Lake. Study design: Systematic microbiological testing. Methods: Monthly collection of water samples were made from ten stations on the southern and northern parts of a salt water regulator constructed in Vembanadu Lake in order to prevent incursion of seawater during certain periods of the year. Density of faecal colifrom bacteria was estimated. E. coli and Salmonella were isolated and their different serotypes were identified. Antibiotic resistance analysis of E. coli and Salmonella serotypes was done and the MAR index of individual isolates was calculated. Results: Density of faecal coliform bacteria ranged from mean MPN value 2900 -7100/100ml. Results showed multiple drug resistance pattern among the bacterial isolates. E. coli showed more than 50% resistance to amickacin, oxytetracycline, streptomycin, tetracycline and kanamycin while Salmonella showed high resistance to oxytetracycline, streptomycin, tetracycline and ampicillin. The MAR indexing of the isolates showed that they have originated from high risk source such as humans, poultry and dairy cows. Conclusions: The high density of faecal coliform bacteria and prevalence of multi drug resistant E. coli and Salmonella serotypes in the lake may pose severe public health risk through related water borne and food borne outbreaks

Risk Assessment of Rooftop- Collected Rainwater for Individual Household and Community Use in Central Kerala, India

Water quality of rooftop-collected rainwater is an issue of increased interest particularly in developing countries where the collected water is used as a source of drinking water. Bacteriological and chemical parameters of 25 samples of rooftop-harvested rainwater stored in ferrocement tanks were analyzed in the study described in this article. Except for the pH and lower dissolved oxygen levels, all other physicochemical parameters were within World Health Organization guidelines. Bacteriological results revealed that the rooftop-harvested rainwater stored in tanks does not often meet the bacteriological quality standards prescribed for drinking water. Fifty percent of samples of harvested rainwater for rural and urban community use and 20% of the samples for individual household use showed the presence of E. coli. Fecal coliform/fecal streptococci ratios revealed nonhuman animal sources of fecal pollution. Risk assessment of bacterial isolates from the harvested rainwater showed high resistance to ampicillin, erythromycin, penicillin, and vancomycin. Multiple antibiotic resistance (MAR) indexing of the isolates and elucidation of the resistance patterns revealed that 73% of the isolates exhibited MAR

Multiple antibiotic resistance profiles of various Escherichia coli serotypes isolated from Cochin Estuary

A total of eighty-one Escherichia coli isolates belonging to forty-three different serotypes including several pathogenic strains such as enterotoxigenic E. coli (ETEC), enterohaemorrhagic E. coli (EHEC), enteropathogenic E. coli (EPEC) and uropathogenic E. coli (UPEC) isolated from Cochin estuary between November 2001 and October 2002 were tested against twelve antibiotics to determine the prevalence of multiple antibiotic resistance (MAR) and antimicrobial resistance profiles as a measure of high risk source of contamination. The results revealed that more than 95% of the isolates were multiple antibiotic resistant (resistant to more than three antibiotics). The MAR indexing of the isolates showed that all these strains originated from high risk source of contamination. The incidence of multiple antibiotic resistant E. coli especially the pathogenic strains in natural waters will pose a serious threat to human population

Prevalence of multi drug resistant Escherichia coli serotypes in a tropical estuary,India

A toatal of 81 Escherichia coliisolates belonging to 43 different serotypes including several pathogenic strains such as enterotoxigenic E.coli isolated from a tropical estuary were tested against 12 antibiotics to determine the prevelance of multiple antibiotic resistance, antimicrobial resistance profiles and also to find out high risk source of contamination by MAR indexing.

Prevalence and Antibiotic sensitivity of Escherichia coli in Extensive Brackish water Aquaculture Ponds

Prevalence and antibiotic resistance of Escherichia coli in the water and sediment samples of brackish water aquaculture ponds adjacent to Cochin backwaters was analysed. More than 50% of the water samples and more than 80% of sediment samples from all the sampling stations were tested positive for £. coli. Risk assessment of the E. coli strains was carried out using multiple antibiotic resistance (MAR) indexing. Majority of the strains were found to be multiple antibiotic resistant suggesting their origin from high risk sources of contamination such as human where antibiotics are frequently used. While none of the £. coli strains were resistant against amikacin, chloramphenicol, streptomycin and trimethoprim, considerable levels of resistance was encountered against ampicillin, erythromycin, penicillin G and vancomycin. High prevalence of £. coli in the water and sediment samples of this extensive brackish water ponds indicates high degree of faecal pollution of this environment. The high risk nature of the strains warrants efficient post harvest and processing measures to avoid health risk to consumers