Profile of micronucleus frequencies and nuclear abnormalities in different species of electric fishes (Gymnotiformes) from the Eastern Amazon

The frequency of spontaneous micronucleus (MN) formation in fish species needs to be determined to evaluate their usefulness for genotoxic biomonitoring. The definition of a good bioindicator takes into account the current knowledge of its metabolic traits as well as other factors including its feeding behavior and relationship to the environment. In this study, we compared the basal frequencies of micronucleated erythrocytes and nuclear abnormalities (NA) among different species of the fish Order Gymnotiformes (Rhamphichthys marmoratus, Steatogenys elegans, Sternopygus macrurus, Parapteronotus hasemani, Gymnotus mamiraua, Gymnotus arapaima, Brachyhypopomus beebei, Brachyhypopomus n. sp. BENN) sampled in several localities of the Eastern Amazon. A baseline of MN and NA frequency in these fish was determined, enabling the identification of potentially useful species as models for genotoxicity studies. Only one impacted sample collected at a site in the River Caripetuba showed a significant number of NAs, which may be due to the release of wastewater by neighbouring mining industries and by the burnt fuel released by the small boats used by a local community. Our results may provide support for further studies in areas of the Eastern Amazon affected by mining, deforestation and other anthropogenic activities.

Allelic frequencies and statistical data obtained from 12 codis STR loci in an admixed population of the Brazilian Amazon

The allelic frequencies of 12 short tandem repeat loci were obtained from a sample of 307 unrelated individuals living in Macapá, a city in the northern Amazon region, Brazil. These loci are the most commonly used in forensics and paternity testing. Based on the allele frequency obtained for the population of Macapá, we estimated an interethnic admixture for the three parental groups (European, Native American and African) of, respectively, 46%, 35% and 19%. Comparing these allele frequencies with those of other Brazilian populations and of the Iberian Peninsula population, no significant distances were observed. The interpopulation genetic distances (F_ST coefficients) to the present database ranged from F_ST = 0.0016 between Macapá and Belém to F_ST = 0.0036 between Macapá and the Iberian Peninsula.

Molecular analysis of three FUT3 gene single nucleotide polymorphisms and their relationship with the lewis erythrocytary phenotype in a human population of japanese-ancestry living in Tomé Açu, a town in the Brazilian Amazon

The Lewis blood group system involves two major antigens, Le^a and Le^b. Their antigenic determinants are not primary gene products but are synthesized by the transfer of sugar subunits to a precursory chain by a specific enzyme which is the product of the FUT3 gene (Lewis gene). The presence of three FUT3 gene single nucleotide polymorphisms (SNPs) (59T > G; 508G > A and 1067T > A) was related to the Lewis phenotype of erythrocytes from 185 individuals of Japanese ancestry living in the town of Tomé-Açu in the Brazilian Amazon region. This relationship was detected using a serological hemagglutination test and the Dot-ELISA assay along with the molecular technique PCR-RFLP. We found that the three SNPs investigated in this study only accounted for a proportion of the Lewis-negative phenotype of the erythrocytes.

Prevalence of hereditary risk factors for thrombophilia in Belém, Brazilian Amazon

Different risk factors for venous thromboembolism (VTE) have been identified, including hereditary abnormalities in the mechanisms of coagulation and fibrinolysis. We investigated five genetic polymorphisms (FVL G1691A, FII G20210A, MTHFR C677T, TAFI A152G and TAFI T1053C) associated with VTE in individuals from the city of Belém in the Brazilian Amazon who had no history of VTE. No significant difference was found between the observed and expected genotype frequencies for the loci analyzed. We found high frequencies of MTHFR C677T (33.9%) and TAFI T1053C (74%) and low frequencies of FVL (1.6%), FII G20210A (0.8%) and TAFI A152G (0.8%). The FVL G1691A, FII G20210A and MTHFR C677T frequencies were similar to those for European populations and populations of European descent living in the city of Ribeirão Preto in the Brazilian state of São Paulo. The frequency of the two TAFI mutations in the Belém individuals was not significantly different from that described for individuals from Ribeirão Preto. We suggest that the risks for VTE in the population of Belém are of the same magnitude as that observed in European populations and in populations with an expressive European contribution.

Collecting and evaluation of germplasm of spiked pepper from Brazilian Amazon

Piper aduncum L. é uma planta que ocorre na Amazônia Brasileira com elevado teor de óleo essencial e que apresenta propriedades biológicas utilizáveis na agricultura e saúde humana. Com o objetivo de avaliar germoplasma visando ao melhoramento genético e cultivo econômico, realizaram-se coletas (inflorescências, estacas, folhas e ramos finos) em dez municípios da Amazônia Brasileira (Manaus, Marabá, Goianésia, Moju, Belém, Santa Izabel, Americano, Bonito, Santarém Novo e Aveiro). Tomaram-se dados do ambiente, populações e de doze caracteres morfoagronômicos (número de folhas por ramo, comprimento da folha, largura da folha, circunferência do ramo mais velho, altura da planta, número de ramos ortotrópicos, número de ramos plagiotrópicos, comprimento do entrenó, número de espigas por ramo, rendimento de óleo, teor e produção de dilapiol). As inflorescências e estacas foram identificadas e encaminhadas para a UFRA em Belém-PA e, as folhas e ramos finos, para o Museu Paraense Emílio Goeldi-MPEG, para extração do óleo essencial (hidrodestilação). Utilizaram-se estimadores de média, desvio padrão, coeficiente de variação e amplitude total para estudo da variabilidade fenotípica. As matrizes prevalenceram em ambientes antropizados, solos argilosos, condições de drenagem variáveis, terrenos planos e clima Ami, como também predominaram populações definíveis pela agregação dos indivíduos, em terra alta e a pleno sol, serrapilheira, tamanho das populações e presença de plântulas no chão muito variáveis. Os caracteres de maior variabilidade foram número de ramos ortotrópicos, número de espigas por ramo, circunferência do ramo mais velho (morfológicos), teor e produção de dilapiol (agronômicos). Concluiu-se que a espécie apresenta adaptação a diferentes ambientes com relação à vegetação, solo, clima, relevo e drenagem, facilitando o cultivo e domesticação. Há variabilidade morfoagronômica favorecendo a seleção e fitomelhoramento.

High rates of undiagnosed leprosy and subclinical infection amongst school children in the Amazon Region

Leprosy in children is correlated with community-level factors, including the recent presence of disease and active foci of transmission in the community. We performed clinical and serological examinations of 1,592 randomly selected school children (SC) in a cross-sectional study of eight hyperendemic municipalities in the Brazilian Amazon Region. Sixty-three (4%) SC, with a mean age of 13.3 years (standard deviation = 2.6), were diagnosed with leprosy and 777 (48.8%) were seropositive for anti-phenolic glycolipid-I (PGL-I). Additionally, we evaluated 256 house-hold contacts (HHCs) of the students diagnosed with leprosy; 24 (9.4%) HHC were also diagnosed with leprosy and 107 (41.8%) were seropositive. The seroprevalence of anti-PGL-I was significantly higher amongst girls, students from urban areas and students from public schools (p < 0.0001). Forty-five (71.4%) new cases detected amongst SC were classified as paucibacillary and 59 (93.6%) patients did not demonstrate any degree of physical disability at diagnosis. The results of this study suggest that there is a high rate of undiagnosed leprosy and subclinical infection amongst children in the Amazon Region. The advantages of school surveys in hyperendemic areas include identifying leprosy patients at an early stage when they show no physical disabilities, preventing the spread of the infection in the community and breaking the chain of transmission.

Population structure and relative growth of the Amazon shrimp Macrobrachium amazonicum (Heller, 1862) (Decapoda: Palaemonidae) on two islands in the fluvial-estuarine plain of the Brazilian Amazon

This study aimed to describe the population structure of the Amazon shrimp Macrobrachium amazonicum, as well as their relative growth between the length of the cephalothorax and the total length, and between the length of the cephalothorax and the total mass of shrimps of a fluvial-estuarine plain in the State of Pará. Shrimps were sampled monthly from August 2006 to July 2007, using trawl nets, taking three replicates at each site (Arapiranga and Mosqueiro) per month, totaling 72 replicates. We caught 5,510 specimens, being 90.90% from Arapiranga Island and 9.1% from Mosqueiro Island. The highest densities occurred in July (1.33 individuals/m²), at the beginning of the dry season and in December (1.66 individuals/m²), at the beginning of the rainy season. The morphometric analysis for separate and grouped sexes resulted in negative and positive allometric growth. Ovigerous females were observed in all months, indicating continuous reproduction and the majority (67.81%) was caught during the less rainy season. The abundance and continuous reproduction of M. amazonicum show that this estuary offers conditions for the proper development of this population.

Karyotypic and morphological divergence between two cryptic species of Eigenmannia in the Amazon basin with a new occurrence of XX/XY sex chromosomes (Gymnotiformes: Sternopygidae)

Espécies de Eigenmannia estão amplamente distribuídas na região Neotropical, com oito espécies válidas atualmente reconhecidas. Populações de Eigenmannia de três localidades do leste da Amazônia foram investigadas usando técnicas citogenéticas e morfológicas, revelando dois táxons designados aqui comoEigenmannia sp. "A" e Eigenmannia sp. "B". As espécies diferem em três caracteres morfométricos, dois merísticos e um osteológico. Eigenmannia sp. "A" apresenta 2n = 34 (22 m/sm+12st/a) e Eigenmannia sp. "B" apresenta 2n = 38 (14 m/sm+24st/a) e cromossomos sexuais de diferenciação simples, do tipo XX/XY. Em ambas espécies a Heterocromatina Constitutiva (HC) rica em bases A-T está distribuída na região centromérica de todos os cromossomos. Eigenmannia sp. "B" também apresenta blocos de HC na região intersticial dos pares cromossômicos 8, 9 e X que coraram positivamente para CMA₃, indicando regiões ricas em G-C. A NOR está localizada no braço curto do par 17 em Eigenmannia sp. "A" e no braço curto do par 14 em Eigenmannia sp. "B". FISH com sondas de rDNA hibridizaram em regiões de tamanhos diferentes entre os homólogos, sugerindo heteromorfismo. A diferenciação do cromossomo X em Eigenmannia sp. "B" pode ser o resultado de amplificação de sequências repetitivas de DNA.

A new species of Scinax Wagler, 1830 (Anura: Hylidae) from the middle Amazon river basin, Brazil

Uma nova espécie de hilídeo do gênero Scinax é descrita e ilustrada. O novo táxon foi encontrado na Amazonia, região norte do Brasil, municípios de Maués e Careiro da Várzea, Estado do Amazonas. A nova espécie é caracterizada pelo tamanho moderado (machas com media de comprimento rostro-cloacal de 36.3mm); corpo robusto; mancha axiliar e inguinal grande, laranja bordeada de preto; e saco vocal bilobado. Essa nova espécie foi encontrada em floresta primária e secondária sobre ramos de arbustos e árvores sobre ou próximo a poças permanentes ou áreas alagadas.

Degenerative joint disease in cattle and buffaloes in the Amazon region: a retrospective study

Foi realizado um estudo retrospectivo sobre os aspectos epidemiológicos e clínico-patológicos em bovinos e búfalos com doença articular degenerativa (DAD) no estado do Pará, Brasil. Durante os anos de 1999 a 2014 foram avaliados 11 bovinos e 24 bubalinos. Todos os animais atendidos com suspeita clínica de DAD foram submetidos a exame clínico do sistema locomotor. Foram necropsiados sete bovinos e oito bubalinos com sinais clínicos da enfermidade. Os sinais clínicos comuns observados em ambas as espécies foram claudicação crônica, andar rígido, alterações posturais, crepitações audíveis no membro acometido, decúbito prolongado, dificuldade para levantar, e emagrecimento progressivo. As lesões articulares evidenciadas na necropsia consistiram em irregularidade da superfície articular, presença de erosão na cartilagem articular e no tecido ósseo subjacente, proliferação de tecido ósseo periarticular com formação de osteófitos. Tanto nos bovinos como nos bubalinos as articulações mais acometidas foram as dos membros posteriores. Nos bubalinos, possivelmente o principal fator predisponente ao surgimento de DAD foi à deficiência de fósforo, ao contrário dos bovinos, nos quais os defeitos de conformação anatômica dos membros posteriores, traumas crônicos em virtude da atividade exercida, como a coleta de sêmen e a idade avançada, foram o que, possivelmente, contribuíram para surgimento da enfermidade.

Hydromorphic Soil, Topographic Depression and Vegetation Development History by Using 13c and 14c In Rondônia State (sw Brazilian Amazon)

13C e 14C obtidos da matéria orgânica do solo foram usados para diferenciar fases de flutuação da vegetação em transição floresta-savana. A região apresenta baixos platôs com depressões topográficas imperfeitamente drenadas na superfície. Na topossequência estudada foram analisados solos de cinco perfis localizados sob floresta (F), transição floresta-savana (S1), borda da depressão sob savana (S2) e centro da depressão sob savana (S3). Os valores de 13C e idades evidenciam que a ~ 200cm de profundidade, com idades entre ~ 12.000 e 10.000 A.P., valores de -27‰ a -27,7‰ indicam vegetação de floresta (C3) em todos os perfis. Na profundidade de 100 cm, com idades entre ~ 6.000 e 5.000 A.P., houve enriquecimento de – 20,2‰ a -22,3‰, indicando regressão da floresta e expansão da savana. Valores entre -15,9 e -18,7‰ a 50-60 cm, estimado entre ~ 4.700 a 3.800 A.P., sugere máxima expansão da vegetação C4 em resposta às condições climáticas mais secas, exceto no perfil S3 com valores mais empobrecidos (-20,9‰), sugerindo que na depressão, o desenvolvimento da hidromorfia possibilitou a presença de espécies de gramíneas C3 e C4 da savana em resposta as mudanças das condições ambientais.

The AIDS epidemic in the Amazon region: a spatial case-control study in Rondonia, Brazil

OBJETIVO Analisar mudanças espaciais no risco de Aids e a relação entre incidência da doença e variáveis socioeconômicas. MÉTODOS Estudo caso-controle espacial, de base populacional, realizado em Rondônia, Brasil, com 1.780 casos notificados pelo Sistema de Vigilância Epidemiológica e os controles a partir de dados demográficos de 1987 a 2006. Os casos foram agrupados em cinco períodos de cinco anos consecutivos. Um modelo aditivo generalizado foi ajustado aos dados. O status dos indivíduos (caso ou controle) foi considerado como a variável dependente e independente: um alisamento ( spline ) bidimensional das coordenadas geográficas e variáveis socioeconômicas municipais. Os valores observados para o teste Moran I foram comparados com a distribuição de referência dos valores obtidos em condições de aleatoriedade espacial. RESULTADOS O risco de Aids apresentou padrão espacial e temporal marcado. A incidência associou-se a indicadores socioeconômicos municipais, como urbanização e capital humano. As maiores taxas de incidência de Aids ocorreram em municípios ao longo da rodovia BR-364; os resultados do teste Moran I mostram correlação espacial positiva associada à contiguidade dos municípios com a rodovia, no terceiro e quarto períodos (p = 0,05). CONCLUSÕES A incidência da doença foi maior em municípios de maior riqueza econômica e urbanização e naqueles cortados pelas estradas principais de Rondônia. O rápido desenvolvimento associado à ocupação de regiões remotas pode ser acompanhado por aumento de riscos à saúde.

Centesimal composition and physical-chemistry analysis of the edible mushroom Lentinus strigosus occurring in the Brazilian Amazon

Avaliou-se a composição centesimal e análise físico-química do Lentinus strigosus, um cogumelo comestível de ocorrência na Amazônia brasileira, produzidos em substratos alternativos à base de resíduos madeireiros e agroindustriais. Com este objetivo, determinou-se C, N, pH, sólidos solúveis, atividade de água, proteína, lipídios, fibra total, cinzas, carboidratos e energia. Os substratos foram formulados a partir de serragem de Simarouba amara Aubl. (marupá), Ochroma piramidale Cav. ex. Lam. (pau-de-balsa) e Anacardium giganteum (cajuí); e do estipe de Bactris gasipaes Kunth (pupunheira) e de Saccharum officinarum (cana-de-açúcar). Os resultados demonstraram que: a composição nutricional do L. strigosus variou com o substrato de cultivo; os valores de proteína encontrados nos cogumelos cultivados nos diferentes substratos (18 - 21,5%) variaram de acordo com o substrato, sendo considerados elevados; os sólidos solúveis presentes nos cogumelos podem ter relação com vitaminas hidrossolúveis do complexo B; o L. strigosus pode ser considerado um importante alimento devido suas características nutricionais: alto teor de proteína, carboidratos metabolizáveis e fibras; baixos teores de lipídios e de calorias.

Serological investigation of rabies virus neutralizing antibodies in bats captured in the eastern Brazilian Amazon

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Why have land use change models for the Amazon failed to capture the amount of deforestation over the last decade?

Land cover change in the Neotropics represents one of the major drivers of global environmental change. Several models have been proposed to explore future trajectories of land use and cover change, particularly in the Amazon. Despite the remarkable development of these tools, model results are still surrounded by uncertainties. None of the model projections available in the literature plausibly captured the overall trajectory of land use and cover change that has been observed in the Amazon over the last decade. In this context, this study aims to review and analyze the general structure of the land use models that have most recently been used to explore land use change in the Amazon, seeking to investigate methodological factors that could explain the divergence between the observed and projected rates, paying special attention to the land demand calculations. Based on this review, the primary limitations inherent to this type of model and the extent to which these limitations can affect the consistency of the projections will also be analyzed. Finally, we discuss potential drivers that could have influenced the recent dynamic of the land use system in the Amazon and produced the unforeseen land cover change trajectory observed in this period. In a complementary way, the primary challenges of the new generation of land use models for the Amazon are synthesized. (c) 2014 Elsevier Ltd. All rights reserved.