Pour une utilisation optimale des données personnelles à des fins de recherche : vers un réseau de ressources collectives

Thèse par articles. Articles (4) annexés à la thèse en fichiers complémentaires.

L’effet de la perte au suivi sur l’efficacité des traitements de prévention de la transmission mère-enfant du VIH en Afrique subsaharienne : revue systématique

La perte au suivi diminue grandement l’efficacité des interventions de prévention de la transmission mère-enfant du VIH en Afrique subsaharienne. Devrait-on donc choisir des traitements courts ou longs de pTME? Nous avons mené une revue systématique des études sur l’efficacité de traitements avec et sans composante anténatale et évalué l’impact de la perte au suivi sur leur efficacité. Nous avons trouvé qu’après ajustement pour la perte au suivi, les traitements avec composante anténatale ont encore une efficacité plus élevée à prévenir la TME. Les intervenants ne devraient pas craindre l’utilisation de traitements plus longs auprès de populations à risque de perte au suivi. Plus d’études sont nécessaires pour déterminer comment les interventions peuvent être adaptées au virage dans la pTME.

La programmation régionale des services ambulatoires de Laval : une avenue dans la responsabilisation populationnelle des soins de santé

Face aux pressions continues que subissent les systèmes de santé, de nombreuses réformes sont perpétuellement en cours pour améliorer le processus de soins et par conséquent, offrir des soins de qualité et accroître le niveau de santé des populations. Les réformes que connaissent actuellement les systèmes de santé visent à optimiser l’impact des services sur la santé de la population en introduisant le concept de la responsabilité populationnelle. Par ailleurs, il existe de plus en plus un consensus sur la nécessité d’établir une relation directe et durable entre les prestataires et la population des territoires desservies pour être en mesure de tenir compte des contextes personnels et sociaux des patients et de leurs familles et pour assurer la continuité des soins dans le temps et d’un service à l’autre. Cette thèse porte sur la Programmation régionale de services ambulatoires (PRSA) de Laval. Elle analyse cette programmation comme une solution innovatrice dans la mise en œuvre de la responsabilisation populationnelle des soins. La stratégie de recherche combine à la fois une revue intégrative de la littérature qui vise à analyser le bien-fondé de la PRSA; une étude quasi-expérimentale pour examiner ses effets; et enfin, une recherche synthétique de cas pour comprendre l’évolution de la PRSA et analyser l’institutionnalisation du changement dans les organisations de la santé. Dans le premier article, nous nous sommes employés à analyser le bien fondé c’est-à-dire la plausibilité des mécanismes causaux présumés. La PRSA est un modèle d’intégration régionale basée sur une approche populationnelle. La stratégie de réseaux intégrés de soins et de case management combinée avec une approche populationnelle telle que mise de l’avant par le PRSA sont trois éléments essentiels en faveur d’une responsabilité populationnelle des soins. À l’aide d’une revue intégrative de la littérature, nous avons démontré qu’il s’agit d’une programmation capable de consolider une intégration régionale en mettant de l’avant une approche populationnelle permettant de bien cibler les besoins des populations du territoire à desservir. Le deuxième article examine les effets populationnels de la PRSA en termes de réduction de la durée moyenne de séjour et de l’augmentation de la rétention régionale. Une approche quasi expérimentale a été utilisée. En ce qui concerne la durée moyenne de séjour, on n’observe aucune diminution pour l’asthme ni pour la démence. Par contre, il est plausible que l’implantation de la PRSA ait permis une diminution de la durée moyenne de séjour pour les maladies coronariennes, les MPOC, l’embolie pulmonaire et le cancer du sein. Pour la rétention régionale, aucun effet n’a été observé pour les MPOC, l’embolie pulmonaire et la démence. Une augmentation de la rétention régionale a été observée pour les maladies coronariennes, l’asthme et le cancer du sein. Cette augmentation pourrait être attribuée à la PRSA. Dans le troisième article, nous avons examiné les facteurs susceptibles d’expliquer l’évolution de la PRSA. En partant du point de vue des responsables de la programmation de la PRSA et les gestionnaires actuels de la programmation de services de la région de Laval, nous avons tenté de mieux cerner les facteurs qui ont provoqué la suspension du déploiement de la PRSA. Les résultats indiquent que les changements fréquents dans les structures dirigeantes du réseau de la santé ainsi que l’interférence de plusieurs autres réformes ont été un obstacle dans le maintien de la PRSA. Dans le contexte actuel des réformes en santé où l’approche de réseaux intégrés de soins et de responsabilité populationnelle sont mises de l’avant, les résultats de cette thèse apportent un éclairage certain sur l’opérationnalisation de ces orientations.

La prise d’acide folique en période périconceptionnelle : une étude sur la concordance aux directives cliniques canadiennes et sur l’impact sur la prévalence des malformations congénitales au Québec

La prise d’un supplément d’acide folique en période préconceptionnelle réduit le risque d’une anomalie du tube neural (ATN), une malformation du système nerveux. Dans le but d’en réduire la prévalence, la Société des Obstétriciens et Gynécologues du Canada a émis de nouvelles directives cliniques en 2007 qui tenaient compte de différents facteurs de risque pour les ATN et pour qui la dose recommandée variait selon le profil de risque de la femme, allant de 0,4 à 5,0 mg d’acide folique. Jusqu’à présent, peu de données sont disponibles sur les effets de la prise d’une haute dose d’acide folique. Les objectifs de cette étude étaient: 1) d’évaluer la concordance entre la supplémentation en acide folique chez les femmes enceintes et les nouvelles recommandations canadiennes; 2) d’identifier les déterminants d’une utilisation concordante et 3) d’évaluer si la prise de hautes doses d’acide folique en période périconceptionnelle réduisait le risque de malformations congénitales autre que les ATN. Pour répondre à ces objectifs, une étude transversale et une étude écologique ont été effectuées. La première incluait 361 femmes enceintes recrutées aux cliniques d’obstétriques du CHU Sainte-Justine et la deuxième utilisait le Registre Québécois des Grossesses, issu du jumelage de trois banques de données administratives au Québec (RAMQ, Med-Écho et ISQ), où 152 392 couples mère-enfant ont été identifiés. Seul 27% des femmes enceintes ayant participé à l’étude transversale avaient une supplémentation en acide folique, avec ou sans ordonnance, concordante aux lignes directrices canadiennes. La concordance variait selon leur profil de facteurs de risque pour les ATN. Notre étude écologique montre que la prévalence annuelle de l’utilisation de haute dose d’acide folique (avec ordonnance) en période périconceptionnelle a augmenté de 0,17% à 0,80% (p < 0,0001) entre 1998 et 2008 et que la prévalence des malformations congénitales majeures a augmenté de 15% au cours de la même période (3,35% à 3,87%, p<0,0001). Les résultats de nos deux études montrent que l’acide folique n’est pas largement utilisé par les femmes en âge de procréer et ce, peu importe la dose. De nouvelles campagnes de santé publique devront être mises sur pied, afin d’inciter les femmes à consommer de l’acide folique avant et pendant leur grossesse. Également, la prise de haute dose d’acide folique ne semble pas avoir diminué le risque de malformations congénitales, à l’échelle populationnelle.

Essai de détection de processus migratoires à travers les isotopes de strontium et d’oxygène : étude des restes humains du cimetière Saint-Matthew (Québec, 1771-1860)

Afin de distinguer les immigrants de première génération des individus nés à Québec et de discuter de l’identité des immigrants de cette ville aux XVIIIe et XIXe siècles, trente-quatre squelettes humains exhumés du cimetière protestant Saint-Matthew (Québec, 1771-1860) ont fait l’objet d’analyses ostéologiques et isotopiques du strontium (87Sr/86Sr) et de l’oxygène (δ18O). Les teneurs obtenues, bien que moins précises que les données historiques, ont permis de distinguer trois groupes d’origine, soit les individus nés à Québec (N = 12), les immigrants de première génération provenant le plus probablement des îles Britanniques et du nord de la France (N = 19) et les immigrants de première génération dont l’origine ne peut être précisée (N = 3). De plus, l’origine écossaise de certains individus a pu être suggérée en fonction de compositions isotopiques variant entre -10,0 et -9,09 % vs VSMOW. La comparaison des groupes d’origine à des données provenant de sources historiques et d’une étude antérieure a permis de dresser un portrait de l’identité des immigrants, à la fois sur les plans populationnel et individuel. De plus, les compositions isotopiques (δ18O, 87Sr/86Sr, δ13C et δ15N) nous laissent croire qu’au moins un individu pourrait être d’origine amérindienne et qu’un autre proviendrait d’une partie de l’Europe plus appauvrie en 18O (possiblement un pays scandinave ou une région alpine). La distribution spatiale des sépultures nous a également permis d’émettre des hypothèses sur les liens familiaux et sociaux d’immigrants inhumés en caveaux ou entassés de façon particulièrement modeste.

Évolution et transmission des savoir-faire céramiques au cours du Sylvicole (-1000 à 1550 de notre ère) : la station 3-avant de Pointe-du-Buisson (BhFl-1d), Haut-Saint-Laurent, Québec.

La station 3-avant de Pointe-du-Buisson (Beauharnois, Haut-Saint-Laurent, Québec) représente la plus importante collection de récipients de terre cuite datant du Sylvicole moyen ancien (-400 à 500 de notre ère) dans le Nord-Est américain. De plus, on trouve sur ce site une série continue d’occupations couvrant l’ensemble de la période Sylvicole. En dépit de complications d’ordre stratigraphique (terreau homogène et pédoturbations), des concepts et des méthodes évolutionnaires tirés de la théorie de l’hérédité duelle sont appliqués à l’étude de cet assemblage. D’un point de vue anthropologique, que nous apprend l’étude de l’évolution et de la transmission des savoir-faire d’une technologie que nous assumons exclusivement féminine au cours de la période Sylvicole? L’auteur défend que l’archéologie évolutionnaire permet de détecter le contexte de la transmission, c’est-à-dire l’organisation socioéconomique des populations du passé. L’examen des traits stylistiques suggère que la sédentarisation estivale des bandes amérindiennes à partir du Sylvicole moyen tardif favorise une homogénéisation des productions céramiques dans un contexte virilocal qui est la conséquence d’une transmission de type conformiste opérant sur un axe horizontal (entre pairs). Cependant, le passage probable des tribus iroquoiennes à l’uxorilocalité et à la matrilinéarité à la fin du Sylvicole se traduit par une saisissante hétérogénéisation des pots, qui s’explique possiblement par une sélection de marqueurs identitaire d’ordre clanique (transmission verticale entre parents et descendants). L’étude des traits techno-fonctionnels indique une diversification de la vaisselle de terre cuite à mesure que les populations intensifient leurs expériences sur les cultigènes. Dans l’ensemble, cette évolution trahit une attention accrue conférée à la performance des pots en tant que récipients culinaires. Par ailleurs, le concours de la sériation et de datations AMS permet la reconnaisance d’un taxon « Sylvicole moyen moyen » caractérisé par une modification morphologique et décorative des vases. Une enquête comparative portant sur un échantillon de 27 sites archéologiques de l’horizon Pseudo-scallop-shell démontre que la variation populationnelle est structurée en fonction de la localisation des communautés dans un bassin hydrographique spécifique. Par conséquent, l’auteur soumet des pistes en vue de l’élaboration d’une taxonomie robuste et propre au Sylvicole moyen ancien et au Sylvicole moyen moyen. Enfin, des indices de natures diverses (archéologiques, paléoethnobotaniques, ethnolinguistiques, paléoanthropologiques, et d’autres issus de la génétique des populations) suggèrent une identité proto-algonquienne des bandes des deux sous-périodes susmentionnées.

Conceptuals Mentefactos as a Didactic-Pedagogical Strategy of the Basic Concepts in the Sampling Theory Applyed to the Health Research

In populational sampling it is vitally important to clarify and discern: first, the design or sampling method used to solve the research problem; second, the sampling size, taking into account different components (precision, reliability, variance); third, random selection and fourth, the precision estimate (sampling errors), so as to determine if it is possible to infer the obtained estimates from the target population. The existing difficulty to use concepts from the sampling theory is to understand them with absolute clarity and, to achieve it, the help from didactic-pedagogical strategies arranged as conceptual “mentefactos” (simple hierarchic diagrams organized from propositions) may prove useful. This paper presents the conceptual definition, through conceptual “mentefactos”, of the most important populational probabilistic sampling concepts, in order to obtain representative samples from populations in health research.

El problema demográfico en Japón, y la incidencia en las políticas concernientes a la seguridad social del gobierno japonés. (periodo 2007 a 2012)

El interés de este estudio de caso es entender la incidencia de los problemas demográficos de Japón sobre las políticas concernientes al Sistema de Seguridad Social Japonés, así como la viabilidad de estas políticas ante la muy difícil situación que existe. Observando cómo los problemas demográficos han afectado el Sistema de Seguridad Social por medio de estudios demográficos del pasado y actuales, además de proyecciones poblacionales a futuro, para así poder comparar los mecanismos implementadas por el Gobierno Japonés y los resultados obtenidos con las necesidades reales del Sistema de Seguridad Social Japonés, abriendo la posibilidad de entender profundamente las debilidades y las posibles soluciones al problema que enfrenta este sistema.

Filogenia y genética poblacional del género Androcymbium (Colchiceae)

En este trabajo se ha estudiado el género Androcymbium (Colchicaceae) a dos niveles: macro- y micro- evolutivo. A nivel microevolutivo se ha obtenido que para las especies de Sudáfrica oriental la componente interpoblacional es muy importante para explicar la distribución de la variabilidad genética, igual que en Sudáfrica occidental. Para las especies de Namibia, la componente mas importante es la intrapoblacional, igual que en el norte de África. A nivel macroevolutivo se ha obtenido que el origen del género se sitúa en Sudáfrica occidental, datándose en 11,22 ma. Este género ha resultado ser parafilético, dada la aparición conjunta en un mismo clado de especies de Androcymbium y Colchicum, y las especies del norte de África derivan de un taxa de Namibia que llegó a la cuenca Mediterránea a principios del Plioceno gracias a la formación de un corredor árido entre las zonas áridas del suroeste y este de África.

Genetic variation and population structuring in two brooding coral species (Siderastrea stellata and Siderastrea radians) from Brazil

Siderastrea stellata and S. radians are scleractinian coral species that present a remarkable overlap of diagnostic characteristics and sympatric distribution. Moreover, both are viviparous with similar reproductive strategies and with a gregarious larval behavior. Samples of both species from the Brazilian coast were analyzed using 18 isozymic loci to quantify their genetic variability and populational structure. Results confirmed species identity, high intrapopulational variability and revealed moderate genetic structuring among all samples (S. stellata: F(ST) = 0.070; S. radians: F(ST) = 0.092). Based on genotypic diversity analysis, there was evidence that local recruitment may have a minor role in the populations (mean, G(o) :G(e) = 1.00 +/- 0.0003 SD for S. stellata and 0.99 +/- 0.0023 SD for S. radians). Deviations towards heterozygote deficiencies found in both Siderastrea species could be explained by the Wahlund effect, since there was evidence that populations might be composed of colonies of different ages. In S. radians it is also likely that there is some inbreeding occurring in the studied populations. Despite the brooding pattern and the gregarious larval behavior, our data suggest the occurrence of gene flow along the Brazilian coast. This is the first study on population genetics of Brazilian reef corals.

Characterization of spliced leader genes of Trypanosoma (Megatrypanum) theileri: phylogeographical analysis of Brazilian isolates from cattle supports spatial clustering of genotypes and parity with ribosomal markers

Trypanosoma (Megatrypanum) theileri from cattle and trypanosomes of other artiodactyls form a clade of closely related species in analyses using ribosomal sequences. Analysis of polymorphic sequences of a larger number of trypanosomes from broader geographical origins is required to evaluate the Clustering of isolates as suggested by previous studies. Here, we determined the sequences of the spliced leader (SL) genes of 21 isolates from cattle and 2 from water buffalo from distant regions of Brazil. Analysis of SL gene repeats revealed that the 5S rRNA gene is inserted within the intergenic region. Phylogeographical patterns inferred using SL sequences showed at least 5 major genotypes of T. theileri distributed in 2 strongly divergent lineages. Lineage TthI comprises genotypes IA and IB from buffalo and cattle, respectively, from the Southeast and Central regions, whereas genotype IC is restricted to cattle from the Southern region. Lineage Tth II includes cattle genotypes IIA, which is restricted to the North and Northeast, and IIB, found in the Centre, West, North and Northeast. PCR-RFLP of SL genes revealed valuable markers for genotyping T. theileri. The results of this study emphasize the genetic complexity and corroborate the geographical structuring of T. theileri genotypes found in cattle.

Estrutura da população de Coleodactylus natalensis Freire, 1999 (Squamata: Sphaerodactylidae) no Parque Estadual Dunas de Natal, Rio Grande do Norte, Brasil

Coleodactylus natalensis Freire, 1999, an endemic species of Atlantic Forest fragments around the Natal municipality, Rio Grande do Norte State, Brazil, has as type locality the Parque Estadual Dunas de Natal (05º48 S to 05º53 S and 35º09 W to 35º12 W), one of the largest restinga (herb and shrub association on sand dunes along the Brazilian coastline) associate fragment, surrounded by urban zone, placed on setentrional Atlantic Forest limits. We made estimates on populational density, spatial distribution, habitat and microhabitat preferences and feeding ecological aspects like sazonal and sexual variations on diet, prey electivities and niche breadth. We randomly sampled ninety-six 50m2 quadrants in each of the four habitats identified in the study area. Were collected 49 specimens and their stomach contents were analyzed; prey items found were correlated with leaf-litter invertebrates from habitat samples. We found a 98,5 ± 75,5 individuals/ha density, in grouped distribution pattern on densest habitats and random distribution on others habitats. This species lives mostly on leaf-litter in forest habitats, in higher humidity points, with lower temperatures, deeper leaf litter and lower sea level elevations than the randomly chosen points in the study area. Isopoda and Aranae were the most important prey categories in numeric, frequency and volumetric terms. Niche breadth has an intermediate value and was variable in sexual and in habitat terms. There was no correlation between morfometric measures and prey size on diet. The C. natalensis population studied seems to be diet opportunist, although selects larger prey items. The Parque Estadual das Dunas do Natal has several indications of anthropic pressure from the surrounding urban area that may affects the local C. natalensis population. Thus, the fragility of this species calls for urgent conservation efforts

FERRITINA: intervalos de referência para adultos no Estado do Rio Grande do Norte

Ferritin is a protein composed of heavy and light chains, non-covalently linked and which accommodates, in its core, thousands of atoms of iron. Furthermore, this protein represents the stock of iron in the body and it is characterized as an acute marker and predictor of diseases, such as iron deficiency anemia, hereditary hemochromatosis and others. Considering the variability of reference values and the analytical methods currently available, the aim of this work was to propose 95% confidence intervals for adults in the State of Rio Grande do Norte, Brazil, after determining the average concentration of serum ferritin for both sexes, beyond its correlation with the age. We analyzed 385 blood samples, collected by venipuncture from individuals residing in the State, after 12-14 hours of fast. The populational sample had 169 men and 216 women between 18-59 years old, which filled a questionnaire on socioeconomic, food habits and accounts about previous and current diseases. The sample collections were itinerant and the results of erythrogram, fasting glucose, alanine aminotransferase, aspartate aminotransferase, γ-glutamyl transferase, urea, creatinine, leukocyte count and platelets, beyond C-reactive protein, were issued to each participant, so that, after selection of the apparently healthy individuals, the dosage of serum ferritin was carried out. Statistical analysis was performed using the softwares SPSS 11.0 Windows version, Epi Info 3.3.2 and Graf instant pad (version 3.02), and the random population sample was single (finite population), for which the test of linear correlation and diagram of dispersion were also made. After selection of individuals and determination of serum ferritin, the most discrepant outliers were disregarded (N = 358, Men = 154/Women = 207) and the average value determined for the masculine sex individuals was 167,18 ng / dL; for the feminine sex individuals, the average value obtained was 81,55 ng / dL. Moreover, we found that 25% of men had values < 90,30 ng / dL; 50% ≤ 156,25 ng / dL and 75% ≤ 229,00 ng / dL. In the group of women, 25% had values < 38,80 ng / dL; 50% ≤ 65,00 ng / dL and 75% ≤ 119,00 ng / dL. Through the correlation coefficient (r = 0,23 with p = 0,003), it is possible to suggest the existence of positive linear correlation between age and serum ferritin for men. The correlation coefficient for women (r = 0,16 with p = 0,025) also confirms the existence of positive linear correlation between serum ferritin and age. Considering the analysis carried out and specific methods corroborating with the proposed benchmarks, we concluded that the average value found for men is higher than that found for women. Furthermore, this scenario rises with age for both sexes, and the 95% confidence intervals obtained were 74 ng/dL ≤ μ ≤ 89 ng/dL and 152ng/dL ≤ μ ≤183ng/dL for the feminine and masculine sex individuals respectively

Genetic diversity of natural populations of Anemopaegma arvense (Bignoniaceae) in the Cerrado of São Paulo State, Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Distribuição Espacial da Lagarta-do-Cartucho, Spodoptera frugiperda (J.E. Smith) (Lepidoptera: Noctuidae), na Cultura do Milho

O estudo da distribuição espacial da lagarta-do-cartucho, Spodoptera frugiperda (J.E. Smith), na cultura do milho é fundamental para garantir a utilização de estratégias de controle, otimização de técnicas de amostragem, determinação de danos econômicos e incorporação da dinâmica espacial dentro do modelo populacional. O experimento foi conduzido em três campos contendo 100 parcelas cada, sendo amostradas 10 plantas ao acaso por parcela, num total de 1000 plantas por campo em cinco datas de amostragem. Foram contados o número de lagartas pequenas (menor que 10 mm) e grandes (maior que 10 mm) por planta. As lagartas pequenas apresentaram um ajuste muito bom à distribuição binomial negativa e não à Poisson, indicando que esta categoria larval encontra-se agregada no campo. Os números de lagartas grandes por planta ajustaram-se razoavelmente à distribuição binomial negativa, com algumas datas ajustando-se à distribuição de Poisson. Portanto, as lagartas pequenas (alta densidade populacional) têm distribuição agregada no campo, enquanto que as lagartas grandes (baixa densidade populacional) podem ser mais dispersas no campo, tendendo à aleatoriedade.