Different Approaches for Modeling Grouped Survival Data: A Mango Tree Study

Interval-censored survival data, in which the event of interest is not observed exactly but is only known to occur within some time interval, occur very frequently. In some situations, event times might be censored into different, possibly overlapping intervals of variable widths; however, in other situations, information is available for all units at the same observed visit time. In the latter cases, interval-censored data are termed grouped survival data. Here we present alternative approaches for analyzing interval-censored data. We illustrate these techniques using a survival data set involving mango tree lifetimes. This study is an example of grouped survival data.

Ascorbic acid metabolism in fruits: activity of enzymes involved in synthesis and degradation during ripening in mango and guava

BACKGROUND: Ascorbic acid is a very important compound for plants. It has essential functions, mainly as an antioxidant and growth regulator. Ascorbic acid biosynthesis has been extensively studied, but studies in fruits are very limited. In this work we studied the influence of five enzymes involved in synthesis (L-galactono-1,4-lactone dehydrogenase, GalLDH, EC 1.3.2.3), oxidation (ascorbate oxidase, EC 1.10.3.3, and ascorbate peroxidase, APX, EC and recycling (monodehydroascorbate reductase, EC 1.6.5.4, and dehydroascorbate reductase, DHAR, EC 1.8.5.1) on changes in ascorbic acid content during development and ripening of mangoes (Mangifera indica L. cv. Keitt) and during the ripening of white pulp guavas (Psidium guayava L. cv. Paloma). RESULTS: It was found that there was a balance between the activities of GalLDH, APX and DHAR, both in mangoes and guavas. CONCLUSIONS: Equilibrium between the enzymatic activities of synthesis, catabolism and recycling is important for the regulation of ascorbic acid content in mango and guava. These results have contributed to understanding some of the changes that occur in ascorbic acid levels during fruit ripening. (C) 2008 Society of Chemical Industry.

Mango starch degradation. I. A microscopic view of the granule during ripening

The starch content of unripe mango Keitt is around 7% (FW), and it is converted to soluble sugars during the ripening of the detached fruit. Despite the importance of starch-to-soluble sugar metabolism for mango quality, little literature is found on this subject and none concerning the physical aspects of starch degradation. This manuscript presents some changes in the physical aspects of the starch granule during ripening, as analyzed by light microscopy, scanning electron microscopy (SEM), and atomic force microscopy (AFM). According to the analysis, unripe Keitt-mango-starch being spherical in shape and measuring around 15,mu m, has A-type X-ray diffraction pattern with a degree of crystallinity around 21% with slight changes after 8 days of ripening. AFM images of the surface of the granules showed ultra microstructures, which are in agreement with a blocklet-based organization of the granules. The AFM-contrast image of growing layers covering the granule showed fibril-like structures, having 20 nm in diameter, transversally connecting the layer to the granule. The appearance of the partially degraded granules and the pattern of degradation were similar to those observed as a result of amylase activity, suggesting a hydrolytic pathway for the degradation of starch from mango cultivar Keitt. These results provide clues to a better understanding of starch degradation in fruits.

Mango starch degradation. II. The binding of alpha-amylase and beta-amylase to the starch granule

During mango ripening, soluble sugars that account for mango sweetening are accumulated through carbon supplied by both photosynthesis and starch degradation. The cultivar Keitt has a characteristic dependence on sugar accumulation during starch degradation, which takes place during ripening, only a few days after detachment from the tree. Most knowledge about starch degradation is based on seeds and leaves currently used as models. However, information about the mango fruit is scarce. This work presents the evaluation of alpha- and beta-amylases in the starch granule surface during fruit development and ripening. Extractable proteins were assayed for amylase activity and detected by immunofluorescence microscopy and correlated to gene expression. The results suggest that both amylases are involved in starch degradation during mango ripening, probably under the dependence of another signal triggered by the detachment from the mother-plant.

Ripening and quality responses of avocado, custard apple, mango and papaya fruit to 1-methylcyclopropene

The potential for the ethylene binding inhibitor, 1-methylcyclopropene, to delay ripening of 'Hass' avocado, 'African Pride' custard apple, 'Kensington Pride' mango and 'Solo' papaya was examined. Fruit were gassed with 25 muL/L 1-methylcyclopropene for 14 h at 20 degreesC, followed by treatment with 100 muL/L ethylene for 24 h, and then ripened at 20 degreesC. Ethylene treatment alone generally halved the number of days for fruit to reach the ripe stage, compared with untreated fruit. 1-Methylcyclopropene treatment alone increased the number of days to ripening by 4.4 days (40% increase), 3.4 days (58%), 5.1 days (37%) and 15.6 days (325%) for avocado, custard apple, mango and papaya, respectively, compared with untreated fruit. Applying 1-methylcyclopropene to the fruit before ethylene prevented the accelerated ripening normally associated with ethylene treatment, so that the number of days to ripening for fruit treated with 1-methylcyclopropene plus ethylene was similar to the number of days to ripening for fruit treated with 1-methylcyclopropene alone. 1-Methylcyclopropene treatment was associated with slightly higher severity of external blemishes in papaya and custard apple, slightly higher rots severity in avocado, custard apple and papaya, and at least double the severity of stem rots in mango, relative to fruit not treated with 1-methylcyclopropene. Thus, 1-methylcyclopropene treatment has the potential to reduce the risk of premature ripening of avocado, custard apple, mango and papaya fruit due to accidental exposure to ethylene. However, additional precautions may be necessary to reduce disease severity associated with 1-methylcyclopropene treatment.

Effects of phosphonate and salicylic acid treatments on anthracnose disease development and ripening of 'Kensington Pride' mango fruit

This study investigated treatment of mango (Mangifera indica L.) fruit with 2 host defence-promoting compounds for suppression of anthracnose disease (Colletotrichum gloeosporioides). Cultivar 'Kensington Pride' fruit were treated at concentrations of up to 1000 mg/L with either potassium phosphonate or salicylic acid. Applications were by various combinations of pre- and postharvest dips and vacuum infiltration. Postharvest treatments at up to 2000 mg/L salicylic acid were evaluated in a second fruiting season. Fruit were either uninoculated or inoculated with the fungal pathogen. Colour, firmness and disease-severity were assessed during shelf life at 23 degreesC. There were no significant (P>0.05) effects of potassium phosphonate or salicylic acid on anthracnose disease severity in the first season. Moreover, phosphonate or salicylic acid treatment did not significantly affect fruit colour or firmness changes. There were significant (P

Effect of fruit maturity on the response of 'Kensington' mango fruit to heat treatment

The effects of conditioning and hot water treatments on immature and mature 'Kensington' mangoes were examined. A hot water treatment of 47 degreesC fruit core temperature held for 15 min increased weight loss (50%), fruit softness (15%), disrupted starch hydrolysis and interacted with maturity to reduce the skin yellowness (40-51%) of early harvested fruit. Immature fruit were more susceptible to hot water treatment-induced skin scalding, starch layer and starch spot injuries and disease. Conditioning fruit at 40 degreesC for up to 16 h before hot water treatment accelerated fruit ripening, as reflected in higher total soluble solids and lower titratable acidity levels. As fruit maturity increased, the tolerance to hot water treatment-induced skin scalding and the retention of starch layers and starch spots increased and susceptibility to lenticel spotting decreased. A conditioning treatment of either 22 degrees or 40 degreesC before hot water treatment could prevent the appearance of cavities at all maturity levels. The 40 degreesC conditioning temperature was found to be more effective in increasing fruit heat tolerance than the 22 degreesC treatment; the longer the time of conditioning at 40 degreesC, the more effective the treatment (16 v. 4 h). For maximum fruit quality, particularly for export markets, it is recommended that mature fruit are selected and conditioned before hot water treatment to reduce the risk of heat damage.

Mango stem-end rot (Botryosphaeria dothidea) disease control by partial-pressure infiltration of fungicides

The in vitro efficacy of several fungicides against Botryosphaeria dothidea (syn. Dothiorella dominicana) and their in vivo efficacy in controlling mango cv. Kensington Pride stem-end rot on partial-pressure infiltration v. dip treatment of green mature fruit was evaluated. In vitro sensitivity of B. dothidea to Benlate (benomyl), Sportak (prochloraz) and Scala (pyrimethanil) at 10 dilutions of the manufacturer's recommended rate was first determined at typical cold (13degreesC) and shelf (23degreesC) storage temperatures. The effectiveness of partial-pressure infiltration and conventional hot (52degreesC) or cold (26degreesC) dipping of fruit after harvest was then evaluated using the commercially recommended rate for each fungicide. In vitro, Benlate and Sportak prevented the growth of B. dothidea at both storage temperatures and at all concentrations, while Scala partially controlled growth of the pathogen. Benlate was the most effective fungicide for stem-end rot control. Sportak and Scala resulted in stem-end rot control when applied by partial-pressure infiltration, but not as dips. Partial-pressure infiltration holds promise for enhancing the efficacy of otherwise less effective but alternative fungicides for control of stem-end rot diseases.

Starch degradation in 'Kensington' mango fruit following heat treatments

Changes in carbohydrate metabolism of 'Kensington' mango fruit from 2 major production regions in Queensland were measured after conditioning fruit with hot air at 40degreesC for 0, 2, 4, 8 and 16 h or at 22degreesC for 16 h (control) followed by hot-water treatment at either 45degreesC fruit-core temperature for 30 min or 47degreesC fruit-core temperature held for 15 min. Advancing physiological maturity of 'Kensington' mango fruit was correlated with increased starch concentration within the mesocarp. An alpha-amylase inhibitor was present in unripe 'Kensington' mesocarp. alpha-Amylase activity was promoted by conditioning fruit at 40degreesC for 8 h, and this enhanced enzyme activity persisted until the fruit were ripe. Consequently, starch degradation was accelerated and the concentration of total soluble solids was higher in fruit conditioned at 40degreesC for 8 h than in fruit left at the lower temperature of 22degreesC for 16 h or not conditioned. Immediately on removal of fruit from hot-water treatment, activities of alpha-amylase and phosphorylase were inhibited. This inhibition was correlated with higher starch concentration and starch layer and starch spot injuries in these fruit. A positive correlation was also found between increased sucrose concentration and greater starch loss in 40degreesC conditioned 'Kensington' fruit. It is proposed that increased sugar concentration in the mesocarp increased the level of fruit heat tolerance.

Cobertura permanente de solo com leguminosas herbáceas perenes no cultivo de bananeiras no médio Vale do Jequitinhonha

A região da Caatinga é caracterizada pelas altas temperaturas durante o ano e má distribuição das chuvas. Em virtude desses fatores de clima regional, tem-se a necessidade de adoção por práticas que elevem à eficiência e sustentabilidade agrícola local. Assim, objetivou-se avaliar a aptidão de leguminosas herbáceas perenes como cobertura permanente de solo no cultivo de bananeira. Foram conduzidos três experimentos, para avaliação das leguminosas, utilizou-se um delineamento experimental em blocos casualizados, com quatro repetições, em esquema de parcelas subdivididas no espaço e para algumas variáveis, sub-subdividida no tempo, sendo: Fator “A” os dois diferentes ambientes de plantio: municípios de Itaobim/MG e Virgem da Lapa/MG; Fator “B”, nas subparcelas, dois manejos de cobertura do solo e para algumas variáveis, três manejos, constituídos pelas leguminosas: cudzu tropical (Pueraria phaseoloides) calopogônio (Calopogonium mucunoides) e solo descoberto (solo capinado); Fator “C” épocas de coleta de dados. Para avaliação das bananeiras, foram dois experimentos em blocos casualizados, com quatro repetições, em esquema de parcelas sudivididas no espaço, sendo: nas parcelas, fator “A” constituído por três manejos de cobertura do solo, pelas leguminosas: cudzu tropical e o calopogônio, e solo descoberto (solo capinado); fator “B”, nas subparcelas, plantas de bananeiras em três idades morfofisiológicas (diferentes ciclos e tamanhos); Para algumas variáveis que foram submetidas a coletas periódicas, utilizou-se o esquema de parcelas subsubdivididas no tempo, acrescentando-se o fator “C”, datas das coletas nas sub-subparcelas, tendo como referência os dias após semeadura (DAS) das leguminosas. Foram avaliadas as seguintes variáveis: taxa de cobertura do solo; potencial de deposição de folhas e a ciclagem de nutrientes; capacidade de inibição da vegetação espontânea; conservação da temperatura e promoção da retenção de umidade do solo. Também foi avaliado o crescimento vegetativo e produtividade das bananeiras. Como resultados principais, notou-se que as leguminosas proporcionaram eficiente cobertura do solo, o calopogônio apresentou o maior acúmulo de N, P, K, e Ca, via deposição de material senescente, tal como maior inibição das plantas espontâneas nos pomares de bananeiras. Essa cobertura também promoveu uma eficiente redução da temperatura do solo, possibilitando menor variação térmica nas camadas de maior concentração radicular da bananeira, e consequentemente, obtendo maior acúmulo de umidade no solo. As bananeiras cultivadas sobre coberturas vivas de solo apresentaram aumento gradativo no crescimento e peso de cacho. Os resultados reforçam o potencial uso dessas espécies na fruticultura, principalmente em regiões de severas restrições hídricas, como forma de adubação e otimização de diversos processos biológicos em seu ambiente de cultivo.

Cultivo in vitro de Crambe abyssinica Hochst. : germinação, micropropagação, estabilidade genética e anatomia foliar

Crambe (Crambe abyssinica) pertence à família Brassicaceae, originário da Etiópia e principalmente destinado à produção de forragem (30 a 32% de proteína bruta). Atualmente, tem sido bastante cultivado visando à extração de óleo vegetal. Com os atuais incentivos à busca de fontes de energias renováveis, o cultivo de crambe vem ganhando papel de destaque na produção de biodiesel por suas diversas vantagens, como: (a) rápido ciclo de vida (colhida em torno de 90 dias); (b) alta produção de biomassa; (c) alta produtividade de sementes (1000 e 1500 kg ha-1); (d) menor custo de produção em relação a outras fontes oleaginosas, como, canola, girassol e soja; (e) um percentual de óleo total na semente entre 32 e 38%, superando, por exemplo, a soja; (f) potencial de fitorremediação, eficiente na descontaminação de arsênio, cromo e outros metais pesados; e (g) elevado percentual de ácido erúcico (50 a 60%) sendo útil na indústria de plástico e lubrificante. Devido aos poucos trabalhos realizados com crambe, abre-se um vasto campo de investigações científicas que tenham como objetivo desenvolver as potencialidades dessa cultura e, consequentemente, melhorar os aspectos agronômicos e tecnológicos para seu emprego na indústria de biodiesel. Nesse contexto, as técnicas de cultivo in vitro foram importantes tanto para a propagação massal, quanto como ferramenta para uma possível aplicação de outras técnicas biotecnológicas, contribuindo para uma produção homogênea, fiel e em larga escala. Portanto, este trabalho teve como objetivo geral avaliar as condições mais favoráveis à germinação, estabelecimento in vitro e micropropagação de Crambe abyssinica Hochst., além de verificar possíveis alterações genéticas e anatômicas, possibilitando a regeneração e produção de plântulas viáveis. Para a germinação e estabecimento in vitro de crambe, as condições mais favoráveis foram em meio B5 ou WPM, na presença ou ausência de pericarpo e na presença de luz. Na micropropagação dessa espécie, uma frequência satisfatória de regeneração de brotos foi obtida a partir de segmentos apicais utilizados como explante em meio contendo 5 μM de BAP (6- benzilaminopurina), e o alongamento foi satisfatório com 1 μM de GA3 (ácido giberélico). Os marcadores moleculares ISSR (Inter-Simples Sequence Repeats) utilizados para a análise da estabilidade genética indicaram que o segmento apical de crambe é um explante confiável para a micropropagação de plantas geneticamente verdadeiras (true-to-tipe), ou seja, mantém a estabilidade genética. As diversas fontes de citocininas e concentrações utilizadas neste trabalho não promoveram mudanças, no sentido de alterar a organização e/ou a espessura em relação ao controle, e as alterações observadas na estrutura e espessura das folhas dos tratamentos de aclimatização prejudicaram o processo de estabelecimento da plântula ex vitro. Contudo, existe a necessidade de um enraizamento e aclimatização eficiente para completa propagação in vitro de crambe. Portanto, este protocolo de regeneração de plantas in vitro de crambe pode ser útil no processo de criação e desenvolvimento de novas cultivares em um tempo mais curto e no melhoramento genético usando explantes apicais.

Metabolismo de nitrogênio em dois sistemas de cultivo de café sob veranico da estação úmida

Com o objetivo de avaliar o efeito do veranico ocorrido na estação úmida sobre o metabolismo de nitrogênio em cafeeiros em sistema a pleno sol e associados com abacateiro (Persea americana Mill.) e ingazeiro (Inga edulis Mart.), foi realizado este experimento. O estudo foi conduzido em propriedade situada no município de Barra do Choça, BA, composto por plantas de café (Coffea arabica L.), variedade Catuaí, sendo caracterizados dois campos experimentais (sistema sombreado x sistema a pleno sol). As avaliações foram realizadas em janeiro (período de veranico) e março (final da estação úmida), em cinco repetições por campo experimental. Os dados foram submetidos ao teste t por meio do programa SAEG, versão 9.1. Maior teor de NO3 - foi verificado no sistema a pleno sol, tanto no período de veranico como no final da estação úmida. Em março foi observado maior acúmulo de N-orgânico no terço superior do cafeeiro a pleno sol e no terço médio do cafeeiro sombreado. Maiores teores de nitrogênio total e a tendência de maior atividade enzimática da redutase do nitrato foram verificados nos sistemas arborizados, quando avaliados dentro do mesmo terço do cafeeiro nas duas estações.

Parâmetros químicos e biológicos indicadores de qualidade de solo sob cultivo de braquiárias e soja no oeste paulista

Na avaliação da qualidade de solo têm-se buscado diferentes parâmetros químicos e biológicos que possam ser utilizados como indicadores. Nesse sentido, este trabalho avaliou e correlacionou parâmetros biológicos e de fertilida­de em solos provenientes de dois sistemas de cultivo empregados na região Oeste de São Paulo, buscando selecionar indicadores químicos e biológicos de qualidade. Amostras de solos (latossolos e argissolos) de áreas sob cultivo de pastagens (braquiárias) e de cultivo de soja foram coletadas em sete municípios da região, em 2006, sendo avaliadas quanto à fertilidade, nodulação de soja, atividade das enzimas desidrogenase e fosfatase e densidade populacional de bactérias termorresistentes. A maioria dos solos avaliados apresentou baixa fertilidade. Os resultados encontrados demonstraram que a nodulação ocorreu em todos os solos avaliados, porém foi maior nos locais com predominância de Argissolos. O crescimento de soja foi satisfatório em todos os locais. O manejo do solo sob soja não teve efeito significativo sobre os indicadores biológicos avaliados, mas em alguns locais houve melhoria do padrão de fertilidade. A atividade da enzima desidrogenase apresentou correlação positiva com a maioria dos indicadores de fertilidade avaliados, demonstrando que essa enzima é um bom indicador de qualidade para a avaliação desses solos.

Eficiência da adubação nitrogenada do tomateiro em duas épocas de cultivo

A eficiência da adubação nitrogenada do tomateiro, na presença da adubação orgânica, foi avaliada em dois experimentos de campo conduzidos em duas épocas: primavera/verão (nov./98 a fev./99) e outono/primavera (maio/99 a out/99). Os dois experimentos foram instalados na horta da Universidade Federal de Viçosa, em solo da classe Argissolo Vermelho-Amarelo Câmbico. Em ambos, as doses de N aplicadas, na forma de nitrocálcio, foram 0,0; 93,3; 187,0; 374,0; e 748,0 kg/ha, e as doses de adubação orgânica, na forma de esterco bovino curtido, foram 0 e 8 t/ha de matéria seca. Os experimentos seguiram o delineamento em blocos ao acaso, no arranjo fatorial 5 x 2, com quatro repetições. O peso e o número de frutos comercializáveis de tomate, por planta, são aumentados com o aumento do nível de N no solo. A percentagem de frutos comercialmente desclassificáveis é maior na primavera/verão do que no outono/primavera. A eficiência da adubação nitrogenada pelo tomateiro é maior no outono/primavera do que na primavera/verão. Na primavera/verão ela foi maior quando não houve adição de matéria orgânica ao solo, o contrário ocorrendo no outono/primavera.

Produção e qualidade de propágulos de morangueiro em diferentes concentrações de nitrogênio no cultivo sem solo

O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da concentração de nitrogênio na produção e na qualidade de mudas de raízes nuas e pontas de estolões de morangueiro no cultivo sem solo. O plantio das matrizes foi realizado em 13 de setembro de 2007, e a colheita das mudas em 18 de fevereiro de 2008. Os tratamentos foram quatro concentrações de N na solução nutritiva de 8, 11, 14 e 17 mmol L-1. O delineamento utilizado foi o inteiramente casualizado, com cinco repetições de 3,6 m². No momento da colheita foram determinados o número e o diâmetro da coroa das mudas de raízes nuas e o número de pontas de estolões. As diferentes concentrações de N não afetaram o número de mudas e de pontas de estolões, cujas médias foram de 339 e 836, respectivamente. O diâmetro da coroa das mudas de raízes nuas diminuiu linearmente com o aumento da concentração de N na solução nutritiva. Concluiu-se que o aumento da concentração de N na solução nutritiva, no sistema de cultivo sem solo com substrato de areia, não afeta o número de mudas de raízes nuas e nem de pontas de estolões, mas reduz o diâmetro da coroa das mudas de raízes nuas de morangueiro.