Regressiotestaus- ja ylläpitotyökalu Ohjelmoinnin perusteet -kurssin Python-harjoitustehtäville

Tässä kandidaatintyössä suunnitellaan ja toteutetaan regressiotestaus- ja ylläpitotyökalu Ohjelmoinnin perusteet -kurssin Python-ohjelmointitehtäville. Työkalun on tarkoitus auttaa kurssin vastuuhenkilöitä selvittämään kurssilla käytettyjen harjoitustehtävien esimerkkiratkaisujen toimivuus Python-versiossa, jota kurssilla aiotaan käyttää ohjelmointiympäristönä seuraavana vuonna, ja helpottaa harjoitusmateriaalin yhdenmukaisuuden varmistamista silloin kun Python-versiota vaihdetaan tai materiaaliin tehdään muutoksia. Työssä tutkitaan, miten tarkoitukseen sopiva yleispätevä testaustyökalu voidaan kehittää, mitä seikkoja sen suunnittelussa on otettava huomioon ja mitä ongelmia kehittämiseen liittyy. Yleispätevän testaustyökalun kehittäminen osoittautui hankalaksi, vaikka testattavat ohjelmat ovat yksinkertaisia. Harjoitusmateriaaliin kuuluneiden yli 50 ohjelman testaamisessa tarvittavia tiedostoja oli yhteensä hyvin suuri määrä, ja niiden käsittelemiseksi työkalussa ja sen ulkopuolella oli vaikeaa valita optimaalista hakemistorakennetta. Lisäksi joidenkin testattavien ohjelmien havaittiin vaativan testauksessa muista poikkeavia lisätoimenpiteitä, jotka päätettiin jättää toteuttamatta työn puitteissa. Työn toivottu tulos jäi siten osittain saavuttamatta. Tuloksena syntyi kuitenkin työkalu, jolla voidaan ajaa 93 % nykyisistä esimerkkiratkaisuista määritellyillä testisyötteillä halutussa Python -ympäristössä ja saada tiedot ohjelmien toimivuudesta sekä niiden tuottamien tulosteiden täsmäävyydestä esimerkkitulosteisiin.

Taloushallinnon tehostaminen – tapaustutkimus ostolaskuprosessin tehostamisesta

Kasvava kilpailu ja alati globalisoituvat markkinat ovat pakottaneet yrityksiä hakemaan tehokkuutta myös taloushallinnon kaltaisista prosesseista, joiden tehokkuuteen ei aikaisemmin kiinnitetty juurikaan huomiota. Tutkielman ensimmäisenä keskeisenä tavoitteena on lisätä tietoa taloushallinnon tehostamisesta peilaamalla sitä tutkielman teoreettisen viitekehyksen kolmen keskeisen elementin – liiketoimintaprosessien tehostamisen, sähköisen taloushallinnon innovaatioiden ja taloushallinnon rajat ylittävän ulkoistamisen – kautta. Tutkimuksen toisena keskeisenä tavoitteena on syventää tätä teoreettista tietoa ja analysoida taloushallinnon tehostamiseksi kehitettyjen menetelmien toimivuutta Suomessa toimivan yrityksen ostolaskuprosessin osalta. Tutkielmassa pystyttiin selkeästi tuomaan esiin taloushallinnon tehostumiseen vaikuttaneita tekijöitä ja osoittamaan näiden ostolaskuprosessia tehostava vaikutus. Analysoitaessa eri menetelmien keskinäistä tehokkuutta voidaan suomalaisen yrityksen näkökulmasta perustellusti olettaa, että rajat ylittävät ulkoistamiset ovat vain välivaihe matkalla mahdollisimman pitkälle automatisoituun prosessiin – kun laskut vastaanotetaan sähköisinä verkkolaskuina ja täsmäytetään automaattisesti sähköisiin ostotilauksiin, voidaankin kysyä mitä ostolaskuprosessista voitaisiin ylipäänsä ulkoistaa.

Quantification and Clinical Relevance of Cystatin C

An aging population and increasing rates of diabetes mellitus contribute to a high prevalence of kidney dysfunction – approximately 10 percent of adults in developed countries have chronic kidney disease (CKD). CKD is a progressive loss of kidney function and this remains permanent. Early recognition of this condition is important for prevention or impeding severe adverse cardiac and renal outcomes. Cystatin C is a low molecular weight cysteine protease inhibitor that has emerged as a biomarker of kidney function. The special potential of plasma cystatin C in this setting is related to its independency of muscle mass, which is a remarkable limitation of the traditional marker creatinine. Cystatin C is a sensitive marker in diagnosing mild and moderate CKD, especially in small children, in the elderly and in conditions where muscle mass is affected. Cystatin C is quantified with immunoassays, mainly based on particle-enhanced nephelometry (PENIA) or turbidimetry (PETIA). The aim of this study was to develop a rapid and reliable assay for quantification of human cystatin C in plasma or serum by utilizing time-resolved fluorescence-based immunoassay methods. This was accomplished by utilizing different antibodies, including polyclonal and 7 monoclonal antibodies against cystatin C. Different assay designs were tested and the best assay was further modified to a dry-reagent double monoclonal assay run on an automated immunonalyzer. This assay was evaluated for clinical performance in estimating reduced kidney function and in predicting risk of adverse outcomes in patients with non-ST elevation acute coronary syndrome. Of the tested assay designs, heterogeneous non-competitive assay had the best performace and was chosen to be developed further. As an automated double monoclonal assay, this assay enabled a reliable measurement of clinically relevant cystatin C concentrations. It also showed a stronger concordance with the reference clearance method than the conventional PETIA method in patients with reduced kidney function. Risk of all-cause mortality and combined events, defined by death and myocardial infarction, increased with higher cystatin C and cystatin C remained an independent predictor of death and combined events after adjustment to nonbiochemical baseline factors. In conclusion, the developed dry-reagent double monoclonal assay allows rapid and reliable quantitative measurement of cystatin C. As measured with the developed assay, cystatin C is a potential predictor of adverse outcomes in cardiac patients.

Automatisoidun rajatarkastuksen mallinnusvaihtoehdot

Automatisoitu rajatarkastus on Rajavartiolaitoksen uutta teknologiaa, jonka avulla pyritään vastaamaan nykypäivän haasteisiin. Haasteita ovat kasvava Schengen-alueen ulkorajan yli-tysten lukumäärä, tiukkenevat kansainväliset vaatimukset ja muuttuva henkilöstörakenne. Rajatarkastukset ovat iso osa Rajavartiolaitoksen ydintehtävää, rajaturvallisuuden ylläpitä-mistä, mutta tärkeä tavoite on myös rajaliikenteen sujuvuuden varmistaminen. Automatisoi-dulla rajatarkastuksella pyritäänkin vastaamaan tähän haasteeseen niin, että henkilöstöä on käytettävissä muissa sitä vaativissa tehtävissä. Uudehkona apuvälineenä automatisoitua rajatarkastusta pyritään kehittämään niin, että siitä saatava hyöty olisi mahdollisimman suuri. Työssä on tutkittu niin prosessimallinnuksen teo-rioita kuin automatisoitua rajatarkastusta ja nämä yhteen sovittamalla pyritty löytämään toi-mivin prosessimallinnusteoria, jonka avulla automatisoitua rajatarkastusta voidaan myö-hemmässä vaiheessa kehittää entistä toimivammaksi. Tutkimus teoriaosuus käsittelee prosessimallinnuksen eri teorioita niin, että niitä voitaisiin hyödyntää automatisoidun rajatarkastuksen kehittämisessä. Tutkittuja prosessimallinnusme-netelmiä ovat jonoteoria, lohkokaavio ja kehittyneemmät prosessimallinnusmenetelmät. Au-tomatisoituun rajatarkastukseen on tutustuttu sitä käsittelevän kirjallisuuden, internetlähtei-den ja haastattelujen avulla. Tutkimuksesta saatujen tulosten perusteella jonoteoria on toimivin vaihtoehto automatisoi-dun rajatarkastuksen kehittämiseksi tieteellisin keinoin. Ihminen on suurin muuttuja tässä teknisessä prosessissa ja siihen vaikuttaminen on kustannustehokkainta ja yksinkertaisinta. Lohkokaavion avulla automatisoitua rajatarkastusta voidaan havainnollistaa helposti, mutta se ei yksin anna vastauksia rajatarkastuksen kehittämiseksi.

Meesauunin kannatuksien suunnittelutyökalun kehitys

Meesauunia käytetään sellun tuotantoprosessissa kemiallisessa reaktiossa, jossa kalsiumkarbonaatti muutetaan kalsiumoksidiksi. Reaktio on osa sellutehtaan kemikaalikiertoa, missä sellun valmistamisessa käytettävät kemikaalit kierrätetään uusiokäyttöön. Tässä diplomityössä on kehitetty meesauunin kannatusten automatisoitu suunnittelutyökalu vanhan AutoLispillä kehitetyn ohjelman perusteella. Kehitetyn suunnittelutyökalun tärkeimmät osat ovat Excelissä tehdyt kuormituslaskenta ja mitoituslaskenta. Näillä ohjataan Autodeskin Inventoriin kehitettyä cad-mallia ja valmistuspiirustusta. Laskentaohjelmat ja cad-malli on kehitetty mahdollistamaan uusien uunikokojen helpon lisäämisen ohjelmaan. Diplomityössä on perehdytty kuormituslaskentaan standardien mukaisesti. Käytettyjä standardeja ovat esimerkiksi Eurokoodi ja Uniform Building Code. Epätavallisten tilanteiden kuormituslaskennassa käytettiin apuna FE-analyysilla kehitettyjä laskentamalleja. Näitä käytettiin uunin taipumisesta aiheutuvien voimien laskennassa ja lovetun kannatinpyörän aiheuttamien impulssivoimien suuruuden määrittämisessä. Lisäksi diplomityössä perehdyttiin suunnitteluautomaatin kehittämiseen Exceliä apuna käyttäen. Suunnittelutyökalun toimivuutta on verifioitu suunnittelemalla kehitetyllä suunnittelutyökalulla standardiuuneja ja verrattu tuloksia ja valmistuspiirustuksia vanhalla ohjelmalla tulostettuihin tuloksiin. Tulosten perusteella uutta suunnittelutyökalua voidaan käyttää meesauunin kannatuksien suunnitteluun.

Fragiili X -oireyhtymän molekyyligenetiikka ja diagnostiikka. Veritäpläpohjaisen fragiili X -testauksen pystyttäminen

Fragiili X (frax) -oireyhtymä on yleisin kehitysvammaisuuden perinnöllinen syy. Oireyhtymä periytyy X-kromosomissa, ja sen aiheuttaa sytosiini-guaniini-guaniini-emäskolmikon (CGG) monistuminen X-kromosomin Fragile X mental retardation 1 (FMR1) -geenin promoottorialueella. FMR1-alleelit voidaan luokitella (CGG)n-toistojen määrän mukaan neljään ryhmään: normaali (5–44), harmaa alue (45¬¬¬–54), epästabiili esimutaatio (55–200) tai täysmutaatio (yli 200). Esimutaatiotapauksissa toistojakso voi laajentua täysmutaatioksi jo yhden sukupolven aikana. Esimutaation kantajilla on havaittu monenlaisia oireita. Esimerkiksi osalla kantajanaisista on munarauhasen toiminnanhäiriöitä ja erityisesti miehillä on riski sairastua neurologiseen rappeumasairauteen. Täysmutaatiotapauksessa FMR1-promoottorialue metyloituu epänormaalisti ja geeni inaktivoituu. Täysmutaatiota kantavilla miehillä on aina frax-oireyhtymä, kun taas naisilla toisen terveen X-kromosomin suojavaikutus yleensä lieventää oireita sekä täys- että esimutaatiotapauksissa. Oireyhtymän yleisyyden, laajan oirekirjon ja lääkekehityksen edistymisen takia kiinnostus vastasyntyneiden ja kantajien seulontaa kohtaan on kasvanut. Tutkielman kokeellisessa osassa tavoitteena oli pystyttää veritäpläpohjainen automatisoitu DNA-eristysmenetelmä, joka soveltuu frax-oireyhtymän ja sen kantajien testaukseen PerkinElmerin FragilEaseTM-PCR-määrityksen kanssa. Kokonaisuudessaan testaus koostui DNA-eristyksestä, FragilEaseTM-PCR:stä, PCR-tuotteen puhdistuksesta ja monistustuotteiden havainnoinnista kapillaarigeeli-elektroforeesilla. Jokaista vaihetta optimoitiin veritäplätestaukseen sopivaksi. Frax-testaus todistettiin toimivaksi sekä aikuisten että vastasyntyneiden veritäplillä. Halkaisijaltaan 3,2 mm veritäplistä eristettyjen DNA-näytteiden epäpuhtauksista ja alhaisista pitoisuuksista huolimatta FragilEaseTM-PCR:ssä onnistuttiin monistamaan (CGG)n-alueet pienentämällä eristysnäytteiden reaktiotilavuutta ja nostamalla PCR-syklimäärää. Pisin testattu monistusalue oli 200 toistojaksoa. Lisäksi muokkaamalla DNA-eristysvaihetta ja muuttamalla PCR-tuotteen puhdistusmenetelmää onnistuttiin nostamaan lopullista saantoa. Veritäpläpohjaisen frax-testauksen osoitettiin soveltuvan niin vastasyntyneiden kuin kantajien seulontaan.