The Confidence Information Ontology: a step towards a standard for asserting confidence in annotations.

Biocuration has become a cornerstone for analyses in biology, and to meet needs, the amount of annotations has considerably grown in recent years. However, the reliability of these annotations varies; it has thus become necessary to be able to assess the confidence in annotations. Although several resources already provide confidence information about the annotations that they produce, a standard way of providing such information has yet to be defined. This lack of standardization undermines the propagation of knowledge across resources, as well as the credibility of results from high-throughput analyses. Seeded at a workshop during the Biocuration 2012 conference, a working group has been created to address this problem. We present here the elements that were identified as essential for assessing confidence in annotations, as well as a draft ontology--the Confidence Information Ontology--to illustrate how the problems identified could be addressed. We hope that this effort will provide a home for discussing this major issue among the biocuration community. Tracker URL: https://github.com/BgeeDB/confidence-information-ontology Ontology URL: https://raw.githubusercontent.com/BgeeDB/confidence-information-ontology/master/src/ontology/cio-simple.obo

Mémoires sur le marquis de Varembon / avec notices et annotations par feu Jules Borgnet,...

Collection : Collection de mémoires relatifs à l'histoire de Belgique. XVIe siècle ; 48

Paraphrase des C.L. Pseaumes de David tant literale que mystique avec annotations necessaires... Edition seconde... Par Antoine de Laval...

[Bible. A.T.. Psaumes (latin-français). 1614. Laval]

Nouveau coutumier général, ou Corps des coutumes générales et particulières de France et des provinces connues sous le nom de Gaules. Tome 3 / ... avec les notes de MM. Toussaint Chauvelin, Julien Brodeau et Jean-Marie Ricard,... jointes aux annotations de MM. Charles Du Molin,... François Ragueau et Gabriel-Michel de La Rochemaillet, mis en ordre... et enrichi de nouvelles notes... par M. Charles A. Bourdot de Richebourg...

[Coutume. France. 1724]

Nouveau coutumier général, ou Corps des coutumes générales et particulières de France et des provinces connues sous le nom de Gaules. Tome 1 / ... avec les notes de MM. Toussaint Chauvelin, Julien Brodeau et Jean-Marie Ricard,... jointes aux annotations de MM. Charles Du Molin,... François Ragueau et Gabriel-Michel de La Rochemaillet, mis en ordre... et enrichi de nouvelles notes... par M. Charles A. Bourdot de Richebourg...

[Coutume. France. 1724]

Nouveau coutumier général, ou Corps des coutumes générales et particulières de France et des provinces connues sous le nom de Gaules. T. 2, partie 2 / ... avec les notes de MM. Toussaint Chauvelin, Julien Brodeau et Jean-Marie Ricard,... jointes aux annotations de MM. Charles Du Molin,... François Ragueau et Gabriel-Michel de La Rochemaillet, mis en ordre... et enrichi de nouvelles notes... par M. Charles A. Bourdot de Richebourg...

[Coutume. France. 1724]

« Annotations sur la recherche de l'oeuvre universel, traduites du latin d'ORTELLIUS ».

Contient : « Extrait de Perrier de Mr Quenel, médecin »

Hématoblaste. Troisième élément du sang. Avant-propos et annotations, par le docteur L. Rivet, médecin des hôpitaux

Comprend : Avant-propos

Oeuvres complètes de J. Racine. Remarques et annotations, Discours académiques, Correspondance / avec une vie de l'auteur et un examen de chacun de ses ouvrages par M. Saint-Marc Girardin... [et L. Moland]

Collection : Chefs-d'oeuvre de la littérature française ; 20-27

Étude des annotations d’un enseignant à la suite de l’enseignement explicite des stratégies de résolution de problèmes mathématiques

Le Programme de formation de l’école québécoise situe l’élève au cœur de ses apprentissages. L’enseignant peut faciliter le développement des compétences en offrant une rétroaction permettant à l’élève de progresser dans ses apprentissages. Il est difficile pour les enseignants de faire des annotations pertinentes et efficaces en mathématique, car l’accent est mis sur le concept travaillé et non sur la démarche mathématique. C’est pourquoi, nous avons porté notre regard sur l’incidence que peut avoir l’enseignement explicite des stratégies ainsi que sur les annotations faites par l’enseignant sur les copies des élèves en ce qui a trait au développement de leurs compétences à résoudre des problèmes complexes en mathématique. Nous avons opté pour une recherche qualitative et collaborative pour vivre un échange avec l’enseignant et vivre une interinfluence entre le praticien et le chercheur. La qualité des sujets a été favorisée. La technique d’échantillonnage retenue pour le choix de l’enseignant a été celle de cas exemplaires, tandis que celle que nous avons choisie pour les élèves était l’échantillonnage intentionnel critérié. La recherche a duré du mois de novembre au mois de mai de l’année scolaire 2008-2009. Comme instruments de cueillette de données, nous avons opté pour des entrevues avec l’enseignant et des mini-entrevues avec les élèves à deux moments de la recherche. Nous avons consulté les travaux corrigés des élèves dans leur portfolio. Notre étude fait ressortir l’apport de l’enseignement stratégique de la démarche mathématique. Les résultats précisent que les annotations de type méthodologique ont été celles qui ont été les plus utilisées et ont permis une meilleure compréhension chez l’élève. De plus, elles favorisent le transfert d’une situation à l’autre et permettent à l’élève d’obtenir de meilleurs résultats.

LORESA : un système de recommandation d'objets d'apprentissage basé sur les annotations sémantiques

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Projection multilingue d'annotations pour dialogues avancés

Depuis quelques années, les applications intégrant un module de dialogues avancés sont en plein essor. En revanche, le processus d’universalisation de ces systèmes est rapidement décourageant : ceux-ci étant naturellement dépendants de la langue pour laquelle ils ont été conçus, chaque nouveau langage à intégrer requiert son propre temps de développement. Un constat qui ne s’améliore pas en considérant que la qualité est souvent tributaire de la taille de l’ensemble d’entraînement. Ce projet cherche donc à accélérer le processus. Il rend compte de différentes méthodes permettant de générer des versions polyglottes d’un premier système fonctionnel, à l’aide de la traduction statistique. L’information afférente aux données sources est projetée afin de générer des données cibles parentes, qui diminuent d’autant le temps de développement subséquent. En ce sens, plusieurs approches ont été expérimentées et analysées. Notamment, une méthode qui regroupe les données avant de réordonner les différents candidats de traduction permet d’obtenir de bons résultats.

The Genomic Threading Database: a comprehensive resource for structural annotations of the genomes from key organisms

Currently, the Genomic Threading Database (GTD) contains structural assignments for the proteins encoded within the genomes of nine eukaryotes and 101 prokaryotes. Structural annotations are carried out using a modified version of GenTHREADER, a reliable fold recognition method. The Gen THREADER annotation jobs are distributed across multiple clusters of processors using grid technology and the predictions are deposited in a relational database accessible via a web interface at http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/GTD. Using this system, up to 84% of proteins encoded within a genome can be confidently assigned to known folds with 72% of the residues aligned. On average in the GTD, 64% of proteins encoded within a genome are confidently assigned to known folds and 58% of the residues are aligned to structures.