Sorex bedfordiae has the Smallest Diploid Chromosome Number of the XY Group in the Genus Sorex (Mammalia, Soricidae)

Karyological data on the lesser stripe-backed shrew, Sorex bedfordiae, were obtained from four specimens collected on Mt. Laojun, Lijiang District, Yunnan Province, China. Three of the four S. bedfordiae specimens had karyotypes consisting of 2n=26, NFa=4

树鼩原代肝细胞培养体系和乙型肝炎病毒体外感染模型的建立

乙型肝炎病毒（Hepatitis Virus type B, HBV）感染是一种严重威胁人类健康的世界性问题。由于HBV感染具有宿主和组织特异性，长期以来一直缺乏有效的体外感染模型，严重制约了HBV感染机制和治疗药物的研究。树鼩（Tree Shrews, Tupaia Belangeri）与人和灵长类亲缘关系较为接近，作为小动物模型在乙型肝炎研究中备受关注。但由于各种原因的限制，HBV树鼩感染模型仍处于“国际公认但实际短缺，国内首创但实际空缺”的状况。因此，复建和优化HBV树鼩体内外感染模型成为我们长期研究方向所必备的前提基础和开端。而树鼩原代肝细胞的分离和培养则是建立HBV体外感染模型的关键的第一步。我们通过与机械分离法的直接比较，验证了两步灌注法在树鼩肝细胞分离中的优越性。进而发现，在分离后的体外培养过程中，二甲基亚砜不仅能够促进和维持原代肝细胞的分化，而且能够显著地抑制纤维状细胞群的出现。同时，肝细胞生长因子（HGF）和表皮生长因子（EGF）能够促进肝细胞在体外长期存活。在此优化的条件下，原代培养可持续4-5周，并且较多的细胞聚集形成类似肝窦结构的形态，从而成功地复制和改进了树鼩原代肝细胞培养体系，为建立HBV体外感染模型提供了基础。与此同时，我们采集了2种来源的HBV，即以乙肝病人血清和HepG2.2.15细胞培养上清为来源。我们采用蔗糖浓度梯度离心法以纯化病人血清病毒，能较好地将HBV颗粒和亚病毒颗粒区分开来。在收集HepG2.2.15细胞株来源的病毒时，我们详细研究了HepG2.2.15细胞的生长曲线和病毒产量曲线，找到病毒产量与细胞生长状态之间的联系，确定了最佳收集病毒时间，并通过放大培养条件，大量收集HepG2.2.15细胞的培养上清。我们采用浓缩和未浓缩的HepG2.2.15病毒、纯化的血清病毒等3种方式制备的病毒感染树鼩原代肝细胞，通过不同水平的指标来检测感染结果。首先，细胞内HBVx基因mRNA的检测结果表明，3种来源的病毒都可以感染树鼩原代肝细胞。同时，细胞上清中分泌的病毒颗粒及病毒蛋白的检测结果表明，HepG2.2.15病毒感染树鼩原代肝细胞的效果比血清病毒的感染效果好。免疫荧光的检测结果进一步证实了HepG2.2.15病毒能够感染树鼩原代肝细胞。因此，在我们的实验中，树鼩原代肝细胞对2种来源和不同制备方式的病毒均具有易感性，且以未浓缩的HepG2.2.15上清病毒感染力优于血清病毒。综上所述，我们现有的结果验证了树鼩原代肝细胞对HBV具有易感性。就感染效率而言，尽管感染效率依赖于病毒滴度及其感染力，我们在病毒细胞比例为0.02:1的条件下，仍能确认易感性，并获得了与国际同类研究相当的感染效率。就本研究的应用前景而言，我们所建立的HBV体外感染模型，能够作为实验室的通用平台，用以来研究HBV的感染机制和抗病毒药物的筛选与评价。

树鼩NKT细胞新型抗原递呈分子CD1d的分子克隆及初步分析

目前多数学者认为树鼩（Tree shrews）是灵长目攀居目树鼩科的一种小型哺乳动物。因其具有体型小、易饲养、价格低、新陈代谢和解剖结构与人类非常接近等优点，树鼩已经成为多种人类疾病研究的良好动物模型。树鼩作为乙型肝炎病毒（HBV）感染的动物模型已经被广泛应用。 自然杀伤性T细胞（Natrual killer T cells, NKT cells）可同时表达NK细胞和T细胞的表面标记，是CD1d限制性的特殊的淋巴细胞亚群，在机体的免疫反应中起重要作用。研究表明，在HBV感染及乙型肝炎的发病过程中，NKT细胞既有抑制和清除病毒的作用，也有加重肝炎及相关病症的负作用。因此，对NKT细胞的研究及恰当地调节将有助于理解和解决在研究乙肝防治中遇到的问题，但在树鼩中，至今尚无NKT细胞的相关报道。 目前公认的检测NKT细胞的手段是用加载了α-GalCer的CD1d四聚体检测。但至今尚无树鼩特异的相关抗体，给树鼩NKT细胞的研究造成很大障碍。因此，获得树鼩特异的CD1d四聚体是研究其NKT细胞特征和功能的前提。本论文作为其中一部分，目的是克隆树鼩CD1d编码区全长序列，为今后抗体的制备奠定基础。 本论文中，我们完成了相关工作并得到了以下结果：1、首次克隆得到了树鼩CD1d基因编码区的全长序列（1002bp），并预测了其氨基酸序列；2、通过比对分析得知其与灵长类的CD1d同源性较高，达到80％以上；同时，通过系统进化树分析，得知树鼩与灵长类亲缘关系较其它物种更近；3、首次分析了树鼩的CD1d mRNA在不同组织中的表达情况，发现树鼩的肝，肺中CD1d表达量较高，外周血和脾脏中也有少量表达。 总之，我们首次克隆得到了树鼩CD1d的编码区的全长序列，为今后制备CD1d四聚体进而研究树鼩的NKT细胞奠定了基础；同时首次分析了CD1d mRNA在树鼩的部分组织中的表达情况，结合以往其它物种中CD1d组织分布情况的检测结果，为树鼩中CD1d分子的研究提供了材料和数据基础。

The ecology of the Irish stoat

The Irish stoat, Mustela erminea hibernica (Thomas and Barrett-Hamilton), has been regarded as an intermediate between the British stoat and the weasel. In this study Irish stoats, mainly from road casualties, were collected and studied. A small number were also live-trapped and radio-tracked. Thus information was gathered on the stoat’s ecology, in particular its form (size and coat colours), reproduction, food habits, parasites, habitat utilisation mortality and predation. The Irish stoats studied were clearly not intermediate in size between British stoats and weasels. They showed considerable size overlap with British stoats, and marked size variation within Ireland. It is argued that size of stoats is determined by food supply early in life. The ventral coat pattern of Irish stoats is apparently unique in the Palaearctic, being similar to that of some stoats found on the west coast of North America. It is argued that this is an example of parallel evolution resulting from adaptation to similar climatic conditions. The stoats were reproductively active in spring and summer. Food consisted mainly of rabbits, but rats, birds, shrews mice and voles were also consumed. Mites were the most numerous ectoparasites, followed by lice, ticks and fleas. Damage by the parasitic nematode Skrjabingylus nasicola was found more frequently in female stoat skulls. Stoats were frequently found in a variety of habitats, both open and wooded. Some of the radio-tracked stoats climbed trees. Dens used were often rat holes. Only one home range, that of a breeding female, was considered to have been accurately measured. It was 22 ha. in size. Mortality is known to have been caused by road accidents and domestic carnivores. It is argued that predation by raptorial birds is important to stoat populations. Results of this study are compared with information available from elsewhere.

First record of greater white-toothed shrew Crocidura russula in Ireland

1. Skeletal remains of greater white-toothed shrew Crocidura russula were recovered from barn owl Tyto alba and kestrel Falco tinnunculus pellets collected at 15 locations in Counties Tipperary and Limerick in Ireland in September 2007 and March 2008. Seven greater white-toothed shrews were trapped at four locations in Tipperary in March 2008. This is the first Irish record of C. russula and compelling evidence that the species is established in Ireland.

‘Invasional meltdown’: evidence for unexpected consequences and cumulative impacts of multispecies invasions

Empirical support for ‘invasional meltdown’, where the presence of one invading species facilitates another and compounds negative impacts on indigenous species, is equivocal with few convincing studies. In Ireland, the bank vole was introduced 80 years ago and now occupies a third of the island. The greater white-toothed shrew arrived more recently within the invasive range of the bank vole. We surveyed the abundance of both invasive species and two indigenous species, the wood mouse and pygmy shrew, throughout their respective ranges. The negative effects of invasive on indigenous species were strong and cumulative bringing about species replacement. The greater white-toothed shrew, the second invader, had a positive and synergistic effect on the abundance of the bank vole, the first invader, but a negative and compounding effect on the abundance of the wood mouse and occurrence of the pygmy shrew. The gradual replacement of the wood mouse by the bank vole decreased with distance from the point of the bank vole’s introduction whilst no pygmy shrews were captured where both invasive species were present. Such interactions may not be unique to invasions but characteristic of all multispecies communities. Small mammals are central in terrestrial food webs and compositional changes to this community in Ireland are likely to reverberate throughout the ecosystem. Vegetation composition and structure, invertebrate communities and the productivity of avian and mammalian predators are likely to be affected. Control of these invasive species may only be effected through landscape and habitat management.

Invasive alien species disrupt spatial and temporal ecology and threaten extinction in an insular, small mammal community

The impact of invasive bank vole (Myodes glareolus) and greater white-toothed shrew (Crocidura russula) on indigenous Irish small mammals, varies with season and habitat. We caught bank voles in deciduous woodland, young coniferous plantations and open habitats such as rank grass. The greater white-toothed shrew was absent from deciduous woods and plantations but did use open habitats with low level cover in addition to field margins. Numbers of both invasive species in field margins during summer were higher than in the previous spring. The indigenous wood mouse (Apodemus sylvaticus) and pygmy shrew (Sorex minutus), differed in degrees of negative response to invasive species. Wood mice with bank voles in hedgerows had reduced recruitment and lower peak abundance. This effect was less extreme where both invasive species were present. Wood mice numbers along field margins and open habitats were significantly depressed by the presence of the bank vole with no such effect in deciduous woodland or coniferous plantations. Summer recruitment in pygmy shrews was reduced in hedgerows with bank voles. Where greater white-toothed shrew was present, the pygmy shrew was entirely absent from field margins. Species replacement due to invasive small mammals is occurring in their major habitat i.e. field margins and open habitats where there is good ground cover. Pygmy shrew will probably disappear from these habitats throughout Ireland. Wood mice and possibly pygmy shrew may survive in deciduous woodland and conifer plantations. Mitigation of impacts of invasive species should include expansion of woodland in which native species can survive.

Mediterranean populations of the lesser white-toothed shrew (Crocidura suaveolens group): an unexpected puzzle of Pleistocene survivors and prehistoric introductions.

An earlier study revealed the strong phylogeographical structure of the lesser white-toothed shrew (Crocidura suaveolens group) within the northern Palaearctic. Here, we aim to reconstruct the colonization history of Mediterranean islands and to clarify the biogeography and phylogeographical relationships of the poorly documented Middle East region with the northern Palaearctic. We performed analyses on 998-bp-long haplotypes of the mitochondrial cytochrome b gene of 143 samples collected around the Mediterranean basin, including islands and the Middle East. The analyses suggest that the Cypriot shrew belongs to the rare group of relict insular Pleistocene mammal taxa that have survived to the present day. In contrast, the Cretan, Corsican and Menorcan populations were independently introduced from the Middle East during the Holocene. The phylogeographical structure of this temperate Palaearctic species within the Middle East appears to be complex and rich in diversity, probably reflecting fragmentation of the area by numerous mountain chains. Four deeply divergent clades of the C. suaveolens group occur in the area, meaning that a hypothetical contact zone remains to be located in central western Iran.

Microsatellites can be misleading: an empirical and simulation study.

It has been long recognized that highly polymorphic genetic markers can lead to underestimation of divergence between populations when migration is low. Microsatellite loci, which are characterized by extremely high mutation rates, are particularly likely to be affected. Here, we report genetic differentiation estimates in a contact zone between two chromosome races of the common shrew (Sorex araneus), based on 10 autosomal microsatellites, a newly developed Y-chromosome microsatellite, and mitochondrial DNA. These results are compared to previous data on proteins and karyotypes. Estimates of genetic differentiation based on F- and R-statistics are much lower for autosomal microsatellites than for all other genetic markers. We show by simulations that this discrepancy stems mainly from the high mutation rate of microsatellite markers for F-statistics and from deviations from a single-step mutation model for R-statistics. The sex-linked genetic markers show that all gene exchange between races is mediated by females. The absence of male-mediated gene flow most likely results from male hybrid sterility.

Identification of three Sorex species with microsatellite markers

Three sibling species of shrews, the common shrew (Sorex araneus), the Valais shrew (S. antinorii) and the Jersey shrew (S. coronatus) are morphologically similar. Different techniques based on karyorypes, morphology, biochemistry and genetic markers have been developed to identify individuals from these taxa. In this paper, we have used multiple microsatellite markers (L13, L14 and L99) to identify 55 dead animals coming from the Tarentaise Valley in France. As some individuals showed an unclear pattern with loci previously thought to be diagnostic (Lugon-Moulin et al. 2000), we have used morphologic measurements (Hausser et al. 1991) to confirm the status of these animals. This analysis clearly showed the limitations of the use of genetic diagnostic markers that have been designed in local populations and then applied to a wider scale. Even if these markers have great advantages over other techniques (i.e. simple to use and do not require samples from living animals), they should always be used with caution. There is always a risk of a locus not being diagnostic in the sampling region or in finding individuals with hybrid genotypes. Additional genetic markers should then be used, simultaneously with other identification techniques, to be sure of the status of the individuals.

Localization and function of the endocannabinoid system throughout the retinogeniculate pathway of vervet monkeys

Le système endocannabinoïde (eCB) est présent dans le système nerveux central (SNC) de mammifères, incluant la rétine, et est responsable de la régulation de nombreux processus physiologiques. Bien que la présence du récepteur cannabinoïde de type 1 (CB1R) a bien été documenté dans la rétine de rongeurs et primates, il y a encore une controverse quant à la présence du récepteur cannabinoïde de type 2 (CB2R) au niveau du SNC. En utilisant la microscopie confocale, nous sommes les premiers à signaler les patrons d’expression du CB2R dans la rétine de singe. Nos résultats démontrent que le CB2R est exprimé exclusivement dans les cellules de Müller de la rétine du singe. En outre, nous avons comparé les différents patrons d’expression du système eCB dans la rétine de la souris, du toupaye, ainsi que du singe vervet et macaque. Nous rapportons que les distributions de CB1R, FAAH (fatty acid amid hydrolase), MAGL (monoacylglycerol lipase) et DAGLα (diacylglycerol lipase alpha) sont hautement conservées parmi ces espèces alors que CB2R et NAPE-PLD (N-acyl phosphatidylethanolamine phospholipase D) présentent différents profils d'expression. CB2R n'a pas été détecté dans les cellules neuronales de la rétine des primates. L’immunoréactivité de NAPE-PLD est présente dans les couches de la rétine de souris et toupayes, mais a été limitée à la couche des photorécepteurs des singes vervet et macaque. Pour étudier les corrélats neuronaux et le rôle de la signalisation du système eCB dans la rétine, nous avons établi un protocole standard pour l'électrorétinographie (ERG), puis enregistré la réponse ERG de la rétine après le blocage des récepteurs avec des antagonistes spécifiques pour CB1R (AM251) et CB2R (AM630). Comparé au témoin, dans des conditions photopiques, et à certaines intensités faibles du stimulus, le blocage de CB1R diminue l'amplitude de l'onde-b, alors qu’à des intensités plus élevées, le blocage de CB2R augmente l'amplitude des deux-ondes a et b. De plus, le blocage des récepteurs cannabinoïdes provoque une augmentation de la latence des deux ondes a et b. Dans des conditions d’adaptation à l'obscurité, le blocage de CB1R et CB2R réduit l’amplitudes de l'onde a seulement à des intensités plus élevées et réduit l’onde b à intensités plus faibles. Des augmentations significatives de latence ont été observées dans les deux cas. Ces résultats indiquent que les récepteurs CB1 et CB2 chez les primates non humains sont impliqués dans la fonction rétinienne conditions photopiques. En outre, nous avons évalué le profil d'expression du CB1R, de FAAH et de NAPE-PLD au-delà de la rétine dans le corps géniculé latéral des singes et nous rapportons pour la première fois que CB1R et FAAH sont exprimés davantage dans les couches magnocellulaires. La NAPE-PLD a été localisée à travers les couches magno- et parvocellulaires. Aucune de ces composantes n’est exprimée dans les couches koniocellulaires. Ces résultats nous aident à mieux comprendre les effets des cannabinoïdes sur le système visuel qui pourraient nous mener à trouver éventuellement de nouvelles cibles thérapeutiques.

Le système endocannabinoïde dans la rétine du singe : expression, localisation et fonctions

Le cannabis produit de nombreux effets psychologiques et physiologiques sur le corps humain. Les molécules contenues dans cette plante, désignées comme « phytocannabinoïdes », activent un système endogène qu’on appelle le système endocannabinoïde (eCB). Les effets de la consommation de cannabis sur la vision ont déjà été décrits sans cependant de formulation sur les mécanismes sous-jacents. Ces résultats comportementaux suggèrent, malgré tout, la présence de ce système eCB dans le système visuel, et particulièrement dans la rétine. Cette thèse vise donc à caractériser l’expression, la localisation et le rôle du système eCB dans la rétine du singe vervet, une espèce animale ayant un système visuel semblable à celui de l’humain. Nous avons mis au point un protocole expérimental d’immunohistochimie décrit dans l’article apparaissant dans l’Annexe I que nous avons utilisé pour répondre à notre objectif principal. Dans une première série de quatre articles, nous avons ainsi caractérisé l’expression et la localisation de deux récepteurs eCBs reconnus, les récepteurs cannabinoïdes de type 1 (CB1R) et de type 2 (CB2R), et d’un 3e présumé récepteur aux cannabinoïdes, le récepteur GPR55. Dans l’article 1, nous avons démontré que CB1R et une enzyme clé de ce système, la fatty acid amide hydrolase (FAAH), sont exprimés dans les parties centrale et périphérique de la rétine, et abondamment présents dans la fovéa, une région où l’acuité visuelle est maximale. Dans l’article 2, nous avons localisé le CB2R dans des cellules gliales de la rétine : les cellules de Müller et nous avons proposé un modèle sur l’action de cette protéine dans la fonction rétinienne faisant appel à une cascade chimique impliquant les canaux potassiques. Dans l’article 3, nous avons observé le GPR55 exclusivement dans les bâtonnets qui sont responsables de la vision scotopique et nous avons soumis un deuxième modèle de fonctionnement de ce récepteur par le biais d'une modulation des canaux calciques et sodiques des bâtonnets. Vu que ces 3 récepteurs se retrouvent dans des cellules distinctes, nous avons suggéré leur rôle primordial dans l’analyse de l’information visuelle au niveau rétinien. Dans l’article 4, nous avons effectué une analyse comparative de l’expression du système eCB dans la rétine de souris, de toupayes (petits mammifères insectivores qui sont sont considérés comme l’étape intermédiaire entre les rongeurs et les primates) et de deux espèces de singe (le vervet et le rhésus). Ces résultats nous ont menés à présenter une hypothèse évolutionniste quant à l’apparition et à la fonction précise de ces récepteurs. Dans les articles subséquents, nous avons confirmé notre hypothèse sur le rôle spécifique de ces trois récepteurs par l’utilisation de l’électrorétinographie (ERG) après injection intravitréenne d’agonistes et d’antagonistes de ces récepteurs. Nous avons conclu sur leur influence indéniable dans le processus visuel rétinien chez le primate. Dans l’article 5, nous avons établi le protocole d’enregistrement ERG normalisé sur le singe vervet, et nous avons produit un atlas d’ondes ERG spécifique à cette espèce, selon les règles de l’International Society for Clinical Electrophysiology of Vision (ISCEV). Les patrons électrorétinographiques se sont avérés semblables à ceux de l’humain et ont confirmé la similarité entre ces deux espèces. Dans l’article 6, nous avons démontré que le blocage de CB1R ou CB2R entraine une modification de l’électrorétinogramme, tant au niveau photopique que scotopique, ce qui supporte l’implication de ces récepteurs dans la modulation des ondes de l’ERG. Finalement, dans l’article 7, nous avons confirmé le modèle neurochimique proposé dans l’article 3 pour expliquer le rôle fonctionnel de GPR55, en montrant que l’activation ou le blocage de ce récepteur, respectivement par un agoniste (lysophosphatidylglucoside, LPG) ou un antagoniste (CID16020046), entraine soit une augmentation ou une baisse significative de l’ERG scotopique seulement. Ces données, prises ensemble, démontrent que les récepteurs CB1R, CB2R et GPR55 sont exprimés dans des types cellulaires bien distincts de la rétine du singe et ont chacun un rôle spécifique. L’importance de notre travail se manifeste aussi par des applications cliniques en permettant le développement de cibles pharmacologiques potentielles dans le traitement des maladies de la rétine.

Statistical Analysis of Eco-Toxicologic Data of Mammals from a Polluted Area

Several eco-toxicological studies have shown that insectivorous mammals, due to their feeding habits, easily accumulate high amounts of pollutants in relation to other mammal species. To assess the bio-accumulation levels of toxic metals and their in°uence on essential metals, we quantified the concentration of 19 elements (Ca, K, Fe, B, P, S, Na, Al, Zn, Ba, Rb, Sr, Cu, Mn, Hg, Cd, Mo, Cr and Pb) in bones of 105 greater white-toothed shrews (Crocidura russula) from a polluted (Ebro Delta) and a control (Medas Islands) area. Since chemical contents of a bio-indicator are mainly compositional data, conventional statistical analyses currently used in eco-toxicology can give misleading results. Therefore, to improve the interpretation of the data obtained, we used statistical techniques for compositional data analysis to define groups of metals and to evaluate the relationships between them, from an inter-population viewpoint. Hypothesis testing on the adequate balance-coordinates allow us to confirm intuition based hypothesis and some previous results. The main statistical goal was to test equal means of balance-coordinates for the two defined populations. After checking normality, one-way ANOVA or Mann-Whitney tests were carried out for the inter-group balances

Análise morfométrica do sistema auditivo periférico da preguiça (Bradypus variegatus)

A superordem Xenarthra é composta de 31 espécies viventes de tatus, tamanduás e preguiças. As arborícolas preguiças pertencem a dois gêneros, Choloepus e Bradypus, cuja divergência se deu a aproximadamente 40 milhões de anos atrás. As similaridades entre os dois taxa, tais como a presença de algas verdes nos pêlos e habilidade locomotora suspensória, são notáveis exemplos de evolução convergente. A exata posição da linhagem Xenarthra entre os mamíferos na árvore filogenética ainda não é completamente compreendida, com alguns rearranjos na árvore da família dos mamíferos placentários, considerando os Xenarthras mais relacionados entre Afrotheria (que inclui musaranhos, porcos-da-terra, peixes-boi e elefantes) ou a Boreoeutheria (que inclui primatas, roedores, carnívoros e ungulados). O objetivo deste trabalho é descrever pela primeira vez características morfológicas dos ouvidos médio e interno de Bradypus variegatus e compará-las a outros mamíferos placentários que possuam dados publicados na literatura. Nós usamos 13 espécimes adultas post-mortem (machos e fêmeas) e 15 crânios da coleção do Museu Paraense Emílio Goeldi. Além das medições, foram usadas técnicas de microscopia óptica, microscopia eletrônica de varredura e tomografia computadorizada. Através da árvore filogenética das preguiças, o gênero Bradypus é posicionado como táxon-irmão de todas as outras preguiças. Nossos resultados mostram que a morfologia do ouvido médio e interno de Bradypus variegatus é similar a de outros mamíferos com dados publicados na literatura e que apresentam escalonamento alométrico.