Caracterização genética e análise de polimorfismos da região promotora do gene da enzima esteraoil-coenzima a dessaturase em báfalas leiteiras

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Caracterização genética parcial e completa da nucleoproteína de hantavírus na Amazônia brasileira

A Síndrome Pulmonar por Hantavírus (SPH) vem sendo diagnosticada na Amazônia brasileira desde 1995. Até dezembro de 2010 já foram diagnosticados 289 casos na Amazônia brasileira, registrados nos estados do Mato Grosso, Pará, Maranhão, Amazonas e Rondônia. O objetivo geral do presente estudo foi caracterizar geneticamente cepas de hantavirus circulantes nesses estados. Foram utilizadas amostras de vísceras de roedores silvestres positivos para anticorpos IgG contra hantavírus, capturados em estudos ecoepidemiológicos, realizados nos municípios de Itacoatiara/AM, Alto Paraíso/RO e Campo Novo do Parecis/MT, e soro/sangue de casos humanos de SPH provenientes dos municípios da área de influência da BR-163, nos estados do Pará e Mato Grosso, Tomé-Açu/PA, Tangará da Serra/MT, além de pool de vísceras de um óbito procedente de Anajatuba/MA. As amostras foram submetidas à extração de RNA viral, seguida das reações de RT-Hemi-Nested-PCR para amostras de roedores, RT-Nested-PCR para amostras de humanos e sequenciamento nucleotídico, utilizando o método de Sanger e o pirossequenciamento, sendo, posteriormente, verificados quanto a aspectos como, identidade (BLAST search), similaridade (SimPlot) e homologia nucleotídica e aminoacídica com outros hantavírus (Clustal W). Foram obtidas as sequências parciais dos hantavírus em cinco roedores da espécie Oligoryzomys microtis (n=2 de Itacoatiara/AM; n=3 de Alto Paraíso/RO) e em oito amostras de humanos (n=1 de Tomé-Açu/PA; n=1 de Altamira/Cachoeira da Serra; n=1 de Novo Progresso/PA; n=1 de Guarantã do Norte/MT; n=1 de Anajatuba/MA e n=3 de Altamira/Castelo dos Sonhos). Com a utilização da estratégia do pirossequenciamento foram obtidas as sequências completas do gene N, S-RNA dos hantavírus em três roedores (n=2 de Alto Paraíso/RO e n=1 de Campo Novo do Parecis/MT) e dois casos humanos (n=1 de Tangará da Serra/MT e n=1 de Novo Progresso/PA). As análises das sequências completas demonstraram a presença de ORFs para uma possível proteína NSs, já descrita para outros hantavírus. As análises filogenéticas entre as sequências obtidas neste estudo e de outros hantavírus disponíveis no GenBank sugerem que, o vírus Castelo dos Sonhos é o responsável pelos casos de SPH em municípios da área de influência da BR-163, obtendo-se, pela primeira vez, a sequência completa desse vírus em roedor Oligoryzomys utiaritensis, capturado no Mato Grosso; confirmou-se a circulação contínua do vírus Laguna Negra-like, associado aos casos de SPH no estado do Mato Grosso; o vírus Mamoré-like foi detectado pela primeira vez em roedores O.microtis, nos estado do Amazonas e Rondônia, porém não associado a casos humanos; o vírus Anajatuba foi o responsável por um caso de óbito proveniente do Maranhão. Esse trabalho servirá como suporte para estudos moleculares e epidemiológicos futuros, pois, fornece dados inéditos acerca da transmissão das hantaviroses na Amazônia brasileira.

Diversidade genética de Xanthomonas citri subsp. citri, caracterização molecular e patogênica de Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii e detecção de Xanthomonas alfalfae em citrumelo ‘Swingle’ (Citrus paradisi Macf. x Poncirus trifoliata L. Raf.) no Brasil

Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV

Caracterização genética de micobactérias não tuberculosas isoladas de espécimes clínicos pulmonares no estado do Pará

Nos últimos anos tem sido observado um aumento de relatos de infecções causadas por micobactérias não tuberculosas (MNT). No entanto, dados sobre frequência e espécies envolvidas em infecções pulmonares no Brasil são limitados, principalmente em estados da Região Norte do Brasil. O conhecimento das espécies de MNT associadas às infecções pulmonares tem importância clínica e epidemiológica, sendo as técnicas moleculares ferramentas capazes de oferecer um diagnóstico espécie-específico, o qual é necessário para a instituição de terapia adequada. O presente trabalho descreve a diversidade de MNT isoladas de espécimes pulmonares encaminhados ao Instituto Evandro Chagas entre 1999 e 2011 para pesquisa de micobactérias. As MNT foram inicialmente caracterizadas por PCR-restriction analysis (PRA-hsp65) e reidentificadas por sequenciamento dos genes RNAr 16S, hsp65, rpoB e região ITS1. De acordo com os achados, o método de PRA-hsp65 mostrou-se uma ferramenta prática para identificação MNT, permitindo a distinção de uma grande variedade de espécies de forma rápida, simples e barata, em comparação com o sequenciamento. Além disso, como sugerido no presente estudo, de acordo com a diversidade de espécies local, este método pode ser passível de modificações para proporcionar maior poder discriminatório. Para isolados do complexo Mycobacterium avium (MAC), a aplicação da análise de sequência do gene rpoB não se mostrou como alternativa adequada para discriminação de isolados do Estado do Pará, gerando resultados discrepantes com baixa resolução taxonômica. Um espectro particular de MNT foi associado aos casos de infecção pulmonar na região, representado principalmente por espécies dos complexos M. chelonae-M. abscessus (M. abscessus, M. massiliense e M. bolletii), M. avium (M. avium, M. intracellulare e M. colombiense) e M. simiae (M. simiae e taxa não nomeados). Dentre esse último, duas potenciais espécies foram detectadas, M. paraensis sp. nov. e M. amazoniensis sp. nov., sendo propostas como novos membros do complexo M. simiae. Entre os indivíduos afetados, as principais características encontradas foram sexo feminino, a idade superior a 50 anos, etnia parda e história de infecção prévia por tuberculose. Embora este estudo não demonstre a real magnitude de infecções pulmonares por MNT no Estado do Pará, ele descreve a diversidade de espécies e claramente retrata a importância desse grupo na região, chegando a representar 13,5% dos isolamentos micobacterianos em um laboratório de referência. Conjuntamente a esse achado, a identificação de casos de MNT em indivíduos presuntivamente diagnosticados com TB, indica a necessidade de confirmação bacteriológica, especialmente nos casos de resistência primária ao esquema básico da tuberculose.

Geologia do depósito de ouro do alvo guarda-mor, na sequência Jaupaci (Israelândia - GO)

The study area of the Guarda-Mor target (Israelândia-GO) contextualizes the terrains of the estaern portion of the Arenópolis Magmatic Arc, more accurately, the Neoproterozoic associations inserted in the field of the Jaupaci volcano-sedimentary sequence. The mapped area is located in the central-western of Goiás state. The presente paper has as main objective to characterize the structural, petrographic and litogeochemistry of the target rocks beyond to compare these factors with the Mina Bacilândia rocks (Fazenda Nova-GO) in order to assess the genetic similarity of volcano-sedimentary units and deposits associated. The Guarda-Mor target is represented by the Jaupaci metavolcanic rocks sequence presenting bimodal volcanism. This sequence consists in metafelsic rocks like sericite/muscovite quartz schist, phyllite and metarriolites and/or metariodacites with calc-alkaline geochemical signature and metamafic rocks with tholeiitic character formed by actinolite - chlorite schist and chlorite - quartz schist. Besides the package of supracrustal rocks also can be observed the occurrence of a local intrusion syn- to late - tectonic named Granito Subvulcânico. In the study area beyond the marked volcanism also seen an event of crustal melting granitogênese evidenced by the presence of 2 granites at the east and the west of the map, Granito Israelândia and Granito Iporá respectively. Structural analysis both at the macro and micro have identified 3 deformation phases. The types of rock on the region record features in the metamorphic facies top and down. These features were subdivided into 3 metamorphic areas: the east and West areas show thermal metamorphism due to intrusion of adjacente granites while the central domain displays features of regional metamorphism. Gold mineralization of the Guarda –Mor deposit target suggests a possible structural control beyond pronounced the hydrothermal alteration. The mineralization may also be...

Sucessão estratigráfica do Andar Alagoas na Serra do Tonã, Bacia do Tucano (BA)

STRATIGRAPHIC SUCCESSION OF ALAGOAS STAGE ON SERRA DO TONÃ, TUCANO BASIN (BAHIA). Located in northeast of Bahia, serra do Tonã is a NS elongated plateau that standsout in the flattened relief of Tucano Basin. The stratigraphic succession belongs to the Aptian post-rift sequence of this basin. Based on facies analysis, vertical stratigraphic profiles and satelite images interpretation, three stacked stratigraphic units were recognized: (1) lower carbonate unit, composed by laminated limestones and breccias, 5 m thick, correlated with Camadas Batateira of Arripe Basin; (2) intermediate siliciclastic unit, 100m thick and made of sandstones exhibiting finning upward cycles, overlaid by mudstones and sandstones wich sedimentary structures suggest action of tidal currents and (3) upper carbonate unit, composed by laminated limestones, 2-10 m thick, related with Santana Formation, that record lacustrine environment with possible marine influence. Paleocurrent analysis indicates proviniance from north and paleoflows towards south, similar to the Aptian fluvial facies of Araripe Basin, showing that both basins integrated the same continental paleodrainage

Modelagem estratigráfica do intervalo cenomaniano-turoniano, formações Açu e Jandaíra, na borda sudoeste da Bacia Potiguar

Pós-graduação em Geociências e Meio Ambiente - IGCE

Os limites e as possibilidades de uma sequência didática: o conceito de proporcionalidade e a aprendizagem de alunos do 5º ano do Ensino Fundamental

This study aimed to analyze the limits and possibilities of a didactic sequence, addressing the concept of proportionality in the learning of students in 5th year of elementary school. From the results of the Diagnostic Assessment Initial applied to students in a class of 5th grade of elementary school, we selected eight (8) students who participated in the constituent activities of that instructional sequence. For the development of this sequence were used theoretical elements of Genetic Epistemology (Piaget, 1990), the theory of fields of Conceptual Vergnaud (1996) and the definition of instructional sequence proposed by Zabala (1998). Finally, after 20 days of application of these activities, we applied the Diagnostic Assessment Final aimed at investigating which concepts related to proportionality were built by the participating students. By analyzing the collected data, it can be concluded the following about the possibilities of teaching sequence: 1) students who, in Diagnostica Home Assessment used the multiplication algorithm, but also did not indicate the comparison between quantities are now performing; 2) students who, in the Diagnostic Assessment Initial, used the addition algorithm, now gradually are using the multiplication algorithm; 3)students who, in the Diagnostic Assessment Initial, could not solve problems involving the idea of proportionality, are now resolving, however, still use, in large part, the addition operation as a strategy for this proportional thinking. Now, in relation to the limits of the sequence noted: 1)time sufficient to propose a higher number of problem conditions to be carried by students who may have been a trigger of construction have not through the proportional multiplication;2)the distant proposition situations of assimilation schemes (interpretation) of the students, which may have caused certain imbalance in them, preventing them from thinking about the problem situation;3)the rapid passage of...

Contexto deposicional da sequência Balbuena III (Maastrichtiano/ Daniano) da formação Yacoraite na sub-bacia metán-alemania, na região de Salta, Argentina

Pós-graduação em Geologia Regional - IGCE

Modelo deposicional de carbonatos albianos da Formação Quissamã: análise faciológica, diagenética e estratigráfica de um campo de óleo na porção meridional da Bacia de Campos

Pós-graduação em Geologia Regional - IGCE

Transcrição cooperativa de genes ribossomais em Escherichia coli usando um modelo estocástico e dependente de sequência

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Sucessão estratigráfica e tratos de sistemas do Membro Romualdo, porção leste da Bacia do Araripe, nordeste do Brasil

Located in northeastern Brazil, the evolution of Araripe Basin has been associated with the fragmentation of Gondwana and opening of the South Atlantic. The Santana Formation belongs to the post-rift sequence of the basin and is characterized by the presence of laminated limestones in the lower portion (Mb. Crato), evaporite (Ipubi) and siliciclastics (Mb. Romualdo). For better understanding of the Romualdo's stratigraphy, depositional environments and tract of systems, a stratigraphic analysis was made with representative columnar sections of the unit. Sedimentary facies have been described in detail, as well as paleocurrents measured at different stratigraphic levels. It was found that the contact of Mb. Romualdo with the carbonate-evaporite section (Mbs. Crato and Ipubi) is a unconformity, evidenced by residual lags and thin layers of conglomerates above the contact. Above the conglomeratic levels predominate fine sandstones / medium interlayered with calciferous green shales. The percentage of shales increases towards the top, featuring retrogradational stacking culminating in layers of coquinas, excellent stratigraphic mark in the basin. Thin layers of coquins of gastropods comprising equinoids, located on the shale section, present in three sections marine deposits are associated with surfaces ravine. The upper section is characterized by recurrent facies of green shales, sandstones intercalated with sandstones progressively become more frequent towards the top of the unit, featuring the regressive part of the cycle. The sandstones present cross-stratification, often with mud clasts and clay layers in the foresets, and beddings of flaser type and wavy in heterolitic facies, suggesting the action of tidal currents. Paleocurrents measured in the sandstones show gaps with opposite flow directions outlining bipolar standards, which reinforce the interpretation of shallow marine environment influenced by tides during the sedimentation...

Características diferenciales e interpretación genética de ópalos constituidos en sedimentos biosilíceos y ópalos inorgánicos (Esquivias, Cuenca de Madrid)

En los últimos años, diversos autores han citado la existencia de rocas silíceas de origen orgánico (diatomitas, s.l.) en las proximidades de Esquivias (Toledo, Cuenca de Madrid). En esta zona, dichos materiales se encuentran acompañados también por otros niveles de rocas silíceas de origen inorgánico. Los objetivos del presente trabajo se centran en el estudio comparativo, desde un punto de vista petrológico y geoquímico, de ambos tipos de rocas silíceas, con el fin de establecer su caracterización, así como las posibles diferencias en función de su génesis, origen de la sílice y ambiente de constitución. La columna estratigráfica estudiada presenta tres tipos de niveles opalinos, cada uno de ellos con una génesis diferente de acuerdo con sus características petrológicas y geoquímicas. El nivel inferior se forma por silicificación de una calcreta, siendo la fuente de la sílice externa al ámbito de constitución. La génesis del nivel intermedio es problemática, dada la compleja mineralogía del ámbito de constitución, estando la fuente de la sílice probablemente relacionada con la neoformación y /o desestabilización de minerales de la arcilla. El nivel opalino superior, incluido en sedimentos biosilíceos, se produce por envejecimiento de los organismos silíceos y cementación por sílice. En los sedimentos biosilíceos, los elementos traza se concentran, en general, en las fracciones carbonáticas y/o arcillosas, no estando presentes en los microfósiles silíceos. Por último, la evolución de los elementos traza en el proceso de silicificación es semejante en los tres tipos de ópalos estudiados, observándose una disminución de los contenidos en Sr, Zr, Rb y Zn al aumentar el índice de sílice libre definido en este trabajo (I,1). A su vez, el estudio de las relaciones CaO/MgO y Ca0/Al20 3 pone de manifiesto una posible selectividad en dicho proceso, sustituyéndose preferentemente las fases carbonáticas y posteriormente las arcillas.

Herança genética e marcadores moleculares associados à resistência de Euphorbia heterophylla L. aos herbicidas inibidores da ALS e PROTOX

This study aimed to assess the genetic inheritance, determine the better DNA isolation protocol for this species and to identify molecular markers associated with the Wild Poinsettia (Euphorbia heterophylla L.) resistance ALS- and PROTOX- inhibiting herbicides and. The genetic inheritance of resistance was determined from crosses between E. heterophylla biotypes susceptible (S) and resistant (R), backcrosses and F2 generation. The complete dominance of resistance was confirmed with dose response curves. Ten adjusted methods for DNA isolation described in the literature were tested. The specific primers for ALS and PROTOX genes were designed from the consensus DNA sequence of these genes, obtained by aligning the gene sequences of the species Manihot esculenta and Ricinus communis L. Additionally, it was assessed the transferability of twenty SSR (simple sequence repeat) markers designed for Manihot esculenta, because among the species of Euphorbiaceae with more developed SSRs markers, because it is the closest relative phylogenetic species of E. heterophylla. Regarding genetic inheritance, the frequencies observed in the F1, F2, RCs and RCr did not differ significantly from the expected frequencies for a trait controlled by two dominant genes for multiple resistance and a single dominant gene for simple resistance to ALS- and PROTOX-inhibiting herbicides. The similar levels of resistance to dosage up to 2000 g i.a. ha-1 of fomesafen and dosage up to 800 g i.a. ha-1 of imazethapyr observed in F1 (heterozygous) and homozygous R biotype confirm the complete dominance of resistance to PROTOX- and ALS-inhibiting herbicides, respectively. The 0.2%BME protocol allowed the isolation of 7,083 ng μL-1 DNA, significantly (P=0.05) higher than other methods. Co-isolation of phenolic compounds was observed in FENOL and 3%BME+TB methods, but the addition of polyvinylpyrrolidone (PVP40) in the protocol extraction buffer 3%BME+TA solved this problem. The primers designed for ALS and PROTOX genes amplified but not showed no visible polymorphism in agarose gel between the S and R biotypes of E. heterophylla. Regarding the SSR transferability, ten markers were transferred to E. heterophylla, however, these six primers showed polymorphism among S and R biotypes.

Resposta da lagarta-do-cartucho à aplicação do fosfito em milho doce e divergência genética de populações de lagartas-da-espiga

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2016.