LIPPRED:a web server for accurate prediction of lipoprotein signal sequences and cleavage sites

Bacterial lipoproteins have many important functions and represent a class of possible vaccine candidates. The prediction of lipoproteins from sequence is thus an important task for computational vaccinology. Naïve-Bayesian networks were trained to identify SpaseII cleavage sites and their preceding signal sequences using a set of 199 distinct lipoprotein sequences. A comprehensive range of sequence models was used to identify the best model for lipoprotein signal sequences. The best performing sequence model was found to be 10-residues in length, including the conserved cysteine lipid attachment site and the nine residues prior to it. The sensitivity of prediction for LipPred was 0.979, while the specificity was 0.742. Here, we describe LipPred, a web server for lipoprotein prediction; available at the URL: http://www.jenner.ac.uk/LipPred/. LipPred is the most accurate method available for the detection of SpaseIIcleaved lipoprotein signal sequences and the prediction of their cleavage sites.

PPD v1.0 - an integrated, web-accessible database of experimentally determined protein pKa values

The Protein pKa Database (PPD) v1.0 provides a compendium of protein residue-specific ionization equilibria (pKa values), as collated from the primary literature, in the form of a web-accessible postgreSQL relational database. Ionizable residues play key roles in the molecular mechanisms that underlie many biological phenomena, including protein folding and enzyme catalysis. The PPD serves as a general protein pKa archive and as a source of data that allows for the development and improvement of pKa prediction systems. The database is accessed through an HTML interface, which offers two fast, efficient search methods: an amino acid-based query and a Basic Local Alignment Search Tool search. Entries also give details of experimental techniques and links to other key databases, such as National Center for Biotechnology Information and the Protein Data Bank, providing the user with considerable background information.

Web-based report generators, data visualization, and Web-to-database connectivity

Because some Web users will be able to design a template to visualize information from scratch, while other users need to automatically visualize information by changing some parameters, providing different levels of customization of the information is a desirable goal. Our system allows the automatic generation of visualizations given the semantics of the data, and the static or pre-specified visualization by creating an interface language. We address information visualization taking into consideration the Web, where the presentation of the retrieved information is a challenge. ^ We provide a model to narrow the gap between the user's way of expressing queries and database manipulation languages (SQL) without changing the system itself thus improving the query specification process. We develop a Web interface model that is integrated with the HTML language to create a powerful language that facilitates the construction of Web-based database reports. ^ As opposed to other papers, this model offers a new way of exploring databases focusing on providing Web connectivity to databases with minimal or no result buffering, formatting, or extra programming. We describe how to easily connect the database to the Web. In addition, we offer an enhanced way on viewing and exploring the contents of a database, allowing users to customize their views depending on the contents and the structure of the data. Current database front-ends typically attempt to display the database objects in a flat view making it difficult for users to grasp the contents and the structure of their result. Our model narrows the gap between databases and the Web. ^ The overall objective of this research is to construct a model that accesses different databases easily across the net and generates SQL, forms, and reports across all platforms without requiring the developer to code a complex application. This increases the speed of development. In addition, using only the Web browsers, the end-user can retrieve data from databases remotely to make necessary modifications and manipulations of data using the Web formatted forms and reports, independent of the platform, without having to open different applications, or learn to use anything but their Web browser. We introduce a strategic method to generate and construct SQL queries, enabling inexperienced users that are not well exposed to the SQL world to build syntactically and semantically a valid SQL query and to understand the retrieved data. The generated SQL query will be validated against the database schema to ensure harmless and efficient SQL execution. (Abstract shortened by UMI.)^

True real-time change data capture with web service database encapsulation

This research is investigating the claim that Change Data Capture (CDC) technologies capture data changes in real-time. Based on theory, our hypothesis states that real-time CDC is not achievable with traditional approaches (log scanning, triggers and timestamps). Traditional approaches to CDC require a resource to be polled, which prevents true real-time CDC. We propose an approach to CDC that encapsulates the data source with a set of web services. These web services will propagate the changes to the targets and eliminate the need for polling. Additionally we propose a framework for CDC technologies that allow changes to flow from source to target. This paper discusses current CDC technologies and presents the theory about why they are unable to deliver changes in real-time. Following, we discuss our web service approach to CDC and accompanying framework, explaining how they can produce real-time CDC. The paper concludes with a discussion on the research required to investigate the real-time capabilities of CDC technologies. © 2010 IEEE.

Studie zur Web-Server-Sicherheit von Unternehmen aus Hannover und Umgebung

Der vorliegende Artikel beschreibt die Ergebnisse einer Studie zur Sicherheit von Web-Servern niedersächsischer Unternehmen aus dem Raum Hannover. Untersucht wurden vier Unternehmensgruppen, die sich aus Mitgliedern von Unternehmensverbänden und berufsständischen Körperschaften zusammensetzen. Insgesamt werden mehr als 1800 Unternehmen betrachtet. Als Indikator für die IT-Sicherheit wurden vier Sicherheitslücken herangezogen, die leicht überprüft werden können, ohne die Web-Server in ihrem Betrieb zu beeinträchtigen. Die Ergebnisse sind ernüchternd: Viele Unternehmen setzen keine Verschlüsselung ein oder die Web-Server-Software ist nicht auf dem neusten Stand. Bei ungefähr jedem dritten Unternehmen, welches Verschlüsselung einsetzt, enthält die Software seit mehr als einem Jahr bekannte Schwachstellen und sollte umgehend aktualisiert werden. Dies zeigt, dass das IT-Sicherheitsmanagement in vielen Unternehmen mangelhaft ist.

Sistema Bluetooth-based di remarketing pervasivo

Il progetto si propone di dotare la realta fisica di un estensione digitale. Sensori, attuatori e tecnologie embedded hanno cambiato il nostro modo di lavorare, allenarci e seguire i nostri interessi. Il mondo del commercio non e rimasto a guardare ed ha dovuto adattarsi alla metamorfosi high-tech del settore dei servizi. Il sistema proposto costituisce un promotore per acquisti ed un raccoglitore intelligente di abitudini sullo shopping e si compone di applicazione mobile, microcontroller e web server. Caratteristica prima e principale del progetto e sicuramente la pervasivita. All'utente ed utilizzatore dell'app dello shopping center deve essere certamente resa nota la collaborazione al fine di raccogliere dati statistici sulle sue abitudini, tuttavia sono le modalita di tale operazione a dover rimanere velate, in modo da non appesantire il cliente con tediose operazioni di invio di feedback e valutazioni ed allo stesso tempo permettere una raccolta capillare delle informazioni. Parallelamente alla raccolta di dati funzionali al producer, sono state implementate features per il consumatore, come notifiche promozionali place-triggered e pubblicita mirata. Tra tutte le tecnologie adibite allo scambio di informazioni, si e scelto l'utilizzo del Bluetooth e del piu recente Bluetooth Low Energy (BLE) per permettere ai dispositivi di comunicare tra loro.

Aplicação web para tratamento estatístico de dados de teste

Mestrado em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Plataforma web de informação automobilística

Esta dissertação enquadra-se no âmbito dos Sistemas de Informação, em concreto, no desenvolvimento de aplicações Web, como é o caso de um website. Com a utilização em larga escala dos meios tecnológicos tem-se verificado um crescimento exponencial dos mesmos, o que se traduz na facilidade com que podem ser encontradas na Internet diversos tipos de plataformas informáticas. Além disso, hoje em dia, uma grande parte das organizações possui o seu próprio sítio na Internet, onde procede à divulgação dos seus serviços e/ou produtos. Pretende-se com esta dissertação explorar estas novas tecnologias, nomeadamente, os diagramas UML - Unified Modeling Language e a concepção de bases de dados, e posteriormente desenvolver um website. Com o desenvolvimento deste website não se propõe a criação de uma nova tecnologia, mas o uso de diversas tecnologias em conjunto com recurso às ferramentas UML. Este encontra-se organizado em três fases principais: análise de requisitos, implementação e desenho das interfaces. Na análise de requisitos efectuou-se o levantamento dos objectivos propostos para o sistema e das necessidades/requisitos necessários à sua implementação, auxiliado essencialmente pelo Diagrama de Use Cases do sistema. Na fase de implementação foram elaborados os arquivos e directórios que formam a arquitectura lógica de acordo com os modelos descritos no Diagrama de Classes e no Diagrama de Entidade-Relação. Os requisitos identificados foram analisados e usados na composição das interfaces e sistema de navegação. Por fim, na fase de desenho das interfaces foram aperfeiçoadas as interfaces desenvolvidas, com base no conceito artístico e criativo do autor. Este aperfeiçoamento vai de encontro ao gosto pessoal e tem como objectivo elaborar uma interface que possa também agradar ao maior número possível de utilizadores. Este pode ser observado na maneira como se encontram distribuídas as ligações (links) entre páginas, nos títulos, nos cabeçalhos, nas cores e animações e no seu design em geral. Para o desenvolvimento do website foram utilizadas diferentes linguagens de programação, nomeadamente a HyperText Markup Language (HTML), a Page Hypertext Preprocessor (PHP) e Javascript. A HTML foi utilizada para a disposição de todo o conteúdo visível das páginas e para definição do layout das mesmas e a PHP para executar pequenos scripts que permitem interagir com as diferentes funcionalidades do site. A linguagem Javascript foi usada para definir o design das páginas e incluir alguns efeitos visuais nas mesmas. Para a construção das páginas que compõem o website foi utilizado o software Macromedia Dreamweaver, o que simplificou a sua implementação pela facilidade com que estas podem ser construídas. Para interacção com o sistema de gestão da base de dados, o MySQL, foi utilizada a aplicação phpMyAdmin, que simplifica o acesso à base de dados, permitindo definir, manipular e consultar os seus dados.

SwissDock, a protein-small molecule docking web service based on EADock DSS.

Most life science processes involve, at the atomic scale, recognition between two molecules. The prediction of such interactions at the molecular level, by so-called docking software, is a non-trivial task. Docking programs have a wide range of applications ranging from protein engineering to drug design. This article presents SwissDock, a web server dedicated to the docking of small molecules on target proteins. It is based on the EADock DSS engine, combined with setup scripts for curating common problems and for preparing both the target protein and the ligand input files. An efficient Ajax/HTML interface was designed and implemented so that scientists can easily submit dockings and retrieve the predicted complexes. For automated docking tasks, a programmatic SOAP interface has been set up and template programs can be downloaded in Perl, Python and PHP. The web site also provides an access to a database of manually curated complexes, based on the Ligand Protein Database. A wiki and a forum are available to the community to promote interactions between users. The SwissDock web site is available online at http://www.swissdock.ch. We believe it constitutes a step toward generalizing the use of docking tools beyond the traditional molecular modeling community.

MyHits: improvements to an interactive resource for analyzing protein sequences.

The MyHits web site (http://myhits.isb-sib.ch) is an integrated service dedicated to the analysis of protein sequences. Since its first description in 2004, both the user interface and the back end of the server were improved. A number of tools (e.g. MAFFT, Jacop, Dotlet, Jalview, ESTScan) were added or updated to improve the usability of the service. The MySQL schema and its associated API were revamped and the database engine (HitKeeper) was separated from the web interface. This paper summarizes the current status of the server, with an emphasis on the new services.

ProyGes : soporte de gestión de proyectos

La aplicación tiene como objetivo llegar a la comunidad de alumnos, los cuales no pueden tener reuniones presenciales debido a su situación geográfica. La aplicación dispone de un conjunto de herramientas para poder centralizar toda la información que los usuarios vayan generando durante el desarrollo de los proyectos. Ha de ser una herramienta para facilitar la organización y la administración de los recursos de los usuarios de la plataforma. El proyecto que se presenta es una aplicación web, desarrollada en lenguajes PHP, SQL, HTML, JavaScript, CSS, Ajax, en un servidor Apache y base de datos MySQL.

Gestió de la informació d'interès d'un treballador autònom

L’objectiu principal d’aquest treball és fer un programa que permeti portar la informació que un treballador autònom li interessa, d’acord amb les seves necessitats. En el nostre cas es tracta d’un centre d’estètica, que té més d’una seu, el qual li interessa portar tota la cartilla de clients, centres associats, proveïdors ... a més de poder fer les factures corresponents als centres associats, poder calcular en el moment que en el treballador li interessi, els ingressos realitzats durant un període de temps determinat i poder portar una agenda actualitzada dels dos centres, on es mostren totes les visites que hi ha en un dia. Per tal de realitzar el programa, s’han portat a terme mitjançant dos aplicacions, i connectant-los en una base de dades. Per una banda tenim una aplicació implementada amb C++, per l’altra, una pàgina web amb PHP, finalment com a sistema gestor de base de dades utilitzem el MySQL Server. El programa fet amb C++, consta de tota la part d’entrada i/o modificacions de dades, en aquesta part només hi pot accedir el treballador autònom, ja que és la única persona que pot fer aquesta feina. En la pàgina web, hi pot accedir qualsevol persona que tingui un nom d’usuari i una contrasenya. A través de la web es pot fer qualsevol tipus de consulta, fer tot el control de les agendes, portar a terme tot el tema de facturació i ingressos, i com a excepció l’entrada de dades de clients, ja que s’ha de poder realitzar en qualsevol moment i lloc. Per acabar, tenim la necessitat de tenir un servidor, aquest ha d’estar format, mínim, per la base de dades. Com que l’aplicació amb C++ i la base de dades han d’estar ubicades al mateix lloc. A més, necessitem un servidor web per tal de tenir la nostra pàgina a la xarxa, per aconseguir això, utilitzem un programa anomenat DynDNS, que es fa servir per a convertir una IP dinàmica en una IP estàtica i d’aquesta manera convertir un ordinador qualsevol amb un servidor web.

Disseny i implementació d'una web administrable pel sector del caravàning

Vivim en una era digital on cada vegada més les persones estem connectades a la xarxa, ja sigui a través del mòbil, ordinadors o altres dispositius. Actualment internet és un gran aparador i des de fa temps, les empreses han vist en aquest una manera de treure’n profit. És per això, junt amb el seu baix cost, que fa que qualsevol empresa disposi del seu propi espai a la xarxa. D’aquestes idees sorgeix el projecte de fer la web per AutoSuministres Motor. La principal funció de la web es donar-se a conèixer i ensenyar els seus productes, que en aquest cas, són autocaravanes i caravanes. Tot i així, la pàgina web contindrà un espai de reportatges on l’usuari podrà conèixer més a fons un model concret d’autocaravana o caravana i on també podrà demanar més informació mitjançant un formulari de contacte. Per tant, la pàgina web serà totalment administrable perquè els comercials puguin introduir els vehicles corresponents i l’usuari final pugui consultarlos correctament d’una manera fàcil i senzilla. Per tal de dur a terme aquesta web s’ha tingut en compte utilitzar eines de programació de distribució lliure com és el llenguatge PHP, la base de dades MySQL i jQuery.

Disseny i implementació d'una web administrable i d'una aplicació per dispositius mòbils

En la societat en què vivim cada vegada agafen més importància les pàgines web, ja que és una eina d’informació molt útil i ràpida de consultar. Per això, no s’entén que una activitat empresarial sigui del tipus que sigui, no tingui representació a la xarxa. No és necessari que l’activitat en qüestió hagi de vendre productes a través d’Internet, sinó que simplement aquesta representació pot ajudar a donar a conèixer l’empresa i a ampliar la cartera de clients. De la mateixa manera, els dispositius mòbils també s’estan convertint en una eina important en la societat d’avui en dia i una bona aplicació pot aportar-te un avantatge en moltes de les feines diàries de les persones. D’aquestes idees sorgeix el projecte de fer la web i l’aplicació pel centre de fisioteràpia Fisioripoll. La web serviria per tenir un lloc a la xarxa on donar-se a conèixer i poder captar nous clients, i l’aplicació funcionaria com a eina pel propi centre, seria una espècie d’agenda electrònica per saber les hores que tens reservades els pròxims dies. Per aconseguir un bon funcionament de la web, s’ha demanat que la pàgina sigui administrable en els seus continguts. És a dir, que els propis gestors del centre puguin canviar els texts, les imatges dels diferents apartats i gestionar les reserves dels clients. En canvi, l’aplicació serà només una eina de consulta i no s’hauria de gestionar res. Per tal de dur a terme aquesta web s’ha tingut en compte utilitzar eines de programació de distribució lliure com és el llenguatge PHP, la base de dades MySQL, jQuery, el framework Phonegap per tal de poder construir una web i una aplicació amb cost de programari nul.

Gestió de la informació d'interès d'un treballador autònom

L’objectiu principal d’aquest treball és fer un programa que permeti portar la informació que un treballador autònom li interessa, d’acord amb les seves necessitats. En el nostre cas es tracta d’un centre d’estètica, que té més d’una seu, el qual li interessa portar tota la cartilla de clients, centres associats, proveïdors ... a més de poder fer les factures corresponents als centres associats, poder calcular en el moment que en el treballador li interessi, els ingressos realitzats durant un període de temps determinat i poder portar una agenda actualitzada dels dos centres, on es mostren totes les visites que hi ha en un dia. Per tal de realitzar el programa, s’han portat a terme mitjançant dos aplicacions, i connectant-los en una base de dades. Per una banda tenim una aplicació implementada amb C++, per l’altra, una pàgina web amb PHP, finalment com a sistema gestor de base de dades utilitzem el MySQL Server. El programa fet amb C++, consta de tota la part d’entrada i/o modificacions de dades, en aquesta part només hi pot accedir el treballador autònom, ja que és la única persona que pot fer aquesta feina. En la pàgina web, hi pot accedir qualsevol persona que tingui un nom d’usuari i una contrasenya. A través de la web es pot fer qualsevol tipus de consulta, fer tot el control de les agendes, portar a terme tot el tema de facturació i ingressos, i com a excepció l’entrada de dades de clients, ja que s’ha de poder realitzar en qualsevol moment i lloc. Per acabar, tenim la necessitat de tenir un servidor, aquest ha d’estar format, mínim, per la base de dades. Com que l’aplicació amb C++ i la base de dades han d’estar ubicades al mateix lloc. A més, necessitem un servidor web per tal de tenir la nostra pàgina a la xarxa, per aconseguir això, utilitzem un programa anomenat DynDNS, que es fa servir per a convertir una IP dinàmica en una IP estàtica i d’aquesta manera convertir un ordinador qualsevol amb un servidor web.