Contributo para a utilização sustentável de água na Marina de Cascais

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia do Ambiente, Perfil Gestão e Sistemas Ambientais

Tópicos especiais em microbiologia.

Taxonomia bacteriana ? aspectos atuais e perspectivas. Aggregatibacter actinomycetemcomitans: fatores de virulência e modulação do sistema imune. Escherichia coli diarreiogênica em animais. Fatores de virulência em escherichia coli patogênica Extraintestinal. Enterococcus sp em alimentos: paradigmas. Resistência a carbapenêmicos em enterobactérias. Resistência em Staphylococcus aureus. Relação mútua entre Candida albicans e imunidade. Switching fenotípico em Candida spp Phytomonas spp.: modelo para estudo de processos biológicos da família Trypanosomatidae? Rotavirus. Antimicrobianos naturais produzidos por microrganismos: da busca à identificação. Antivirais naturais. Nanopartículas metálicas com atividade antimicrobiana. Plantas medicinais: A busca de novos fármacos no tratamento de doenças causadas por protozoários tripanossomatídeos. Introdução, estabelecimento e adaptação de Bradirrizóbios simbiontes da soja em solos brasileiros. Microrganismos e processos microbianos como bioindicadores de qualidade ambiental.

Microbiologia preditiva aplicada à análise de amostras de carne de vaca e porco

A microbiologia preditiva é a conjugação de conhecimentos provenientes de disciplinas como a matemática, estatística e os sistemas de informação e tecnologia que pretende providenciar modelos preditivos que prevejam o comportamento microbiano em ambientes alimentares, de forma a poder prevenir a deterioração dos géneros alimentares bem como as doenças de origem alimentar. Os modelos preditivos primários, secundários e terciários são aplicados no intuito de melhorar a qualidade e segurança alimentar e particularmente os terciários, podem ser utilizados como ferramentas auxiliadoras na área de HACCP; é necessário ter em conta que estes modelos são uma representação muito simplificada da realidade, que possuem limitações devido á complexidade do comportamento microbiano e dos ambientes alimentares, podendo por isto estimar previsões que se desviem das situações reais. O presente trabalho tem como principal objectivo averiguar a aplicabilidade da microbiologia preditiva, particularmente, dos modelos terciários ou softwares preditivos, na análise de amostras de carne de vaca e porco armazenadas a 5ºC e 10ºC, comparando os resultados obtidos através da análise microbiológica clássica, realizada no laboratório de microbiologia da empresa SGS, com os resultados obtidos das previsões provenientes de dois softwares preditivos, nomeadamente, ComBase Predictor e PMP (Pathogen Modeling Program). Para tal, foram realizadas análises microbiológicas, por forma a realizar contagens de E.coli, S.aureus, L.monocytogenes e pesquisa de Salmonella e análises químicas para analisar o pH, aw e NaCl de 20 amostras de carne de vaca e 20 amostras de carne de porco Adicionalmente foram efetuadas contagens de microrganismos totais a 30ºC. Os resultados demonstraram que a ferramenta preditiva ComBase conseguiu efectuar melhores previsões para o crescimento de E. coli, S. aureus e L. monocytogenes em amostras de carne de vaca e de porco do que a ferramenta preditiva PMP. Contudo, mesmo sendo melhor, as previsões efectuadas pelo programa apresentaram desvios em relação às contagens reais que muito provavelmente se relacionam com a existência da flora de decomposição. Os resultados estimados pela ferramenta PMP foram sempre muito mais elevados do que os resultados obtidos na análise microbiológica laboratorial, o que demonstrou a sua não aplicabilidade a este tipo de amostras.

Na Presença de Marina Abramović - notas sobre musealização da performance

De 14 de Março a 31 de Maio o Museu de Arte Moderna de Nova Iorque (MoMA) apresentou, pela primeira vez, uma exposição individual retrospectiva dedicada exclusivamente à arte da performance intitulada Marina Abramovic: The Artist is Present. A artista está presente, é também o título da obra criada especialmente para a exposição, que envolveu a presença permanente de Abramović no átrio do museu, sendo os visitantes “convidados a sentar-se em silêncio com a artista durante o tempo que entenderem”. Inédita na ambição de expor quase quarenta anos de performance da artista, a exposição utilizou estratégias expositivas menos convencionais que integraram a reperformancede cinco obras emblemáticas lado a lado com a documentação tradicionalmente utilizada: fotografias, vídeos, objectos. A nova performance, poderosa na sua extrema simplicidade, mereceu surpreendente adesão do público que acorreu a participar. O acontecimento despoletou imediatas críticas, comentários, testemunhos que circularam em sites institucionais, blogs pessoais e redes sociais, produzindo um cenário de recepção também ele inédito pela diversidade e quantidade de públicos envolvidos. As notas que se apresentam, produzidas em cima do acontecimento, tentam reflectir essas realidades enquadrando-as na reflexão e debate crítico em curso em torno das questões colocadas pela preservação, e reapresentação da arte da performance a que a exposição no MoMA veio dar nova dimensão e urgência.

Microbiologia da carne moida: 1. contagem total de bactérias

Como primeira etapa de um programa de estudos microbiológicos da carne moida comercializada em Piracicaba, quarenta amostras de carne bovina, provenientes de dois tipos de estabelecimento de venda a varejo (açougue e supermercado), correspondendo a dois sistemas de distribuição de carne (um antigo e outro recente), foram analisados quanto ao número total de bactérias, segundo as recomendações da "American Public Health Association". As amostras foram obtidas semanalmente pela manhã e à tarde, durante aproximadamente dois meses. A incubação das placas de Petri foi feita a 21º C (72 horas) e a 32º (48 horas). Os resultados podem ser resumidos como segue: 1) Contagens totais elevadas foram, em geral, observadas, com diversas amostras na faixa de 10(7) a 10(9) bactérias/grama; as médias obtidas foram 6,9 x 10(7) (21ºC) e 2,5 x 10(7) (32ºC) bactérias por grama. 2) A incubação feita a 21ºC resultou, em geral, em contagens mais elevadas que as correspondentes à temperatura de incubação de 32ºC; todavia, a diferença observada não foi estatìsticamente significativa. 3) As contagens obtidas para as amostras correspondentes ao sistema antigo de distribuição de carne foram significativamente mais elevadas que as correspondentes ao sistema recente, o que se relacionou com contagens mais elevadas obtidas para as amostras coletadas pela manhã no estabelecimento menor.

Microbiologia da carne moida = 2. Avaliação da qualidade por método modificado, baseado na redução da resazurina

Quarenta amostras de carne (bovina) moida, provenientes de quatro supermercados da cidade de Piracicaba, SP, foram analisados quanto à contagem total de bactérias, segundo as recomendações da "American Public Health Associaton" (incubação das placas a 32°C por 48 horas). As mesmas amostras foram utilizadas em estudo de modificação de teste baseado na redução da resazurina, proposto para a avaliação da qualidade, sob o ponto-de-vista, microbiológico, do alimento em questão. Os resultados podem ser resumidos como segue: 1) As contagens totais foram elevadas, em geral, com diversas amostras na faixa de 10(7) a 10(9) bactérias/g: a média obtida foi de 3,0 x 10(7) bactérias/g. 2) Não foi constatada diferença significativa, quanto à contagem total de bactérias, entre os quatro estabelecimentos onde as amostras foram obtidas. 3) Uma correlação altamente significativa (r=-0,91) foi verificada entre a contagem total de bactérias e o tempo necessário à redução da resazurina até a descoloração, pelo método modificado estudado.

Microbiologia da carne moída: 3. avaliação da qualidade em diferentes épocas do ano

Um método modificado anteriormente, baseado na redução da resazurina, para a avaliação sob o ponto de vista microbiológico da carne moída existente no comércio, foi estudado quanto à sua aplicação em diferentes épocas do ano, como as chamadas safra e entresafra da comercialização da carne bovina. Os resultados sugerem a possibilidade de aplicação do teste nas diversas épocas, inclusive quando o produto é preparado a partir de carne previamente congelada, distribuída ao mercado varejista. Não foi observada diferença significativa entre as contagens totais de bactérias de amostras obtidas em dois estabelecimentos comerciais, nas épocas de safra e entresafra.

Comparación ontogénica de la frecuencia de muda en Rhinella marina (Anura, Bufonidae)

La muda es un proceso de renovación de la capa externa de la epidermis (estrato corneo) de los anfibios, la cual suministra protección contra daños, patógenos y pérdida de agua. Este trabajo evalúa la frecuencia de muda entre juveniles y adultos de Rhinella marina (Linnaeus, 1758) y la tasa de ocurrencia entre el día y la noche. Para esto, se realizaron dos observaciones diarias (7 am y 7 pm), entre Octubre de 2011 y Marzo de 2012, a tres grupos de individuos clasificados según su tamaño longitud rostro-cloaca, como adultos (promedio=80 mm), juveniles medianos (promedio=19 mm) y juveniles pequeños (promedio=13 mm). Estos animales fueron colocados en terrarios en el laboratorio y marcados en el dorso a través de un punto hecho con un corrector de tinta. La muda se determinó por la pérdida total de la marca y una coloración brillante en el dorso. Se encontró una diferencia significativa (Kruskal-Wallis, H=19.84, p<0.0001) en el periodo de muda entre los tres grupos de estudio: adultos=7.5 días, juveniles medianos=5.4 días, juveniles pequeños=5.3 días. También, en la frecuencia de animales que mudaron en el día y la noche (Ji-cuadrado, χ2=7.891, p=0.019), particularmente en los dos grupos de juveniles, quienes lo hicieron en la noche, ya que en los adultos no hubo una diferencia clara. Posiblemente, la mayor frecuencia de la muda en los juveniles puede relacionarse con su condición ontogénica, de un menor tamaño corporal, alta tasa metabólica y mayor tasa de desarrollo.

Desenvolupament de problemes virtuals i interactius per a l’aprenentatge de la Microbiologia

La finalitat del projecte ha estat desenvolupar un espai virtual teòric-pràctic per a l’aprenentatge de la Microbiologia. Aquest espai virtual, basat en l'aprenentatge a través de problemes, s’ha anomenat “Microbiologia Interactiva” i proposa a l’alumne les següents àrees temàtiques: Introducció a les tècniques de la Microbiologia; Estructura i funció de la cèl.lula microbiana; Creixement i control microbià; Microbiologia molecular; Fisiologia i metabolisme microbians; Virologia; Ecologia Microbiana; Diversitat microbiana. Per a cada temàtica s’han definit unes competències a assolir a través de la resolució de problemes teòrics o pràctics. En aquest darrer cas, se li proposa a l’alumne que entri en el laboratori virtual per a la resolució dels casos pràctics plantejats. A més, per a la resolució dels problemes, l’alumne disposa d’un seguit de recursos per a cada temàtica. Finalment, també s’inclouen activitats de relació i d’ampliació per tal d’estimular la discussió, l’esperit crìtic, el treball en grup i la recerca bibliogràfica. A més, per tal de facilitar el seu ús, el web disposa també d'un tutorial. El web “Microbiologia Interactiva” es va introduir de forma pilat en l’ensenyament de l'assignatura de Microbiologia de la Llicenciatura de Biologia i de la de Microbiologia I de la llicenciatura de Biotecnologia de la Universitat Autònoma de Barcelona (UAB) durant el curs 2007-08. Al llarg d'aquest curs es va valorar la seva utilitat i acceptació per part dels alumnes mitjançant enquestes. Els bons resultats obtinguts van aconsellar que aquesta eina fora ja utilitzada en totes les assignatures generals de Microbiologia de les llicenciatures de Biologia, Biotecnologia, Bioquímica, Química, Enginyeria Química, Ciències Ambientals i Ciència i Tecnologia dels Aliments de la UAB. Actualment el web s’està també utilitzant amb molt bons resultats a les assignatures de Microbiologia dels nous graus que ofereix la Facultat de Biociències de la UAB. Així doncs, en aquest projecte s’han assolit amb escreix els objectius previstos. Es pot consultar el web desenvolupat a l’adreça http://microbiologia.uab.cat//Microbiologia_Interactiva_Web/.

DESARROLLO DE UNA BASE DE DATOS Y UNA APLICACIÓN WEB DE ACCESO A LA MISMA PARA UN GRUPO DE INVESTIGACIÓN MARINA DE ORGANISMOS DE PROFUNDIDAD (DEEP-SEA)

Este proyecto se fraguó previamente a la elección de un trabajo final de carrera. Para poder entenderlo debo mencionar que trabajo como titulado superior de investigación y laboratorio en el Instituto de Ciencias del Mar (ICM)del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), dentro de un grupo de investigación en oceanografía biológica, concretamente en recursos marinos renovables. En base a mi experiencia con este tipo de entorno de investigación, observe que existían una serie de mejoras de carácter técnico que se podrían introducir, y que ha la larga iban a facilitar mucho más el trabajo científico del grupo.Este grupo durante muchos años se ha dedicado a la obtención de datos de dos especies marinas de interés comercial del mar Mediterráneo que tienen su hábitat en aguas profundas: la gamba rosada (Aristeus antennatus) y la cigala (Nephrops norvegicus). Por ende, de manera colateral, datos de las especies que interaccionan con ellas, y que por este hecho se ven influenciadas al ser pescadas las anteriores. En estos años ha ido en aumento la evidencia de que ecosistemas más someros de nuestros mares tienen una relación mucho mayor de lo que se suponía con los ecosistemas profundos de los mismos. Además estos ecosistemas profundos influyen en los someros, también más de lo que cabía esperar, actuando de refugio de larvas y especies que tienen capacidad de sobrevivir en rangos batimétricos amplios. Si desean tener una visión más profunda al respecto pueden ver algunas de las últimas referencias bibliográficas a las que hago referencia en este párrafo acerca de este hecho, así como del incremento de la importancia de los grupos de investigación en el mundo dedicados a este tipo de investigación. En algunas de estas publicaciones han participado miembros del grupo al cual va dirigido el trabajo que aquí expongo.A medida que crecía el número de miembros del grupo, la importancia del mismo, la mejora tecnológica empleada en los muestreos, las colaboraciones internacionales con otras instituciones y la cantidad de proyectos en el grupo de investigación, crecía a su vez proporcionalmente, la cantidad de datos y la disparidad en formatos y sistemas de almacenaje (Hojas MS Excel o bases de datos MS Access, archivos de texto, etc.). Se ha hecho necesaria entonces la creación de una herramienta que los gestione de una forma común, y una base de datos para el almacenaje de los mismos de una forma coherente y robusta. Así mismo el hecho de tener los datos en una fuente común, posibilitará su distribución a otras bases de datos mundiales sobre la materia con las cuales se colabora, dependientes de organismos tan en la cresta a de la ola, como el Census of marine life (COML), el Alfred Wegener Institute (AWI) y el Center for Marine Environmental Sciences (MARUM)de Alemania. Estos a su vez carecen de datos de las zonas geográficas pertenecientes al mar Mediterráneo foco de la investigación del grupo.

Rhabdias paraensis sp. nov.: a parasite of the lungs of Rhinella marina (Amphibia: Bufonidae) from Brazilian Amazonia

The nematode parasites of Rhinella marina include species of the genus Rhabdias (Rhabdiasidae: Rhabditoidea). The present study describes Rhabdias paraensis sp. nov., which parasitizes the lungs of R. marina in Brazilian Amazonia. Of the more than 70 known species of this genus, 18 are parasites of bufonids, of which, eight are Neotropical. The new species described here is similar to Rhabdias alabialis in the absence of lips is different by the presence of conspicuous cephalic papillae. We describe details of the four rows of pores, which are distributed equally along the whole of the length of the body and connected with hypodermal cells, using histology and scanning electron microscopy. Other histological aspects of the internal structure of this nematode are also described.

Lanfrediella amphicirrus gen. nov. sp. nov. Nematotaeniidae (Cestoda: Cyclophyllidea), a tapeworm parasite of Rhinella marina (Linnaeus, 1758) (Amphibia: Bufonidae)

The family Nematotaeniidae, tapeworms commonly found in the small intestines of amphibians and reptiles, includes 27 recognised species distributed among four genera: Bitegmen Jones, Cylindrotaenia Jewell, Distoichometra Dickey and Nematotaenia Lühe. The taxonomy of these cestodes is poorly defined, due in part to the difficulties of observing many anatomical traits. This study presents and describes a new genus and species of nematotaeniid parasite found in cane toads (Rhinella marina) from eastern Brazilian Amazonia. The cestodes were collected during the necropsy of 20 hosts captured in the urban area of Belém, Pará. The specimens were fixed and processed for light microscopy, scanning electron microscopy (SEM) and three-dimensional (3D) reconstruction. Samples were also collected for molecular analyses. The specimens presented a cylindrical body, two testes and paruterine organs. However, they could not be allocated to any of the four existing nematotaeniid genera due to the presence of two each of dorsal compact medullary testes, cirri, cirrus pouches, genital pores, ovaries and vitelline glands per mature segment. Lanfrediella amphicirrus gen. nov. sp. nov. is the first nematotaeniid studied using Historesin analysis, SEM and 3D reconstruction, and it is the second taxon for which molecular data have been deposited in GenBank.

A new species of Mesocoelium (Digenea: Mesocoeliidae) found in Rhinella marina (Amphibia: Bufonidae) from Brazilian Amazonia

Mesocoelium lanfrediae sp. nov. (Digenea: Mesocoeliidae) inhabits the small intestine of Rhinella marina (Amphibia: Bufonidae) and is described here, with illustrations provided by light, scanning electron microscopy and molecular approachs. M. lanfrediae sp. nov. presents the typical characteristics of the genus, but is morphometrically and morphologically different from the species described previously. The main diagnostic characteristics of M. lanfrediae sp. nov. are (i) seven pairs of regularly-distributed spherical papillae on the oral sucker, (ii) ventral sucker outlined by four pairs of papillae distributed in a uniform pattern and interspersed with numerous spines, which are larger at the posterior margin and (iii) small, rounded tegumentary papillae around the opening of the oral sucker, which are morphologically different from those of the oral sucker itself, some of which are randomly disposed in the ventrolateral tegumentary region of the anterior third of the body. Addionally, based on SSU rDNA, a phylogenetic analysis including Brachycoeliidae and Mesocoeliidae taxa available on GenBank established the close relationship between M. lanfrediae sp. nov. and Mesocoelium sp.

Underwater SLAM in a marina environment

This paper describes a navigation system for autonomous underwater vehicles (AUVs) in partially structured environments, such as dams, harbors, marinas or marine platforms. A mechanical scanning imaging sonar is used to obtain information about the location of planar structures present in such environments. A modified version of the Hough transform has been developed to extract line features, together with their uncertainty, from the continuous sonar dataflow. The information obtained is incorporated into a feature-based SLAM algorithm running an Extended Kalman Filter (EKF). Simultaneously, the AUV's position estimate is provided to the feature extraction algorithm to correct the distortions that the vehicle motion produces in the acoustic images. Experiments carried out in a marina located in the Costa Brava (Spain) with the Ictineu AUV show the viability of the proposed approach