Genomic characterization of the italian wolf (Canis lupus): the genes involved in black coat colour determination and application of microarray technique for snps detection.

This study provides a comprehensive genetic overview on the endangered Italian wolf population. In particular, it focuses on two research lines. On one hand, we focalised on melanism in wolf in order to isolate a mutation related with black coat colour in canids. With several reported black individuals (an exception at European level), the Italian wolf population constituted a challenging research field posing many unanswered questions. As found in North American wolf, we reported that melanism in the Italian population is caused by a different melanocortin pathway component, the K locus, in which a beta-defensin protein acts as an alternative ligand for the Mc1r. This research project was conducted in collaboration with Prof. Gregory Barsh, Department of Genetics and Paediatrics, Stanford University. On the other hand, we performed analysis on a high number of SNPs thanks to a customized Canine microarray useful to integrate or substitute the STR markers for genotyping individuals and detecting wolf-dog hybrids. Thanks to DNA microchip technology, we obtained an impressive amount of genetic data which provides a solid base for future functional genomic studies. This study was undertaken in collaboration with Prof. Robert K. Wayne, Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of California, Los Angeles (UCLA).

Ecological genetics and conservation genomics of wolf (Canis lupus)

In the present work, we apply both traditional and Next Generation Sequencing (NGS) tools to investigate some of the most important adaptive traits of wolves (Canis lupus). In the first part, we analyze the variability of three Major Histocompatibility Complex (MHC) class II genes in the Italian wolf population, also studying their possible role in mating choice and their influence on fitness traits. In the second section, as part of a larger canid genome project, we will exploit NGS data to investigate the transcript-level differences between the wolf and the dog genome that can be correlated to domestication.

Determining the age of adult wild dogs (Canis lupus dingo, C-l. domesticus and their hybrids). I. Pulp cavity: tooth width ratios

In order to determine the age of adult wild dogs, we compared two methods ( that of Thomson and Rose (TR method) and that of Knowlton and Whittemore (KW method)) of measuring and calculating pulp cavity : tooth width ratios on upper and lower canine teeth from 68 mixed-sex, known-age wild dogs of 9 months to 13 years of age reared at two localities. Although significant relationships ( P = 0.0001) were found between age and pulp cavity ratios by both methods, the TR ratio calculation and measurement showed heteroscedasity in error variance whereas the KW ratios had a more stable error variance and were normally distributed. The KW method also found significant differences between pulp cavity ratios between teeth of the upper and lower jaws ( P < 0.0001) and sex ( P = 0.01) but not geographic origin ( P = 0.1). Regressions and formulae for fitted curves are presented separately for male and female wild dogs. Males show greater variability in pulp cavity decrements with age than do females, suggesting a physiological difference between the sexes. We conclude that the KW method of using pulp cavity as a proportion of tooth width, measured 15 mm from the root tip and averaged over both upper canines, is the more accurate method of estimating the age of adult wild dogs.

A geographical perspective on the decline and extermination of the Irish wolf Canis lupus - an initial assessment

Wolves were a component of the Irish landscape until 1786 when the last one was killed. It had taken a concerted effort by Cromwell and his Government in Ireland to bring this about particularly through deforestation and landscape change, legislation, bounties and the efforts of a few professional wolf hunters. This paper estimates the wolf population in Ireland at three lime periods in the 1600s and examines how each of the forces already mentioned led to their eventual extermination. The 87 dated and documented wolf incidents which include wolf attacks on both animals and humans, wolf observations and the hunting and killing of wolves over the period 1560-1789 show both spatial and temporal variations.

Thyroid hormone and gland status of Greenland sledge dogs (Canis lupus familiaris) exposed to contaminated blubber

As a model of high trophic level carnivores, sledge dogs were fed from 2 to 18 months of age with minke whale blubber containing organohalogen compounds (OHC) corresponding to 128 µg PCB/day. Controls were fed uncontaminated porcine fat. Thyroid hormone levels were assessed in 7 exposed and 7 control sister bitches (sampled at age 6-18 months) and 4 exposed and 4 control pups, fed the same diet as their mothers (sampled age 3-12 months). Lower free and total T3 and T4 were seen in exposed vs. control bitches beyond 10 months of age, and total T3 was lower through 3-12 months of age in exposed pups. A negative correlation with thyroid gland weight was significant for SumDDT, as was a positive association with total T3 for dieldrin. This study therefore supports observational data that OHCs may adversely affect thyroid functions, and it suggests that OHC exposure duration of 10 months or more may be required for current OHC contamination levels to result in detectable adverse effects on thyroid hormone dynamics.

Les stratégies d’exploitation de l’archipel côtier du Labrador : une étude de cas du 18e siècle au site d’Ikkeghasarsuk

La fin du 18e siècle était une période dynamique au Labrador. À cette époque, le phénomène climatique nommé le Petit Âge glaciaire affectait grandement l’étendue de la banquise côtière. L’arrivée des missionnaires et des objets européens enclencha une réorganisation des rôles sociaux chez les Inuits. L’établissement hivernal d’Ikkeghasarsuk, connu sous le code Borden HdCg-23 et le nom de site officiel Koliktalik-6, est composé principalement de deux maisons semi-souterraines construites avant 1776 sur un site dorsétien. La présente étude explore les stratégies d’occupation du territoire par l’analyse des restes fauniques de ces deux maisons. Les espèces de phoques chassées et leurs niches écologiques indiquent que les occupants du site exploitaient surtout les phoques présents dans les eaux libres de glace à l’automne, les phoques annelés au sina l’hiver et les phoques annelés sur la banquise côtière au printemps. Le site d’Ikkeghasarsuk, placé sur une île dénudée et balayée par le vent, aurait permis d’avoir un accès privilégié aux ressources marines diverses, peu importe les conditions climatiques.

Influencia de la altura en la producción lagrimal y presión intraocular en caninos (canis lupus familiaris) : estudio piloto

Tesis (Médico Veterinario). -- Universidad de La Salle. Facultad de Ciencias Agropecuarias. Programa de Medicina Veterinaria, 2014

Circulation of canine viruses in free-ranging Italian wolves (Canis lupus italicus) from three Italian regions

In this study, the duodenum, spleen, tongue, and lungs were sampled from 56 Italian wolves who died between 2017 and 2020. The aim of the study was to evaluate the presence and spread of DNA and RNA viruses in the wolf population examined, relating the virological results to: year of sampling, region of origin, sex, age, season, genetic determination of the species, nutritional conditions, causes of death, matrices examined. In addition, the presence or absence of co-infections was evaluated. Through molecular methods, the presence of genomic DNA of three important DNA viruses was investigated, i.e.: Canine Parvovirus type 2 (CPV-2), Canine Adenovirus type 1 (CAdV-1), Canine Adenovirus type 2 (CAdV-2). Furthermore, the presence of genomic RNA of the important RNA viruses, Canine Enteric Coronavirus (CCoV) and Canine Distemper Virus (CDV), was also investigated. The results showed that the virus with the highest prevalence in the wolf population studied was CPV-2, found in 78.6% of subjects (44/56). The prevalence of CAdV was 17.9% (10/56), in particular CAdV-1 (12.5% - 7/56) and CAdV-2 (5.4% - 3/56). The results of the molecular investigations in RT-PCR of the two RNA viruses (CCoV and CDV) did not give positive results in the study population. In this study it was observed that the majority of wolves that resulted positive were in good nutritional conditions, thus excluding a direct cause of death from CPV-2, CAdV-1, and CAdV- 2 infections. Moreover, the prevalence obtained in this study suggests that, during the years here studied, the circulation of CAdV-1 and CAdV-2 in Italian wolves of the three sampled regions was sporadic, proving consistent with sporadic and short-lived introductions of the virus in these populations. However, the situation for CPV-2 is different as there was a circulation that suggests a pattern of continuous and lasting endemic exposure over time.

Développement d’un modèle centré sur l’individu des déplacements du caribou, du loup et de l’orignal, et de leurs interactions, en forêt boréale aménagée

Le caribou forestier est une espèce menacée au Canada, la principale hypothèse au déclin des populations étant l’intensification de la prédation provoquée par les perturbations anthropiques du paysage. Afin de faire face à cette situation, il est nécessaire d’étudier et comprendre l’impact de l’environnement sur les interactions prédateur-proies entre le caribou et le loup, ainsi qu’avec l’orignal, qui est sa principale proie alternative. Pour cela, cette thèse présente la conception d’un modèle centré sur l’individu des déplacements de ces trois espèces en fonction de leur environnement, dont résulteront les interactions prédateur-proies. Afin de permettre l’application de ce modèle sur de longues périodes, et donc pour un environnement changeant, une méthodologie a été développée, qui s’articule atour de deux aspects principaux. Tout d’abord, la notion de niveaux d’émergence est introduite, permettant d’ordonner les comportements observables du système selon leurs interdépendances, afin de choisir comme trait du modèle un com- portement correspondant au domaine d’applicabilité visé. Ordonner les comportements selon leurs niveaux d’émergence permet également d’identifier la redondance entre les patrons, qui peut être à l’origine d’un phénomène de sur-apprentissage lorsqu’ils sont utilisés lors de la calibration. Dans un second temps, un nouveau protocole pour la calibration et la validation du ou des traits choisis à l’aide des niveaux d’émergence, nommé réplication de système basé sur l’individu (Individual Based System Replication - IBSRtion) est également présenté. Ce protocole met l’emphase sur la modélisation directe, contrairement au principal protocole existant, la modélisation orientée patrons (Pattern Oriented Modelling - POM), et permet une approche empirique en générant artificiellement des données non disponibles ou ne pouvant être récoltées par des études de terrains. IBSRtion a également l’avantage de pouvoir être intégrée dans POM, afin de contribuer à la création d’une méthodologie universelle pour la conception de modèles centrés sur l’individu. Le processus de conception de ce modèle aura entre autre permis de faire une synthèse des connaissances et d’identifier certaines lacunes. Une étude visant à palier le manque de connaissances satisfaisantes sur les réponses comportementales à court-terme des proies face au risque de prédation a notamment permis d’observer que celles-ci sont une combinaison de comportements chroniques et éphémères, et que les mécanismes qui en sont à l’origine sont complexes et non-linéaires. Le résultat de ce travail est un modèle complexe utilisant de nombreux sous-modèles, et calibré de façon empirique, applicable à une grande variété d’environnements. Ce modèle a permis de tester l’impact de l’enfeuillement sur les relations prédateur-proies. Des simulations ont été effectuées pour différentes quantités d’enfeuillement, suivant deux configurations spatiales différentes. Les résultats de simulation suggèrent que des plans d’aménagement considérant également l’habitat de l’orignal pourraient être bénéfiques pour le caribou forestier, car ils permettraient d’améliorer la ségrégation spatiale entre les deux espèces, et donc entre le caribou et le loup. En le couplant avec un module de naissances et de morts naturelles ainsi qu’un modèle d’évolution du paysage, ce modèle permettra par la suite d’évaluer l’impact de plans d’aménagement forestier sur la viabilité des populations de caribou forestier.

Modélisation de l'influence de la fragmentation des habitats sur le risque de prédation chez le caribou forestier

Les populations du caribou forestier (Rangifer tarandus caribou) sont en déclin sur l’ensemble de leur aire de répartition en Amérique du Nord. Il s’avère que la prédation, amplifiée par l’exploitation forestière, en est la principale cause. Ce projet consiste à mettre en place un outil d'aide à la décision, permettant de modéliser les changements du risque de prédation chez le caribou forestier durant la succession forestière, et ce, selon différents scénarios d'aménagement forestier simulés sur la Côte-Nord du Québec, Canada. Ces scénarios, simulés de 2000 à 2150, sont caractérisés par (i) des coupes limitées aux blocs de protection et de remplacement, (ii) des coupes étendues sur le paysage, et finalement (iii) par l'absence de coupe dès 2000. Un modèle basé sur l'individu (MBI) permet de modéliser les déplacements simultanés du caribou forestier, de l'orignal (Alces alces) et du loup gris (Canis lupus) afin d'évaluer le risque de prédation selon les scénarios. En général, le risque de prédation est plus important lorsque les coupes sont limitées aux blocs de protection et de remplacement. En effet, il semble que ces blocs augmentent les probabilités de rencontre entre les proies et leurs prédateurs. Toutefois, certains résultats ne reflètent pas la littérature, ce qui montre la nécessité d'améliorer le MBI. Certaines recommandations visent finalement à bonifier ce MBI pour permettre l'analyse de la viabilité à long terme du caribou forestier en fonction de différents scénarios d'aménagement forestier.