Sistemi informativi per l'endoscopia digestiva: analisi delle esigenze e progetto di integrazione informativa

Nella tesi, dopo un'introduzione di carattere generale sull'endoscopia digestiva, vengono analizzate le innovazioni tecnologiche che permettono il miglioramento ed il potenziamento delle immagini endoscopiche tramite elaborazione real-time, al fine di rilevare le lesioni non visibili con la luce bianca. L'elaborato analizza il flusso di lavoro del reparto, preso in carico dal sistema informativo di endoscopia. Lo scambio di informazioni tra i diversi sistemi informativi deve avvenire utilizzando gli standard HL7 e DICOM, secondo le specifiche dettate dai profili di integrazione IHE. Nella parte finale del trattato è descritta l'architettura del sistema informativo di endoscopia e sono esposte le specifiche di integrazione informativa.

Integrazione dei flussi informativi nell'automazione del laboratorio analisi

In virtù della crescente importanza dell’impiego del software nel settore dei dispositivi medici, come software indipendente (stand-alone) oppure come software incorporato in un altro dispositivo medico, un requisito essenziale per il suo utilizzo è la validazione secondo lo stato dell’arte. La certificazione come dispositivo medico diviene in tal modo fonte di garanzia e di sicurezza per il suo impiego. Il Sistema Informativo di Laboratorio (LIS), supportando il processo operativo dei dispositivi medico-diagnostici in vitro, necessita di una regolamentazione in tale direzione. Il workflow del Laboratorio Analisi, suddiviso in fasi preanalitica, analitica e postanalitica, ha beneficiato dell’introduzione di un sistema informatico in grado di gestire le richieste di esami dei pazienti e di processare e memorizzare le informazioni generate dalle apparecchiature presenti nel laboratorio. Più di ogni altro scenario clinico, il Laboratorio Analisi si presta ad essere organizzato sfruttando un modello di gestione fortemente integrato. Le potenzialità ad esso connesse garantiscono un aumento di produttività, una riduzione degli errori di laboratorio e una maggior sicurezza sia per i professionisti sanitari che per l’intero processo analitico. Per l’importanza clinica affidata al dato di laboratorio, la sua diffusione deve avvenire in maniera veloce e sicura; ciò è possibile se il ritorno elettronico dei risultati al medico richiedente si avvale dello standard HL7, il cui utilizzo è promosso dal modello IHE. La presenza di un unico database sanitario contenente anagrafiche univoche, facilmente aggiornabili, riduce il rischio di errata identificazione del paziente e, in particolare, offre la possibilità di disporre dei risultati di esami precedenti, opportunità particolarmente utile nel delineare il quadro clinico di pazienti cronici. Tale vantaggio e molte altre strategie, in grado di migliorare la qualità dell’assistenza e dell’outcome clinico, permettono di definire il laboratorio clinico come “motore di appropriatezza”.

Radiologia distribuita: Cloud e Post Processing 3D

L’effetto dell’informatica e dell’automazione sulle procedure medico sanitarie si sta manifestando in maniera sempre più ampia, portando notevoli vantaggi per la salute e il benessere di tutti i pazienti e al tempo stesso ponendo sfide sempre più complesse alle istituzioni sanitarie e ai produttori di dispositivi medico-sanitari. Al di là dei meriti del singolo prodotto o tecnologia, esiste un fattore strategico che dovrebbe essere sempre considerato nel momento di progettare un software o un dispositivo da utilizzare in ambito sanitario (da parte dei produttori) o nel momento di pianificare l’acquisto di sistemi medicali o diagnostici complessi (da parte delle istituzioni sanitarie): l’aspetto dell’Integrazione, ovvero la capacità del sistema di inserirsi in maniera semplice, efficace e poco costosa in un Workflow (flusso di lavoro) completamente integrato. Nel primo capitolo di questo elaborato finale è stato fatto un quadro generale sull’organizzazione del flusso di lavoro in radiologia e sono stati trattati i vari standard di comunicazione e scambio dati in ambito clinico, in primis DICOM, HL7 e IHE. L’oggetto del secondo capitolo è l’organizzazione e gli obbiettivi del Dipartimento di Radiologia attuati dal Gruppo Villa Maria (GVM) e il confronto di questi ultimi con il contenuto del documento: ‘Linee guida per l’assicurazione di qualita` in teleradiologia ‘che è stata redatta dal Istituto Superiore di Sanita` destinata ad apportare, non solo ai medici radiologi ed ai TSRM ma anche agli altri professionisti della sanità coinvolti, gli elementi di informazione e di metodo per l’organizzazione della teleradiologia nel rispetto delle esigenze della deontologia medica, della sicurezza del paziente, compreso il consenso, anche per quanto riguarda la radioprotezione, la privacy e la qualità. Nel terzo capitolo sono elencati gli strumenti con cui il Dipartimento di radiologia intende perseguire i suoi obbiettivi. Il quarto capitolo tratta la mia esperienza presso una clinica esterna al GVM, in particolare la clinica Santo Stefano, di Porto Potenza Picena, dove sono stati fatti dei test volti a valutare i tempi di caricamento di esami di TAC e RMN sul cloud di GVM.

CDAPubMed: a browser extension to retrieve EHR-based biomedical literature

Over the last few decades, the ever-increasing output of scientific publications has led to new challenges to keep up to date with the literature. In the biomedical area, this growth has introduced new requirements for professionals, e.g., physicians, who have to locate the exact papers that they need for their clinical and research work amongst a huge number of publications. Against this backdrop, novel information retrieval methods are even more necessary. While web search engines are widespread in many areas, facilitating access to all kinds of information, additional tools are required to automatically link information retrieved from these engines to specific biomedical applications. In the case of clinical environments, this also means considering aspects such as patient data security and confidentiality or structured contents, e.g., electronic health records (EHRs). In this scenario, we have developed a new tool to facilitate query building to retrieve scientific literature related to EHRs. Results: We have developed CDAPubMed, an open-source web browser extension to integrate EHR features in biomedical literature retrieval approaches. Clinical users can use CDAPubMed to: (i) load patient clinical documents, i.e., EHRs based on the Health Level 7-Clinical Document Architecture Standard (HL7-CDA), (ii) identify relevant terms for scientific literature search in these documents, i.e., Medical Subject Headings (MeSH), automatically driven by the CDAPubMed configuration, which advanced users can optimize to adapt to each specific situation, and (iii) generate and launch literature search queries to a major search engine, i.e., PubMed, to retrieve citations related to the EHR under examination. Conclusions: CDAPubMed is a platform-independent tool designed to facilitate literature searching using keywords contained in specific EHRs. CDAPubMed is visually integrated, as an extension of a widespread web browser, within the standard PubMed interface. It has been tested on a public dataset of HL7-CDA documents, returning significantly fewer citations since queries are focused on characteristics identified within the EHR. For instance, compared with more than 200,000 citations retrieved by breast neoplasm, fewer than ten citations were retrieved when ten patient features were added using CDAPubMed. This is an open source tool that can be freely used for non-profit purposes and integrated with other existing systems.

Desarrollo de un proceso de normalización semántica de bases de datos en ensayos clínicos

El trabajo se enmarca dentro de los proyecto INTEGRATE y EURECA, cuyo objetivo es el desarrollo de una capa de interoperabilidad semántica que permita la integración de datos e investigación clínica, proporcionando una plataforma común que pueda ser integrada en diferentes instituciones clínicas y que facilite el intercambio de información entre las mismas. De esta manera se promueve la mejora de la práctica clínica a través de la cooperación entre instituciones de investigación con objetivos comunes. En los proyectos se hace uso de estándares y vocabularios clínicos ya existentes, como pueden ser HL7 o SNOMED, adaptándolos a las necesidades particulares de los datos con los que se trabaja en INTEGRATE y EURECA. Los datos clínicos se representan de manera que cada concepto utilizado sea único, evitando ambigüedades y apoyando la idea de plataforma común. El alumno ha formado parte de un equipo de trabajo perteneciente al Grupo de Informática de la UPM, que a su vez trabaja como uno de los socios de los proyectos europeos nombrados anteriormente. La herramienta desarrollada, tiene como objetivo realizar tareas de homogenización de la información almacenada en las bases de datos de los proyectos haciendo uso de los mecanismos de normalización proporcionados por el vocabulario médico SNOMED-CT. Las bases de datos normalizadas serán las utilizadas para llevar a cabo consultas por medio de servicios proporcionados en la capa de interoperabilidad, ya que contendrán información más precisa y completa que las bases de datos sin normalizar. El trabajo ha sido realizado entre el día 12 de Septiembre del año 2014, donde comienza la etapa de formación y recopilación de información, y el día 5 de Enero del año 2015, en el cuál se termina la redacción de la memoria. El ciclo de vida utilizado ha sido el de desarrollo en cascada, en el que las tareas no comienzan hasta que la etapa inmediatamente anterior haya sido finalizada y validada. Sin embargo, no todas las tareas han seguido este modelo, ya que la realización de la memoria del trabajo se ha llevado a cabo de manera paralela con el resto de tareas. El número total de horas dedicadas al Trabajo de Fin de Grado es 324. Las tareas realizadas y el tiempo de dedicación de cada una de ellas se detallan a continuación:  Formación. Etapa de recopilación de información necesaria para implementar la herramienta y estudio de la misma [30 horas.  Especificación de requisitos. Se documentan los diferentes requisitos que ha de cumplir la herramienta [20 horas].  Diseño. En esta etapa se toman las decisiones de diseño de la herramienta [35 horas].  Implementación. Desarrollo del código de la herramienta [80 horas].  Pruebas. Etapa de validación de la herramienta, tanto de manera independiente como integrada en los proyectos INTEGRATE y EURECA [70 horas].  Depuración. Corrección de errores e introducción de mejoras de la herramienta [45 horas].  Realización de la memoria. Redacción de la memoria final del trabajo [44 horas].---ABSTRACT---This project belongs to the semantic interoperability layer developed in the European projects INTEGRATE and EURECA, which aims to provide a platform to promote interchange of medical information from clinical trials to clinical institutions. Thus, research institutions may cooperate to enhance clinical practice. Different health standards and clinical terminologies has been used in both INTEGRATE and EURECA projects, e.g. HL7 or SNOMED-CT. These tools have been adapted to the projects data requirements. Clinical data are represented by unique concepts, avoiding ambiguity problems. The student has been working in the Biomedical Informatics Group from UPM, partner of the INTEGRATE and EURECA projects. The tool developed aims to perform homogenization tasks over information stored in databases of the project, through normalized representation provided by the SNOMED-CT terminology. The data query is executed against the normalized version of the databases, since the information retrieved will be more informative than non-normalized databases. The project has been performed from September 12th of 2014, when initiation stage began, to January 5th of 2015, when the final report was finished. The waterfall model for software development was followed during the working process. Therefore, a phase may not start before the previous one finishes and has been validated, except from the final report redaction, which has been carried out in parallel with the others phases. The tasks that have been developed and time for each one are detailed as follows:  Training. Gathering the necessary information to develop the tool [30 hours].  Software requirement specification. Requirements the tool must accomplish [20 hours].  Design. Decisions on the design of the tool [35 hours].  Implementation. Tool development [80 hours].  Testing. Tool evaluation within the framework of the INTEGRATE and EURECA projects [70 hours].  Debugging. Improve efficiency and correct errors [45 hours].  Documenting. Final report elaboration [44 hours].

Radiology Service Bus: Interoperabilidade semântica para Radiologia

A integração de sistemas é um tema sempre actual na temática das tecnologias de informação. Desde há muito tempo que as grandes empresas identificaram a necessidade de integrar dados de diferentes sistemas, criando mais valor para os seus negócios. Alguns sectores da indústria estão claramente mais avançados do que outros no que diz respeito à integração de sistemas. Alguns factores, como a concorrência e competitividade mais agressiva em alguns mercados, foram os catalisadores desses avanços tecnológicos. A indústria da saúde não foi, infelizmente, um dos sectores onde se registaram grandes avanços na integração de sistemas. Foi, no entanto, onde se registou uma explosão de normas e protocolos que suportam as diversas disciplinas da medicina, como por ex, a Radiologia. Essas normas e protocolos permitiram dotar a medicina de meios mais rigorosos de produzir diagnósticos e encontrar curas para as mais diversas patologias. Existem muitos produtos que adoptam estas normas. As organizações foram, progressivamente, adquirindo esses produtos mas sem grande preocupação da eventual necessidade da integração. A disciplina da Radiologia é uma das disciplinas onde se verifica, ainda hoje, uma enorme diversidade de equipamentos e sistemas de informação mas onde se encontra desafios consideráveis no que diz respeito à integração. Foram esses desafios que despoletaram o interesse de investigação e cujos resultados se partilham nesta dissertação.

Telehealth Approach for Glaucoma Progression Monitoring

This paper presents a Web-Centric [3] extension to a previously developed glaucoma expert system that will provide access for doctors and patients from any part of the world. Once implemented, this telehealth solution will publish the services of the Glaucoma Expert System on the World Wide Web, allowing patients and doctors to interact with it from their own homes. This web-extension will also allow the expert system itself to be proactive and to send diagnosis alerts to the registered user or doctor and the patient, informing each one of any emergencies, therefore allowing them to take immediate actions. The existing Glaucoma Expert System uses fuzzy logic learning algorithms applied on historical patient data to update and improve its diagnosis rules set. This process, collectively called the learning process, would benefit greatly from a web-based framework that could provide services like patient data transfer and web- based distribution of updated rules [1].

Desenvolvimento de mediation e-health bus

Este relatório apresenta todo o trabalho desenvolvido na Portugal Telecom Inovação ao longo de 6 meses. Este projeto esteve inserido no produto Medigraf, o qual é uma plataforma de telemedicina, desenvolvida e comercializada pela Portugal Telecom Inovação, destinada a ser integrada em organizações de saúde. Um sistema de informação é um componente muito importante nas organizações de saúde. É através deste que toda a informação referente à organização é processada e comunicada. Para que um novo sistema, a ser incorporado na organização, seja capaz de atingir todas as suas potencialidades é necessário que haja uma integração e uma interoperabilidade total entre o novo sistema e o sistema de informação existente. Torna-se assim indispensável conseguir uma integração entre o Medigraf e o sistema de informação existente nas organizações de saúde. Para isso, é necessário apurar quais os requisitos necessários para haver uma integração e uma partilha de informação entre sistemas heterógenos, explicando o conceito de standards, interoperabilidade e terminologias. O estado da arte revelou que a integração entre sistemas heterogéneos em organizações de saúde é difícil de atingir. Das várias organizações existentes, destaquei a HL7 (Health Level Seven) pelos seus avanços nesta área e pelo desenvolvimento de duas versões de um standard de mediation de mensagens (HL7 v2.x e HL7 v3) com o objetivo de atingir uma interoperabilidade entre sistemas heterógenos. Com o estudo mais aprofundado do standard de mensagens HL7 v3, foi necessário adotar uma arquitetura/topologia de integração de forma a implementar o standard. Neste estudo, destaquei a família de soluções EAI (Enterprise Application Integration) como melhor solução. De modo a implementar o standard HL7 v3 com base na arquitetura escolhida, realizei um estudo sobre os softwares existentes. Desse estudo, resultou a escolha do Mirth Connect como melhor abordagem para implementação de uma interoperabilidade entre o Medigraf e um sistema de informação. Este software atua como um middleware de mediation na comunicação entre sistemas heterogéneos. Selecionei para implementação, dois casos de uso do standard, de modo a demonstrar a sua utilização. Nativamente, o Mirth Connect não suporta a validação das mensagens do standard HL7 v3, suportando apenas HL7 v2.x. O Mirth Connect, sendo um software Open Source, permitiu que eu pudesse desenvolver um método capaz de executar essa validação. O método foi publicado no fórum da Mirth Corporation, possibilitando a sua partilha. No final são tecidas algumas conclusões, referindo o trabalho futuro que pode ser desenvolvido.

Análisis de las barreras para la unificación de una Historia Clínica Electrónica -HCE- en Colombia

Objetivo: Identificar las barreras para la unificación de una Historia Clínica Electrónica –HCE- en Colombia. Materiales y Métodos: Se realizó un estudio cualitativo. Se realizaron entrevistas semiestructuradas a profesionales y expertos de 22 instituciones del sector salud, de Bogotá y de los departamentos de Cundinamarca, Santander, Antioquia, Caldas, Huila, Valle del Cauca. Resultados: Colombia se encuentra en una estructuración para la implementación de la Historia Clínica Electrónica Unificada -HCEU-. Actualmente, se encuentra en unificación en 42 IPSs públicas en el departamento de Cundinamarca, el desarrollo de la HCEU en el país es privado y de desarrollo propio debido a las necesidades particulares de cada IPS. Conclusiones: Se identificaron barreras humanas, financieras, legales, organizacionales, técnicas y profesionales en los departamentos entrevistados. Se identificó que la unificación de la HCE depende del acuerdo de voluntades entre las IPSs del sector público, privado, EPSs, y el Gobierno Nacional.