Test-retest reliability of graph theory measures of structural brain connectivity

The human connectome has recently become a popular research topic in neuroscience, and many new algorithms have been applied to analyze brain networks. In particular, network topology measures from graph theory have been adapted to analyze network efficiency and 'small-world' properties. While there has been a surge in the number of papers examining connectivity through graph theory, questions remain about its test-retest reliability (TRT). In particular, the reproducibility of structural connectivity measures has not been assessed. We examined the TRT of global connectivity measures generated from graph theory analyses of 17 young adults who underwent two high-angular resolution diffusion (HARDI) scans approximately 3 months apart. Of the measures assessed, modularity had the highest TRT, and it was stable across a range of sparsities (a thresholding parameter used to define which network edges are retained). These reliability measures underline the need to develop network descriptors that are robust to acquisition parameters.

Genetics of path lengths in brain connectivity networks: HARDI-based maps in 457 adults

Brain connectivity analyses are increasingly popular for investigating organization. Many connectivity measures including path lengths are generally defined as the number of nodes traversed to connect a node in a graph to the others. Despite its name, path length is purely topological, and does not take into account the physical length of the connections. The distance of the trajectory may also be highly relevant, but is typically overlooked in connectivity analyses. Here we combined genotyping, anatomical MRI and HARDI to understand how our genes influence the cortical connections, using whole-brain tractography. We defined a new measure, based on Dijkstra's algorithm, to compute path lengths for tracts connecting pairs of cortical regions. We compiled these measures into matrices where elements represent the physical distance traveled along tracts. We then analyzed a large cohort of healthy twins and show that our path length measure is reliable, heritable, and influenced even in young adults by the Alzheimer's risk gene, CLU.

Automatic population HARDI white matter tract clustering by label fusion of multiple tract atlases

Automatic labeling of white matter fibres in diffusion-weighted brain MRI is vital for comparing brain integrity and connectivity across populations, but is challenging. Whole brain tractography generates a vast set of fibres throughout the brain, but it is hard to cluster them into anatomically meaningful tracts, due to wide individual variations in the trajectory and shape of white matter pathways. We propose a novel automatic tract labeling algorithm that fuses information from tractography and multiple hand-labeled fibre tract atlases. As streamline tractography can generate a large number of false positive fibres, we developed a top-down approach to extract tracts consistent with known anatomy, based on a distance metric to multiple hand-labeled atlases. Clustering results from different atlases were fused, using a multi-stage fusion scheme. Our "label fusion" method reliably extracted the major tracts from 105-gradient HARDI scans of 100 young normal adults. © 2012 Springer-Verlag.

Raman scattering of folded acoustic phonons in self-assembled Si/Ge dot superlattices

Self-assembled Si/Ge dot multilayers with small, uncorrelated dots fabricated by molecular beam epitaxy in the Stranski-Krastanov growth mode are studied by Raman scattering of folded longitudinal acoustic (FLA) modes. The FLA Raman spectra are analyzed and modeled with respect to mode frequencies and the spectral envelope of mode intensities. The deduced average superlattice properties are consistent with results from atomic force microscopy. The simple Rytov model used for Si/Ge layer structures reproduces very well the frequencies of the FLA modes up to 150 cm(-1). The nonlinearity of phonon dispersion curves in bulk Si for large momenta, however, becomes important for modeling the higher frequencies of observed FLA modes up to 22nd order. The effective dot layer width and an activation energy for thermal intermixing of 2.1+/-0.2 eV are determined from the spectral envelopes of FLA mode intensities of as-grown and annealed Si/Ge dot multilayers. (C) 2004 American Institute of Physics.

Recueil d'une lettre originale et de copies de pièces.

Contient : 1 Lettre originale de « MARIE [DE MEDICIS]... à monseigneur de Breves, ambassadeur à Rome... Escript à Paris, le XXVIIIe jour de janvier 1614 » ; 2 Mémoire sur la situation des réformés « d'Avignon » ; 3 « Instruction pour obtenir de Sa Saincteté la ratification du traicté » relatif aux réformés « d'Avignon et païs de Venayssin » ; 4 Mémoire sur l'affaire des réformés d'Avignon, présenté au pape par l'ambassadeur de France. En italien ; 5 Procès-verbal de l'information faite par le Sr « Anathoille Willemot, advocat fiscal au siege d'Orgelet... sur les entreprises du Sr baron de Luz sur le conté de Bourgongne » ; 6 Lettre du Sr « DE DORTANT,... De Dortan, ce XIe jour de novembre 1609 » ; 7 Enquête du baron de Luz dans la Bresse et le Bugey ; 8 Procès-verbal de l'enquête faite par le Sr « de Paviet de Ferrieres » relativement aux menées du « conte de Chavinte, gouverneur du comté de Bourgongne » en Bresse. « Le neufiesme de novembre 1609 » ; 9 Lettre du Sr « DAMOT,... A Bourg, ce XIIme novembre 1609 » ; 10 « Lettre escripte au parlement de Dôle par le baron DE LUZ » ; 11 Bref du pape GREGOIRE XIII. « Donné à Rome, le septieme febvrier 1579 ». Traduction ; 12 Bref du pape CLEMENT VIII. « Datum Romae... die X maii M.D.CIII ». En latin ; 13 « Plaintes de ceux de la religion [d'Avignon], et des responces que l'on pourroit leur representer » ; 14 Bref du pape « Paul V » concernant les affaires d'Avignon. « Donné à Rome, 6 sept. 1613, à Sainte Marie Majour ». Deux traductions ; 15 Deux copies d'un bref du pape Paul V concernant les affaires d'Avignon. « Datum Romae... die sexta septembris 1613 ». En latin ; 16 Extraits des livres XXI et XXIII des Histoires de Paul Émile. En italien ; 17 « Articles accordez entre les solliciteurs françoys de court de Rome », pour le « remboursement de 4120 escuz... au Sr Gueffier,... A Rome, ce 22 juillet 1609 » ; 18 La même pièce en italien ; 19 Lettre de l'ambassadeur de France à Rome au pape ; 20 Traité en italien intitulé : « Che la religion christiana ha fiorito fin' da principio nella Francia, et s'è conservata nelli suoi principi et re sempre incorr etta » ; 21 Discours sur le cérémonial des « jurnées ou dietes imperialles... 1580 » ; 22 Fragment de « Nouvelles aportées par Rascalon, et la relation faicte par luy au nom du conte Palatin electeur » ; 23 « Manifeste du duc DE LORRAINE » sur la dissolution de son mariage ; 24 Lettres patentes de « LOUIS XIII », relatives à l'«assiette du douaire de la royne regente [Marie de Médicis]... Donné à Paris », le 25 juillet 1611 ; 25 « Harangue du roy de la Grande Bretagne [CHARLES Ier] aux Estats assemblez en la ville de Wessimynster » ; 26 « Harangue du garde des sceaux de la Grande Bretagne en l'assemblée des Estats, le 27 mars 1628 » ; 27 Quatre chiffres avec clefs ; 28 « Double du chiffre envoyé à monseigneur de Villeroy, en 1614 », avec clef ; 29 « Chiffre reformé pour Levant, duquel a esté envoyé un double à monseigneur de Breves, ambassadeur, en avril 1604 », avec clef ; 30 « Chiffre à monseigneur de Fresnes », avec clef