Construcción de una filogenia molecular para las especies de los géneros Klebsiella y Raoultella basada en los genes ARNr 16S y ARN polimerasa subunidad

Las bacterias de los géneros Raoultella y Klebsiella son patógenos oportunistas para las cuales no existe un sistema uniforme de clasificación taxonómica internacional. En el presente estudio se propone una filogenia molecular basada en el gen ribosomal 16S (ADNr 16S) y el gen codificante de la subunidad de la ARN polimerasa (rpoB) de los géneros Klebsiella y Raoultella con el fin de establecer relaciones evolutivas entre dichos géneros. Los resultados evidencian una agrupación acorde con la taxonomía y las propiedades bioquímicas características, reportadas en el Genbank. Se estableció una bifurcación en los árboles, lo cual confirma la separación de los géneros Klebsiella y Raoultella. Adicionalmente, se confirmó el carácter polifilético de K. aerogenes por el gen ADNr 16S y la agrupación de R. terrigena y K. oxytoca de acuerdo con el gen rpoB. La comparación entre los árboles obtenidos permitió determinar relaciones evolutivas entre las especies, a partir de los genes evaluados, lo cual refleja cambios aparentes a nivel taxonómico y corrobora la importancia del análisis a nivel de multilocus. Este tipo de estudios permite monitorear la estabilidad de los genotipos microbianos sobre la escala temporal y espacial, mejorar la precisión de las anotaciones taxonómicas (mejor descripción de taxones o subdivisiones genéticas) y evaluar la diversidad genética y adaptabilidad en términos de virulencia o resistenciaa drogas.

Variação da estrutura e da biomassa fitoplanctônica na Lagoa Itapeva (Litoral Norte do Rio Grande do Sul) em função da hidrodinâmica

As lagoas costeiras em geral exibem reduzidas profundidades máximas, sendo portanto, ambientes altamente vulneráveis às oscilações dos fatores climáticos, em particular o vento. Movimentos da água em zonas pelágicas são fortemente influenciados por mudanças no tempo, as quais promovem mudanças no plâncton. A biomassa é uma importante variável em ecossistemas aquáticos uma vez que representa a quantidade de energia estocada em certo nível trófico da comunidade biológica. O trabalho teve como hipótese principal do trabalho que o vento (principal fator determinante na hidrodinâmica da Lagoa Itapeva), influencia diretamente a biomassa fitoplanctônica. Períodos de ausência de ventos ou ventos fracos provocam uma homogeneidade da comunidade, devido á estabilidade da coluna d’água, propiciando eventos de florações com alta biomassa e baixa diversidade. Outra hipótese formulada é que há variação espaço-temporal da biomassa, da diversidade de espécies e das diferentes frações de tamanho na Lagoa Itapeva, no período estudado. O objetivo do trabalho foi determinar o efeito do vento, principal fator hidrodinâmico da Lagoa Itapeva, sobre a comunidade fitoplanctônica em termos de biomassa, diversidade de espécies e categorias de tamanho. A Lagoa Itapeva é a primeira lagoa do Sistema Lagunar de Tramandaí no sentido N→S. Foram realizadas análises espaciais, formando-se três pontos de amostragem (Norte, Centro e Sul) ao longo do maior eixo longitudinal da lagoa, aliada a uma escala temporal diária (turnos de amostragem: 6h, 10h, 14h e 18h) e sazonal (quatro estações do ano), procurando estabelecer padrões e relações com os fatores hidrodinâmicos (velocidade e direção de vento, e nível d’água). Durante o estudo a Divisão Cyanophyta foi a responsável pelos elevados valores de biomassa observados nos pontos de amostragem. Este fato deve-se principalmente às florações de Anabaena circinalis durante as campanhas sazonais. A biomassa foi a variável que melhor se relacionou com os fatores físicos (nível d’água e velocidade média do vento) pela ação dos ventos de quadrantes predominantes que resultavam num fetch efetivo longo. Neste estudo foram apresentados índices de diversidade de espécies calculados através de indivíduos (H’ind) e de biomassa (H’ biom). Estes índices apresentaram estreitas relações positivas entre si. Os índices também apresentaram relações diretas e significativas com os fatores físicos (nível d’água e velocidade média do vento). Na Lagoa Itapeva, a contribuição das diferentes categorias de tamanho em função da biomassa (estimada através do biovolume), ressaltou três frações que melhor representaram a comunidade fitoplanctônica: nanoplâncton, microplâncton e netplâncton. A fração netplanctônica predominou sobre as demais frações de tamanho. A predominância desta fração sobre as outras estudadas deu-se principalmente às espécies de colônias filamentosas Aulacoseira granulata, Anabaena circinalis e A. spiroides. O comportamento da comunidade fitoplanctônica na Lagoa Itapeva sugere estar de acordo com a Hipótese de Distúrbio Intermediário de Connell (1978). Os distúrbios intensos (provocados pelos forte ventos e fetch longo) ou a falta deste (criando um ambiente estável), nos pontos de amostragem, resultaram em florações da cianobactéria Anabaena circinalis. Essas florações proveram uma densa biomassa em todo o período da pesquisa, além de promoverem a baixa diversidade através do domínio desta cianobactéria, e provocar sucessões das frações de tamanho do fitoplâncton.

Simulação computacional por dinâmica molecular de propriedades de equilíbrio e espectroscópicas de misturas líquidas CS2/C6H6

Propriedades de equilíbrio e espectroscópicas são determinadas para a mistura líquida CS2/C6H6 na temperatura de 298K e nas frações molares de benzeno iguais a 0,25, 0,50 e 0,75, usando simulação computacional por Dinâmica Molecular. As interações intermoleculares são descritas em relaçãao a todos os átomos por um potencial Lennard-Jones (12/6), com as interações eletrostáticas representadas por quadrupolos pontuais, localizados nos centros de massa das mol´eculas. Um segundo potencial também é considerado, onde a distribuição de cargas na molécula é usada para descrever as interações eletrostáticas. Dados termodinâmicos e propriedades estruturais, descritas através de funções de distribuição radial e de correlação angular, são calculados. Os resultados obtidos com os dois potenciais mostram boa concordância com os dados experimentais. A análise das frações molares locais e das energias internas indica que a mistura líquida CS2/C6H6 apresenta comportamento aproximadamente ideal. As funções de distribuição radial e de correlação angular evidenciam uma configuração preferencialmente paralela entre as moléculas de CS2 e C6H6 a distâncias menores em relação a distância do máximo da função de distribução , correspondente a primeira camada de coordenação . Nesta região, a configuração perpendicularé fracamente favorecida em relação as demais orientações. Funções de correlação temporal da polarizabilidade coletiva e da polarizabilidade molecular, correspondentes aos espalhamentos Rayleigh e Raman, respectivamente, são calculadas a partir do modelo de interação dipolo induzido por dipolo de 1a ordem. As funções de correlação são divididas nas contribuições orientacional, induzida por colisão e cruzada, e nas contribuições dos componentes. Propriedades de equilíbrio como anisotropia efetiva e intensidades integradas são determinadas para as misturas e líquidos puros. Os resultados indicam que a correlação orientacional entre as moléculas de CS2 é a maior responsável pelos espectros Rayleigh e espectros Raman deste componente. A maior participação do benzeno ocorre no espalhamento Raman com uma maior correlação na contribuição induzida por colisão. A separação na escala temporal entre a dinâmica reorientacional e induzida por colisão determinada na simulação é menor em relação ao experimento. Tempos de correlação da contribuição induzida por colisão são maiores nas misturas em relação aos líquidos puros no espalhamento Rayleigh, conforme o experimento, e estão relacionados a contribuições significativas das funções de correlação entre os componentes CS2 e benzeno a tempo longo. Funções de correlação temporal do momento dipolar coletivo são determinadas a partir do modelo dipolo induzido por quadrupolo e analisadas em termos de contribuições isotrópicas, anisotrópicas e cruzadas, como também de contribuições dos componentes. A relação entre estes termos é concordante com os parâmetros moleculares de anisotropia e quadrupolo dos componentes. Os resultados da simulação indicam absorbância de excesso para as misturas em uma ordem semelhante a do experimento. O tempo de correlação maior na mistura de fração molar de benzeno igual a 0,25, também encontrado no experimento, está relacionado a elevada contribuição a tempo longo da função de correlação entre dipolos induzidos em moléculas de CS2 por moléculas de C6H6. Os espectros calculados na simulação e os espectros experimentais do espalhamento de luz despolarizado Rayleigh apresentam boa concordância, validando os modelos de potenciais de interação e de indução usados. No entanto, diferenças são encontradas no infravermelho longínquo. Modi cações no modelo simplificado de indução são propostas.

Variação no conteúdo protéico e pigmentar em variantes cromáticas de Gracilaria domingensis nas populações naturais de Rio do Fogo-RN, BRASIL

The seaweed Gracilaria domingensis is a common species in the coast of Rio Grande do Norte. This species lives in the intertidal zone, where colour strains (red, green and brown) co-occur during the whole year. Seaweeds that live in this region are exposed to daily changes and to the rhythm of the tide. During the low tide they are exposed to dissection, hiper-or hipo-osmotic shock, high temperatures and high irradiance. The aim of this study was to analyze whether the pigment and protein content of the colour strains of G. domingensis is affected by some environmental parameters in a temporal scale. The seaweeds were collected during 10 months in the seashore of Rio do Fogo (RN). The total soluble proteins and the phycobiliprotein were extracted in phosphate buffer and the carotenoids were analyzed by a standardized method through HPLC-UV. The pigments analysis showed that phycoerithrin is the most abundant pigment in the three strains. This pigment was strongly correlated with nitrogen and the photosynthetically active radiation. Chlorophyll presented higher concentrations than carotenoids during the whole, but the ratio carotenoid/chlorophyll-a was modified by incident radiation. The most abundant carotenoid was ß-carotene and zeaxanthin, which had higher concentrations in the higher radiation months. The concentration increase of zeaxanthin in this period indicated a photoprotective response of the seaweed. The three strains presented a pigment profile that indicates different radiation tolerance profile. Our results pointed that the green strain is better adapted to high irradiance levels than the red and brown strains

Contribuição da Geodésia ao monitoramento costeiro do Litoral Setentrional do Rio Grande do Norte, área de influência da indústria petrolífera

The general objective of this thesis has been seasonal monitoring (quarterly time scale) of coastal and estuarine areas of a section of the Northern Coast of Rio Grande do Norte, Brazil, environmentally sensitive and with intense sediment erosion in the oil activities to underpin the implementation of projects for containment of erosion and mitigate the impacts of coastal dynamics. In order to achieve the general objective, the work was done systematically in three stages which consisted the specific objectives. The first stage was the implementation of geodetic reference infrastructure for carrying out the geodetic survey of the study area. This process included the implementation of RGLS (Northern Coast of the RN GPS Network), consisting of stations with geodetic coordinates and orthometric heights of precision; positioning of Benchmarks and evaluation of the gravimetric geoid available, for use in GPS altimetry of precision; and development of software for GPS altimetry of precision. The second stage was the development and improvement of methodologies for collection, processing, representation, integration and analysis of CoastLine (CL) and Digital Elevation Models (DEM) obtained by geodetic positioning techniques. As part of this stage have been made since, the choice of equipment and positioning methods to be used, depending on the required precision and structure implanted, and the definition of the LC indicator and of the geodesic references best suited, to coastal monitoring of precision. The third step was the seasonal geodesic monitoring of the study area. It was defined the execution times of the geodetic surveys by analyzing the pattern of sediment dynamics of the study area; the performing of surveys in order to calculate and locate areas and volumes of erosion and accretion (sandy and volumetric sedimentary balance) occurred on CL and on the beaches and islands surfaces throughout the year, and study of correlations between the measured variations (in area and volume) between each survey and the action of the coastal dynamic agents. The results allowed an integrated study of spatial and temporal interrelationships of the causes and consequences of intensive coastal processes operating in the area, especially to the measurement of variability of erosion, transport, balance and supply sedimentary over the annual cycle of construction and destruction of beaches. In the analysis of the results, it was possible to identify the causes and consequences of severe coastal erosion occurred on beaches exposed, to analyze the recovery of beaches and the accretion occurring in tidal inlets and estuaries. From the optics of seasonal variations in the CL, human interventions to erosion contention have been proposed with the aim of restoring the previous situation of the beaches in the process of erosion.

Caracterização da dinâmica ambiental da região costeira do município de Galinhos, litoral setentrional do Rio Grande do Norte

This doctorate thesis concerning on the Characterization of the Environmental Dynamics of the Coastal Area of the Municipal district of Galinhos, Septentrional Coast of Rio Grande do Norte State, is located in the influence area of the Guamaré Petroliferous Pole, having as general objective the understanding of the active coastal dynamics in the region of Galinhos, whose specific objectives were: To study the variation of the coast line in the decades of 1954, 1967,1988, 1996, 2000, from remote sensing products; To elucidate the hypothesis of the region of Galinhos to have been an old system of islands barriers, using as basic tool the penetration radar in the soil - GPR; To monitor and to characterize the coastal dynamics of the study area starting from monthly data of beach profiles, sedimentological analysis, hydrodynamic data and environmental characterization data; which were used to feed the database of the N-NE network of Environmental Monitoring of Areas under Influence of the Petroliferous Industry;(REDE05/FINEP/CNPq/CTPETRO/ PETROBRAS). This research is justified, of the environmental point of view, by involving the mangrove ecosystem considered one of the most delicated environments of the State. From the viewpoint of the petroleum exploration, the systems of islands barriers are favorable for hydrocarbons reservoirs and, consequently important targets to the oil and gas industry, becoming this region attractive in comparison with similar lithified environments. With the results of the variability study in the position of the coast line in the Municipal district of Galinhos/RN from the analysis of remote sensing images, it was possible to investigate the changes in the coast line in temporal scale; the use of directional filters allowed to emphasize linings in the direction NE and to identify submerged features such as sandwaves. The use of GPR enabled the confirmation of paleochannels existence and thus confirmed the hypothesis that the Galinhos spit was formed from an old system of islands barriers. The results of the granulometric analyses indicated that in the summer period the sediments in the profiles A and B in the foreshore portion were classified with the granulometry of sand with scattered gravel and in the shoreface were constituted by sand, but in the winter period these same morphologic compartments were constituted by sand with sparse gravel and siltic sand respectively. In the profile C, in the summer and in the winter, the shoreface and foreshore compartments presented predominantly constituted by sand with sparse gravel. The hydrodynamic results showed that the largest wave heights were registered in the month of February (62 cm) and the highest period of 1,00 m/s in the month of May, the sense of the coastal currents was kept among the quadrants SW and NW, and the winds coming from NE were predominant. The analysis of the beach profiles demonstrated that in the profile A, although it had occurred erosion and deposition during the monitored months, the morphology of the referred profile was kept constant. In the profiles B and C, there were abrupt changes in the morphology, during the monitored months, having been identified a cyclic pattern in the features of the foreshore zone sometimes forming longitudinal sandy bars and in other times forming berm. These results evidenced, therefore, that studies of this nature are of fundamental importance for the coastal zoning, aiming subsidies to the organs managers in the closing of decisions as for the implantation of enterprises in the area, and for the industry of the petroleum through generation of information that subsidize the implementation and location of petroliferous structures adequate to this environment

Sucessão da comunidade de algas perifíticas em reservatório oligotrófico tropical (São Paulo, Brasil): comparação entre período seco e chuvoso

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Descrição da resposta germinativa de cultivares de Phaseolus vulgaris L. (Fabaceae) à temperatura e ao potencial osmótico

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Biologia Vegetal) - IBRC

Four year multitrophic food web: source food web description, methodology accuracy and species diversity

Food webs have been used in order to understand the trophic relationship among organisms within an ecosystem, however the extension by which sampling efficiency could affect food web responses remain poorly understood. Still, there is a lack of long-term sampling data for many insect groups, mainly related to the interactions between herbivores and their host plants. In the first chapter, I describe a source food web based on the Senegalia tenuifolia plant by identifying the associated insect species and the interactions among them and with this host plant. Furthermore, I check for the data robustness from each trophic level and propose a cost-efficiently methodology. The results from this chapter show that the collected dataset and the methodology presented are a good tool for sample most insect richness of a source food web. In total the food web comprises 27 species belonging to four trophic levels. In the second chapter, I demonstrate the temporal variation in the species richness and abundance from each trophic level, as well as the relationship among distinct trophic levels. Moreover, I investigate the diversity patterns of the second and third trophic level by assessing the contribution of alfa and beta-diversity components along the years. This chapter shows that in our system the parasitoid abundance is regulated by the herbivore abundances. Besides, the species richness and abundances of the trophic levels vary temporally. It also shows that alfa-diversity was the diversity component that most contribute to the herbivore species diversity (2nd trophic level), while the contribution of alfa- and beta-diversity changed along the years for parasitoid diversity (3rd level). Overall, this dissertation describes a source food web and bring insights into some food web challenges related to the sampling effort to gather enough species from all trophic levels. It also discuss the relation among communities associated with distinct trophic levels and their temporal variation and diversity patterns. Finally, this dissertation contributes for the world food web database and in understanding the interactions among its trophic levels and each trophic level pattern along time and space

Tilapicultura em ecossistemas aquáticos abertos: desenvolvimento sustentável ou degradação ambiental ? Estudo de caso em represa oligotrófica

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Sustentabilidade ambiental da criação de camarões de água doce e uso do aguapé no tratamento dos efluentes

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estrutura e dinâmica da comunidade de algas planctônicas e perifíticas (com ênfase nas diatomáceas) em reservatórios oligotrófico e hipertrófico (Parques Estadual das Fontes do Ipiranga, São Paulo)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Utilização da modelagem sistêmica para analisar o efeito da variação climática no parâmetro produtividade da água na laranja Natal (Citrus sinensis L. Osbeck) no Estado de São Paulo

Pós-graduação em Agronomia (Irrigação e Drenagem) - FCA

Desempenho de métodos de estimativa da evapotranspiração de referência nas localidades de Frederico Westphalen e Palmeira das Missões, RS

A estimativa da evapotranspiração de referência (ETo), usada no balanço hídrico, possibilita quantificar o armazenamento de água no solo, auxiliando no manejo da irrigação. O objetivo do trabalho foi comparar métodos mais simples de estimativa da evapotranspiração de referência com o método Penman-Monteith (FAO), nas escalas diária e de 5, 10, 15 e 30 dias, e mensal, para os municípios de Frederico Westphalen e Palmeira das Missões, no RS. Os métodos avaliados tenderam a melhorar a eficiência com o aumento da escala temporal de estudo, mantendo o mesmo desempenho para ambas as localidades. Os maiores e menores valores de ETo ocorreram nos meses de dezembro e junho, respectivamente. A maioria dos métodos subestimou os valores de ETo. Em qualquer escala temporal, os métodos de Makking e da Radiação FAO24 podem substituir o modelo de Penman-Monteith.

Nutrientes y termoclinas en la Estación Europea de Series Temporales Oceánicas de Canarias

[ES]El mantenimiento de observaciones continuadas, durante largos períodos de tiempo en un mismo área, es una estrategia científica y logística de gran interés oceanográfico. El estudio detallado de las series así establecidas, nos permitirá conocer los cambios temporales que tienen lugar tanto en la fisica, como en la biogeoquímica oceánica, y los procesos que ejercen el control de los mismos. Dentro de esta escala temporal, la base de datos hidrográficos que resulta nos ayudará a establecer los ciclos estacionales y los ciclos interanuales del conjunto de parámetros hidrográficos y geoquímicos medidos. El Archipiélago Canario está considerado, dada la combinación de procesos de larga escala que se dan, como una zona óptima para estudios de las aguas oceánicas a escala global. Se encuentra rodeado de aguas profundas inmersas en el régimen de recirculación Este de la Corriente del Golfo, constituido por la Corriente de Canarias, influenciado por el afloramiento del Noroeste Africano y por la deposición de partículas eólicas desde el Sahara.El programa ESTOC supone una contribución a los proyectos internacionales y multidisciplinarios WOCE (World Ocean Circulation Experiment) y JGOFS (Joint Global Ocean Flux Study) que pretenden resolver el problema científico que supone la escasez de información sobre lo que está ocurriendo en los océanos a escala global.