Heterologisen geenin DNA-sekvenssin optimointi sek�� Fab-fragmentin DNA-sekvenssin vaikutus Escherichia colin kasvuun ja tuotto-ominaisuuksiin

Synonyymisillä kodoneilla tarkoitetaan kodoneja, jotka ovat erilaisia, mutta koodaavat samaa aminohappoa. Synonyymisten mutaatioiden, eli kodonin vaihtaminen samaa aminohappoa koodaavaan toiseen kodoniin, on pitk��än ajateltu olevan yhdentekeviä, mutta synonyymit muutokset DNA-sekvenssissä voivat kuitenkin vaikuttaa esimerkiksi proteiinin laskostumiseen ja proteiinin toimintaan solussa. Eri organismit k��yttävät synonyymisiä kodoneja eri frekvensseillä. Tätä ilmiötä kutsutaan kodonik��ytön poikkeamaksi. Kodonik��ytön poikkeamien on osoitettu olevan tärkein yksittäinen prokaryoottien geeniekspressioon vaikuttava tekijä, ja usein proteiineja on hankala tuottaa vieraassa isännässä, jos kodonik��ytön poikkeamat ovat liian suuria. Erilaisia kodonioptimointistrategioita on kehitetty näiden ongelmien ratkaisemiseksi. Kodonik��yttöä optimoitaessa on otettava huomioon lisäksi erilaiset paikalliset muuttujat, jotka lisäävät optimoinnin monimutkaisuutta. Työn lähtökohtana oli synteettinen ihmisen vasta-aineen Fab-fragmentin geeni. Geeni oli optimoitu kahdella eri strategialla, jotka tuottivat eri DNA-sekvenssit, mutta saman aminohapposekvenssin. Toinen varianteista tuotti aktiivista Fab-fragmenttia, toinen ei. DNA-sekvenssin vaikutuksen tutkimiseksi, toimivan geenin osia korvattiin toimimattoman variantin vastaavalla osalla. Kaikkiaan seitsemän geenivariantin kykyä ilmentää Fab-fragmenttia sek�� liukoisena proteiinina että filamenttifaagin pinnalla vertailtiin. Lisäksi tutkittiin varianttien vaikutusta isäntäsolun kasvukinetiikkaan. Muunneltuja variantteja verrattiin alkuperäiseen toimivaan varianttiin. Faagituotossa havaittiin Fab-fragmentin kevyen ketjun DNA-sekvenssin synonyymisten muutosten vaikuttavan faagien immunoreaktiivisuuteen. Erityisen olennainen oli kevyen ketjun vakioisen alueen muuttaminen, joka myös aiheutti 45 % laskun faagien kokonaismäärässä ja 54 % laskun faagien immunoreaktiivisuudessa. Liukoista proteiinia tuotettaessa kevyen ketjun vakioisen alueen muutos laski Fab-määrän tasolle, jota ei voitu mitata. Tämän lisäksi, avoimen lukukehyksen alun kodonien synonyymiset mutaatiot aiheuttivat 48-kertaisen laskun aktiivisen liukoisen proteiinin määrässä verrattuna alkuperäiseen toimivaan varianttiin.

Photograph - Colin Campbell and Helen Stanley Smith with Judge Campbell, 1910.

A photograph of Colin Campbell and Helen Stanley Smith sitting in a horse buggy in front of the Campbell home. Judge Campbell is saddled on a horse behind the buggy. There are two other unidentified females sitting on the porch of the Campbell home on Church Street.

Preparation and properties of gallaborane, GaBH6: structure of the gaseous molecule H2Ga(μ-H)2BH2 as determined by vibrational, electron diffraction, and ab initio studies, and structure of the crystalline solid at 110 K as determined by x-ray diffraction``

Gallaborane (GaBH6, 1), synthesized by the metathesis of LiBH4 with [H2GaCl]n at ca. 250 K, has been characterized by chemical analysis and by its IR and 1H and 11B NMR spectra. The IR spectrum of the vapor at low pressure implies the presence of only one species, viz. H2Ga(μ-H)2BH2, with a diborane-like structure conforming to C2v symmetry. The structure of this molecule has been determined by gas-phase electron diffraction (GED) measurements afforced by the results of ab initio molecular orbital calculations. Hence the principal distances (rα in Å) and angles ( α in deg) are as follows: r(Ga•••B), 2.197(3); r(Ga−Ht), 1.555(6); r(Ga−Hb), 1.800(6); r(B−Ht), 1.189(7); r(B−Hb), 1.286(7); Hb−Ga−Hb, 71.6(4); and Hb−B−Hb, 110.0(5) (t = terminal, b = bridging). Aggregation of the molecules occurs in the condensed phases. X-ray crystallographic studies of a single crystal at 110 K reveal a polymeric network with helical chains made up of alternating pseudotetrahedral GaH4 and BH4 units linked through single hydrogen bridges; the average Ga•••B distance is now 2.473(7) Å. The compound decomposes in the condensed phases at temperatures exceeding ca. 240 K with the formation of elemental Ga and H2 and B2H6. The reactions with NH3, Me3N, and Me3P are also described.

[In Memoriam:] Vale Colin Dobson, 19 July 1937-22 June 2007

Obituary for Vale Colin Dobson, Australian parasitologists, 1937-2007.

Colin Ross: Der Weg nach Osten [Rezension]

H-x.

Colin Ross: Die Welt auf der Waage [Rezension]

Am.