Influência de parâmetros moleculares em funções de correlação temporal na dinâmica de solvatação mecânica

No presente trabalho descrevemos nossos resultados relativos à investigação da dinâmica de solvatação mecânica por meio de simulações por dinâmica molecular, respeitando o regime da resposta linear, em sistemas-modelo de argônio líquido com um soluto monoatômico ou diatômico dissolvido. Estudamos sistematicamente a influência dos parâmetros moleculares dos solutos (tamanho, polarizabilidade) e da densidade frente a vários modelos de solvatação. Funções de Correlação Temporal da Energia de Solvatação foram calculadas com relação à correlações de n-corpos (n = 2; 3) distinguindo interações repulsivas e atrativas para ambos os sistemas líquidos. Também obtivemos segundas derivadas temporais dessas funções referindo-se à parcelas translacionais, rotacionais e roto-translacionais na solução do diatômico. Encontramos que funções de correlação temporal coletivas podem ser razoavelmente bem aproximadas por correlações binárias a densidades baixas e, a densidades altas, correlações ternárias tornam-se mais importantes produzindo um descorrelacionamento mais rápido das funções coletivas devido a efeitos de cancelamento parciais. As funções de correlação para interações repulsivas e atrativas exibem comportamentos dinâmicos independentes do modelo de solvatação devido a fatores de escalonamento linear que afetam apenas as amplitudes das dessas funções de correlação temporal. Em geral, os sistemas com grau de liberdade rotacional apresentam tempos de correlação mais curtos para a dinâmica coletiva e tempos de correlação mais longos para as funções binárias e ternárias. Finalmente, esse estudo mostra que os sistemas contendo o diatômico relaxam-se predominantemente por mecanismos translacionais binários em modelos de solvatação envolvendo alterações apenas na polarizabilidade do soluto, e por mecanismos rotacionais atrativos binários em modelos envolvendo alterações no comprimento de ligação.

Estudo teórico da solvatação de ânions em solventes orgânicos

O presente trabalho relata a parametrização do modelo de contínuo IEF-PCM para o estudo da solvatação de ânions monovalentes em acetonitrila e N,N-dimetilformamida. Nós propomos duas metodologias de parametrização do modelo de contínuo polarizável para este estudo teórico. A primeira proposta é baseada unicamente no cálculo do termo eletrostático da energia livre e na equiparação deste termo com a energia livre de solvatação experimental. Na segunda proposta de metodologia, a parametrização do modelo de contínuo polarizável foi realizada com o auxílio das simulações de dinâmica molecular e dentro desta segunda proposta nós calculamos todos os termos que contribuem para a energia livre de solvatação, a energia de cavitação. a energia eletrostática e a energia de van der Waals. Com a aplicação da primeira metodologia, é obtido um erro médio absoluto de 2,1 kcal/mol nas energias de solvatação dos ânions em acetonitrila enquanto que o erro médio absoluto calculado para energias de solvatação dos ânions em N,N-dimetilformamida é 2,8 kcal/mol. A aplicação da segunda metodologia resulta num erro médio absoluto de 1,4 kcal/mol nas energias de solvatação dos ânions em acetonitrila e um erro médio absoluto de 1,2 kcal/mol nas energias de solvatação calculadas para os ânions em N,N-dimetilformamida. Estes resultados indicam que o modelo de contínuo polarizável IEF-PCM é adequado para o estudo dos efeitos termodinâmicos nas soluções de ânions nos solventes acetonitrila e N,N-dimetilformamida.

Estudo do efeito da adição de frustração no enovelamento de proteínas utilizando modelos baseados em estruturas

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Regimes de frustração ótima em enovelamento de proteínas com modelos baseado em estrutura

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estudo do coeficiente de difusão no enovelamento de proteína

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Peptídeos cíclicos em espécies do semiárido brasileiro e uma cultivada: caracterização e atividade biológica

Pós-graduação em Química - IQ

Modelos mecânicos para o estudo da dinâmica do DNA

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Estudo da interação não-nativa no enovelamento de proteínas

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Novos peptídeos sintéticos e estudo da interação com membranas modelo: efeito de modificações no N-terminal na atividade lítica e antimicrobiana

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Expansão térmica de nanotubos de carbono de duas camadas

Pós-graduação em Ciência e Tecnologia de Materiais - FC

Estudo dos efeitos do tamanho e comensurabilidade nas correntes críticas em fitas supercondutoras do tipo II com redes periódicas de pinnings à temperatura finita

Pós-graduação em Ciência e Tecnologia de Materiais - FC

Estudo da Estrutura da Proteína SH do Vírus Sincicial Respiratório Humano: análise funcional da estrutura pentamérica por ferramentas de bioinformática

Pós-graduação em Biofísica Molecular - IBILCE

Desenvolvimento de modelos para flavonoides e cumarinas utilizando o campo de força CGenFF

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Controle de fotoassociação caótica com campos externos

The objective of the present work was to study the control of the dynamics of diatomic heteronuclear molecules interacting with electric fields created by lasers. Specifically in this work, the molecular photoassociation phenomenon will be analyzed. At this phenomenon, the atom's relative movement is described by a particle that moves in a morse potential well under the influence of an external time dependant force related to the external field. Based on the optimum control theory (OCT), it is presented at the present work laser pulses that alternate a given initial molecular state to a desirable end state, wich in this work was represented by the minimization of a cost functional that indicates how close. To do so, a computational sistem know as Genetic Algorithm (GA) was developed that can be characterizes as an extremelly eficient technique capable of scanning the solutions space and find results close to the optimum solutions

Simulação atomística de sistema em nanoescala

Pós-graduação em Física - IGCE