Alineamiento múltiple de secuencias con T-Coffee: una aproximación paralela

Las aplicaciones de alineamiento múltiple de secuencias son prototipos de aplicaciones que requieren elevada potencia de cómputo y memoria. Se destacan por la relevancia científica que tienen los resultados que brindan a investigaciones científicas en el campo de la biomedicina, genética y farmacología. Las aplicaciones de alineamiento múltiple tienen la limitante de que no son capaces de procesar miles de secuencias, por lo que se hace necesario crear un modelo para resolver la problemática. Analizando el volumen de datos que se manipulan en el área de las ciencias biológica y la complejidad de los algoritmos de alineamiento de secuencias, la única vía de solución del problema es a través de la utilización de entornos de cómputo paralelos y la computación de altas prestaciones. La investigación realizada por nosotros tiene como objetivo la creación de un modelo paralelo que le permita a los algoritmos de alineamiento múltiple aumentar el número de secuencias a procesar, tratando de mantener la calidad en los resultados para garantizar la precisión científica. El modelo que proponemos emplea como base la clusterización de las secuencias de entrada utilizando criterios biológicos que permiten mantener la calidad de los resultados. Además, el modelo se enfoca en la disminución del tiempo de cómputo y consumo de memoria. Para presentar y validar el modelo utilizamos T-Coffee, como plataforma de desarrollo e investigación. El modelo propuesto pudiera ser aplicado a cualquier otro algoritmo de alineamiento múltiple de secuencias.

Estudio de los mecanismos terapéuticos en la inducción de tolerancia immunológica en un modelo animal de esclerosis múltiple

En una serie de estudios previos demostramos que la infusión de células de médula ósea (MO) modificadas genéticamente para la expresión del autoantígeno MOG40-55 en ausencia de mieloablación inducía tolerancia antígenoespecífica en un modelo murino de esclerosis múltiple. También observamos que este efecto terapéutico no requería injerto hematopoyético. Nos propusimos estudiar si el efecto tolerogénico está inducido por una subpoblación de células generadas durante la transducción de la MO y el papel de las células T reguladoras en la inducción de la tolerancia. Las células de MO fueron cultivadas y transducidas usando medio complementado con 20% FCS y medios condicionados como fuente de stem cell factor (SCF) e IL-3 murinos. Las diferentes poblaciones celulares se separaron por citometría de flujo y se analizó la capacidad supresora de las poblaciones candidatas. Por otro lado se analizó la presencia de células T reguladoras en bazo y SNC de los ratones recuperados después de la infusión de células de MO transducidas. A los cinco días de cultivo, la mayoría de células presentaban fenotipo mieloide (Mac-1+Gr-1low/-:31,9+-10,2%; Mac-1+Gr-1high:26,0+-3,3%). Ambos fenotipos se corresponden con dos subpoblaciones de células mieloides supresoras (MDSC, tipo monocí¬tico y granulocítico respectivamente) descritas recientemente. Se estudió la capacidad de ambas poblaciones para suprimir la respuesta proliferativa específica de esplenocitos frente a MOG40-55 in vitro, observando una mayor capacidad de supresión de las MDSC monocíticas, que se correspondí¬a con niveles significativamente superiores de actividad de las enzimas arginasa-1 y sintasa de óxido nítrico (ambos mecanismos supresores característicos de las MDSC). A los 7 días del tratamiento no se observaron diferencias significativas en el porcentaje de células T reguladoras (Treg y Tr1) entre el grupo tratado (liM) y los grupos de control.

Statmedia 3 : activitats on-line individualitzades d'estadística i matemàtiques als ensenyaments de Ciències Experimentals i Socials

El projecte Statmedia 3 ha consolidat definitivament la proposta de les assignatures Bioestadística de Biologia, Anàlisi de dades de Ciències Ambientals i d’Estadística Matemàtica de la Diplomatura renovant una part del material creat amb Statmedia 2. S’han inclòs a més Matemàtiques d’Ambientals i Introducció a la Probabilitat del Grau d’Estadística. L’anterior MQD abastava només pràctiques mentre que aquest projecte permet una oferta diversa d’activitats individualitzades. La individualització consisteix en que cada estudiant rep una proposta de cas personalitzada amb dades diferents. Les activitats poden ser programades presencialment o no, però la clau de l’èxit de l’activitat és que l’alumne obtingui reconeixement del seu treball en l’avaluació continuada. La valoració que fan als alumnes de Statmedia és molt bo, i observem que es produeix una millora en els resultats acadèmics. Statmedia 3 ha implicat un important esforç en la vessant informàtica del projecte, la barreja de tecnologies que utilitzem son punteres: Ajax, servlets i applets Java... Hem posat a punt un assistent on-line per dissenyar documents i planificar activitats que facilita la tasca dels professors. La nostre participació en primera línea del procés de convergència a l’EEES ens ha permès anticipar alguns canvis, i s’ha traduït en que el claustre del Departament d’Estadística assumís que Statmedia és una metodologia essencial dels seus plans docents. El projecte continua en un quart projecte MQD consecutiu, on desplegarem la nova tecnologia implementada. L’objectiu principal serà dotar a les assignatures dels 7 graus on participa el departament d’activitats individualitzades en forma de casos pràctics, problemes i proves diverses. La col·lecció de material emmagatzemada en la nostra biblioteca, forjada després de quasi deu anys de treball continuat, juntament amb l’experiència acumulada de com utilitzar Statmedia de la forma més eficient han començat a ser explotades en els nous graus aquest mateix curs 2009-2010.

Sistema encastat de monitorització d'informació múltiple: implementació per a vehicles

Aquest projecte es centra en l’àmbit de l’automoció, i la seva finalitat es ampliar la informació que proporciona el fabricant d’un vehicle als usuaris. Un dels punts claus del sistema es que aquest quedi completament integrat, per tant, utilitza dispositius externs inclosos al vehicle com ara el display que anteriorment s’utilitzava per a mostrar informació del radiocasset, i una maneta amb dos botons utilitzada per al control del sistema. El sistema mostra diferents tipus d’informació com ara la velocitat instantània del vehicle, revolucions del motor, velocitat màxima, distància parcial recorreguda, hora i data. A més de mostrar informació, aquest es capaç d’emmagatzemar-la en un suport extraïble per a una posterior explotació a un ordinador convencional. El sistema no està pensat per a ser un projecte tancat, sinó que esta dissenyat per a ser ampliat en quant a funcionalitats, i per tant aquest projecte es considera una primera versió.

Smooth Transition Patterns in the Realized Stock- Bond Correlation

Abstract: We analyze the realized stock-bond correlation. Gradual transitions between negative and positive stock-bond correlation is accommodated by the smooth transition regression (STR) model. The changes in regime are de…ned by economic and …financial transition variables. Both in sample and out-of- sample results document that STR models with multiple transition variables outperform STR models with a single transition variable. The most important transition variables are the short rate, the yield spread, and the VIX volatility index. Keywords: realized correlation; smooth transition regressions; stock-bond correlation; VIX index JEL Classifi…cations: C22; G11; G12; G17

Análisis de las formas clínicas de uveítis asociadas a esclerosis múltiple. Revisión retrospectiva de los casos atendidos en el servicio de oftalmología del Hospital Universitario Vall d`Hebron

Objectiu: Analitzar les diferents formes clíniques d’uveïtis en pacients amb esclerosi múltiple (EM), el seu tractament i resultats. Mètode: Estudi retrospectiu de 18 pacients diagnosticats d’EM que van presentar episodis d’inflamació intraocular clínicament rellevants. Resultats: La forma clínica predominant va ser la uveïtis intermèdia (14 casos), seguida de la forma vasculítica (2 casos). El tractament mèdic va aconseguir una milloria global de 1’68 ± 1,47 línies de visió; mentre que la cirurgia va mostrar una milloria de 3,36 ± 2,46 línies de visió rere la facoemulsificació, i de 2,25 ± 0,56 línies de visió rere la vitrectomia. Conclusions: El tractament amb corticoides locals o sistèmics assoleix un adequat control de la majoria dels episodis d’inflamació intraocular. Els resultats de la cirurgia son molt satisfactoris en aquest grup de pacients, un cop controlats mèdicament els brots d’activitat inflamatòria intraocular.

Variants genètiques predictores de progressió en el Mieloma Múltiple

El Mieloma múltiple és una patología hematològica maligna que cursa amb la presència d’una proteïna monoclonal responsable del deteriorament del pacient. Existeixen múltiples factors que afavoreixen la progressió de la malaltia d’entre els quals destaca la interleukina 6 (IL-6), una citoquina que actua com a factor de creixement de les cèl•lules malignes i com a inhibidor de la seva apoptosi. En aquest estudi ens hem plantejat si les variants genètiques d’aquesta IL-6 també poden causar diferències en l’evolució del mieloma múltiple. En concret hem estudiat la presència de guanina o lisina en la posició 174 de la regió promotora del gen de la IL-6.

Anàlisi d'aplicacions del disseny de programació múltiple: una estimació de priorització en la planificació inicial i progressiva d'aquest enfocament

Atendre la planificació dels plans d’aula per a tot l’alumnat des d’un enfocament d’inclusió i atendre la planificació d’accés de cadascun i cadascuna de les alumnes a tot allò que es desenvoluparà a l’aula, són els propòsits del enfocament basat en el Disseny de Programacions Múltiples i Plans Educatius Individualitzats. Des d’aquest enfocament es planteja un procediment de planificacions “per versions” en el sentit que es considera que, inicialment, no es fa necessari preveure tots els detalls de l’activitat docent que es prepara, sinó el disposar d’uns primers esborranys que poden ser suficients i funcionals o que, en el cas de ser necessàries majors concrecions, aquestes es puguin anar introduint progressivament durant el mateix procés docent. El conèixer els canvis que es produiran en el moment de la implementació és l’objectiu d’aquest treball perquè tenim la convicció que si anticipem els possibles canvis que es produiran sabrem els components en els quals convé inicialment, planificar amb major intensitat i detall i quins són aquells altres components sobre els quals la intensitat de la planificació pot ser menys intensa i així facilitar la tasca dels professionals a l’hora de programar.

Mieloma múltiple: rendimiento del estudio del cariotipo por técnicas convencionales y de hibridación in situ fluorescente. Significado pronóstico de las ganacias de 1 q.

En éste estudio analizamos el rendimiento de las técnicas citogenéticas utilizadas en los protocolos diagnósticos del MM (CC y técnicas de FISH). En primer lugar caracterizamos la serie de pacientes y los estratificamos en grupos de riesgo según los sistemas de estadificación actuales. Después estudiamos el porcentaje de cariotipos patológicos con cada una de las técnicas y en conjunto, encontrando un 40% de cariotipos patológicos por CC y de estos un 11,5% pertenecían a estudios con recuentos de CP ≤20% por citomorfología. La técnica de FISH aumentó hasta un 68% los cariotipos patológicos. También hemos realizado la caracterización de los pacientes con ganancias de 1q y su impacto en la evolución de la enfermedad.

Adherencia a los tratamientos inmunomoduladores en los pacientes con esclerosis múltiple remitente recurrente. Propuestas para mejorar el cumplimiento

L'adherència a immunomoduladors en esclerosi múltiple és d'interès. OBJECTIU: Elaborar eines per millorar l'adherència MÈTODE: Reunió amb investigadors per avaluar els factors associats amb la no-adherència als immunomoduladors. RESULTATS: Es van acordar les recomanacions per neuròlegs i pacients i els qüestionaris a passar a l'inici del tractament i durant el seguiment per identificar els pacients probablement no adherents CONCLUSIÓ: L'adherència es considera essencial. Els professionals sanitaris han de verificar i utilizar estratègies per afavorirla. Donar informació adequada i utilitzar mètodes d'identificació de l'adherència és la clau de l'èxit.

Descripció de l’evolució del tractament farmacològic en pacients amb esclerosi múltiple

Els objectius del treball són descriure les característiques demogràfiques i clíniques dels pacients amb esclerosi múltiple en tractament amb fàrmacs immunomoduladors dispensats en un servei de farmàcia hospitalari i l’avaluació dels aspectes relacionats amb el tractament farmacològic d’aquests pacients, com són els motius que justifiquen el canvi del fàrmac immunomodulador utilitzat, els efectes adversos experimentats amb aquest tipus de fàrmacs i la recollida de la resta del perfil farmacològic dels pacients inclosos.

Execució penal de sancions a conductors sota els efectes de drogues d’abús basats en estudi de saliva: ingerència i repercussió futura en el Codi penal

El consum de drogues no institucionalitzades té una important dimensió epidemiològica. En l'actualitat augmenta el consum de cocaïna i de cànnabis i s'estabilitza o disminueix el de opiacis. En la majoria dels països hi ha una relació entre la drogoaddicció i el delicte. Objectius: 1) Obtenir dades sociodemogràfiques en una població detinguda en els jutjats de guàrdia que passen a disposició judicial; 2) Obtenir dades sanitàries referents a infecció per VIH, VHC I VHB; 3) Obtenir dades de consums de cocaïna, haxis, heroïna, benzodiazepines i drogues de síntesis; 4) Conèixer la correlació o concordança clínico-analítica i, 5) Valorar la relació de l'addicció a drogues amb la delictologia. Subjectes i Mètodes: Estudi realitzat en una població de 151 subjectes consumidors de drogues il·legals detinguts a disposició judicial al Jutjat de guàrdia de la ciutat de Barcelona. Temps de l'estudi: 1,5 anys. Mètodes: Administració d'un qüestionari amb dades sociodemogràfiques, sanitàries i de consums de tòxics. Obtenció d'una mostra d'orina que es va analitzar per immunoassaig en l'analitzador AsXym (*Abbot). Els resultats es van interpretar com positius o negatius segons el punt de tall establert per al mètode. Resultats: El perfil de la mostra és un home solter, edat mitjana de 31.4 anys, amb estudis primaris i sense professió qualificada. La droga il·legal més consumida és la cocaïna, 77,5%, seguida dels opiacis 62,9%, del cànnabis 60,3% i benzodiazepines 61.6% (auto-medicades 40,9%). La prevalença de HIV va ser del 16,7%, VHC 37,9% i VHB 19,1%. La via intravenosa és utilitzada pel 46% dels cocainòmans i pel 53.8% del heroinòmans. Un 45.5% tenen signes compatibles amb UDVP. Només un 14.2% presentava signes de deteriorament físic i un 23.1% una clara síndrome d’abstinència. Existeix un 74.3% de correlació o concordança clínico-analítica. El delicte més relacionat amb el consum de drogues va ser els delictes contra la propietat. Conclusions i Discusió: Es detecta un alt consum de cocaïna i disminució de l'heroïna. El consum de cànnabis i benzodiazepines és elevat. Els delictes contra la propietat estan associats al consum de drogues il·legals. Propostes: L'estudi té aplicabilitat en medicina forense. El screening rutinari d'orina en població detinguda és una mesura d'utilitat. Permet obtenir dades objectives quan se sol·liciten informes de drogoaddicció als perits. Els detinguts poden beneficiar-se de circumstàncies modificadores de la responsabilitat criminal en cas de ser consumidors de tòxics, d’acord amb la legislació actual. Els lletrats i l'autoritat judicial tindran una prova objectiva en les seves actuacions per poder resoldre amb més coneixement els procediments on es troben implicats els consumidors de drogues d'abús.

Estacionalidad de la neumonía adquirida en la comunidad (NAC) y su influencia con el clima

La pneumònia adquirida a la comunitat (PAC) és una patologia molt prevalent, l´etiologia de la qual ve donada per les característiques de la regió geogràfica, de l'agent causal i del pacient. L'estudi de cadascuna d'elles és fonamental per al seu correcte abordatge terapèutic. Ens vam proposar estudiar els canvis de l'agent causal de la PAC en funció de l'estacionalitat i la influència dels canvis climàtics de la nostra àrea geogràfica. Material i mètode: Estudi prospectiu longitudinal de pacients ingressats per PAC des de Gener de 2008 a Desembre de 2009. Analitzem dades sociodemogràfiques, comorbiditat, gravetat, agent etiològic, complicacions i mortalitat. Correlacionem la temperatura mitjana, la precipitació acumulada mitjana i el caràcter de la precipitació per S. pneumoniae i Legionella pneumophila en cada estació de l'any. Anàlisi estadística: Xi quadrat, t de Student per mostres independents, anàlisi de la variància i correlació de Spearman. Resultats: Incloem 155 pacients, 63.9% homes i 54.8% majors de 65 anys. La major incidència de PAC va ser a l'hivern. Streptococcus pneumoniae va ser l'agent causal més freqüent en totes les estacions de l'any a excepció de l'estiu, que va ser Legionella pneumophila. Observem una correlació significativa entre la menor temperatura mitjana estacional i l'etiologia pneumocòccica i al revés quan l'agent causal va ser Legionella pneumophila. No obstant això, no trobem diferències etiològiques per estacions en relació amb la humitat ambiental. Conclusions: En la nostra àrea, Streptococcus pneumoniae és l'agent etiològic més freqüent a l'hivern amb baixes temperatures mentre que a l'estiu, amb altes temperatures, és Legionella pneumophila.

Funcions de les molècules associades a la mielina i la proteïna priònica cel•lular (PrPc) en neurodegeneració (Malaltia d’Alzheimer) i neuroinflamació (Esclerosi Múltiple)

Les proteïnes associades a la mielina (MAIS), Nogo-A, MAG i OMgp, són molècules que presenten una capacitat inhibitòria molt important per el recreixement axonal i la neuroreparació després de lesió. No obstant des de fa anys les seves funcions han estat ampliades i s’han involucrat en diferents processos degeneratius del sistema nerviós o en processos neuroinflamatoris del sistema nerviós central i el perifèric com ara l'Escleresi Múltiple (MS). La base neurobiològica d’indicadors moleculars que són responsables del dany axonal en MS segueixen sense estar plenament descrits. Recentment s’ha publicat que el mecanisme de senyalització Nogo-A pot regir els primers canvis de la desmielinització immunomediada del sistema nerviós central en el model animal de MS, l’encefalomielitis autoimmune experimental (EAE). De la mateixa forma la proteïna priònica cel•lular és una proteïna que s’ha associat majoritàriament a malalties espongiformes, però que recentment s’ha vinculat (no sense controvèrsia) amb la seva possible relació amb la Malaltia d'Alzheimer (AD), ja que seria capaç de reclutar els oligòmers d’Aβ (ADDLs), els quals correlacionen millor amb el grau de demència, i amb els que interacciona directament, actuant així com un possible mediador de la fosforilació de tau en la malaltia. No obstant, les funcions de les MAIS i de la PrPc en aquests models de la malaltia no estan clarament definits i, per altra banda, es desconeixen els mecanismes de senyalització implicats, no descartant de forma clara el component neural i l’immune.