Detecting approximate clones in business process model repositories

Empirical evidence shows that repositories of business process models used in industrial practice contain significant amounts of duplication. This duplication arises for example when the repository covers multiple variants of the same processes or due to copy-pasting. Previous work has addressed the problem of efficiently retrieving exact clones that can be refactored into shared subprocess models. This article studies the broader problem of approximate clone detection in process models. The article proposes techniques for detecting clusters of approximate clones based on two well-known clustering algorithms: DBSCAN and Hi- erarchical Agglomerative Clustering (HAC). The article also defines a measure of standardizability of an approximate clone cluster, meaning the potential benefit of replacing the approximate clones with a single standardized subprocess. Experiments show that both techniques, in conjunction with the proposed standardizability measure, accurately retrieve clusters of approximate clones that originate from copy-pasting followed by independent modifications to the copied fragments. Additional experiments show that both techniques produce clusters that match those produced by human subjects and that are perceived to be standardizable.

The attack of the clones: Patent law and stem cell research

This article considers the integral role played by patent law in respect of stem cell research. It highlights concerns about commercialization, access to essential medicines and bioethics. The article maintains that there is a fundamental ambiguity in the Patents Act 1990 (Cth) as to whether stem cell research is patentable subject matter. There is a need to revise the legislation in light of the establishment of the National Stem Cell Centre and the passing of the Research Involving Embryos Act 2002 (Cth). The article raises concerns about the strong patent protection secured by the Wisconsin Alumni Research Foundation and Geron Corporation in respect of stem cell research in the United States. It contends that a number of legal reforms could safeguard access to stem cell lines, and resulting drugs and therapies. Finally, this article explores how ethical concerns are addressed within the framework of the European Biotechnology Directive. It examines the decision of the European Patent Office in relation to the so-called Edinburgh patent, and the inquiry of the European Group on Ethics in Science and New Technologies into The Ethical Aspects of Patenting Involving Human Stem Cells.

Two monoclonal antibodies to precisely the same epitope of type ii collagen select non-crossreactive phage clones by phage display: Implications for autoimmunity and molecular mimicry

Two monoclonal antibodies (mAb) CB268 and CII-C1 to type II collagen (CII) react with precisely the same conformational epitope constituted by the residues ARGLT on the three chains of the CII triple helix. The antibodies share structural similarity, with most differences in the complementarity determining region 3 of the heavy chain (HCDR3). The fine reactivity of these mAbs was investigated by screening two nonameric phage-displayed random peptide libraries. For each mAb, there were phage clones (phagotopes) that reacted strongly by ELISA only with the selecting mAb, and inhibited binding to CII only for that mAb, not the alternate mAb. Nonetheless, a synthetic peptide RRLPFGSQM corresponding to an insert from a highly reactive CII-C1-selected phagotope, which was unreactive (and non-inhibitory) with CB268, inhibited the reactivity of CB268 with CII. Most phage-displayed peptides contained a motif in the first part of the molecule that consisted of two basic residues adjacent to at least one hydrophobic residue (e.g. RRL or LRR), but the second portion of the peptides differed for the two mAbs. We predict that conserved CDR sequences interact with the basic-basic-hydrophobic motif, whereas non-conserved amino acids in the binding sites (especially HCDR3) interact with unique peptide sequences and limit cross-reactivity. The observation that two mAbs can react identically with a single epitope on one antigen (CII), but show no cross-reactivity when tested against a second (phagotope) indicates that microorganisms could exhibit mimics capable of initiating autoimmunity without this being evident from conventional assays.

A polymerase chain reaction-based method for isolating clones from a complimentary DNA library in sheep

The sheep (Ovis aries) is favored by many musculoskeletal tissue engineering groups as a large animal model because of its docile temperament and ease of husbandry. The size and weight of sheep are comparable to humans, which allows for the use of implants and fixation devices used in human clinical practice. The construction of a complimentary DNA (cDNA) library can capture the expression of genes in both a tissue- and time-specific manner. cDNA libraries have been a consistent source of gene discovery ever since the technology became commonplace more than three decades ago. Here, we describe the construction of a cDNA library using cells derived from sheep bones based on the pBluescript cDNA kit. Thirty clones were picked at random and sequenced. This led to the identification of a novel gene, C12orf29, which our initial experiments indicate is involved in skeletal biology. We also describe a polymerase chain reaction-based cDNA clone isolation method that allows the isolation of genes of interest from a cDNA library pool. The techniques outlined here can be applied in-house by smaller tissue engineering groups to generate tools for biomolecular research for large preclinical animal studies and highlights the power of standard cDNA library protocols to uncover novel genes.

Cloning Of Rice Dna And Identification Of Transfer-Rna Gene Clones

THE rapid development of recombinant DNA technology has brought forth a revolution in biology'>", it aids us to have a closer look at the 'way genes are organized, eS11 ecially in the complex eucaryotic genornes'<", Although many animal and yeast genes have been studied in detail using recombinant DNA technology, plant genes have seldom been targets for such studie., Germination is an ideal process to study gene expression .because it effects a . shift in the metabolic status of seeds from a state of 'dormancy to an active one. AJ;l understanding of gene organization and regulation darin.g germination can be accomplblted by molecular cloning of DNA from seeds lik.e rice. To study the status of histone, rRNA tRNA and other genes in the rice genome, a general method was developed to clone eucarvotic DNA in a' plasmid vector pBR 322. This essentially ~ involves the following steps. The rice embryo and plasmid pBR 322 DNAs were cut witll restriction endonuclease Bam Hi to generate stick.Y ends, The plasmid DNA was puosphatased, the DNA~ ware a~·tnealed and joined 'by T4 phage DNA ligase. The recombinant DNA molecules thus produced were transjerred into E. coli and colonies containing them Were selected by their sensitivity to tetracycline and resistance to ampicillin, Two clones were identified . 2S haVing tRNA genes by hybridization of the DNA in the clones \vitl1 32P-la.belled rice tRNAs.

Essential Oil Composition of Diploid and Tetraploid Clones of Ginger (Zingiber officinale Roscoe) Grown in Australia

Ginger oil, obtained by steam distillation of the rhizome of Zingiber officinale Roscoe, is used in the beverage and fragrance industries. Ginger oil displays considerable compositional diversity, but is typically characterized by a high content of sesquiterpene hydrocarbons, including zingiberene, arcurcumene, â-bisabolene, and â-sesquiphellandrene. Australian ginger oil has a reputation for possessing a particular “lemony” aroma, due to its high content of the isomers neral and geranial, often collectively referred to as citral. Fresh rhizomes of 17 clones of Australian ginger, including commercial cultivars and experimental tetraploid clones, were steam distilled 7 weeks post-harvest, and the resulting oils were analyzed by GC-MS. The essential oils of 16 of the 17 clones, including the tetraploid clones and their parent cultivar, were found to be of substantially similar composition. These oils were characterized by very high citral levels (51-71%) and relatively low levels of the sesquiterpene hydrocarbons typical of ginger oil. The citral levels of most of these oils exceeded those previously reported for ginger oils. The neral-to-geranial ratio was shown to be remarkably constant (0.61 ( 0.01) across all 17 clones. One clone, the cultivar “Jamaican”, yielded oil with a substantially different composition, lower citral content and higher levels of sesquiterpene hydrocarbons. Because this cultivar also contains significantly higher concentrations of pungent gingerols, it possesses unique aroma and flavor characteristics, which should be of commercial interest.

Differentiation of rinderpest and peste des petits ruminants viruses using specific cDNA clones

The morbilliviruses which infect ruminants, rinderpest (RPV) and peste des petits ruminants (PPRV), are difficult to distinguish serologically. They can be distinguished by differential neutralisation tests and by the migration of the major virus structural protein, the nucleocapsid protein, on polyacrylamide gels. Both these methods are time consuming and require the isolation of live virus for identification; they are not suitable for analysis of material directly from post-mortem specimens. We describe a rapid method for differential diagnosis of infections caused by RPV or PPRV, which uses specific cDNA probes, derived from the mRNAs for the nucleocapsid protein of each virus, which can be used to distinguish unequivocally the two virus types rapidly.

Isolation of an 800 kb contiguous DNA fragment encompassing a 3.5-cM region of chromosome 1 in Arabidopsis using YAC clones

The apetalal mutation of Arabidopsis affects floral meristem identity and the development of sepal and petal primordia of the flower. We mapped the available RFLP markers on chromosome 1 that are in the general vicinity of apetalal on a fine structure map and then chose the closest RFLP as a starting point for contiguous DNA (contig) generation. We report here a contig of about 800 kilobases (kb) that spans a 3.5 cM region of chromosome 1. We used genomic libraries of Arabidopsis prepared in yeast artificial chromosome (YAC) vectors and the detailed characterization of 19 YACs is reported. RFLPs displayed by the end fragments from the walk were mapped to align and correlate the genetic and physical maps for this region of chromosome 1. In this segment of the genome, 1 cM corresponds to a little over 200 kb of physical distance.

Estudio de tres concentraciones de GA3, dos concentraciones de BAP y las consistencias líquida y semisólida del medio nutritivo en la micropropagación de clones de yuca (Manihot esculenta Crantz)

El presente trabajo se realizó en el Laboratorio de Cultivo de Tejidos Vegetales del Programa Recursos Genéticos Nicaragüenses (REGEN), ubicado en la Universidad Nacional Agraria (UNA). El experimento se evaluó en dos fases, en la primera fase se estudió el comportamiento in vitro de ápices de los clones de yuca (Manihot esculenta Crantz) MCol-22, Okra y Portland cultivados en un medio nutritivo MS (Murashige y Skoog, 1962) con concentraciones de 0.00 mg/1 y 0.040 mg/1 de BAP (6-bencil aminopurina) y concentraciones de 0.05 mg/1 0.10 mgfl y 0.20 mg/1 de GA3 (ácido giberélico). En la segunda fase se evaluó el comportamiento de cuatro clones (C6-1141, MCol-1505, MCol-2215 y MMex-59) en las consistencias de medio nutritivo semisólida y líquida. A través del estudio se determinó que el genotipo es un factor muy importante sobre la respuesta organogénica de los tejidos cultivados in vitro. Sin embargo, es posible definir medios nutritivos para grupos de clones, facilitando así el proceso de micropropagación de especies de importancia económica como la yuca. Los clones que sobresalieron en la primera fase fueron el Portland y MCol- 22. Con respecto al efecto del BAP la concentración 0.04 mg/1 predominó sobre la concentración 0.00 mg/1, para todas las variables evaluadas en el ensayo. Así mismo, la concentración 0.10 mg/1 de GA 3 resultó la más efectiva. Por otra parte, de las consistencias de medios nutritivos evaluados en la segunda fase, se determinó que la consistencia semisólida dió mejor resultado sobre el número de raíces y la consistencia líquida tuvo mayor influencia sobre la variable altura de planta.

Efecto del momento de fertilización, posición de la yema y sustratos en tres clones de quequisque (Xanthosoma sagittifolium (L) Schott) propagados a través de la técnica de reproducción acelerada de semillas

El presente estudio se realizó con el objetivo de determinar el efecto que ejercen la posición de la yema, el momento de fertilización y sustrato sobre la velocidad de brotación y el crecimiento de las plantas de los genotipos de quequisque (Xanthosoma sagittifolium (L.) Schott): Blanco (Bco), Masaya (My) y Nueva Guinea (NG) propagados a través de la técnica de reproducción acelerada de semillas - CRAS, además se pretendió contribuir en la definición de una metodología para la propagación rápida y masiva de plantas a través de esta técnica. Los estudios se llevaron a cabo en canteros con dimensiones de 4.75 m de largo por 1.3 m de ancho, con una capa de 5 cm de hormigón rojo y otra de 15 crn de arena y en bolsas de polietileno para vivero (0.91 kg). Se establecieron tres ensayos bifactoriales siguiendo el arreglo de diseños completos al azar (DCA): posición de la yema (hacia abajo y hacia arriba); momento de fertilización (sin fertilización -testigo-; con fertilizaciones a los 15 dds, 30 dds y 45 dds; a los 30 y 45 dds; y a los O, 15, 30 y 45 dds); y sustratos (arena, humus, suelo; 1:1 humus-suelo; 1:1:2 arena-humus-suelo). Se evaluaron las variables altura de planta (cm), grosor del pseudotallo (cm), número de hojas y área foliar (cm2 . A los datos numéricos de las variables se les realizó un análisis de varianza (ANDEVA). Las yemas colocadas hacia abajo registraron una velocidad de brotación estadísticamente superior (8.15 cm) a la registrada por las yemas colocadas hacia arriba (5.92 cm), independientemente del genotipo. El quequisque Bco, sin importar la posición de la yema, brotó más rápido (8.36 cm) que los otros genotipos; el genotipo My lo hizo más lentamente (5.16 cm). Los genotipos donde se fertilizó a los 30 y 45 dds obtuvieron resultados estadísticamente superiores en todas las variables (Bco 23.21, My 15.23 y NG 22.86 cm de altura). El testigo (sin fertilización) obtuvo los resultados más discretos (Bco 8.71, My 13.83 y NG 14.25 cm de altura). Ningún genotipo prevaleció en todas las variables evaluadas, sin embargo, el genotipo NG registró los resultados más sobresalientes. Las combinaciones más destacadas en las interacciones genotipo - fertilización fueron el clon Bco y NG fertilizadas a los 30 y 45 dds (23.21 y 22.86 cm de altura respectivamente); el testigo y la fertilización aplicada a los O, 15, 30 y 45 dds en combinación con los tres genotipos reportaron los resultados más bajos. Las plantas de los genotipos Bco (27.98 cm de altura) y My (25.65 cm de altura) desarrolladas en humus registraron valores estadísticamente superiores. En los sustratos arena (Bco 9.82 y My 11.59 cm de altura) y suelo (Bco 16.29 y My 3.20 cm de altura) se obtuvieron plantas con los valores más bajos en las variables evaluadas. En las interacciones, el genotipo Blanco reportó los mayores valores (altura 19.5 cm, grosor 1.13 cm y área foliar 122 cm 2 coincidiendo con los dos ensayos anteriores

Caracterización y evaluación de siete clones de pitahaya (Hylocereus spp.) en el Centro Experimental Campos Azules (CECA), Masatepe (Masaya)

La intensificación del cultivo de la Pitahaya (Hylocereus spp.) y la creciente demanda de frutos por el mercado nacional así como la exportación, ha requerido de la búsqueda de nuevas variedades que respondan adecuadamente a las exigencias de los mercados en sabor, color, dulzor, apariencia, y a las expectativas de los productores como la resistencia a plagas y enfermedades. La presente investigación se realizó entre los meses de Junio y Noviembre del año 2003 en el Centro Experimental Campos Azules (CECA); ubicado en el municipio de Masatepe, departamento de Masaya. El objetivo del trabajo es principalmente validar una Guía de Descriptores de Pitahaya. Además de caracterizar morfológicamente cada uno de los siete clones de Pitahaya (Amarilla, Cebra, Lisa, Orejona, Rosa, Sin Espina y San Ignacio) encontradas en el banco de germoplasma del CECA. Se tomaron las muestras bajo un Diseño Completo al Azar (D.C.A.) ya que la plantación estaba establecida y se realizó la caracterización de flores y frutos en el laboratorio del REGEN, exceptuando el levantamiento de datos vegetativos (cladodios) el que se realizó en el campo. Los datos se procesaron mediante análisis de varianzas y desviación estándar (entre y dentro de los clones con la tabla Tukey al 5%) en cuanto a clones, fechas de muestreo e interacción clon * fecha, Análisis de Agrupamiento (AA), Análisis de Componentes Principales (ACP), análisis de correlación y un análisis del empleo de la Guía de Descriptores. El clon Amarilla presentó los más altos valores en el ANDEVA respecto a los cladodios para las variables ancho de cladodio, longitud de espinas y número de espinas, respecto al resto de los clones (7.34 cm, 12.74cm y 6.75 espinas respectivamente), el clon Sin Espina obtuvo el más alto valor en la variable distancia de areola (3.71 cm). El Análisis de Varianza en cuanto a frutos mostró diferencias estadísticas en las variables tamaño de semilla y número de brácteas, correspondientes a los clones Sin Espina y Cebra (49.11s/g y 32.88 brácteas respectivamente); El ANDEVA en cuanto a fechas mostró que en la fecha 4 (Noviembre) se obtuvieron los mejores resultados; reflejando significancia estadística en todas las variables. El análisis de Componentes Principales determinó que el 40.17% de la variación total del germoplasma la aportan los dos primeros CP y las variables que la integran son volumen de fruto, peso de fruto, peso de pulpa, diámetro de fruto, volumen de pulpa, número de pétalos, número de brácteas, color de estigma, ancho y forma de pétalos. El Análisis de Agrupamiento mostró que existen cuatro (4) grupos formados por los clones Amarilla, I; Cebra, Sin Espina y San Ignacio, II; Lisa y Orejona, III y Rosa, IV. El análisis de correlación demuestra que las variables de fruto están íntimamente asociadas.

Micropropagacion de dos clones de caña de azucar (Saccharum sp.) ISA 96-110 e ISA 96-111

El presente estudio se realizó con el objetivo de desarrollar metodología para la micropropagación a partir de ápices caulinares, utilizando la técnica Spinder, y posteriormente aclimatación de las vitroplantas de dos clones de caña de azúcar (Saccharum sp.) (ISA 96-110 e ISA 96- 111). Se estudió el efecto que sobre el establecimiento tendrian 4 variantes del medio de cultivo MS (1962), suplidas con 0.0, 0.2 y 0.6 mg/1 de 6-BAP. Se utilizaron 15 réplicas por tratamiento. Se evaluó el efecto que sobre la brotación tuvieron 4 variantes del medio MS (1962), a las que se les adicionó 0.0, 0.1 y 0.5 mg/1 de 6 BAP durante tres subcultivos sucesivos. Se utilizaron 5 réplicas por variante en estudio. Para inducir el mayor enraizamiento se probaron 4 variantes líquidas del medio MS ( 1962), suplidas con 0.0, 1.0 y 1.6 mg/1 de AlA. Para el estudio de aclimatación se emplearon 30 plantas por cultivar y se establecieron en un sustrato de lombrices Californiana (Eisenia foetida). El clon ISA 96-110 presentó mayor porcentaje de fenolización y menor curvatura que el clon ISA 96-111. El medio de cultivo MS + 0.60 m g/1 de 6-BAP indujo al menor porcentaje de fenolización (33.0) y mayor de curvatura (60.0) en el clon ISA 96-110, el medio MS + 0.20 mg/1 de 6- BAP en el clon ISA 96-111. La sobrevivencia de las plantas del clon ISA- 111 fue de 100 % en todos los medios de cultivo, para el ISA 96-11O sólo los medios MS + 0.20 y MS + 0.00 mg/1 de 6-BAP. No hubo aumento de los valores de las variables altura de la planta, número de brotes y de hojas con el aumento del número de subcultivos. El medio de cultivo que indujo mayor brotación para el clon ISA 96-11 O fue el MS + 0.30 mg/1, mientras que para el clon ISA 96-111 fue el MS + 0.1 mg/1 de 6- BAP. El clon ISA 96-111 reportó resultados superiores en longitud (5.75 cm) y número de raices (7.4) por planta. El medio de cultivo MS + 1.3 mg/1 de AlA indujo los mejores resultados en ambos clones. El comportamiento de las plantas del clon ISA 96-1 11 fueron superiores a las del clon ISA 96-11O al momento de la aclimatación

Caracterización y evaluación preliminar de diez clones de camote (Ipomoea batata L.)

El presente trabajo se refiere a la caracterización y evaluación preliminar de diez clones de camote Ipomea batatas L. para su realización de inicio con la colecta del germoplasma criollo y/o introducción de diferentes regiones del país. Se elaboró una guía preliminar de 46 descriptores para la caracterización de este material. Para su validación se realizaron dos ciclos de siembra, una en la finca Las Mercedes y la otra en las áreas experimentales del programa de Recursos Genéticos Nicaragüense (REGEN), localizadas en EL rodeo km 12 ½ carretera Norte , Managua. Mediante la investigación se eléboro una guía define de 36 descriptores, donde se eliminaron los que no definieron clones de la población estudiada. Se proponen además descriptores que deben tomarse en otros trabajos. Los descriptores se definieron en principales, secundarios e inútiles, de acuerdo a su variación presentada dentro de la población, así como su importancia para la diferenciación de los clones: los descriptores principales se consideran suficientes para realizar un buen trabajo de caracterización. Se presenta un catálogo de los 10 clones estudiados en que se anotan para valores mínimos, máximos, desviación estándar y la media para los descriptores cuantitativos, y la moda para los cualitativos. Para estos últimos se dan los códigos, pudiéndose observar sus estados en la guía de descriptores. Los clones sobresalientes por su rendimiento fueron N-77, N-1383, N1433 y N-178. Se recomienda a los clones N-179, N177 y N1437 para trabajos de investigación con fines forrajeros. Por último se recomienda a los clones de mayor contenido de materia seca para buscar materiales con porcentajes altos de almidón, sobresaliendo en este caso N-1301, N179, N1384 y N-177.