Études de réseaux d’expression génique : utilité pour l’élucidation des déterminants génétiques des traits complexes

Les traits quantitatifs complexes sont des caractéristiques mesurables d’organismes vivants qui résultent de l’interaction entre plusieurs gènes et facteurs environnementaux. Les locus génétiques liés à un caractère complexe sont appelés «locus de traits quantitatifs » (QTL). Récemment, en considérant les niveaux d’expression tissulaire de milliers de gènes comme des traits quantitatifs, il est devenu possible de détecter des «QTLs d’expression» (eQTL). Alors que ces derniers ont été considérés comme des phénotypes intermédiaires permettant de mieux comprendre l’architecture biologique des traits complexes, la majorité des études visent encore à identifier une mutation causale dans un seul gène. Cette approche ne peut remporter du succès que dans les situations où le gène incriminé a un effet majeur sur le trait complexe, et ne permet donc pas d’élucider les situations où les traits complexes résultent d’interactions entre divers gènes. Cette thèse propose une approche plus globale pour : 1) tenir compte des multiples interactions possibles entre gènes pour la détection de eQTLs et 2) considérer comment des polymorphismes affectant l’expression de plusieurs gènes au sein de groupes de co-expression pourraient contribuer à des caractères quantitatifs complexes. Nos contributions sont les suivantes : Nous avons développé un outil informatique utilisant des méthodes d’analyse multivariées pour détecter des eQTLs et avons montré que cet outil augmente la sensibilité de détection d’une classe particulière de eQTLs. Sur la base d’analyses de données d’expression de gènes dans des tissus de souris recombinantes consanguines, nous avons montré que certains polymorphismes peuvent affecter l’expression de plusieurs gènes au sein de domaines géniques de co-expression. En combinant des études de détection de eQTLs avec des techniques d’analyse de réseaux de co-expression de gènes dans des souches de souris recombinantes consanguines, nous avons montré qu’un locus génétique pouvait être lié à la fois à l’expression de plusieurs gènes au niveau d’un domaine génique de co-expression et à un trait complexe particulier (c.-à-d. la masse du ventricule cardiaque gauche). Au total, nos études nous ont permis de détecter plusieurs mécanismes par lesquels des polymorphismes génétiques peuvent être liés à l’expression de plusieurs gènes, ces derniers pouvant eux-mêmes être liés à des traits quantitatifs complexes.

Implication du dystroglycan et des protéines associées dans le ciblage des canaux potassiques, Kir4.1, et des canaux aqueux, AQP4, au niveau des astrocytes

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Rôle de la topoisomérase I dans l'expression génique chez Escherichia coli

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Analyse structure-fonction de la molécule non classique du CMH de classe II HLA-DO

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Effet de l'antiterminaison de la transcription sur l'expression génique chez Escherichia coli en absence de topoisomérase I

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Études du ciblage intracellulaire des molécules non classiques du complexe majeur d'histocompatibilité de classe II

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Ubiquitination et ciblage des molécules du complexe majeur d'histocompatibilité de classe-II aux exosomes

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Étude de l'expression génique des molécules reliées à l'apoptose durant la maturation des cellules dendritiques : rôle pro-apoptotique de fas

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La machinerie transcriptionnelle basale : étude de son organisation moléculaire au promoteur génique et de ses interactions avec les régulateurs XAB1 et DDX5

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Modifications de l'expression génique du système nerveux central lors de l'insuffisance hépatique aiguë : rôle dans les mécanismes pathophysiologiques responsables de l'œdème cérébral

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Interactions gène-environnement dans l'obésité associée à l'hypertension chez le rat : rôle du locus génique du TNF-[alpha] trouvé sur le chromosome-20

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Présence nucléaire et rôle de la monoxyde d'azote synthase endothéliale dans la régulation de la transcription génique

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Déterminants du mécanisme de ciblage de la proprotéine convertase PC5-A vers la voie de sécrétion régulée

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Inactivation de la MAP kinase atypique ERK4 via la délétion du gène Mapk4 murin

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Rôle physiologique de la MAP kinase atypique ERK3 : analyse génétique et étude de l'expression génique chez la souris

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.