Algorithmes pour la réconciliation d’un arbre de gènes avec un arbre d’espèces

Une réconciliation entre un arbre de gènes et un arbre d’espèces décrit une histoire d’évolution des gènes homologues en termes de duplications et pertes de gènes. Pour inférer une réconciliation pour un arbre de gènes et un arbre d’espèces, la parcimonie est généralement utilisée selon le nombre de duplications et/ou de pertes. Les modèles de réconciliation sont basés sur des critères probabilistes ou combinatoires. Le premier article définit un modèle combinatoire simple et général où les duplications et les pertes sont clairement identifiées et la réconciliation parcimonieuse n’est pas la seule considérée. Une architecture de toutes les réconciliations est définie et des algorithmes efficaces (soit de dénombrement, de génération aléatoire et d’exploration) sont développés pour étudier les propriétés combinatoires de l’espace de toutes les réconciliations ou seulement les plus parcimonieuses. Basée sur le processus classique nommé naissance-et-mort, un algorithme qui calcule la vraisemblance d’une réconciliation a récemment été proposé. Le deuxième article utilise cet algorithme avec les outils combinatoires décrits ci-haut pour calculer efficacement (soit approximativement ou exactement) les probabilités postérieures des réconciliations localisées dans le sous-espace considéré. Basé sur des taux réalistes (selon un modèle probabiliste) de duplication et de perte et sur des données réelles/simulées de familles de champignons, nos résultats suggèrent que la masse probabiliste de toute l’espace des réconciliations est principalement localisée autour des réconciliations parcimonieuses. Dans un contexte d’approximation de la probabilité d’une réconciliation, notre approche est une alternative intéressante face aux méthodes MCMC et peut être meilleure qu’une approche sophistiquée, efficace et exacte pour calculer la probabilité d’une réconciliation donnée. Le problème nommé Gene Tree Parsimony (GTP) est d’inférer un arbre d’espèces qui minimise le nombre de duplications et/ou de pertes pour un ensemble d’arbres de gènes. Basé sur une approche qui explore tout l’espace des arbres d’espèces pour les génomes considérés et un calcul efficace des coûts de réconciliation, le troisième article décrit un algorithme de Branch-and-Bound pour résoudre de façon exacte le problème GTP. Lorsque le nombre de taxa est trop grand, notre algorithme peut facilement considérer des relations prédéfinies entre ensembles de taxa. Nous avons testé notre algorithme sur des familles de gènes de 29 eucaryotes.

Caractérisation des souches de Pseudomonas aeruginosa isolées des patients atteints de la fibrose kystique par différentes méthodes de typage

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Typage de la classe génotypique du gène PRDM9 à partir de données de séquençage de Nouvelle Génération

Les positions des évènements de recombinaison s’agrègent ensemble, formant des hotspots déterminés en partie par la protéine à évolution rapide PRDM9. En particulier, ces positions de hotspots sont déterminées par le domaine de doigts de zinc (ZnF) de PRDM9 qui reconnait certains motifs d’ADN. Les allèles de PRDM9 contenant le ZnF de type k ont été préalablement associés avec une cohorte de patients affectés par la leucémie aigüe lymphoblastique. Les allèles de PRDM9 sont difficiles à identifier à partir de données de séquençage de nouvelle génération (NGS), en raison de leur nature répétitive. Dans ce projet, nous proposons une méthode permettant la caractérisation d’allèles de PRDM9 à partir de données de NGS, qui identifie le nombre d’allèles contenant un type spécifique de ZnF. Cette méthode est basée sur la corrélation entre les profils représentant le nombre de séquences nucléotidiques uniques à chaque ZnF retrouvés chez les lectures de NGS simulées sans erreur d’une paire d’allèles et chez les lectures d’un échantillon. La validité des prédictions obtenues par notre méthode est confirmée grâce à analyse basée sur les simulations. Nous confirmons également que la méthode peut correctement identifier le génotype d’allèles de PRDM9 qui n’ont pas encore été identifiés. Nous conduisons une analyse préliminaire identifiant le génotype des allèles de PRDM9 contenant un certain type de ZnF dans une cohorte de patients atteints de glioblastomes multiforme pédiatrique, un cancer du cerveau caractérisé par les mutations récurrentes dans le gène codant pour l’histone H3, la cible de l’activité épigénétique de PRDM9. Cette méthode ouvre la possibilité d’identifier des associations entre certains allèles de PRDM9 et d’autres types de cancers pédiatriques, via l’utilisation de bases de données de NGS de cellules tumorales.

Els tallers d'història : l'arbre genealògic a quart d'ESO.'Los talleres de historia : el árbol genealógico en cuarto de la ESO'.

Se expone la experiencia educativa realizada en un instituto de Mallorca en el que incorporaron los talleres de historia, fundados en el año 1966 por Raphael Samuel. Así, los alumnos de cuarto de la ESO han elaborado un árbol genealógico de su propia familia. Los objetivos que se querían conseguir con esta actividad eran: fomentar la comunicación intergeneracional, interesarse por la familia y descubrir cosas que desconocían y, finalmente, ver como los acontecimientos más importantes de la historia reciente fueron vividos por los familiares.

Elaboraci?? d'aplicacions did??ctiques amb el programa Clic : fes-te amic de l'arbre!. 'Elaboraci??n de aplicaciones did??cticas con el programa Clic : ??hazte amigo del ??rbol!'

Se trata de un material para dar a conocer a los alumnos de primaria las diferentes partes del ??rbol mediante la realizaci??n de actividades. Las actividades consisten en unir definiciones a los conceptos, dibujos de las partes del ??rbol con la palabra correspondiente, buscar palabras en una sopa de letras, componer im??genes, ordenar palabras para formar una frase coherente. Se intenta aproximar la naturaleza a los alumnos mediante un trabajo l??dico y entretenido.

El fill, l'arbre... i la plana web. 'El hijo, el árbol... y la página web'.

www.xtec.es/~ipallas

Descabdellant les arrels de l'arbre de l'evoluci??

Resumen basado en el de la publicaci??n

ARANos : arbre de refer??ncia per a l???an??lisi d???oracions simples en l??nia : el sistema m??gic d'an??lisi per als estudiants de l'ESO

Resumen basado en el de la publicaci??n

Em transformo en un arbre...

Resumen basado en el de la publicaci??n

Diagnostic de securite d'une entreprise bresilienne a partir de l'analyse des accidents du travail par la methode de l'arbre des causes

We present here the results of a study of 21 work-related accidents that occurred in a Brazilian manufacturing company. The aim was to assess the safety level of the company to improve its work accident prevention policy. In the last 6 months of 1992 and 1993, all accidents resulting in 15 days' absence from work, reported for social security purposes, were analyzed using the INRS causal tree method (ADC) and a questionnaire completed on site. Potential risk factors for accidents were identified based on the specific factors highlighted by the ADC. More universal trees were also compiled for the safety assessment. Three hundred and thirty specific accident factors were recorded (man of 15.71 per accident). This is consistent with there being multiple causes of accidents rather than the assertion of Brazilian business safety departments that accidents are due to 'dangerous' or 'unsafe' behavior. Introducing the idea of culpability into accidents prevents the implementation of an appropriate information feedback process, essential for effective prevention. However, the large number of accidents related to 'material' (78%) and 'environment' (70%) indicates that working conditions are poor. This shows that the technical risks, mostly due to unsafe machinery and equipment are not being dealt with. Seventy-five potential accident factors were identified. Of these, 35% were 'organizational', a high proportion for the company studied. Improvisation occurs at all levels, particularly at the organizational level. This is, thus a major determinant for entire series of, if not most, accident situations. The poor condition of equipment also plays a major role in accidents. The effects of poor equipment on safety exacerbate the organizational shortcomings. The company's safety intervention policy should improve the management of human resources (rules designating particular workers for particular workstations; instructions for the safe operation of machines and equipment; training of operators, etc.) and introduce programs to detect risks and to improve the safety of machines and equipment. We also recommend the establishment of a program to follow the results of any preventive measures adopted.

L' arbre de la vie : prières pour les malades, les mourants et les morts ; rite allemand et portugais (hébreu-français)

traduites ou composées par A. Ben Baruch Créhange

Traité usuel du chocolat : contenant la description et la culture du cacaotier ou cacaoïer, arbre qui produit le fruit avec lequel on fabrique le chocolat, celles de la canelle, de la vanille, du salep de Perse, de l'ambre gris, du sucre, et autres substances que l'on fait entrer dans la fabrication du chocolat, les différentes façons de préparer ce commestible pour en faire un aliment recherché et propre à flatter le goût ... /

Written, in part, by P.-J. Buc'hoz. After his death, the publisher completed the treatise through recourse to the writings of others.