Hydrogen evolution and consumption in AOT–isooctane reverse micelles by Desulfovibrio gigas hydrogenase

The enzyme hydrogenase isolated from the sulphate reducing anaerobic bacterium Desulfovibrio gigas was encapsulated in reverse micelles of AOT–water–isooctane. The enzyme ability to consume molecular hydrogen was studied as a function of the micelle size (given by Wo = [H2O]/[organic solvent]). A peak of catalytic activity was obtained for Wo = 18, a micelle size theoretically fitting the heterodimeric hydrogenase molecule. At this Wo value, the recorded catalytic activity was slightly higher than in a buffer system(Kcat = 169.43 s−1 against the buffer value of 151 s−1). The optimal buffer used to encapsulate the enzyme was found to be imidazole 50 mM, pH 9.0. The molecular hydrogen production activity was also tested in this reverse micelle medium.

Caracterização de dois novos tipos de centros ferro-enxofre em duas proteínas isoladas de bactérias redutoras de sulfato (desulfovibrio gigas NCIB 9332)

Tese apresentada para obtenção do grau de Doutor

Análise do efeito da acidificação dos oceanos no desenvolvimento larvar de Crassostrea gigas

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia do Ambiente – Perfil Engenharia Ecológica

Cobalt-, zinc- and iron-bound forms of adenylate kinase (AK) from the sulfate-reducing bacterium Desulfovibrio gigas: purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis

Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 2009 Sep 1;65(Pt 9):926-9

Crystallization and crystallographic analysis of the apo form of the orange protein (ORP) from desulfovibrio gigas

Acta Crystallographica Section F Structural Biology and Crystallization Communications Volume 65, Part 8

Crystal structure of the zinc-, cobalt-, and iron-containing adenylate kinase from Desulfovibrio gigas: a novel metal-containing adenylate kinase from Gram-negative bacteria

J Biol Inorg Chem (2011) 16:51–61 DOI 10.1007/s00775-010-0700-8

Kinetic, Structural, and EPR Studies Reveal That Aldehyde Oxidoreductase from Desulfovibrio gigas Does Not Need a Sulfido Ligand for Catalysis and Give Evidence for a Direct Mo-C Interaction in a Biological System

J. Am. Chem. Soc., 2009, 131 (23), pp 7990–7998 DOI: 10.1021/ja809448r

NMR assignment of the apo-form of a Desulfovibrio gigas protein containing a novel Mo–Cu cluster

Biomol NMR Assign (2007) 1:81–83 DOI 10.1007/s12104-007-9022-3

Desulfovibrio gigas ferredoxin II: redox structural modulation of the [3Fe–4S] cluster

J Biol Inorg Chem (2006) 11: 307–315 DOI 10.1007/s00775-005-0077-2

Deciphering the genome of Desulfovibrio gigas: the role of the hydrogenases

The work presented in this thesis describes the functional characterization of hydrogenases in the overall energy metabolism of the sulfate reducing bacterium Desulfovibrio gigas. With the complete annotation of the D. gigas genome, we were able to verify that only the two previously described hydrogenases are present in this organism, the periplasmic [NiFe] HynAB and the cytoplasmic membrane-bound [NiFe] Ech.(...)

Occurrence of potentially pathogenic Vibrio in oysters (Crassostrea gigas) and waters from bivalve mollusk cultivations in the South Bay of Santa Catarina

Introduction This research aimed to identify and quantify potentially pathogenic Vibrio from different cultivations of bivalve shellfish in the State of Santa Catarina, Brazil, and water regions in the South Bay, as well as correlate the incidence of these microorganisms with the physicochemical parameters of marine waters. Methods Between October 2008 and March 2009, 60 oyster and seawater samples were collected from six regions of bivalve mollusk cultivation, and these samples were submitted for Vibrio counts. Results Twenty-nine (48.3%) oyster samples were revealed to be contaminated with one or more Vibrio species. The Vibrio parahaemolyticus and Vibrio vulnificus counts in the samples ranged from < 0.5 log10 Most Probable Number (MPN) g–1 to 2.3 log10 MPN g–1 oyster and from < 0.5 log10 MPN g–1 to 2.1 log10 MPN g–1 oyster, respectively. Of the 60 seawater samples analyzed, 44 (73.3%) showed signs of contamination with one or more vibrio species. The counts of V. parahaemolyticus and V. vulnificus in the samples ranged from < 0.3 log10 MPN·100mL–1 to 1.7 log10MPN·100mL–1 seawater and from < 0.3 log10 MPN·100mL–1 to 2.0 log10 MPN·100mL–1 seawater, respectively. A positive correlation between V. vulnificus counts and the seawater temperature as well as a negative correlation between the V. parahaemolyticus counts and salinity were observed. Conclusions The results suggest the need to implement strategies to prevent vibrio diseases from being transmitted by the consumption of contaminated bivalve shellfish.

Potencial de criação de Pirarucu, Arapaima gigas,em cativeiro

O presente trabalho tem como objetivo analisar alguns aspectos do manejo da criação do pirarucu, nos itens relativos à reprodução, alevinagem, alimentação, crescimento rusticidade e aspectos econômicos. Mesmo havendo medidas de proteção, a pesca é predatória e com graves prejuízos aos estoques naturais. O cultivo é viável, em razão do extraordinário desenvolvimento ponderal, chegando a alcançar em torno de 10 kg, com apenas um ano de criação. Desova naturalmente a partir do quinto ano de idade, com peso em torno de 40 a 45 kg e de forma parcelada. Excetuando-se o período de reprodução, não apresenta caracteres sexuais secundários extragenitais. No ambiente natural, a idade e o período da primeira maturação sexual, não estão perfeitamente definidos. Usa-se a densidade de um indivíduo para cada 200m2 de área inundada, quando são utilizados os açudes como locais de reprodução. O processo empregado na obtenção de alevinos dessa espécie consiste na captura no próprio açude onde ocorre a reprodução. O arraçoamento dos alevinos deve ser feito em quantidade equivalente a 8-10% do seu peso vivo de carne de peixe. Embora sejam ictiófagos, os alevinos dessa espécie apresentam excelentes taxas de sobrevivência chegando a 100%, devido não fazerem canibalismo. Além da respiração branquial, os pirarucus utilizam a bexiga vascularizada como órgão de respiração acessória. A produção de pirarucu na bacia amazônica baseia-se na captura em ambientes naturais. Em sistema extensivo de criação, foram obtidas 199,7 toneladas de pirarucu, no ano de 1962, nos açudes do Nordeste brasileiro.

Efeito da densidade de estocagem sobre a eficiência alimentar de juvenis de Pirarucu (Arapaima gigas) em ambiente confinado

O objetivo deste trabalho foi verificar o efeito da densidade de estocagem sobre a eficiência alimentar de juvenis de pirarucu em tanques-rede de pequeno volume. Foram usados 12 tanques-rede de 1m³ em um viveiro de 120m³ perfazendo três tratamentos (15, 20 e 25 peixes/m³) com quatro repetições. Os peixes foram alimentados com ração comercial extrusada com 45% de proteína bruta, 3 vezes ao dia, durante 45 dias. O peso médio inicial foi 10,1 ± 0,3 g, e a análise estatística da pesagem inicial mostrou que todos os lotes eram homogêneos. O desempenho dos peixes não apresentou diferença significativa entre os tratamentos (p>0,05). Entretanto, a eficiência alimentar melhorou com o aumento da densidade de estocagem (p<0,05). A densidade de estocagem tem influência sobre a eficiência alimentar de juvenis de pirarucu em tanques-rede de pequeno volume.

Transport of Pirarucu Arapaima gigas juveniles in plastic bag

This study examined the stress response of pirarucu juveniles in a closed system transport. Pirarucu (Arapaima gigas) is a native Amazonian fish species from the Osteoglossidae family and an obligated air breather. A short duration transport trial (6h) was undertaken comparing closed polyethylene bags filled with atmospheric air (Air group) and bags filled with pure oxygen (Oxi group). Dissolved oxygen was the only water parameter that presented a difference between fish groups, and was saturated in the oxi group as expected. There was no mortality in either group after transport. Fish feeding was observed 36 h after transport for all fish, and normal feeding consumption was observed at 72 h. In both groups physiological responses were similar. Cortisol did not show any significant alteration during the sampled period. Unlike most fish species, cortisol values were unaltered in both groups during sampling, while glucose presented a significant change up to 12 h after transport. The results showed that pirarucu transport in plastic bags could be made with either atmospheric air or pure oxygen, since physiological response to stress, water quality and feeding behavior after 36 h were similar in both groups.

Cultivo do Pirarucu (Arapaima gigas) em viveiro escavado

Foi avaliado o desempenho de juvenis de pirarucu em criação intensiva em viveiros escavados. Oitenta e cinco peixes com peso médio inicial de 133,3 ± 1,3g foram estocados em dois viveiros de 120m² cada (densidade de 1 peixe/3m²), com profundidade média de 1m e alimentados duas vezes ao dia (9:00 e 14:00h) com ração extrusada para peixes carnívoros contendo 40% de proteína bruta. Foi verificado diariamente o consumo de ração, enquanto mensalmente os peixes foram amostrados para a realização de biometrias com a finalidade de verificar seu desempenho em peso e comprimento. Após 12 meses de cultivo os peixes atingiram peso médio de 7,0 ± 1,1kg, comprimento total de 88,2 ±6,4cm, com conversão alimentar de 1,5 e produtividade de 2,5kg/m². Estes resultados mostram o grande potencial do pirarucu para a piscicultura intensiva na Amazônia.