Global gene expression under nitrogen starvation in Xylella fastidiosa: contribution of the sigma(54) regulon

Background: Xylella fastidiosa, a Gram-negative fastidious bacterium, grows in the xylem of several plants causing diseases such as citrus variegated chlorosis. As the xylem sap contains low concentrations of amino acids and other compounds, X. fastidiosa needs to cope with nitrogen limitation in its natural habitat. Results: In this work, we performed a whole-genome microarray analysis of the X. fastidiosa nitrogen starvation response. A time course experiment (2, 8 and 12 hours) of cultures grown in defined medium under nitrogen starvation revealed many differentially expressed genes, such as those related to transport, nitrogen assimilation, amino acid biosynthesis, transcriptional regulation, and many genes encoding hypothetical proteins. In addition, a decrease in the expression levels of many genes involved in carbon metabolism and energy generation pathways was also observed. Comparison of gene expression profiles between the wild type strain and the rpoN null mutant allowed the identification of genes directly or indirectly induced by nitrogen starvation in a sigma(54)-dependent manner. A more complete picture of the sigma(54) regulon was achieved by combining the transcriptome data with an in silico search for potential sigma(54)-dependent promoters, using a position weight matrix approach. One of these sigma(54)-predicted binding sites, located upstream of the glnA gene (encoding glutamine synthetase), was validated by primer extension assays, confirming that this gene has a sigma(54)-dependent promoter. Conclusions: Together, these results show that nitrogen starvation causes intense changes in the X. fastidiosa transcriptome and some of these differentially expressed genes belong to the sigma(54) regulon.

Resolu????o simplificadora de formalidades e procedimentos relativos aos atos de que trata o art. 54 da Lei n?? 8.884 de 11 de junho 1994

O controle de ag??ncias de defesa da concorr??ncia sobre a estrutura dos mercados constitui pr??tica comum em pa??ses maduros e vem ganhando import??ncia crescente em economias emergentes. Tal atividade envolve exame de atos de concentra????o econ??mica tais como fus??es, aquisi????es, joint ventures ou incorpora????es. No Brasil este tipo de controle ?? recente, tendo sido institu??do pela Lei n?? 8.884, de junho de 1994. Desde ent??o, o Conselho Administrativo de Defesa da Concorr??ncia - CADE julgou 29 (vinte e nove) atos de concentra????o, em contraste com a experi??ncia secular de pa??ses como EUA, Canad?? e Austr??lia e de v??rias d??cadas nas na????es europ??ias depois da Segunda Guerra. A exemplo de v??rias outras ??reas de pol??tica p??blica, tornou-se imperativo agilizar os ??rg??os de defesa da concorr??ncia. Isto decorre, entre outros fatores, do intenso processo de reestrutura????o produtiva em curso no pa??s associados ?? desestatiza????o e abertura da economia. Diante das circunst??ncias descritas, ?? preciso assegurar agilidade, transpar??ncia, excel??ncia t??cnica no processo decis??rio e estabilidade de regras, todos ingredientes indispens??veis para gerar seguran??a jur??dica. Esta ??ltima, por seu turno, diminui o risco do investimento, estimulando invers??es, produ????o e emprego. Nesse sentido, o CADE promoveu mudan??as importantes no procedimento de an??lise de atos de concentra????o em colabora????o com a Secretaria de Direito Econ??mico do Minist??rio da Justi??a (SDE) e a Secretaria de Acompanhamento Econ??mico do Minist??rio da Fazenda (SEAE) mediante a edi????o da Resolu????o 5, de 28 de agosto de 1996

Unesp Informa, 2014, número 54

Boletim elaborado pela Assessoria de Comunicação e Imprensa da Reitoria da UNESP