Biochemical and molecular studies using human autopsy brain tissue

The use of human brain tissue obtained at autopsy for neurochemical, pharmacological and physiological analyses is reviewed. RNA and protein samples have been found suitable for expression profiling by techniques that include RT-PCR, cDNA microarrays, western blotting, immunohistochemistry and proteomics. The rapid development of molecular biological techniques has increased the impetus for this work to be applied to studies of brain disease. It has been shown that most nucleic acids and proteins are reasonably stable post-mortem. However, their abundance and integrity can exhibit marked intra- and intercase variability, making comparisons between case-groups difficult. Variability can reveal important functional and biochemical information. The correct interpretation of neurochemical data must take into account such factors as age, gender, ethnicity, medicative history, immediate ante-mortem status, agonal state and post-mortem and post-autopsy intervals. Here we consider issues associated with the sampling of DNA, RNA and proteins using human autopsy brain tissue in relation to various ante- and post-mortem factors. We conclude that valid and practical measures of a variety of parameters may be made in human brain tissue, provided that specific factors are controlled.

Distribution of Chlamydia pneumoniae DNA in atherosclerotic carotid arteries: significance for sampling procedures

Despite extensive efforts to confirm a direct association between Chlamydia pneumoniae and atherosclerosis, different laboratories continue to report a large variability in detection rates. In this study, we analyzed multiple sections from atherosclerotic carotid arteries from 10 endartectomy patients to determine the location of C. pneumoniae DNA and the number of sections of the plaque required for analysis to obtain a 95% confidence of detecting the bacterium. A sensitive nested PCR assay detected C. pneumoniae DNA in all patients at one or more locations within the plaque. On average, 42% (ranging from 5 to 91%) of the sections from any single patient had C. pneumoniae DNA present. A patchy distribution of C. pneumoniae in the atherosclerotic lesions was observed, with no area of the carotid having significantly more C. pneumoniae DNA present. If a single random 30-mum-thick section was tested, there was only a 35.6 to 41.6% (95% confidence interval) chance of detecting C. pneumoniae DNA in a patient with carotid artery disease. A minimum of 15 sections would therefore be required to obtain a 95% chance of detecting all true positives. The low concentration and patchy distribution of C. pneumoniae DNA in atherosclerotic plaque appear to be among the reasons for inconsistency between laboratories in the results reported.

Rock fracture mean trace length estimation and confidence interval calculation using maximum likelihood methods

There has been a resurgence of interest in the mean trace length estimator of Pahl for window sampling of traces. The estimator has been dealt with by Mauldon and Zhang and Einstein in recent publications. The estimator is a very useful one in that it is non-parametric. However, despite some discussion regarding the statistical distribution of the estimator, none of the recent works or the original work by Pahl provide a rigorous basis for the determination a confidence interval for the estimator or a confidence region for the estimator and the corresponding estimator of trace spatial intensity in the sampling window. This paper shows, by consideration of a simplified version of the problem but without loss of generality, that the estimator is in fact the maximum likelihood estimator (MLE) and that it can be considered essentially unbiased. As the MLE, it possesses the least variance of all estimators and confidence intervals or regions should therefore be available through application of classical ML theory. It is shown that valid confidence intervals can in fact be determined. The results of the work and the calculations of the confidence intervals are illustrated by example. (C) 2003 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

Sitting time and work patterns as indicators of overweight and obesity in Australian adults

BACKGROUND: Increasing levels of physical inactivity and sedentariness are contributing to the current overweight and obesity epidemic. In this paper, the findings of two recent studies are used to explore the relationships between sitting time ( in transport, work and leisure), physical activity and body mass index (BMI) in two contrasting samples of adult Australians. METHODS: Data on sitting time, physical activity, BMI and a number of demographic characteristics were compared for participants in two studies-529 women who were participants in a preschool health promotion project ('mothers'), and 185 men and women who were involved in a workplace pedometer study ('workers'). Relationships between age, number of children, physical activity, sitting time, BMI, gender and work patterns were explored. Logistic regression was used to predict the likelihood of being overweight or obese, among participants with different physical activity, sitting time and work patterns. RESULTS: The total reported time spent sitting per day ( across all domains) was almost 6 h less among the mothers than the workers (P

Parathyroid hormone venous sampling prior to reoperation for primary hyperparathyroidism

Background: The surgical cure rate for primary hyperparathyroidism is greater than 95%. For those who have recurrent or persistent disease, preoperative localization improves reoperation success rates. Selective parathyroid venous sampling (SPVS) for intact parathyroid hormone is particularly useful when non-invasive localization techniques are negative or inconclusive. Methods: We present all known cases (n = 13) between 1994 and 2002 who had venous sampling for localization at our institution prior to reoperation for recurrent or persistent primary hyperparathyroidism. Comparison was made with non-invasive localization procedures. Results of invasive and non-invasive localization were correlated with surgical findings. Results: Of the nine reoperated cases, eight had positive correlations between SPVS and operative findings and histopathology. SPVS did not reveal the parathyroid hormone source in one case with negative non-invasive localization procedures. Comparisons between SPVS, computerized tomography (CT), and parathyroid scintigraphy (MIBI) as expressed in terms of true positive (TP), false positive (FP) and false negative (FN) were: SPVS - TP 88.8%, FP 0%, FN 11.1%; CT - TP 22.2%, FP 22.2%, FN 55.5%; and MIBI - TP 33.3%, FP 0%, FN 66.6%. At least seven of the nine operated cases have been cured; another remained normocalcaemic 2 weeks after subtotal parathyroidectomy. Conclusion: In our institution SPVS has proven to be a valuable tool in cases with recurrent or persistent primary hyperparathyroidism and negative non-invasive localization procedures.

Influência de idade e da posição radial nas dimensões das fibras e dos vasos da madeira de Eucalyptus grandis Hill ex. Maiden

Objetivou-se neste trabalho avaliar a variação das dimensões das fibras e dos vasos da madeira de Eucalyptus grandis com quatro diferentes idades (10, 14, 20 e 25 anos), proveniente de talhões comerciais. A amostragem do material na árvore foi feita através da coleta de três discos, retirados da base e das extremidades das duas primeiras toras, ambas com o comprimento comercial de 3 m. De cada disco, retiraram-se cinco amostras, de dimensões 1,0 x 1,0 x 1,0 cm, tomadas de pontos eqüidistantes, correspondentes a 0; 25; 50; 75; e 100% da seção, no sentido radial medula-casca, fazendo-se a medição das fibras e dos vasos. Verificou-se, em todos os parâmetros, o efeito da idade e da variação radial, no sentido medula-casca, à exceção da largura e do diâmetro do lume das fibras; todos os demais parâmetros apresentaram correlação positiva.

Distribuição espacial de atributos de solo e de plantas na cultura do mamoeiro no norte capixaba

No Brasil, as lavouras de mamoeiro das planícies dos tabuleiros costeiros são as que melhor desenvolvem e aplicam tecnologias para a produção de mamão no mundo. O objetivo foi aplicar a estatística clássica e a geoestatística no mapeamento e na correlação da variabilidade espacial de atributos químicos e físicos de solo e de plantas de mamoeiro (Carica papaya L.) de uma lavoura comercial do norte capixaba cultivada em um Argissolo típico dos tabuleiros costeiros. O solo de textura arenosa de caráter coeso foi preparado convencionalmente e cultivado com mamoeiro variedade Golden THB. Após a sexagem, procederam-se as amostragens de solo, amostrado na projeção da copa (0-0,20 e 0,20-0,40 m) para a determinação dos atributos químicos e físicos, e de atributos biométricos das plantas em uma área de 1,2 ha (114 x 110 m) totalizando 129 pontos amostrais georreferenciados. Ao nono mês após o transplantio, registrou-se a altura da colheita dos primeiros frutos, o número e a massa dos frutos colhidos para estimativa da produtividade, amostrando três plantas por ponto amostral durante três meses. Os dados foram submetidos à análise estatística descritiva e à correlação de Pearson. A dependência espacial das variáveis foi analisada através da ferramenta geoestatística, com obtenção de semivariograma e os mapas de distribuição das variáveis. A maior parte dos atributos de solo e de plantas de mamoeiro apresenta dependência espacial e é mapeada adequadamente. Há correlação de dependência vertical para densidade do solo, argila, silte, resistência do solo à penetração na linha de plantio e na rua e volume total de poros. Dos atributos químicos não ocorre este comportamento apenas para K, Al e Sat K. As frações areia e argila foram os principais atributos a constituírem correlação com os demais. Há poucas correlações dos atributos do solo com os atributos biométricos e a produtividade do mamoeiro. Ocorre correlação positiva entre a produtividade inicial do mamoeiro com características biométricas ideias para as plantas de mamoeiro. A fertilidade e o preparo do solo são expressivos para o desenvolvimento do mamoeiro e para a variabilidade espacial dos atributos avaliados.

Avaliação da qualidade do leite e caracterização de laticínios do estado do Espírito Santo

O leite é um alimento de grande importância na alimentação humana e amplamente consumido. Desta forma, justifica-se o estudo de suas características e a avaliação de procedimentos higiênicos durante toda a sua cadeia produtiva, desde a ordenha até o seu processamento. O objetivo do trabalho foi caracterizar laticínios localizados no estado do Espírito Santo, bem como avaliar as características de qualidade do leite cru e do leite pasteurizado de quatro estabelecimentos. O estudo foi dividido em quatro etapas: 1) seleção de dois laticínios com Selo de Inspeção Federal (SIF) e dois laticínios com Selo de Inspeção Estadual (SIE); 2) Elaboração de questionário para coleta de dados; 3) coleta de amostras de leite cru refrigerado e leite pasteurizado nos laticínios selecionados e avaliação da qualidade da matéria-prima e; 4) caracterização dos quatro laticínios e avaliação das condições higiênico-sanitárias dos estabelecimentos (aplicação questionário elaborado e da Lista de Verificação de Boas Práticas de Fabricação - check-list – presente na RDC nº 275 / 2002 da Anvisa).Os resultados obtidos com as análises de composição centesimal, acidez titulável, pH e Contagem de Células Somáticas (CCS) das amostras dos laticínios SIF 1, SIF 2, SIE 1 e SIE 2 indicaram conformidade com o padrão exigido pela Instrução Normativa nº 62/2011 do MAPA. Com relação ao teste do alizarol, todas as amostras analisadas apresentaram coloração parda avermelhada sem coagulação, indicando conformidade com a exigência da legislação. Para o teste de detecção de antibiótico da classe β-lactâmicos, todas as amostras de leite dos quatro laticínios analisadas nas três coletas tiveram ausência pelo método utilizado. Em uma das amostras coletadas da indústria SIF 1 foi verificada a presença da enzima fosfatase alcalina em leite pasteurizado, indicando que o tratamento térmico não foi adequado e que, portanto, poderia haver presença de microrganismos patogênicos na amostra, ou que a enzima se renaturou, apresentando um resultado falso positivo para o teste. Além disso, foi verificado que duas amostras de leite coletadas do laticínio SIE 1 apresentaram ausência da enzima lactoperoxidase,O leite é um alimento de grande importância na alimentação humana e amplamente consumido. Desta forma, justifica-se o estudo de suas características e a avaliação de procedimentos higiênicos durante toda a sua cadeia produtiva, desde a ordenha até o seu processamento. O objetivo do trabalho foi caracterizar laticínios localizados no estado do Espírito Santo, bem como avaliar as características de qualidade do leite cru e do leite pasteurizado de quatro estabelecimentos. O estudo foi dividido em quatro etapas: 1) seleção de dois laticínios com Selo de Inspeção Federal (SIF) e dois laticínios com Selo de Inspeção Estadual (SIE); 2) Elaboração de questionário para coleta de dados; 3) coleta de amostras de leite cru refrigerado e leite pasteurizado nos laticínios selecionados e avaliação da qualidade da matéria-prima e; 4) caracterização dos quatro laticínios e avaliação das condições higiênico-sanitárias dos estabelecimentos (aplicação questionário elaborado e da Lista de Verificação de Boas Práticas de Fabricação - check-list – presente na RDC nº 275 / 2002 da Anvisa).Os resultados obtidos com as análises de composição centesimal, acidez titulável, pH e Contagem de Células Somáticas (CCS) das amostras dos laticínios SIF 1, SIF 2, SIE 1 e SIE 2 indicaram conformidade com o padrão exigido pela Instrução Normativa nº 62/2011 do MAPA. Com relação ao teste do alizarol, todas as amostras analisadas apresentaram coloração parda avermelhada sem coagulação, indicando conformidade com a exigência da legislação. Para o teste de detecção de antibiótico da classe β-lactâmicos, todas as amostras de leite dos quatro laticínios analisadas nas três coletas tiveram ausência pelo método utilizado. Em uma das amostras coletadas da indústria SIF 1 foi verificada a presença da enzima fosfatase alcalina em leite pasteurizado, indicando que o tratamento térmico não foi adequado e que, portanto, poderia haver presença de microrganismos patogênicos na amostra, ou que a enzima se renaturou, apresentando um resultado falso positivo para o teste. Além disso, foi verificado que duas amostras de leite coletadas do laticínio SIE 1 apresentaram ausência da enzima lactoperoxidase,O leite é um alimento de grande importância na alimentação humana e amplamente consumido. Desta forma, justifica-se o estudo de suas características e a avaliação de procedimentos higiênicos durante toda a sua cadeia produtiva, desde a ordenha até o seu processamento. O objetivo do trabalho foi caracterizar laticínios localizados no estado do Espírito Santo, bem como avaliar as características de qualidade do leite cru e do leite pasteurizado de quatro estabelecimentos. O estudo foi dividido em quatro etapas: 1) seleção de dois laticínios com Selo de Inspeção Federal (SIF) e dois laticínios com Selo de Inspeção Estadual (SIE); 2) Elaboração de questionário para coleta de dados; 3) coleta de amostras de leite cru refrigerado e leite pasteurizado nos laticínios selecionados e avaliação da qualidade da matéria-prima e; 4) caracterização dos quatro laticínios e avaliação das condições higiênico-sanitárias dos estabelecimentos (aplicação questionário elaborado e da Lista de Verificação de Boas Práticas de Fabricação - check-list – presente na RDC nº 275 / 2002 da Anvisa).Os resultados obtidos com as análises de composição centesimal, acidez titulável, pH e Contagem de Células Somáticas (CCS) das amostras dos laticínios SIF 1, SIF 2, SIE 1 e SIE 2 indicaram conformidade com o padrão exigido pela Instrução Normativa nº 62/2011 do MAPA. Com relação ao teste do alizarol, todas as amostras analisadas apresentaram coloração parda avermelhada sem coagulação, indicando conformidade com a exigência da legislação. Para o teste de detecção de antibiótico da classe β-lactâmicos, todas as amostras de leite dos quatro laticínios analisadas nas três coletas tiveram ausência pelo método utilizado. Em uma das amostras coletadas da indústria SIF 1 foi verificada a presença da enzima fosfatase alcalina em leite pasteurizado, indicando que o tratamento térmico não foi adequado e que, portanto, poderia haver presença de microrganismos patogênicos na amostra, ou que a enzima se renaturou, apresentando um resultado falso positivo para o teste. Além disso, foi verificado que duas amostras de leite coletadas do laticínio SIE 1 apresentaram ausência da enzima lactoperoxidase,indicando a sua desnaturação devido à superpasteurização do leite. Para as análises microbiológicas de contagem bacteriana total e bactérias psicrotróficas, foi verificado uma contagem acima do estabelecido pela legislação. Além disso, os maiores valores médios de Contagem Bacteriana Total (CBT), contagem de microrganismos psicrotróficos e coliformes totais nas amostras de leite cru refrigerado foram verificados entre os laticínios com SIF, podendo ter como causa o uso de tanques comunitários pelos produtores, tempo de transporte para coleta de leite maior do que a média dos laticínios com SIE, a falta de adoção das Boas Práticas de Ordenha e o maior volume de leite coletado de diferentes produtores. Com relação à CBT e à contagem de coliformes totais em leite pasteurizado, os maiores valores médios foram verificados também nos laticínios SIF 1 e SIF 2. Os laticínios que apresentaram maior porcentagem de adequação aos requisitos das BPF foram os laticínios SIF 1 (87,82 %) e SIF 2 (80,66 %), os quais já possuíam os POP’s (Procedimento Operacional Padronizado), CIP (Controle Integrado de Pragas) e BPF (Boas Práticas de Fabricação) implantados ou em fase final de implantação. A análise dos resultados das análises microbiológicas, da aplicação do check-list e da aplicação do questionário permitiu a conclusão de que as empresas que possuíam SIF, apesar de apresentarem uma maior porcentagem de adequação aos requisitos de boas práticas de fabricação, possuíam uma qualidade da matéria-prima menor do que as indústrias com SIE. A partir dos resultados obtidos, pode-se concluir que o estudo de laticínios no estado do Espírito Santo possibilitou o conhecimento do setor e de seus problemas, contribuindo para o emprego de ações de melhoria e prevenção de futuros problemas.

Spatial variability of particle size fractions of an Oxisol cultivated with conilon coffee

Information on the spatial distribution of particle size fractions is essential for use planning and management of soils. The aim of this work to was to study the spatial variability of particle size fractions of a Typic Hapludox cultivated with conilon coffee. The soil samples were collected at depths of 0-0.20 and 0.20-0.40 m in the coffee canopy projection, totaling 109 georeferentiated points. At the depth of 0.2-0.4 m the clay fraction showed average value significantly higher, while the sand fraction showed was higher in the depth of 0-0.20 m. The silt showed no significant difference between the two depths. The particle size fractions showed medium and high spatial variability. The levels of total sand and clay have positive and negative correlation, respectively, with the altitude of the sampling points, indicating the influence of landscape configuration.