Molecular epidemiology of clonal diploids: a quick overview and a short DIY (do it yourself) notice.

In this short review we report the basic notions needed for understanding the population genetics of clonal diploids. We focus on the consequences of clonality on the distribution of genetic diversity within individuals, between individuals and between populations. We then summarise how to detect clonality in mainly sexual populations, conversely, how to detect sexuality in mainly clonal populations and also how genetic differentiation between populations is affected by clonality in diploids. This information is then used for building recipes on how to analyse and interpret genetic polymorphism data in molecular epidemiology studies of clonal diploids.

Teste de pele em caprinos vacinados e infectados com Corynebacterium pseudotuberculosis

Dez caprinos foram vacinados com toxóide a 3%, outros dez com uma bacterina e mais dois grupos-controle de cinco animais cada, submetidos à inoculação de infusão de cérebro e coração e solução salina, respectivamente. Todos os animais foram examinados e avaliados com um teste de pele. Tanto o toxóide quanto a bacterina foram produzidos a partir de amostra de Corynebacterium pseudotuberculosis. Todos os caprinos foram desafiados com C. pseudotuberculosis, trinta dias após as vacinações. Nenhuma das vacinas induziu reação de hipersensibilidade na pele dos caprinos antes do desafio. Após o desafio, todos os animais desenvolveram reações mensuráveis na primeira, quinta e décima semana em resposta ao teste de pele. Os diâmetros da reação dérmica aumentaram do décimo dia à quinta semana após o desafio. As medidas alcançaram tamanho maior na décima semana. O resultado deste estudo indica que antígeno específico do C. pseudotuberculosis pode ser utilizado em caprinos no diagnóstico da linfadenite caseosa como teste de pele ou como instrumento experimental para monitorar o desenvolvimento da doença.

Spatial pattern and process at the plant neighbourhood scale: insights from communities dominated by the clonal grass Elymus repens (L.) Gould.

Question: How do clonal traits of a locally dominant grass (Elymus repens (L.) Gould.) respond to soil heterogeneity and shape spatial patterns of its tillers? How do tiller spatial patterns constrain seedling recruitment within the community?Locations: Artificial banks of the River Rhone, France.Material and Methods: We examined 45 vegetation patches dominated by Elymus repens. During a first phase we tested relationships between soil variables and three clonal traits (spacer length, number of clumping tillers and branching rate), and between the same clonal traits and spatial patterns (i.e. density and degree of spatial aggregation) of tillers at a very fine scale. During a second phase, we performed a sowing experiment to investigate effects of density and spatial patterns of E. repens on recruitment of eight species selected from the regional species pool.Results: Clonal traits had clear effects - especially spacer length - on densification and aggregation of E. repens tillers and, at the same time, a clear response of these same clonal traits as soil granulometry changed. The density and degree of aggregation of E. repens tillers was positively correlated to total seedling cover and diversity at the finest spatial scales.Conclusions: Spatial patterning of a dominant perennial grass responds to soil heterogeneity through modifications of its clonal morphology as a trade-off between phalanx and guerrilla forms. In turn, spatial patterns have strong effects on abundance and diversity of seedlings. Spatial patterns of tillers most probably led to formation of endogenous gaps in which the recruitment of new plant individuals was enhanced. Interestingly, we also observed more idiosyncratic effects of tiller spatial patterns on seedling cover and diversity when focusing on different growth forms of the sown species.

Methicillin-susceptible Staphylococcus aureus endocarditis isolates are associated with clonal complex 30 genotype and a distinct repertoire of enterotoxins and adhesins.

BACKGROUND: Using multinational collections of methicillin-susceptible Staphylococcus aureus (MSSA) isolates from infective endocarditis (IE) and soft tissue infections (STIs), we sought to (1) validate the finding that S. aureus in clonal complex (CC) 30 is associated with hematogenous complications and (2) test the hypothesis that specific genetic characteristics in S. aureus are associated with infection severity. METHODS: IE and STI isolates from 2 cohorts were frequency matched by geographic origin. Isolates underwent spa typing to infer CC and multiplex polymerase chain reaction for presence of virulence genes. RESULTS: 114 isolate pairs were genotyped. IE isolates were more likely to be CC30 (19.5% vs 6.2%; P = .005) and to contain 3 adhesins (clfB, cna, map/eap; P < .0001 for all) and 5 enterotoxins (tst, sea, sed, see, and sei; P ≤ .005 for all). CC30 isolates were more likely to contain cna, tst, sea, see, seg, and chp (P < .05 for all). CONCLUSIONS: MSSA IE isolates were significantly more likely to be CC30 and to possess a distinct repertoire of virulence genes than MSSA STI isolates from the same region. The genetic basis of this association requires further study.

Comportamento de fungos e de sementes de feijoeiro durante o teste de envelhecimento artificial

O teste de envelhecimento artificial, recomendado para avaliar o vigor de lotes de sementes, apresenta variabilidade em seus resultados; a ação dos fungos é considerada uma das causas dessa variabilidade. Este trabalho objetivou verificar os efeitos de diferentes períodos de envelhecimento artificial, no comportamento fisiológico de sementes do feijoeiro e dos fungos Aspergillus spp., Penicillium spp., Fusarium oxysporum e Colletotrichum lindemuthianum, inoculados artificialmente. Foram conduzidos testes de sanidade, germinação, tetrazólio, emergência, condutividade elétrica e lixiviação de potássio. As respostas obtidas, dependentes da duração do período de envelhecimento, indicaram efeitos da espécie fúngica presente. Concluiu-se que o teste de envelhecimento artificial associa a expressão de causas fisiológicas e sanitárias, o que prejudica a interpretação dos dados obtidos; a presença de fungos, principalmente de Aspergillus spp., pode ser considerada como capaz de interferir de modo negativo no desempenho das sementes envelhecidas artificialmente.

Clonal variation in nutrient content in woody biomass of hybrid aspen (Populus tremula L. x P. tremuloides Michx.)

Abstract

Teste de hipótese sobre o coeficiente de coancestria de populações haplóides

Neste trabalho foram estudadas as distribuições dos quadrados médios na análise de variância com as freqüências alélicas em amostras de indivíduos extraídas em populações haplóides, procurando avaliar o uso do teste F para testar a hipótese de nulidade do coeficiente de coancestria. Foi demonstrado que as expressões da soma de quadrados entre populações e da soma de quadrados entre indivíduos dentro de populações divididas pelas respectivas esperanças de quadrados médios possuem distribuições dechi² aproximadas, indicando que o quociente entre os quadrados médios na análise de variância tem distribuição F aproximada. Um estudo de simulação foi realizado comparando-se os valores experimentais simulados com os da distribuição teórica de F, procurando-se avaliar a validade das aproximações sugeridas. Os resultados mostraram que o teste F pode ser usado para testar a hipótese de nulidade do coeficiente de coancestria quando se trabalha com pelo menos cinco populações apresentando freqüência alélica média entre 0,3 e 0,7 utilizando-se no mínimo 50 indivíduos.

Fertilidade de sêmen suíno avaliada pelo teste de ligação dos espermatozóides a um substrato sintético

O objetivo deste trabalho foi avaliar a fertilidade de sêmen suíno pelo teste de ligação de espermatozóides a um substrato sintético. A motilidade (MOT) e o porcentual de espermatozóides ligados (PEL) foram avaliados após 5, 24, 48 e 72 horas de armazenamento a 17ºC. O PEL foi determinado em soluções contendo 6,25 ou 12,5 milhões de espermatozóides/mL, com ou sem albumina sérica bovina (BSA), preparadas a partir de dois a cinco ejaculados de cada um dos quatro machos. Cinqüenta e oito leitoas foram inseminadas, uma vez, 24 horas após o início do estro. Houve correlação positiva (P = 0,0001; r = 0,33) entre a MOT e o PEL. O PEL foi maior com 12,5 milhões de espermatozóides/mL e na presença de BSA (P<0,05). Após 72 horas, o macho 3 apresentou PEL inferior ao dos outros três (P<0,05). As taxas de clivagem (TC) e de embriões morfologicamente normais não diferiram entre indivíduos, mas o macho 3 apresentou menos de 70,0% de TC no quartil superior, enquanto os outros tiveram mais de 75,0%. Os machos diferem quanto à capacidade de ligação de seus espermatozóides ao substrato sintético, a partir de 24 horas de armazenamento do sêmen. A ligação dos espermatozóides ao substrato sintético é maior com a inclusão de BSA e com o aumento da concentração espermática.

Clonal acquisition of the Ly49A NK cell receptor is dependent on the trans-acting factor TCF-1.

Families of clonally expressed major histocompatibility complex (MHC) class I-specific receptors provide specificity to and regulate the function of natural killer (NK) cells. One of these receptors, mouse Ly49A, is expressed by 20% of NK cells and inhibits the killing of H-2D(d) but not D(b)-expressing target cells. Here, we show that the trans-acting factor TCF-1 binds to two sites in the Ly49A promoter and regulates its activity. Moreover, we find that TCF-1 determines the size of the Ly49A NK cell subset in vivo in a dosage-dependent manner. We propose that clonal Ly49A acquisition during NK cell development is regulated by TCF-1.

Uso do teste Lercafé para a caracterização de danos em sementes de cafeeiro

O objetivo deste trabalho foi avaliar a utilização do teste Lercafé, para estimar a germinação e caracterizar diferentes tipos de danos em sementes de cafeeiro. Utilizaram-se sementes de cafeeiro arábica cultivar Catuaí IAC 44, submetidas aos seguintes tratamentos: sementes sem dano, sementes com dano por secagem a 40 e 60ºC, e sementes brocadas. As sementes foram avaliadas pelos testes de germinação e Lercafé. Em relação aos dois tipos de danos, os resultados de germinação, estimada pelo Lercafé, apresentaram alta correlação com os obtidos pelo teste de germinação. O dano por secagem à alta temperatura caracterizou-se pelo aparecimento de manchas esverdeadas espalhadas, que atingiram parcial ou totalmente o endosperma da semente. O dano por broca caracterizou-se por uma depressão circundada por um anel de coloração verde. O teste Lercafé é eficiente para estimar a germinação e caracterizar os danos por secagem à alta temperatura e os causados por broca, em sementes de cafeeiro.

Novos genes de resistência à ferrugem-asiática-da-soja: teste de alelismo para os locos Rpp2 e Rpp4

O objetivo deste estudo foi desenvolver testes de alelismo, inclusive cruzamentos entre um grupo de genótipos resistentes à ferrugem, do banco de germoplasma de soja da Embrapa, e as duas fontes de resistência com os genes Rpp2 e Rpp4. A ferrugem-asiática-da-soja, causada pelo fungo Phakopsora pachyrhizi, tem gerado perdas significativas na produtividade da cultura e preocupado os agricultores brasileiros. Até recentemente, existiam quatro genes de resistência descritos na literatura, mas somente Rpp2 e Rpp4 continuam efetivos no Brasil. Vinte e seis fontes com resistência a P. pachyrhizi foram cruzadas com PI 230970 e PI 459025 (fontes dos genes Rpp2 e Rpp4, respectivamente), e as plantas da geração F2 foram infectadas com uma suspensão com 2,5x10(4) esporos por mililitro e analisadas em casa de vegetação após 20 dias, para verificação da presença de lesões de resistência (RB) ou de suscetibilidade (TAN). Foram aplicados testes de qui-quadrado para investigar as hipóteses de segregação independente ou de alelos de resistência nos locos Rpp2 e Rpp4. Genes de resistência provenientes de PI 197182, PI 230971 e PI 417125 não segregaram em cruzamentos com a PI 230970, o que indica que esses genótipos apresentam um único gene de resistência presente no loco Rpp2. Cruzamentos com os outros 23 genótipos resultaram em populações segregantes, o que indica que estas possuem genes que não pertencem aos locos Rpp2 e Rpp4.

Critérios para o teste de tetrazólio na estimativa do potencial germinativo em macaúba

O objetivo deste trabalho foi estabelecer critérios para a aplicação do teste de tetrazólio em embriões de macaúba (Acrocomia aculeata). Para a elaboração do esquema de avaliação, foram realizadas avaliações anatômicas, identificação de padrões de coloração por solução de 2,3,5-trifenil cloreto de tetrazólio a 0,5% por quatro horas e cultivo in vitro de embriões. Em um experimento, foram avaliados três períodos de pré-condicionamento das sementes por imersão em água, por 12 e 24 horas, associados a duas temperaturas de coloração, 35 e 40ºC, em dois lotes de sementes além do controle sem pré-condicionamento. Em outro experimento, foram testadas em três lotes de sementes, três concentrações da solução de tetrazólio (0,5, 0,75 e 1%), associadas a dois tempos de coloração (duas e quatro horas). Utilizou-se o cultivo in vitro de embriões para comparação dos resultados. Um esquema de avaliação com dez padrões de coloração, associados a três classes de vigor, foi definido com base na anatomia dos embriões e no desenvolvimento de plântulas in vitro. O tratamento de pré-condicionamento em água não é necessário, e se deve aplicar o tempo de coloração de quatro horas, em solução de sal de tetrazólio, a 0,5% e 35ºC.

Desempenho silvicultural e seleção precoce de clones de híbridos de eucalipto

O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética e o desempenho silvicultural de clones de híbridos interespecíficos de Eucalyptus urophylla, E. globulus, E. maidenii, E. saligna, E. grandis, E. pellita, E. resinifera, E. kirtoniana e E. dunnii, e determinar a viabilidade da seleção precoce em selecionar clones superiores. Os diâmetros do tronco à altura do peito aos três (DAP3) e sete (DAP7) anos de idade e a altura total das árvores aos sete anos de idade foram mensurados. Utilizou-se o delineamento experimental de blocos ao acaso, com 138 clones, 10 repetições e seis plantas por parcela. Os dados foram submetidos à análise de variância e agrupados pelo método das k-médias, tendo-se realizado a comparação de médias e determinado a correlação de Pearson (r) entre as variáveis avaliadas. A validação do agrupamento foi realizada por meio de análise de variância e do teste de Tukey. Os clones de híbridos interespecíficos de Eucalyptus apresentaram variabilidade genética. Foram estabelecidos cinco grupos de clones com base no desempenho silvicultural (DAP3, DAP7 e altura). O DAP3 é altamente correlacionado ao DAP7 e à altura aos sete anos de idade. A seleção com base no DAP3 pode ser utilizada para identificar clones superiores de Eucalyptus com grande vigor de crescimento.

Adaptação do teste de tetrazólio para avaliação da viabilidade e do vigor de sementes de girassol

O objetivo deste trabalho foi avaliar metodologias para realização do teste de tetrazólio, na avaliação da viabilidade e do vigor de sementes de girassol, e estabelecer classes de qualidade para interpretação do teste. Foram avaliadas diferentes formas de extração do pericarpo e do tegumento das sementes, além do pré-condicionamento em água por 16 e 18 horas (25°C) e da coloração em solução de tetrazólio (30ºC), nas concentrações de 0,1 e 0,5%, por 2, 3 e 4 horas; e de 1,0%, por 1, 2 e 3 horas. Após a definição da metodologia mais adequada para realização do teste, classes de vigor foram estabelecidas de acordo com a emergência das plântulas no campo. Foram identificadas cinco classes, as quais apresentaram correlação perfeita com a emergência. Para avaliar a viabilidade das sementes de girassol, o pericarpo e o tegumento devem ser retirados após corte longitudinal com até 1/3 do comprimento da semente, o pré-condicionamento deve ser feito pela imersão em água por 16 horas, e a coloração deve ser realizada em solução de tetrazólio a 0,1%, durante 3 horas.

Correlações do índice de área do cladódio com características morfogênicas e produtivas da palma forrageira

O objetivo deste trabalho foi avaliar as correlações do índice de área do cladódio com características morfogênicas e produtivas da palma forrageira (Nopalea sp. e Opuntia sp.). Foram avaliados três clones de palma forrageira, em condições de sequeiro: IPA Sertânia, Miúda e Orelha de Elefante Mexicana. Dados morfológicos dos cladódios e da planta, índice de área do cladódio e biomassa acumulada foram obtidos na ocasião da colheita. A relação entre os dados coletados foi avaliada por meio da análise de trilha, após a aplicação da matriz de correlação de Pearson e do teste de multicolinearidade. Foram observadas maiores correlações das características morfogênicas com o rendimento da cultura do que com o índice de área do cladódio, com R2 entre 0,5930 e 0,9502. As variáveis altura x largura e número total de cladódios foram as que melhor explicaram a variação do índice de área do cladódio. O número total de cladódios, o índice de área do cladódio e a morfologia dos cladódios de quarta ordem são as variáveis que melhor explicam a variabilidade do rendimento dos clones de palma forrageira avaliados em ambiente semiárido.