Modeling information in software languages

Ohjelmiston kehitystyökalut käyttävät infromaatiota kehittäjän tuottamasta lähdekoodista. Informaatiota hyödynnetään ohjelmistoprojektin eri vaiheissa ja eri tarkoituksissa. Moderneissa ohjelmistoprojekteissa käytetyn informaation määrä voi kasvaa erittäin suureksi. Ohjelmistotyökaluilla on omat informaatiomallinsa ja käyttömekanisminsa. Informaation määrä sekä erilliset työkaluinformaatiomallit tekevät erittäin hankalaksi rakentaa joustavaa työkaluympäristöä, erityisesti ongelma-aluekohtaiseen ohjelmiston kehitysprosessiin. Tässä työssä on analysoitu perusinformaatiometamalleja Unified Modeling language kielestä, Python ohjelmointikielestä ja C++ ohjelmointikielestä. Metainformaation taso on rajoitettu rakenteelliselle tasolle. Ajettavat rakenteet on jätetty pois. ModelBase metamalli on yhdistetty olemassa olevista analysoiduista metamalleista. Tätä metamallia voidaan käyttää tulevaisuudessa ohjelmistotyökalujen kehitykseen.

Pós-colheita de mamão híbrido UENF/CALIMAN 01 cultivado no Rio Grande do Norte

No Brasil, foi desenvolvido um novo híbrido de mamão obtido através de melhoramento do cruzamento entre um progenitor do Grupo Formosa e um progenitor do Grupo Solo. Recentemente, os produtores de mamões do Rio Grande do Norte introduziram o cultivo desse híbrido em seus pomares: no entanto, os estudos acerca do potencial de conservação desses frutos restringem-se aos testes realizados nas próprias empresas. O presente trabalho propôs-se a avaliar a vida útil pós-colheita do mamão híbrido UENF/Caliman 01 cultivado no Estado do Rio Grande do Norte. Os frutos foram provenientes de um plantio comercial, localizado no município de Ceará-Mirim-RN. Os mamões foram colhidos no estádio de maturação I (menos de 15% da superfície da casca amarela). No galpão de embalagem, os frutos passaram por lavagem, seleção, tratamentos hidrotérmico, imersão em fungicida e cera. No laboratório da Universidade Federal Rural do Semi-Árido (Mossoró-RN), os frutos foram armazenados à temperatura de 25º C ± 2º C e umidade relativa de 55% ± 5%. Aos 0; 2; 4; 6; 8 e 10 dias de armazenamento, realizaram-se avaliações sobre as seguintes variáveis: aparência externa e interna, coloração da casca, perda de massa, firmeza, sólidos solúveis, acidez titulável, pH e açúcares. Esse híbrido apresenta características fenotípicas do Grupo Formosa, com frutos alongados, massa média de 1,28 kg, polpa com espessura de 2,74 cm, coloração vermelha e conteúdo elevado de sólidos solúveis (13,65%) e açúcares (10,53%). As variáveis de qualidade analisadas limitaram a vida útil pós-colheita do híbrido UENF/Caliman 01 em oito dias.

Discovery of a 29-gene panel in peripheral blood mononuclear cells for the detection of colorectal cancer and adenomas using high throughput real-time PCR.

Colorectal cancer (CRC) is the second leading cause of cancer-related death in developed countries. Early detection of CRC leads to decreased CRC mortality. A blood-based CRC screening test is highly desirable due to limited invasiveness and high acceptance rate among patients compared to currently used fecal occult blood testing and colonoscopy. Here we describe the discovery and validation of a 29-gene panel in peripheral blood mononuclear cells (PBMC) for the detection of CRC and adenomatous polyps (AP). Blood samples were prospectively collected from a multicenter, case-control clinical study. First, we profiled 93 samples with 667 candidate and 3 reference genes by high throughput real-time PCR (OpenArray system). After analysis, 160 genes were retained and tested again on 51 additional samples. Low expressed and unstable genes were discarded resulting in a final dataset of 144 samples profiled with 140 genes. To define which genes, alone or in combinations had the highest potential to discriminate AP and/or CRC from controls, data were analyzed by a combination of univariate and multivariate methods. A list of 29 potentially discriminant genes was compiled and evaluated for its predictive accuracy by penalized logistic regression and bootstrap. This method discriminated AP >1cm and CRC from controls with a sensitivity of 59% and 75%, respectively, with 91% specificity. The behavior of the 29-gene panel was validated with a LightCycler 480 real-time PCR platform, commonly adopted by clinical laboratories. In this work we identified a 29-gene panel expressed in PBMC that can be used for developing a novel minimally-invasive test for accurate detection of AP and CRC using a standard real-time PCR platform.

Identificación de constructos competitivos y estratégicos de las exportaciones de manzanas chilenas a los mercados asiáticos

En esta investigación se analiza la competitividad de las exportaciones de manzanas de la región del Maule, Chile, en los mercados asiáticos de China, Hong Kong, Taiwán e India. El objetivo fue identificar estrategias competitivas y determinar las variables de ventaja competitiva de mayor relevancia. Para determinar los constructos estratégicos se realizó un bootstrap junto con un análisis factorial de componentes principales (PCA). Los constructos encontrados indican que las estrategias competitivas del sector exportador está orientado en lograr economías de escalas y optimizar procesos productivos y comerciales, para lograr menores costos y competir eficientemente en los mercados asiáticos.

ASTRAL-R score predicts non-recanalisation after intravenous thrombolysis in acute ischaemic stroke.

Intravenous thrombolysis (IVT) as treatment in acute ischaemic strokes may be insufficient to achieve recanalisation in certain patients. Predicting probability of non-recanalisation after IVT may have the potential to influence patient selection to more aggressive management strategies. We aimed at deriving and internally validating a predictive score for post-thrombolytic non-recanalisation, using clinical and radiological variables. In thrombolysis registries from four Swiss academic stroke centres (Lausanne, Bern, Basel and Geneva), patients were selected with large arterial occlusion on acute imaging and with repeated arterial assessment at 24 hours. Based on a logistic regression analysis, an integer-based score for each covariate of the fitted multivariate model was generated. Performance of integer-based predictive model was assessed by bootstrapping available data and cross validation (delete-d method). In 599 thrombolysed strokes, five variables were identified as independent predictors of absence of recanalisation: Acute glucose > 7 mmol/l (A), significant extracranial vessel STenosis (ST), decreased Range of visual fields (R), large Arterial occlusion (A) and decreased Level of consciousness (L). All variables were weighted 1, except for (L) which obtained 2 points based on β-coefficients on the logistic scale. ASTRAL-R scores 0, 3 and 6 corresponded to non-recanalisation probabilities of 18, 44 and 74 % respectively. Predictive ability showed AUC of 0.66 (95 %CI, 0.61-0.70) when using bootstrap and 0.66 (0.63-0.68) when using delete-d cross validation. In conclusion, the 5-item ASTRAL-R score moderately predicts non-recanalisation at 24 hours in thrombolysed ischaemic strokes. If its performance can be confirmed by external validation and its clinical usefulness can be proven, the score may influence patient selection for more aggressive revascularisation strategies in routine clinical practice.

GeoConquesta

El projecte consisteix en el desenvolupament d'un joc seriós que posteriorment serà integrat amb la plataforma K-PAX. El joc desenvolupat consisteix en la conquesta d'un mapa a partir de preguntes de geografia sobre el territori a conquerir.

Cost-benefit analysis of an enhanced recovery protocol for pancreaticoduodenectomy.

BACKGROUND: Enhanced recovery after surgery (ERAS) programmes have been shown to decrease complications and hospital stay. The cost-effectiveness of such programmes has been demonstrated for colorectal surgery. This study aimed to assess the economic outcomes of a standard ERAS programme for pancreaticoduodenectomy. METHODS: ERAS for pancreaticoduodenectomy was implemented in October 2012. All consecutive patients who underwent pancreaticoduodenectomy until October 2014 were recorded. This group was compared in terms of costs with a cohort of consecutive patients who underwent pancreaticoduodenectomy between January 2010 and October 2012, before ERAS implementation. Preoperative, intraoperative and postoperative real costs were collected for each patient via the hospital administration. A bootstrap independent t test was used for comparison. ERAS-specific costs were integrated into the model. RESULTS: The groups were well matched in terms of demographic and surgical details. The overall complication rate was 68 per cent (50 of 74 patients) and 82 per cent (71 of 87 patients) in the ERAS and pre-ERAS groups respectively (P = 0·046). Median hospital stay was lower in the ERAS group (15 versus 19 days; P = 0·029). ERAS-specific costs were euro922 per patient. Mean total costs were euro56 083 per patient in the ERAS group and euro63 821 per patient in the pre-ERAS group (P = 0·273). The mean intensive care unit (ICU) and intermediate care costs were euro9139 and euro13 793 per patient for the ERAS and pre-ERAS groups respectively (P = 0·151). CONCLUSION: ERAS implementation for pancreaticoduodenectomy did not increase the costs in this cohort. Savings were noted in anaesthesia/operating room, medication and laboratory costs. Fewer patients in the ERAS group required an ICU stay.

Una aplicación de RExcel para el cálculo de provisiones técnicas con modelo lineal generalizado

Aplicativo de RExcel que realiza cálculo de provisiones técnicas de prestaciones pendientes para el caso en que el modelo lineal generalizado tiene distribución de Poisson (sobredispersa) junto con función de enlace logarítmica y por lo tanto tiene como caso particular el método Chain-Ladder. Contempla el cálculo de reservas por años de origen, por años de calendario y total. Y permite aplicar fórmulas analíticas o distribuciones estimadas mediante bootstrap.

HIV-1 Transmission During Recent Infection and During Treatment Interruptions as Major Drivers of New Infections in the Swiss HIV Cohort Study.

BACKGROUND: Reducing the fraction of transmissions during recent human immunodeficiency virus (HIV) infection is essential for the population-level success of "treatment as prevention". METHODS: A phylogenetic tree was constructed with 19 604 Swiss sequences and 90 994 non-Swiss background sequences. Swiss transmission pairs were identified using 104 combinations of genetic distance (1%-2.5%) and bootstrap (50%-100%) thresholds, to examine the effect of those criteria. Monophyletic pairs were classified as recent or chronic transmission based on the time interval between estimated seroconversion dates. Logistic regression with adjustment for clinical and demographic characteristics was used to identify risk factors associated with transmission during recent or chronic infection. FINDINGS: Seroconversion dates were estimated for 4079 patients on the phylogeny, and comprised between 71 (distance, 1%; bootstrap, 100%) to 378 transmission pairs (distance, 2.5%; bootstrap, 50%). We found that 43.7% (range, 41%-56%) of the transmissions occurred during the first year of infection. Stricter phylogenetic definition of transmission pairs was associated with higher recent-phase transmission fraction. Chronic-phase viral load area under the curve (adjusted odds ratio, 3; 95% confidence interval, 1.64-5.48) and time to antiretroviral therapy (ART) start (adjusted odds ratio 1.4/y; 1.11-1.77) were associated with chronic-phase transmission as opposed to recent transmission. Importantly, at least 14% of the chronic-phase transmission events occurred after the transmitter had interrupted ART. CONCLUSIONS: We demonstrate a high fraction of transmission during recent HIV infection but also chronic transmissions after interruption of ART in Switzerland. Both represent key issues for treatment as prevention and underline the importance of early diagnosis and of early and continuous treatment.

Utilisation d'un marché de prédictions dans le cadre du projet MICS

Ce diplôme présente les marchés prédictifs, qui sont un moyen d'agréger l'information en utilisant les processus à la base des marchés financiers et en proposant des contrats à termes représentant la probabilité de survenance d'une proposition. Des publications dans le domaine de la finance, du management ou de l'informatique font référence à l'utilisation des marchés prédictifs et démontrent les bons résultats obtenus par cette méthode. Nous nous sommes demandé s'il était possible de concevoir et utiliser un tel marché dans un milieu académique, pour prédire l'émergence de nouvelles théories et applications dans le domaine des communications mobiles. Pour supporter notre réflexion, nous avons mis en place un prototype qui devrait pouvoir nous permettre de tester le concept, d'étudier les fonctions de calcul de prix et les mécanismes d'agrégation de l'information. Pour débuter, nous présentons l'état de l'art en nous appuyant sur la littérature parue depuis 1988 lorsque l'University of Iowa a lancé sa plate-forme Iowa Electronic Market (IEM) dans le cadre de l'élection présidentielle Bush-Dukakis. Depuis, plusieurs chercheurs se sont penchés sur les marchés prédictifs comme instrument de prévision dans de nombreux domaines: politique, sport, cinéma, marketing, ... Nous allons comparer les marchés prédictifs à d'autres outils de prévision puis nous présenterons en détail les marchés prédictifs ainsi qu'un essai d'en formaliser les spécifications. Nous illustrerons alors ceci par des exemples tirés des principales plates-formes en activité pour le moment. S'ensuit une discussion sur l'orientation ludique des plates-formes actuelles et une présentation des utilisations que l'on pourrait en faire et qui apporteraient un réel bénéfice. Nous nous penchons alors sur l'analyse des besoins tant de l'expérimentateur que des utilisateurs. Cherchant des raisons à l'absence totale de telles plates-formes dans le cadre de la recherche, nous avons mené une série d'entretiens avec des professeurs de l'EPFL engagés dans la direction du projet MICS. Leurs réticences et craintes ont été prises en compte pour la définition des spécifications du prototype. Nous utilisons la méthode de (Spann and Skiera 2003) pour définir les spécifications de la plate-forme. Ces spécifications comprennent le choix du but prévisionnel, qui dans notre cas découle directement de notre proposition de recherche, des mécanismes financiers à la base des transactions, ainsi que des moyens incitatifs mis en place pour amener les utilisateurs à utiliser la plate-forme et surtout, pour amener les plus éclairés d'entre eux à transmettre leurs informations au marché. Ces spécifications débouchent sur la présentation de quatre cas d'utilisation. Notre objectif étant de développer un prototype pour y tester nos hypothèses, nous faisons un tour d'horizon des plates-formes à disposition et présentons l'architecture de ce dernier, basé sur les développements à la base d'USIFEX, qui n'est plus en activité depuis quatre ans. Le prototype utilise la souplesse de la programmation objet en se basant sur le langage Python dans sa version 2.3. Nous nous attardons ensuite sur la présentation de l'interface du prototype et des interactions avec les utilisateurs. Il faudra par la suite s'attacher à refondre l'interface pour le faire évoluer vers plus de convivialité, et nous permettre de guider l'utilisateur lors de ses sessions sur la plate-forme. Les parties théoriques et logicielles sous toit il nous reste encore à décrire les contrats et la manière de les formuler. A nouveau nous nous penchons sur les marchés actuels pour y tirer des enseignements qui pourraient nous être utiles. N'ayant malheureusement pas fait l'objet de publications, la définition des contrats est intimement liée avec les auteurs qui les rédigent. Nous tentons de tirer quelques enseignements provenant des contrats actifs sur les marchés des matières premières pour proposer un cadre nous permettant de formaliser la rédaction d'un contrat. Ne s'agissant que d'une proposition, il faudra encore tester et compléter ce cadre pour pouvoir s'assurer que la manière de rédiger les contrats n'influence pas sur la pertinence des prédictions. Finalement, nous esquissons les travaux qu'il reste à accomplir avant de pouvoir mener les premiers tests réels de la plate-forme. De la formulation des contrats à l'étude des mécanismes combinatoires d'agrégation de l'information en passant par les fonctions de fixation du prix. Nous revenons sur les travaux effectués dans le cadre de ce diplôme et présentons quelques idées de recherche futures.

Modelo de cuentas estelares de la Vía Láctea

Son muchos los estudios que se han realizado sobre la Vía Láctea. El Grupo de Investigación de Morfología y Dinámica de la Vía Láctea del Instituto de Astrofísica de Canarias (IAC) ha realizado numerosos trabajos acerca de la estructura galáctica, entre los cuales son de especial relevancia los relativos a la estructura del disco fino, el bulbo y la barra larga. Sin embargo, el grupo carece de un código propio que unifique en un modelo común el conocimiento actual de la estructura galáctica. En este proyecto de final de carrera se presenta la implementación de un código informático de un modelo de cuentas estelares de la Vía Láctea realizado en colaboración con investigadores del IAC.

Paràmetres relacionats amb la seqüència iterada de digrafs excèntrics

La memòria que es presenta s'emmarca dins de l'àrea de la teoria de grafs. En concret el projecte es basa en la implementació i estudi de la seqüència iterada de l'operador digraf excèntric, així com els diferents paràmetres relacionats amb aquesta seqüència: Donat un digraf G, el seu digraf excèntric ED(G) és aquell que te'ls mateixos vèrtexs que G i on hi ha un arc d'un vèrtex u a un vèrtex v si, i només si, v és un vèrtex excèntric de u (és a dir, v és el vèrtex més allunyat de u a G). La seqüència de digrafs G;ED(G);ED2(G); ··· ;EDk(G); ··· on EDk(G) = ED(EDk-1(G)) resulta ser finita i es defineixen la cua t i el període p de la seqüència com els enters positius més petits pels quals EDt(G) = EDt+p(G). Anàlogament es defineixen la isocua t' i el isoperíode p' com els enters positius més petits tals que EDt'(G) ' EDt'+p'(G), on ' denota l'isomorfisme de digrafs. Hi ha diversos problemes oberts envers aquesta temàtica. Es marca com objectius: implementar en Python les eines necessàries per obtenir la seqüència iterada de digrafs excèntrics, calcular la seqüència iterada de tots els digrafs d'ordres petits i calcular els paràmetres associats a aquesta seqüència i donar resultats per a l'estudi d'algunes qüestions obertes.

Implementació de l'OpenERP a una Pyme

Aquest projecte mostrarà la implementació de l'ERP OpenERP, en les àrees vendes, compres i comptabilitat, d'una empresa pyme que per motius de privacitat no direm el seu nom i les dades de la base de dades seran fictícies. L'empresa és dedica al sector tèxtil i vol aconseguir que l'aplicació li funcioni com si és comportes com un e-commerce pels seus clients especials però amb les funcionalitats dels ERP's. És detallarà les funcionalitats de l'OpenERP, s'exposaran els requeriments que espera aconseguir l'empresa amb la implementació, el disseny, les configuracions i el desenvolupament d'un mòdul especific per l'empresa.

Patrons d'administració de sistemes en entorns DevOps

El següent article pretén analitzar les tasquesd'un administrador, veure si es poden identificar patrons comuns que es puguin aplicar a laautomatització en grans infraestructures ipresentar la seva implementació en Python.

Programa MicroEconometria. Paquet estadístic i economètric

MicroEconometria és un paquet estadístic i economètric que contempla l’estimació de models uniequacionals: 1- Regressió simple i múltiple: anàlisi de residus, influència i atipicitat, diagnòstics de multicol·linealitat, estimació robusta, predicció, diagnòstics d’estabilitat, bootstrap. 2- Regressió en panell: efectes fixes, efectes aleatoris i efectes combinats. 3- Regressió lògit i probit. 4- Regressió censurada: tobit i model de selecció de Heckman. 5- Regressió multinomial. 6- Regressió poisson: model ‘count data’. 7- Índexs amb variables renda i riquesa i impostos transferències. Genera un informe per a cada una de les possibilitats contemplades que conté la presentació dels resultats de les estimacions, incloent les sortides gràfiques pertinents. L’input del programa és qualsevol base de dades, en la que es pugui identificar la variable endògena i les variables exògenes del model utilitzat, continguda en un llibre d’EXCEL de Microsoft.