The genome sequence of the gram-positive sugarcane pathogen Leifsonia xyli subsp. xyli

The genome sequence of Leifsonia xyli subsp. xyli, which causes ratoon stunting disease and affects sugarcane worldwide, was determined. The single circular chromosome of Leifsonia xyli subsp. xyli CTCB07 was 2.6 Mb in length with a GC content of 68% and 2,044 predicted open reading frames. The analysis also revealed 307 predicted pseudogenes, which is more than any bacterial plant pathogen sequenced to date. Many of these pseudogenes, if functional, would likely be involved in the degradation of plant heteropolysaccharides, uptake of free sugars, and synthesis of amino acids. Although L. xyli subsp. xyli has only been identified colonizing the xylem vessels of sugarcane, the numbers of predicted regulatory genes and sugar transporters are similar to those in free-living organisms. Some of the predicted pathogenicity genes appear to have been acquired by lateral transfer and include genes for cellulase, pectinase, wilt-inducing protein, lysozyme, and desaturase. The presence of the latter may contribute to stunting, since it is likely involved in the synthesis of abscisic acid, a hormone that arrests growth. Our findings are consistent with the nutritionally fastidious behavior exhibited by L. xyli subsp. xyli and suggest an ongoing adaptation to the restricted ecological niche it inhabits.

Association between IL8 haplotypes and pathogen levels in chronic periodontitis

Chronic periodontitis (CP) is considered to be a multifactorial disease influenced by microbial and genetic factors. The aim of the present study was to investigate whether the genetic susceptibility to CP in individuals with the IL8 ATC/TTC haplotype is associated with subgingival levels of periodontopathogens. Sixty-five individuals, grouped according to the presence (n = 28) or absence (n = 37) of the IL8 haplotype, were evaluated. After clinical periodontal evaluation, each group was subdivided according to the presence (CP) or absence (H) of periodontitis. Four subgingival samples were obtained from CP and two samples per subject from H patients. The levels and proportions of Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia, and Treponema denticola were analyzed using quantitative real-time polymerase chain reaction (q-PCR). No differences were found in the proportion of periodontopathogenic bacteria between groups with the presence or absence of the IL8 haplotype. However, in the CP groups, the levels of periodontopathogens were significantly higher in the individuals without the IL8 haplotype than in the individuals with the IL8 haplotype. These results suggest that periodontal destruction may occur in patients who are considered to be genetically susceptible to CP with a lower microbial challenge because of the presence of the IL8 ATC/TTC haplotype than in patients without this haplotype. © 2013 Springer-Verlag Berlin Heidelberg.

Desenvolvimento de metodologia high-throughput para estudo populacional do mosquito Aedes aegypti e comparação de dados de genes mitocondriais

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Ocorrência de uma nova bentonita brasileira nos basaltos intemperizados da formação Mosquito, bacia do Parnaíba, sul do Maranhão

No município de Formosa da Serra Negra, sul do Maranhão, às margens da rodovia MA006, encontram-se afloramentos de basaltos intemperizados da Formação Mosquito, apresentando textura bastante argilosa e potencial de ser um material bentonítico. Neste trabalho, esse material que vem sendo considerado uma nova ocorrência de bentonita no Brasil e, batizado de Formosa, foi caracterizado por difração de raios X, fluorescência de raios X, microscopia eletrônica de varredura, espectroscopia Mössbauer e capacidade de troca catiônica, em amostra total e após separação granulométrica, e ainda, comparada com duas das principais bentonitas brasileiras, Chocolate e Bofe. Apesar das variações químicas e mineralógicas encontradas, muito comuns nesse tipo de argila, as semelhanças observadas convencem o promissor uso da argila Formosa como bentonita, uma vez que o ponto principal da caracterização está na presença dominante de montmorillonita e baixa concentração de outras fases minerais, mostrando que esse material apresenta mineralogia importante do ponto de vista tecnológico.

Paleoambiente da formação mosquito e a implantação do sistema desértico úmido da formação corda, jurássico superior, Centro-Oeste da Bacia do Parnaíba

O Mesozóico foi marcado por mudanças geológicas significativas, decorrentes de soerguimentos resultante da orogenia Gonduanide, que possibilitou a implantação de sistemas desérticos concomitantemente com expressivos eventos magmáticos. Na Bacia do Parnaíba, Nordeste do Brasil, estes eventos estão registrados nas unidades siliciclásticas do Triássico, os arenitos da Formação Sambaíba, representadas pelos derrames basálticos e arenitos fluviais e eólicos subordinados da Formação Mosquito e pelos arenitos flúvio-eólicos da Formação Corda. O estudo de fácies e estratigráfico realizado em afloramentos e testemunhos de sondagem na região entre Formosa da Serra Negra e Montes Altos, Estado do Maranhão, possibilitou reconstituir o paleoambiente do topo da Formação Mosquito e da Formação Corda, e inferir condições paleoclimáticas para a porção centro-oeste da Bacia do Parnaíba durante o Jurássico. Foram identificadas vinte fácies sedimentares agrupadas em cinco associações de fácies (AF) representativas de uma planície vulcânica com depósitos fluviais esporádicos e arenitos eólicos subordinados (AF1-Formação Mosquito), sucedida pela instalação de um sistema desértico úmido (AF2-AF5; Formação Corda). A planície vulcânica (AF1) constitui derrames basálticos intercalados com arenitos finos a grossos (arenitos intertrap) compostos por grãos arredondados a subangulosos de quartzo, feldspatos e fragmentos de vidro vulcânico. Os arenitos apresentam estratificações plano-paralela e cruzada de baixo ângulo, preenchendo geometria de canal ou em corpos tabulares. Depósitos de canal fluvial entrelaçado (AF2) consistem em conglomerados polimíticos, com grânulos e seixos subarredondados a angulosos de basalto, e arenitos grossos com estratificação cruzada acanalada e acamamento maciço. Os lençóis arenosos (AF3) foram divididos em dois elementos arquiteturais (EA), o primeiro (EA1) consistem em arenitos finos a muitos com geometria tabular e estruturas de deformação, o segundo (EA2) é composto por arenito fino a grosso com estratificação cruzada acanalada e laminação cruzada cavalgante, gutter cast de pequeno porte. O campo de dunas (AF4) foi subdividido em dois conjuntos de fácies (C), o primeiro (CI) é caracterizado por arenitos com estratificações cruzadas tabular e tangencial de pequeno a médio porte, estratificação planoparalela e laminação cruzada cavalgante transladante subcrítica. O segundo (CII) consiste de arenitos finos a médios, moderadamente selecionados, laminação ondulada e estruturas de adesão e gretas de contração com rip-up clast, curled mud flakes, forma ciclos de raseamento centimétricos, com topo marcado por horizontes mosqueados, ricos em óxido/hidróxido de ferro, bioturbações e gretas de contração, interpretados como depósitos de interdunas úmidas. Os lobos de suspensão (AF5) consistem em arenitos finos intercalados com pelitos e arenito/pelito com estratificação cruzada complexa. A abundância de esmectita na AF4 aponta para condições de clima semiárido. No Jurássico, a região centro-oeste da Bacia do Parnaíba, foi submetida a movimentos distensivos com recorrência de derrames básicos advindos de fissuras na crosta. Durante os intervalos de aquiescência sedimentos de rios efêmeros preenchiam depressões ou espraiavam-se na planície vulcânica. O final da atividade magmática foi sucedido pela implantação do desérto Corda com campo de dunas e canais fluviais efêmeros (wadi) que retrabalharam parte da planície vulcânica e esporadicamente invadiam os lençóis arenosos. Comparado aos ergs do Permo-Triássico (Formação Sambaíba), o deserto Jurássico da Formação Corda foi mais úmido e menos extenso precedendo os sistemas fluviais e costeiros de clima mais ameno do Cretáceo da Bacia do Parnaíba.

Algoritmo genético aplicado ao controle do mosquito transmissor da dengue

Pós-graduação em Biometria - IBB

Ancient Dispersal of the Human Fungal Pathogen Cryptococcus gattii from the Amazon Rainforest

Over the past two decades, several fungal outbreaks have occurred, including the high-profile 'Vancouver Island' and 'Pacific Northwest' outbreaks, caused by Cryptococcus gattii, which has affected hundreds of otherwise healthy humans and animals. Over the same time period, C. gattii was the cause of several additional case clusters at localities outside of the tropical and subtropical climate zones where the species normally occurs. In every case, the causative agent belongs to a previously rare genotype of C. gattii called AFLP6/VGII, but the origin of the outbreak clades remains enigmatic. Here we used phylogenetic and recombination analyses, based on AFLP and multiple MLST datasets, and coalescence gene genealogy to demonstrate that these outbreaks have arisen from a highly-recombining C. gattii population in the native rainforest of Northern Brazil. Thus the modern virulent C. gattii AFLP6/VGII outbreak lineages derived from mating events in South America and then dispersed to temperate regions where they cause serious infections in humans and animals.

Temporal and Spatial Scaling of the Genetic Structure of a Vector-Borne Plant Pathogen

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Population Structure and Pathotype Diversity of the Wheat Blast Pathogen Magnaporthe oryzae 25 Years After Its Emergence in Brazil

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Pathogen levels and clinical response to periodontal treatment in patients with Interleukin 8 haplotypes

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Comparação de suínos convencionais e SPF (specific pathogen free)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Effects of UV-B radiation on Lecanicillium spp., biological control agents of the coffee leaf rust pathogen

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Partitioning the net effect of host diversity on an emerging amphibian pathogen

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Simulating Population Genetics of Pathogen Vectors in Changing Landscapes: Guidelines and Application with Triatoma brasiliensis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Analise microbiológica da flora intestinal do mosquito Aedes Aegypti através do sequenciamento do gene 16S rRNA na plataforma Illumina MiSeq

Dengue é uma arbovirose que afeta cerca de 100 milhões de pessoas anualmente, em mais de 100 países situados nas regiões tropicais e subtropicais. Foi considerada a doença viral que mais cresceu no ultimo ano, repercutindo em impactos sociais e econômicos nas regiões endêmicas devido às altas taxas de morbidade e mortalidade desencadeadas pela infecção. O principal vetor da dengue é o mosquito Aedes aegypti, presente em toda a faixa tropical e subtropical. Por apresentar hematofagia antropofílica, rápido desenvolvimento e características comportamentais especificas, é um excelente transmissor do vírus dengue. Medidas de controle da disseminação da dengue são restritas à eliminação do mosquito vetor, e um tratamento específico ainda não foi desenvolvido, bem como a criação de uma vacina que previna simultaneamente a infecção pelos quatro sorotipos do arbovírus. Uma característica que determina a disseminação de doenças é a alta competência vetorial de seus mosquitos transmissores, que tem sido associada à composição da microbiota intestinal do inseto. As bactérias presente no intestino do mosquito exercem funções relacionadas a sua nutrição, desenvolvimento e reprodução, e são também um importante fator na eliminação de patógenos, por interferirem diretamente na atividade viral, ou indiretamente a partir da ativação das vias antivirais pelos micro-organismos. Dessa forma, este trabalho visa estudar a diversidade microbiana intestinal do mosquito Aedes aegypti em diferentes estágios de vida, através de sequenciamento de última geração com a plataforma MiSeq Illumina