Avaliação do viés GC em plataformas de sequenciamento de nova geração

O surgimento das plataformas de sequenciamento de nova geração (NGS) proporcionou o aumento do volume de dados produzidos, tornando possível a obtenção de genomas completos. Apesar das vantagens alcançadas com estas plataformas, são observadas regiões de elevada ou baixa cobertura, em relação à média, associadas diretamente ao conteúdo GC. Este viés GC pode afetar análises genômicas e dificultar a montagem de genomas através da abordagem de novo, além de afetar as análises baseadas em referência. Além do que, as maneiras de avaliar o viés GC deve ser adequada para dados com diferentes perfis de relação/associação entre GC e cobertura, tais como linear e quadrático. Desta forma, este trabalho propõe o uso do Coeficiente de Correlação de Pearson (r) para analisar a correlação entre conteúdo GC e Cobertura, permitindo identificar aintensidade da correlação linear e detectar associações não-lineares, além de identificar a relação entre viés GC e as plataformas de sequenciamento. Os sinais positivos e negativos de r também permitem inferir relações diretamente proporcionais e inversamente proporcionais respectivamente. Utilizou-se dados da espécie Corynebacterium pseudotuberculosis, conhecido por serem genomas clonais obtidas através de diferentes tecnologias de sequenciamento para identificar se há relação do viés GC com as plataformas utilizadas.

Influência da variação sazonal, sobre os atributos químicos e biológicos do solo nos sítios do LBA e PPBIO em Caxiuanã/PA, Amazônia Oriental

Diversos fatores ambientais, como pH, temperatura e umidade do solo influenciam a densidade e a atividade dos microorganismos. É possível que o equilíbrio da biosfera esteja sendo modificado pelas mudanças globais de origem natural e/ou antrôpica e influenciando os fatores ambientais que determinam o comportamento da microbiota edáfica. Afim de verificar a influencia dessas alterações, foi desenvolvido o presente estudo na área do experimento ESECAFLOR, que simula a ocorrência de fenômenos extremos, como o evento El Niño e na área do Programa PPBio (área de Floresta Primária), que visa estudar a Biodiversidade da Amazônia, sendo está última usada para fins comparativos (Testemunha). As amostras de solo para as análises químicas, física e biológicas foram coletadas nas profundidades: 00 – 05, 05 -10, 10 – 20 e 20 – 30 cm, nos períodos sazonais Chuvoso, Transição e Menos Chuvoso. Também foi determinado a Temperatura do solo nas mesmas profundidades. Os métodos utilizados foram os descritos por Embrapa (1997), Clark (1965), Gerhardt (1994), Yang et al. (1998) e Keeney (1982). O tratamento dos dados e os testes estatísticos (ANOVA: dois critério, Teste de Tukey e Correlação Linear Simples) foram realizados por meio do programa estatísticos Bioestat 5.0. Os maiores teores de macro e micro nutrientes foram encontrados na área de floresta primária natural (PPBio). Os maiores valores de Unidades Formadoras de Colônias (196 x 10⁴ UFC/g de solo e 124 x 10² UFC/g de solo) para a população de Bactérias e Fungos, respectivamente, foram identificados também na área do PPBio e nos períodos chuvoso e intermediário, respectivamente. Foi identificado diferença significativa entre os dados obtidos para ambas as áreas e também houve diferença significativa dos dados de cada área em relação aos períodos sazonais e as profundidades estudados. A área que sofreu alteração antrópica (ESECAFLOR) apresentou os menores teores para os macro e micronutrientes, evidenciando a influência do processo de exclusão das águas pluviais na disponibilidade desses elementos no solo.

Desenvolvimento de métodos analíticos para a determinação da concentração de fosfito em fertilizantes

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Comparação da acurácia entre mineralização dentária e maturação óssea na estimativa da idade cronológica de indivíduos com síndrome de Down

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Correlações de Pearson e geoestatísticas entre a produtividade de cana-de-açúcar, estabelecida em dois métodos de colheita, e atributos físico-químicos do solo

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Correlação da produtividade vegetal em função de atributos físico-químicos do solo na integração lavoura-pecuária

Pós-graduação em Agronomia - FEIS

Densidade mineral óssea de adolescentes do sexo feminino e suas relaçoes com biomarcadores ósseos

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Atropelamento de vertebrados nas rodovias MG-428 e SP-334 com análise dos fatores condicionantes e valoração econômica da fauna

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Sugarcane trash management assessed by the interaction of yield with soil properties

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Variações de parâmetros cinéticos e têmporo-espaciais em grupos heterogêneos de cães

Pós-graduação em Medicina Veterinária - FMVZ

Determinação de 'SB' e 'PB' em embalagens de poli(tereftalato) de etileno (PET) por espectrometria de absorção atômica com fonte contínua e de alta resolução em forno de grafite empregando amostragem direta de sólidos

Pós-graduação em Química - IQ

Protein content of leaf-cutting ant queens before the nuptial flight and during the post-claustral phase

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Produção científica dos Programas de Pós-Graduação de excelência no Brasil: colaboração internacional e impacto na área de Zootecnia

This research aimed to study the international scientific collaboration, through co-authorship, and the impact of full papers published in journals Qualis A1 and A2 of Graduate Programs in Animal Science of excellence (2007-2009). Through the indicators of production of graduate evaluation from CAPES, the research gathered the scientific production of three graduate programs, adding up to 125 articles. The citations received were gathered from the SCOPUS database and the impact of journals from the SCImago Journal & Country Rank. In order to investigate the correlation among the indicators analyzed, Pearson’s linear correlation coefficients were calculated. It was observed that the Impact Factor (IF) of the journal may influence the number of citations and that there is a weak trend for association of IFs with the number of coauthor countries. It was not observed a statistically significant correlation between the number of collaborating countries and citations received by the article.

Estudo da motilidade gástrica em ratas prenhes diabéticas e não diabéticas

Several hormonal and physiological changes that occur during pregnancy directly affect gastrointestinal motility (GI), however, very little is known about the relationship between the electrical and mechanical activities of the stomach and its implications. The aim of this study was to compare the female sex hormones, with profiles of gastrointestinal motility using AC biosusceptometry (BAC) in pregnant rats. Seven female Wistar rats (weighing 250-350 g) were used and all procedures were approved by the local Ethics Committee of animal. Laparotomy was performed on anesthetized rats and a magnetic marker (3.5 mm in diameter and 3.0 mm height) was implanted in the distal stomach. After 10 days of recuperation, the mice were put to mate until confirmation of pregnancy. Fed animals were anesthetized (mg pentobarbital 30 / kg) and kept supine for recording the signal with a sensor 30 min BAC placed on the abdominal surface on days 0, 7, 14 and 20 of gestation. Statistical analysis was performed by Student's t test statistical Newman-Keuls and a P value of .05 was considered statistically significant. The frequency of contraction of the stomach was 74 mHz ± 3, 67 ± 7 mHz, 59 mHz ± 6 (p <0.05 vs day -1) and 71 ± 5 mHz on days -0, -7, -14, and -20, respectively. The values of 44 ± 15 pg / mL and 31 ± 9 pg / ml 25 ± 6 pg / ml, 22 ± 9 pg / ml on days -0, -7, -14 and -20, respectively, obtained by 17ß- estradiol were not statistically significant. The values of progesterone were 13 ± 6 pg / ml at 54 ± 15 pg / ml, 127 ± 42 pg / ml (p <0.05 vs day-1), 22 ± 13 pg / mL on day -0, - 7, -14 and -20, respectively. A linear correlation (Pearson's test) between the lower frequency gastric and increased levels of progesterone was 80% (p <0.0000001). Until then, the relationship between changes in motility and hormone were not described in detail, but with the work that we were able to demonstrate the high correlation between progesterone concentration ...

Caracterização dos reservatórios do grupo Macaé no Campo de Garoupa - Bacia de Campos - por meio de interpretação sísmica e perfis de poço

The study area is the Garoupa Field, located 75 km from the coast of Rio de Janeiro in bathymetric elevation of 125 m and it is the first important offshore discovery of the Campos Basin with hydrocarbon production in the Albian carbonates. The high significance of carbonate rock reservoirs for the global oil industry and its degree of complexity, combined with the fact that the Garoupa Field is a mature field, make this research project interesting to develop a re-exploratory vision of the study area. The objective of this paper is to characterize the physical properties of the Macae Group reservoirs in the Garoupa Field through well correlation techniques, petrophysical analysis and seismic interpretation (3D), in order to evaluate qualitatively and quantitatively the response of geophysical data to the presence of carbonate rock reservoirs. From the analysis of well profiles (gamma ray, resistivity, density and sonic) it was possible to identify six reservoir levels in the Quissamã Formation. As a result, the reservoirs have good correlation between the wells in the Garoupa Field and show lateral facies variation. In the seismic interpretation, structural contour maps were generated in time (ms) from the top of the Macae Group and two horizons that correspond to the reservoir levels. These maps show that the oil producing area of this field is a structural high located at the west of the interpreted seismic cube, and it was classified as a rollover limited by lateral faults forming a horst. The seismic attribute maps show a good response to the reservoirs of the Garoupa Field because they are associated with amplitude anomalies, verified by the correlation between the physical properties of the reservoir rock and seismic data through cross plots, with emphasis in a linear correlation between the resistivity profile and the values of Maximum Absolute Amplitude and RMS Amplitude attributes