Structure and function of the C-terminal PABC domain of human poly(A)-binding protein

We have determined the solution structure of the C-terminal quarter of human poly(A)-binding protein (hPABP). The protein fragment contains a protein domain, PABC [for poly(A)-binding protein C-terminal domain], which is also found associated with the HECT family of ubiquitin ligases. By using peptides derived from PABP interacting protein (Paip) 1, Paip2, and eRF3, we show that PABC functions as a peptide binding domain. We use chemical shift perturbation analysis to identify the peptide binding site in PABC and the major elements involved in peptide recognition. From comparative sequence analysis of PABC-binding peptides, we formulate a preliminary PABC consensus sequence and identify human ataxin-2, the protein responsible for type 2 spinocerebellar ataxia (SCA2), as a potential PABC ligand.

(Table 1) Conditions of vertical near-bottom profiling and the main parameters of the benthic boundary layer in several regions of the Black Sea shelf

Measurements of 14 vertical profiles of currents and hydrological parameters in the near-bottom layer with depth resolution of 0.1 m were carried out in several regions of the Black Sea shelf, at five points over the continental slope, and in three deep water regions. The upper boundary of the benthic boundary layer (BBL) was reliably determined at a point at distance from 5-7 to 35-40 m from the bottom where the gradients of density and current velocity changed. Experimental data obtained were used to determine the coefficient of bottom friction, friction velocity, coefficients of vertical diffusion of momentum and density, and vertical fluxes of temperature and salinity in the BBL.

The role of the 8-18 helix of CGRP 8-37 in mediating high affinity binding to CGRP receptors; coulombic and steric interactions

1. The role of individual residues in the 8-18 helix of CGRP 8-37 in promoting high-affinity binding to CGRP 1 receptors expressed on rat L6 and human SK-N-MC cells has been examined. The relative potencies of various derivatives were estimated from their ability to inhibit the human αCGRP-mediated increase in cyclic AMP production and the binding of [ 125I]-human αCGRP. 3. Arg 11 and Arg 18 were replaced by serines to give [Ser 11.18]CGRP 8-37. These bound with pKi values <6 to SK-N-MC cells and had apparent pA 2 values of 5.81 ± 0.04 and 5.31 ± 0.11 on SK-N-MC and L6 cells. CGRP 8-37 had a pKi of 8.22 on SK-N-MC cells and pK b values on the above cell lines of 8.95±0.04 and 8.76±0.04. 3. The arginines were replaced with glutamic acid residues. [Glu 11]CGRP 8-37 had a pK b of 7.14±0.14 on SK-N-MC cells (pKi=7.05±0.05) and 6.99±0.08 on L6 cells. [Glu 18]CGRP 8-37 had a pK b of 7.10±0.0.08 on SK-N-MC cells (pKi=6.91±0.23) and 7.12±0.09 on L6 cells. 4. Leu 12, Leu 15 and Leu 16 were replaced by benzoyl-phenylalanine (bpa) residues. On SK-N-MC cells, the apparent pA 2 values of [bpa 12]-, [bpa 15]- and [bpa 16]CGRP 8-37 were respectively 7.43±0.23, 8.34±0.11 and 5.66±0.16 (pKi values of 7.14±0.17, 7.66±0.21 and <6): on L6 cells they were 7.96±0.36, 8.28±0.21 and 6.09±0.04 (all n=3). 5. It is concluded that the Arg 11 and Arg 18 are involved in specific electrostatic interactions with other residues, either on the CGRP 1 receptors or elsewhere on CGRP 8-37. Leu 16 is in a conformationally restricted site when CGRP 8-37 binds to CGRP 1 receptors, unlike Leu 12 and Leu 15.

Derivation of lake mixing and stratification indices from high-resolution lake buoy data

Lake Analyzer is a numerical code coupled with supporting visualization tools for determining indices of mixing and stratification that are critical to the biogeochemical cycles of lakes and reservoirs. Stability indices, including Lake Number, Wedderburn Number, Schmidt Stability, and thermocline depth are calculated according to established literature definitions and returned to the user in a time series format. The program was created for the analysis of high-frequency data collected from instrumented lake buoys, in support of the emerging field of aquatic sensor network science. Available outputs for the Lake Analyzer program are: water temperature (error-checked and/or down-sampled), wind speed (error-checked and/or down-sampled), metalimnion extent (top and bottom), thermocline depth, friction velocity, Lake Number, Wedderburn Number, Schmidt Stability, mode-1 vertical seiche period, and Brunt-Väisälä buoyancy frequency. Secondary outputs for several of these indices delineate the parent thermocline depth (seasonal thermocline) from the shallower secondary or diurnal thermocline. Lake Analyzer provides a program suite and best practices for the comparison of mixing and stratification indices in lakes across gradients of climate, hydro-physiography, and time, and enables a more detailed understanding of the resulting biogeochemical transformations at different spatial and temporal scales.

Environmental context of all samples from the Tara Oceans Expedition (2009-2013), about water column features

The Tara Oceans Expedition (2009-2013) sampled the world oceans on board a 36 m long schooner, collecting environmental data and organisms from viruses to planktonic metazoans for later analyses using modern sequencing and state-of-the-art imaging technologies. Tara Oceans Data are particularly suited to study the genetic, morphological and functional diversity of plankton. The present data set provides environmental context to all samples from the Tara Oceans Expedition (2009-2013), about water column features at the sampling location. Based on in situ measurements of... at the...

Recurrent CDKN1B (p27) mutations in hairy cell leukemia

Hairy cell leukemia (HCL) is marked by near 100% mutational frequency of BRAFV600E mutations. Recurrent cooperating genetic events that may contribute to HCL pathogenesis or affect the clinical course of HCL are currently not described. Therefore, we performed whole exome sequencing to explore the mutational landscape of purine analog refractory HCL. In addition to the disease-defining BRAFV600E mutations, we identified mutations in EZH2, ARID1A, and recurrent inactivating mutations of the cell cycle inhibitor CDKN1B (p27). Targeted deep sequencing of CDKN1B in a larger cohort of HCL patients identify deleterious CDKN1B mutations in 16% of patients with HCL (n = 13 of 81). In 11 of 13 patients the CDKN1B mutation was clonal, implying an early role of CDKN1B mutations in the pathogenesis of HCL. CDKN1B mutations were not found to impact clinical characteristics or outcome in this cohort. These data identify HCL as having the highest frequency of CDKN1B mutations among cancers and identify CDNK1B as the second most common mutated gene in HCL. Moreover, given the known function of CDNK1B, these data suggest a novel role for alterations in regulation of cell cycle and senescence in HCL with CDKN1B mutations.

Optisen radiolinkin toteuttaminen ohjelmistoradiolla

Tämän tutkielman tavoitteena oli toteuttaa optinen radiolinkki hyödyntäen ohjelmistoradiota. Työn alkuosassa käydään läpi ohjelmistoradiota yleisellä tasolla sekä yleisesti nykyisin käytössä olevia optisia tiedonsiirtotapoja. Työn keskiosassa käsitellään työhön käytettävä laitteisto ja ohjelmistot sekä optisen radioetuasteen suunnittelu ja toteutus. Työn loppuosassa analysoidaan toteutetun etuasteen toimintaa. Ohjelmistoradio, yleisemmin ohjelmallisesti määritetty radiolaite, jonka toiminnallisuutta, kuten modulaatioita, suodattimia ja kommunikointiin käytettävää taajuuskaistaa, pystytään muuttamaan ohjelmallisesti ilman laitteistomuutoksia. Useimmiten ohjelmistoradioiden toiminnallisuus määrätään ohjelmoimalla ohjelmistoradio-oheislaitteen ohjelmoitavia porttipiirejä, eli FPGA-piirejä. Optisen radioetuasteen suunnittelun pohjana käytettiin audiokäyttöön tarkoitettua infrapunalähetintä ja – vastaanotinta, jotka muokattiin toimimaan näkyvän valon aallonpituuksilla. Ohjelmistoradio-oheislaitteena toimi Ettus USRP1 varustettuna matalataajuisilla lähetin- ja vastaanotintytärkorteilla. Ohjelmistoradion ohjelmointiympäristönä toimi Linux Ubuntu, ja ohjelmistona GNURadio sekä sen graafinen ohjelmointikäyttöliittymä Gnu Radio Companion. Tutkielman lopputuloksena saatiin aikaan piirilevylle rakennettu optisen radioetuasteen prototyyppi, jolla pystyttiin siirtämään digitaalista audiota 300 kbps tiedonsiirtonopeudella muutamien senttimetrien matkalla pimeässä tilassa.

Musings of a private research funder on scholarly journals in Finland

Presentation at the seminar "Publishers and Funders for OA in Finland", Helsinki, May 24, 2016

Kielitaitoa ja hyvinvointia. Selvitys kotona lapsiaan hoitavien maahanmuuttajavanhempien kotoutumista tukevan koulutuksen malleista

Kotona Suomessa-hanke (ESR) teetti selvityksen kotoutumista tukevan koulutuksen malleista, joissa pääasiallisena tai yhtenä keskeisenä kohderyhmänä ovat kotona lapsiaan hoitavat maahanmuuttajavanhemmat. Selvityksen tavoitteena oli muodostaa kokonaiskuva Suomessa järjestettävistä lastenhoidon sisältävistä koulutuksista sekä viitoittaa tietä kohti valtakunnallista toimintamallia kotona lasten kanssa olevien vanhempien kotoutumista tukevan koulutuksen osalta. Kotona lapsiaan hoitavien maahanmuuttajavanhempien kotoutumista tukevalla koulutuksella tarkoitetaan tässä selvityksessä sellaista koulutusta, joka mahdollistaa pienten lasten hoitamisen kotona ja kotoutumista tukevaan koulutukseen osallistumisen. Kyseessä on pääasiallisesti kielikoulutus, mutta usein koulutukseen liittyy muita kotoutumisen tukemiseen liittyviä elementtejä. Selvitystä varten tunnistettiin valtakunnallisesti 35 koulutusmallia, joista 9 valittiin tarkempaan tarkasteluun. Koulutusmallit pyrittiin valitsemaan siten, että eri maantieteelliset alueet olivat edustettuina ja että tarkasteltaviin malleihin valikoitui sekä kolmannen sektorin että kuntien järjestämiä koulutuksia. Selvityksessä koulutukset jäsennettiin kahteen kategoriaan eli kielitaidon kehitystä korostaviin ja sosiaalisia tavoitteita korostaviin koulutuksiin. Kielitaidon kehitystä korostavia malleja yhdistää tietynlainen kurssimuotoisuus ja kuntavetoisuus. Sosiaalisia tavoitteita korostavia malleja järjestävät erityisesti järjestöt matalan kynnyksen periaatteella. Kotona lapsiaan hoitaville maahanmuuttajavanhemmille suunnatuille koulutuksille on yhä lisääntyvää kysyntää tulevaisuudessa. Toiminnan kehittämistä ei voida ohjata yhdellä valtakunnallisella ratkaisulla, vaan koulutusten laajentuminen on riippuvaista kuntien aktiivisuudesta. Kuntien tulee oman tilannearvionsa perusteella tehdä ratkaisuja sopivista toimintamalleista. Rahoittamalla ja järjestämällä toimintaa kunta voi vaikuttaa koulutuksen tavoitteisiin, laatuun ja pitkäjänteisyyteen. Matalan kynnyksen toimintamuotojen aktivoiminen ja resursointi puolestaan on helpoin ja nopein tapa lisätä toiminnan volyymia.

Maahanmuuttajataustaisten vankien kotoutumisprosessit

Tämän pro gradu-tutkielman tarkoituksena on selvittää, millaisia kotoutumisprosesseja maahanmuuttajataustaisilla vangeilla on ollut, millaiset asiat ovat olleet merkityksellisiä kotoutumisen onnistumisessa taikka epäonnistumisessa ja olisiko kotoutumista voitu edistää enemmän ja jos olisi miten? Tutkielman teoreettinen viitekehys käsittelee maahanmuuttajia, maahanmuuttoa, kotoutumista sekä rikollisuutta. Maahanmuuttoa ja maahanmuuttajia käsitellään käsitteinä, suomalaisen maahanmuuton historian näkökulmasta ja tilastoina. Kotoutumista lähestytään erilaisten kotoutumisteorioiden ja kotouttamiseen vaikuttavien tekijöiden kautta sekä esittelemällä suomalaista kotoutumispolitiikkaa. Rikollisuutta lähestytään rikollisuuden käsitteen kautta, rikollisuuden riskitekijöiden sekä erilaisten rikosteorioiden avulla. Tutkielmassa on käytetty narratiivista tutkimusotetta. Aineisto on kerätty strukturoimattomalla narratiivisella aktiivihaastattelulla. Haastateltavia vankiloihin on lähestytty tiedotteen avulla, jolloin haastateltavat ovat vapaaehtoisesti saaneet ilmaista halukkuutensa haastatteluun osallistumiselle. Kaiken kaikkiaan tutkielman aineisto koostuu kuudesta eri haastattelusta. Aineisto on analysoitu juonirakenteiden avulla hahmottamalla millaisia erilaisia tekijöitä tai teemoja nousi esille ja miten ne vaikuttivat kertomusten kulkuun. Näiden avulla muodostui kolme tyyppitarinaa eli kolme erilaista kertomusta kotoutumisesta, jotka nimesin: ehkä kotoutunut Kalle, tuuliajolla oleva Teemu sekä parempaa haikaileva Pekka. Tulosten mukaan kaikkien maahanmuuttoprosessit ovat olleet erilaisia ja niihin ovat vaikuttaneet erilaiset tekijät. Yhtenevää kaikkein kotoutumisprosesseissa on se, että heistä jokainen on kokenut jossain vaiheessa ennakkoluuloja, rasismia ja syrjintää perustuen ainoastaan heidän ulkomaalaisuuteensa. Kotoutumisen onnistumisen kannalta merkityksellistä on ollut ikä Suomeen muuttaessa ja se, milloin on muuttanut. Suomen kielen taito on ollut tärkeä tekijä kotoutumisen onnistumisessa, ennakkoluulot ja mahdollisuuksien puute ovat merkityksellisiä tekijöitä kotoutumisen epäonnistumisessa. Muiden kuin lapsuudessa maahan muuttaneiden mielestä paremmin kotoutumista edistäisi se, että maahanmuuttajille olisi Suomessa tarjolla työtä tai muita mahdollisuuksia. Suomalainen kotoutumispolitiikka on myös hidasta ja tuki riittämätöntä. Erityisesti suomenkielen opiskelemiseen aikuiset tarvitsisivat enemmän tukea. Kotoutumisen edistämisen kannalta ratkaisevassa asemassa ovat myös suomalaiset. Heidän pitäisi aktiivisemmin ottaa ulkomaalaiset mukaan ja luoda heihin kontakteja sekä luopua erilaisista ennakkoluuloista.

On the stability and spatiotemporal variance distribution of salinity in the upper ocean

Despite recent advances in ocean observing arrays and satellite sensors, there remains great uncertainty in the large-scale spatial variations of upper ocean salinity on the interannual to decadal timescales. Consonant with both broad-scale surface warming and the amplification of the global hydrological cycle, observed global multidecadal salinity changes typically have focussed on the linear response to anthropogenic forcing but not on salinity variations due to changes in the static stability and or variability due to the intrinsic ocean or internal climate processes. Here, we examine the static stability and spatiotemporal variability of upper ocean salinity across a hierarchy of models and reanalyses. In particular, we partition the variance into time bands via application of singular spectral analysis, considering sea surface salinity (SSS), the Brunt Väisälä frequency (N2), and the ocean salinity stratification in terms of the stabilizing effect due to the haline part of N2 over the upper 500m. We identify regions of significant coherent SSS variability, either intrinsic to the ocean or in response to the interannually varying atmosphere. Based on consistency across models (CMIP5 and forced experiments) and reanalyses, we identify the stabilizing role of salinity in the tropics—typically associated with heavy precipitation and barrier layer formation, and the role of salinity in destabilizing upper ocean stratification in the subtropical regions where large-scale density compensation typically occurs.