Selección de una hélice para una aeronave eléctrica

Selección de la hélice más apropiada para un prototipo de aeronave eléctrica. Se utiliza la teoría del elemento finito de pala para elegir entre 79 geometrías de hélice.

Preliminary temperature accelerated life test (ALT) on lattice mismatched triple-junction concentrator solar cells-on-carriers

A temperature accelerated life test on concentrator lattice mismatched Ga0.37In0.63P/Ga0.83In0.17As/Ge triple-junction solar cells-on-carrier is being carried out. The solar cells have been tested at three different temperatures: 125, 145 and 165°C and the nominal photo-current condition (500X) is emulated by injecting current in darkness. The final objective of these tests is to evaluate the reliability, warranty period, and failure mechanism of these solar cells in a moderate period of time. Up to now only the test at 165°C has finished. Therefore, we cannot provide complete reliability information, but we have carried out preliminary data and failure analysis with the current results.

La escalera de caracol en los tratados de cantería españoles de la Edad Moderna y su presencia en el Patrimonio Construido hispánico: estudio geométrico y constructivo

La escalera de caracol es uno de los elementos que mejor define la evolución de la construcción pétrea a lo largo de nuestra historia moderna. El movimiento helicoidal de las piezas de una escalera muestra, con frecuencia, el virtuosismo que alcanzaron los maestros del arte de la cantería y la plasticidad, expresividad y ligereza de sus obras. A pesar de su origen exclusivamente utilitario y de su ubicación secundaria, se convertirán en signo de maestría y en elementos protagonistas del espacio que recorren y de la composición de los edificios, como es el caso de las grande vis de los Châteaux franceses del XVI como Blois, Chateaudun o Chambord o los schlosses alemanes como el de Hartenfels en Torgau. Este protagonismo queda patente en los tratados y manuscritos de cantería, elaborados fundamentalmente en España y Francia, a partir del siglo XVI que recogen un gran número de variantes de escaleras de caracol entre sus folios. Breve historia de la escalera de Caracol Los ejemplos más antiguos conocidos de escaleras de caracol en Occidente provienen de los primeros siglos de nuestra era y están asociados a construcciones de tipo conmemorativo, funerario o civil, romanas. Destaca de entre ellas la columna trajana, construida en el 113 por Apolodoro de Damasco en los Foros de Roma. Esta columna, conservada en la actualidad, fue profusamente representada por los tratados de arquitectura desde el Renacimento como el de Serlio, Caramuel, Piranesi, Rondelet y, más recientemente, Canina. Choisy describe en El arte de construir en Bizancio un grupo de escaleras de caracol cubiertas por bóvedas helicoidales y construidas entre el siglo IV y VIII; a esta misma época pertenecen otras escaleras con bóvedas aparejadas de forma desigual con sillarejos y sillares de pequeño tamaño sin reglas de traba claras, pensadas al igual que las de Choisy para ser revestidas con un mortero. Herederas de estas bóvedas de la antigüedad son las escaleras de caracol de la Edad Media. Así las describe Viollet le Duc: “compuestas por un machón construido en cantería, con caja perimetral circular, bóveda helicoidal construida en piedra sin aparejar, que se apoya en el machón y sobre el paramento circular interior. Estas bóvedas soportan los peldaños en los que las aristas son trazadas siguiendo los radios del círculo”. En esta misma época, siglos XI y XII, se construyen un grupo de escaleras de caracol abovedadas en piedra de cantería vista: las de la torre oeste de Notre Dame des Doms en Avignon, las de la tour de Roi, de Évêque y Bermonde de los Chateaux de Uzés, las gemelas de las torres de la Catedral Saint Théodorit de Uzés y la conocida escalera del transepto de la Abadía de Saint Gilles. Ésta última dará el nombre a uno de los modelos estereotómicos de mayor complejidad del art du trait o arte de la cantería: la vis Saint Gilles, que aparece en la mayoría de los textos dedicados al corte de piedras en España y Francia. La perfección y dificultad de su trazado hizo que, durante siglos, esta escalera de caracol fuera lugar de peregrinación de canteros y se convirtiera en el arquetipo de un modelo representado con profusión en los tratados hasta el siglo XIX. A partir del siglo XIII, será el husillo el tipo de escalera curva que dará respuesta a las intenciones de la arquitectura a la “moderna” o gótica. Estas escaleras con machón central se generalizarán, insertándose en un complejo sistema de circulaciones de servicio, que conectaban por completo, en horizontal y vertical, los edificios. Estos pasadizos horizontales y estas conexiones verticales, hábilmente incorporadas en el espesor de contrafuertes, machones, esquinas, etc, serán una innovación específicamente gótica, como señala Fitchen. La pieza de peldaño, que se fabrica casi “en serie” reflejará fielmente el espíritu racional y funcionalista de la arquitectura gótica. Inicialmente los peldaños serán prismáticos, sin labrar por su cara interior; después, éstos darán paso a escaleras más amables con los helicoides reglados formando su intradós. Insertos en construcciones góticas y en convivencia con husillos, encontramos algunos ejemplos de escaleras abovedadas en el siglo XIII y XIV. Estamos hablando de la escalera de la torre este del Castillo de Maniace en Siracusa, Sicilia y la escalera de la torre norte del transepto de la Catedral de Barcelona. En ambos casos, los caracoles se pueden relacionar con el tipo vis de Saint Gilles, pero incorporan invariantes de la construcción gótica que les hace mantener una relación tipológica y constructiva con los husillos elaborados en la misma época. En la segunda mitad del siglo XV aparecen, vinculadas al ámbito mediterráneo, un conjunto de escaleras en las que el machón central se desplaza transformándose en una moldura perimetral y dejando su lugar a un espacio hueco que permite el paso de la luz. Los tratados manuscritos de cantería que circulan en el XVI y XVII por España recogen el modelo con su denominación: caracol de Mallorca. Varios autores han mantenido la tesis de que el nombre proviene de la escalera situada en la torre noroeste de la Lonja de Palma de Mallorca. Los Manuscritos y tratados de Cantería y las escaleras de caracol Coincidiendo con la apertura intelectual que propicia el Renacimiento se publican algunos tratados de arquitectura que contienen capítulos dedicados al corte de las piedras. El primero de ellos es Le premier tome de l’Architecture de Philibert de L’Orme, publicado en 1567 en Francia. En España tenemos constancia de la existencia de numerosos cuadernos profesionales que circulaban entre los canteros. Varias copias de estos manuscritos han llegado hasta nuestros días. Los más completos son sin duda, las dos copias que se conservan del tratado de arquitectura de Alonso de Vandelvira, una en la Biblioteca Nacional y otra en la Biblioteca de la Escuela de Arquitectura de la Universidad Politécnica de Madrid y el manuscrito titulado Cerramientos y trazas de Montea de Ginés Martínez de Aranda. Todas estas colecciones de aparejos, con excepción de la atribuida a Pedro de Albiz, presentan trazas de escaleras de caracol. En los siglos XVII y XVIII los textos en España más interesantes para nuestras investigaciones son, como en el XVI, manuscritos que no llegaron a ver la imprenta. Entre ellos destacan De l’art del picapedrer de Joseph Gelabert y el Cuaderno de Arquitectura de Juan de Portor y Castro. Estos dos textos, que contienen varios aparejos de caracoles, están claramente vinculados con la práctica constructiva a diferencia de los textos impresos del XVIII, como los del Padre Tosca o el de Juan García Berruguilla, que dedican algunos capítulos a cortes de Cantería entre los que incluyen trazas de escaleras, pero desde un punto de vista más teórico. Podemos agrupar las trazas recogidas en los manuscritos y tratados en cinco grandes grupos: el caracol de husillo, el caracol de Mallorca, los caracoles abovedados, los caracoles exentos y los caracoles dobles. El husillo, de procedencia gótica, permanece en la mayoría de nuestros textos con diferentes denominaciones: caracol de husillo, caracol de nabo redondo o caracol macho. Se seguirá construyendo con frecuencia durante todo el periodo de la Edad Moderna. Los ejemplares más bellos presentan el intradós labrado formando un helicoide cilíndrico recto como es el caso del husillo del Monasterio de la Vid o el de la Catedral de Salamanca o un helicoide axial recto como en el de la Capilla de la Comunión en la Catedral de Santiago de Compostela. La diferencia estriba en la unión del intradós y el machón central: una amable tangencia en el primer caso o un encuentro marcado por una hélice en el segundo. El segundo tipo de caracol presente en casi todos los autores es el caracol de Mallorca. Vandelvira, Martínez de Aranda, y posteriormente Portor y Castro lo estudian con detenimiento. Gelabert, a mediados del siglo XVII, nos recordará su origen mediterráneo al presentar el que denomina Caracol de ojo abierto. El Caracol de Mallorca también estará presente en colecciones de aparejos como las atribuidas a Alonso de Guardia y Juan de Aguirre, ambas depositadas en la Biblioteca Nacional y en las compilaciones técnicas del siglo XVIII, de fuerte influencia francesa, aunque en este caso ya sin conservar su apelación original. El Caracol que dicen de Mallorca se extiende por todo el territorio peninsular de la mano de los principales maestros de la cantería. Los helicoides labrados con exquisita exactitud, acompañados de armoniosas molduras, servirán de acceso a espacios más representativos como bibliotecas, archivos, salas, etc. Es la escalera de la luz, como nos recuerda su apelación francesa, vis a jour. Precisamente en Francia, coincidiendo con el renacimiento de la arquitectura clásica se realizan una serie de escaleras de caracol abovedadas, en vis de Saint Gilles. Los tratados franceses, comenzando por De L’Orme, y siguiendo por, Jousse, Derand, Milliet Dechales, De la Hire, De la Rue, Frezier, Rondelet, Adhémar o Leroy, entre otros, recogen en sus escritos el modelo y coinciden en reconocer la dificultad de su trazado y el prestigio que adquirían los canteros al elaborar este tipo de escaleras. El modelo llega nuestras tierras en un momento histórico de productivo intercambio cultural y profesional entre Francia y España. Vandelvira, Martínez de Aranda y Portor y Castro analizan en sus tratados la “vía de San Gil”. En la provincia de Cádiz, en la Iglesia Mayor de Medina Sidonia, se construirá el más perfecto de los caracoles abovedados de la España renacentista. También en la provincia de Cádiz y vinculadas, posiblemente, a los mismos maestros encontramos un curioso grupo de escaleras abovedadas con generatriz circular horizontal. A pesar del extenso catálogo de escaleras presentes en la tratadística española, no aparece ninguna que muestre una mínima relación con ellas. Desde el punto de vista de la geometría, estamos ante uno de los tipos de escaleras que describe Choisy en El arte de construir en Bizancio. Se trata de escaleras abovedadas construidas por hojas y lechos horizontales. Los caracoles abovedados tendrán también su versión poligonal: la vis Saint Gilles quarré o el caracol de emperadores cuadrado en su versión vandelviresca. Las soluciones que dibujan los tratados son de planta cuadrada, pero la ejecución será poligonal en los raros ejemplos construidos, que se encuentran exclusivamente en Francia. Su geometría es compleja: el intradós es una superficie reglada alabeada denominada cilindroide; su trazado requiere una habilidad extrema y al ser un tanto innecesaria desde el punto de vista funcional, fue muy poco construida. Otro tipo de escalera habitual es la que Vandelvira y Martínez de Aranda denominan en sus tratados “caracol exento”. Se trata de una escalera volada alrededor de un pilar, sin apoyo en una caja perimetral y que, por lo tanto, debe trabajar en ménsula. Su función fue servir de acceso a espacios de reducidas dimensiones como púlpitos, órganos o coros. Encontramos ejemplos de estos caracoles exentos en el púlpito de la catedral de Viena y en España, en la subida al coro de la Iglesia arciprestal de Morella en Valencia. El largo repertorio de escaleras de caracol prosigue en los tratados y en las múltiples soluciones que encontramos en arquitecturas civiles y religiosas en toda Europa. Hasta varios caracoles en una sola caja: dobles e incluso triples. Dobles como el conocido de Chambord, o el doble husillo del Convento de Santo Domingo en Valencia, rematado por un caracol de Mallorca; triples como la triple escalera del Convento de Santo Domingo de Bonaval en Santiago de Compostela. La tratadística española recogerá dos tipos de caracoles dobles, el ya comentado en una sola caja, en versiones con y sin machón central, definidos por Martínez de Aranda, Juan de Aguirre, Alonso de Guardia y Joseph Gelabert y el caracol doble formado por dos cajas diferentes y coaxiales. Vandelvira lo define como Caracol de Emperadores. Será el único tipo de caracol que recoja Cristobal de Rojas en su Teoría y Práctica de Fortificación. No hay duda que las escaleras de caracol han formado parte de un privilegiado grupo de elementos constructivos en constante evolución e investigación a lo largo de la historia de la arquitectura en piedra. Desde el cantero más humilde hasta los grandes maestros catedralicios las construyeron y, en muchos casos, crearon modelos nuevos en los pergaminos de sus propias colecciones o directamente sobre la piedra. Estos modelos casi experimentales sirvieron para encontrar trabajo o demostrar un grado de profesionalidad a sus autores, que les hiciera, al mismo tiempo, ganarse el respeto de sus compañeros. Gracias a esto, se inició un proceso ese proceso de investigación y evolución que produjo una diversidad en los tipos, sin precedentes en otros elementos similares, y la transferencia de procedimientos dentro del arte de la cantería. Los grandes autores del mundo de la piedra propusieron multitud de tipos y variantes, sin embargo, el modelo de estereotomía tradicionalmente considerado más complejo y más admirado es un caracol de reducidas dimensiones construido en el siglo XII: la Vis de Saint Gilles. Posiblemente ahí es donde reside la grandeza de este arte.

Analysis of perimeter recombination in the subcells of GaInP/GaAs/Ge triple-junction solar cells

This paper studies the recombination at the perimeter in the subcells that constitute a GaInP/GaAs/Ge lattice-matched triple-junction solar cell. For that, diodes of different sizes and consequently different perimeter/area ratios have been manufactured in single-junction solar cells resembling the subcells in a triple-junction solar cell. It has been found that neither in GaInP nor in Ge solar cells the recombination at the perimeter is significant in devices as small as 500 μm × 500μm(2.5 ⋅ 10 − 3 cm2) in GaInP and 250μm  × 250μm (6.25 ⋅ 10 − 4cm2) in Ge. However, in GaAs, the recombination at the perimeter is not negligible at low voltages even in devices as large as 1cm2, and it is the main limiting recombination factor in the open circuit voltage even at high concentrations in solar cells of 250 μm  × 250μm (6.25 ⋅ 10 − 4 cm2) or smaller. Therefore, the recombination at the perimeter in GaAs should be taken into account when optimizing triple-junction solar cells.

Análisis cinemático de algunos aspectos técnicos del triple salto

Las circunstancias me han decidido a realizar este trabajo, que tiene su origen en motivaciones personales. Así, por haber hecho la especialidad de atletismo y la gran afición que a ella tengo, más el enorme interés que tengo por la biomecánica, vino a mi mente la posibilidad de hacer la tesina sobre biomecánica de atletismo. Con este simple planteamiento concreté a quien orienta este trabajo. Después vino la revisión bibliográfica y las posibilidades en cada especialidad atlética. Quería analizar la técnica de algún movimiento en algunas de las especialidades atléticas, luego la técnica debía de ser determinante del resultado. Haciendo matizaciones sobre esto con el director de tesina determinamos que tenía que ser algún movimiento rápido. Empezó la eliminación de las especialidades, unas por estar ya estudiadas, otras por ser poco determinantes de la técnica, etc. Así hasta quedarme con la especialidad de t riple salto. No obstante en una de las clases de maestría de atletismo que dirige el profesor D. Carlos Álvarez del Villar, el triple salto había sido objeto de discusión biomecánica e hizo que me decidiera definitivamente a realizar el presente trabajo. Había diferentes formas de ejecutar el salto triple y con todas ellas se conseguían buenos resultados. Sobre el tema tenía material para trabajar y por la poca información bibliográfica que había sobre ello me daba la impresión de que era una mina sin explotar. Ahora y cuando el trabajo ya está terminado tengo la impresión de que estoy empezando a aprender la inmensa área que comprende la biomecánica y que el trabajo realizado no es más que la aportación de unos datos para, a partir de ahí. seguir trabajando. Es muy posible que continúe en este campo para futuras investigaciones, ya que como he dicho goza de grandes atractivos para mi. Antes de dar paso a la exposición del trabajo, quiero agradecer la gran ayuda prestada por todos los colaboradores, y muy especialmente al profesor D. Fernando Vizcaíno, quienes con su ánimo, ayuda y orientaciones en los momentos difíciles del trabajo, ha sido posible la culminación del mismo. Agradezco igualmente la colaboración especial de la Real Federación Española de Atletismo, sin cuya ayuda no hubiera siclo posible la realización de las películas.

Raman spectral evidence for hydration forces between collagen triple helices

Hydration forces are thought to result from the energetic cost of water rearrangement near macromolecular surfaces. Raman spectra, collected on the same collagen samples on which these forces were measured, reveal a continuous change in water hydrogen-bonding structure as a function of separation between collagen triple helices. The varying spectral parameters track the force-distance curve. The energetic cost of water “restructuring,” estimated from the spectra, is consistent with the measured energy of intermolecular interaction. These correlations support the idea that the change in water structure underlies the exponentially varying forces seen in this system at least over the 13–18-Å range of interaxial separations.

TROSY in triple-resonance experiments: New perspectives for sequential NMR assignment of large proteins

The NMR assignment of 13C, 15N-labeled proteins with the use of triple resonance experiments is limited to molecular weights below ∼25,000 Daltons, mainly because of low sensitivity due to rapid transverse nuclear spin relaxation during the evolution and recording periods. For experiments that exclusively correlate the amide proton (1HN), the amide nitrogen (15N), and 13C atoms, this size limit has been previously extended by additional labeling with deuterium (2H). The present paper shows that the implementation of transverse relaxation-optimized spectroscopy ([15N,1H]-TROSY) into triple resonance experiments results in several-fold improved sensitivity for 2H/13C/15N-labeled proteins and approximately twofold sensitivity gain for 13C/15N-labeled proteins. Pulse schemes and spectra recorded with deuterated and protonated proteins are presented for the [15N, 1H]-TROSY-HNCA and [15N, 1H]-TROSY-HNCO experiments. A theoretical analysis of the HNCA experiment shows that the primary TROSY effect is on the transverse relaxation of 15N, which is only little affected by deuteration, and predicts sensitivity enhancements that are in close agreement with the experimental data.

The central structural feature of the membrane fusion protein subunit from the Ebola virus glycoprotein is a long triple-stranded coiled coil

The ectodomain of the Ebola virus Gp2 glycoprotein was solubilized with a trimeric, isoleucine zipper derived from GCN4 (pIIGCN4) in place of the hydrophobic fusion peptide at the N terminus. This chimeric molecule forms a trimeric, highly α-helical, and very thermostable molecule, as determined by chemical crosslinking and circular dichroism. Electron microscopy indicates that Gp2 folds into a rod-like structure like influenza HA2 and HIV-1 gp41, providing further evidence that viral fusion proteins from diverse families such as Orthomyxoviridae (Influenza), Retroviridae (HIV-1), and Filoviridae (Ebola) share common structural features, and suggesting a common membrane fusion mechanism.

Protein-free parallel triple-stranded DNA complex formation

A 14 nt DNA sequence 5′-AGAATGTGGCAAAG-3′ from the zinc finger repeat of the human KRAB zinc finger protein gene ZNF91 bearing the intercalator 2-methoxy,6-chloro,9-amino acridine (Acr) attached to the sugar–phosphate backbone in various positions has been shown to form a specific triple helix (triplex) with a 16 bp hairpin (intramolecular) or a two-stranded (intermolecular) duplex having the identical sequence in the same (parallel) orientation. Intramolecular targets with the identical sequence in the antiparallel orientation and a non-specific target sequence were tested as controls. Apparent binding constants for formation of the triplex were determined by quantitating electrophoretic band shifts. Binding of the single-stranded oligonucleotide probe sequence to the target led to an increase in the fluorescence anisotropy of acridine. The parallel orientation of the two identical sequence segments was confirmed by measurement of fluorescence resonance energy transfer between the acridine on the 5′-end of the probe strand as donor and BODIPY-Texas Red on the 3′-amino group of either strand of the target duplex as acceptor. There was full protection from OsO4-bipyridine modification of thymines in the probe strand of the triplex, in accordance with the presumed triplex formation, which excluded displacement of the homologous duplex strand by the probe–intercalator conjugate. The implications of these results for the existence of protein-independent parallel triplexes are discussed.

Detection of competing DNA structures by thermal gradient gel electrophoresis: from self-association to triple helix formation by (G,A)-containing oligonucleotides

Sequence-specific recognition of DNA can be achieved by triple helix-forming oligonucleotides that bind to the major groove of double-helical DNA. These oligonucleotides have been used as sequence-specific DNA ligands for various purposes, including sequence-specific gene regulation in the so-called ‘antigene strategy’. In particular, (G,A)-containing oligonucleotides can form stable triple helices under physiological conditions. However, triplex formation may be in competition with self-association of these oligonucleotides. For biological applications it would be interesting to identify the conditions under which one structure is favoured as compared to the other(s). Here we have directly studied competition between formation of a parallel (G,A) homoduplex and that of a triple helix by a 13 nt (G,A)-containing oligonucleotide. Temperature gradient gel electrophoresis allows simultaneous detection of competition between the two structures, because of their different temperature dependencies and gel electrophoretic mobilities, and characterisation of this competition.

Conditional Synergism between Cryptochrome 1 and Phytochrome B Is Shown by the Analysis of phyA, phyB, and hy4 Simple, Double, and Triple Mutants in Arabidopsis

Wild-type or phyA, phyB, or hy4 mutant Arabidopsis seedlings lacking phytochrome A (phyA), phytochrome B (phyB), or cryptochrome 1 (cry1), respectively, and the double and triple mutants were used in combination with blue-light treatments given simultaneously with red or far-red light. We investigated the interaction between phytochromes and cry1 in the control of hypocotyl growth and cotyledon unfolding. Under conditions deficient for cry1 (short exposures to blue light) or phyB (far-red background), these photoreceptors acted synergistically: Under short exposures to blue light (3 h/d) added to a red-light background, cry1 activity required phyB (e.g. the hy4 mutant was taller than the wild type but the phyBhy4 mutant was not taller than the phyB mutant). Under prolonged exposures to blue light (24 h/d) added to a far-red light background, phyB activity required cry1 (e.g. the phyAphyB mutant was taller than the phyA mutant but the phyAphyBhy4 mutant was not taller than the phyAhy4 mutant). Under more favorable light inputs, i.e. prolonged exposures to blue light added to a red-light background, the effects of cry1 and phyB were independent. Thus, the synergism between phyB and cry1 is conditional. The effect of cry1 was not reduced by the phyA mutation under any tested light condition. Under continuous blue light the triple mutant phyAphyBhy4 showed reduced hypocotyl growth inhibition and cotyledon unfolding compared with the phyAphyB mutant. The action of cry1 in the phyAphyB double mutant was higher under the red-light than the far-red-light background, indicating a synergistic interaction between cry1 and phytochromes C, D, or E; however, a residual action of cry1 independent of any phytochrome is likely to occur.

Molecular mechanics calculations of the riboacetal internucleotide linkage in double and triple helices.

Structures of Watson-Crick base paired 15-nucleobase oligomer strands in A-type or B-type conformation in which one strand [a strand of alternating nucleotide and riboacetal thymidine nucleoside (RT) units, RP] is DNA and the other is composed of alternating nucleotides and riboacetal nucleosides have been studied by molecular mechanics. Analogously, oligomer strands of RNA in place of DNA have been modeled. The calculations indicate that the RP strand is more stable when complexed in an A-type duplex relative to a B-type form and that this conformational preference is presumably due to the more uniform nature of the former. Nearly planar ribose rings were more commonly observed in the minimized structures of the B-type DNA.RP duplexes as compared with A-type duplexes, despite the fact that planar ribofuranose rings are known to be energetically unfavorable in oligonucleotides. Computed relative stabilities of all duplexes containing the RP strand suggest that such heteroduplexes are less stable than the corresponding double-stranded DNA and double-stranded RNA species. These findings are in agreement with experimental results which show, when equivalent sequences were compared, that a DNA.RNA control forms a more stable duplex than RP hound to a complementary single-stranded RNA strand. In contrast, molecular mechanics studies of complementary triple-helical (DNA)2.RP, (DNA)2.DNA, and (DNA)2.RNA structures indicate that the binding of RP as a Hoogsteen strand stabilizes the underlying duplex to a greater extent compared with native oligonucleotides. These calculations suggest that puckering of the ribose ring in the riboacetal linkage leads to a more favorable interaction with a complementary nucleic acid target than the proposed planar geometry and that this puckering may account for the enhanced binding of RP to a double-stranded target.

Stable triple helices formed by oligonucleotide N3'-->P5' phosphoramidates inhibit transcription elongation.

Oligonucleotide analogs with N3'-->P5' phosphoramidate linkages bind to the major groove of double-helical DNA at specific oligopurine.oligopyrimidine sequences. These triple-helical complexes are much more stable than those formed by oligonucleotides with natural phosphodiester linkages. Oligonucleotide phosphoramidates containing thymine and cytosine or thymine, cytosine, and guanine bind strongly to the polypurine tract of human immunodeficiency virus proviral DNA under physiological conditions. Site-specific cleavage by the Dra I restriction enzyme at the 5' end of the polypurine sequence was inhibited by triplex formation. A eukaryotic transcription assay was used to investigate the effect of oligophosphoramidate binding to the polypurine tract sequence on transcription of the type 1 human immunodeficiency virus nef gene under the control of a cytomegalovirus promoter. An efficient arrest of RNA polymerase II was observed at the specific triplex site at submicromolar concentrations.

A molecular anchor for stabilizing triple-helical DNA.

Molecular modeling has been used to predict that 2,6-disubstituted amidoanthraquinones, and not the 1,4 series, should preferentially interact with and stabilize triple-stranded DNA structures over duplex DNA. This is due to marked differences in the nature of chromophore-base stacking and groove accessibility for the two series. A DNA foot-printing method that monitors the extent of protection from DNase I cleavage on triplex formation has been used to examine the effects of a number of synthetic isomer compounds in the 1,4 and 2,6 series. The experimental results are in accord with the predicted behavior and confirm that the 1,4 series bind preferentially to double- rather than triple-stranded DNA, whereas the isomeric 2,6 derivatives markedly favor binding to triplex DNA.