Detection and pattern recognition applied to leaves and chromosomes

The Project you are about to see it is based on the technologies used on object detection and recognition, especially on leaves and chromosomes. To do so, this document contains the typical parts of a scientific paper, as it is what it is. It is composed by an Abstract, an Introduction, points that have to do with the investigation area, future work, conclusions and references used for the elaboration of the document. The Abstract talks about what are we going to find in this paper, which is technologies employed on pattern detection and recognition for leaves and chromosomes and the jobs that are already made for cataloguing these objects. In the introduction detection and recognition meanings are explained. This is necessary as many papers get confused with these terms, specially the ones talking about chromosomes. Detecting an object is gathering the parts of the image that are useful and eliminating the useless parts. Summarizing, detection would be recognizing the objects borders. When talking about recognition, we are talking about the computers or the machines process, which says what kind of object we are handling. Afterwards we face a compilation of the most used technologies in object detection in general. There are two main groups on this category: Based on derivatives of images and based on ASIFT points. The ones that are based on derivatives of images have in common that convolving them with a previously created matrix does the treatment of them. This is done for detecting borders on the images, which are changes on the intensity of the pixels. Within these technologies we face two groups: Gradian based, which search for maximums and minimums on the pixels intensity as they only use the first derivative. The Laplacian based methods search for zeros on the pixels intensity as they use the second derivative. Depending on the level of details that we want to use on the final result, we will choose one option or the other, because, as its logic, if we used Gradian based methods, the computer will consume less resources and less time as there are less operations, but the quality will be worse. On the other hand, if we use the Laplacian based methods we will need more time and resources as they require more operations, but we will have a much better quality result. After explaining all the derivative based methods, we take a look on the different algorithms that are available for both groups. The other big group of technologies for object recognition is the one based on ASIFT points, which are based on 6 image parameters and compare them with another image taking under consideration these parameters. These methods disadvantage, for our future purposes, is that it is only valid for one single object. So if we are going to recognize two different leaves, even though if they refer to the same specie, we are not going to be able to recognize them with this method. It is important to mention these types of technologies as we are talking about recognition methods in general. At the end of the chapter we can see a comparison with pros and cons of all technologies that are employed. Firstly comparing them separately and then comparing them all together, based on our purposes. Recognition techniques, which are the next chapter, are not really vast as, even though there are general steps for doing object recognition, every single object that has to be recognized has its own method as the are different. This is why there is not a general method that we can specify on this chapter. We now move on into leaf detection techniques on computers. Now we will use the technique explained above based on the image derivatives. Next step will be to turn the leaf into several parameters. Depending on the document that you are referring to, there will be more or less parameters. Some papers recommend to divide the leaf into 3 main features (shape, dent and vein] and doing mathematical operations with them we can get up to 16 secondary features. Next proposition is dividing the leaf into 5 main features (Diameter, physiological length, physiological width, area and perimeter] and from those, extract 12 secondary features. This second alternative is the most used so it is the one that is going to be the reference. Following in to leaf recognition, we are based on a paper that provides a source code that, clicking on both leaf ends, it automatically tells to which specie belongs the leaf that we are trying to recognize. To do so, it only requires having a database. On the tests that have been made by the document, they assure us a 90.312% of accuracy over 320 total tests (32 plants on the database and 10 tests per specie]. Next chapter talks about chromosome detection, where we shall pass the metaphasis plate, where the chromosomes are disorganized, into the karyotype plate, which is the usual view of the 23 chromosomes ordered by number. There are two types of techniques to do this step: the skeletonization process and swiping angles. Skeletonization progress consists on suppressing the inside pixels of the chromosome to just stay with the silhouette. This method is really similar to the ones based on the derivatives of the image but the difference is that it doesnt detect the borders but the interior of the chromosome. Second technique consists of swiping angles from the beginning of the chromosome and, taking under consideration, that on a single chromosome we cannot have more than an X angle, it detects the various regions of the chromosomes. Once the karyotype plate is defined, we continue with chromosome recognition. To do so, there is a technique based on the banding that chromosomes have (grey scale bands] that make them unique. The program then detects the longitudinal axis of the chromosome and reconstructs the band profiles. Then the computer is able to recognize this chromosome. Concerning the future work, we generally have to independent techniques that dont reunite detection and recognition, so our main focus would be to prepare a program that gathers both techniques. On the leaf matter we have seen that, detection and recognition, have a link as both share the option of dividing the leaf into 5 main features. The work that would have to be done is to create an algorithm that linked both methods, as in the program, which recognizes leaves, it has to be clicked both leaf ends so it is not an automatic algorithm. On the chromosome side, we should create an algorithm that searches for the beginning of the chromosome and then start to swipe angles, to later give the parameters to the program that searches for the band profiles. Finally, on the summary, we explain why this type of investigation is needed, and that is because with global warming, lots of species (animals and plants] are beginning to extinguish. That is the reason why a big database, which gathers all the possible species, is needed. For recognizing animal species, we just only have to have the 23 chromosomes. While recognizing a plant, there are several ways of doing it, but the easiest way to input a computer is to scan the leaf of the plant. RESUMEN. El proyecto que se puede ver a continuación trata sobre las tecnologías empleadas en la detección y reconocimiento de objetos, especialmente de hojas y cromosomas. Para ello, este documento contiene las partes típicas de un paper de investigación, puesto que es de lo que se trata. Así, estará compuesto de Abstract, Introducción, diversos puntos que tengan que ver con el área a investigar, trabajo futuro, conclusiones y biografía utilizada para la realización del documento. Así, el Abstract nos cuenta qué vamos a poder encontrar en este paper, que no es ni más ni menos que las tecnologías empleadas en el reconocimiento y detección de patrones en hojas y cromosomas y qué trabajos hay existentes para catalogar a estos objetos. En la introducción se explican los conceptos de qué es la detección y qué es el reconocimiento. Esto es necesario ya que muchos papers científicos, especialmente los que hablan de cromosomas, confunden estos dos términos que no podían ser más sencillos. Por un lado tendríamos la detección del objeto, que sería simplemente coger las partes que nos interesasen de la imagen y eliminar aquellas partes que no nos fueran útiles para un futuro. Resumiendo, sería reconocer los bordes del objeto de estudio. Cuando hablamos de reconocimiento, estamos refiriéndonos al proceso que tiene el ordenador, o la máquina, para decir qué clase de objeto estamos tratando. Seguidamente nos encontramos con un recopilatorio de las tecnologías más utilizadas para la detección de objetos, en general. Aquí nos encontraríamos con dos grandes grupos de tecnologías: Las basadas en las derivadas de imágenes y las basadas en los puntos ASIFT. El grupo de tecnologías basadas en derivadas de imágenes tienen en común que hay que tratar a las imágenes mediante una convolución con una matriz creada previamente. Esto se hace para detectar bordes en las imágenes que son básicamente cambios en la intensidad de los píxeles. Dentro de estas tecnologías nos encontramos con dos grupos: Los basados en gradientes, los cuales buscan máximos y mínimos de intensidad en la imagen puesto que sólo utilizan la primera derivada; y los Laplacianos, los cuales buscan ceros en la intensidad de los píxeles puesto que estos utilizan la segunda derivada de la imagen. Dependiendo del nivel de detalles que queramos utilizar en el resultado final nos decantaremos por un método u otro puesto que, como es lógico, si utilizamos los basados en el gradiente habrá menos operaciones por lo que consumirá más tiempo y recursos pero por la contra tendremos menos calidad de imagen. Y al revés pasa con los Laplacianos, puesto que necesitan más operaciones y recursos pero tendrán un resultado final con mejor calidad. Después de explicar los tipos de operadores que hay, se hace un recorrido explicando los distintos tipos de algoritmos que hay en cada uno de los grupos. El otro gran grupo de tecnologías para el reconocimiento de objetos son los basados en puntos ASIFT, los cuales se basan en 6 parámetros de la imagen y la comparan con otra imagen teniendo en cuenta dichos parámetros. La desventaja de este método, para nuestros propósitos futuros, es que sólo es valido para un objeto en concreto. Por lo que si vamos a reconocer dos hojas diferentes, aunque sean de la misma especie, no vamos a poder reconocerlas mediante este método. Aún así es importante explicar este tipo de tecnologías puesto que estamos hablando de técnicas de reconocimiento en general. Al final del capítulo podremos ver una comparación con los pros y las contras de todas las tecnologías empleadas. Primeramente comparándolas de forma separada y, finalmente, compararemos todos los métodos existentes en base a nuestros propósitos. Las técnicas de reconocimiento, el siguiente apartado, no es muy extenso puesto que, aunque haya pasos generales para el reconocimiento de objetos, cada objeto a reconocer es distinto por lo que no hay un método específico que se pueda generalizar. Pasamos ahora a las técnicas de detección de hojas mediante ordenador. Aquí usaremos la técnica explicada previamente explicada basada en las derivadas de las imágenes. La continuación de este paso sería diseccionar la hoja en diversos parámetros. Dependiendo de la fuente a la que se consulte pueden haber más o menos parámetros. Unos documentos aconsejan dividir la morfología de la hoja en 3 parámetros principales (Forma, Dentina y ramificación] y derivando de dichos parámetros convertirlos a 16 parámetros secundarios. La otra propuesta es dividir la morfología de la hoja en 5 parámetros principales (Diámetro, longitud fisiológica, anchura fisiológica, área y perímetro] y de ahí extraer 12 parámetros secundarios. Esta segunda propuesta es la más utilizada de todas por lo que es la que se utilizará. Pasamos al reconocimiento de hojas, en la cual nos hemos basado en un documento que provee un código fuente que cucando en los dos extremos de la hoja automáticamente nos dice a qué especie pertenece la hoja que estamos intentando reconocer. Para ello sólo hay que formar una base de datos. En los test realizados por el citado documento, nos aseguran que tiene un índice de acierto del 90.312% en 320 test en total (32 plantas insertadas en la base de datos por 10 test que se han realizado por cada una de las especies]. El siguiente apartado trata de la detección de cromosomas, en el cual se debe de pasar de la célula metafásica, donde los cromosomas están desorganizados, al cariotipo, que es como solemos ver los 23 cromosomas de forma ordenada. Hay dos tipos de técnicas para realizar este paso: Por el proceso de esquelotonización y barriendo ángulos. El proceso de esqueletonización consiste en eliminar los píxeles del interior del cromosoma para quedarse con su silueta; Este proceso es similar a los métodos de derivación de los píxeles pero se diferencia en que no detecta bordes si no que detecta el interior de los cromosomas. La segunda técnica consiste en ir barriendo ángulos desde el principio del cromosoma y teniendo en cuenta que un cromosoma no puede doblarse más de X grados detecta las diversas regiones de los cromosomas. Una vez tengamos el cariotipo, se continua con el reconocimiento de cromosomas. Para ello existe una técnica basada en las bandas de blancos y negros que tienen los cromosomas y que son las que los hacen únicos. Para ello el programa detecta los ejes longitudinales del cromosoma y reconstruye los perfiles de las bandas que posee el cromosoma y que lo identifican como único. En cuanto al trabajo que se podría desempeñar en el futuro, tenemos por lo general dos técnicas independientes que no unen la detección con el reconocimiento por lo que se habría de preparar un programa que uniese estas dos técnicas. Respecto a las hojas hemos visto que ambos métodos, detección y reconocimiento, están vinculados debido a que ambos comparten la opinión de dividir las hojas en 5 parámetros principales. El trabajo que habría que realizar sería el de crear un algoritmo que conectase a ambos ya que en el programa de reconocimiento se debe clicar a los dos extremos de la hoja por lo que no es una tarea automática. En cuanto a los cromosomas, se debería de crear un algoritmo que busque el inicio del cromosoma y entonces empiece a barrer ángulos para después poder dárselo al programa que busca los perfiles de bandas de los cromosomas. Finalmente, en el resumen se explica el por qué hace falta este tipo de investigación, esto es que con el calentamiento global, muchas de las especies (tanto animales como plantas] se están empezando a extinguir. Es por ello que se necesitará una base de datos que contemple todas las posibles especies tanto del reino animal como del reino vegetal. Para reconocer a una especie animal, simplemente bastará con tener sus 23 cromosomas; mientras que para reconocer a una especie vegetal, existen diversas formas. Aunque la más sencilla de todas es contar con la hoja de la especie puesto que es el elemento más fácil de escanear e introducir en el ordenador.

Advanced system of planning and organization of classes at the university

This document is the result of a process of web development to create a tool that will allow to Cracow University of Technology consult, create and manage timetables. The technologies chosen for this purpose are Apache Tomcat Server, My SQL Community Server, JDBC driver, Java Servlets and JSPs for the server side. The client part counts on Javascript, jQuery, AJAX and CSS technologies to perform the dynamism. The document will justify the choice of these technologies and will explain some development tools that help in the integration and development of all this elements: specifically, NetBeans IDE and MySQL workbench have been used as helpful tools. After explaining all the elements involved in the development of the web application, the architecture and the code developed are explained through UML diagrams. Some implementation details related to security are also deeper explained through sequence diagrams. As the source code of the application is provided, an installation manual has been developed to run the project. In addition, as the platform is intended to be a beta that will be grown, some unimplemented ideas for future development are also exposed. Finally, some annexes with important files and scripts related to the initiation of the platform are attached. This project started through an existing tool that needed to be expanded. The main purpose of the project along its development has focused on setting the roots for a whole new platform that will replace the existing one. For this goal, it has been needed to make a deep inspection on the existing web technologies: a web server and a SQL database had to be chosen. Although the alternatives were a lot, Java technology for the server was finally selected because of the big community backwards, the easiness of modelling the language through UML diagrams and the fact of being free license software. Apache Tomcat is the open source server that can use Java Servlet and JSP technology. Related to the SQL database, MySQL Community Server is the most popular open-source SQL Server, with a big community after and quite a lot of tools to manage the server. JDBC is the driver needed to put in contact Java and MySQL. Once we chose the technologies that would be part of the platform, the development process started. After a detailed explanation of the development environment installation, we used UML use case diagrams to set the main tasks of the platform; UML class diagrams served to establish the existing relations between the classes generated; the architecture of the platform was represented through UML deployment diagrams; and Enhanced entity–relationship (EER) model were used to define the tables of the database and their relationships. Apart from the previous diagrams, some implementation issues were explained to make a better understanding of the developed code - UML sequence diagrams helped to explain this. Once the whole platform was properly defined and developed, the performance of the application has been shown: it has been proved that with the current state of the code, the platform covers the use cases that were set as the main target. Nevertheless, some requisites needed for the proper working of the platform have been specified. As the project is aimed to be grown, some ideas that could not be added to this beta have been explained in order not to be missed for future development. Finally, some annexes containing important configuration issues for the platform have been added after proper explanation, as well as an installation guide that will let a new developer get the project ready. In addition to this document some other files related to the project are provided: - Javadoc. The Javadoc containing the information of every Java class created is necessary for a better understanding of the source code. - database_model.mwb. This file contains the model of the database for MySQL Workbench. This model allows, among other things, generate the MySQL script for the creation of the tables. - ScheduleManager.war. The WAR file that will allow loading the developed application into Tomcat Server without using NetBeans. - ScheduleManager.zip. The source code exported from NetBeans project containing all Java packages, JSPs, Javascript files and CSS files that are part of the platform. - config.properties. The configuration file to properly get the names and credentials to use the database, also explained in Annex II. Example of config.properties file. - db_init_script.sql. The SQL query to initiate the database explained in Annex III. SQL statements for MySQL initialization. RESUMEN. Este proyecto tiene como punto de partida la necesidad de evolución de una herramienta web existente. El propósito principal del proyecto durante su desarrollo se ha centrado en establecer las bases de una completamente nueva plataforma que reemplazará a la existente. Para lograr esto, ha sido necesario realizar una profunda inspección en las tecnologías web existentes: un servidor web y una base de datos SQL debían ser elegidos. Aunque existen muchas alternativas, la tecnología Java ha resultado ser elegida debido a la gran comunidad de desarrolladores que tiene detrás, además de la facilidad que proporciona este lenguaje a la hora de modelarlo usando diagramas UML. Tampoco hay que olvidar que es una tecnología de uso libre de licencia. Apache Tomcat es el servidor de código libre que permite emplear Java Servlets y JSPs para hacer uso de la tecnología de Java. Respecto a la base de datos SQL, el servidor más popular de código libre es MySQL, y cuenta también con una gran comunidad detrás y buenas herramientas de modelado, creación y gestión de la bases de datos. JDBC es el driver que va a permitir comunicar las aplicaciones Java con MySQL. Tras elegir las tecnologías que formarían parte de esta nueva plataforma, el proceso de desarrollo tiene comienzo. Tras una extensa explicación de la instalación del entorno de desarrollo, se han usado diagramas de caso de UML para establecer cuáles son los objetivos principales de la plataforma; los diagramas de clases nos permiten realizar una organización del código java desarrollado de modo que sean fácilmente entendibles las relaciones entre las diferentes clases. La arquitectura de la plataforma queda definida a través de diagramas de despliegue. Por último, diagramas EER van a definir las relaciones entre las tablas creadas en la base de datos. Aparte de estos diagramas, algunos detalles de implementación se van a justificar para tener una mejor comprensión del código desarrollado. Diagramas de secuencia ayudarán en estas explicaciones. Una vez que toda la plataforma haya quedad debidamente definida y desarrollada, se va a realizar una demostración de la misma: se demostrará cómo los objetivos generales han sido alcanzados con el desarrollo actual del proyecto. No obstante, algunos requisitos han sido aclarados para que la plataforma trabaje adecuadamente. Como la intención del proyecto es crecer (no es una versión final), algunas ideas que se han podido llevar acabo han quedado descritas de manera que no se pierdan. Por último, algunos anexos que contienen información importante acerca de la plataforma se han añadido tras la correspondiente explicación de su utilidad, así como una guía de instalación que va a permitir a un nuevo desarrollador tener el proyecto preparado. Junto a este documento, ficheros conteniendo el proyecto desarrollado quedan adjuntos. Estos ficheros son: - Documentación Javadoc. Contiene la información de las clases Java que han sido creadas. - database_model.mwb. Este fichero contiene el modelo de la base de datos para MySQL Workbench. Esto permite, entre otras cosas, generar el script de iniciación de la base de datos para la creación de las tablas. - ScheduleManager.war. El fichero WAR que permite desplegar la plataforma en un servidor Apache Tomcat. - ScheduleManager.zip. El código fuente exportado directamente del proyecto de Netbeans. Contiene todos los paquetes de Java generados, ficheros JSPs, Javascript y CSS que forman parte de la plataforma. - config.properties. Ejemplo del fichero de configuración que permite obtener los nombres de la base de datos - db_init_script.sql. Las consultas SQL necesarias para la creación de la base de datos.

Embedding logical frameworks in scala

El Framework Lógico de Edimburgo ha demostrado ser una poderosa herramienta en el estudio formal de sistemas deductivos, como por ejemplo lenguajes de programación. Sin embargo su principal implementación, el sistema Twelf, carece de expresividad, obligando al programador a escribir código repetitivo. Este proyecto presenta una manera alternativa de utilizar Twelf: a través de un EDSL (Lenguaje Embebido de Dominio Específico) en Scala que permite representar firmas del Framework Lógico, y apoyándonos en Twelf como backend para la verificación, abrimos la puerta a diversas posibilidades en términos de metaprogramación. El código fuente, así como instrucciones para instalar y configurar, está accesible en https://github.com/akathorn/elfcala. ---ABSTRACT---The Edinburgh Logical Framework has proven to be to be a powerful tool in the formal study of deductive systems, such as programming languages. However, its main implementation, the Twelf system, lacks expressiveness, requiring the programmer to write repetitive code. This project presents an alternative way of using Twelf: by providing a Scala EDSL (Embedded Domain Specific Language) that can encode Logical Framework signatures and relying on Twelf as a backend for the verification, we open the door to different possibilities in terms of metaprogramming. The source code, along with instructions to install and configure, is accessible at https://github.com/akathorn/elfcala

Editor web de conexiones para la creación visual de aplicaciones composicionales mediante mashup

A lo largo de este documento se describe el trabajo llevado a cabo para el logro de todos objetivos de este Trabajo Fin de Grado, el cual tiene como objetivo principal la mejora de la herramienta de edición de las conexiones internas de un mashup proporcionada actualmente por la plataforma web WireCloud. WireCloud es una plataforma web centrada en la construcción visual de mashups de aplicaciones a partir de la interconexión de pequeñas aplicaciones web denominadas widgets. Los principales inconvenientes presentes en el actual editor de conexiones que incluye esta plataforma afectan principalmente a sus usuarios con poca experiencia en diseño web. Estos usuarios tienen dificultades a la hora de interpretar el esquema de conexiones de un mashup ajeno y también, de crear el esquema de conexiones de un mashup propio. La mejora realizada supone un cambio en la metáfora utilizada para la creación de las conexiones, que ahora se organiza en torno a unidades conceptuales denominadas comportamientos que representan subconjuntos cohesionados de conexiones con significado (representando por si mismos comportamientos relevantes del mashup). Con este cambio se logra solventar los inconvenientes que presenta el actual sistema, principalmente la necesidad de crear (y visualizar) simultáneamente todas las conexiones requeridas por el mashup, lo cual supone que: a) es difícil identificar con qué propósito se ha creado cada conexión y qué relación guardan unas conexiones con otras. b) existe un riesgo de olvidar alguna conexión, fundamentalmente por ser difícil la interpretación del propósito de cada conexión y por la imposibilidad de identificar y nombrar conjuntos de conexiones que tienen un propósito determinado. Antes de implementar el código fuente se realizó un estudio pormenorizado de las tecnologías que actualmente utiliza WireCloud, además de un estudio en profundidad de la situación del anterior editor y de las nuevas características y ventajas buscadas en este nuevo editor. Con este último propósito se definieron varios casos de estudio que ayudaron a concretar qué se ha de entender por un comportamiento en el diseño de las conexiones de un mashup y también, ayudaron a definir la mejor organización visual del nuevo editor en torno al concepto de comportamiento. El resto del trabajo consistió en la implementación del nuevo editor y en la elaboración de toda la documentación relacionada: principalmente el manual de uso del nuevo editor que estará disponible como parte de la documentación online de WireCloud.---ABSTRACT---This document describes the work carried out for the achievement of all targets of this Final Project, which has as its main objective the improvement of the edition tool of the mashup’s internal connections that is currently provided by WireCloud. WireCloud is a web platform focused on building visual of web mashups from the interconnection of web applications called web widgets. The main drawbacks present in the current web editor of connections, includes on this platform, mainly affect to users with little experience in web design. These users have difficulties for interpreting the wiring diagram of any web mashup and also, creating the wiring diagram of an own web mashup. The improvement made a change in the metaphor used for creating connections, now managing a conceptual units called behaviors that represent subsets of meaningful connections. This change overcomes the drawbacks of the current system, mainly the need to create and display simultaneously all connections required by the web mashup, which means that: a) Difficultly identify what purpose is created each connection and how they relate to each other connections. b) There is the risk of forgetting some connection, mainly for being difficult to interpret the purpose of each connection and the inability to identify and name sets of connections that have a specific purpose. Before deploying the source code, the study of the technologies currently used WireCloud was performed, plus the study of the situation of the previous editor and new features and advantages searched for this new editor was performed too. For the latter purpose was defined several case studies that helped to specify what understood by behavior in the design of the connections of a web mashup and also that helped to define the best visual organization of the new behavior-oriented wiring editor. The rest of the work involved in implementing the new wiring web editor and in the preparation of all documentation related: mainly user manual for using the new wiring web editor that will be available as part of the WireCloud online documentation.

Integración de SSN con una ontología de servicios

Los servicios en red que conocemos actualmente están basados en documentos y enlaces de hipertexto que los relacionan entre sí sin aportar verdadera información acerca de los contenidos que representan. Podría decirse que se trata de “una red diseñada por personas para ser interpretada por personas”. El objetivo principal de los últimos años es encaminar esta red hacia una web de conocimiento, en la que la información pueda ser interpretada por agentes computerizados de manera automática. Para llevar a cabo esta transformación es necesaria la utilización de nuevas tecnologías especialmente diseñadas para la descripción de contenidos como son las ontologías. Si bien las redes convencionales están evolucionando, no son las únicas que lo están haciendo. El rápido crecimiento de las redes de sensores y el importante aumento en el número de dispositivos conectados a internet, hace necesaria la incorporación de tecnologías de la web semántica a este tipo de redes. Para la realización de este Proyecto de Fin de Carrera se utilizará la ontología SSN, diseñada para la descripción semántica de sensores y las redes de las que forman parte con el fin de permitir una mejor interacción entre los dispositivos y los sistemas que hacen uso de ellos. El trabajo desarrollado a lo largo de este Proyecto de Fin de Carrera gira en torno a esta ontología, siendo el principal objetivo la generación semiautomática de código a partir de un modelo de sistemas descrito en función de las clases y propiedades proporcionadas por SSN. Para alcanzar este fin se dividirá el proyecto en varias partes. Primero se realizará un análisis de la ontología mencionada. A continuación se describirá un sistema simulado de sensores y por último se implementarán las aplicaciones para la generación automática de interfaces y la representación gráfica de los dispositivos del sistema a partir de la representación del éste en un fichero de tipo OWL. ABSTRACT. The web we know today is based on documents and hypertext links that relate these documents with each another, without providing consistent information about the contents they represent. It could be said that its a network designed by people to be used by people. The main goal of the last couple of years is to guide this network into a web of knowledge, where information can be automatically processed by machines. This transformation, requires the use of new technologies specially designed for content description such as ontologies. Nowadays, conventional networks are not the only type of networks evolving. The use of sensor networks and the number of sensor devices connected to the Internet is rapidly increasing, making the use the integration of semantic web technologies to this kind of networks completely necessary. The SSN ontology will be used for the development of this Final Degree Dissertation. This ontology was design to semantically describe sensors and the networks theyre part of, allowing a better interaction between devices and the systems that use them. The development carried through this Final Degree Dissertation revolves around this ontology and aims to achieve semiautomatic code generation starting from a system model described based on classes and properties provided by SSN. To reach this goal, de Dissertation will be divided in several parts. First, an analysis about the mentioned ontology will be made. Following this, a simulated sensor system will be described, and finally, the implementation of the applications will take place. One of these applications will automatically generate de interfaces and the other one will graphically represents the devices in the sensor system, making use of the system representation in an OWL file.

PRISMA: Model-driven development of aspect-oriented software architectures

This summary presents a methodology for supporting the development of AOSAs following the MDD paradigm. This new methodology is called PRISMA and allows the code generation from models which specify functional and non-functional requirements.

NURBS-Based Geometry Parameterization for Aerodynamic Shape Optimization

La motivación de esta tesis es el desarrollo de una herramienta de optimización automática para la mejora del rendimiento de formas aerodinámicas enfocado en la industria aeronáutica. Este trabajo cubre varios aspectos esenciales, desde el empleo de Non-Uniform Rational B-Splines (NURBS), al cálculo de gradientes utilizando la metodología del adjunto continuo, el uso de b-splines volumétricas como parámetros de diseño, el tratamiento de la malla en las intersecciones, y no menos importante, la adaptación de los algoritmos de la dinámica de fluidos computacional (CFD) en arquitecturas hardware de alto paralelismo, como las tarjetas gráficas, para acelerar el proceso de optimización. La metodología adjunta ha posibilitado que los métodos de optimización basados en gradientes sean una alternativa prometedora para la mejora de la eficiencia aerodinámica de los aviones. La formulación del adjunto permite calcular los gradientes de una función de coste, como la resistencia aerodinámica o la sustentación, independientemente del número de variables de diseño, a un coste computacional equivalente a una simulación CFD. Sin embargo, existen problemas prácticos que han imposibilitado su aplicación en la industria, que se pueden resumir en: integrabilidad, rendimiento computacional y robustez de la solución adjunta. Este trabajo aborda estas contrariedades y las analiza en casos prácticos. Como resumen, las contribuciones de esta tesis son: • El uso de NURBS como variables de diseño en un bucle de automático de optimización, aplicado a la mejora del rendimiento aerodinámico de alas en régimen transónico. • El desarrollo de algoritmos de inversión de punto, para calcular las coordenadas paramétricas de las coordenadas espaciales, para ligar los vértices de malla a las NURBS. • El uso y validación de la formulación adjunta para el calculo de los gradientes, a partir de las sensibilidades de la solución adjunta, comparado con diferencias finitas. • Se ofrece una estrategia para utilizar la geometría CAD, en forma de parches NURBS, para tratar las intersecciones, como el ala-fuselaje. • No existen muchas alternativas de librerías NURBS viables. En este trabajo se ha desarrollado una librería, DOMINO NURBS, y se ofrece a la comunidad como código libre y abierto. • También se ha implementado un código CFD en tarjeta gráfica, para realizar una valoración de cómo se puede adaptar un código sobre malla no estructurada a arquitecturas paralelas. • Finalmente, se propone una metodología, basada en la función de Green, como una forma eficiente de paralelizar simulaciones numéricas. Esta tesis ha sido apoyada por las actividades realizadas por el Área de Dinámica da Fluidos del Instituto Nacional de Técnica Aeroespacial (INTA), a través de numerosos proyectos de financiación nacional: DOMINO, SIMUMAT, y CORESFMULAERO. También ha estado en consonancia con las actividades realizadas por el departamento de Métodos y Herramientas de Airbus España y con el grupo Investigación y Tecnología Aeronáutica Europeo (GARTEUR), AG/52. ABSTRACT The motivation of this work is the development of an automatic optimization strategy for large scale shape optimization problems that arise in the aeronautics industry to improve the aerodynamic performance; covering several aspects from the use of Non-Uniform Rational B-Splines (NURBS), the calculation of the gradients with the continuous adjoint formulation, the development of volumetric b-splines parameterization, mesh adaptation and intersection handling, to the adaptation of Computational Fluid Dynamics (CFD) algorithms to take advantage of highly parallel architectures in order to speed up the optimization process. With the development of the adjoint formulation, gradient-based methods for aerodynamic optimization become a promising approach to improve the aerodynamic performance of aircraft designs. The adjoint methodology allows the evaluation the gradients to all design variables of a cost function, such as drag or lift, at the equivalent cost of more or less one CFD simulation. However, some practical problems have been delaying its full implementation to the industry, which can be summarized as: integrability, computer performance, and adjoint robustness. This work tackles some of these issues and analyse them in well-known test cases. As summary, the contributions comprises: • The employment of NURBS as design variables in an automatic optimization loop for the improvement of the aerodynamic performance of aircraft wings in transonic regimen. • The development of point inversion algorithms to calculate the NURBS parametric coordinates from the space coordinates, to link with the computational grid vertex. • The use and validation of the adjoint formulation to calculate the gradients from the surface sensitivities in an automatic optimization loop and evaluate its reliability, compared with finite differences. • This work proposes some algorithms that take advantage of the underlying CAD geometry description, in the form of NURBS patches, to handle intersections and mesh adaptations. • There are not many usable libraries for NURBS available. In this work an open source library DOMINO NURBS has been developed and is offered to the community as free, open source code. • The implementation of a transonic CFD solver from scratch in a graphic card, for an assessment of the implementability of conventional CFD solvers for unstructured grids to highly parallel architectures. • Finally, this research proposes the use of the Green's function as an efficient paralellization scheme of numerical solvers. The presented work has been supported by the activities carried out at the Fluid Dynamics branch of the National Institute for Aerospace Technology (INTA) through national founding research projects: DOMINO, SIMUMAT, and CORESIMULAERO; in line with the activities carried out by the Methods and Tools and Flight Physics department at Airbus and the Group for Aeronautical Research and Technology in Europe (GARTEUR) action group AG/52.

A proposal for a model-based approach for adapting software configuration to runtime environments

Las metodologías de desarrollo ágiles han sufrido un gran auge en entornos industriales durante los últimos años debido a la rapidez y fiabilidad de los procesos de desarrollo que proponen. La filosofía DevOps y específicamente las metodologías derivadas de ella como Continuous Delivery o Continuous Deployment promueven la gestión completamente automatizada del ciclo de vida de las aplicaciones, desde el código fuente a las aplicaciones ejecutándose en entornos de producción. La automatización se ve como un medio para producir procesos repetibles, fiables y rápidos. Sin embargo, no todas las partes de las metodologías Continuous están completamente automatizadas. En particular, la gestión de la configuración de los parámetros de ejecución es un problema que ha sido acrecentado por la elasticidad y escalabilidad que proporcionan las tecnologías de computación en la nube. La mayoría de las herramientas de despliegue actuales pueden automatizar el despliegue de la configuración de parámetros de ejecución, pero no ofrecen soporte a la hora de fijar esos parámetros o de validar los ficheros que despliegan, principalmente debido al gran abanico de opciones de configuración y el hecho de que el valor de muchos de esos parámetros es fijado en base a preferencias expresadas por el usuario. Esto hecho hace que pueda parecer que cualquier solución al problema debe estar ajustada a una aplicación específica en lugar de ofrecer una solución general. Con el objetivo de solucionar este problema, propongo un modelo de configuración que puede ser inferido a partir de instancias de configuración existentes y que puede reflejar las preferencias de los usuarios para ser usado para facilitar los procesos de configuración. El modelo de configuración puede ser usado como la base de un proceso de configuración interactivo capaz de guiar a un operador humano a través de la configuración de una aplicación para su despliegue en un entorno determinado o para detectar cambios de configuración automáticamente y producir una configuración válida que se ajuste a esos cambios. Además, el modelo de configuración debería ser gestionado como si se tratase de cualquier otro artefacto software y debería ser incorporado a las prácticas de gestión habituales. Por eso también propongo un modelo de gestión de servicios que incluya información relativa a la configuración de parámetros de ejecución y que además es capaz de describir y gestionar propuestas arquitectónicas actuales tales como los arquitecturas de microservicios. ABSTRACT Agile development methodologies have risen in popularity within the industry in recent years due to the speed and reliability of the processes they propose. The DevOps philosophy and specifically the methodologies derived from it such as Continuous Delivery and Continuous Deployment push for a totally automated management of the application lifecycle, from the source code to the software running in production environment. Automation in this regard is used as a means to produce repeatable, reliable and fast processes. However, not all parts of the Continuous methodologies are completely automatized. In particular, management of runtime parameter configuration is a problem that has increased its impact in deployment process due to the scalability and elasticity provided by cloud technologies. Most deployment tools nowadays can automate the deployment of runtime parameter configuration, but they offer no support for parameter setting o configuration validation, as the range of different configuration options and the fact that the value of many of those parameters is based on user preference seems to imply that any solution to the problem will have to be tailored to a specific application. With the aim to solve this problem I propose a configuration model that can be inferred from existing configurations and reflect user preferences in order to ease the configuration process. The configuration model can be used as the base of an interactive configuration process capable of guiding a human operator through the configuration of an application for its deployment in a specific environment or to automatically detect configuration changes and produce valid runtime parameter configurations that take into account those changes. Additionally, the configuration model should be managed as any other software artefact and should be incorporated into current management practices. I also propose a service management model that includes the configuration information and that is able to describe and manage current architectural practices such as the microservices architecture.

Herramienta de medida y visualización de prestaciones basada en eventos para especificaciones RVC-CAL

Este proyecto fin de grado presenta dos herramientas, Papify y Papify-Viewer, para medir y visualizar, respectivamente, las prestaciones a bajo nivel de especificaciones RVC-CAL basándose en eventos hardware. RVC-CAL es un lenguaje de flujo de datos estandarizado por MPEG y utilizado para definir herramientas relacionadas con la codificación de vídeo. La estructura de los programas descritos en RVC-CAL se basa en unidades funcionales llamadas actores, que a su vez se subdividen en funciones o procedimientos llamados acciones. ORCC (Open RVC-CAL Compiler) es un compilador de código abierto que utiliza como entrada descripciones RVC-CAL y genera a partir de ellas código fuente en un lenguaje dado, como por ejemplo C. Internamente, el compilador ORCC se divide en tres etapas distinguibles: front-end, middle-end y back-end. La implementación de Papify consiste en modificar la etapa del back-end del compilador, encargada de la generación de código, de modo tal que los actores, al ser traducidos a lenguaje C, queden instrumentados con PAPI (Performance Application Programing Interface), una herramienta utilizada como interfaz a los registros contadores de rendimiento (PMC) de los procesadores. Además, también se modifica el front-end para permitir identificar cierto tipo de anotaciones en las descripciones RVC-CAL, utilizadas para que el diseñador pueda indicar qué actores o acciones en particular se desean analizar. Los actores instrumentados, además de conservar su funcionalidad original, generan una serie de ficheros que contienen datos sobre los distintos eventos hardware que suceden a lo largo de su ejecución. Los eventos incluidos en estos ficheros son configurables dentro de las anotaciones previamente mencionadas. La segunda herramienta, Papify-Viewer, utiliza los datos generados por Papify y los procesa, obteniendo una representación visual de la información a dos niveles: por un lado, representa cronológicamente la ejecución de la aplicación, distinguiendo cada uno de los actores a lo largo de la misma. Por otro lado, genera estadísticas sobre la cantidad de eventos disparados por acción, actor o núcleo de ejecución y las representa mediante gráficos de barra. Ambas herramientas pueden ser utilizadas en conjunto para verificar el funcionamiento del programa, balancear la carga de los actores o la distribución por núcleos de los mismos, mejorar el rendimiento y diagnosticar problemas. ABSTRACT. This diploma project presents two tools, Papify and Papify-Viewer, used to measure and visualize the low level performance of RVC-CAL specifications based on hardware events. RVC-CAL is a dataflow language standardized by MPEG which is used to define video codec tools. The structure of the applications described in RVC-CAL is based on functional units called actors, which are in turn divided into smaller procedures called actions. ORCC (Open RVC-CAL Compiler) is an open-source compiler capable of transforming RVC-CAL descriptions into source code in a given language, such as C. Internally, the compiler is divided into three distinguishable stages: front-end, middle-end and back-end. Papify’s implementation consists of modifying the compiler’s back-end stage, which is responsible for generating the final source code, so that translated actors in C code are now instrumented with PAPI (Performance Application Programming Interface), a tool that provides an interface to the microprocessor’s performance monitoring counters (PMC). In addition, the front-end is also modified in such a way that allows identification of a certain type of annotations in the RVC-CAL descriptions, allowing the designer to set the actors or actions to be included in the measurement. Besides preserving their initial behavior, the instrumented actors will also generate a set of files containing data about the different events triggered throughout the program’s execution. The events included in these files can be configured inside the previously mentioned annotations. The second tool, Papify-Viewer, makes use of the files generated by Papify to process them and provide a visual representation of the information in two different ways: on one hand, a chronological representation of the application’s execution where each actor has its own timeline. On the other hand, statistical information is generated about the amount of triggered events per action, actor or core. Both tools can be used together to assert the normal functioning of the program, balance the load between actors or cores, improve performance and identify problems.

Generación automática de la configuración de subestaciones eléctricas según el Estándar IEC 61850 a partir de una herramienta de diseño gráfico

La evolución de las redes eléctricas se dirige hacia lo que se conoce como “Smart Grids” o “Redes Eléctricas Inteligentes”. Estas “Smart Grids” se componen de subestaciones eléctricas, que a su vez se componen de unos dispositivos llamados IEDs (Dispositivos Electrónicos Inteligentes – Intelligent Electronic Devices). El diseño de IEDs se encuentra definido en la norma IEC 61850, que especifica además un Lenguaje de Configuración de Subestaciones (Substation Configuration Language SCL) para la definición de la configuración de subestaciones y sus IEDs. Hoy en día, este estándar internacional no sólo se utiliza para diseñar correctamente IEDs y asegurar su interoperabilidad, sino que también se utiliza para el diseño de otros dispositivos de la red eléctrica, como por ejemplo, medidores inteligentes. Sin embargo, aunque existe una tendencia cada vez mayor del uso de este estándar, la comprensión y el manejo del mismo resulta difícil debido al gran volumen de información que lo compone y del nivel de detalle que utiliza, por lo que su uso para el diseño de IEDs se hace tedioso sin la ayuda de un soporte software. Es por ello que, para facilitar la aplicación del estándar IEC 61850 en el diseño de IEDs se han desarrollado herramientas como “Visual SCL”, “SCL Explorer” o “61850 SCLVisual Design Tool”. En concreto, “61850 SCLVisual Design Tool” es una herramienta gráfica para el modelado de subestaciones electricas, generada mediante el uso de los frameworks Eclipse Modeling Framework (EMF) y Epsilon Generative Modeling Technologies (GMT) y desarrollada por el grupo de investigación SYST de la UPM. El objetivo de este proyecto es añadir una nueva funcionalidad a la herramienta “61850 Visual SCL DesignTool”. Esta nueva funcionalidad consiste en la generación automática de un fichero de configuración de subestaciones eléctricas según el estándar IEC 61850 a partir de de una herramienta de diseño gráfico. Este fichero, se denomina SCD (Substation Configuration Description), y se trata de un fichero XML conforme a un esquema XSD (XML Schema Definition) mediante el que se define el lenguaje de configuración de subestaciones SCL del IEC 61850. Para el desarrollo de este proyecto, es necesario el estudio del lenguaje para la configuración de subestaciones SCL, así como del lenguaje gráfico específico de dominio definido por la herramienta “61850 SCLVisual Design Tool”, la estructura de los ficheros SCD, y finalmente, del lenguaje EGL (Epsilon Generation Language) para la transformación y generación automática de código a partir de modelos EMF. ABSTRACT Electrical networks are evolving to “Smart Grids”. Smart Grids are composed of electrical substations that in turn are composed of devices called IEDs (Intelligent Electronic Devices). The design of IEDs is defined by the IEC 61850 standard, which also specifies a Substation Configuration Languaje (SCL) used to define the configuration of substations and their IEDs. Nowadays, this international standard is not only used to design properly IEDs and guarantee their interoperability, but it is also used to design different electrical network devices, such as, smart meters. However, although the use of this standard is growing, its compression as well as its management, is still difficult due to its large volume of information and its level of detail. As a result, designing IEDs becomes a tedious task without a software support. As a consequence of this, in order to make easier the application of the IEC 61850 standard while designing IEDs, some software tools have been developed, such as: “Visual SCL”, “SCL Explorer” or “61850 SCLVisual Design Tool”. In particular, “61850 SCLVisual Design Tool” is a graphical tool used to make electrical substations models, and developed with the Eclipse Modeling Framework (EMF) and Epsilon Generative Modeling Technologies (GMT) by the research group SYST of the UPM. The aim of this project is to add a new functionality to “61850 Visual SCL DesignTool”. This new functionality consists of the automatic code generation of a substation configuration file according to the IEC 61850 standard. This file is called SCD (Substation Configuration Description), and it is a XML file that follows a XSD (XML Schema Definition) that defines the Substation Configuration Language (SCL) of the IEC 61850. In order to develop this project, it is necessary to study the Substation Configuration Language (SCL), the domain-specific graphical languaje defined by the tool “61850 SCLVisual Design Tool”, the structure of a SCD file, and the Epsilon Generation Language (EGL) used for the automatic code generation from EMF models

Avaliação de incertezas na calibração automática do modelo SWMM

Este trabalho é referente ao desenvolvimento de um calibrador multiobjetivo automático do modelo SWMM (Storm Water Management Model), e avaliação de algumas fontes de incertezas presentes no processo de calibração, visando à representação satisfatória da transformação chuva-vazão. O código foi escrito em linguagem C, e aplica os conceitos do método de otimização multiobjetivo NSGAII (Non Dominated Sorting Genetic Algorithm) com elitismo controlado, além de utilizar o código fonte do modelo SWMM para a determinação das vazões simuladas. Paralelamente, também foi criada uma interface visual, para melhorar a facilidade de utilização do calibrador. Os testes do calibrador foram aplicados a três sistemas diferentes: um sistema hipotético disponibilizado no pacote de instalação do SWMM; um sistema real de pequenas dimensões, denominado La Terraza, localizado no município de Sierra Vista, Arizona (EUA); e um sistema de maiores dimensões, a bacia hidrográfica do Córrego do Gregório, localizada no município de São Carlos (SP). Os resultados indicam que o calibrador construído apresenta, em geral, eficiência satisfatória, porém é bastante dependente da qualidade dos dados observados em campo e dos parâmetros de entrada escolhidos pelo usuário. Foi demonstrada a importância da escolha dos eventos utilizados na calibração, do estabelecimento de limites adequados nos valores das variáveis de decisão, da escolha das funções objetivo e, principalmente, da qualidade e representatividade dos dados de monitoramento pluvio e fluviométrico. Conclui-se que estes testes desenvolvidos contribuem para o entendimento mais aprofundado dos processos envolvidos na modelagem e calibração, possibilitando avanços na confiabilidade dos resultados da modelagem.

Um método de otimização da relação desempenho/consumo de energia para arquiteturas multi-cores heterogêneas em FPGA

Devido às tendências de crescimento da quantidade de dados processados e a crescente necessidade por computação de alto desempenho, mudanças significativas estão acontecendo no projeto de arquiteturas de computadores. Com isso, tem-se migrado do paradigma sequencial para o paralelo, com centenas ou milhares de núcleos de processamento em um mesmo chip. Dentro desse contexto, o gerenciamento de energia torna-se cada vez mais importante, principalmente em sistemas embarcados, que geralmente são alimentados por baterias. De acordo com a Lei de Moore, o desempenho de um processador dobra a cada 18 meses, porém a capacidade das baterias dobra somente a cada 10 anos. Esta situação provoca uma enorme lacuna, que pode ser amenizada com a utilização de arquiteturas multi-cores heterogêneas. Um desafio fundamental que permanece em aberto para estas arquiteturas é realizar a integração entre desenvolvimento de código embarcado, escalonamento e hardware para gerenciamento de energia. O objetivo geral deste trabalho de doutorado é investigar técnicas para otimização da relação desempenho/consumo de energia em arquiteturas multi-cores heterogêneas single-ISA implementadas em FPGA. Nesse sentido, buscou-se por soluções que obtivessem o melhor desempenho possível a um consumo de energia ótimo. Isto foi feito por meio da combinação de mineração de dados para a análise de softwares baseados em threads aliadas às técnicas tradicionais para gerenciamento de energia, como way-shutdown dinâmico, e uma nova política de escalonamento heterogeneity-aware. Como principais contribuições pode-se citar a combinação de técnicas de gerenciamento de energia em diversos níveis como o nível do hardware, do escalonamento e da compilação; e uma política de escalonamento integrada com uma arquitetura multi-core heterogênea em relação ao tamanho da memória cache L1.

Real-time 3D semi-local surface patch extraction using GPGPU

Feature vectors can be anything from simple surface normals to more complex feature descriptors. Feature extraction is important to solve various computer vision problems: e.g. registration, object recognition and scene understanding. Most of these techniques cannot be computed online due to their complexity and the context where they are applied. Therefore, computing these features in real-time for many points in the scene is impossible. In this work, a hardware-based implementation of 3D feature extraction and 3D object recognition is proposed to accelerate these methods and therefore the entire pipeline of RGBD based computer vision systems where such features are typically used. The use of a GPU as a general purpose processor can achieve considerable speed-ups compared with a CPU implementation. In this work, advantageous results are obtained using the GPU to accelerate the computation of a 3D descriptor based on the calculation of 3D semi-local surface patches of partial views. This allows descriptor computation at several points of a scene in real-time. Benefits of the accelerated descriptor have been demonstrated in object recognition tasks. Source code will be made publicly available as contribution to the Open Source Point Cloud Library.

Bounded seas

Abstract Imprecise manipulation of source code (semi-parsing) is useful for tasks such as robust parsing, error recovery, lexical analysis, and rapid development of parsers for data extraction. An island grammar precisely defines only a subset of a language syntax (islands), while the rest of the syntax (water) is defined imprecisely. Usually water is defined as the negation of islands. Albeit simple, such a definition of water is naive and impedes composition of islands. When developing an island grammar, sooner or later a language engineer has to create water tailored to each individual island. Such an approach is fragile, because water can change with any change of a grammar. It is time-consuming, because water is defined manually by an engineer and not automatically. Finally, an island surrounded by water cannot be reused because water has to be defined for every grammar individually. In this paper we propose a new technique of island parsing —- bounded seas. Bounded seas are composable, robust, reusable and easy to use because island-specific water is created automatically. Our work focuses on applications of island parsing to data extraction from source code. We have integrated bounded seas into a parser combinator framework as a demonstration of their composability and reusability.

The North Sea autumn spawning Herring (Clupea harengus L.) Spawning Component Abundance Index (SCAI)

The North Sea autumn-spawning herring (Clupea harengus) stock consists of a set of different spawning components. The dynamics of the entire stock have been well characterized, but although time-series of larval abundance indices are available for the individual components, study of the dynamics at the component level has historically been hampered by missing observations and high sampling noise. A simple state-space statistical model is developed that is robust to these problems, gives a good fit to the data, and proves capable of both handling and predicting missing observations well. Furthermore, the sum of the fitted abundance indices across all components proves an excellent proxy for the biomass of the total stock, even though the model utilizes information at the individual-component level. The Orkney-Shetland component appears to have recovered faster from historic depletion events than the other components, whereas the Downs component has been the slowest. These differences give rise to changes in stock composition, which are shown to vary widely within a relatively short time. The modelling framework provides a valuable tool for studying and monitoring the dynamics of the individual components of the North Sea herring stock.