Analysis of CDKN1A polymorphisms: markers of cancer susceptibility?

The CDKN1A (TP21)(2) gene encodes a 21-kD protein that is a critical downstream mediator of wild-type TP53 and an important regulator of the cell cycle. Failure in the function of this gene would be expected to result in abnormal cell proliferation and transformation. Tumor-associated mutations of the coding region of the TP21 are rare. on the other hand, some TP21 polymorphisms have been identified and characterized by single base substitutions. In the present study, we investigated the potential role of TP21 gene polymorphisms in skin, head, and neck tumorigenesis. A total of 261 samples were examined by polymerase chain reaction single-strand conformational analysis, and one mutation at codon 31 and four polymorphisms in exons 2 (codon 55) and 3 [nucleotide (nt)590] and in promoter region (nt2298) were identified. In conclusion, this investigation confirmed the rarity of mutations in this gene, arguing against a role for TP21 mutations in skin, head, and neck cancers. Also, our results show significant differences in nt2298 allele frequencies between normal individuals and skin malignant tumors (P < 0.05). The results suggest that this polymorphism affects TP21 transactivator binding and may be important during the pathogenesis of skin cancer. (C) 2003 Elsevier B.V. All rights reserved.

Allelic variants of XRCC1 and XRCC3 repair genes and susceptibility of oral cancer in Brazilian patients

Background: The capacity for DNA repair is essential in maintaining cellular functions and homeostasis; however, this capacity can be altered based on DNA sequence variations in DNA repair genes, which may contribute to the onset of cancer. Many single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in repair genes have been found to be associated with oral cancer. The aim of this study was to investigate the relationship between the presence of allelic variants Arg194Trp (rs:1799782) and Arg399Gln (rs: 25487) of XRCC1 gene and Thr241Met (rs: 861539) of XRCC3 gene and susceptibility to oral cancer. We also attempted to correlate the frequencies obtained for each of the SNPs to histopathological parameters. Methods: A case-control study was conducted with genomic DNA from 150 patients with oral squamous cell carcinomas and 150 controls. SNPs were genotyped by RFLP-PCR. Results: The presence of the polymorphic variants of the XRCC1 gene within codon 194 (OR 0.82, 95% CI: 0.44-1.51) and codon 399 (OR 0.94, 95% CI: 0.59-1.50) and within the XRCC3 gene (OR 0.72; 95% CI: 0.45-1.16) were not associated with an increased risk of oral cancer. A combinational analysis of SNPs in both genes indicated no association. The presence of the allelic variants of these two genes had no statistically significant effect on tumor differentiation, lymph node invasion or tumor size. Conclusions: These results suggest that allelic variants of XRCC1 and XRCC3 are not suitable markers for susceptibility to carcinomas of the oral cavity and are also not related to the later stages of such tumors. © 2012 John Wiley & Sons A/S.

Interleukin 4 haplotypes of susceptibility to chronic periodontitis are associated with IL-4 protein levels but not with clinical outcomes of periodontal therapy

Different IL4 haplotypes were associated to susceptibility to/or protection against chronic periodontitis (CP). The aim of this study was to investigate if individuals carrying different haplotypes would present differences in clinical periodontal parameters and in the IL-4 levels at baseline, 45 and 90 days after non-surgical periodontal therapy. 62 patients were subdivided: genetically protected without CP (PH), genetically protected with CP (PCP), genetically susceptible with CP (SCP), genetically susceptible without CP (healthy) (SH). Clinical examination and gingival crevicular fluid (GCF) collection were performed for all patients, and IL-4 levels were measured by ELISA. At baseline, higher values for plaque index (PI, p = 0.013), gingival index (GI, p = 0.005) were observed for the SCP group in comparison to the PCP group but not after the completion of periodontal therapy. 45 and 90 days after the non-surgical therapy, PCP demonstrated significantly higher IL-4 levels than the SCP (p = 0.000002). Correlation analysis showed different results between clinical parameters and IL-4 production or GCF volume for groups with different genetic loads. The IL4 gene which was previously associated with susceptibility to CP was related with differences in the IL-4 protein levels in the GCF. However, independent of genetic carriage, individuals responded similarly to this therapy. © 2013 American Society for Histocompatibility and Immunogenetics.

Susceptibilidade antifúngica, produção de biofilme e caracterização do gene ALS3 em isolados de Candida albicans e não-albicans do hospital das clínicas, UNESP, Botucatu

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Participação do gene Alc11a1 na infecção por Paracoccidioides brasiliensis em linhagens de camundongos selecionados segundo a alta ou baixa reatividade inflamatória aguda

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Componentes do valor adaptativo e investigação do polimorfismo genético do gene Cyp6g1 (exons 1 e 2) em linhagens resistentes e suscetíveis de Drosophila melanogaster e de Drosophila simulans

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Ocorrência de cepas de Escherichia coli que apresentam o gene de Shiga toxina em queijo mussarela produzido artesanalmente

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Avaliação clínica, imunológica e da resposta ao tratamento periodontal não-cirúrgico em indivíduos com e sem haplótipos de suscetibilidade genética à periodontite crônica no gene interleucina 8

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Comparação de dados clínicos e imunológicos entre indivíduos geneticamente suscetíveis à periodontite pela presença de um haplótipo no gene interleucina 4 e indivíduos geneticamente protegido contra a periodontite

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Investigação de polimorfismos no promotor do gene interleucina 8 em indivíduos com periodontite

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Investigação de polimorfismos no gene do receptor 2 da interleucina 8 em indivíduos com periodontite

Pós-graduação em Odontologia - FOAR

Epidemiologia genética em hanseníase: estudo de associação da região genômica candidata 6p21 e do gene TLR1

Pós-graduação em Doenças Tropicais - FMB

Caracterização dos níveis plasmáticos e do polimorfismo +874T/A no gene IFN-γ em pacientes com diferentes formas clínicas da tuberculose

Considerando a importância do interferon gama (IFN-γ) na imunidade protetora contra o Mycobacterium tuberculosis e o papel funcional do polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) IFNG +874T/A na produção de IFN-γ, no presente estudo investigamos a relação desse polimorfismo genético com suscetibilidade à tuberculose. Fizeram parte do estudo um total de 129 pacientes com tuberculose pulmonar (TBP), 33 com tuberculose extrapulmonar (TBEP) e em 156 profissionais da saúde, negativos para tuberculose, com resultados tuberculínicos (PPD+ e PPD-) dos quais foi coletada uma amostra de 5 mL de sangue total. As concentrações séricas de IFN-g foram mensuradas usando um ensaio imunoenzimático. O polimorfismo na posição +874A no gene IFN-g foi investigado por meio da técnica de ASO-PCR (allele specific oligonucleotide – polymerase chain reaction). Verificamos uma associação entre a presença do alelo +874A e do genótipo +874AA com a tuberculose ativa (p<0.0001, CI=95%, 1.64 - 3.22), ao mesmo tempo em que o alelo +874Te genótipo +874TT estiveram em maior freqüência nos indivíduos do grupo controle. A média das concentrações plasmáticas de IFN-g nos pacientes com tuberculose foi significativamente menor que aquela observada no grupo controle, como também foi menor no grupo com TBEP do que no grupo com TBP, sugerindo uma relação dos baixos níveis séricos dessa citocina na tuberculose ativa, bem como na progressão para as formas mais graves da doença. Ademais, foi observada a associação dos genótipos +874TT e +874AA com altas e baixas concentrações de IFN-γ, respectivamente, tanto nos pacientes com tuberculose quanto no grupo controle. Assim sendo, os resultados sugerem uma associação do polimorfismo do gene IFNG +874T/A com suscetibilidade à infecção pelo M. tuberculosis na população estudada.

Estudo da susceptibilidade à infecção pelo HIV-1 e da progressão da AIDS em associação ao polimorfismo no gene Mbl (Lectina Ligadora de Manose)

As baixas concentrações séricas de Lecitina Ligante de Manose (MBL) estão associadas com a presença das variantes alélicas Mbl-*B, Mbl-*C e Mbl-*D, e resultam em um aumento na susceptibilidade a infecções recorrentes. No presente estudo foi investigada a associação entre o polimorfismo no gene Mbl e a susceptibilidade à infecção pelo HIV-1. Um fragmento de 349 pb do exon 1 do gene Mbl foi amplificado por PCR e, posteriormente, submetido à análise de restrição com as endonucleases BanI e MboII, para a identificação dos alelos. A avaliação de 145 pacientes soropositivos e de 99 controles mostrou a presença dos alelos Mbl-*A, Mbl-*B e Mbl-*D, cujas freqüências foram de 69%, 22% e 9% no grupo de pacientes e de 70,2%, 13,6% e 16,2% entre os controles. A análise das freqüências genotípicas mostrou uma maior prevalência dos genótipos com a variante alélica Mbl-*B entre os pacientes soropositivos quando comparadas à do grupo controle. Ademais, o genótipo B/B foi seis vezes mais freqüente no grupo de pacientes infectados (χ²=4,042; p=0,044). A média da carga viral plasmática foi menor nos pacientes HIV-1 soropositivos, portadores do alelo Mbl-*A, quando comparado aos pacientes soropositivos apresentando a variante alélica Mbl-*B (5.821 cópias/mL x 52.253 cópias/mL; p= 0,05). Ademais os pacientes portadores do alelo Mbl-*A apresentaram uma significativa redução da viremia plasmática (p<0,001), o que não foi observado para os portadores da variante Mbl-*B (p=0,999). Esses resultados sugerem a importância do polimorfismo no gene Mbl na evolução clínica do paciente infectado pelo HIV-1 e que a identificação do perfil genético do gene Mbl, em portadores da infecção pelo HIV-1, pode ser importante na avaliação da evolução e do prognóstico da doença.

Investigação do polimorfismo do exon - 1 do gene MBL (Mannose-Binding Lectin) em pacientes portadores de tuberculose

A lectina ligante de manose (MBL) é uma proteína considerada de fase aguda com importante papel na primeira linha de defesa do sistema imune inato, cujos níveis séricos são determinados geneticamente. A MBL ativa a via da lectina do complemento, além de mediar a opsonização e fagocitose de microrganismos. Vários estudos associam os níveis séricos de MBL à suscetibilidade ou resistência a agentes infecciosos entre eles o Mycobacterium tuberculosis, agente causador da tuberculose humana. Neste estudo, com o objetivo de avaliar a ocorrência de uma possível associação entre os polimorfismos e a tuberculose, avaliamos as freqüências das mutações no éxon 1 do gene MBL em um grupo de 167 pacientes com tuberculose, subdivididos em 3 grupos: pacientes com tuberculose pulmonar, pacientes com tuberculose extrapulmonar, pacientes com tuberculose multirresistente a drogas, e grupo controle com 159 profissionais da saúde, negativos para tuberculose. A identificação dos alelos MBL *A, *B, *C e *D foi realizada por meio da reação em cadeia da polimerase, utilizando seqüências de iniciadores específicos e posterior digestão enzimática. As análises das freqüências alélicas e genotípicas do éxon 1 não mostraram qualquer diferença significativa entre pacientes com tuberculose e grupo controle (p>0,05). Não foram observadas associações significativas entre os grupos de tuberculose pulmonar, extrapulmonar e tuberculose multirresistente a drogas, quando relacionados entre si e ao grupo controle. Os dados obtidos em nosso estudo não demonstraram evidencias de qualquer influência das variações do éxon 1 do gene MBL na tuberculose ativa, sugerindo que os polimorfismos nessa região do gene não tem nenhuma influencia na susceptibilidade à tuberculose.